2018—2021年文山州食源性及人源性沙门氏菌的分子分型及耐药性分析

目的 了解2018—2021年云南省文山州食品监测和病例监测中沙门氏菌血清型、分子分型特征及耐药情况,为减少和控制沙门氏菌耐药株的流行提供参考依据。方法 收集2018—2021年文山州食品样本和食源性疾病主动监测样本,分离沙门氏菌,使用革兰氏阴性需氧菌药敏检测板对沙门氏菌开展药物敏感试验,采用沙门氏菌诊断血清进行血清分型,使用脉冲场凝胶电泳（PFGE）进行分子分型。结果 902份样本中,共检出74株沙门氏菌、检出率8.2%,分为17种血清型;其中氨苄西林耐药57株、耐药率77.0%,头孢西丁敏感68株、敏感率91.9%,多重耐药菌株数2019年最多(10株);PFGE图谱分为60个带型,有两个优势带型,其耐药谱存在交叉;相同带型的菌株血清型相同,均为肠炎沙门氏菌,但耐药谱不完全相同。结论 2018—2021年文山州食源性和人源性沙门氏菌对不同抗生素有耐药性且具有多重耐药;分子分型呈多态分布,且有明显的优势带型;疾病预防控制部门应根据本地区不同血清型及分子型的沙门氏菌的耐药机制,合理地扩大监测范围,为沙门菌耐药菌株的产生和流行提供有效预警。     

2015-2017年聊城市腹泻病例中沙门氏菌分子分型及耐药性研究

目的 对2015-2017年聊城地区主动监测哨点医院腹泻患者中分离到的沙门氏菌进行病原学分析,了解沙门氏菌的感染现状及血清型分布、分子分型特征和耐药情况。方法 对2015-2017年分离自腹泻患者的41株沙门氏菌进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)和药物敏感性测试,并用BioNumerics软件分析菌株之间的相似度,用微量肉汤稀释法进行菌株耐药性检测。结果 腹泻患者中沙门氏菌总分离率为7.16%,且不同年龄段分离率存在差异。分离的沙门氏菌共有8个血清型,其中鼠伤寒沙门氏菌和肠炎沙门氏菌分别为18株和7株,为优势血清型;PFGE分析发现41株菌共产生了34种不同的PFGE带型,相同血清型的沙门氏菌的PFGE带型比较相近,不同血清型的PFGE带型具有多态性,未发现菌株成簇存在现象。测试菌株对四环素耐药率最高为73.17%,多重耐药率达68.29%,发现6株携带不同耐药基因类型的产广谱β-内酰胺酶的鼠伤寒沙门氏菌。结论 聊城地区沙门氏菌具有一定的血清型及遗传的多样性,高耐药和多重耐药现象严重,应加强病例及环境联合耐药监测。     

鸡源肠炎沙门氏菌对抗菌药物的耐药性分析

目的 调查鸡源肠炎沙门氏菌临床分离株耐药特征。方法 从山东省不同来源分离肠炎沙门氏菌,采用微量肉汤稀释法对菌株进行19种抗菌药物敏感性分析;通过PCR方法对菌株携带的耐药基因进行检测;采用脉冲场凝胶电泳对不同场所分离的菌株进行PFGE分型。结果 肠炎沙门氏菌分离率为17.94%(178株),菌株对氨苄西林耐药率达到68.54%、对四环素耐药率达到66.85%、对磺胺甲恶唑和萘啶酸耐药率达到100%。而对庆大霉素、氯霉素、多粘菌素敏感,耐药率在5.62%以下。68.54%的菌株(122株)携带Ⅰ型整合子、bla_TEM和tetA基因。不同场所分离的肠炎沙门氏菌表现4种PFGE谱型。结论 山东省分离的肠炎沙门氏菌对青霉素类、四环素类药物耐药,携带Ⅰ型整合子、bla_TEM 和tetA耐药基因是导致菌株耐药的主要因素。     

济南市腹泻患者沙门氏菌PFGE分子分型及耐药特征研究

目的 对2017-2020年济南市哨点医院腹泻患者中分离到的沙门氏菌进行病原学分析,了解济南市腹泻患者沙门氏菌的血清型分布特征、分子分型特征及耐药情况。方法 分别利用血清检测试剂盒和脉冲场凝胶电泳技术(PFGE)对来自济南市各医院腹泻门诊病人的的90株沙门氏菌进行血清分型和分子分型分析,酶切电泳图谱导入BioNumerics软件进行聚类分析;利用微量肉汤稀释法对40株沙门氏菌进行耐药性检测。结果 90株沙门氏菌可分为27个血清型,鼠伤寒沙门氏菌和肠炎沙门氏菌为优势血清型,分别占总数的47.78%和17.78%。PFGE电泳后产生的带型具有多态性,以鼠伤寒沙门氏菌和肠炎沙门氏菌的带型最为集中;药敏结果显示,沙门氏菌对氨苄西林耐药率最高,为72.50%,多重耐药率达67.50%。结论 济南地区沙门氏菌具有血清型多样化和遗传多样性特征,对抗生素的高耐药和多重耐药现象严重,应加强济南地区耐药检测。     

