2000-2009年H1N1甲型流感病毒神经氨酸酶的进化分析和序列解析

目的研究2000-2009年世界各地不同物种流感病毒神经氨酸酶的进化特征和关键位点的变异情况。结论从NCBI数据库下载所需序列,采用生物信息软件对其氨基酸序列进行种系发生树的构建,以及序列特性的分析。结果新型流感病毒和猪/禽流感病毒NA蛋白在进化关系上非常接近,并且抗原决定簇和糖基化位点的变异也大致相同。结论新型毒株NA蛋白可能由早期的H1N1猪/禽流感病毒进化而来,在进化过程中,一些重要位点的变异导致NA蛋白发生抗原性变异,从而导致流感的大爆发。     

2009—2019年北京市朝阳区甲型H1N1流感病毒 HA基因特征分析

目的 分析北京市朝阳区2009—2019年甲型H1N1流感病毒(H1N1)血凝素(hemagglutinin, HA)基因特征,了解朝阳区H1N1变异情况,为评估流感疫苗有效性提供依据。方法 从GenBank数据库和GISAID平台下载2009—2019年流感疫苗推荐株以及各分支主要流行株和代表株序列,与北京市朝阳区46株H1N1北京分离株的HA基因序列进行系统进化分析和氨基酸变异分析。利用MEGA 5.0软件邻接法(neighbor-joining, NJ)构建系统进化树并查看氨基酸变异位点,同时采用NetNGlyc 1.0在线软件分析HA基因潜在的糖基化位点。结果 北京市朝阳区46株H1N1分离株HA基因分别属于Clade 7、Clade 8、6B、6B.1、6B.2及6C等分支。除2009年以外,2012—2019年H1N1北京市朝阳区分离株与对应年度疫苗株比较接近,同源性为90%以上。各年份H1N1北京市朝阳区分离株在4个抗原决定簇区均有氨基酸变异发生,近年H1N1北京市朝阳区分离株所在的6B.1分支序列均有S74R(Cb区)、S164T(Sa区)共同氨基酸变异;除了6B.1A...     

重庆市2009～2014年甲型 H1N1流感病毒分离株 HA基因变异分析

目的：对2009～2014年分离得到的甲型H1N1流感病毒进行血凝素（HA）基因测序分析,与世界卫生组织（WHO）推荐疫苗株A／California／07／2009（H1N1）比对,研究其基因变异情况。方法按分离时间及地点不同,选取47株2011～2014年分离得到的甲型H1N1流感病毒进行测序,同时选取既往已有的25株2009年甲型H1N1流感病毒的序列结果,经分子生物学软件进行核苷酸及氨基酸序列分析,并绘制系统进化树。结果2009、2011～2014年的新型甲型 H1N1流感病毒与疫苗株均位于一个大的分枝下,各病毒间的关系均较近。72株分离株的 H A基因总的核苷酸差异在0～2．7％之间,氨基酸差异在0～3．1％之间;与疫苗株A／California／07／2009（H1N1）的核苷酸差异在0．4％～2．4％之间,氨基酸差异在0．9％～3．1％之间。氨基酸变异情况随着年份增加累积得更多,但在氨基酸序列上仍显示为低致病性流感病毒特征;2009年有9株病毒株丢失481位的糖基化位点,2013年有6株病毒株增加位于162位的糖基化位点。结论 WHO推荐的甲型 H1N1疫苗总体上对重庆地区的人群仍有较好的保护作用,但随着时间推移,部分甲型 H1N1流感病毒株可能已发生抗原漂移,需继续对其监测。     

2009年新型甲型H1N1流感病毒血凝素基因进化分析

目的:探讨2009年新型甲（A）型H1N1流感病毒血凝素（HA）基因与世界各地不同年代分离的A/H1N1代表株HA基因的进化关系。方法:从NCBI数据库下载2009年新型A/H1N1亚型流感病毒的HA基因序列以及以往流行的人、猪和禽的A/H1N1亚型流感病毒参考序列,采用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0（MEGA4.0）软件进行序列比对和构建系统进化树,并分别比较2009年新型甲型H1N1流感病毒HA基因与北美地区、欧洲地区、亚洲地区A/H1N1流感病毒HA基因编码蛋白的氨基酸序列。结果:不同时期人A/H1N1亚型流感病毒代表株HA基因进化分析显示：2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因与1976~2007年北美地区分离的7株人A/H1N1亚型流感病毒具有较高的同源性,与欧洲和亚洲地区的同源性较低。不同种属间A/H1N1亚型流感病毒HA基因进化分析显示：2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因与1998和2007年北美地区分离的A/H1N1猪流感病毒的HA基因进化关系较近,与欧洲及亚洲地区分离的A/H1N1猪流感病毒及A/H1N1禽流感病毒进化关系较远。氨基酸比对结果显示2009年新型A/H1N1流感病毒HA基因的重要抗原位点与北美地区分离的A/H1N1猪流感病毒相近,与欧洲和亚洲地区分离的A/H1N1猪流感病毒及人类流感病毒疫苗株相比变化较大。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒HA基因可能是北美地区甲型H1N1猪流感病毒长期进化并与该地区人A/H1N1流感病毒部分基因片段重排的结果,对人H1N1甲型流感病毒疫苗可能并不敏感。     

