我国羊种3型布鲁氏菌的多位点序列分型研究

目的对2004-2009年从病人标本中分离的羊种3型布鲁氏菌进行遗传多态性分析,了解菌株的遗传特征及遗传进化关系。方法采用多位点序列分型（Multiple locus sequence typing,MLST）技术,对47株布鲁氏菌菌株的7个管家基因、1个外膜蛋白基因及1个基因间区的序列进行测定,将各个基因的序列与标准菌株的等位基因型进行比对,确定其等位基因谱型及菌株序列型（STS）,分析与其它ST型间的遗传关系。结果 47株布鲁氏菌中,19株omp25基因与目前已有的等位基因型不同,被定义为1个新的等位基因型,即ST28。其余28株与已知的ST8型的各等位基因型一致。结论我国流行的羊种布鲁氏菌主要是羊3型菌株,国内的菌株与国外菌株遗传背景上有差异。MLST分型可以作为研究布鲁氏菌进化关系的重要手段之一。     

贵州省一起布鲁氏菌病聚集性疫情的病原学调查与分子流行病学分析北大核心CSCD

目的对2021年贵州省一起疑似布鲁氏菌病聚集性疫情开展病原学调查和分子流行病学分析。方法采用血培养法从疑似感染布鲁氏菌病的患者和病羊的血液分离布鲁氏菌,分别运用BCSP31-PCR和AMOS-PCR对疑似菌株进行布鲁氏菌属及种/型的鉴定,应用多位点可变数目串联重复序列(MLVA-16)分析技术对其进行分子分型,将MLVA分型结果与近年来贵州省及国内各地布鲁氏菌代表株进行聚类分析,了解菌株间的聚类关系。结果从16份疑似患者全血标本分离出5株疑似布鲁氏菌,从19份疑似病羊全血标分离出1株疑似布鲁氏菌,BCSP31-PCR将6株疑似菌均鉴定为布鲁氏菌属细菌,AMOS-PCR其均鉴定为羊种布鲁氏菌。MLVA-16分析显示6株疫情菌株被分为3种MLVA型,其中来自患者的分离株GZ-QN 1、GZ-QN 4及GZ-QN 6共享MLVA型1(1-5-3-13-2-2-3-2-4-20-8-7-4-3-4-6),来自1患者分离株GZ-QN 8与来自1病羊分离株株GZ-QN A691共享MLVA型2(1-5-3-13-2-2-3-2-4-20-8-8-4-3-6-6),来自1患者分离株GZ-QN 14为独立的MLVA型3(1-5-3-13-2-2-3-2-4-20-8-8-4-3-7-6)。基于MLVA-16分型数据聚类显示,引起贵州省本起疫情的布鲁氏菌与羊种生物3型菌株聚类较近,且与来自福建、新疆的布鲁氏菌聚在同一小分支。结论引起本起疫情病原体为的羊种布鲁氏菌且具有MLVA型别多样性,可能为与福建、新疆等地的羊种布鲁氏菌菌株具有关联的输入性感染引起的聚集性疫情。     

贵州省2株牛种布鲁氏菌分子流行病学特征分析

目的 分析贵州省牛种布鲁氏菌分子流行病学特征,为牛种布鲁氏菌病疫情的防控提供科学依据。方法 采用BCSP31-PCR及AMOS-PCR技术对经传统方法鉴定为牛种布鲁氏菌的2株分离株进行属/种复核,采用基于布鲁氏菌rpoB基因的单核苷酸多态性分析了解其rpoB基因型,采用MLVA-16技术进行MLVA分型,了解其与国内牛种布鲁氏菌的聚类关系,采用MLST技术分析其序列型及其与国内菌株间的遗传进化关系。结果 2株分离株经BCSP31-PCR和AMOS-PCR技术被鉴定为布鲁氏菌属细菌,未能明确其具体种型;其rpoB基因型相同;MLVA分型与新疆牛种布鲁氏菌共享同一MLVA-16型(4-5-3-12-2-2-3-1-6-43-8-5-5-5-3-3); MLST分析鉴定2株菌均为ST2型,最小间距图显示2株菌与布鲁氏菌属内的牛种布鲁氏菌遗传距离最近,属同一个遗传复合体。结论 贵州省2株牛种布鲁氏菌分离株间的遗传距离近,与新疆牛种3型布鲁氏菌为同一MLVA型,提示分离株引起的感染可能为外省输入。     

