河南省人源产ESBLs鼠伤寒沙门菌单相变异株的分子特征研究

目的 分析河南省腹泻病例粪便标本中产超广谱β内酰胺酶(ESBLs) 的鼠伤寒沙门菌单相变异株耐药情况,并研究其分子学特征。方法 对河南省腹泻粪便中分离的124株鼠伤寒沙门菌单相变异株沙门菌,通过肉汤稀释法进行抗生素敏感性试验并筛选产ESBLs菌株;PCR方法检测β-内酰胺酶编码基因携带情况,采用质粒接合试验分析耐药基因的水平转移情况,应用脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行亲缘关系分析。结果 124株鼠伤寒沙门菌单相变异株沙门菌耐药严重,其中有16株为产ESBLs菌株。16株产ESBLs菌株均携带CTX-M型耐药基因,并检测出OXA型和TEM型耐药基因;其中9株菌可将CTX-M基因通过质粒转移到大肠埃希菌J53,药敏分析发现其他抗生素的耐药性可以发生共转移。16株产ESBLs 鼠伤寒沙门菌单相变异株沙门菌经XbaⅠ酶切后共分为14种带型,无明显的优势带型。结论 检出产ESBLs 的鼠伤寒沙门菌单相变异株沙门菌基因型具有多样性,耐药基因可通过接合性质粒在不同菌属间播散。     

青海省海西州鼠疫自然疫源地分离鼠疫菌株CRISPR基因分型研究

目的 利用DNA规律聚集簇间隔短回文重复序列(Clustered regularlyinter-spaced short palindromic repeats CRISPR)分型方法，全面探索海西地区分离鼠疫菌株是否存在新的基因型，为鼠疫菌溯源鉴定及流行病学分析提供理论依据。方法 分离培养海西地区1961-2009年间取自鼠疫患者、媒介昆虫及中间宿主的50株鼠疫菌后提取其DNA,利用PCR技术，对鼠疫菌CRISPR分型中的YPa、YPb、YPc 3个位点进行扩增，测定其扩增产物核酸序列并进行分析，将测得CRISPR序列与文献最新报道的CRISPR Dictionary和NCBI数据库进行比对，找出新的CRISPR spacer阵列，基因型别，分析其进化关系，最终确定青海省海西州喜马拉雅旱獭鼠疫自然疫源地鼠疫菌株的CRISPR基因库。结果 50株鼠疫菌在3个CRISPR位点上共有24种spacer,其中YPa位点上有13种、YPb位点8种、YPc位点3种，b51是新发现的spacer。50株鼠疫菌可被分为16个基因型，共归为6大CRISPR类群。Ca35′是该地区主要流行类群；Ca7是...     

安徽地区腹泻病人粪便标本中沙门菌分离及其血清型鉴定

目的 了解安徽地区近期临床分离沙门菌血清型、药物敏感性、毒力基因携带及血清型相同菌株的基因溯源情况。方法 应用血清凝集法检测沙门菌的血清型,微量肉汤稀释法检测药物敏感性,PCR法扩增毒力基因,PFGE法检测基因同源性并进行溯源。结果 43株沙门菌中鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌分别占(39.5%/29.6%)。43株菌对四环素、甲氧苄啶/磺胺甲噁唑、萘啶酸和氯霉素的耐药率分别为(60.5%/39.5%/37.2%/30.2%),43株菌均携带InvA和InvE毒力基因,鼠伤寒沙门菌基因同源性较低,肠炎沙门菌基因同源性较高。结论 本次安徽地区临床分离的沙门菌以鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌为主,其他血清型散在分布。对常规抗生素呈较高的耐药性,分离菌株均携带毒力基因对人体具有致病性。本地区流行的鼠伤寒沙门菌大部分来源于不同的基因克隆株,亲缘关系较远。而流行的肠炎沙门菌大部分来源于同一克隆株或亲缘关系较近的克隆群体。     

