安徽省2008-2010年宋内氏志贺菌分子流行病学分析

目的对安徽省2008-2010年宋内氏志贺氏菌进行分子流行病学分析,为安徽省的菌痢检测和监测搭建分子平台。方法应用纸片扩散（kirby-bauer,K-B）法进行药物敏感试验;应用聚合酶链式反应（polymerase chain reaction,PCR）方法对20株宋内氏志贺氏菌进行基因分析;运用脉冲场凝胶电泳（pulsed-field gel electrophoresis,PFGE）技术进行亲缘性分析。结果 20株宋内氏志贺菌对氟哌酸（ciprofloxacin,CIP）和先锋必（cefoperazone,CPZ）最为敏感,敏感率达100%;多重PCR结果显示除志贺毒素1（shiga toxin 1,SET1）为阴性外,其余三种基因:侵袭性质粒H抗原（invasion plasmid antigen H,ipaH）、志贺肠毒素2（shiga toxin 2,SET2）、志贺菌增殖和侵袭相关的毒力基因（invasion associated locus,ial）皆为阳性;20株菌用XbaⅠ酶切后经PFGE电泳后可分为6个主要型别。结论安徽省受试20株宋内氏志贺菌多重耐药现象严重且基...     

深圳市志贺菌脉冲场电泳分子分型分析

目的 分析深圳市2001-2006年分离志贺菌菌株之间的相关性,初步建立志贺菌的脉冲场电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)分子分型监测网络.方法 55株志贺菌基因组DNA经Xba Ⅰ酶切,通过PFGE获得电泳图谱,利用BioNumerics软件对图谱进行聚类分析.结果 55株志贺菌被分为41种PFGE图谱,聚类分析显示32株细菌谱型属于同一个群,其余菌株谱型差异较大.结论 深圳地区存在遗传紧密相关的志贺菌流行克隆,也存在遗传不相关克隆.PFGE分子分型监测网络的建立,有助于细菌性痢疾的主动监测、暴发调查和传染源追踪.     

安徽省2007～2008年志贺氏菌流行株菌型分布及脉冲场分子分型

目的了解安徽省志贺氏菌的流行菌型,并建立脉冲场凝胶电泳（PFGE）分子分型方法,为菌痢防控提供理论基础。方法对22株志贺氏菌进行血清分型、药物敏感试验和PFGE试验。结果22株志贺氏菌血清分型：B群19株,占总数86.5%;C群1株,占总数的4.5%;D群2株,占总数的9.0%。成功建立了菌痢的PFGE分子分型方法,并将我省22株流行株分为若干带型。试验结果进一步作聚类分析。结论安徽省菌痢流行株以福氏为主;安徽省PFGE分子分型方法和初步带型数据库对提高细菌检测水平有一定意义。     

杭州地区1998—2005年志贺菌分子分型及变异研究

脉冲场凝胶电泳(PFGE)是一种重复性好、分辨率高的细菌分子分型方法,已被广泛应用于病原性细菌的分子流行病学研究。作者利用PFGE分子分型方法对1998-2005年杭州地区分离到的116株志贺菌进行分子分型,以探索志贺菌的PFGE型别变异情况。1.材料与方法:①菌株来源:试验菌株由杭州市和所辖县(市、区)疾病预防控制中心(CDC)提供,所有菌株均分离于腹泻患者的粪便。②PFGE分型:按照2005年美国CDC公布的宋内志贺菌PFGE标准化方法操作,Marker为沙门菌Braenderup血清型H9812株。电泳条件:电压6V,脉冲参     

志贺菌261株菌型分布及耐药分析

目的了解上海市闵行区志贺菌菌型分布及药物敏感特点,为痢疾防治提供科学依据。方法将2007—2009年送检的肠道腹泻病人中分离出的志贺菌进行菌型分型,采用K-B法进行药物敏感试验。结果 2007—2009年间共检出261株志贺菌,主要为福氏志贺菌和宋氏志贺菌。其中福氏志贺菌190株(72.80%),宋氏志贺菌71株(27.20%)。190株福氏志贺菌中有10个血清型(F1 a14株,F2 a100株,F2b13株,F4 a4株,F4 c38株,FX变种7株,FY变种11株,F4b、F5 a、F6型各1株)。261株志贺菌对复方新诺明、氨苄西林、四环素、利福平、萘啶酸的耐药率分别为87.36%、88.12%、86.97%、81.23%、96.93%。结论该区志贺菌的耐药情况严重,且多重耐药,所以应加强耐药性监测和防治。     

