湖州市儿童流感样病例中肠道病毒病原特征分析

目的 了解湖州市儿童流感样病例中肠道病毒(EV)的感染状况及病原特征.方法 对2018年-2019年湖州市某哨点医院送检的已排除流感的438份儿童流感样病例咽拭子标本进行肠道病毒荧光定量RT-PCR核酸检测.结果 438份标本中肠道病毒核酸阳性共80份,阳性率为18.26％.其中CoxA4阳性9份,CoxA6阳性8份,...     

上海市类流感监测病例中肠道病毒病原特征研究

目的:了解上海地区类流感病例中肠道病毒病原特征。方法:应用RD、Vero、Hep2细胞对2008年1月-12月收集的567份类流感咽拭子标本进行肠道病毒分离培养,并对分离的毒株进行肠道病毒Vp1区域扩增和测序,通过NC-BI BLAST服务器在线比对进行肠道病毒型别鉴定。结果:从567份咽拭子标本中分离到39株肠道病毒,全年阳性分离率占总分离标本数的6.88%。4月-7月期间获得分离毒株28株,阳性分离率占同期收集标本的21.05%。对所有分离到的肠道毒株进行测序比对,29株为COXB3型病毒、5株为COXA4型病毒、3株为COXA10型病毒,1株为COXA5型病毒和1株为COXA6型病毒。所有COXB3型毒株序列与GenBank网上当年公布的北京株、安徽株、广东株、广州株和日本株同源性达94%以上。结论:在上海地区2008年肠道病毒是引起上呼吸道感染的常见病原体之一,并以COXB3型病毒感染为主,还存在其他肠道病毒病原体感染。应用分子分型技术加强引起呼吸道感染的肠道病毒病原体监测可为相关疾病的流行或暴发提供预警信号,也为临床医生的正确诊断提供依据。     

盐城市1起病毒性脑炎疫情的肠道病毒Echovirus18VP1基因分子特征

目的对盐城市1起病毒性脑炎聚集性疫情分离的Echovirus18(E-18)型肠道病毒进行VP1基因分子进化特征分析。方法通过实时荧光RT-PCR方法,对2019年盐城市病毒性脑炎聚集性疫情标本进行肠道病毒的检测,对非EV71或CVA16其他肠道病毒进行分子分型,采用RT-PCR扩增E-18型肠道病毒VP1基因并测序,采用生物信息软件从核苷酸、氨基酸和分子进化3个层面进行分子特征分析。结果该起病毒性脑炎聚集性疫情是由E-18型肠道病毒感染引起,其6例病例;肛拭子肠道病毒核酸通用阳性4例,阳性率66.67%;均为轻症,全部治愈。4株E-18型肠道病毒株VP1基因片段均未见核苷酸的插入或者缺失,长度均为861bp、编码287个氨基酸,其核苷酸、氨基酸同源性分别为99.9%～100.0%和100.0%;与2019年E-18型手足口病盐城株(151/HFMD/JSYC/2019)VP1基因核苷酸、氨基酸同源性分别为99.5%～99.7%和100.0%;与原型株Metcalf VP1基因核苷酸、氨基酸同源性分别为79.0%～79.1%和93.4%。遗传进化树显示,2019年盐城市4株病毒性脑炎代表株与1株手足口病代表株聚集成簇,构成1个独立进化分支,属于C2基因亚群分支毒株。与原型株Metcalf相比,盐城市4株病毒性脑炎代表株涉及19个氨基酸位点的变异,变异率为6.62%,与1株手足口病代表株在VP1基因B-C loop区域发生了R84N氨基酸位点的变异。结论该起病毒性脑炎聚集疫情由E-18型肠道病毒引起,该病毒属于C2基因亚群优势进化分支,与本地手足口病代表株可能有共同的来源。     

