2014-2019年阜阳市食品和病人分离单增李斯特菌的分子特征分析

目的 比较分析阜阳市食品和病人分离单增李斯特菌的毒力基因、分子型别,建立阜阳市单增李斯特菌分子特征信息数据库,为防控单增李斯特菌病提供科学依据。方法 对阜阳市2014-2019年分离自食品和病人的55株单增李斯特菌,用聚合酶链反应(PCR)检测其毒力基因prfA、plcB、hly、actA、iap、inlA;用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术进行分子分型及同源性分析;用多位点序列分型(MLST)技术进行分子分型和聚类分析。结果 55株单增李斯特菌全部携带prfA、plcB、hly、actA、iap、inlA基因;PFGE将其分为21个带型,相似度60.3%~100%;MLST将其分为14个ST型,ST9型为优势型别;3株病人分离菌株的PFGE带型和ST型互不相同,其中2株病人来源菌株分别与食品分离株具有相同PFGE带型和ST型。结论 阜阳市食品和病人中分离的单增李斯特菌均携带6个毒力基因,食品分离菌株的分子型别呈现出多样性,其中存在同型别单增李斯特菌持续性污染现象,病人分离菌株具有与食品来源菌株相同的PFGE带型和ST型,提示食源性感染的风险较高。     

攀枝花市首例食源感染菌血症病例中分离的乌撒拉茂沙门菌的生物学特征

目的 研究四川省攀枝花市首次报道自临床食源性感染的菌血症患者血液检出的乌撒拉茂沙门菌的生物表型和流行病特征。方法 通过菌株的生化、血清型、耐药型、基因型和分子型特征,及患者临床病史进行回顾性流行病学调查和分析。结果 本次源于食源暴露的血流感染病例的病原菌鉴定为乌撒拉茂沙门菌,经同行验证和国内沙门菌血清型数据库比对确认为国内首次报道的人源感染性血清型,该菌株与数据库中1株水源乌撒拉茂的耐药、毒力和分子分型特征有明显差异,人源菌株的抗生素耐药性低而毒力强,水源株虽是多重耐药菌(MDR)但毒力弱,分子型聚类提示克隆间相似度较低。结论 在我国不同地区发现的罕见沙门菌乌撒拉茂血清型受生态环境影响形成各自的毒力、耐药、分子克隆特征。     

成都市人源沙门菌基因组特征分析

目的 基于全基因组测序技术,探究成都市人源沙门菌的基因组特征, 为监测与预防沙门菌感染提供资料。方法 收集35株成都市人源沙门菌(分离自腹泻患者粪便)进行全基因组测序。根据测序数据,进行血清型预测、耐药基因及可移动遗传元件预测、毒力因子注释及分布分析。结果 35株沙门菌分离株经全基因组测序,共预测到5种血清型,包括15株I 4,[5],12:i:-沙门菌(13株为ST34、2株为新ST型)、12株鼠伤寒沙门菌(ST19)、5株肠炎沙门菌(ST11)、2株德比沙门菌(ST40)与1株火鸡沙门菌(ST463)。35株沙门菌分离株共预测到10类42种不同的耐药基因,其中氨基糖苷类aac(6')-Iaa携带率为100%(35/35)。I 4,[5],12:i:-沙门菌的耐药基因、质粒及插入序列数目及种类多于其他血清型菌株。I 4,[5],12:i:-、鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌的毒力因子数目大于其他血清型菌株。部分鼠伤寒沙门菌有更高的毒力质粒、质粒编码菌毛和血清抗性毒力因子分布。结论 成都市人源沙门菌不同血清型菌株之间耐药基因、可移动遗传元件、毒力因子分布差异明显,值得在转录组、蛋白组进一步探究其耐药与毒力机制。     

2011-2013年河南省鼠伤寒沙门菌耐药与分子分型研究

目的 分析2011-2013年河南省鼠伤寒沙门菌临床分离株的耐药状况与脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型带型,为以鼠伤寒沙门菌为代表的食源性疾病暴发预警、调查、溯源及公共卫生意义上的抗生素使用策略提供基线与参考数据。方法 根据国际PulseNet 细菌性传染病分子分型监测网络公布的沙门菌PFGE分型技术与美国临床与实验室标准协会(CLSI)沙门菌K-B法药敏测试方案,对2011-2013年分离自我省5个哨点医院的72株鼠伤寒沙门菌进行13种抗生素的药敏测试与PFGE分子分型分析。结果 72株沙门菌对8类13种抗生素均有不同程度的耐药,有65株为多重耐药菌株(90.3%),其中耐3~5种的为6株(8.3%),耐6~8种的为34株(47.2%),耐9~10种的为10株(13.9%)。72株鼠伤寒沙门菌经Xba Ⅰ酶切与脉冲场凝胶电泳后,获得45种带型,每种带型包含菌株数1~9株不等,相似度区间为65.6%~100%。结论 河南省临床分离的鼠伤寒沙门菌耐药状况普遍比较严重,PFGE带型呈现出多样性的同时又具有较显著的优势带型特点,部分带型与其对应的耐药谱具有一定的关联性与相同的聚集性。     

