云南省登革4型病毒全基因组序列特征研究

目的阐明云南省2015年5株登革4型病毒(DENV-4)流行株的全基因组序列特征及分子流行病学特点。方法采用C6/36细胞培养法分离病毒,用RT-PCR法扩增新分离DENV-4的全基因组序列,采用ClastalX1.83和MEGA6等生物信息学软件进行核苷酸和推导氨基酸序列同源性及系统进化分析。结果从2015年云南省瑞丽市登革热患者血清中分离到5株DENV-4(本地病例2株,来自缅甸腊戍和南坎市输入性病例3株)。经RT-PCR和序列测定,获得这5株DENV-4的全基因组序列(10 661nt),其开放读码框(103-10 264)编码3 386个氨基酸。全基因组或结构蛋白和非结构蛋白基因序列的系统进化和同源性分析表明,云南分离株间高度同源并聚集为一个进化支,并与泰国不同年代DENV-4基因I型(G-I)流行株具有较近的进化关系和较高的同源性,同属G-I。云南株和泰国株均与同基因型的DENV-4原型株(H241,1956年菲律宾)和中国广州1990年B5株亲缘性和同源性都较低。云南株与H241株在结构蛋白或非结构蛋白中分别存在21和45个氨基酸位点差异。结论首次获得云南省DENV-4分离株的全基因组序列并发现它们与近期东南亚DENV-4G-I流行株亲缘关系较近。首次证实云南省存在DENV-4本地流行,传播来源为相邻缅甸北部边境地区。云南分离株某些氨基酸位点的改变是否与其抗原性和毒力有关尚需进一步研究。     

云南中缅边境登革1型病毒全基因组序列特征研究

目的阐明云南省中缅边境地区2013-2015年14株登革1型病毒(DENV-1)全基因组序列特征。方法采用C6/36细胞培养法分离病毒,用RT-PCR法扩增新分离DENV-1的全基因组序列,采用ClastalX1.83和MEGA6等生物信息学软件进行核苷酸和推导氨基酸序列同源性及系统进化分析。结果从登革热患者血清中分离到14株DENV-1,其中瑞丽市9株,临沧市3株,昆明市2株。经RT-PCR和序列测定,获得这14株DENV-1的全基因组序列(10 735nt),其开放读码框(95-10 271)编码3 392个氨基酸。系统进化和同源性分析表明,13株为基因I型(G-I),其中瑞丽和临沧本地病例7株,缅甸输入性病例6株;1株为G-III(昆明的印度输入性病例)。云南13株G-I可分为2个进化群,但均与缅甸、泰国等东南亚流行株具有较近的亲缘关系。云南13株G-I的E基因的核苷酸和氨基酸同源性分别为97.02%-100%和98.78%-100%,它们与6株东南亚G-I参考株的核苷酸和氨基酸同源性分别为96.53%-99.53%和97.33%-100%,与DENV-1原型株US_Hawaii核苷酸和氨基酸同源性分别为93.76%-94.45%和95.86%-96.91%。所有云南株和东南亚参考株与US_Hawaii株在结构蛋白或非结构蛋白的氨基酸位点分别存在44和150个位点差异。结论云南中缅边境地区2013-2015年流行的DENV-1均为G-I,并具有基因多样性特点但均为来自缅甸的多个传播来源。     

广州市2018年输入性登革病毒4型全基因组序列特征分析

目的 本文对广州市2018年输入性DENV-4型病毒的生物学来源进行分析,为本地登革热的防控提供科学依据并累积基线数据。方法 通过传染病监测网络收集广州市2018年输入性DENV-4病例, 对急性期患者血清进行病毒分离培养并对分离到的DENV-4毒株进行全基因组测序、系统发生树重建和生物信息学分析。结果 共分离得到5株DENV-4毒株,其中4株由泰国和柬埔寨输入的分离株均属于DENV-4基因Ⅰ型;菲律宾输入的病例分离株与其他4株亲缘性较低,属于DENV-4基因Ⅱa型;5株分离株间的核苷酸(氨基酸)同源性为90.8%(96.7%~96.9%);经过比对,5株分离株和6株参考株的E蛋白区域有9个位点出现差异,NS1蛋白区域有14个位点出现差异,NS5蛋白区域有25个位点出现差异。结论 本研究对广州地区输入性DENV-4毒株进行全基因组测定,间接地掌握周边国家地区DENV-4的基因特征,为本地登革热的防控和溯源提供基线数据,具有重要的公共卫生意义。     