1起ST19型鼠伤寒沙门氏菌引起的食物中毒调查、溯源分析与探讨

目的 分析武汉市某区1起食物中毒事件的致病原因,探讨分离菌株之间的分子流行病学关系,为食源性疾病暴发溯源和临床诊治提供参考依据。方法 采集食物中毒相关样本20份,提取样本总DNA进行18种食源性致病菌多重PCR检测,同时按时GB4789.4-2016进行病原菌分离鉴定;应用传统玻片凝集法和微量肉汤稀释法对阳性菌株进行血清型分型和耐药性检测,并提取所有菌株核酸进行全基因组测序组装,利用Abricate和SeqSero在线预测每株菌的血清型和耐药基因,然后与传统方法进行比较分析。对分离的9株沙门氏菌分别采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)和全基因组序列方法(WGS)递进分析。结果 共检出12株沙门氏菌(菌株编号DXH001～DXH012),其中病例肛拭子样本7份、病例粪便样本2份,工作人员肛拭子样本3份。常规血清型分型均为B群鼠伤寒沙门氏菌,与全基因组测序鉴定分型结果一致。12株菌株耐药谱完全一致,对阿米卡星、氨苄西林、头孢唑啉、庆大霉素、哌拉西林、四环素均耐药。基于全基因组预测的氨基糖苷类、头孢菌素、青霉烷、四环素的耐药性与耐药表型结果完全一致。选取DXH001～DXH009开展PFGE和WG...     

肠炎沙门菌食物中毒中PFGE的应用

目的对2014年武汉市某区一起食物中毒事件的病原体进行分离鉴定及同源性分析。方法参照GB4789-2012和WS/T 13-1996的方法进行病原菌的分离培养,对检出菌进行表型鉴定;采用脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型方法对检出菌及实验室收集的其他肠炎沙门氏菌进行分子分型和流行病学特征分析;采用WHO推荐的改良K-B法对检出菌进行抗生素敏感试验结果流行病学调查及实验室病原学检测证实,本起事件是一起由肠炎沙门氏菌引起的食物中毒,共分离到18株肠炎沙门氏菌。分离自该事件可疑食物及患者肛拭子的肠炎沙门氏菌相似系数为100%,与同一时期散发临床患者分离的肠炎沙门氏菌相似系数约为90%,与2012年健康体检分离株及2013年、2014年临床患者分离株最小相似系数>90%。此次食物中毒株对所检测药物敏感性较好。结论此次食物中毒病原菌为本地区流行的肠炎沙门氏菌优势株。PFGE可用于细菌性食物中毒的溯源分析。     

2022年吉林省食品中沙门氏菌耐药性及分子特征分析

目的 了解吉林省食品中沙门氏菌的分布情况和耐药基因特征,为防控食源性疾病提供科学依据。方法 对2022年吉林省食品中61株沙门菌,采用微量肉汤稀释法进行25种抗生素耐药性试验。利用全基因组测序技术及生物信息学方法对菌株耐药基因进行分析。结果 61株沙门菌分为19种血清型,优势血清型为肠炎沙门菌(52.46%,32/61)。耐药性分析结果显示,沙门菌对氨苄西林的耐药率最高(60.66%,37/61),多重耐药率达24.60%(15/61),无优势耐药谱。不同抗生素的耐药表型与耐药基因存在差异。结论 吉林省食品中沙门氏菌的多重耐药比例较高,耐药谱模式复杂,耐药基因携带率较高,需加强耐药性监测,避免抗生素滥用。     