甘肃省鼠疫耶尔森菌多位点可变数目串联重复序列基因分型及地区分布

目的 采用多位点可变数目串联重复序列(MLVA)对甘肃省鼠疫耶尔森菌(鼠疫菌)进行基因分型,探讨甘肃省鼠疫菌地区分布特征。方法 选取1962-2014年间甘肃省各市县(区)不同生态型的鼠疫菌198株,培养并提取基因组DNA。采用14+12对引物进行PCR扩增,产物进行测序,确定每对引物串联重复序列(VNTR)位点的拷贝数。应用BioNumerics 5.10软件对菌株的VNTR位点拷贝数进行聚类分析。结果 甘肃省鼠疫菌分为10个群,群内的菌株依据分离地点继续细化为5-28个分支。10个群分别为:阿拉善黄鼠疫源地菌株聚为1个群;甘南高原疫源地菌株聚成1个群;阿克塞县菌株分成2个群,为当金山群和加尔乌宗村群;肃北县菌株分为3个群,为马场群、党城湾镇群和鱼儿红群;玉门市菌株聚集在肃北县鱼儿红群内;肃南县菌株分为3个群,为大河乡群、马蹄乡群和康乐乡群。结论 MLVA可以清晰地区分甘肃省不同鼠疫疫源地的菌株,将疫源地内菌株继续细分为不同分支,直至精确的分离地点。MLVA分型方法可用于鼠疫菌株的溯源分析。     

福建省布鲁氏菌分离株的分子生物学鉴定

目的利用分子生物学方法鉴定福建省布鲁氏菌分离株。方法对布鲁氏菌分离株进行AMOS-PCR和MLVA分型。结果3株福建省分离株经AMOS-PCR鉴定为羊种,与传统生物学分型一致;MLVA分型将其分为3个基因型,聚类分析鉴定为羊种。结论AMOS-PCR、MLVA分型可以作为我省布鲁氏菌分离株鉴定的辅助手段。     

内蒙古布鲁氏菌临床分离株多位点序列分型研究

目的探讨临床分离布鲁氏菌的种群结构和遗传进化特征。方法布鲁氏菌标准参考菌株羊种16M,牛种544A和猪种1 330 S作为对照菌株,采用多位点序列分型(Multiple locus sequence typing,MLST)方法对内蒙古地区分离的116株羊种布鲁氏菌进行分析,确定待测菌株的序列型(STs),用软件BioNumerics(Version 5.0)构建菌株的最小生成树。结果116株羊种布鲁氏菌全部为ST8型,9个MLST位点的变异完全相同,分离株种群结构单一;羊种菌的生物型与ST型无明显关联,ST8型菌系该地区的主要流行菌种,并与内蒙古地区先前分离羊种布鲁氏菌进化程度相同,且有密切的亲缘关系。结论羊种布鲁氏菌的序列分型(ST)与常规生物分型存在差异,ST8型菌可能具有较强的环境适应性和致病性。MLST是一种较好的羊布鲁氏菌种群和进化关系研究方法,但更适合于具有较大时间跨度和地理分布菌株间的流行病学调查。     

利用多重聚合酶链反应和多色毛细管电泳分析布氏菌多位点可变数目串联重复序列

目的 传统的布鲁氏菌多点可变数目串联重复序列分析方法涉及16个位点(MLVA-16),包括单重聚合酶链反应和琼脂糖凝胶电泳,一直以来都作为标准的基因分型方法,用于布病的病原监测和流行病学调查。然而,目前这种传统方法工作量较大,实验室间结果不宜比较;尤其是对大规模菌株进行基因分型或面临突发疫情时,急需一种高通量且快速的方法。方法 用多重PCR和多色毛细管电泳方法建立一种可靠的,高通量的且自动化程度较高的MLVA-16改良分型系统,用82株菌进行测试。结果 这种改良的MLVA-16分型系统具有很高的准确性,且具有快速和高通量的特点。结论 改良的MLVA-16分型系统可用于基层布病实验室,为布病的病原监测提供高效的工具。     