2019年云南省玉溪市输入性登革热病例实验室检测结果分析

目的 分析2019年云南省玉溪市输入性登革病例的流行病学特征及其病毒分子遗传背景,为当地登革热防控提供科学依据。 方法 采集输入性登革热病例血清标本,用实时荧光RT-PCR进行登革病毒血清型检测,对E基因进行测序及系统进化分析。 结果 2019年玉溪市共监测到23例输入性登革热病例,其中,来自云南省景洪市18例、柬埔寨3例、缅甸和越南各1例。主要分布在江川区(9例)和红塔区(8例)。成年病例为主,以农民(11例)和家务及待业者(5例)为主。共检测20份样本, 17份景洪市输入样本检出11例DENV-1、5例DENV-2、1例DENV-3阳性;2份柬埔寨输入样本检出1例DENV-1阳性;1份缅甸输入样本为DENV阴性。从景洪市输入的DENV阳性样本中得到6条DENV-1、3条DENV-2和1条DENV-3 E基因序列。6株DENV-1 E基因核苷酸相似性为99.4%~100%,与2019年景洪市DENV-1本地流行株和柬埔寨输入株核苷酸相似性为100%,属于基因I型;3株DENV-2 E基因核苷酸相似性为91.1%~99.9%,与2019年景洪市DENV-2本地流行株的核苷酸相似性为99.8%~100%,属于Asian I基因型和Cosmopolitan基因型;1株DENV-3 E基因序列与2019年景洪市DENV-3本地流行株的核苷酸相似性为99.3%,属于基因III型。 结论 2019年云南省玉溪市存在境内外两个来源的登革热输入病例,病例中存在3种血清型登革病毒感染,输入性病例的登革病毒与东南亚地区流行株进化关系最近。今后应进一步加强登革热输入病例的检测与监测。     

云南省1株基孔肯雅毒株全基因组序列测定及特征分析

目的 对1例缅甸输入基孔肯雅热病例血清标本进行病毒分离及全基因组测序,分析其基因特征。方法 采用real-time RT-PCR方法对标本进行检测,分离培养后获得毒株,对病毒核酸扩增后的产物进行全基因组测序,使用DNAStar 7.1软件对测序结果进行拼接,Mega5.0软件对序列进行比对和系统发生树构建。结果 病例血清标本核酸检测显示CHIKV阳性,经分离培养获得CHIKV毒株(YN0627株),全基因组测序得到其序列,YN0627全长为11 586 nt,其基因结构符合CHIKV的基因特征。系统进化分析显示,YN0627与东中南非洲遗传谱系(East, Central and South African Lineage, ECSA)的其他流行株聚集在一起,属于ECSA谱系。YN0627的编码区与参考序列相比,核苷酸同源性为85.24%~99.96%,氨基酸同源性为95.34%~99.97%,结构蛋白编码区域有28个氨基酸变异位点。结论 云南省输入性CHIKV-YN0627属于ECSA谱系,且观察到多个氨基酸位点突变,提示云南省应当加强对CHIKV的监测和研究。     

