2018-2020年克拉玛依市甲型H3N2流感病毒分子特征分析北大核心CSCD

目的了解克拉玛依市甲型H3N2流感病毒HA和NA基因特征,为防控提供科学依据。方法收集2018-2020年克拉玛依市甲型H3N2流感毒株进行HA和NA基因序列测定,运用Mega软件与疫苗株进行序列比对和分析。结果 18株毒株HA基因与A/Hong Kong/4801/2014同源性高于A/Kansas/14/2017,NA基因与A/Hong Kong/4801/2014同源性低于A/Kansas/14/2017。相对疫苗株,克拉玛依市毒株已出现氨基酸同时在2个及以上抗原决定簇发生替换;HA蛋白均发生了糖基化位点的改变;未发现与耐药相关位点突变。结论 2019-2020年克拉玛依市毒株与当年度疫苗推荐株匹配度降低且HA已发生抗原漂移,可能导致本地区H3N2毒株流行,神经氨酸酶抑制剂类药物依旧能够有效治疗流感,应加强对流感病毒HA和NA基因进行监测。     

2019-2020年山东省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒抗原性及血凝素基因特征分析北大核心CSCD

目的了解山东省2019-2020年分离株A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的抗原性及血凝素(hemagglutinin, HA)基因变异情况。方法采用单向红细胞凝集抑制试验对2019-2020监测年分离的15株A(H1N1)pdm09亚型流感病毒进行抗原性分析;PCR扩增病毒的HA基因并测序,进行进化分析,以及糖基化位点、抗原变异位点、受体结合位点的变异分析。结果 2019-2020年流行株A(H1N1)pdm09亚型流感病毒均为疫苗株A/Brisbane/02/2018的类似株。HA基因均属于6B.1分支,毒株HA基因核苷酸序列与当季疫苗株A/Brisbane/02/2018的同源性为98.5%~99.0%,与最新疫苗株A/Guangdong-Maonan/SWL1536/2019的核苷酸同源性为99.3%~99.8%。所有毒株与当季疫苗株相比均出现了T185I位点变异。结论 2019-2020监测年度山东省流行的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒与WHO推荐的疫苗组分匹配性良好,疫苗株推荐存在滞后性。HA基因与其编码的氨基酸持续变异,因此应加强对病毒变异的监测,为疫苗筛选及流感防控措施的制定提供参考。     

2021年武汉市乙型流感病毒监测及序列进化分析

目的 分析武汉市2021年分离乙型流感病毒基因组变异情况及分子进化特征。方法 采集2021年武汉市流感样病例咽拭子标本,进行核酸检测、病毒分离,选取34株乙型流感病毒代表毒株进行全基因组测序,利用生物信息学软件构建进化树并分析分子进化特征。结果 2021年武汉市共监测病例标本2 242例,流感病毒核酸检测阳性218例,均为乙型流感病毒Victoria系(Influenza B virus Lineage Victoria, BV),阳性率9.72%。2021年武汉分离的BV系流感病毒与疫苗株比,HA基因同源性为98.65%-99.24%,NA基因同源性为98.89%-99.54%。2021年武汉分离的BV系流感病毒归属于V1A.3a.1和V1A.3a.2分支,V1A.3a.2为2021年武汉市优势株。发现多处关键抗原表位发生了变异,未发现耐药位点变异。结论 2021年武汉分离的BV系流感病毒较疫苗株均存在数个抗原位点变异,因此应加强对病毒变异的持续监测,为疫苗株更新、流感防控及临床诊疗措施的制定提供参考。     