四川省鼠疫耶尔森菌CRISPR基因分型及地区分布研究

目的 对四川省鼠疫耶尔森菌(Yersinia pestis)做规律成簇的间隔短回文重复序列(Clustered regularly interspaced short palindromic repeats CRSIPR)基因分型和地区分布研究,为四川鼠疫防治提供科学依据。方法 对132株鼠疫菌培养和提取核酸,应用3对CRISPR引物对被试菌株DNA进行PCR扩增、测序和分析,确定四川省鼠疫菌的CRSIPR基因型。结果 132株鼠疫菌共发现17种spacer,包括YPa 9种、YPb 5种、YPc 3种,新发现的1种space阵列。所有鼠疫菌株被分为2个CRISPR基因簇(Cc3',Ca7),3个基因型(37'型、22型和sc01型)。其中石渠县青海田鼠型菌株基因型为37'型,石渠县人间鼠疫的菌株为22型,德格县旱獭型菌株基因型为22型,巴塘县、理塘县、雅江县和新龙县旱獭菌株基因型为sc01型。结论 四川省鼠疫菌菌株具有明显的地区分布特征。     

贵州省2017-2018年非伤寒沙门菌临床分离株耐药及分子分型研究

目的 了解贵州省2017-2018年非伤寒沙门菌(NTS)的血清型分布、耐药情况与脉冲凝胶电泳(PFGE)分子分型特征.方法 对分离自贵州省临床病例的191株非伤寒沙门菌菌株进行生化鉴定、血清型分型,微量肉汤稀释法测定16种抗生素的最小抑菌浓度,PFGE进行分子分型分析.结果 191株非伤寒沙门菌分出18种血清型,鼠伤...     

福建地区鼠伤寒沙门菌喹诺酮耐药基因特征及MLVA分子分型北大核心CSCD

目的了解福建地区鼠伤寒沙门菌喹诺酮耐药状况及其分子分型机制。方法采用微量肉汤稀释法测定萘啶酸、环丙沙星和左氧氟沙星对83株鼠伤寒沙门菌的最小抑菌浓度(MIC);PCR扩增沙门菌的喹诺酮耐药区(QRDR)基因(gyrA,parC)和质粒介导的喹诺酮耐药基因(PMQR)(aac(6’)-Ib-cr,oqxA,oqxB);采用多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)比较菌株间的遗传相似性。结果 83株鼠伤寒沙门菌对萘啶酸、环丙沙星和左氧氟沙星的耐药率分别为27.7%(23/83),13.2%(11/83)和4.8%(4/83),QRDR基因突变率为25.3%(21/83)。21株基因突变株存在gyrA和parC两个突变类型,突变氨基酸类型分别为Ser83Tyr、Ser83Phe、Asp87Tyr和Asp87Asn,其中以第87位氨基酸突变为主,占总突变数的52.4%(11/21)。parC基因突变菌1株,为第80位氨基酸突变Ser80Arg,该菌株同时为gyrA:Ser83Phe突变。PMQR基因(aac(6’)-Ib-cr,oqxA,oqxB)在83株鼠伤寒沙门菌中的检出率分别为20.5%(17/83)、15.7%(13/83)和16.9%(14/83)。72株鼠伤寒沙门菌经MLVA分型后遗传关联度介于42.3%~100%之间,按照100%的相似度可分为18个型别,其中次优势型MT5菌株耐药基因与MLVA分型表现出一定的关联性。结论福建地区鼠伤寒沙门菌对喹诺酮类药物的耐药率不高,但环丙沙星和左氧氟沙星中度敏感菌中存在耐药基因突变,并具有一定的聚集性,需继续加强检测。     

