生物信息学法分析猪带绦虫苹果酸脱氢酶结构与功能

目的:分析和预测猪带绦虫苹果酸脱氢酶的结构和特性,用于指导其生物学功能的实验研究。方法:利用美国国家生物技术信息中心和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统中有关基因和蛋白的序列和结构信息分析的工具,结合Pcgene和Vector NTI suite生物信息学分析软件包,从猪带绦虫全长cDNA质粒文库中识别苹果酸脱氢酶基因及其编码区,分析、预测该基因编码的蛋白质的理化特性、翻译后的修饰位点、功能域、亚细胞定位、拓扑结构、二级结构、三维空间构象等。结果:该基因编码332个氨基酸,为全长基因。Gen-Bank中与细粒棘球绦虫苹果酸脱氢酶序列同源性最高,理论分子量为36 459.2 Da。预测编码蛋白无跨膜区,无二硫键,稳定性较好。与吸虫属的苹果酸脱氢酶进化关系最近。结论:应用生物信息方法从猪带绦虫成虫cD-NA文库中筛选出了猪带绦虫核糖体cDNA全长序列并预测得到其结构与功能方面信息。     

猪带绦虫乳酸脱氢酶A和B的生物信息学比较分析

目的 预测及比较分析猪带绦虫乳酸脱氢酶A(Taenia solium lactate dehydrogenase A,TsLDH-A)和乳酸脱氢酶B(Taenia solium lactate dehydrogenase B,TsLDH-B),用于指导其生物学功能的研究.方法 利用生物信息网站如美国国家生物技术信息中心(NCBI,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统(ExPASY,http://ca.expasy.org/)中有关基因和蛋白的序列和结构信息分析的各种工具,结合其它生物信息学分析软件包,从猪带绦虫成虫全长cDNA质粒文库中识别LDH-A和LDH-B的全长编码基因并对其结构与功能进行生物信息学预测分析.结果 两序列都是包含完整开放阅读框的全长基因,推导出的氨基酸序列与其它物种LDH-A或LDH-B同源基因的氨基酸序列的一致性均大于50%.两者编码的蛋白在编码的氨基酸数目(331)、蛋白的理化性质、L-乳酸脱氢酶结构域、构成LDH酶催化中心的关键氨基酸、包含LDH活性位点的线性表位、无亚细胞定位等方面是一致的,但两者在翻译后的修饰位点、3个跨膜区和其他线性表位方面既相似也有区别.结论 应用生物信息方法从猪带绦虫成虫cDNA文库中筛选出了TsLDH-A和TsLDH-B的cDNA全长序列,并预测和比较了两者结构与功能方面的信息,为进一步研究所编码蛋白的功能奠定了基础.     

生物信息学分析亚洲牛带绦虫WD40基因及其蛋白质的结构与功能

目的 分析和预测亚洲牛带绦虫WD40基因及其编码蛋白的结构和特性,用于指导其生物学功能的实验研究.方法 利用美国国家生物技术信息中心(NCBI,http://www.ncbi.nlm.nih.gov/)、瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统(ExPASY,http://ca.expasy.org/)和IEDB Analysis Recource提供的各种生物信息学在线分析程序.结合其它生物信息学分析软件包如Pcgene和Vector NTI suite,从亚洲牛带绦虫全长cDNA质粒文库中识别WD40基因及其编码区,分析、预测该基因编码的蛋白质的理化特性、翻译后的修饰位点、功能域、亚细胞定位、拓扑结构、二级结构、三维空间构象等.结果 该基因全长1 208 bp,编码区为81～1 056 bp,编码402个氨基酸,为全长基因;无跨膜区,具有多个磷酸化位点,蛋白的理化性质稳定,理论分子量为35 942.4;没有质体、线粒体定位序列;预测该蛋白表面有三个亲水性强的线性表位和三个B细胞抗原表位.结论 应用生物信息方法从亚洲牛带绦虫成虫cDNA文库中识别出了亚洲牛带绦虫WD40基因,并对其所编码的蛋白质的结构与功能进行了预测.     

猪带绦虫成虫凝溶胶蛋白基因的生物信息学分析

目的：分析猪带绦虫（Taenia solium）成虫凝溶胶蛋白（gelsolin,GEL）基因及编码蛋白的结构和功能。方法：利用生物信息网站美国国家生物技术信息中心（NCBI）和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统（ExPASY）中生物信息学分析工具,并结合其它分析软件,从获得的猪带绦虫成虫全长cDNA质粒文库的表达序列标签（EST）中识别凝溶胶蛋白基因,分析该基因的结构并预测其编码蛋白质的结构和功能特征。结果：猪带绦虫成虫凝溶胶蛋白基因与细粒棘球绦虫凝溶胶蛋白的一致性为88%,相似性为93%;全长1 514 bp,编码区为167~1 263 bp,编码365个氨基酸,无各种亚细胞定位序列,具有多个潜在的磷酸化位点,蛋白在溶液中性质稳定。结论：应用生物信息方法从猪带绦虫成虫cDNA质粒文库中筛选出了猪带绦虫凝溶胶蛋白cDNA全长序列并预测其结构与功能。     