2018年江苏省人感染布鲁氏菌分离株分子特征分析

目的 掌握江苏省2018年人感染布鲁氏菌主要流行株的种型和基因型。方法 运用普通PCR及AMOS多重PCR确认分离株的生物种型;采用多位点序列分型(Multilocus sequence analysis, MLSA)和多位点串联重复序列分析(Multiple-locus variable number tandem repeat analysis, MLVA)鉴定基因型,并与国内外流行株进行聚类分析。结果 2018年共分离到56株布鲁氏菌,MLSA分型显示一株菌为猪种布鲁氏菌ST (Sequence type)17型,其他均为羊种布鲁氏菌ST8型。MLVA将56株菌分为47个基因亚型(46个羊种,1个猪种),聚类显示羊种布鲁氏菌全部为“东地中海簇”。结论 2018年江苏省人感染布病主要为“东地中海簇”的ST8型羊种布鲁氏菌,并首次发现一例人感染ST17型猪种布鲁氏菌。     

陕西分离株结核分枝杆菌可变数目串联重复序列基因分型研究

目的初步探讨陕西分离株结核分枝杆菌可变数目串联重复序列(VNTR)分型及分布特征,为结核病的防控提供参考。方法 2016年1-12月在陕西省10个市(地)连续收集肺结核患者的痰标本,常规培养后进行MTB并初步鉴定。提取细菌基因组DNA,采用聚合酶反应(PCR)对15个VNTR位点进行检测,采用Bio-Numerics5.0软件进行基因型聚类分析。结果经初步鉴定共分离出300株MBT,基因聚类分析将全部菌株分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ4个基因群,分别占10.00%(30/300)、4.00%(12/300)、85.67%(257/300)和0.33%(1/300);共含281个基因型,其中267株为单一基因型菌株,余33株分为14簇。11个VNTR位点对不同MTB菌株具有较强的分辨能力,其中MIRU26、QUB11b、Mtub04、Mtub21位点的多态性较好,Qub26、MIRU10、Mtub39、MIRU31、Qub4156、ETRA、MIRU40位点的多态性尚可,Mtub30、ETRC、MIRU4、MIRU16位点的多态性较差。结论陕西分离株结核分枝杆菌存在基因多态性,其主要流行型为Ⅲ型。     

陕西省布鲁氏菌菌株多位点序列分析研究

目的 对陕西省分离的77株布鲁氏菌菌株进行遗传多态性分析,了解其遗传特征及进化关系.方法 应用多位点序列分型(Multiple locus sequence typing,MLST)技术,测定77株陕西省地区布鲁氏菌分离株的7个管家基因、1个外膜蛋白基因及1个基因间区的序列,确定各菌株序列型(STs),运用BioNum...     

贵州省两株山羊源羊种布鲁菌MLST分析

目的了解贵州省2010年分离自山羊的两株羊种布鲁菌的等位基因序列型(Sequence type, ST)及遗传学特征,为动物间和人间布病疫情的预防和控制提供科学依据。方法应用布鲁菌属特异性PCR(BCSP31-PCR)和种/型特异性PCR(AMOS-PCR)对2010年分离自山羊的两株布鲁菌进行鉴定,采用多位点序列分型(Multiple locus sequence typing, MLST)技术对两株布鲁菌菌株的7个管家基因、1个外膜蛋白基因及1个基因间区的序列进行测定,将各个基因的序列与参考菌株的等位基因型进行比对,确定其等位基因谱及序列型(STs),分析与两株菌ST型与各种型布鲁菌代表菌株的遗传进化关系。结果来自贵州省山羊的两株布鲁菌株经BCSP31-PCR鉴定为布鲁菌属细菌,AMOS-PCR将其鉴定为羊种布鲁菌。MLST分析显示,两株菌的9个等位基因序列型为ST8型,与同属羊种布鲁菌的ST7、ST9~ST12、ST34和ST35遗传关系最近。结论贵州省2010年分离的2株布鲁菌分离株均为ST8型布鲁菌,与同属羊种布鲁菌的ST型遗传关系最近,结果为贵州省人间和动物间布病疫情的预防和控制提供了科学依据。     

Molecular characteristics of Brucella melitensis isolates from humans in Qinghai Province,China

Background::The prevalence of human brucellosis in Qinghai Province of China has been increasing rapidly, with confirmed cases distributed across 31 counties. H...     