北京市市售生禽肉及社区居民冰箱耶尔森菌污染状况及分子特征研究

目的 了解北京市市售生禽肉及社区居民冰箱中耶尔森菌污染状况、生物型、血清型、毒力基因携带情况、抗生素敏感性以及分子特征。方法 分批采集北京市区超市和农贸市场冷冻冷藏生禽肉60件和同期社区居民冰箱涂抹60件,进行耶尔森菌病原学检测。对分离菌株进行生物分型、血清凝集、PCR毒力基因检测、抗生素敏感性、PFGE分子分型等研究。结果 生禽肉和居民冰箱耶尔森菌检出率分别为21.67%(13/60)和6.67%(4/60)。17株耶尔森菌对氯霉素、环丙沙星等10种抗生素100%敏感,对头孢唑林、氨苄西林耐药率较高,分别为76.47%(13/17)、52.94%(9/17)。2株小肠结肠炎耶尔森菌对11种抗生素耐药。除2株中间耶尔森菌不能被NotI酶切外,其他15株耶尔森菌得到14种PFGE带型,相似度为0~100%。结论 耶尔森菌是北京市市售生禽肉及社区居民冰箱潜在污染源,对头孢唑林、氨苄西林耐药率较高,PFGE带型多态性分布。     

杭州地区相同分子型别的单核细胞增生李斯特菌临床和食品分离株基因组分析

目的 研究杭州地区分子型别相同的临床和食品来源单核细胞增生李斯特菌在基因组水平的分子差异及进化关系。方法 利用高通量基因组测序和生物信息学分析方法对脉冲场凝胶电泳(Pulse-field gel electrophoresis,PFGE)型别一致的1株临床来源和6株食品来源的ST8型菌株进行基因组共线性、ncRNAs分布和毒力基因携带分析。联合NCBI Assembly数据库中ST8型菌株基因组,构建基于全基因组SNPs位点的进化树,进行溯源分析。结果 杭州地区临床和食品来源的菌株基因组共线性一致。菌株在毒力基因lmo0036和lmo2396的序列和rli48, rli62和rliG分子,质粒pLmA144的分布存在差异。基因组SNPs进化树显示ST8型菌株呈现高度同源。食品分离株中12-004与临床株12-103的进化上最接近,只有16个SNPs差异。结论 杭州市场近年肉类食品中存在遗传进化高度相似的一群ST8型单核细胞增生李斯特菌。杭州单核细胞增生李斯特菌临床分离株感染可能来自这群菌株。     

温州市食源性小肠结肠炎耶尔森氏菌毒力基因分布及遗传多样性研究

目的 了解温州市食源性小肠结肠炎耶尔森氏菌的毒力基因分布及遗传多样性特征。方法 对温州市食品及食源性疾病腹泻病人中分离得到的小肠结肠炎耶尔森氏菌进行生物型、血清型和耐药性分析,并基于全基因组测序进行菌株的毒力基因、多位点序列分型(MLST)、核心基因组多位点序列分型(cgMLST)分析。结果 71株食源性小肠结肠炎耶尔森氏菌,94.4%(67/71)的分离株为生物1A型,生物血清型以1A/O∶5占比最高(29.6%,21/71)。分离株对14种抗菌药物的敏感率达到95.8%以上。共获得了16种126个毒力基因,其中2株菌株携带pYV质粒和染色体相关毒力基因。分离株以ST3型最常见(31.6%,12/38),cgMLST分析显示除具有相同ST型的菌株外,菌株无明显基因型簇形成。结论 温州市食源性小肠结肠炎耶尔森氏菌存在致病性菌株,菌株呈高度遗传多态性,需加强此类菌株的监测,以预防其引起食源性疾病的暴发。     