福建地区鼠伤寒沙门菌喹诺酮耐药基因特征及MLVA分子分型

目的了解福建地区鼠伤寒沙门菌喹诺酮耐药状况及其分子分型机制。方法采用微量肉汤稀释法测定萘啶酸、环丙沙星和左氧氟沙星对83株鼠伤寒沙门菌的最小抑菌浓度(MIC);PCR扩增沙门菌的喹诺酮耐药区(QRDR)基因(gyrA,parC)和质粒介导的喹诺酮耐药基因(PMQR)(aac(6’)-Ib-cr,oqxA,oqxB);采用多位点可变数目串联重复序列分析(MLVA)比较菌株间的遗传相似性。结果 83株鼠伤寒沙门菌对萘啶酸、环丙沙星和左氧氟沙星的耐药率分别为27.7%(23/83),13.2%(11/83)和4.8%(4/83),QRDR基因突变率为25.3%(21/83)。21株基因突变株存在gyrA和parC两个突变类型,突变氨基酸类型分别为Ser83Tyr、Ser83Phe、Asp87Tyr和Asp87Asn,其中以第87位氨基酸突变为主,占总突变数的52.4%(11/21)。parC基因突变菌1株,为第80位氨基酸突变Ser80Arg,该菌株同时为gyrA:Ser83Phe突变。PMQR基因(aac(6’)-Ib-cr,oqxA,oqxB)在83株鼠伤寒沙门菌中的检出率分别为20.5%(17/83)、15.7%(13/83)和16.9%(14/83)。72株鼠伤寒沙门菌经MLVA分型后遗传关联度介于42.3%～100%之间,按照100%的相似度可分为18个型别,其中次优势型MT5菌株耐药基因与MLVA分型表现出一定的关联性。结论福建地区鼠伤寒沙门菌对喹诺酮类药物的耐药率不高,但环丙沙星和左氧氟沙星中度敏感菌中存在耐药基因突变,并具有一定的聚集性,需继续加强检测。     

红嘴鸥中分离的非伤寒沙门菌分子特征分析

目的 非伤寒沙门菌是一类肠道病原体,能引起人的腹泻性疾病。特从每年飞抵云南省昆明市的红嘴鸥中分离的非伤寒沙门菌,作分子分型研究,以反映红嘴鸥对于人群健康的潜在影响。方法 从2013年11月-2014年1月间,分3次分别采集500份红嘴鸥粪便样本,进行沙门菌的分离培养。得到菌株之后开展药敏试验和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析。结果 500份粪便样品分离到78株非伤寒沙门菌,其中鼠伤寒沙门菌75株(96.15%),韦尔克斯沙门菌1株,印第安纳沙门菌2株。药敏试验显示,所有非伤寒沙门菌对于利福平的耐药率高达97.44%,其次为萘啶酸(28.21%)和复方新诺明(25.64%);而对庆大霉素和环丙沙星则完全敏感。PFGE结果显示,75株鼠伤寒沙门菌形成了3个带型,并且带型之间的同源性关系均大于95%,66株表现为完全一致的带型特征。与分离自病人的鼠伤寒沙门菌比较后发现,红嘴鸥中分离的鼠伤寒沙门菌与病人分离的菌株的PFGE带型被区分成了两个聚类群。结论 红嘴鸥有很高的非伤寒沙门菌携带率,以鼠伤寒沙门菌为主;PFGE结果表明,红嘴鸥携带的非伤寒沙门菌可能与其生活环境和食物构成等因素密切相关,但尚未发现这些菌株与人群患病的相关性。     

一株印第安纳沙门菌单相变异体的分离鉴定与特征分析

目的 分析鸡肉源印第安纳沙门菌单相变异体菌株特征。方法 2020年从山东济南和江苏扬州超市采集123份鸡肉样品并进行沙门菌分离，利用针对沙门菌肠毒素基因stn的PCR鉴定方法对疑似菌落进行鉴定并使用经典载玻片凝集试验鉴定沙门菌的血清型，采用微量稀释法测定其对常见15种药物的敏感性，对于无法鉴定出血清型的菌株，最后通过全基因组测序对菌株进行基因组特征分析。结果 共分离得到14株沙门菌，并通过全基因组测序和生物信息学分析发现一株ST17的印第安纳沙门菌单相变异体。药敏结果显示该菌株为多重耐药菌株，对氨苄西林、头孢唑林、头孢噻肟、庆大霉素、链霉素、四环素、氯霉素、氟苯尼考、萘啶酸、环丙沙星和复方新诺明耐药。耐药基因分析结果显示该分离株携带7类15种耐药基因，还在喹诺酮耐药决定区存在4个相关的点突变。结论 本研究首次报道了一株多重耐药的印第安纳沙门菌单相变异体，并利用全基因组测序技术对其基因组特征进行分析，为沙门菌血清型的鉴定提供了新思路。     