2014-2017年山西省沙门氏菌分子分型及耐药性研究

目的 了解山西省食源性疾病主动监测中沙门氏菌的药物敏感性,并对耐喹诺酮类药物的沙门氏菌进行了耐药基因与分子分型研究,为沙门氏菌临床治疗提供科学依据并初步了解沙门氏菌的耐药机制。方法 对 2014-2017年山西省食源性疾病主动监测病例中分离到的沙门氏菌进行血清学分型、药物敏感性试验以及对耐喹诺酮类药物的沙门氏菌进行耐药基因检测及脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型。结果 137株沙门氏菌经诊断血清凝集后共分为16个血清型,主要为肠炎沙门氏菌51株、鼠伤寒沙门氏菌47株、其他沙门氏菌39株。 137株沙门氏菌对萘啶酸的耐药率最高,为56.93%;其次为四环素,耐药率为34.31%;对头孢噻肟、庆大霉素及头孢西丁的耐药率较低,分别为8.03%、5.84%及0.73%。对萘啶酸耐药的78株沙门氏菌,进行gyrA基因和parC基因点突变的测定,发现对萘啶酸耐药的沙门氏菌gyrA基因与parC基因检出点突变129个。51株肠炎沙门氏菌的相似度在70.6%~100%, 21株鼠伤寒沙门氏菌的相似度在58.9%~100%。结论 山西省沙门氏菌以肠炎沙门氏菌与鼠伤寒沙门氏菌为主。本地区沙门氏菌萘啶酸耐药情况最为严重,需要加强对沙门氏菌耐药的监测及喹诺酮类药物耐药机制的研究。     

2014-2020年宁夏沙门菌分子分型与耐药性研究北大核心CSCD

目的分析2014-2020年宁夏食品及病例来源沙门菌耐药情况、流行优势血清型及PFGE型别。方法对2014-2020年各类食品及临床病例中分离培养的188株沙门菌进行血清分型、脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型和肉汤稀释法药物敏感性实验。结果肠炎沙门菌在食品及病例中均为优势血清型,病例来源分离76株,占49.35%(76/154),食品来源分离18株,占52.94%(18/34),总构成比为50%(94/188)。188株不同来源沙门菌有182株出现不同程度的耐药,176株为多重耐药菌株。其中耐2~4种抗生素101株(55.49%),耐5~8种抗生素52株(28.57%),耐9~12种抗生素23株(6.59%)。将所有分离株经Xbal酶切,脉冲场凝胶电泳后,共获得93条PFGE带型,相似度为42.1%~97.1%,优势带型为NXSM0065型,其次为NXSM0074和NXSM0069,共41株,占所有分离株的21.81%。结论宁夏地区沙门菌流行优势血清型为肠炎沙门菌,病例及食品来源分离株耐药状况普遍较为严重,不同来源,同一血清型PFGE带型同源性较高,且与耐药谱未体现出明显的关联性。     

2006—2013年伤寒沙门氏菌耐药性分析

目的了解2006—2013年新疆伤寒沙门氏菌对24种常用抗菌药物的耐药情况。方法对2006—2013年新疆各肠道传染病监测点现场分离的576株伤寒沙门氏菌进行了系统分型鉴定,并采用琼脂扩散法（K-B法）检测伤寒沙门氏菌菌株对24种抗菌药物的敏感性。结果 576株菌株对24种抗菌药物均有不同程度的耐药,对利福平的耐药率达93.58%,没有100%敏感的抗菌药物;576株菌中,耐3种及3种以上抗菌药物的菌株占59.72%,耐6种以上抗菌药物的菌株占16.32%。结论新疆是伤寒病的高发区,抗菌药物的耐药性越来越严重,因此正确选用抗菌药物是有效治疗伤寒病的关键。     

兰州地区腹泻患儿沙门菌耐药性与分子分型分析

目的 了解兰州地区腹泻患儿沙门菌的血清型分布特征,耐药状况及分子分型特征,为儿童沙门菌感染的防治提供依据。方法 2018-2020年收集兰州地区哨点医院腹泻患儿粪便标本中分离的149株沙门菌菌株进行血清学分型、药物敏感试验和脉冲场电泳分型。结果 腹泻患儿感染沙门菌以夏秋季为主,1~3岁幼儿居多,占59.73%。149株沙门菌分为33个血清型,其中肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌为优势血清型,分别占30.87%和28.19%。沙门菌对氨苄西林耐药率最高为79.87%,多重耐药率为78.52%,其中鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌多重耐药率分别为80.95%、76.09%。经PFGE分子分型将肠炎沙门菌分为20个带型,包含2株及以上的带型有6种;鼠伤寒沙门菌分为30个带型,ST1带型包含2株菌。结论 兰州市腹泻患儿中沙门菌以非伤寒沙门菌为主,耐药率呈上升趋势,多重耐药严重,肠炎沙门菌PFGE分型同源性较高,鼠伤寒沙门菌带型呈多样性分布。     