2016-2017年盐城市手足口病CVA9型肠道病毒VP1基因分子进化特征

目的研究2016—2017年盐城市手足口病病原CVA9型肠道病毒VP1基因分子进化特征。方法对2016—2017年盐城市疑似手足口病例标本进行病原体分子分型分析;以RT-PCR法扩增CVA9型肠道病毒VP1基因全长编码区并测序,采用生物信息学软件进行核苷酸及氨基酸序列比对及基因种系进化特征分析。结果2016—2017年盐城市共检测1 002例疑似病例标本,肠道病毒核酸阳性率38.32%,主要型别为EV71型112例(占29.17%),CVA16型94例(占24.48%),其他肠道病毒共178例(占46.35%)。检出2株CVA9型,其核苷酸、氨基酸同源性分别为94.7%、99.3%,与原型株Griggs(D00627)核苷酸、氨基酸同源性分别为80.4%～81.3%、92.7%;与引起其他症状各代表株(包括无症状健康儿童携带者)的核苷酸、氨基酸同源性为81.1%～97.2%、94.0%～99.3%。遗传进化树分析显示2毒株在C4分支中构成2条明显的传播链:CVA9/JS-yancheng/122/2016位于单独的小分支,CVA9/JS-yancheng/419/2016与2016年无症状健康儿童携带者四川株(LC361283)聚集成簇构成另一传播链。共检测31例重症病例,13例肠道病毒通用核酸阳性,阳性率41.93%,其中EV71型11例、CVA型2例。结论 2016—2017年盐城市引起手足口病的CVA9病毒属于散在流行,非手足口病流行的主要基因型别,与国内部分省市引起手足口病的毒株共进化共循环,与引起其他症状类型的CVA9毒株存在差异。     

2015年泰州市流感样病例病原谱及流行病学特征

目的了解泰州市流感样病例(ILI)的病原谱与流行病学特征。方法采用描述性流行病学方法分析2015年泰州市两家监测哨点医院流感样病例的流行病学特征;每月随机抽取10份监测哨点采集的流感样病例咽拭子样本提取核酸,进行肺炎链球菌、流感嗜血杆菌、流感病毒、肠道病毒、冠状病毒等病原的荧光定量PCR检测,根据检测结果描述病原谱分布特点。结果泰州市2015年共报告流感样病例30 587例,流感样病例占门诊病例总数的比例(ILI%)为6.5%;年龄以0~15岁为主,占68.3%;7—8月为全年发病高峰检测样品;检测样品核酸120份,共检出阳性72份,检出率居前3位的依次为流感嗜血杆菌13.3%、肺炎链球菌12.5%和鼻病毒10.8%。结论泰州市2015年度流感样病例呈现季节性和多病原交替特征,需根据病原谱和流行病学特征采取针对性的防控措施。     

2016-2017年盐城地区手足口病病原谱构成及EV71型肠道病毒VP1基因特征

目的 了解2016-2017年盐城地区手足口病肠道病毒病原谱分布情况,并对鉴定为EV71型肠道病毒VP1基因进行分子进化特征分析。方法 通过实时荧光RT-PCR方法对2016-2017年盐城市疑似手足口病咽肛拭子标本进行肠道病毒阳性标本的筛选,对非EV71非CVA16其他肠道病毒进行分子分型,RT-PCR扩增EV71型肠道病毒VP1基因片段并测序,采用相应的生物信息软件进行核苷酸及氨基酸序列比对及基因种系进化特征分析。结果 2016-2017年盐城市手足口病原主要以其他肠道病毒为主,EV71和CVA16仍占有一定比例。共有12个基因型肠道病毒的流行,分别为EV71、CVA16、CVA2、CVA4 、CVA6、CVA8、CVA9、CVA10、ECHO3、ECH09、ECHO13、CVB4。其中,CVA6型为绝对优势流行株。遗传进化树显示,盐城地区EV71型代表株属于C4基因型C4a基因亚群的毒株,盐城代表株在C4a基因亚群进化谱中进化为两个主流分支。其中,盐城地区2016年8株代表株和2017年26株共34株处于较强传播链中。重症病例EV71型代表株在进化树呈散在性分布,没有单独聚集成簇。结论 2016-2017年盐城市手足病病原有多种基因型的肠道病毒同时流行,CVA6是优势病原体,EV71型属于C4基因型C4a基因亚群的毒株,EV71型肠道病毒仍是引起重症的主要型别。     

