褪黑素在γ射线诱导的小鼠放射性肠损伤中对肠道菌群的影响

目的探讨褪黑素在γ射线诱导的小鼠放射性肠损伤中对肠道菌群的影响。方法采用简单随机分组法将C57BL/6J雄性小鼠分为3组, 即对照组(不给予任何处理)、照射组(以13 Gy剂量对小鼠进行腹部照射)和褪黑素+照射组(对小鼠实施褪黑素给药, 连续5 d, 然后以13 Gy剂量进行腹部照射), 每组5只, 共15只。照射后3 d收集小鼠粪便, 进行16S rDNA扩增子测序, 分析小鼠肠道菌群的变化, 应用Uparse软件进行操作分类单元聚类和物种注释, 应用Qiime微生物组分析平台进行样品复杂度分析和多样品比较分析。结果巴斯德菌属、分节丝状菌属和拟杆菌属是褪黑素+照射组小鼠肠道中丰度最大的菌群。与对照组相比, 褪黑素+照射组小鼠肠道菌群的丰度和多样性均下降(均P<0.01), 群落结构增加(P<0.001)。由门至种的不同分类级别的变形菌门/纲、肠杆菌目/科、巴斯德菌目/科/属/种和梭状芽孢杆菌纲/目是褪黑素+照射组小鼠肠道菌群组间丰度最大的菌群。在构建小鼠肠道菌群优势菌属共发生网络中, 确定了变形菌门、放线菌门、拟杆菌门和厚壁菌门这四大门类下占互作主导地位的菌属以及它们之间...     

脾肾阳虚型结肠腺瘤性息肉患者肠道菌群特征分析

目的探讨脾肾阳虚型结肠腺瘤性息肉患者肠道菌群与健康人群肠道菌群差异。方法选取2015年3—5月沈阳军区总医院中医消化门诊及病房收治的20例脾肾阳虚型结肠腺瘤性息肉患者的粪便样本为观察组,同时,选取体检的12例健康人粪便样本为对照组。提取两组样本中细菌总DNA,根据16Sr DNA V3~V4区设计引物进行扩增,使用Illumina Miseq平台予以高通量测序,通过生物信息分析软件对测序结果进行分析,比较两组样本物种信息。结果两组样本平均优化序列、平均高质量序列长度比较,差异无统计学意义(P>0.05)。对照组肠道菌群中种群多样性高于观察组,两组样本Chao、shannon、Ace指数比较,差异有统计学意义(P<0.05)。门分类水平,观察组与对照组样本丰度值较高依次为拟杆菌门、厚壁菌门;观察组与对照组样本肠道菌群中,拟杆菌门与厚壁菌门比值分别为(3.343±0.733)与(1.777±0.337),观察组明显高于对照组,差异有统计学意义(P<0.05);两组样本厚壁菌门、变形菌门、放线菌门、疣微菌门及梭杆菌门丰度值比较,差异均有统计学意义(P<0.05)。纲分类水平,两组样本丰度值较高依次为拟杆菌纲、梭菌纲;观察组梭菌纲丰度值低于对照组,γ变形菌纲丰度值高于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05)。属分类水平,两组样本丰度值较高依次为拟杆菌属、柔嫩菌属;观察组布劳特氏菌属、瘤胃球菌属丰度值低于对照组,差异均有统计学意义(P<0.05)。主成分分析显示,观察组与对照组样本被分开,两组样本菌群结构存在显著差异。结论结肠腺瘤性息肉患者与健康人群在肠道菌群多样性方面有明显差异,菌群结构亦存在较大的差别。     