2009甲型H1N1流感病毒新进展

甲型猪源性流感病毒属正粘病毒科,其可引起猪、禽和人的上呼吸道感染。2009年3月在美国和墨西哥的流感样患者的呼吸道标本中检测出新的不能分型的甲型流感病毒,并经确认为甲型H1N1流感病毒（简称2009甲型H1N1流感病毒）。这种病毒在美国和墨西哥引起暴发流行,并蔓延到世界各地,引起一些感染者死亡。文中综述了2009甲型H1N1流感病毒在基因分型、抗原特征、传播特点、致病特点、治疗等方面与已知各流感病毒不同的特征。     

影响H5N1甲型流感病毒对哺乳动物毒力变异的HA序列关键位点研究

目的筛选影响H5N1亚型甲型流感病毒对哺乳动物毒力变异的HA序列主要氨基酸位点。方法根据相关文献提供的实验结果,将54株H5N1病毒株按其对哺乳动物的毒力强弱分为高毒力组和低毒力组,在NCB□Genbank数据库中下载HA基因序列,用随机森林模型完成主要变异氨基酸位点的筛选。结果在HA序列中共筛选出8个关键位点,均位于HA1节段,分别为：279、102、228、156、154、172、140、8。位点154和156与其余几个关键位点间、位点140与172间均存在较强的协同交互作用,用上述关键位点重建的随机森林模型对病毒株毒力分类的准确率为83．33％。结论所筛选出的8个变异位点可能在决定H5N1病毒毒力上起关键作用,值得对其分子生物学作用机理做深入研究。     

福州市甲型H1N1流感病毒血凝素基因遗传特性研究

目的探究福州市甲型H1N1流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)基因的遗传变异特点及种系进化分布,为研究甲型H1N1流感病毒进化、致病性和流行规律提供科学依据。方法采用MDCK细胞培养法和real-time PCR法进行流感病毒分离、鉴定。采用逆转录-聚合酶链反应扩增流感病毒血凝素基因,扩增产物经纯化后,进行血凝素基因HA区核苷酸序列测定并推导出其氨基酸序列,然后用DNASTAR MegAlign序列分析软件进行基因种系进化特性分析。结果福州市甲型H1N1流感病毒与参考株A/California/04/2009相比具有高度同源性,HA蛋白有4个位点氨基酸发生了替换,与猪流感代表株A/swine/Iowa/15/1930(H1N1)存在6个HA抗原决定簇位点变异。福州市甲型H1N1流感病毒株都有8个糖基化位点,其中6个位于HA1区,分离株HA蛋白不具有多碱基裂解位点,具有低致病性流感病毒特点。与美国流感病毒A/California/04/2009(H1N1)株共聚类为一个独立的小分支,进化关系最近,甲型H1N1流感病毒的HA源于古典型猪H1N1流感病毒,与A/swine/Iowa/1/1976(H1...     

2009年新型甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因进化分析

目的:探讨2009年新型甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因的进化及NA基因编码蛋白抗原性、酶活性位点、糖基化位点变异情况。方法:从NCBI基因库检索获得43株不同年代不同地域甲型流感病毒NA基因序列,用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0（MEGA 4.0）软件进行基因进化分析和氨基酸序列分析。结果:2009年新型甲型H1N1流感病毒与禽H5N1流感病毒NA基因的同源性达到85％,潜在抗原位点氨基酸分布相同;所有毒株的酶活性中心位点高度保守,但糖基化位点有变异。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒的NA基因可能来源于禽H5N1流感病毒;神经氨酸酶抑制剂治疗有效。     