2010-2018年安徽省马鞍山市腹泻患者中非伤寒沙门菌的分子分型与耐药性研究

目的 了解马鞍山地区腹泻监测人群非伤寒沙门菌的感染状况、血清学分布、分子分型与耐药性等特征。方法 对2010-2018年腹泻患者中分离的非伤寒沙门菌进行血清学分型、脉冲场凝胶电泳(PFGE)和药物敏感性试验。结果 从2 998例腹泻患者中检出非伤寒沙门菌腹泻263例(8.8%),其中2例为2种非伤寒沙门菌混合感染;6-7月份非伤寒沙门菌感染率较高,05岁年龄组感染率最高(15.9%)(χ²=72.98,P<0.001);265株非伤寒沙门菌分为36个血清型,优势血清型为阿贡纳沙门菌、肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌;阿贡纳沙门菌的PFGE带型分布较集中,有菌株成簇存在的现象;测试菌株总耐药率为95.6%(66/69),多重耐药率为82.6%(57/69);测试菌株对AMP(79.7%)、STR(75.3%)和Sul(66.6%)耐药率较高,对AMI和AZI 完全敏感;发现2株ESBLs的菌株,均为多重耐药菌株;鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌对不同药物的敏感性有所不同,前者对喹诺酮类药物较敏感,而后者对四环素类药物较敏感。结论 马鞍山地区优势血清型为阿贡纳沙门菌,与其他地区不同。阿贡纳沙门菌有成簇存在的情况,提示有既往暴发的可能。总耐药及多重耐药现象严重,应谨慎用药并加强对病例的耐药监测。     

2006-2016年贵州省炭疽芽胞杆菌SNR分型分析

目的 对贵州省2006-2016年分离的炭疽芽胞杆菌进行单核苷酸重复序列分型分析(SNR),了解菌株SNR型别特征,为炭疽疫情监测、调查与溯源提供技术手段和科学依据.方法 提取贵州省2006-2016年间不同地区的炭疽芽胞杆菌菌株基因组DNA,应用SNR各位点引物进行PCR扩增,将扩增产物进行毛细管电泳分析获得各位点序...     

陕西省鼠疫耶尔森菌间区规律短回文重复序列基因分型研究及流行病学分析北大核心CSCD

目的通过CRISPR(间区规律短回文重复序列)对陕西省鼠疫菌进行基因分型,分析流行病学特征,为陕西省鼠疫防治工作提供科学依据。方法提取分离自陕西省鼠疫疫源地的66株鼠疫菌核酸,利用针对鼠疫菌的3对CRISPR引物进行PCR扩增,对扩增产物进行测序及分析,确定CRISPR基因分型。结果 66株鼠疫菌在3个位点上共有12种spacer,其中YPa 3种、YPb 5种、YPc 4种,具体为al′、a2′、a3′、b1′、b2′、b29′、b1″、b2″、c1、c2、c3、c3′,基因簇为Cb2′,基因型分为1′和4′两种。结论疫情发生年份不同,鼠疫菌CRISPR基因型不同,鼠疫疫情处置进行溯源应将生态分型与基因分型结合。     

鼠疫耶尔森氏菌16S-23SrRNA基因间区分析

目的　发展一种快速准确的鉴定鼠疫菌的方法。方法　 Ｐ Ｃ Ｒ 反应加限制性内切酶消化的方法。结果　对来自不同疫源地的 １０３ 株鼠疫菌 １６ Ｓ２３ Ｓｒ Ｒ Ｎ Ａ 基因间区进行扩增,均可扩出两条长为 １ １４６ｂｐ 及 １ ０９０ｂｐ 的片段,扩增产物用限制性内切酶 Ｔａｑ Ｉ, Ｍ ｓｐ Ｉ消化后的酶切图谱相同。而对照菌株小肠结肠炎耶尔森氏菌,鼠伤寒沙门氏菌,大肠杆菌,痢疾杆菌,霍乱弧菌的扩增产物及酶切图谱与鼠疫菌均不相同。结论　鼠疫菌 １６ Ｓ２３ Ｓｒ Ｒ Ｎ Ａ 基因间区高度同源,基本为两种类型,长度分别为 １ １４６ｂｐ 及 １ ０９０ｂｐ,其他菌株与其明显不同;该方法将有助于快速准确的鉴定鼠疫菌。     