肠道菌群在冠心病合并心衰患者中的变化及益生菌干预效果研究

目的 探讨肠道菌群在冠心病合并心力衰竭(心衰)患者中的变化及益生菌干预对炎性因子的影响.方法 ①选择2019年1-8月郑州大学第五附属医院体检科健康体检者15人为对照组,特需病房就诊的冠心病患者20例为冠心病组,冠心病合并心衰患者20例为合并组.采用PCR扩增及基因测序方法完成3组肠道菌群测定;将扩增后获得的PCR产物进行纯化,根据不同的相似度水平,对所有序列完成操作分类单位(OTU)划分,以门、属、种统计完成群落组成,并比较分析3组肠道菌群的差异.②从合并组中选取10例,按随机数字表法分为A1、A2两组.A1组予以膳食管理,A2组在A1组基础上联合益生菌干预,比较两组干预效果.结果 OTU划分出14个细菌门,其中5个细菌门为3组共有.3组中丰度最高为拟杆菌门(Bacteroidetes,平均丰度对照组为66.23±5.11,冠心病组为45.69±4.63,合并组为27.89±2.39);在属水平上,55份标本共鉴定36个细菌属,其中拟杆菌属、普雷沃菌属、萨特菌属等,在3组中含量均>1％,3组标本在上述细菌属中差异无统计学意义(P>0.05);而在种水平上,共鉴定出24个细菌种,3组丰度较高的种包括:普雷沃菌卡布里、普通拟杆菌等.A2组益生菌干预后,厚壁菌门(Firmicutes)、变形菌门(Proteobacteria)、放线菌门(Actinobacteria)及梭杆菌门(Fusobacteria)丰度均高于A1组(P<0.05);拟杆菌门丰度均低于A1组(P<0.05);肿瘤坏死因子?α(TNF?α)、白细胞介素?6(IL?6)、IL?8及C反应蛋白(CRP)水平低于A1组(P<0.05).结论 PCR扩增及基因序列可用于检测冠心病及合并心衰患者体内有害菌群及促进健康的有益菌群;对于冠心病合并心衰患者给予益生菌干预能调节肠道菌群,值得推广应用.     

主动脉弓缩窄模型小鼠肠道菌群的变化

目的 研究主动脉弓缩窄模型(TAC)小鼠肠道菌群的变化,为预防和治疗心血管疾病寻找新靶点.方法 12只C57BL/6小鼠随机分为假手术组(N组)和主动脉弓缩窄组(TN组),每组6只.TN组采用微创手术将小鼠主动脉结扎缩窄到适宜程度,N组除不结扎外其他操作与TN组相同.获取处理后22d小鼠粪便样本,通过16S rDNA测序检测其微生物组成,应用微生物生态学定量观察进行生物信息学分析.结果 与N组比较,TN组小鼠粪便样本吉氏副拟杆菌属丰度增加,乳杆菌科、乳杆菌属和耳蜗形梭菌丰度降低.结论 主动脉弓缩窄模型小鼠肠道菌群发生改变.肠道菌群可能是一种潜在的预防或治疗心血管疾病的靶点.     

肠道菌群变化对大鼠激素性股骨头坏死造模效果的影响

目的 探究激素性股骨头坏死(GA-ONFH)模型大鼠的肠道菌群变化及其对造模效果的影响。方法 40只雄性SD大鼠随机分为空白对照组、抗生素组(ABX组)、激素性股骨头坏死模型组(GA-ONFH模型组)、抗生素+激素性股骨头坏死模型组(ABX+GA-ONFH组),每组10只。ABX组和ABX+GA-ONFH组持续给予抗生素溶液洗脱肠道微生物1周。1周后GA-ONFH模型组和ABX+GA-ONFH组给予脂多糖(LPS)+地塞米松腹腔注射建立早期GA-ONFH模型,空白对照组和ABX组腹腔注射等量生理盐水,连续注射6周。收集大鼠粪便和股骨头样本,基于16S rDNA扩增子测序分析大鼠肠道菌群的构成及丰度,使用micro-CT和HE染色观察早期GA-ONFH造模效果,评估肠道菌群对GA-ONFH造模效果的影响。结果 与空白对照组比较,GA-ONFH模型组大鼠肠道菌群丰度发生改变,其中拟杆菌门丰度明显下调,而厚壁菌门丰度明显上调,差异有统计学意义(P<0.05);在科水平上,普雷沃菌科、梭状芽胞杆菌科、消化球菌科、理研菌科和克里斯滕森菌科的丰度明显下调,而葡萄球菌科的丰度明显上调,差异有统...     