2015-2016年深圳市登革Ⅲ、Ⅳ型分离病毒株E/NS1基因序列特征

目的 了解2015-2016年深圳市分离的登革Ⅲ、Ⅳ型病毒E/NS1基因序列特征及登革Ⅲ、Ⅳ型病毒流行规律,探究其可能的传播来源。方法 收集2015-2016年深圳市登革热患者病例资料及急性期血清,用C6/36细胞培养分离登革病毒,用FQ-PCR对其进行血清分型,分离成功的病毒株用反转录-聚合酶链反应(PCR)方法扩增E基因和NS1基因,进行序列分析,绘制系统进化树,氨基酸比对分析4个不同血清型NS1蛋白。结果 从5份Ⅲ型的登革病毒标本中成功分离4份病毒株,3份Ⅳ型登革病毒标本中成功分离2份登革病毒;BLAST分析保守E基因结果表明,与DENV-3分离株同源性最高(99%)的毒株主要是印度尼西亚2010和2015年分离株、菲律宾2015年分离株。与DENV-4分离株同源性最高(99%)的毒株主要是菲律宾2013年分离株、印度尼西亚2010分离株、意大利2009年分离株。NS1基因序列分析显示所选4株不同血清型的病毒株氨基酸相似性为77.69%,4个不同血清型的登革热NS1抗原存在5-7个氨基酸保守区域。结论 2015-2016年深圳市输入的登革Ⅲ、Ⅳ型病毒可能来自印度尼西亚和菲律宾,应加强出入境人员的监测工作,避免输入引起本地感染的风险。     

福建省2015年本地登革热病例的病原学特征

目的 分析2015年福建省本地登革热病例部分登革病毒流行株的基因组序列,调查相关病毒株之间的遗传联系,为福建省登革热防控提供病原学证据。方法 采集急性期患者血清,实时荧光RT-PCR检测登革病毒RNA,阳性者分离病毒,扩增病毒基因组并测序,以病毒全长编码区序列进行种系发生分析。结果 2015年福建省先后出现登革1型(DENV1)和登革2型病毒(DENV2)引起的本地暴发疫情,共发生4起聚集性病例,报告41例。分离到DENV1毒株9株,DENV2毒株8株。种系发生分析显示,9株DENV1高度相似,同属于基因1型(G1),提示其共同的输入来源可能为斯里兰卡;而8株DENV2病毒虽然同属于大都市基因型,却分为差异较大的两簇,表明莆田与福州两地疫情相关毒株的遗传关联度较低,可能分别来自马来西亚和印度。结论 2015年共出现4起聚集性本地登革热疫情,部分患者病毒分离株的病原学特征表明,福建省2015年本地登革热暴发疫情存在多个输入来源。     

2017年南京市2株肠道病毒71型分离株全基因组序列测定分析

目的 对2017年南京市2株肠道病毒71型分离株进行全基因组序列测定,分析其进化及遗传变异特征,为手足口病疫情的监控与防治提供依据。方法 通过对临床检测EV71阳性的标本进行病毒分离,设计8对特异性引物对病毒全基因组进行PCR分段扩增,经序列测定及拼接获得EV71基因组序列,将其与其他代表毒株序列分别进行核苷酸和氨基酸同源性比对,并进行遗传进化分析。结果 基因组核苷酸同源性分析显示,2株分离株的同源性为94.0%。以EV71 NJ2017iso2作为参照,与2008年安徽流行株Fuyang 17.08-02的同源性最高(96.9%),而与原型株BrCr的同源性较低(79.8%)。同时基于VP1基因和全基因组序列构建的进化树均可以看出,2株分离株与C4亚型代表株聚为一簇,与国内各地既往的C4流行毒株相比,未发生大的变异。结论 2株EV71分离株均属于C4a型,虽病毒核苷酸序列之间差异显著,但大多为无明显的突变,其相应的氨基酸序列的遗传变化相对稳定。     