陕西省鼠疫耶尔森菌MLVA分型研究

目的 掌握陕西省鼠疫耶尔森菌分离株的MLVA基因分型特征,阐明不同疫情年份菌株间的遗传进化关系,为今后陕西省鼠疫的监测防治工作提供科学依据。方法 采用MLVA(14+12)方法,对分离自陕西省鼠疫疫源地的66株鼠疫耶尔森菌进行基因分型,利用BioNumerics(Version7.6)软件对分型结果进行聚类分析。结果 66株鼠疫耶尔森菌分为A、B、C群,根据分离时间聚集成为相应群,A群包含42株菌,其中39株菌分离自2000-2001年,B群包含16株菌,其中15株分离自2006年,C群含8株菌,其中6株分离自1987-1988年。基因型分为19种,8个基因型为多菌株基因型,其他型为单菌株基因型。结论 陕西省鼠疫菌MLVA基因型具有多态性,不同疫情年份菌株主导的基因型不同,MLVA分型能够很好区分陕西省不同年代鼠疫菌株,可用于鼠疫菌株的溯源分析。     

山东省动物源沙门氏菌MLST和血清分型与分布研究

目的比较动物源沙门氏菌多位点序列分型(MLST)与血清分型的差别,获得动物源沙门氏菌在山东省的分布规律。方法从山东部分地区分离78株鸡源沙门氏菌、56株鸭源沙门氏菌和20株猪源的沙门氏菌,PCR扩增七段沙门氏菌内部保守的片段序列进行多位点序列分型,同时用玻片凝集法分析其血清型。结果血清分析结果表明,鸡源沙门氏菌检出6种血清型,其中肠炎沙门氏菌占88.5%、印第安纳沙门氏菌占5.1%、汤卜逊沙门氏菌占2.6%、鼠伤寒沙门氏菌占1.3%、山夫登堡沙门氏菌占1.3%、阿格玛沙门氏菌占1.3%;鸭源沙门氏菌检出2种血清型,其中肠炎沙门氏菌占67.9%、鼠伤寒沙门氏菌占32.1%;猪源沙门氏菌检出3种血清型,其中鼠伤寒沙门氏菌占65%、德贝儿沙门氏菌占20%、肠炎沙门氏菌占15%。通过MLST分型,鸡源检出7种ST型:ST11、ST19、ST26、ST128、ST14、ST17和New1;鸭源检出3种ST型:ST11、ST19和New2;猪源检出3种:ST34、ST40和ST3007。结论整体来看,分离菌的血清型和ST型数量比较接近,二者分型能力相近。     

Serotyping of hepatitis C virus in chronic type C hepatitis in Taiwan: Correlation with genotypes

To evaluate the usefulness of a new serologic assay to group hepatitis C virus (HCV), genotypes identified by this serotyping method were compared to those identified by a polymerase chain reaction (PCR) assay with type-specific primers in 71 Taiwanese patients with chronic type C hepatitis. The group-specific antibodies against different HCV genotypes were detected by using an enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) based on group-specific recombinant peptides (C14-1 and C14-2) within the NS4 region. Among 71 patients positive for current second-generation HCV antibodies, HCV RNA was detected in 55 patients by PCR with primers from the 5′ untranslating region, and in 52 by genotype-specific PCR. In 49 (89%) of 55 viremic patients, the results of serotyping by ELISA showed complete agreement with those determined by PCR genotyping, and none of the patients showed a group opposite to that of HCV genotype. The positive rate of group-specific antibodies (69/71;97%) was even better than that of the PCR (55/71;78%). We conclude that this new serotyping assay is highly sensitive and specific for the determination of HCV genotypes, and will be useful in future epidemiologic studies, as well for clinical application.     