2017—2019年贵州省H3N2亚型流感病毒流行特征及NA基因遗传特性分析

目的 分析2017—2019年贵州省H3N2亚型流感病毒流行特征及神经氨酸酶(Neuramini dase,NA)基因的遗传特性,为H3N2亚型流感病毒的防控提供科学依据。方法 采集2017—2019年贵州省13家国家级流感监测哨点医院的流感样病例(ILI)咽拭子标本,进行荧光定量PCR的检测,以自然年度为监测周期进行统计分析。H3N2亚型核酸阳性的标本进行狗肾胚细胞(MDCK)分离病毒,收集培养液提取病毒RNA,进行RT-PCR特异性NA基因扩增,扩增产物纯化后进行测序,用MAGE7.0软件和Clustal W2软件进行同源性、遗传进化和耐药位点分析。结果 2017-2019年,贵州省采集ILI咽拭子标本分别为15 553、15 164和15 348份,H3N2亚型阳性率分别为5.12%(797/15 553)、0.80%(122/15 164)和7.67%(1 177/15 348),呈交替流行趋势;高峰期主要出现在1-3月和10-12月。2017-2019年H3N2亚型NA基因核苷酸同源性为97.5%~100%,在进化树上主要分成2个分支,所有毒株NA基因关键位点均未发生突变。结论 贵州省H3N2亚型流感病毒呈年度周期性流行,多发于冬春季节,为更好防控流感,应及时掌握流行趋势,需加强监测并及时分析病毒基因特征变异情况。     

2014-2019年济宁市食源性腹泻病病原体流行病学特征分析北大核心CSCD

目的了解济宁市食源性腹泻病病原学分布特征及流行趋势,为预防和控制食源性腹泻病提供科学依据。方法对济宁市2014-2019年食源性疾病哨点医院上报采集的1646例病例腹泻标本进行诺如病毒、沙门菌、志贺菌、副溶血弧菌和致泻性大肠埃希菌检测分析。结果食源性腹泻病病原体检出率为30.87%(508/1646),其中诺如病毒检出率为16.89%(278/1646),分型以诺如Ⅱ型为主;细菌感染检出率为16.34%(269/1646),以致泻性大肠埃希菌为主,分型以肠出血性大肠埃希菌(EHEC)为主。不同年度(χ^(2)=111.67,P<0.01),不同季节(χ^(2)=31.20,P<0.01)病原体检出率差异有统计学意义;高危职业主要集中在托幼儿童和农民;可疑暴露食品居前三位的为混合食品(14.03%)、水果及其制品(13.06%)和粮食类及其制品(11.24%);进食场所以家庭为主。结论济宁市食源性腹泻病病原体主要为诺如病毒和致泻性大肠埃希菌,高危职业人群为托幼儿童和农民,可疑暴露食品为混合食品,水果、粮食及其制品。建议加强对食源性疾病病原的监测,不断完善监测体系,制定相应的防控措施,减少疾病的发生。     

2015-2020年珠海市登革热流行情况与病毒基因特征分析北大核心CSCD

目的了解2015-2020年珠海市登革热的流行情况与病毒基因特征。方法收集登革热病例基本信息,采用RT-PCR对血清标本进行血清分型,阳性标本用RT-PCR扩增E基因并进行测序分型,获得的基因序列用MEGA6.0软件进行系统进化分析。结果2015-2020年珠海市共确诊登革热患者156例,其中131例患者的标本成功测序,包括DENV-1型96份,DENV-2型25份,DENV-3型10份;DENV-1型全部属于基因I亚型,分布在三个不同的分支上,这三个分支分别与柬埔寨、越南,斯里兰卡和柬埔寨、泰国等流行株进化距离较近;DENV-2和DENV-3病例主要为输入病例,与其对应的输入国流行株进化距离较近。结论近年来珠海市登革病热疫情为输入性病例引起的本地暴发流行,需加强与东南亚国家接壤的边境城市的登革热输入防控工作。     