泰安市感染性腹泻非伤寒沙门菌耐药监测及分型研究

目的分离鉴定泰安市腹泻病沙门菌的血清型分布、耐药性及PFGE分子分型和同源性特点。方法对分离自泰安市腹泻病人的粪便标本中的31株沙门菌进行生化鉴定和血清分型,采用微量肉汤稀释法对其进行16种抗生素敏感试验,利用PFGE进行分子分型及聚类分析。结果 31株沙门菌分属于10种血清型,肠炎沙门菌占35.5%(11/31)为优势血清型;31株沙门菌对头孢西丁和亚胺培南100%敏感,对磺胺异唑的耐药率为77.42%(24/31);31株沙门菌按照100%的相似度可分为17个PFGE型。结论药敏显示所检测样本存在较为严重的多重耐药性,肠炎沙门菌遗传变异在该地区相对较为保守,且存在散发流行的可能,提示应做好肠炎沙门菌传染病的早期预警及防控。     

无锡市腹泻病人沙门菌的病原学特征及分子分型研究

目的分析无锡市腹泻人群中分离的沙门菌的流行特征;同时比较主要血清型菌株间的脉冲场凝胶电泳(PFGE)带型差异,为沙门菌感染的防控提供实验数据。方法收集2015年无锡市腹泻病人的粪便标本,分别进行沙门菌的分离鉴定、药敏试验、血清型分型以及PFGE分型分析。结果 756份粪便标本中共分离到32株沙门菌,阳性率为4.23%;检出时间主要集中在5~10月份,感染人群以老年人为主。药敏试验说明无锡地区的沙门菌对氨苄西林的耐药率最高,达56.25%;对环丙沙星和头孢他啶的耐药率最低,均为6.25%。32株沙门菌共鉴定出11种血清型,以肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌为主,分别占31.25%和21.88%。对这2种血清型的沙门菌进行PFGE分析,显示肠炎沙门菌所有带型的相似度均在85%以上,鼠伤寒沙门菌的带型各不相同。结论无锡市沙门菌的感染具有明显季节和年龄分布差异性,流行的优势血清型为肠炎沙门菌。无锡市需同时加强对食品和环境中沙门菌的监测。     

2013-2014年贵阳市感染性腹泻监测病例中沙门菌的病原学监测分析

目的 了解2013-2014年贵阳市腹泻监测病例中沙门菌的血清型别分布及脉冲场凝胶电泳(Pulse-Field Gel Electrophoresis,PFGE)分型特征,为贵阳市沙门菌病的防控提供科学依据。方法 收集2013-2014年贵阳市4家哨点医院感染性腹泻病例的432份粪便标本,对其进行沙门菌的分离培养、生化鉴定、血清分型及PFGE分型。结果 432例感染性腹泻患者的粪便标本共检出沙门菌35株,检出率为8.10%(35/432),男女检出之比为1.5:1,发病年龄主要集中在0~5岁;各季度间沙门菌检出率经Fisher确切概率法比较无统计学差异(P=0.052)。35株沙门菌分成9种血清型,其中优势血清型为肠炎沙门菌11株(占31.43%)和鼠伤寒沙门菌9株(占25.71%),其次克勒肯威尔沙门菌6株(占17.14%),斯坦利沙门菌3株,德尔卑沙门菌2株,阿贡纳沙门菌、婴儿沙门菌和病牛沙门菌血清型各1株,1株未分型。经XbaⅠ酶切后11株肠炎沙门菌分成8种PFGE型,优势型为JEGX01.CN0007;9株鼠伤寒沙门菌分成9种PFGE型,总体型别呈多样性分布。结论 贵阳市引起感染性腹泻的沙门菌以肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌为主,PFGE型别呈多样性。     

基于全基因组测序的甲型副伤寒沙门菌暴发疫情分离株分子特征研究

目的 分析一起甲型副伤寒暴发疫情菌株的分子分型特征,为病原菌的确定和暴发疫情的防控提供科学依据。方法 利用生化试验、血清学试验对病原菌进行鉴定,并将分离到的病原菌进行微量肉汤稀释法药物敏感性试验、PFGE分子分型分析、全基因组测序,利用全基因组数据与沙门菌MLST标准数据库比对获得序列型别(ST)、cgMLST序列号以及rMLST序列号并进行聚类分析,通过细菌基因组分析平台fIDBA分析病原菌的耐药、毒力相关基因。结果 11株沙门菌血清型均为甲型副伤寒沙门菌,具有100%相似性的PFGE带型,MLST、cgMLST、rMLST的型别均分别为ST129型、cgST-2191型、rST3678型,表明此次暴发疫情菌株从分子特征角度可诊断为同一传染源导致。对萘啶酸100%耐药,对链霉素100%中介。发现本次疫情菌株基因组均携带29种耐药基因。通过毒力因子数据库比对,均携带21类250种已知毒力基因,其中以Ⅲ型分泌系统、粘附、鞭毛等最为常见。结论 本次暴发疫情是由共同来源的、具有相同分子分型特征的甲型副伤寒沙门菌引起。在病原溯源研究中,应用全基因组数据可更精细分析菌株遗传进化特征、亲缘关系及毒力基因、耐药基因携带情况,可以作为替代PFGE、MLST的技术用于更精准的传染病分子流行病学调查分析研究。     