应用rDNA ITS2区段基因序列分析对浙江省传疟媒介的鉴定

目的 对浙江省传疟媒介种类进行鉴定，以指导疟疾防治工作。方法 针对媒介按蚊核糖体核酸内转录间隔2（rDNAITS2）区段基因特征，应用PCR基因鉴别技术，对浙江省现场捕捉的按蚊与嗜人按蚊、八代按蚊、中华按蚊、雷氏按蚊实验室标本进行基因鉴别和比较。结果 浙江省现场捕捉的按蚊DNA样本的PCR扩增产物均为250bp，与实验室中华按蚊标本一致。结论 中华按蚊目前仍是浙江省的主要传疟媒介，现场调查未发现嗜人按蚊。     

Relationship between genotype and phenotype of flagellin C in Salmonella

AIM:To discover the relationship between the genotype andantigen serotype of flagellin C among Saimonella strains.METHODS:Fragment of Saimonella flagellin C in plasmidpLS408 was cloned,sequenced and compared with thecorresponding sequence in other strains.Saimonella strainsincluding two typhi strains,one paratyphoid strain,oneenteritidis and one typhimurium strain were isolated fromoutpatients.Genome DNA was purified respectively fromthese clinical isolates,then the corresponding flagellin Cfragment was amplified by polymerase chain reaction,andthe amplification products were analyzed by agarose gelelectrophoresis.RESULTS:The cloned fragment includes 582 nuacleotidesencoding the variable region and partial conservative regionof Salmonella flagellin C in plasmid pLS408.Withcomparison to the corresponing sequences reportedpreviously,there is only a little difference from other strainswith the same flagellar serotype in both nucleotide andamino acid level.Specific PCR products were amplified inSaimonella strains with flagellar serotype H-1-d includingS.muenchen,typhi and typhimurium,but not in S.paratyphoid C or S.enteritidis strains.CONCLUSION:In this experiment,the specificity ofnucleotide sequence could be found in flagellin C centralvadable regions as it exists in flagellar serotypes inSalmonella.It may be helpful to developing a rapid,sensitive,accurate and PCR-based method to detectSaimonella strains with serotype H-1-d.     

贵州白纹伊蚊感染沃尔巴克氏体以及WO噬菌体的初步调查

目的了解贵州白纹伊蚊种群中沃尔巴克氏体(Wolbachia)以及WO噬菌体的感染情况。方法于2017年在贵州省贵阳市、都匀市、铜仁市、凯里市、遵义市、兴义市、贵安新区、毕节市采用勺舀法采集白纹伊蚊幼虫标本,实验室饲养至成蚊。提取雌蚊基因组DNA,PCR扩增沃尔巴克氏体表面蛋白基因(Wolbachia surface protein,wsp)和WO噬菌体衣壳蛋白的核糖体S7基因(Ribosomal S7 gene,orf7)。分别从8个地区的阳性检测标本中随机选取10个样品进行测序,使用DNAStar 7.0软件分析基因的基本特征;采用MEGA 4.0软件对所获基因序列进行分析比对,并构建系统进化树;采用SPSS 20.0软件对WO噬菌体侵染wAlbA、wAlbB株沃尔巴克氏体的检测结果进行关联性分析。结果贵州省8个地区的白纹伊蚊wAlbA和wAlbB株沃尔巴克氏体超感染率为84.30%(322/382),wAlbA株、wAlbB株沃尔巴克氏体单感染率分别为4.97%(19/382)和3.66%(14/382),WO噬菌体的感染率为76.44%(292/382)。通过测序获得沃尔巴克氏体的wsp序列,其中wAlbA株(379 bp)80条,wAlbB株(501 bp)78条;获得WO噬菌体的orf7序列(263 bp)73条。比对分析显示贵州省8个地区获得所有wAlbA株、wAlbB株的wsp序列、orf7序列的同源性均为100%。确切概率法分析WO噬菌体侵染与wAlbA和wAlbB株沃尔巴克氏体超感染有关联性(P<0.05)。结论贵州白纹伊蚊种群普遍感染WO噬菌体和沃尔巴克氏体,且以超感染wAlbA和wAlbB株沃尔巴克氏体为主。WO噬菌体主要侵染的对象是超感染wAlbA和wAlbB株的沃尔巴克氏体。