2010--2012年福建省H3N2亚型流感病毒血凝素基因特征分析

目的通过对2010—2012年福建省分离的H3N2亚型流感毒株血凝素HA1基因进行分析,了解2010-2012年福建省H3N2亚型流感病毒的基因特征和变异规律。方法随机选择28株毒株,提取病毒RNA,采用RT-PCR扩增目的片段,纯化PCR产物后进行测序;利用DNAstar和Mega4．0等生物信患学软件进行核苷酸整理、拼接、校对、差异性比较以及基因进化树构建等分析研究。结果28株H3N2亚型流感病毒HAl区核苷酸同源性在96．4％～100％之间。基因系统进化分析显示,其进化规律都是沿着树枝主干随着时闻推移向,上延伸,序列的差异和年代成正比。2010—2012年间HAl区共出现43个氨基酸位点的变化,其中有10个氨基酸位点变异累计涉及4个抗原决定簇,2个变异位点发生在受体结合位点（RBS）及其附近,应予高度重视。结论相对于A／Perth／16／2009疫苗代表株,2012年的部分H3N2亚型流感出现了抗原漂移;部分毒株已出现氨基酸位点的改变,并涉及抗原决定簇及受体结合位点,提示2010—2012年福建省人群中流行的H3N2亚型流感正逐渐发生变异,应加强流感病原学监测,以及时发现新的流感变异株,为福建省流感防控提供科学依据。     

2018-2020年山东省甲型H1N1流感病毒NA基因变异和耐药分析北大核心CSCD

目的监测山东省甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因变化及其对神经氨酸酶抑制剂(NAIs)的耐药情况。方法从山东省2018-2020流感监测年度中选取20株甲型H1N1流感病毒,提取病毒核酸后对NA基因进行测序,利用生物信息学软件分析NA基因上与耐药有关的氨基酸位点及其基因变异情况。利用荧光法对选取的流感病毒进行生物学耐药试验,检测病毒对奥司他韦和扎那米韦的敏感性。结果选取的20株甲型H1N1流感病毒中有1株奥司他韦耐药(IC50值为233.8nmol/L),其余19株流感病毒对奥司他韦均敏感,IC50平均数为0.34nmol/L(0.14~0.81 nmol/L)。20株甲型H1N1流感病毒均对扎那米韦敏感,对扎那米韦IC50平均数为0.31nmol/L(0.13~0.69nmol/L)。NA基因测序显示奥司他韦耐药株存在H275Y基因变异。山东省近两个监测年度甲型H1N1流感病毒同源性较高,在进化树上交叉分布,与疫苗株亲缘关系较近,且未出现处于NA蛋白抗原决定簇区域内的变异。结论山东地区甲型H1N1流感病毒对NAIs耐药比例较低,临床上可继续使用此类药物,并需加强耐药性监测。     

2015-2017年云南省轮状病毒感染情况及基因分型分析北大核心CSCD

目的分析2015-2017年云南省5岁以下腹泻患儿A组轮状病毒感染情况、基因分型变迁、临床表现及流行病学特征。方法选取2015年1月至2017年12月期间在云南省病毒性腹泻监测哨点医院进行诊疗的5岁以下腹泻患儿为研究对象,采集其诊疗当天24h内或发病3d内的粪便标本,采用巢式RT-PCR方法检测轮状病毒并进行基因分型,同时收集临床表现及流行病学资料信息进行分析。结果 2015、2016和2017年云南省5岁以下腹泻患儿粪便A组轮状病毒阳性率分别为34.85%、33.33%和29.42%,总阳性率为32.51%。2015-2017年各月份均有轮状病毒感染检出,每年各月份间轮状病毒阳性率差异均有统计学意义(χ~2_(2015)=85.106,χ~2_(2016)=111.812,χ~2_(2017)=107.946,P<0.05),均以1-3和10-12月阳性率较高,不同年份比较轮状病毒阳性率差异均无统计学意义(χ2=3.196,P>0.05)。轮状病毒G基因分型以G9居多,其次为G2;P分型以P[8]居多,型别以G9P[8]为主,占62.76%,G2P[4]和G1P[8]分别占19.77%和9.89%,并存在G39P[8]及G249P[4][8]混合感染。2015-2017年G1、G2、G3型占比均呈现下降趋势,G9呈上升趋势,G9P[8]为优势流行株。轮状病毒感染临床表现以腹泻为主,并可出现恶心、呕吐等症状,部分患儿可伴有脱水、发热及呼吸道症状。患儿中男、女性比例为1.33:1,年龄以3-6个月居多,占34.90%～36.84%,5岁组较少,占3.01%～3.92%;农村、城市籍患儿分别占28.86%～29.32%和70.59%～71.14%,差异有统计学意义(P<0.05)。结论云南省5岁以下腹泻患儿A组轮状病毒感染率较高,以3个月-2岁儿童为主,且农村多于城市。每年的1-3和10-12月为A组轮状病毒感染发病高峰期,G9P[8]为优势流行株。患者临床表现以腹泻为主,可伴恶心、呕吐等症状。     