福氏志贺菌4c型暴发和散发菌株的脉冲场凝胶电泳分型

目的了解杭州地区福氏志贺菌4c型暴发菌株和散发菌株的分子分型特征。方法对2003和2005年杭州地区的2次食物中毒暴发分离的福氏志贺菌菌株（暴发1和暴发2,菌株数分别为13株和12株）和2005年1例散发腹泻患者分离的福氏志贺菌4c型离株（1株）进行生化鉴定和血清分型,PCR检测侵袭性抗原基因ipaH,改良Kirby-Bauer纸片法检测菌株的耐药谱及脉冲场凝胶电泳（pulse field gel electrophoresis,PFGE）进行分子分型。结果暴发1中分离的13株菌株均为福氏4c型,但检测的6株菌株间的PFGE图谱存在着相当的差异,Dice系数为0．78至0．92。暴发2中分离的菌株有10株福氏4c型和2株福氏x型,所有菌株的PFGE图谱几乎完全一致。暴发2分离株和暴发1的部分分离株可能存在着一定相关性（Dice系数大于0．8）,而散发菌株与2起暴发的绝大部分菌株间的距离较远（Dice系数小于0．8）。暴发1、暴发2的分离株和1株散发菌株对14种抗生素的耐药谱略呈差异,暴发2中分离的福氏4c型和x型菌株的耐药谱一致。结论PFGE能够很好地辨别福氏志贺菌4c型的两起暴发菌株和1株散发菌株。福氏志贺菌4c型菌株具有易变性,可在暴发流行过程中产生PFGE图谱的差异、血清亚型的转换、耐药谱的变化等。     

天津地区志贺菌志贺肠毒素基因分布与脉冲场凝胶电泳分型研究

目的 了解天津地区志贺菌流行株的志贺肠毒素基因分布和PFGE分子分型情况.方法 采用PCR方法检测天津地区2005-2007年分离的62株志贺菌编码志贺肠毒素的基因(set1A、set1B、sen),并用脉冲场凝胶电泳(PFGE)对菌株进行分子分型和聚类分析.结果 62株志贺菌中福氏志贺菌占58.06%,其中福氏2b...     

山东省2011-2014年志贺氏菌分子分型及耐药性分析

  目的  通过对山东省2011-2014年分离的志贺氏菌（Shigella）进行血清、毒力基因、分子分型和药敏等分析,了解山东省志贺氏菌的特性及流行趋势。  方法  用玻片凝集法进行血清分型,PCR方法扩增相关毒力基因,用脉冲场凝胶电泳技术进行分子分型,采用微量肉汤稀释法测定菌株抗生素敏感性。  结果  44株志贺氏菌主要为福氏志贺氏菌（Shigella flexneri）（54.55%）和宋内志贺氏菌（Shigella sonnei）（43.18%）。ipaH、set1、sen、ial毒力基因携带率分别为100%、43.18%、56.82%、50.00%。经脉冲场凝胶电泳分型（pulsed field gel electrophoresis,PFGE）,福氏志贺氏菌被分为18种带型,且总体相似度偏低;宋内志贺氏菌被分为14种带型,且89.47%的菌株相似度在90%以上。44株志贺氏菌对15种抗生素中的14种均存在不同程度的耐药。93.18%的菌株为多重耐药菌株。  结论  山东省志贺氏菌以福氏和宋内血清群为主,毒力基因携带率高,有聚类分布出现,耐药严重,应加强对志贺氏菌菌型、溯源和耐药性的监测。     

江苏省2010年宋内志贺菌耐药相关整合子分析及分子分型研究

目的分析江苏省2010年宋内志贺菌的整合子分布及分子分型特征。方法对江苏省2010年分离的33株宋内志贺菌采用K-B纸片法检测抗菌药物敏感性,联合PCR和限制性片段多态性(RFLP)进行整合子分类和可变区检测,利用测序技术判断整合子可变区耐药基因,应用脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行分子同源性分析。结果宋内志贺菌多重耐药率为63.64%,对复方新诺明、四环素、萘啶酸和氨苄西林耐药率较高,分别为84.85%、75.76%、66.67%和63.64%。33株宋内志贺菌中51.52%的菌株检出I类整合子,其中4株可变区阳性,携带dfrA17-aadA5基因盒;81.82%的菌株检出II类整合子,携带dfrA1-sat1-aadA1基因盒;两类整合子同时存在时耐药性更为显著。PFGE图谱分为13个不同带型,同一带型菌株大多分散于江苏各地。结论整合子在宋内志贺菌中广泛存在,参与其多重耐药机制。多重耐药性在不同地区、不同克隆的菌株间扩散传播。     