2009年新型甲型H1N1流感病毒非结构蛋白基因进化分析

目的:探讨2009年新型甲型H1N1流感病毒的非结构蛋白(NS)基因进化规律。方法:从NCBI下载2009年新型甲型H1N1流感病毒以及北美、欧洲、亚洲地区以往流行的甲型H1N1流感病毒NS基因序列,利用Molecular Evolutionary Genetics Analysis version 4.0(MEGA 4.0)软件对所选序列进行基因进化分析,并用NJ法构建进化树;对2009年新型甲型H1N1流感病毒NS基因核苷酸序列同源性及编码蛋白氨基酸序列进行分析。结果:2009年新型甲型H1N1流感病毒NS基因来源于猪A/H1N1流感病毒,与2005~2007年猪A/H1N1流感病毒具有较高的同源性(97.5％~97.6％),与1930~2007年猪A/H1N1流感病毒具有明显的时间进化关系;其重要抗原及拮抗宿主抗病毒能力的氨基酸位点基本没有变异。结论:2009年新型甲型H1N1流感病毒NS基因来源于猪A/H1N1流感病毒,NS基因编码蛋白拮抗宿主抗病毒能力并没有改变。     

2009年至2011年新甲型H1N1流感病毒HA基因同源性比较与进化分析

[目的]分析杭州市2009年1月至2011年1月新甲型H1N1流感病毒血凝素（HA）的基因序列,探讨该病毒的遗传变异和分子特性。[方法]应用RT-PCR的方法从临床标本中扩增新甲型H1N1流感病毒HA基因片段并测序。利用DNAMAN和Sequencher4.7软件对HA基因序列进行分析,比较HA基因氨基酸亲缘系数并绘制进化树。[结果]成功地对15例新甲型H1N1病毒的HA基因进行扩增并测序,2009年1月至2011年1月新甲型H1N1流感病毒的HA基因的氨基酸序列与参考株具有高度的同源性,其亲缘系数为98.9%~100%,且HA基因氨基酸序列发生了一定的变异。[结论]2009年至2011年新甲型H1N1流感病毒的基因组HA序列与我国和其他国家的新甲型H1N1流感病毒具有高度的同源性,但HA基因的氨基酸序列发生了变异,可能与患者的病情有关,因此需密切关注新甲型H1N1流感病毒的流行情况。     

2010年广州市甲型H1N1流感病毒分离株HA基因变异分析

目的比较2010年广州市分离到的甲型H1N1流感病毒血凝素(HA)基因和2009年中国大陆甲型H1N1流感病毒HA基因的变异情况,为甲型H1N1流感的监测和防控提供理论依据。方法收集2010年广州市有发热和呼吸道症状病人的咽拭子标本,用H1N1流感特异性引物进行PCR检测,扩增分离到的H1N1病毒HA片段,测序后与2009年的H1N1毒株进行比对和分析,并用生物信息学方法对抗原位点和糖基化位点进行分析。结果共收集到426份标本,甲型流感阳性211份,其中H1N1流感4株,与2009年分离的甲型H1N1流感相比,有12个氨基酸碱基位点发生了有意义突变,其中6个位点位于抗原位点上;4株毒株HA基因145位氨基酸都发生了变异;其中2株毒株在第180位氨基酸位点的抗原位点发生了变异。进化分析表明4株毒株与2009年中国大陆分离的8株毒株进化关系较远。结论 2010年广州市甲型H1N1毒株与2009年相比发生了较大变异。HA基因145位和180位氨基酸位点变异对H1N1毒株抗原变异有重要意义。本文分离的A/Guangdong/ZS03/2010(H1N1)和A/Guangdong/ZS01/2010(H1N1)毒株可能已经发生了抗原性漂移。     

H5N1高致病性禽流感病毒HA基因在昆虫细胞中的表达

目的:扩增高致病性禽流感H5N1亚型病毒血凝素(hemagglutinin,HA)基因,并进行真核表达?方法:抽提毒株A/Jiangsu/08-6基因组RNA,反转录为cDNA,用特异性引物扩增HA基因?HA经BamHⅠ/XhoⅠ双酶切后克隆到pFastBac-GP67B载体上,筛选出阳性重组转座质粒pFastBac-GP67B-HA,并将其进一步转化DH10Bac感受态细胞,通过蓝白斑筛选和PCR鉴定后,获得重组穿梭载体(rBacmid-HA),再通过Cellfectin Ⅱ试剂转染rBacmid-HA至对数生长期的sf9昆虫细胞,进行目的蛋白的真核表达?分别用SDS-PAGE?Western blot?血凝试验以及质谱分析对其进行鉴定?结果:HA基因在sf9细胞表达的蛋白分子量约70 000?血凝试验表明重组HA蛋白可使鸡红细胞发生凝集?质谱分析鉴定该重组蛋白为HA 蛋白?结论:重组HA 蛋白具有天然HA蛋白的活性,为亚单位疫苗的研制及中和抗体的筛选奠定了基础?     