兰州地区腹泻患儿沙门菌耐药性与分子分型分析

目的 了解兰州地区腹泻患儿沙门菌的血清型分布特征,耐药状况及分子分型特征,为儿童沙门菌感染的防治提供依据。方法 2018-2020年收集兰州地区哨点医院腹泻患儿粪便标本中分离的149株沙门菌菌株进行血清学分型、药物敏感试验和脉冲场电泳分型。结果 腹泻患儿感染沙门菌以夏秋季为主,1~3岁幼儿居多,占59.73%。149株沙门菌分为33个血清型,其中肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌为优势血清型,分别占30.87%和28.19%。沙门菌对氨苄西林耐药率最高为79.87%,多重耐药率为78.52%,其中鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌多重耐药率分别为80.95%、76.09%。经PFGE分子分型将肠炎沙门菌分为20个带型,包含2株及以上的带型有6种;鼠伤寒沙门菌分为30个带型,ST1带型包含2株菌。结论 兰州市腹泻患儿中沙门菌以非伤寒沙门菌为主,耐药率呈上升趋势,多重耐药严重,肠炎沙门菌PFGE分型同源性较高,鼠伤寒沙门菌带型呈多样性分布。     

1例猪链球菌5型感染者分离菌的病原学诊断、分型及相关基因的检测

目的 对来自人感染猪链球菌患者血培养的分离株进行病原学分离鉴定,了解该菌株分子生物学特征,提供分子流行病原学依据。方法 通过常规分离培养、生化鉴定、质谱检测分析、病原诊断基因及相关毒力基因检测和多位点序列分型技术(multi locus sequence typing,MLST)分析。结果 菌株为猪链球菌血清型5型,毒力基因携带模式为mrp+/ef-/sly+/gdh+/gapdh+/fbps-/orf2- ,MLST分型为ST373,该分离株对氯霉素和四环素耐药。结论 猪链球菌血清型5型也可以引起人感染,可通过相关的分离培养鉴定以及相关的病原学基因进行快速诊断和流行病学研究。     

山东地区屠宰场猪肉污染沙门氏菌菌株毒力基因筛查与ERIC-PCR分型

目的 了解生猪屠宰加工过程中沙门氏菌的污染状况、分离菌株的毒力基因携带情况及其溯源性追踪。方法 应用液相芯片法对分离沙门氏菌进行血清分型,并对分离菌株进行毒力基因筛查,通过基因间重复序列为引物的聚合酶链式反应(ERIC—PCR)分型技术对代表性沙门氏菌分离株进行基因分型,并用NTSYS-pc2.10软件进行聚类分析。结果 1 480份样品共得到298株沙门氏菌菌株,分离率为20.14%;98.32%的分离菌株携带肠毒素stn基因;96%以上的分离菌株携带毒力岛SPI1、SPI5核心蛋白基因mogA、araB以及菌毛基因;选择实验的沙门氏菌遗传相似性在70%~100%之间,共分为 9个基因型。结论 山东地区屠宰环节猪肉中分离沙门氏菌携带多种耐药基因和毒力基因,德尔卑、鼠伤寒沙门氏菌占试验菌株的45.97%。     

徐州市7株猪链球菌病原学分析及分子分型研究

目的 对2020-2022年徐州市3起人感染猪链球菌疫情中分离到的7株猪链球菌进行鉴定和分型,了解本地区猪链球菌的病原学特征和流行特点。方法 采集与病例相关猪的鼻拭子和外环境等标本进行猪链球菌分离,采用飞行质谱和VITEK-2 Compact等微生物鉴定系统进行鉴定,对分离到的猪链球菌进行血清型、毒力基因的检测,并通过多位点序列分型(MLST)和脉冲场凝胶电泳(PFGE)等方法进行分子分型和溯源分析。结果 6株猪链球菌为血清2型,其中2021年人源(1株)与猪源(3株)猪链球菌荚膜多糖基因(cps2J)、溶菌酶释放蛋白基因(mrp)、细胞外蛋白因子基因(ef)和溶血素基因(sly)检测均为阳性,多位点序列分型结果为ST7型,PFGE同源性为100%,推断人可能因宰杀带菌猪时通过破损的伤口而感染;2020年和2022年临床分离株mrp基因缺失,多位点序列分型结果为ST1型。2022年外环境分离菌株不携带4种所检测的毒力基因,非数据库中已知ST型别。结论 本地区分离到的猪链球菌株携带多种毒力基因,致病菌株主要为血清2型,ST1和ST7型。     