Bioinformatics Analysis of Glutathione S-transferase Gene of Taenia saginata

目的:分析牛带绦虫成虫谷胱甘肽S-转移酶(GST)基因结构并预测其编码蛋白的结构和功能.方法:利用生物信息学网站如NCBI和ExPASY系统中的生物信息学分析工具,并结合其它分析软件,分析该基因的结构并预测其编码蛋白质的结构和功能.结果:该基因全长908bp,编码区为135～771bp,编码212个氨基酸,无各种亚细胞定位序列;与猪带绦虫GST的一致性为93％,相似性为96％;预测3个主要的抗原表位33～53aa,62～68aa,179～184aa位于空间结构上相距较远的分子表面.结论:从牛带绦虫成虫Cdna文库中筛选出GST基因,预测为胞浆型蛋白,可能具有较好的免疫学诊断抗原应用前景.     

牛带绦虫成虫谷胱甘肽S-转移酶基因的生物信息学分析

目的:分析牛带绦虫成虫谷胱甘肽S-转移酶(GST)基因结构并预测其编码蛋白的结构和功能。方法:利用生物信息学网站如NCBI和ExPASY系统中的生物信息学分析工具,并结合其它分析软件,分析该基因的结构并预测其编码蛋白质的结构和功能。结果:该基因全长908 bp,编码区为135～771 bp,编码212个氨基酸,无各种亚细胞定位序列;与猪带绦虫GST的一致性为93%,相似性为96%;预测3个主要的抗原表位33～53 aa,62～68 aa,179～184 aa位于空间结构上相距较远的分子表面。结论:从牛带绦虫成虫cDNA文库中筛选出GST基因,预测为胞浆型蛋白,可能具有较好的免疫学诊断抗原应用前景。     

生物信息学分析牛带绦虫烯醇酶基因及其蛋白的结构和特性

目的 分析和预测牛带绦虫成虫烯醇酶基因及其编码蛋白的结构和功能,用于指导其生物学功能的实验研究。方法 利用生物信息学网站的各种在线分析工具,并结合其它大型生物信息学分析软件包,如Vector NTI suite,分析从牛带绦虫全长cDNA质粒文库中识别的烯醇酶基因的结构和编码区序列,并分析、预测编码的蛋白质的理化特性、抗原表位、翻译后的修饰、功能域、亚细胞定位、拓扑结构、二级结构、三维空间构象等。结果 该基因全长1 641 bp,编码区为133～1 096 bp,编码320个氨基酸,相对分子量理论预测值为34866.8 Mr。具有一从内到外的跨膜区,无各种亚细胞定位序列,具有多个潜在的磷酸化位点,蛋白的理化性质稳定。有13个主要的B细胞抗原表位。结论 通过生物信息学分析从牛带绦虫成虫cDNA质粒文库中发现烯醇酶基因,并预测得到其结构与功能方面的信息。     

华支睾吸虫乳酸脱氢酶(CsLDH)基因的识别及其结构与功能分析

目的分析华支睾吸虫乳酸脱氢酶基因及其编码蛋白的结构和特性,用于指导其生物学功能的实验研究。方法利用多种生物信息在线分析工具和分析软件包,从华支睾吸虫全长cDNA质粒文库的表达序列标签(EST)中识别乳酸脱氢酶(CsLDH)基因,预测该基因编码蛋白质的理化特性、氨基酸修饰位点、功能域、亚细胞定位、拓扑结构、二级结构、三维结构及酶学特性和免疫学特性等。结果该基因全长1224bp,编码区为79～1062,编码328aa,理论分子量为35633Mr,等电点为8.13,半衰期长,理化性质稳定,含有多个潜在的磷酸化和酯酰化位点。预测该蛋白有3个跨膜区,其拓扑结构为N端在膜内侧、C端在膜外侧。有两个主要的线性抗原表位aa10～aa20和aa94～aa102,后者位于膜外,与日本血吸虫LDH相应表位完全一致,与人和小鼠LDH相应表位仅有1个氨基酸差异。该表位中Arg102是酶催化中心的关键氨基酸之一,模拟三维结构显示组成催化中心的另外两个关键氨基酸残基Asp162和His189的空间位置也靠近该表位,酶的催化中心贯穿膜内外。结论推测华支睾吸虫乳酸脱氢酶不仅负责将糖酵解产生的丙酮酸转化为乳酸,而且还能将乳酸直接排出体外;可作为筛选水溶性抗华支睾吸虫药物的靶标;可介导特异性抗体对虫体的ADCC作用和补体的杀伤作用,以及对酶活性的抑制作用,是一个重要的疫苗侯选抗原。     

