宏基因组二代测序在间质性肺病伴感染患者中的应用

目的:探讨宏基因组二代测序(mNGS)在间质性肺病(ILD)伴肺部感染患者中的初步应用。方法:本研究为病例对照研究。采用单纯随机抽样法,选取2018年1月至2019年8月南京大学医学院附属鼓楼医院呼吸与危重症医学科住院、诊断为ILD伴感染患者61例为研究对象。按照是否进行mNGS检测,分为mNGS组( n＝...     

外周血宏基因组二代测序对肺孢子菌肺炎的诊断价值

目的:研究探讨外周血宏基因组二代测序技术(mNGS)在免疫抑制剂治疗的肾脏疾病患者合并肺孢子菌肺炎(PCP)的诊断价值。方法:选取肾脏疾病接受免疫抑制治疗后合并弥漫性肺部感染、临床拟诊为PCP的患者37例作为观察组,另选取25例临床确诊为其他病原导致肺部感染的患者作为对照。使用mNGS检测患者外周血中的病原种类和序列,评价mNGS对PCP的检测效能,比较mNGS与传统临床诊断PCP方法(真菌G联合乳酸脱氢酶检测)的效能差异。结果:观察组患者送检外周血样本37份,其中35份mNGS检出耶氏肺孢子菌(PJ)序列,敏感度94.59%,特异度100%;31例患者为混合型感染,27例检出病毒序列(19例为巨细胞病毒),8例合并细菌感染。对照组25份血标本PJ序列均为阴性。真菌G联合乳酸脱氢酶检测的敏感度89.19%,特异度56.0%;mNGS的特异度显著高于真菌G联合乳酸脱氢酶检测。结论:mNGS较传统诊断PCP的方法有明显优势,可同时检出混合感染的病原,对免疫抑制合并肺部感染的诊断有重要意义。     

肺泡灌洗液联合mNGS在免疫抑制合并肺部感染病原学的应用

目的 了解肺泡灌洗液联合宏基因组下一代测序技术(mNGS)在免疫抑制合并肺部感染中病原学诊断的应用价值。方法 回顾分析2020年1月-2022年5月确诊为肺部感染的免疫抑制患者71例及非免疫抑制患者167例的临床资料，同时收集患者痰培养/痰涂片、肺泡灌洗液联合mNGS病原学的检出结果，针对肺泡灌洗液联合mNGS在免疫抑制合并肺部感染患者中的诊断及治疗指导效能进行分析，并绘制ROC曲线。结果 免疫抑制组中肺泡灌洗液联合mNGS检出病原体阳性率高于常规痰培养，差异有统计学意义(P<0.05); CRP、PCT、住院费用、住院天数等指标免疫抑制组均高于非免疫抑制组，淋巴细胞绝对计数低于非免疫抑制组(P<0.001)。将免疫抑制组分为4个亚组，其中肾移植组住院天数及住院费用均高于外在激素类免疫抑制组(P<0.05);而淋巴细胞绝对计数及中位年龄均低于外在激素类免疫抑制组(P<0.05);免疫抑制组各亚组间肺泡灌洗液联合mNGS、痰培养与预后之间关系无统计学差异(P>0.05)。肺泡灌洗液联合mNGS阳性患者的预后优于阴性的患者，差异有统计学意义(P<0.00...     

宏基因组二代测序技术在2型糖尿病合并肺部感染患者中的临床应用

目的 比较宏基因组二代测序技术(metagenomic Next-Generation Sequencing, mNGS)与传统病原学诊断方法对2型糖尿病患者肺部感染病原学诊断的优劣，为临床诊治提供参考依据。方法 对阜阳市人民医院在2021年11月至2023年3月就诊的103例2型糖尿病合并肺部感染患者进行回顾性分析，均接受传统培养及mNGS检测，比较两种不同检测方法对病原体检测的阳性率、病原学分布及检测结果的一致性；比较两种不同检测方法的敏感度、诊断效能；比较不同分组患者mNGS阳性检出率。结果 mNGS检测对肺部感染病原检出阳性率、诊断敏感度显著高于传统检测方法(81.55%vs 42.72%,P<0.001);(92.68%vs 51.21%,P<0.001),但是两者一致性较差(Kappa=0.179<0.4)。在各个亚组mNGS检出阳性率的比较中，合并肺基础疾病组检出阳性率更高(93.02%vs 73.33%,P<0.05)。结论 mNGS检测可提高2型糖尿病合并肺部感染患者病原体的检出率，尤其是在真菌、病毒、特殊病原体方面。     

