江西省致病性钩端螺旋体血清学和分子流行病学研究

目的 对2013年以来江西省致病性钩端螺旋体进行血清学、基因分型分析,以了解江西省钩端螺旋体血清学和分子流行病学特征。方法 对27株钩端螺旋体进行暗视野显微镜凝集试验确定血清群。PCR扩增16S rRNA基因、测序,确定基因种。利用MLST(multilocus sequence typing)研究进行基因分型分析,并应用BioNumerics (Version5.10)软件进行聚类分析。结果 血清群鉴定:27株菌株隶属于4个血清群,其中黄疸出血群为主要优势血清群,占59.26%,其次依次是爪哇群25.92%、澳洲群7.41%和巴达维亚群7.41%。基因种鉴定:27株菌株隶属于L. interrogans和L. borgpetersenii 2个致病性基因种,L. interrogans为江西省主要优势型别,占77.78%。MLST研究显示27株菌株隶属于5个ST型别,其中ST1为主要基因型,占59.26%。BioNumerics软件分析:27株菌株分为5个Clusters对应于5个ST型,MLST基因型别具有明显的地域性特征,而年代间变化不明显。结论 黄疸出血群为江西省主要流行血清群,L. interrogan为主要致病基因种,ST1为主要基因型,充分了解江西省钩体病血清学和分子流行病学特征将对钩体病防控和疫苗制备有一定的指导意义。     

福建省2012-2018年布鲁氏菌分离株的MLST分型

目的 探讨2012-2018年福建省布鲁氏菌分离株种群结构及遗传进化关系。方法 采用多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)对43 株布鲁氏菌分离株的9 个基因位点的序列进行测定,与标准序列比对后确定菌株ST型,通过Bionumerics 6.6软件对其进行聚类分析。结果 43 株布鲁氏菌分离株中,38 株为ST8型,5 株为ST17型。结论 福建省布鲁氏菌主要流行株为ST8型。MLST是研究布鲁氏菌遗传特征的重要方法。     

江西省2005-2015年脑膜炎奈瑟菌血清分型和分子分型分析

目的 对江西省2005-2015年分离的脑膜炎奈瑟菌(Neisseriameningitidis,Nm)进行血清分型和分子分型研究,揭示菌群特征和变迁情况。方法 对2005-2015年分离的200株脑膜炎奈瑟菌采用血清凝集的方法鉴定血清群,对引起流脑流行的血清群进行脉冲场凝胶电泳(Pulsed Field Gel Electrophoresis,PFGE)和多位点序列分型(Multilocus Sequence Typing,MLST),使用BioNumerics 软件构建最小生成树。分析不同来源、不同年份分离株的血清型和分子型别以及变迁情况。结果 200株脑膜炎奈瑟菌中,有168株可鉴定为已知血清群,包括C群(101株)、B群(50株)、A群(12株)、W135群(2株)、Y群(2株)和X群(1株),另外32株为不可分群菌株。临床病人、密切接触者和健康人群分离株中分别有100%、86.0%和28.9%的菌株为C群。针对健康人群分离株,2005年、2007年、2008年、2012年分离的菌株中,C群分别占1.9%、58.8%、81.5%和0%。95株C群菌株分为14个PFGE型,其中NMNh.JX0001和NMNh.JX0002为优势带型,分别包含46和30株菌。NMNh.JX0001型菌株在2005-2006年、2007-2008年、2013-2014年3个时间段在C群菌株中所占比例分别为97.2%、28.6%、10.0%;而NMNh.JX0002型菌株在2005-2006年、2007-2008年、2013-2014年3个时间段在C群菌株中所占比例分别为2.8%、57.1%、90.0%。挑选优势带型以及相似带型的33株菌株进行MLST分型,均为ST-4821型。结论 江西省2005-2015年的流脑病例均为C群菌株引起。在健康人群中存在C群脑膜炎奈瑟菌。虽然近10年流行的C群菌株MLST序列型未发生改变,但是PFGE型别发生了变迁,提示菌株基因组存在微进化。PFGE型别的变迁有可能导致流行模式发生改变,所以有必要开展持续监测,密切关注新型菌株在人群中的传播扩散以及引起的流脑病例。     