Spoligotyping和MLVA用于71株浙江省结核分枝杆菌临床分离株基因分型的初步研究

目的初步探讨寡核苷酸分型(Spoligotyping)和多位点数目可变串联重复序列分析(MLVA)用于浙江省结核分枝杆菌临床分离菌株的分型,以初步了解浙江省结核分枝杆菌的基因型特征。方法随机选取浙江省结核分枝杆菌临床分离菌株,常规培养,收集菌体,提取基因组DNA。采用聚合酶链反应(PCR)扩增整个DR区进行Spoligotyping分型,同时分别扩增15个VNTR位点进行MLVA分型。聚类分析采用BioNumerics软件。统计学分析采用卡方检验。结果对70株菌进行了基因分型,Spoligotyping结果显示,可分为2个基因群,即北京家族(Beijingfamily)和非北京家族(Non-Beijingfamily),分别占70和30,49株北京家族菌株中,89.8为典型北京家族;MLVA结果显示,可分4个基因群,分别为Ⅰ群占8.5,含5个基因型,Ⅱ群占18.3,含13个基因型,Ⅲ群占70.4,含38个基因型,Ⅳ群占2.8,含2个基因型。两种方法对菌株的基因分型结果非常吻合,Spoligotyping分型为北京家族的菌株均分布在MLVAⅢ型中,非北京家族菌株的基因多态性,分属于MLVAⅠ、Ⅱ和Ⅳ型。MLVA将70株菌分为58个基因型(含53个独特基因型),而Spoligotyping只分为18种基因型(含12个独特基因型)。结合对临床一线4种药物的耐药检测结果分析,两种方法的分型结果均显示北京家族菌株中表现为全敏感者71.4(35/49),表现为耐药者为28.6(14/49);而非北京家族菌株中表现为全敏感者为66.7,表现为耐药者为33.3,经卡方检验,两者间的差异无统计学意义(χ2=0.158,P>0.05)。结论初步证实浙江省结核分枝杆菌存在明显的基因多态性,主要流行型为北京家族。北京家族与耐药无明显相关性。MLVA株水平鉴定能力明显高于Spoligotyping,尤其是在鉴别北京家族菌株上具有明显的优势。     

贵州省部分地区结核分枝杆菌MLVA基因分型研究

目的应用多位点可变串联重复序列分析技术(MLVA)对贵州省结核分枝杆菌进行基因分型分析,为贵州省结核病防控提供科学依据。方法选取贵州省150株临床分离株结核分枝杆菌,采用水煮法提取基因组DNA,PCR扩增15个VNTR位点,统计菌株各VNTR位点的重复数目,通过遗传差异值(h)及Hunter-Gaston指数对VNTR位点进行遗传多态性及分辨力评价,采用BioNumerics 5.0软件对各菌株进行聚类关系和最小间距图(minimum spanning tree,MST)分析。结果 PCR检测结核菌株VNTR各位点呈明显多态性,以Mtub21和MIRU26多态性尤为显著,以h值分别为0.559和0.505;MIRU10和ETRB显示较低基因多态性,h值分别为0.052和0.090。聚类分析显示,150株菌株分为Ⅰ、Ⅱ、Ⅲ、Ⅳ4个基因群,其中Ⅰ群占10.67%(16/150),Ⅱ群占30.67%(46/150),Ⅲ群占40.00%(60/150),Ⅳ群占18.67%(28/150)。4个基因群呈现明显地域分布,毕节市以Ⅰ、Ⅱ群为主要流行菌株,安顺市以Ⅲ群菌株为主要流行菌株,遵义市以Ⅳ群菌株为主要流行菌株。MST分析显示,150株菌株形成3个克隆复合体(clonal complexes,CCs)及若干个独立分支(singleton),遵义、安顺、毕节分离株分别分布于不同的克隆复合体CCs。结论贵州省结核分枝杆菌存在明显的基因多态性和地域分布特性,以Ⅲ群和Ⅱ群菌株为主要流行菌株,应加强对上述两群菌株的监控。     