抗性糊精对慢性不可预知温和应激大鼠肠道菌群的影响

目的 探究抗性糊精对慢性不可预知温和应激大鼠肠道菌群的影响。方法 24只雄性SD大鼠随机分为对照组、模型组和抗性糊精组，大鼠基于慢性不可预知温和应激(CUMS)建立抑郁模型，3周后进行糖水偏好实验和旷场实验检测。模型组筛选应激敏感大鼠，其他两组随机选择等数量大鼠利用16S rRNA测序技术检测其肠道菌群的组成和结构变化。结果 与对照组相比，模型组大鼠肠道菌群厚壁菌门[(0.92251±0.02838)vs.(0.82572±0.00761)]、阿克曼菌属[(0.01327±0.00076)vs.(0.00000±0.00000)]、乳球菌属[(0.00029±0.00010)vs.(0.00000±0.00000)]相对丰度显著降低(P<0.05);拟杆菌门[(0.04671±0.00263)vs.(0.12341±0.03576)]、粪杆菌属[(0.00011±0.00004)vs.(0.00057±0.00005)]、Ruminococcaceae＿UCG＿014[(0.01003±0.00384)vs.(0.10976±0.04364)]相对丰度显著升高(P<0.05...     

维持性血液透析终末期肾病患者肠道菌群特点探讨

 目的 探讨维持性血液透析终末期肾病(end stage renal disease,ESRD)患者肠道菌群的特点。方法 收集维持性血液透析的稳定ESRD患者和健康对照组受试者各22例粪便样本,提取样本DNA,进行16S rRNA基因测序,对肠道菌群的分布情况进行分析。结果 (1)维持性血液透析ESRD组观察到的各样品微生物物种量、物种多样性较健康对照组低,物种多样性在18～44岁组有统计学差异;(2)两组在纲、目、科、属、种分类水平上分别发现2、4、9、29、28个相对丰度有统计学差异的物种(P<0.05); 其中Negatibicutes纲、粪球菌属-3相对丰度维持性血液透析ESRD组低于健康对照组,而丹毒丝纲、目、科、属、种水平相对丰度维持性血液透析ESRD组高于健康对照组;(3)通过KEGG代谢途径的差异分析,推测两组间有3个存在统计学差异的代谢途径(P<0.05),其中与碳水化合物代谢途径相关基因在健康对照组粪便样品中显著富集,而与细胞运动性及药物耐药途径相关基因在维持性血液透析ESRD组粪便样品中显著富集。结论 维持性血液透析ESRD组患者肠道微生物群落多样性降低,与健康对照组比较在微生物群落相对丰度、KEGG功能预测相关基因代谢途径上存在差异。     