脑脊液宏基因组第二代测序在艾滋病疑似中枢神经系统感染性疾病中的应用

目的 评估宏基因组第二代测序(mNGS)在艾滋病疑似中枢神经系统(CNS)感染中的应用价值,为艾滋病合并CNS感染诊断提供参考.方法 对重庆市公共卫生医疗救治中心2019年7月至2020年7月收治的73例艾滋病疑似CNS感染并行脑脊液mNGS患者的资料进行回顾性分析,收集患者临床表现、影像学资料、脑脊液检查结果,计算感...     

基于宏基因组的二代测序技术在重症肺炎患者病原体快速检测中的应用价值探讨

目的探讨基于宏基因组的二代测序技术(mNGS)在重症肺炎患者病原学检测中的应用价值。方法纳入2018-07~2019-05收治的重症肺炎患者26例,比较mNGS与传统检测方法对病原菌的诊断效能,同时评价抗生素暴露对检出率的影响。结果mNGS检出病原菌的阳性率为92.3%,高于传统培养方法的42.3%,差异有统计学意义(P<0.05)。在使用抗生素的前提下,mNGS的阳性率(91.3%)显著高于传统方法(43.5%),差异有统计学意义(P<0.05)。结论mNGS对病原菌鉴定具有较高的灵敏度,而且使用抗生素对mNGS检测结果影响小,对感染患者的诊治及疗效有着重要的临床应用价值。     

mNGS在发热血液肿瘤患者血液病原体检测中的应用及细菌检出阳性预测模型构建

目的 观察宏基因组二代测序技术（mNGS）在发热血液肿瘤患者病原体检测中的应用效果，并构建mNGS细菌检出阳性预测模型。方法 发热血液肿瘤患者104例，同时行外周血mNGS检测及常规检测（血培养、真菌培养及涂片、G/GM试验、EBV及CMV病毒定量检测、痰抗酸染色、PPD试验、T-SPOT、IGRAs、十三项病原菌检测及十一项病原菌检测），比较mNGS与常规检测技术的病原体检出率。以mNGS细菌检出阳性为因变量，以性别、年龄、白细胞、中心粒细胞、淋巴细胞、hs-CRP、降钙素原、血清血蛋白、IL-6、D-二聚体、合并肺部感染、低蛋白血症、骨髓抑制、粒细胞缺乏症为自变量，Logistic回归分析发热血液肿瘤患者mNGS细菌检出阳性的独立影响因素。基于独立影响因素建立发热肿瘤患者mNGS细菌检出阳性的预测模型。ROC评估细菌检出阳性预测模型的预测效能。结果 发热血液肿瘤患者mNGS细菌及病毒检出率高于常规检测技术（P均<0.05）。hs-CRP升高、合并肺部感染、合并低蛋白血症是发热肿瘤患者mNGS细菌检出阳性的独立影响因素（OR值分别为1.010、5.048、3.563,P均<...     