2008-2009年北京市沙门菌流行特征和分子分型

目的 分析2008-2009年北京市沙门菌流行特征及脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型. 方法 对2008-2009年通过WHO全球沙门菌监测系统及北京市肠道门诊监测系统分离到的137株沙门菌进行生化鉴定、血清分型和相关流行病学分析;利用PFGE进行分子分型. 结果 北京市2008-2009年沙门菌的流行具有明显季节性,6-9月份高发,共分离菌株84株,占64.1%(84/131);患者年龄多为18～40岁,占46.1%(58/128);男性80例,女性51例,男女比例为1.57:1.137株沙门菌分属于20种血清型,其中肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌为优势菌型,分别占46.7%(64/137)和17.5%(24/137).共分71种PFGE带型,其中肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌都有16种PFGE型别.肠炎沙门菌的4种PFGE型别(JEGX01.CN0001、JEGX01.CN0003、JFGX01.CN0002、JEGX01.CN0019)和鼠伤寒沙门菌的JPXX01.CN0001为优势分子型别. 结论 2008-2009年北京市沙门菌的流行具有性别、年龄和季节性分布特征;PFGE分子型别较多,且存在差异明显的多个克隆系.

Abstract：

Objective To study the epidemiological characteristics and molecular phenotypes of Salmonella by pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) in Beijing from 2008 to 2009. Methods A total of one hundred thirty-seven isolates recovered from the WHO Global Samonella Surveillance system and entero clinic surveillance system were identified by biochemical tests and serotyping.The related epidemiological informations were also analyzed.The isolates were further typed by PFGE. Results The prevalence of Salmonella from 2008 to 2009 showed obvious seasonal character.High incidence occurred from June to September,and 64.1% (84/131) isolates were recovered in this period.Patients of 18-40 year-old were 46.1% (58/128) and 80 patients were male and 40 patients were female with the ratio of 1.57:1.These 137 Salmonella isolates belonged to 20 serotypes,including Enteritidis (46.7%,64/137) and Typhimurium (17.5%,24/137) as the dominant serotype.In total,71 PFGE profiles were identified.Four PFGE patterns of S.Enteritidis isolates (JEGX01.CN0001,JEGX01.CN0003,JEGXO1.CN0002,JEGX01.CN0019) and S.Typhimurium pattern of JPXX01.CN0001 were dominant patterns. Conclusion The prevalence of Salmonella from 2008 to 2009 showed distribution characteristics of sex,age and seasons.The numerous PFGE patterns of Salmonella showed diversity of these isolates and different clones existed in Beijing.     

1997-2010年宁夏回族自治区小肠结肠炎耶尔森菌致病性的基因特征

目的 了解宁夏回族自治区小肠结肠炎耶尔森菌主要毒力基因分布情况和致病性小肠结肠炎耶尔森菌分子分型特征。方法 于1997-2010年在宁夏回族自治区共分离得到283株小肠结肠炎耶尔森菌,用PCR法分析其黏附侵袭位点基因(ail)、耐热肠毒素A基因（ystA）、ystB、黏附素基因（yadA）、毒力活化因子基因（virF）;应用限制性内切酶Not Ⅰ酶切致病性小肠结肠炎耶尔森菌染色体DNA进行脉冲场凝胶电泳(PFGE),利用BioNumerics软件进行聚类分析。结果 209株O∶3、O∶9血清型小肠结肠炎耶尔森菌中ail、ystA、yadA、virF毒力基因阳性,ystB为阴性的占97.6％( 204/209);O∶8血清型和未开展血清分型的菌株5种毒力基因全部阴性;11株O∶5血清型有9株5种毒力基因全部阴性。将致病性菌株进行PFGE分型,根据染色体DNA的Not Ⅰ酶切图谱,将29株O∶3血清型分成12个PFGE带型,包含5株以上的优势PFGE带型有2种。180株O∶9血清型菌株分成13个PFGE带型,包含10株以上的优势PFGE带型有4种,各自是从同一地区猪与家鼠、猪与犬、猪与野兔分离。结论 宁夏地区O∶3、O∶9血清型小肠结肠炎耶尔森菌具有致病性,O∶3逐步成为如今的优势血清型;O∶5、O∶8与血清未分型的菌株无致病性。     