碳青霉烯类抗生素耐药肺炎克雷伯菌耐药基因分布和分子分型

目的 探讨碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌的耐药基因分布及分子分型特征。方法 收集38株临床分离的肺炎克雷伯菌,采用肉汤稀释法药敏实验、改良Hodge试验、PCR电泳、脉冲场凝胶电泳分型及多位点序列分型测定其耐药性、耐药基因型及分子型别。结果 对碳青霉烯类药物亚胺培南、美罗培南、厄他培南耐药率分别为18.42%(7/38)、28.95%(11/38)、34.21%(13/38),其中有7株(18.42%)同时耐3种药物。对阿米卡星、左氧氟沙星、四环素、呋喃妥因、甲氨苄啶/磺胺甲恶唑、庆大霉素耐药率为23.68%~44.74%,阿莫西林/克拉维酸、头孢唑啉、头孢他啶、头孢曲松、头孢吡肟、氨曲南、环丙沙星耐药率均大于52.63%,氨苄西林、哌拉西林耐药率100%。有11 株肺炎克雷伯菌碳青霉烯酶表型检测为阳性,占28.95%(11/38),其中5株携带bla_KPC基因,均为KPC-2型;4株携带bla_NDM基因,均为NDM-1型。9株携带bla_KPC或bla_NDM耐药基因的菌株同源性分析显示有8种不同PFGE带型,5种MLST 型别(ST型)。5种ST型为ST11、ST15、ST395、ST1031、ST1412,其中以ST11为主。结论 肺炎克雷伯菌耐药及多重耐药现象严重,肺炎克雷伯菌耐碳青霉烯类药物的主要的原因是携带KPC-2或者NDM-1基因,菌株基因型多态性大,提示病例之间不存在关联性。     

广东省猪链球菌2型菌株毒力基因及分子分型分析

目的 掌握广东地区猪链球菌2型菌株毒力因子及分子分型情况,为诊断、治疗和制定防控措施提供科学依据。方法 选取荚膜多糖(cps2J)、溶菌酶释放蛋白(mrp)、溶血素(sly)、谷氨酸脱氢酶(gdh)、胞外因子(ef)等5个猪链球菌2 型主要毒力基因,分别设计引物对分离自病人、病猪的22株猪链球菌2 型菌株进行PCR检测,并对菌株进行MLST分型分析。结果 22株菌分为5种毒力基因型,其中cps2J+/mrp+/sly+/gdh+/ef+型别为病人及病猪菌株所共有,cps2J+/mrp+/sly-/gdh-/ef+、cps2J+/mrp+/sly-/gdh+/ef+为病人菌株所特有,cps2J+/mrp-/sly+/gdh+/ef+、cps2J+/mrp-/sly-/gdh+/ef-为病猪菌株所特有;MLST分型结果显示,22株分为ST1、ST7和ST28三个型别,其中ST1、ST7型为病人和病猪菌株所共有,均同属于ST1克隆复合物,ST28型为病猪所特有。结论 广东地区病人、病猪的猪链球菌2 型菌株毒力基因型及MLST分子分型均呈现多样化,且部分型别为两者所共有,为阐明猪传染给人提供了直接的证据。     

河南省26例甲型副伤寒沙门菌聚集性病例的病原学研究及溯源分析

目的 分析2015年3-7月份河南省登封市分离自临床诊断为副伤寒聚集性病例的甲型副伤寒(S.Paratyphi A)沙门菌病原学特征及分子流行病学关联。方法 采集副伤寒病例患者的静脉血8~10 mL,双相血培养瓶37 ℃培养4~7 d,沙门菌科玛嘉选择性培养基分离培养,系统生化鉴定,丹麦SSI分型血清进行沙门菌O抗原及H1/2相鞭毛诱导血清凝集试验。根据PulseNet China病原体分子分型网络实验室公布的沙门菌脉冲场凝胶电泳(PFGE)操作指南与美国临床实验室标准化协会(CLSI)沙门菌K-B法药敏测试方案对其进行XbaI/BlnI双酶切PFGE分子分型与聚类分析及8类13种抗生素药敏测试。结果 从29例病人血培养物中共分离到26株甲型副伤寒沙门菌,其经XbaI与BlnI限制性双酶切和PFGE电泳后带型完全一致(PTYA1);药敏测试结果显示24株甲型副伤寒沙门菌耐药表型一致。结论 病原学诊断及PFGE分子分型结果证实了26例甲型副伤寒沙门菌感染病例间可能存在高度的聚集性与分子流行病学关联,为进一步的追踪溯源和调查取证提供了技术支撑。     

杭州地区单核细胞增生李斯特菌食品分离株分子型别研究

目的研究杭州地区单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes)食品分离株的分子分型情况,了解当地流行株的型别特征。方法用脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点序列分型(MLST)的方法对单核细胞增生李斯特菌进行分子分型。PFGE结果进行聚类分析,并绘制MLST数据的最小生成树。结果 6个血清型组成的133株杭州食品分离株共获得19个MLST型别,并发现1个新的ST型ST767。ST9和ST121是数量最多的型别。用AscI和ApaI酶切分别获得33和45个PFGE带型。结论杭州地区单核细胞增生李斯特菌食品分离株分子型别分布广泛,大部分菌株是可引起人李斯特菌病的Lineage I和Lineage II菌株。食品中单核细胞增生李斯特菌的污染比较严重,应加强监测与管理以防食源性疾病的发生。     