支气管肺泡灌洗液送检mNGS对影像学不典型疑似肺结核的诊断及鉴别诊断的临床应用价值

目的探究支气管肺泡灌洗液(BALF)送检宏基因组二代测序(mNGS)对影像学不典型疑似肺结核的诊断及鉴别诊断的临床应用价值。方法本研究为横断面研究。采用单纯随机抽样方法, 收集2020年5月至12月在南京市第二医院行气管镜检查, 影像学不典型且痰结核菌涂片阴性的疑似肺结核患者合计86例的临床资料, 统计分析BALF并行送检mNGS、分枝杆菌培养+鉴定、GeneXpert MTB/RIF分析(Xpert)的结果。结果 86例疑似肺结核患者中, 因数据不完整去除22例, 最终纳入分析64例, 其中诊断活动性肺结核患者44例, 排除肺结核诊断患者20例。在诊断活动性肺结核方面, mNGS的敏感度与Xpert相当(36.36%比34.09%), 高于分枝杆菌培养检测(36.36%比18.18%);并行分枝杆菌培养+Xpert+mNGS的联合诊断可有效提高肺结核病原检测的敏感度(54.55%);同时mNGS还以非靶向方法检测到3例活动性肺结核合并其他病原体的混合感染。对于抗酸杆菌涂片阴性影像学不典型的20例疑似肺结核患者鉴别诊断方面, mNGS检测到13例结核分枝杆菌以外的病原体(13/20, ...     

mNGS在诊断鹦鹉热衣原体肺炎中的临床应用

目的 探讨肺泡灌洗液宏基因二代测序技术(mNGS)在诊断鹦鹉热衣原体肺炎中的临床应用。方法 选择2021年1月至2022年11月本院经mNGS确诊为鹦鹉热衣原体肺炎的11例住院患者进行临床影像学和病原学观察。结果 11例患者中,男性6例,女性5例,其中饲养家禽者4例,家禽屠宰者3例,饲养鸽子者1例。在诊断后使用多西环素、阿奇霉素和喹诺酮类药物(莫西沙星、左氧氟沙星)后,其中10例患者治愈;1例患者治疗后体温下降,病灶部分吸收后给予抗结核治疗,1例患者使用莫西沙星针后出现皮疹。结论 鹦鹉热衣原体肺炎患者多有家禽、鸽子等接触史,有明显的肺部症状,mNGS技术可以提高鹦鹉热衣原体肺炎的诊断,并及时的进行治疗,提高患者的预后。     

外周血宏基因组二代测序在肺炎中的应用价值

目的 评估外周血宏基因组二代测序(mNGS)技术在肺炎患者中微生物检测方面的应用价值。方法 使用回顾性分析的方法，收集常州市第二人民医院收治的28例使用外周血mNGS技术进行病原学检测的肺炎患者，并与常规微生物学检测(CMT)方法进行比较。结果 在这28例患者中，重症肺炎有19例，非重症肺炎有9例。mNGS对微生物的检出率(78.6%,22/28)与CMT(64.3%,18/28)相比差异无统计学意义(P=0.338)。mNGS对病毒的检出率高于CMT(P=0.004),但是在检出细菌(P=0.625)和真菌(P=0.118)方面无明显优势。进一步在重症肺炎患者的亚组分析中得到了同样的结果。经过综合评估，7例患者通过mNGS确诊病原体，分别为耶氏肺孢子菌(PJ)2例，PJ合并巨细胞病毒(CMV)2例，鹦鹉热衣原体2例和腺病毒1例。结论 尽管血mNGS对病原微生物的检出率并不优于CMT,但是当病毒、PJ或鹦鹉热衣原体感染时，可以考虑使用血mNGS进行病原学诊断。     

宏基因二代测序技术在肺部阴影发热病例诊断中的应用价值

目的 探讨支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid, BALF)病原宏基因二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)技术在肺部阴影发热病例诊断中的价值。方法 回顾性分析我科收治的94例病例，均收集BALF同时行病原mNGS及传统检测(微生物培养+涂片镜检),比较两种方法诊断效能，并分析mNGS结果的影响因素。结果 以最终诊断为准，mNGS与传统检测比较：病原阳性率76.6%vs 19.1%、灵敏度83.5%vs 20.3%、阴性预测值40.9%vs 17.1%、诊断符合率79.8%vs 30.9%、混合感染检出率45.6%vs 7.6%,mNGS组明显优于传统组(P<0.05);且mNGS检出病原种类、数量及时间有明显优势。经二元Logistic分析基础疾病数量、发热可能是mNGS阳性结果的影响因素；检测公司及抗生素使用时间影响较小。结论 与传统检测相比，BALF的病原mNGS检测高效快速，有助于肺部阴影发热病例诊断和鉴别诊断。     