低氧训练对大鼠小肠微生物的影响

目的:研究低氧应激及低氧和运动复合应激对大鼠肠道微生物的影响。方法:雄性8周龄SD大鼠120只,适应性饲养1周后,用分层随机抽样法按体重随机分为常氧安静组(normal oxygen sedentary,NOS组)、常氧运动组(normal oxygen exercise,NOE组)、低氧安静组(low oxygen sedentary,LOS组)、低氧运动组(low oxygen exercise,LOE组),每组30只。递增强度适应性训练1周后开始正式干预,低氧组大鼠入驻常压低氧动物房(氧浓度12.7%,对应4000 m海拔)进行低氧干预,运动组大鼠进行每天24 m/min、45 min的中等强度跑台运动干预。分别在开始干预后第3、6、9天的末次训练后24 h取材,收集大鼠空肠内容物,提取全基因组DNA,用NanoDrop2000进行DNA质控,质控合格样品用Illumina HiSeq 2500型测序仪对16SrRNA的V3-V4可变区进行测序,得到结果用生物信息学手段进行微生物多样性分析。结果:(1)测序总共得到2697529条16SrRNA序列(Reads),双端Reads拼接、过滤后共产生2206002条高质量测序标签(Clean tags),平均每个样品产生73533条Clean tags。(2)在门分类学水平上,优势物种分别是,厚壁菌门、变形菌门、放线菌门;同时,属水平上具有较高丰度的物种主要集中于厚壁菌门、放线菌门及变形菌门中。厚壁菌门中,属水平上丰度最高的是乳酸菌属,变形菌门中Pannonibacter菌属、假单细胞菌属丰度较高;放线菌门中,节细菌属相对丰度较高。(3)干预后3天时,NOS组厚壁菌门相对丰度显著低于LOS组(P<0.05),NOS组假单胞菌属相对丰度显著高于LOE组(P<0.01);干预后第6天时,NOS组厚壁菌门相对丰度仍显著低于LOS组(P<0.05),NOS组变形菌门及放线菌门相对丰富显著低于LOE组(P<0.05,P<0.01),NOS组节杆菌属相对丰度显著低于LOE组(P<0.05);干预后9天时,NOS组假单胞菌属相对丰度显著高于LOS组(P<0.05)。结论:低氧或低氧训练作为唯一变量,导致大鼠肠道微生物构成发生显著变化。低氧干预导致大鼠肠道微生物中厚壁菌门相对丰度显著升高,低氧训练导致大鼠肠道微生物中放线菌门、变形菌门相对丰度显著下降;这可能导致肠道微生物失调,宿主肠黏膜屏障功能受损。     

肠道菌群调节神经递质影响抑郁症的研究进展

近年来,肠道菌群对精神疾病的显著影响是医学和神经生物学研究的热点方向,肠道菌群-肠-脑轴的异常被证实在抑郁症发病与病理生理机制中起到重要作用,但精细机制仍需深入研究.该文综述了肠道菌群及其代谢产物对抑郁症相关神经递质(5-羟色胺、多巴胺、去甲肾上腺素、谷氨酸、γ-氨基丁酸等)的影响,从而探讨肠道菌群与抑郁症之间的相关性...     

基于多重置换扩增技术的胃癌患者胃内微生物的宏基因组学研究

目的 通过多重置换扩增技术（multiple displacement amplification,MDA）与宏基因组鸟枪法测序相结合的方法研究胃癌患者和健康受试者胃内微生物的组成特征。方法 纳入2017年9月—2017年12月在医院就诊的胃腺癌患者4例,健康受试者4例,收集受试者胃液标本,经过标本预处理、DNA提取、MDA扩增提取的DNA、构建测序文库、高通量测序和生物信息学分析,研究2组受试者胃内微生物的组成特征,寻找与胃癌显著相关的菌种,并评估该方法用于胃内微生物宏基因组学研究的可行性。结果 MDA能显著扩增从胃液样本中提取的微量微生物DNA（207.27±33.17）倍,扩增后的DNA量能满足构建高质量测序文库的要求;总体上看,所有样本共鉴定出131个菌种,胃癌患者胃内菌群多样性显著低于健康受试者（P<0.01,t=4.189）;在细菌门水平,受试者胃液菌群主要由变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、梭杆菌门组成;优势物种的组间差异分析表明,与健康受试者相比,牙髓卟啉单胞菌、口腔链球菌、干燥奈瑟菌在胃癌患者胃液中富集(P<0.05)。结论 MDA能有效用于扩增胃内微量微生物DNA;胃癌患者的胃液菌群构成与健康人存在显著差异;部分口腔及上呼吸道条件致病菌与胃癌显著相关,是潜在的胃癌生物学标志物;通过全基因组扩增和高通量测序相结合的方法可以从菌种甚至菌株的水平上寻找与胃癌发生、发展相关的微生物。