一株埃可病毒16型510/YN/CHN/2010的全基因组分析北大核心CSCD

目的分析一株埃可病毒16型(Echovirus 16,E16)云南分离株510/YN/CHN/2010全基因组序列及其遗传特性。方法设计针对E16的引物,提取病毒RNA,RT-PCR扩增病毒目的基因并测序,利用BioEdit 7.2.3、MEGA 7.0和Simplot 3.5.1软件分析其全基因组。结果E16510/YN/CHN/2010全基因组核苷酸序列全长7432 nt,是编码含2196个氨基酸的多聚蛋白。其全VP1和全基因组与原型株Harrington的核苷酸和氨基酸同源性分别为80.68%、49.33%和81.26%、97.26%。与其他埃可病毒原型株的全基因组核苷酸和氨基酸同源性分别为75.72%~88.44%和83.01%~87.65%。系统进化分析将E16分为3个基因型,分离株510/YN/CHN/2010和其他中国分离株均属于B基因型。重组分析显示,510/YN/CHN/2010株可能在非结构编码区的P2段重组。结论510/YN/CHN/2010分离株为E16 B基因型,可能为重组株。     

珠海市不同时期新型冠状病毒基因组测序及溯源分析

目的 对珠海市4例不同时期新型冠状肺炎确证病例的呼吸道标本进行三代测序,获得新型冠状病毒全基因组序列,分析基因组突变及分子溯源情况。方法 采用nanopore 三代高通量测序技术对呼吸道标本中的新型冠状病毒基因组测序,基于artic流程组装病毒基因组序列,运用生物信息学软件分析病毒全基因组序列与参考序列的一致性与进化情况。结果 4份样本均可获得28 298~29 819 bp长度的基因组序列数,基因组覆盖度94.6%~99.7%,共检出46个碱基位点突变、涉及27处氨基酸变异,非同义突变占比58.7%(27/46),非同义突变中以ORF1ab 基因占比最高44.44%(12/27)。系统发育树显示,4份样本分属于B(Zhuhai/ZQ202001/2020)、B.1.36(Zhuhai/YZQ202011/2020)、B.1.1.63(Zhuhai/ZHG9671/2020和Zhuhai/P0717001/2020)进化分支,Zhuhai/ZQ202001/2020与武汉早期输入密切相关,Zhuhai/YZQ202011/2020、Zhuhai/P0717001/2020、Zhuhai/ZHG9671/2020与同时期香港新冠肺炎病例基因组序列相似性最高,与其流行病学调查结果一致。结论 4例珠海市新型冠状肺炎确证病例均为输入病例,不存在本地感染,核苷酸位点变异存在多态性。三代测序技术可有效用于原始样本中新型冠状病毒基因组序列的溯源分析,在地市级疾控应用前景较好。     

杭州市2019年登革病毒分子流行病学研究

目的 了解2019年杭州市登革病毒分子特征和可能的传播来源.方法 收集登革热患者血清样本,分析登革热流行特征.分别采用ELISA和RT-PCR方法检测登革热抗体、登革病毒核酸及其型别,再对核酸阳性样本进行E基因扩增、序列测定和进化分析.结果 2019年杭州共检测登革热病例212例(输入性病例158例,本地病例54例),...     

广州地区2012年1、2型登革病毒基因型特征研究

目的 测定广州市2012年1、2型登革病毒(DENV 1、DENV 2)的E基因序列,探讨其来源及基因型。方法 收集广州市2012年478例登革热患者急性期血清478份,用C6/36细胞培养分离登革病毒,RT-PCR法扩增全长E基因,测定序列并绘制系统发育树,结合流行病学资料进行分子流行病学分析。结果 478例患者标本中分离到DENV 1 6株,DENV 22株,测序获得E基因序列,E基因长度均为1 485 bp,编码495个氨基酸,DENV 1碱基同源性为97.4%~99.9％,推导的氨基酸同源性为99.2%~100.0％,其同源性与2011、2006和2004年份的国内DENV 1流行株接近。DENV 2碱基同源性为91.3%,推导的氨基酸同源性为97.8%,其同源性与我国DENV 2流行株相对较远。进化分析发现,DENV 1均属于同一亚型,即亚洲型,DENV 2属于两个亚型,即马来西亚/印度次大陆和东南亚型。结论 推测广州市2012年DENV 1和DENV 2均为输入性,DENV 1可能由柬埔寨和广东佛山输入,DENV 2可能由孟加拉国和缅甸输入。     