肺泡灌洗液宏基因二代测序技术对下呼吸道感染病原体检测的优势

目的探讨肺泡灌洗液宏基因二代测序技术(mNGS)对下呼吸道感染病原体检测的优势及指导治疗作用。方法回顾性分析2018年5月至2019年5月在浙江大学医学院附属邵逸夫医院就诊的下呼吸道感染患者56例,所有患者均行支气管镜肺泡灌洗夜mNGS检测与传统培养(包括痰培养及灌洗液培养)检查,比较灌洗液mNGS与传统培养检测的阳性率、检测病原体的分布、病原体检测的一致性;在传统培养阴性患者中,比较灌洗液mNGS阳性患者与灌洗液mNGS阴性患者的治疗效果;并利用多因素logistic回归法分析灌洗液mNGS对病原体检出率的影响因素。结果灌洗液m NGS检测的阳性率高于传统培养(69.6%对25.0%),差异有统计学意义(P0.05)。在传统培养无法检测到病原体的患者中,根据灌洗液mNGS阳性结果调整抗病原微生物药物后治疗效果明显好于经验性抗感染治疗(88.0%对40.0%),差异有统计学意义(P0.05)。多因素logistic回归法分析灌洗液mNGS对病原体检测的影响因素中,未发现有影响因素存在。结论采用灌洗液mNGS检测可以提高下呼吸道感染患者病原体的检出率,特别是对病毒、真菌及特殊病原体。在传统培养无法检测到病原体的患者中,灌洗液mNGS可以作为一种有效的检测方法,从而指导抗病原微生物药物的应用,提升治疗效果。未发现灌洗液mNGS对病原体检出率的影响因素。灌洗液mNGS在下呼吸道感染的诊断及治疗中有很高的临床应用价值。     

宏基因组的二代测序技术在初治失败社区获得性肺炎患者病原菌检测中的应用价值

目的探讨基于宏基因组的二代测序技术(mNGS)在初治失败社区获得性肺炎(CAP)患者病原菌检测中的应用价值。方法回顾分析2019年5月1日至2020年12月31日安徽医科大学第四附属医院呼吸与危重症医学科收治初治失败CAP患者87例,统计其病原菌分布情况,并比较mNGS与传统检测方法对初治失败CAP病原菌诊断差异。结果 87例初治失败CAP患者中,非重症CAP患者75例,重症CAP患者12例。在75例非重症CAP患者分离到的31种微生物中,细菌感染最常见,其次为结核,再次为真菌、病毒;在12例重症CAP患者分离到的14种微生物中,真菌感染最常见,其次为非典型病原体。mNGS检测出病原菌的阳性率为(85.06%),高于传统检测方法(8.04%)。差异有统计学意义(P0.05)。结论 mNGS对病原菌鉴定具有较高的灵敏度,为初治失败CAP患者提供了快速准确的病原菌检测方法,有助于更早识别病原体和指导用药,提高临床诊治水平。     

宏基因组二代测序在儿童布鲁氏菌脑炎诊治中的应用价值探索北大核心CSCD

目的探索脑脊液宏基因组二代测序(metagenomics next generation sequencing,mNGS)在中枢神经系统布鲁氏菌感染中的诊治价值。方法收集2020年11月至2021年2月山东大学附属儿童医院住院并临床疑诊为中枢神经系统布鲁氏菌感染的2例患者的临床资料分析儿童中枢神经系统布鲁氏菌感染的临床、实验室检查结果的特点,探索mNGS在布鲁氏菌脑炎临床诊治中的应用。结果2例患者均有羊接触史,均为急性起病伴发热,1例头晕,1例颈肩部疼痛伴有呕吐。影像学检查表现为半卵圆中心受累。脑脊液常规白细胞计数升高,以单核细胞为主,蛋白质水平增加,葡萄糖水平降低。脑脊液mNGS检测出布鲁氏菌的核酸序列数为(175~389)条,覆盖度为(0.05~0.11)%。结论脑脊液mNGS能够辅助中枢神经系统布鲁氏菌感染的临床诊断,有利于患者的及时诊疗。     