2018—2021年徐州市儿童流感样病例中肠道病毒和鼻病毒感染流行病学特征

目的 了解儿童流感样病例中肠道病毒(HEV)、鼻病毒(HRV)感染流行病学特征,为临床诊治及科学防控提供依据。方法 2018—2021年,采集徐州市儿童医院流感样病例咽拭子,针对病毒RNA 5′UTR区进行聚合酶链式反应检测HEV、HRV,产物测序并对比分型,比较不同人群和季节2种病毒检出率差异。结果 2018—2021年,徐州市累计采集流感样病例标本4 180例,检出HEV、HRV共198例,检出率为4.74%;其中,REV检出67例,检出率为1.60%,包括48例柯萨奇病毒(CV)、15例埃可病毒(Echo)、4例HEV-D68型;HRV检出131例,检出率为3.13%,包括85例HRV-A、9例HRV-B、37例HRV-C。HEV检出率最高在7月(5.00%),其次为5月(3.44%)、6月(2.89%);HRV检出率最高在10月(7.65%),其次为5月(5.31%)、6月(5.26%)、9月(4.71%)。结论 徐州市2018—2021年儿童流感样病例中HEV以柯萨奇病毒感染为主,主要在春、夏季流行;HRV以HRV-A感染为主,主要在春、秋季流行。     

2013年杭州地区肠道病毒71型分离株VP1基因特征分析

目的 了解2013年杭州地区重症手足口病患儿感染的肠道病毒71型(EV71)分离株VP1区的基因特征.方法 采集2013年杭州市儿童医院收治的重症手足口病确诊病例粪便样本,用EV71特异性引物进行RT-PCR鉴定,选取EV71检测阳性的15例样本进行病毒分离并进行VP1基因的特异性扩增并测序,结合EV71各基因型及亚型的代表株构建系统进化树,并对VP1蛋白的氨基酸序列进行分析.结果 2013年该院分离的15株EV71分离株与A、B基因型参考株的核苷酸同源性分别为77.5％～79.8％、77.7％～83.1％,氨基酸同源性分别为92.8％～96.6％、92.8％～97.9％,与C基因型的核苷酸同源性为83.4％～97.3％,氨基酸同源性为93.4％～99.7％,其中与2008年安徽省阜阳市的EV71流行株[C4a (Fuyang-0508)]的核苷酸和氨基酸同源性最高,分别为95.0％～97.3％及96.2％～99.7％.系统进化树显示所有分离株与C4a亚型的代表株处于同一分支.15株EV71分离株与不同基因型代表株进行比对发现,在297个氨基酸位点中主要突变位点有11个.结论 2013年杭州地区重症手足口病患儿中流行的EV71均为C4a基因型,其VP1基因保守性好.     

2016年盐城市手足口病病原学特征及EV71和CVA16型肠道病毒VP1基因特征

目的了解2016年盐城市手足口病肠道病毒病原谱分布特征,并对鉴定为EV71、CVA16型肠道病毒VP1基因进行分子进化特征分析。方法收集疑似手足口病咽肛拭子标本,采用实时荧光RT-PCR方法检测通用、EV71和CVA16型肠道病毒核酸,以RT-PCR法扩增其VP1基因全长编码区并进行序列分析,采用MegAlign、mafft、MEGA等软件进行核苷酸及氨基酸序列比对及基因种系进化特征分析。结果 2016年盐城市共收集疑似手足口病标本504份,检出肠道病毒核酸阳性165份,阳性率32.74%,EV71型、CVA16型、其他型别分别占4.37%、6.94%、21.43%。对EV71、CVA16型肠道病毒遗传进化树分析显示,盐城地区EV71和CVA16代表株分别属于C4a、B1b基因亚群进化分支,未发生基因亚群的转换,在各自进化分支中形成3条传播主链,远离各自原型株。结论 2016年盐城市手足病病原谱为多种基因型的肠道病毒共同流行。其他肠道病毒为优势病原体,EV71和CVA16仍占有一定比例。     

河南省2010年肠道病毒71型VP1基因特征分析

目的对河南省2010年手足口病监测标本进行病原分离及VP1基因测序,了解分离病毒的基因特征及分子流行病学特点。方法将2010年收集的手足口病患者粪便标本和肛拭子标本840份进行病毒分离鉴定并对34株病毒分离株测定肠道病毒71型VP1全序,利用生物信息学软件对序列分析,构建序列系统进化树。结果测序获得34株来自河南省11个地市的VP1全长序列,分离株间的VP1区核苷酸相似性为96.3%～100%,系统进化分析显示属于C4基因型的C4a亚群,所有分离株均处于同一进化分支,轻重症间无明显差别。在2003~2009年的河南省和其他7省亦发现有C4a亚群存在。结论 2010年河南EV71分离株为C4基因型的C4a亚群,河南省2008年以来的分离株与2004年以来的中国大陆优势株流行趋势完全一致。     