内蒙古自治区2015-2018年B Yamagata系流感病毒全基因组序列分析

目的 了解2015-2018年内蒙古自治区B Yamagata系流感病毒的全基因组序列特征。方法 采集流感样病例呼吸道标本进行流感病毒分离,提取病毒RNA,采用一步法RT-PCR扩增病毒全基因组序列并测序,通过生物信息学软件分析病毒基因特征。结果 本次研究的B Yamagata系流感病毒全基因与B/Phuket/3073/2013疫苗株的核苷酸同源性在97.7%~99.9%之间;B/Inner Mongolia/1200/2015和B/Inner Mongolia/1178/2015毒株发生抗原漂移,并出现HA-BY/NA-BV系间重配现象;所有毒株对神经氨酸酶抑制剂敏感。结论 2015-2018年内蒙古自治区B Yamagata系流感病毒抗原性和基因特征在逐渐发生变异,出现系间重配株,部分流感流行株与疫苗匹配性不佳。     

2019-2020年海南省A(H1N1)pdm09 流感病毒基因特性分析

目的 分析海南省A(H1N1) pdm09亚型流感病毒的抗原性和基因特性,了解病毒的变异情况,为海南省A(H1N1)pdm09亚型流感病毒的防控提供依据.方法 选取14株2019-2020年海南省流感监测网络实验室分离到的A(H1N1)pdm09亚型流感病毒进行基因序列测定,测序结果用MEGA 10.1.8和DNAST...     

2016-2019年深圳口岸入境人群感染甲型流感的流行病学特征分析

目的 分析深圳各口岸近4年入境人群感染甲型流感的流行病学特征,为口岸监测和防控甲型流感疫情提供科学依据。方法 收集2016年1月至2019年12月来自深圳各口岸发热入境人员的鼻咽拭子标本,利用实时荧光定量PCR进行甲型流感病毒检测及分型,通过Excel 2003、SPSS 20.0对不同型别的流感阳性病例的流行情况进行分析。结果 共收集104 115例发热入境人员鼻咽拭子标本,从中检出甲型流感病毒14 026例,检出率为13.5%,其中男女比例为1.75:1,甲型流感病毒检出率在51~60岁、60岁以上人群中检出率最高,分别为18.5%、18.9%。2016-2019年共出现3次甲型流感高峰,分别为2016年2-3月,以甲型H1N1为主;2017年7月,H3亚型病例激增,成为主要流行株;2018年12月,以H1N1亚型为主。结论 2016-2018年期间深圳口岸入境人员感染甲型流感病例中同时有H1N1亚型、甲型H3亚型的流行,呈现为相互交替的流行特征。发病以51岁以上人群为主,不同性别、不同年龄层流感病毒亚型检出率有差异。     

2019-2021年南通市活禽市场外环境禽流感病毒检测结果分析北大核心CSCD

目的对2019-2021年南通市活禽市场外环境标本禽流感病毒检测结果进行分析,了解禽流感病毒流行、分布特征,为南通市禽流感防控工作提供依据。方法选取2019-2021年南通市崇川区、通州区、海安市、如皋市活禽市场外环境标本,采用实时荧光反转录-聚合酶链反应(RT-PCR)方法对标本进行H5亚型、H7亚型、H9亚型流感病毒检测,采用描述性流行病学方法对检测结果进行统计分析。结果南通市全年均有禽流感阳性样本检出,其中以第4季度检出率较高。甲型禽流感病毒核酸阳性率为21.69%(141/650)。其中H5亚型阳性率为0.62%(4/650)、H7亚型阳性率为0.31%(2/141)、H9亚型阳性率为18.62%(121/650)。活禽市场的宰杀或摆放禽内案板表面擦拭标本和禽类内脏阳性率最高;各监测地区禽流感病毒核酸阳性率差异有统计学意义。结论南通市活禽市场外环境中禽流感病毒以H9亚型为主,应加强禽流感病毒的监测防控工作,加强对活禽市场的卫生监管。     