宏基因组二代测序对肾脏重症监护病房免疫功能低下患者感染的诊断价值

目的：回顾性分析宏基因组二代测序(mNGS)对肾脏重症监护病房(ICU)免疫功能低下患者感染的诊断价值,评估临床应用前景。方法：选取2018年8月至2022年4月国家肾脏疾病临床医学研究中心ICU收治疑诊感染的慢性肾脏病(CKD)免疫功能低下患者,分为常规微生物学检测(CMT)确诊感染组、临床诊断感染组和排除感染组,对比mNGS与CMT的诊断效能。结果：本研究共纳入303例患者,累计使用2(1, 3)种免疫抑制剂,中位治疗时间7(2, 50)月,中位CD4⁺T细胞计数149.50(81.25, 262.25)个/μL,在院死亡率20.46%。CMT确诊感染组中38.79%的mNGS与CMT结果完全一致,27.88%部分一致,33.33%不一致。临床诊断感染组中57.69%通过mNGS发现感染病原体。mNGS报阳时间更早,检测病原体种类更多(P<0.05),混合感染检出率高(P<0.001),可鉴定出常规培养难以发现的病原体。mNGS对感染病原体检测灵敏度和准确度强于CMT(P=0.014),特异度、阳性及阴性预测值无明显差异。结论：mNGS能增加免疫功...     

支气管肺泡灌洗液宏基因组二代测序在非中性粒细胞减少肺曲霉感染中的诊治价值

目的 探讨支气管肺泡灌洗液(bronchoalveolar lavage fluid, BALF)宏基因组二代测序(metagenomic next-generation sequencing, mNGS)在非中性粒细胞减少肺曲霉感染中的鉴别优势及治疗指导价值。方法 回顾性研究2021年11月至2022年12月的32例非中性粒细胞减少患者的临床资料，其BALF的mNGS均提示真菌，17例为肺曲霉感染，15例为非肺曲霉感染。观察非中性粒细胞减少肺曲霉感染的临床特性，对比mNGS和常规方法的检测阳性率，评估mNGS对治疗的指导价值。结果 与非肺曲霉感染组相比，肺曲霉感染组更多表现为咯血或痰血(23.5%vs 0.0%,P<0.05),更多的患者接受全身皮质类固醇激素治疗(76.5%vs 40.0%,P<0.05)。两组BALF的mNGS检测阳性率均明显高于传统病原学方法(P<0.05)。肺曲霉感染组BALF的mNGS检测阳性率明显高于培养及GM试验(P均<0.001),可鉴定出94.1%共病原，其中共细菌、真菌和病毒的混合感染最多见(23.5%)。88.2%的肺曲霉...     

宏基因组学二代测序对脊柱感染患者病原学诊断的价值

目的探讨宏基因组学二代测序(mNGS)对脊柱感染患者病原学诊断价值的效能, 为及时诊治提供参考。方法纳入2020年1月至2022年7月河南省人民医院感染科收治的40例疑似脊柱感染患者, 回顾性分析患者的病灶组织培养、组织病理学检查、组织mNGS检测结果。以临床诊断病例为标准, 分为脊柱感染组(28例)和非脊柱感染组(12例)。比较mNGS和组织培养两种检测方法对脊柱感染患者病原体检出的阳性率、灵敏度和特异度。统计学分析采用配对χ2检验。结果 40例患者中, 男23例, 女17例。mNGS检测阳性率高于组织培养阳性率[75.0%(30/40)比12.5%(5/40)], 差异有统计学意义(χ2=0.08, P<0.001)。以临床诊断病例为标准, mNGS对脊柱感染诊断的灵敏度高于组织培养(82.1%比17.9%), 差异有统计学意义(χ2=0.02, P<0.001), 而其特异度与组织培养相比(33.3%比100.0%), 差异无统计学意义(P>0.05)。结论 mNGS在脊柱感染患者的病原学诊断中具有较高的病原体检出率和灵敏度, 可为脊柱感染患者的诊治提供临床指导...     