84株沙门菌耐药特征及分子分型结果分析

目的分析广东省第二人民医院2012-2014年临床常见沙门菌耐药特性及分子分型特征。方法对分离的84株沙门菌进行血清分型、药物敏感试验。选取不同菌株来源、血清型和耐药谱的51株沙门菌,按照美国PulseNet标准进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型。应用BioNumerics软件对电泳图谱进行分析,确定菌株间的相关性。结果84株菌分为20种血清型,沙门菌前3位血清型构成比从高到低分别为:鼠伤寒沙门菌占42.86%(36/84)、肠炎沙门菌占15.48%(13/84)、斯坦利沙门菌占8.33%(7/84)。本次分离沙门菌对头孢类抗生素敏感率达84.21%以上,对于环丙沙星与氯霉素的敏感性在66.67%以上,对于甲氧苄啶与庆大霉素的敏感性在50.88%以上,但仍存在多株多重耐药现象。51株沙门菌经过聚类分析可分为 42个PFGE型,表现为较大的遗传多样性。结论临床治疗时,应根据药敏试验结果指导临床,合理使用抗生素,以提高治疗效果。沙门菌耐药谱与 PFGE分型无明显关联。     

成都市人源沙门菌基因组特征分析

目的 基于全基因组测序技术,探究成都市人源沙门菌的基因组特征, 为监测与预防沙门菌感染提供资料。方法 收集35株成都市人源沙门菌(分离自腹泻患者粪便)进行全基因组测序。根据测序数据,进行血清型预测、耐药基因及可移动遗传元件预测、毒力因子注释及分布分析。结果 35株沙门菌分离株经全基因组测序,共预测到5种血清型,包括15株I 4,[5],12:i:-沙门菌(13株为ST34、2株为新ST型)、12株鼠伤寒沙门菌(ST19)、5株肠炎沙门菌(ST11)、2株德比沙门菌(ST40)与1株火鸡沙门菌(ST463)。35株沙门菌分离株共预测到10类42种不同的耐药基因,其中氨基糖苷类aac(6')-Iaa携带率为100%(35/35)。I 4,[5],12:i:-沙门菌的耐药基因、质粒及插入序列数目及种类多于其他血清型菌株。I 4,[5],12:i:-、鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌的毒力因子数目大于其他血清型菌株。部分鼠伤寒沙门菌有更高的毒力质粒、质粒编码菌毛和血清抗性毒力因子分布。结论 成都市人源沙门菌不同血清型菌株之间耐药基因、可移动遗传元件、毒力因子分布差异明显,值得在转录组、蛋白组进一步探究其耐药与毒力机制。     

福建省鼠伤寒沙门菌PFGE分子分型和耐药的关联性研究

目的 分析福建省鼠伤寒沙门菌的脉冲场凝胶电泳（PFGE）分子分型和耐药结果之间的关联性,探讨二者的内在联系。 方法 对福建省66株鼠伤寒沙门菌进行PFGE分子分型和药敏试验,并对分子分型和药敏试验结果进行关联性分析。 结果 66株鼠伤寒沙门菌分为32个PFGE型,P1、P8型为优势型别,其中40.9%（27/66）的菌株为P1型,10.6%（7/66）的菌株为P8型, 51.52%（34/66）的试验菌株归于P1和P8型别;耐药结果经聚类分析,可将抗生素分为4类,其中头孢类和环丙沙星（氟喹诺酮类）是较高敏感药物,敏感率分别为94.42%（61/66）和62.12%（41/66）;P1型在多重耐药严重的菌株中（>6耐）为优势型别,占该类菌株数的56.82%,以6耐为分界,P1型菌株在两组中的分布存在差异,并具有统计学意义;P8型菌株在两组中的分布差异无统计学意义。结论 P1和P8型是福建省鼠伤寒沙门菌的PFGE分型的优势基因型,其中P1型与多重耐药严重的菌株（>6耐）间存在着关联性;头孢类和环丙沙星（氟喹诺酮类）仍是当前治疗福建省严重耐药鼠伤寒菌的主要药物。