2017—2019年新疆B型流感病毒NA基因研究

目的分析2017年10月—2019年9月新疆B型流感病毒NA基因,为流感NAI抑制剂的使用提供依据。方法选取2017年10月—2019年9月分离的9株B/Yamagata系毒株和13株B/Victoria系毒株,采用逆转录—聚合酶链反应(RT-PCR)扩增病毒NA基因后测定核苷酸序列,用MEGA 5.0,CExpress和BioEdit生物软件分析测序结果、基因特性并建树。结果13株Victoria系B型毒株与疫苗株B/Brisbane/60/2008核苷酸同源性为97.9%~100.0%,核苷酸进化树显示,13株Victoria系B型毒株与疫苗株为同一分支,且远离国外B型流感耐药株B/North Carolina/03/2011 I21V和B/North Carolina/11/2010 I21V;9株Yamagata系B型毒株与疫苗B/Phuket/3073/2013株核苷酸同源性为96.4%~99.9%;9株Yamagata系B型毒株与疫苗株为同一分支,且远离国内耐药株B/Beijing-Xicheng/11496/2011 D197N和国外B型流感耐药株B/Ontario/006876/2011 H273Y;所有毒株的NA蛋白酶催化位点和辅助位点,均未发现耐药位点的替换。结论2017—2019年新疆B型流感病毒NA基因未发生耐药位点突变,与对应疫苗株的核苷酸同源性较高,仍对NAI抑制剂敏感;应继续加强流感监测。     

2012年邯郸市乙型Yamagata系流感病毒HA1基因变异分析

目的研究邯郸市2012年流感监测中分离的Yamagata系乙型流感毒株HA1的抗原性和基因特性,阐明HA1基因的变异与流感流行的关系。方法用MDCK细胞分离培养流感病毒,提取病毒核酸,采用RT-PCR方法特异性扩增病毒HA1基因,进行核苷酸序列测定,用DNAStar中Megalign软件进行分析。结果2012年分离的Yamagata系乙型流感病毒与2008~2009年代表株B/Florida/4/2006相比亲缘关系较远,核苷酸同源性为96.2%~96.8%,氨基酸同源性为96.5%~97.4%,HA1区9个位点氨基酸发生替换,其中6个参与抗原表位构成;与WHO推荐的2012~2013年疫苗株B/Wisconsin/01/2010相比亲缘关系近,核苷酸同源性为98.8%~99.4%,氨基酸同源性为97.4%~98.5%,有5个位点发生氨基酸替换,其中3个参与抗原表位的构成;与国家流感中心提供的标准抗血清的血凝抑制滴度≥1︰640。结论邯郸市2012年分离的Yamagata系乙型流感病毒血凝素蛋白HA1与B/Florida/4/2006相比已形成新的变种,与B/Wisconsin/01/2010相比也发生了新的变异,但尚不能确定是否形成Yamagata系有代表性的新变种。     

山东省2017—2018年B型流感病毒药物敏感性检测及神经氨酸酶基因特征分析

目的 检测山东省2017-2018流感监测年度B型流感病毒对神经氨酸酶抑制剂的药物敏感性,分析其神经氨酸酶(NA)基因特征。方法 选取山东省2017—2018年分离的18株B型流感病毒(Yamagata系16株,Victoria系2株),通过生物学耐药实验检测病毒对奥司他韦和扎那米韦的药物敏感性。提取病毒核酸后一步法RT-PCR扩增NA基因片段,双向测定核苷酸序列,对基因序列和氨基酸序列特征比对分析。结果 在检测的18株B型流感病毒中,有1株Yamagata系病毒对奥司他韦和扎那米韦2种药物的敏感性均降低,此株病毒的NA基因发生H274Y位点突变。其余15株Yamagata系病毒和2株Victoria系病毒均为奥司他韦及扎那米韦的敏感株。结论 随机选取的18株B型流感病毒中大多数病毒对神经氨酸酶抑制剂敏感,临床上可继续使用此类药物对流感患者进行治疗。应加强耐药性监测,警惕耐药株的出现。