2021年贵州省一起人间钩端螺旋体病疫情的分子流行病学调查分析

目的 对2021年贵州省一起疑似钩端螺旋体病(钩体病)疫情开展病原学调查和分子流行病学分析,为病例的确诊和疫情防控提供科学依据。方法 对收集的疑似钩体病例全血样本进行分离培养和致病性钩体特异性PCR检测,同时采用显微镜凝集试验(MAT)对病例血清进行钩体抗体检测。采用“夹夜法”捕捉疫区鼠类宿主动物,取肾脏进行钩体分离培养,采用致病性钩体特异性PCR进行检测,进一步采用血清群特异PCR进行鉴定。应用多位点序列分析(MLST)对本起疫情菌株进行基因分型,构建聚类分析图谱,分析其与国内菌株间的遗传和进化关系。结果 3份疑似钩体病例样本经分离培养均为阴性,MAT试验分别为黄疸出血群、秋季群和爪哇群抗体阳性,经致病性钩体特异性PCR检出1例阳性。从鼠类宿主动物样本中分离出6株疑似钩体菌株,经鉴定分别为黄疸出血群(5/6)和秋季群菌株(1/6)。MLST分析显示,鼠类宿主动物携带的5株钩体为ST1型(83.33%),另1株为ST129型(16.67%)。聚类分析显示,鼠类宿主动物携带钩体与四川省、湖南省、江西省和贵州省往年菌株存在同一ST型。结论 本起疫情是由致病性钩体感染引起,优势血清群和ST型...     

福氏志贺菌PFGE和MLVA分子分型方法的应用与评价

目的 比较和评价脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)和多位点可变数目串联重复序列分析技术(MLVA)在福建地区福氏志贺菌研究中的应用。方法 运用PFGE和MLVA技术对43株分离自福建地区的福氏志贺菌进行分子分型,结合流行病学资料分析比较分型效果。结果 43株福氏志贺菌经PFGE分型后相似度在61.70%~100%之间,按照100%的相似水平可分为36个PFGE型,没有优势PFGE型别,分辨系数为0.992 2,存在4个优势簇(G1~G4);福氏志贺菌经MLVA分型后,按照100%的相似水平可分为41个MLVA型别,遗传关联度介于6.207％～100％之间,没有优势MLVA型别,分辨系数为0.997 8,得到5个优势基因群(Cluster1~5)。在最小生成树上,部分F4c与Fx亲缘关系较近,并都由F2a和F1a分支而来,表现出一定的遗传关系。结论 两种分型方法的分辨率基本一致,PFGE分型结果与流行病学背景资料及血清型别基本吻合,MLVA在分析菌株种群进化关系上更具优势。     

24株停乳链球菌似马亚种的分子鉴定和基因分型

目的 探讨停乳链球菌似马亚种(Streptococcus dysgalactiae subspecies equisimilis,SDSE)感染的临床分布特点及分子特征。方法 收集SDSE感染患者的临床资料及相应分离菌株,分离株经全自动微生物分析系统、基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术(MALDI-TOF-MS)及PCR扩增16S rRNA和链激酶前体基因等3种方-法进行鉴定。对SDSE菌株进行M蛋白基因(emm)分型和多位点序列分型(Multilocus sequence typing, MLST),并通过BioNumerics 6.6软件进行聚类分析。结果 24株停乳链球菌似马亚种主要分离自咽拭子、皮肤、血液,分别占58.33%、20.83%、8.33%;24株SDSE被分为5种emm类型,以stCNSRT2.0(n=16,66.7%)占优势,其次是stG840.0(n=3,12.5%)。通过MLST分型,共有6种ST型别,以ST44(n=17,70.8%)为主,ST605为新定义的ST型。结论 本研究中SDSE分离株具有分子多样性,ST605为首次报告的MLST型别。     

杭州地区单核细胞增生李斯特菌食品分离株分子型别研究

目的研究杭州地区单核细胞增生李斯特菌(Listeria monocytogenes)食品分离株的分子分型情况,了解当地流行株的型别特征。方法用脉冲场凝胶电泳(PFGE)和多位点序列分型(MLST)的方法对单核细胞增生李斯特菌进行分子分型。PFGE结果进行聚类分析,并绘制MLST数据的最小生成树。结果 6个血清型组成的133株杭州食品分离株共获得19个MLST型别,并发现1个新的ST型ST767。ST9和ST121是数量最多的型别。用AscI和ApaI酶切分别获得33和45个PFGE带型。结论杭州地区单核细胞增生李斯特菌食品分离株分子型别分布广泛,大部分菌株是可引起人李斯特菌病的Lineage I和Lineage II菌株。食品中单核细胞增生李斯特菌的污染比较严重,应加强监测与管理以防食源性疾病的发生。     