两种实验室技术对肺结核患者手术后不同组织标本的检测结果分析

收集2017年6月至2019年1月就诊于安徽医科大学附属省立医院胸外科,获得肺部组织标本的60例疑诊肺结核患者作为研究对象。对比患者肺部组织病理标本GeneXpert MTB/RIF和抗酸染色的检测结果,评估GeneXpert MTB/RIF和抗酸染色对肺结核患者手术组织标本的检测价值。60例患者中,GeneXpert MTB/RIF检测和抗酸染色的阳性检出率分别为46.7%(28/60)和48.3%(29/60)。5例标本抗酸染色呈阳性,GeneXpert MTB/RIF检测呈阴性,通过分枝杆菌菌种鉴定提示均为结核分枝杆菌。两种方法联合检测的阳性检出率为55.0%(33/60),达到"十三五"全国结核病防治规划要求的病原学检出率提高至50%的目标。研究结论认为,GeneXpert MTB/RIF与抗酸染色方法联合检测肺结核患者肺组织标本,阳性率较高,具有一定的临床应用价值。     

支气管肺泡灌洗液二代测序在检测肺部感染病原体中的应用

目的：探讨支气管肺泡灌洗液(BALF)二代测序(NGS)在肺部感染病原体检测中的应用。方法：回顾性收集412例肺部感染患者的临床病历资料，包括常规呼吸道病原学、NGS及实验室检测结果。结果：412例患者中，有肺部基础病患者222例，无肺部基础疾病患者190例。2组患者NGS检测BALF中前3位病原体均为流感嗜血杆菌、肺炎链球菌和EB病毒。有肺部基础疾病组铜绿假单胞菌检出率高于无肺部基础疾病组(11.3%vs 3.2%,P=0.002),而金黄色葡萄球菌低于无肺部基础疾病组(1.8%vs 6.8%,P=0.01)。NGS的检出率高于常规病原学检测(70.1%vs 38.3%,χ²=9.843,P=0.002)。且NGS还检出18例少见病原体。412例NGS中，68例行宏基因二代测序(mNGS),344例行靶基因二代测序(tNGS)。mNGS在金黄色葡萄球菌(8.8%vs 2.9%,P<0.05)、耶氏肺孢子菌(4.4%vs 0.3%,P=0.015)、群集裂褶菌(2.9%vs 0%,P=0.027)、人类疱疹病毒1型(17.6%vs 5.2%,P<0.0...     

结合外周血宏基因组二代测序诊断的7例重症非人类免疫缺陷病毒感染者肺孢子菌肺炎临床分析

目的探讨外周血病原宏基因组二代测序(mNGS)在重症肺孢子菌肺炎(PCP)诊断中的应用价值, 并提高临床医师对此类疾病的认识。方法本研究为横断面研究。采用非随机抽样法, 分析2020年1月至2022年1月在南京鼓楼医院呼吸与危重症医学科重症监护病房通过外周血mNGS确诊的7例重症非HIV感染者PCP患者的临床资料, 分析临床特征、影像学表现、治疗以及预后。结果 7例患者, 男2例, 女5例, 年龄64(57, 65)岁, 年龄范围为36～66岁, 均有长期服用激素药物史, 其中3例患者同时服用免疫抑制剂, 主要症状包括发热、气喘、咳嗽, 实验室检查显示外周血淋巴细胞绝对计数均降低, 外周血CD4+T淋巴细胞绝对计数均小于0.2×109/L, 外周血CD8+T淋巴细胞绝对计数均小于0.3×109/L, 血清G试验、乳酸脱氢酶均增高, 血气分析均提示Ⅰ型呼吸衰竭, 影像学主要表现为两肺弥漫性磨玻璃影, 并可见囊状影、实变影。7例患者外周血mNGS均检出肺孢子菌, 治疗上7例患者均给予口服复方磺胺甲恶唑并联合克林霉素及卡泊芬净治疗PCP, 同时给予注射用甲泼尼龙琥珀酸钠抗炎平喘, 并联合其他...