Viral shedding in Chinese young adults with mild 2009 H1N1 influenza

Background  The duration of viral shedding and the transmission of 2009 H1N1 influenza among individuals, especially among the younger population with mild illness, are not well understood now. The aim of this study was to determine the viral shedding of the young adult patients with mild 2009 H1N1 influenza in China.

Methods  From September 2009 to January 2010, the clinical data and serial nasopharyngeal swabs of 67 patients with 2009 H1N1 influenza and 37 patients with seasonal influenza aged from 18 years to 35 years were collected. The nasopharyngeal swab samples were detected by real time RT-PCR to determine the viral shedding. All the patients did not receive the antiviral therapy but Chinese medicine for detoxicating.

Results  Among the patients with H1N1 virus infection, 82.1% (55/67) patients presented with fever symptom, while more patients with high fever (≥39ºC) were found in seasonal influenza patients (P <0.05). For the H1N1 patients, the median interval between the symptom onset and the undetectable RNA was six days (4–10 days). But viral shedding was still found in 31.3% patients after 7 days following illness onset. The median interval between disappearance of fever and an undetectable viral RNA level was three days (2–8 days), and 17.9% patients were found to be viral shedding 6 days later after normalization of body temperature. For the seasonal influenza patients, 94.6% patients were detected out viral RNA within 7 days. The median interval of seasonal influenza between the symptom onset and the undetectable RNA was four days (3–8 days). The median interval between disappearance of fever and an undetectable viral RNA level was three days (2–6 days).

Conclusion  It suggests that 7 days isolation period from the illness onset or 24 hours after the resolution of fever and respiratory symptoms are not long enough to cut off the transmission among Chinese young adults with mild illness.

     

兰州市2009年甲型H1N1流感流行特征分析

目的分析兰州市2009年甲型H1N1流感流行特征,为制定和调整甲型H1N1流感防制措施提供依据。方法应用描述流行病学方法进行分析,对通过《疾病监测信息报告管理系统》网络直报的甲型H1N1流感发病例数,地区分布、时间分布和人群分布等进行分析。结果兰州市2009年共报告甲型H1N1流感1 148例（实验室确诊1 064例,临床诊断84例）,发病率为35.16/10万;发生重症及危重病例64例,死亡12人;报告24起学校甲型H1N1流感暴发疫情,共计发病338例;发病高峰为10月中旬～11月上旬,高峰期共报告病例629例,占总病例数的54.79%;发病年龄主要分布在7～24岁,共报告838例,占总发病数的73.00%;发病以学生为主,报告809例,占70.47%。结论预防和控制甲型H1N1流感的重点人群为学生,安排学生及早接种甲型H1N1流感疫苗,采取综合措施防范学校的暴发流行是控制本病的关键。     

2005-2009年PubMed 收录甲型H1N1流感相关文献的统计分析

目的:了解甲型H1N1流感(甲流)相关文献的分布特点、主要研究方向和研究现状。方法:检索PubMed数据库2005-2009年收录的甲流相关文献,利用文献计量学方法,对论文发表年代、期刊、主题、国家地区、机构、语种等进行了统计分析。结果:2005-2009年甲流相关文献的数量逐年增长,研究主题以生理学、流行病学和病毒学为主,美国、加拿大、中国发文量位居前三名。结论:对甲流的文献计量学研究能够客观反映国内外甲流的研究现状,为进一步的研究提供依据。     

H5N1人禽流感病毒HA基因的克隆和表达

目的对人禽流感病毒A/China/GD01/06（H5N1）HA基因进行克隆和表达,为进一步研究GD01/06HA的致病与免疫机制提供有效制剂。方法将H5N1全长HA基因克隆入原核表达载体pET-32a（＋）,采用异丙基-β-D-硫代半乳糖苷（IPTG）诱导表达,并对表达的重组蛋白进行鉴定。结果经检验重组质粒p32-HA构建成功,表达蛋白分子量介于66.2~94.0kd。经鉴定所表达的特异性条带为HA蛋白片段。结论HA基因在大肠杆菌中表达并获得特异性重组蛋白,为其生物学、免疫学功能的研究提供了基础。