致病性钩端螺旋体的多位点序列分型研究

目的 通过对致病性钩端螺旋体(简称钩体)多位点序列分型(MLST)分析,了解国内与全球致病性钩体种群结构及其分子进化.方法 应用16SrRNA基因测序和MLST分析方法对不同来源、不同时期国内钩体分离菌株与国际参考菌株进行分析,并与国内7株疫苗株结果平行比较,同时收集已公开的来自不同国家和不同时期1 238株致病性钩体...     

2016-2018年江西省钩端螺旋体病鼠类动物流行病学调查与分离菌株鉴定

目的 初步了解江西省钩端螺旋体病主要宿主动物鼠类种类构成、带菌率及血清学和分子流行病学特征,为钩体病的防控提供科学依据。方法 2016-2018年选取江西省钩体病4个国家级监测点上饶、上高、上犹及浮梁县作为现场监测地点,开展鼠类种类调查、钩体分离培养工作。利用暗视野显微镜凝集试验和MLST技术对分离菌株进行血清学鉴定和MLST基因分型。结果 共计捕鼠14 387只,平均鼠密度为9.76%,分离菌株64株,鼠类钩体分离率为4.56%。鼠种构成包括黑线姬鼠、褐家鼠、黄毛鼠、黄胸鼠及社鼠5个种类。4个监测点优势鼠种均以黑线姬鼠和黄毛鼠为主。血清群鉴定结果显示:64株菌株隶属于3个血清群,其中黄疸出血群为主要优势血清群,占81.25%,其次是爪哇群和致热群。MLST研究显示:64株菌株隶属于6个ST型别,分别为ST1、ST17、ST92、ST143、ST216和ST224,其中ST1为主要基因型,占76.56%。BioNumerics软件分析显示:64株菌株隶属于6个Clusters,分别对应6个ST型,血清学、MLST基因型分布具有明显地域差异。结论 江西省以黑线姬鼠和黄毛鼠为优势鼠种,黄疸出血群和ST1为江西省钩体病主要流行型别,充分了解江西省钩体病可能的宿主动物以及血清学和分子流行病学特征,对钩体病的预防控制有一定的指导意义。     

2018年江苏省人感染布鲁氏菌分离株分子特征分析

目的 掌握江苏省2018年人感染布鲁氏菌主要流行株的种型和基因型。方法 运用普通PCR及AMOS多重PCR确认分离株的生物种型;采用多位点序列分型(Multilocus sequence analysis, MLSA)和多位点串联重复序列分析(Multiple-locus variable number tandem repeat analysis, MLVA)鉴定基因型,并与国内外流行株进行聚类分析。结果 2018年共分离到56株布鲁氏菌,MLSA分型显示一株菌为猪种布鲁氏菌ST (Sequence type)17型,其他均为羊种布鲁氏菌ST8型。MLVA将56株菌分为47个基因亚型(46个羊种,1个猪种),聚类显示羊种布鲁氏菌全部为“东地中海簇”。结论 2018年江苏省人感染布病主要为“东地中海簇”的ST8型羊种布鲁氏菌,并首次发现一例人感染ST17型猪种布鲁氏菌。     