猪带绦虫TSOL18基因在长双歧杆菌中的表达

目的在成功构建猪带绦虫大肠杆菌-双歧杆菌穿梭表达质粒pGEX-TSOL18的基础上,研究猪带绦虫TSOL18基因在长双歧杆菌中的表达情况。方法将猪带绦虫大肠杆菌-双歧杆菌穿梭表达质粒pGEX-TSOL18电转化入长双歧杆菌,IPTG诱导表达,SDS-PAGE和Western blot分析表达情况。结果酶切、PCR和测序证实,重组质粒pGEX-TSOL18成功转入长双歧杆菌。SDS-PAGE显示,目的蛋白相对分子质量（Mr）约为41KD,与预期结果相一致。Western blot显示,目的蛋白能被兔抗血清、囊虫病猪血清和囊虫病患者血清所识别。结论猪带绦虫TSOL18基因能够在长双歧杆菌中获得表达,表达的目的蛋白具有抗原性。     

细粒棘球蚴中国大陆株铁蛋白生物信息学的初步分析及其结构和功能预测

目的 应用生物信息学分析软件预测细粒棘球蚴中国大陆株铁蛋白(Eg.ferritin)氨基酸序列的结构与功能.方法 利用DNAman、NCBI/BLAST公共数据库对目的基因的同源性进行比较分析.应用DNAstar、Biosun等生物分析软件对铁蛋白的二级结构、抗原表位进行预测分析,应用SWISSMODEL对蛋白的三维结构进行模拟.结果 检索Eg.ferritin氨基酸序列在其功能区的130AA内同源性为97.7%.不同生物间的同源性平均达40.79%.生物软件预测:Eg.ferritin的分子量约16.7 kD,含非极性氨基酸68个,预测其抗原表位肽段为7N-12E,36H-43V,55S-62H,69Q-76R,82A-89E,102I-107E,117A-124S,129L-136T.结论 Eg.ferritin的结构和功能及其抗原表位的预测对选取有价值的抗原肽段提供了依据.     

猪带绦虫CDC37基因及其蛋白结构特征的生物信息学分析

目的:分析和预测猪带绦虫细胞分裂周期蛋白37( Ts CDC37)基因及其编码蛋白的结构和特性,用于指导其生物学功能的实验研究.方法:利用生物信息学网站所提供的有关基因和蛋白序列和结构功能分析工具,以及专业的生物信息学软件包,从猪带绦虫成虫全长cDNA质粒文库中识别CDC37基因,对猪带绦虫CDC37基因编码的蛋白质进行生物信息学分析.结果:该基因全长1 203 bp,编码400个氨基酸,为全长基因.Genebank中与日本血吸虫的cell division side 37 homolog蛋白的一致性最高,达60％.相对分子量理论预测值为46802.5 ku,预测其有6个主要的B细胞抗原表位,无亚细胞定位序列.结论:应用生物信息方法从猪带绦虫成虫cDNA文库中筛选出了猪带绦虫CDC37基因全长序列并预测得到其结构与功能方面信息.     

细粒棘球蚴中国大陆株谷胱甘肽s-转移酶结构与功能的生物信息学分析

目的 应用生物信息学分析软件预测细粒棘球蚴中国大陆株谷胱甘肽s-转移酶(EgGST)氨基酸序列的结构与功能.方法 应用DNAStar、NCBI/BLAST、Bioetm、SWISS-MODEL等生物信息学软件分析EgGsr的基因序列,推算出其编码的氨基酸序列与其他物种的同源序列,进行多序列同源比对,构建分子进化树;预测二级结构、拓扑结构;同源模建预测三级结构;预测主要抗原表位等.结果 经RT-PCR扩增得到的660bpEgGSIDNA片段,经DNAman分析软件同源性比较发现,与GenBank中检索的EgGST基因序列同源性为99%;EgGST与不同生物间的同源性平均达45%;该基因编码的蛋白分子量为25492.53Da,有219个氨基酸,等电点为7.532,有31个酸性氨基酸,32个碱性氨基酸,52个极性氨基酸和7个非极性氨基酸;有8个抗原表位肽段15G-29R,30E-39C,40S-68R,69G-82Q,83I-90M,91D-120A,121P-133Q,134L-144N.结论 EgGST可能是免疫诊断、药物作用及疫苗潜在的靶分子.     