2016-2017年江阴市流感样病例病原谱特征分析

目的了解江阴市流感样病例(influenza like illness, ILI)病原谱的构成及流行特征,为制定防治策略提供科学依据。方法采集2016-2017年江阴市流感监测哨点医院上报的流感样病例咽拭子标本及病例信息,运用实时荧光定量PCR技术对标本中的流感病毒、副流感病毒、常见冠状病毒、呼吸道合胞病毒、鼻病毒、偏肺病毒、呼吸道腺病毒、肺炎衣原体及支原体进行检测,应用Epi Info对采集的数据进行统计分析。结果 2016-2017年全市累积报告ILI 64 305例,占就诊病人总数的百分比(ILI%)为9.20%,各年份ILI%差异有统计学意义(P<0.001),ILI%具有明显的季节性,且0～4岁组ILI报告例数最多。2016-2017监测年度内,2家监测哨点医院共采集咽拭子标本1059份,检出病原阳性率为38.62%,流感病毒为本地区的优势病原(阳性率23.98%),其次为呼吸道腺病毒(阳性率5.38%)和副流感病毒(阳性率2.46%)。5～14岁组病原学阳性率最高(53.57%),4月份为呼吸道病原感染高峰(67.06%)。结论江阴市ILI呼吸道病原种类多样,流感病毒...     

2009-2015年淄博市流感样病例暴发疫情监测分析

目的 分析2009-2015年山东省淄博市流行性感冒（简称流感）样病例暴发疫情的流行特征和毒株变迁,为流感防治提供科学依据。方法 收集淄博市2009-2015年流感监测信息系统和突发公共卫生事件报告管理信息系统中流感样病例和流感暴发疫情的信息,采用描述性流行病学方法对收集的数据和结果进行分析。结果 淄博市2009-2015年共报告40起流感样病例暴发疫情,罹患率6.08%;疫情报告时间主要集中在12月份,占42.50%（17/40）;疫情报告年份主要集中在2009年和2014年,分别占37.50%（15/40）和27.50%（11/40）;疫情主要发生在初中、小学和幼儿园,占72.50%（29/40）;导致流感样病例暴发疫情的病毒亚型主要为H3N2亚型和新型甲型H1N1,每年度优势病毒亚型不同。首发病例到采取措施的时间与疫情的持续时间呈正相关（r_s=0.796,P<0.001）。结论 淄博市流感暴发疫情具有明显的季节性,初中以下学校及幼儿园是流感暴发疫情的主要高发场所,暴发流行的优势毒株循环交替,尽早采取控制措施是降低流感暴发规模的有效手段。     

上海市黄浦区流感疫情流行特征及预测分析

目的探索上海市黄浦区流感流行特点及疫情演变规律。方法采用描述性流行病学方法,分析黄浦区2004-2011年流感样病例（influenza-like illness,ILI）流行趋势;应用两种季节趋势模型预测2012年19月份的ILI病例就诊百分比,并进行比较。结果黄浦区ILI就诊百分比从2004年的2.06%（2 267/110 201）降至2011年的1.02%（1 433/139 833）（P<0.001）,平均1.51%（14 083/929 883）。流感发病流行高峰期为夏季和冬季（Z=-2.44,P=0.015）,2009年起为冬春季高发。15岁以下人群ILI就诊构成比和估算人群粗发病率均高于其他年龄组。基于移动平均法的季节趋势模型预测2012年19月ILI%的平均相对误差和绝对误差分别为0.61%和3.04,低于基于季节指数的季节趋势模型预测值（6.44%和3.01）,且曲线更加平滑,可以设定预警值和行动值。结论黄浦区2004-2011年ILI就诊百分比整体呈下降趋势。基于移动平均法的季节趋势模型预测法能客观地反映流感活动的...     