碳青霉烯类抗生素耐药肺炎克雷伯菌耐药基因分布和分子分型

目的 探讨碳青霉烯类耐药肺炎克雷伯菌的耐药基因分布及分子分型特征。方法 收集38株临床分离的肺炎克雷伯菌,采用肉汤稀释法药敏实验、改良Hodge试验、PCR电泳、脉冲场凝胶电泳分型及多位点序列分型测定其耐药性、耐药基因型及分子型别。结果 对碳青霉烯类药物亚胺培南、美罗培南、厄他培南耐药率分别为18.42%(7/38)、28.95%(11/38)、34.21%(13/38),其中有7株(18.42%)同时耐3种药物。对阿米卡星、左氧氟沙星、四环素、呋喃妥因、甲氨苄啶/磺胺甲恶唑、庆大霉素耐药率为23.68%~44.74%,阿莫西林/克拉维酸、头孢唑啉、头孢他啶、头孢曲松、头孢吡肟、氨曲南、环丙沙星耐药率均大于52.63%,氨苄西林、哌拉西林耐药率100%。有11 株肺炎克雷伯菌碳青霉烯酶表型检测为阳性,占28.95%(11/38),其中5株携带bla_KPC基因,均为KPC-2型;4株携带bla_NDM基因,均为NDM-1型。9株携带bla_KPC或bla_NDM耐药基因的菌株同源性分析显示有8种不同PFGE带型,5种MLST 型别(ST型)。5种ST型为ST11、ST15、ST395、ST1031、ST1412,其中以ST11为主。结论 肺炎克雷伯菌耐药及多重耐药现象严重,肺炎克雷伯菌耐碳青霉烯类药物的主要的原因是携带KPC-2或者NDM-1基因,菌株基因型多态性大,提示病例之间不存在关联性。     

布鲁菌分子分型方法应用研究进展

布鲁菌属细菌是布病的病原菌。当前,用于布鲁菌属细菌分型的方法有多种,而布鲁菌分子分型方法在布病的分子流行病学调查、病原菌的快速分型鉴定、病原菌的溯源分析和菌株之间差异关系的分析过程中被广泛应用并具有十分重要的作用。本文就常用的布鲁菌的核酸探针技术(DNA probes)、聚合酶链式反应(PCR)、实时定量PCR(Real-time PCR)、16SrDNA鉴定、PCR限制性片段长度多态性( PCR-RFLP)、单核苷酸多态性分析(SNP)、脉冲场凝胶电泳(PFGE)、多位点序列分型(MLST)、多位点串联重复序列分析(VNTR/MLVA)等分子分型方法的应用研究进展予以综述。     

多位点序列分型应用于致病性黄疸出血群钩端螺旋体分析

目的 初步探讨MLST(multilocus sequence typing)分型技术在致病性钩端螺旋体中的应用。方法 对我国3个省份的39株致病性钩端螺旋体黄疸出血群菌株提取DNA,采用7个位点进行PCR扩增、序列测定,应用eBURST和BioNumerics (Version5.10)软件进行分析。结果 39株菌株呈现5个ST型别, ST1为中国三省份中主要的基因型,占53.85%(21/39)。eBURST分析显示:39株菌株分为2个 Clonal complexes和1个singleton,其中Group1占66.67%(26/39),Group2占20.51%(8/39),一个singleton占12.82%(5/39);BioNumerics软件聚类分析显示:39株菌株分为3个Group,与eBURST分析中的分群结构一致。MLST基因型别具有明显的地域性特征。结论 MLST方法可初步应用于致病性钩端螺旋体分子流行病学、种群结构、亲缘进化关系等研究。     

Pulsed-field gel electrophoresis as a discriminatory typing technique for the biothreat agent burkholderia mallei

Pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) and multilocus sequence typing (MLST) was used to type 21 laboratory strains of Burkholderia mallei. We demonstrated good resolution by PFGE together with clustering of some geographically related isolates, and confirmed previous observations that B. mallei is clonal as defined by MLST.     

福州市生殖道沙眼衣原体的MLST分子流行病学研究

目的 研究多位点序列分型法(MLST)在福州地区性病门诊人群生殖道沙眼衣原体基因分型中的分辨力,并与来自阿姆斯特丹性病门诊女性患者的样本进行比较。方法 采用MLST分型法研究福州性病门诊生殖道沙眼衣原体感染者的基因型,eBURST进行ST型地理分布特征分析。结果 从86份阳性标本中可获得完整MLST数据的样本为76份,共分30个ST型,其中14个为新的型别。MLST分型法的Simpson分辨力指数为0.9。eBURST分型结果显示30个ST型分为3个克隆复合体和5个独特型。仅有4个ST型在福州和阿姆斯特丹两地同时存在。结论 MLST为生殖道沙眼衣原体分子流行病学调查提供高分辨率的分型手段。eBURST 分析可揭示不同地理来源的生殖道沙眼衣原体之间的进化关系。