一起食物中毒事件的金黄色葡萄球菌分子分型研究

目的 运用分子分型方法分析一起在广州发生的由金黄色葡萄球菌所致的重大食物中毒事件,并进行溯源.方法 在常规分离的基础上,采用荧光定量PCR检测所获得的金黄色葡萄球菌特异耐热核酸酶基因(nuc)、耐甲氧西林决定基因(mecA)和其他5种肠毒素基因(sea,seb,sec,sed,see),并对16 S rRNA核苷酸进行序列扩增和使用DNAStar MegAlign 5.0软件分析,同时应用脉冲场凝胶电泳(PFGE)和BioNumerics Version 4.0软件进行聚类分析.结果 10株金黄色葡萄球菌特异性nuc基因均为阳性,其中7株分离菌的肠毒素sea,seb基因为阳性,分离菌可以分为4个16 SrRNA型别和5个PFGE型别.结论 本次食物中毒事件至少由3株以上亲缘关系相近的产毒金黄色葡萄球菌污染食物所致,分子分型方法可以为疫情溯源提供分子流行病学证据和支持.     

中国2000-2008年间甲型副伤寒沙门菌脉冲场凝胶电泳和多位点序列分析

目的 分析我国2000-2008年间甲型副伤寒沙门菌流行株的分子分型及病原进化上的特征.方法 应用以Spe Ⅰ为限制性内切酶的脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)方法 和基于9个管家基因位点(aroC、thrA、hisD、purE、sucA、dnaN、hemD、adk和purA)的多位点序列分析(multilocus sequence typing,MLST)分型方法 ,对我国2000-2008年间分离自10个地区的118株甲型副伤寒沙门菌流行株进行分析.结果 应用PFGE方法 将118株甲型副伤寒沙门菌分为32个型,其中包含5株以上的优势PFGE带型有5种.而应用MLST方法 ,所有菌株只分出了2个序列分型(sequence type,ST),各菌株的管家基因序列高度保守,呈现高度克隆化.结论 中国2000-2008年间甲型副伤寒沙门菌菌株应用MLST这种分型方法 很难区分,MLST不适于甲型副伤寒沙门菌的暴发调查和流行病学监测.目前中国的甲型副伤寒是由高度克隆化的菌株引起全国范围的扩散 流行.随着年份的变迁,也积累了散在的变异.     

2008年海南省霍乱暴发分离株的分析

目的 分析海南省2008年霍乱暴发菌株的分子分型成簇性,为疫情分析提供分离株的病原学特征,协助疫情判断.方法 从本次霍乱疫情患者中分离69株,外环境分离7株[其中患者家厕所1株,水样1株,患者家附近鱼(池)塘3株,患者上卫生所就诊时呕吐地面的涂抹拭子1株和海南大学食堂菜刀涂抹拭子1株]共76株,对分离株进行常规病原学检测,利用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术获取受试菌株的DNA分子指纹图谱并对其结果进行聚类分析,将PFGE图像应用BioNumerics(Version4.0)数据库软件(Applied Maths BVBA,Belium)进行处理,识别图像条带,自动生成得出相似系数.结果 2008年海南省暴发霍乱疫情中分离的76株霍乱菌株中,6月份分离到的5株分离菌株图谱相同,相似系数达100%;10-11月份自患者和环境水体中分离到的70株菌图谱完全一致,相似系数达100%,但与6月份分离株的图谱不同;1株在暴发中分离自食堂菜刀的菌株,其图谱与其他菌株差异较大,相似系数为79.7%.结论 海南2008年存在不同的霍乱暴发,10-11月出现在不同市县的疫情可能属于一起较大范围的流行,环境水体污染是传播的不可忽视的环节.     

甘肃省2006-2009年细菌性痢疾耐药谱及脉冲场凝胶电泳分析

目的 对中国甘肃省2006-2009年细菌性痢疾监测点分离到的志贺菌进行耐药谱和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型研究,探讨甘肃省细菌性痢疾的分子流行病学特征.方法 对2006-2009年甘肃省细菌性痢疾监测点分离到的473株志贺菌进行血清型及耐药性分析;采用限制性内切酶对2009年分离的166株志贺菌进行PFGE分型...     