肠道病毒71型流行病学特征与VP1区基因型研究

目的研究2012年5月-2013年4月肠道病毒71型(EV71)流行病学特征及VP1区基因型特征,为该地区手足口病的防治提供科学参考。方法用实时荧光PCR(FQ-PCR)方法对手足口病患儿咽拭子标本进行检测,对EV71阳性样本通过RT-PCR方法扩增VP1区全长基因,将扩增产物进行序列测定,利用生物信息学软件对序列进行分析,构建遗传进化树。结果 196例EV71感染患儿男124例,女72例,男女比例为1.72∶1,年龄以3岁以下为主,占93.9%;3~6月份为高发月份;6株来源于不同疾病程度的样本测序成功,6株EV71 VP1基因间的核苷酸相似性为96.0%~99.7%,氨基酸相似性为94.6%~100.0%,来源不同疾病程度的EV71 VP1基因未发现特异性核苷酸变异;在系统进化树上,均与C4a亚型代表株处于同一分支,核苷酸相似性为96.0%~98.6%,氨基酸相似性为98.0%~99.6%。结论手足口病患儿感染EV71以3岁以下的婴幼儿为主,在3~6月份多发,男性感染高于女性;EV71流行株属肠道病毒71型C基因型的C4亚型,VP1基因与疾病的严重程度无明显关联。     

2009-2011年深圳市福田区流感样病例流行特征

目的 分析深圳市福田区2009-2011年流感样病例(ILI)监测结果,探讨流感大流行后疫情趋势与预防控制对策.方法 根据《全国流感监测方案(试行)》,收集哨点医院ILI就诊数,采集流感样病例鼻咽拭子,采用MDCK细胞进行流感病毒分离,采用血凝抑制试验进行流感病毒型别的鉴定.结果 3年累计报告流感样病例25 654例,平均ITL％为5.09％,共采集ILI咽拭子标本1 061份,分离到阳性菌株335份,阳性率为31.57％.结论 福田区流感流行高峰在6-7月,3月有1个小高峰,各亚型交替出现.2009年H1N1流感大流行后,未监测到流感变异毒株.     

丹阳市2009-2010年流感样病例流行特征分析

目的了解丹阳市2009-2010年流感样病例(ILI)监测结果,探讨流感大流行后疫情趋势与防控对策。方法按《全国流行性感冒(甲型H1N1流感)监测工作方案》要求,收集哨点医院ILT就诊数,随机采集病例咽拭子进行流感病毒检测。结果 2年累积报告ITL 14 135例,2009年就诊人次数明显高于2010年,差异有统计学意义(χ2=1 145.27,P<0.01);2009年分别于第34-38周、第46-51周出现2个发病高峰,2010年发病总体较为平稳;2009年病例主要集中在25岁以下人群,2010年集中在15岁以下人群;检出流感病毒核酸阳性标本367份,阳性率18.79%,2009年以A(H3)型和甲型H1N1为主,2010年以B型为主。结论甲型H1N1流感大流行后流感疫情趋于平稳,15岁以下人群是今后预防控制重点。应完善和加强学校、幼托机构等人群聚集单位病例监测和报告工作,探索流感疫情监测和预警模式。     

2018—2020年珠海市学校流感样病例暴发疫情流行特征及影响因素分析

目的 分析珠海市2018—2020年学校流感样病例暴发疫情的流行特征和影响疫情规模的相关因素,为制定防控策略提供依据。方法 采用描述流行病学方法分析学校流感样病例暴发疫情流行特征,采用χ2检验和Logistic回归分析疫情规模的影响因素。结果 2018—2020年珠海市学校累计报告67起流感样病例暴发疫情,累计发病人数1 746例。发病高峰为每年3月—6月和12月—次年1月,主要发生在小学,流感样病例的发病年龄高峰为6～8岁。病原体主要为B型、A(H3N2)亚型和A(H1N1)亚型流感病毒。暴发疫情涉及病例咽痛发生率>50%的学校发生大规模流感样病例暴发疫情的风险是咽痛发生率≤50%学校的4.308倍(95%CI:1.100～16.864)。结论 2018—2020年珠海市学校流感样病例暴发疫情主要集中在冬春季节的小学,高咽痛发生率是学校发生大规模疫情流感样病例暴发疫情的危险因素。