一起由空肠弯曲菌所致食源性疾病暴发事件的流行病学及病原学溯源分析

目的 对一起空肠弯曲菌所致的食源性疾病暴发事件进行流行病学及溯源分析。方法 对突发事件进行现场流行病学调查,采集粪便样本、环境涂抹样本、食品样本等进行快速PCR检测和病原菌分离。对分离菌株进行PFGE分子分型和全基因组测序分析,并进行药敏试验。结果 从7份病例样本和2份环境涂抹样本中分离出空肠弯曲菌。PFGE分析和cgMLST聚类结果表明其中3份病例样本和环境涂抹样本(蒸柜容器把手涂抹)分离的菌株克隆聚集成簇,ST型别为ST11105;另2份病例样本和环境涂抹样本(刀具砧板涂抹)分离的菌株属同一克隆株,ST型别为ST2031。还有2份病例样本分离的菌株ST型为ST11106和ST7533。药敏结果表明,分离株对四环素类和喹诺酮类耐药率较高,分别为77.8%、55.6%。基因组测序结果发现最多的耐药基因为bla_OXA-193,gyrA、tet(O),其中gyrA基因86位点发生T-I突变。分离株共获得168个毒力基因,涉及多种致病机理。结论 采用快速PCR法、PFGE分子分型技术、全基因组测序技术等可对突发事件进行快速、准确的溯源分析。     

云南省非O1/O139群霍乱弧菌分子特征分析

目的非O1/O139群霍乱弧菌能够引起人类急性腹泻性疾病,但与O1群和O139群相比,人们往往容易忽视其危害性。因此,我们对分离于云南省的31株非O1/O139群霍乱弧菌开展了分子特征分析。方法采用纸片法(K-B)开展抗生素敏感试验;多聚酶链反应(PCR)扩增检测毒力基因;同时,我们对菌株进行了脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点序列分析(MLST)分子分型研究。结果药敏实验结果显示,67.74%的菌株对利福平耐药,对萘啶酸和复方新诺明的耐药率为29.03%,所有的菌株对庆大霉素和环丙沙星敏感;PCR结果显示,所有菌株的ompW基因为阳性,87.10%的菌株hly基因为阳性,25.81%的菌株rstREl tor为阳性,16.13%的菌株rstRClassical和tcpAEl tor为阳性,而CT、rfbO1和rfbO139基因全为阴性;PFGE结果显示,31株非O1/O139群霍乱弧菌呈现出高度的离散趋势,几乎没有相同带型的菌株出现;在MLST结果分析中,发现了1个gyrB新的等位基因,mdh基因发现了4个新的等位基因,metE基因发现了6个新的等位基因,pntA中发现了2个新的等位基因,purM中发现了3个新等位基因,pyrC中发现了4个新等位基因。经过排列组合后,共发现了17个新的霍乱弧菌ST型别(ST273-ST289)。结论非O1/O139群霍乱弧菌呈现出高度的多样性特征,同时,云南省的非O1/O139群霍乱弧菌具有一定的地域特点,丰富了现有的霍乱弧菌分子分型数据库。     

A cross-border outbreak of Salmonella Bareilly cases confirmed by whole genome sequencing,Czech Republic and Slovakia, 2017 to 2018

In August 2017, an increased incidence of Salmonella Bareilly was detected in the Czech Republic. An investigation was conducted with Slovakia to confirm the outbreak and identify the source. Probable outbreak cases were defined as cases with laboratory-confirmed S. Bareilly reported in either of the national surveillance systems, and/or the Czech and Slovak National Reference Laboratory databases from July 2017. Confirmed cases had the pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) outbreak pulsotype or up to 5 alleles difference from outbreak cluster members by core genome multilocus sequence typing (cgMLST). PFGE and whole genome sequencing were used for isolate comparison. The same trawling questionnaire was used in both countries. By the end of October 2018, 325 cases were identified. Among 88 human S. Bareilly isolates analysed by PFGE, 82 (93%) shared an identical pulsotype; cgMLST of 17 S. Bareilly human isolates showed 1–2 allele difference. The trawling questionnaire excluded consumption of unusual or imported foods. In September 2018, an isolate closely related to the outbreak isolates was identified in a powdered egg product. A spray dryer was recognised as the contamination source and the production plant was closed. Using molecular typing methods, we detected a diffuse cross-border outbreak caused by S. Bareilly.