2008～2010年山东省手足口病疫情分析

[目的]了解山东省手足口病的流行特征及流行趋势,为制订手足口病的防治策略提供科学依据。[方法]对2008～2010年山东省手足口病资料进行分析。[结果]2008～2010年山东省手足口病报告病例313 703例(其中重症病例8 482例、死亡53例),年均发病率为111.03/10万。2008～2010年发病率分别为35.20/10万、147.88/10万、149.38/10万。2008～2010年年均发病率,日照市最高为208.76/10万,济宁市最低为59.59/10万;男性为138.31/10万,女性为83.11/10万(P<0.01)。313 703例中,散居儿童占72.65%,幼托儿童占24.41%;0～5岁报告病例的占94.27%;5～7月发病的占61.25%。2008～2010年共报告实验室诊断病例6 423例,其中肠道病毒71型占40.62%,柯萨奇病毒A16型占31.65%,其他肠道病毒占27.73%。全省共报告10例以上的手足口病暴发疫情205起,发病3 345例,其中发生在托幼机构174起,发病2 817例。[结论]2008～2010年山东省手足口病疫情呈高发态势,发病存在明显季节、地区、性别、年龄、病原差异。     

广东省和广西壮族自治区部分地区2014-2016年宋内志贺菌病原学特征分析

目的 了解2014-2016年广东省和广西壮族自治区部分地区宋内志贺菌暴发分离株及散发分离株的病原学特征。方法 对2014-2016年广东省和广西壮族自治区柳州市分离的14株宋内志贺菌暴发菌株和6株散发菌株进行抗生素敏感性试验和PFGE分析,并选择其中6株代表菌株进行全基因组测序,与NCBI上获取的51株国内外宋内志贺菌的基因组进行遗传进化分析。结果 抗生素敏感性检测结果显示,试验菌株对氨苄西林、四环素、庆大霉素、复方新诺明和萘啶酸有较高的耐药性,对阿奇霉素、氯霉素和亚胺培南完全敏感。PFGE分子分型显示,不同地区不同来源的分离株之间PFGE指纹图谱有很高的相似度（93.2%）,基于全基因组的遗传进化分析显示,广东省和广西壮族自治区柳州市的宋内志贺菌分离株同处在一个进化分支上,与来自韩国的菌株亲缘关系最为接近。结论 广东省和广西壮族自治区部分地区分离的宋内志贺菌对常用抗生素具有较高的耐药性,对阿奇霉素、氯霉素和亚胺培南有较高的敏感性。试验菌株之间具有相似的PFGE指纹图谱,遗传进化关系相近。     

深圳市2007--2008年腹泻病副溶血弧菌监测及分子特性分析

目的 了解深圳地区2007年和2008年腹泻病副溶血弧菌感染状况和临床分离株的分子生物学特征.方法 4个哨点监测医院每月至少对80份腹泻病例的粪便样本进行致病菌分离培养.对所分离的361株副溶血弧菌进行血清型分型和两个主要毒力基因tdh和trh的检测.对2007年8月和2008年9月6个疑似腹泻暴发地点的60株O3:K6型副溶血弧菌分离株进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型.结果 4个哨点临测医院共检测4384份标本,分离出361株副溶血弧菌,361株副溶血弧菌分属于28种不同的血清型,其中O3:K6型占67.90%,其次是O4:K8和O1:KUT血清型,所占比例分别为7.50%和6.10%.深圳地区腹泻病副溶血弧菌临床分离株主要是tdh+trh-菌株,361株菌株中有337株是tdh+trh-菌株,11株为tdh-trh-菌株,13株为tdh+trh+菌株.60株副溶血弧菌分型得到20种图谱类型,分别属于3个克隆群.分离自同一个地点的副溶血弧菌菌株具有相同的PFGE图谱,来自不同年份的菌株仅有部分菌株有相同的PFGE图谱.结论 深圳地区腹泻患者的副溶血弧菌分离菌株主要以O3:K6型为主,大部分菌株携带tdh基因,少数携带trh基因.来自6个地点的副溶血弧菌都具有相同的PFGE图谱,说明该地区存在副溶血弧菌腹泻病的暴发.但2007年和2008年菌株的PFGE图谱又不相同,说明副溶血弧菌的来源存在多样性.