2019年昆明市输入性登革热病例流行病学和病原学特征分析

目的 分析云南省昆明市2019年输入性登革热病例流行病学及病原学特征,为登革热防控提供决策依据。方法 按《全国登革热监测方案》收集2019年昆明市输入性登革热病例信息;采集1—6月部分输入性病例血清,采用实时荧光RT-PCR对血清样本进行登革病毒（dengue virus, DENV）血清型分型,扩增病毒E基因序列并进行系统进化分析。结果 2019年昆明市共报告输入性登革热病例400例,境外输入297例（占74.25%）,主要来自柬埔寨（187例）、缅甸（38例）和老挝（28例）;境内输入99例（占24.75%）,主要来自云南省西双版纳州（93例）。全年均有病例输入,5—10月为输入高峰。男女比例为2.01∶1;各年龄组均有病例报告,以青壮年为主,20～50岁病例占84.25%;职业主要为家务及待业人员（占19.50%）、商业服务人员（占14.00%）、干部职员（占13.00%）、农民（占11.50%）和工人（占10.75%）。1—6月共采集60份输入性登革热病例血清样本,来源国为柬埔寨（49例）、老挝（1例）、缅甸（3例）、越南（3例）、泰国（1例）和非洲地区（3例）,共检出29例D...     

Phylogeny of dengue viruses circulating in Jeddah, Saudi Arabia: 1994 to 2006

The nucleotide sequence of the 240 bp E/NS1 junction of 81 dengue viruses isolated from cases in Jeddah, Saudi Arabia was determined and used to serotype the viruses. The nucleotide sequences of the complete Envelope (E) genes of 19 isolates were used for a phylogenetic analysis of the dengue viruses circulating in Saudi Arabia from 1994 to 2006. Three of the four dengue serotypes (DENV-1, DENV-2 and DENV-3) were found to circulate, often with more than one serotype in each outbreak. There was a major outbreak caused by DENV-1 and DENV-2 in 1994 while DENV-3 emerged in 1997. In the summer of 2004, all three serotypes were isolated and this gave way to an extended outbreak of DENV-1 that stretched from the summer of 2005 through early 2006. In the 1994 outbreak, the DENV-1 circulating was from the America-Africa genotype (lineage India-2) while the most recent outbreak in 2005 and 2006 was caused by a different DENV-1 strain from genotype Asia (lineage Asia-2), suggesting a re-introduction of DENV-1 a decade after the first introduction in 1994. There has been no change in the genotypes of DENV-2 (cosmopolitan genotype) and DENV-3 (genotype III) circulating since introduction in 1994 and 1997, respectively.     

2014年福建省南平市登革病毒E基因序列分析

目的 测定2014年南平市登革暴发相关登革病毒E基因序列,探讨其输入来源及基因型别.方法 将患者急性期血清接种C6/36细胞,分离登革病毒,通过RT-PCR进行血清型鉴定,扩增全长E基因,测定序列并绘制系统进化树.结果 共分离到4株DENV-1,2株DENV-2,扩增并测序获得E基因全长序列,4株南平地区DENV-1型分离株之间同源性为100%,与D13459(Donguang)分离株同源性也高达99.7%;2株DENV-2型分离株与DENV2/CN/GZ05/2014分离株的同源性均达100%.系统进化分析发现,4株DENV-1病毒株与来自广东及印度的毒株处于同一进化树分支,均为基因Ⅴ型;2株DENV-2病毒株与来自广东及新加坡的毒株处于同一进化树分支,均为基因Ⅳ型.结论 福建省南平市本次登革热本地病例暴发可能是由广东或者东南亚地区的登革热输入病例引起的.