新基因FAM92A1的生物信息学分析及功能预测

目的:运用生物信息学方法对新基因FAM92A1功能进行预测分析,为进一步深入研究FAM92A1功能奠定基础。方法:利用多种生物信息学分析软件,分析FAM92A1基因的表达谱、保守性及其编码蛋白的结构和定位等特征,根据结构预测其功能。结果:该基因表达广泛,高度保守,有多个选择性剪接变异体。编码蛋白属于DUF1208保守结构域家族,与猩猩、小鼠、大鼠、鸟、非洲爪蟾、斑马鱼和果蝇的相似性分别为91%、84%、82%、74%、67%、65%、26%。它含有一个卷曲螺旋结构和多个磷酸化位点,无信号肽及跨膜结构。亚细胞定位预测其定位于细胞核。结论:利用生物信息学方法可初步预测FAM92A1为一细胞核内具有调节作用的蛋白质,其在细胞增殖和分化的精确调控方面可能起着重要作用。     

次氯酸钠法孵化猪带绦虫卵的观察

目的:观察次氯酸钠作用下猪带绦虫卵的孵化过程.方法:以1.0%次氯酸钠溶液孵化猪带绦虫虫卵,以显微镜进行动态观察.结果:猪带绦虫虫卵胚膜被溶解,六钩蚴逸出.结论:次氯酸钠法孵化猪带绦虫卵的本质是溶解猪带绦虫虫卵胚膜.     

猪带绦虫孕节内虫卵数量的观察

目的：了解猪带绦虫成虫成熟孕节内虫卵数量。方法：对10条猪带绦虫的50片成熟孕节以胃蛋白酶法消化，收集虫卵，以细胞计数板进行计数。结果：猪带绦虫每节成熟孕节内虫卵数量不等，最少为550个，最多为172500个，平均为26891个。不同虫体间孕节内虫卵数的差异较同一虫体间的差异显著。结论：猪带绦虫成虫成熟孕节内虫卵数量不等，可有悬殊的差别。     

猪囊尾蚴乳酸脱氢酶和酯酶的初步分析

本文应用聚丙烯酰胺凝胶圆盘电泳方法对猪囊尾蚴的囊液、头节囊壁和全囊乳酸脱氢酶(LDH)和酯酶(EST)的同功酶进行了分离和比较。囊液LDH显示五条酶带,囊壁四条酶带,全囊六条酶带,它们之间酶带的数目不同,位置有的相同,有的不同。特有的LDH0.096,为头节囊壁及全囊提取物中所无,对其可能的来源进行了分析。的样品EST同功酶均显示一条酶带,其位置的差异并不显著。     

心肌桥粒盘状球蛋白 JUP 的生物信息学分析

目的：：对 J up 基因及其蛋白进行生物信息学分析,为研究 J up 基因功能及其在心肌病形成和发展中的作用提供一定的理论基础。方法：运用生物信息学相关数据库和软件对 J up 基因的结构、单核苷酸多态性、JUP 蛋白分子的理化性质、二级结构、序列保守性、蛋白质相互作用网络进行分析。结果：人J up 基因编码区存在11个 SNPs 位点。J up 基因编码745个氨基酸组成的多肽,属亲水蛋白,稳定性不高,其主要二级结构元件为α-螺旋,进化中高度保守,属于 ARM 超家族。与 JUP 存在相互作用的基因和蛋白主要是桥粒组成成分与经典钙粘素信号途径组分。结论：J up 基因突变和 JUP 蛋白表达量的改变可引起相关的心肌病,本文对 J up 基因及其蛋白进行系统的生物信息学分析,为进一步实验研究其在心肌病的形成和发展的调控机制奠定基础。     

亚洲带绦虫烯醇酶基因及其蛋白质的结构与功能

 【目的】 分析和预测亚洲带绦虫烯醇酶基因及其编码蛋白的结构和特性,用于指导其生物学功能的实验研究?【方法】 利用美国国家生物技术信息中心和瑞士生物信息学研究所的蛋白分析专家系统中有关基因和蛋白的序列和结构信息分析的各种工具,结合其他生物信息学分析软件包,如Pcgene和Vector NTI suite, 从亚洲带绦虫全长cDNA质粒文库中识别烯醇酶基因及其编码区,分析?预测该基因编码的蛋白质的理化特性?翻译后的修饰位点?功能域?亚细胞定位?拓扑结构?二级结构?三维空间构象等?【结果】 该基因全长1737 bp,编码区为第205～1503 bp,编码433个氨基酸,为全长基因?GenBank中与棘口吸虫烯醇酶氨基酸序列同源性最高,达78%?相对分子量理论预测值为46653.5 Ku?没有质体?线粒体定位序列?预测编码蛋白有1个跨膜区,3个亲水性部位?与吸虫属的烯醇酶进化关系最近? 【结论】 应用生物信息方法从亚洲带绦虫成虫cDNA文库中筛选出了亚洲带绦虫烯醇酶cDNA全长序列并预测得到其结构与功能方面信息?