MLVA技术用于福建105株结核分枝杆菌基因分型的初步研究

目的探讨MLVA技术在福建省结核分枝杆菌基因分型中的应用。方法选取12个分型效果较好的VNTR基因位点。应用聚合酶链反应(PCR)和琼脂糖凝胶电泳,建立检测结核分枝杆菌DNA指纹多态性的方法,分析结核分枝杆菌DNA多态性。结果共对105株结核分枝杆菌的12个VNTR位点进行了检测,根据这些菌株的指纹多态性特征,共分为4个基因型(I型I、I型I、II型I、V型),其中Ⅰ型所占比例最大,为66.7%(70/105),Ⅱ型占20%(21/105),Ⅲ型占9.5%(10/105),Ⅳ型占3.8%(4/105)。结论结果提示福建省结核分枝杆菌的传播是以Ⅰ型菌株为主,应加强此型菌株流行的监控。     

贵州省2013年人间布鲁氏菌病病原体种/型鉴定与分析

目的对2013年贵州省人间布鲁氏菌病疑似病例进行病原学诊断与分析,为病例的确诊和疫情控制提供病原学依据。方法采用传统方法和分子生物学方法对从布鲁氏菌病疑似患者血液分离的可疑布鲁氏菌进行鉴定和分析。结果从疑似患者血液分离出可疑菌株13株,传统方法将其中的11株经鉴定为羊种生物3型布鲁氏菌,其余2株未能定种/型。布鲁氏菌属特异性PCR(BCSP31-PCR)将13株菌株鉴定为布鲁氏菌属细菌,种/型特异性PCR(AMOS-PCR)将其中的11株鉴定为羊种布鲁氏菌,其余2株未能定种/型。结论 2013年贵州省人间布鲁氏菌病病例共分离出13株布鲁氏菌,羊种生物3型布鲁氏菌为贵州省2013年人间布鲁氏菌病病原体的主要流行菌种/型,占84.6%(11/13),该研究结果为布病病例的确诊和疫情的控制提供了病原学依据。     

贵州省钩端螺旋体血清群特异性PCR鉴定结果与分析

目的 采用血清群特异性PCR技术了解贵州省近年钩端螺旋体(钩体)流行菌群,为贵州省钩体病的防控提供技术手段和科学依据。方法 采用致病性钩体特异性PCR方法(G1/G2-PCR)对来自贵州省近年的钩体分离菌株进行鉴定,进一步应用基于致病性钩体O抗原基因的血清群特异性PCR(O-PCR)对贵州省近年的58株钩体分离株进行血清群鉴定,并采用显微凝集试验(MAT)对O-PCR方法的检测结果进行验证。结果 G1/G2-PCR检测结果显示58株菌株均为致病性钩体,O-PCR将58株致病性钩体菌株鉴定为黄疸出血群,与传统的MAT法鉴定结果一致。结论 O-PCR技术可作为我省钩体快速分群鉴定可靠的实验室诊断技术手段,贵州省近年的钩体流行菌群为黄疸出血群。     

贵州省人体重要寄生虫病现状调查与分析

目的掌握贵州省重要寄生虫病流行分布现状。方法按照《全国重要人体寄生虫病现状调查实施细则》要求进行。结果土源性线虫病调查30个点15 958人,感染率为47.52%,其中蛔虫、钩虫、鞭虫、蛲虫感染率分别为42.41%、4.71%、10.77%和1.67%。绦/囊虫病调查16个点,其中问卷调查17 889人,无确诊绦虫病人;血清学检查6 669人,阳性16人,阳性率0.24%。华支睾吸虫病调查9个点5 195人,粪检虫卵阳性2人,感染率0.04%。包虫病调查2个点1041人,血清学阳性率8.26%;弓形虫病调查10个重点人群及3个点共4 933人,血清学阳性率16.81%。黑热病调查3个点1 442人,未发现患者或疑似患者,调查地亦未发现白蛉。结论与1991年全国首次人体寄生虫分布调查结果相比,贵州省人体土源性线虫感染率明显下降,但感染率水平仍较高,并存在食源性寄生虫及弓形虫等感染。