普罗维登斯菌中新型别质粒IncpPrY2001的遗传特性研究

目的 旨在揭示普罗维登斯菌中质粒不相容群Inc_pPrY2001的基因组结构和遗传特征。方法 16S rDNA初步鉴定菌种后,将菌株送二代和三代测序,得到测序数据后进行平均核苷酸一致性(ANI)比对,最终核定菌种;VITEK 2仪器检测细菌的最小抑菌浓度(MIC)值;随后进行全基因组测序,获得细菌的全基因组序列,通过精细注释及比较基因组学分析,确定耐药基因所在基因环境。结果 该研究指定了1个新的质粒型别Inc_pPrY2001。Inc_pPrY2001型质粒与参考质粒pPrY2001具有相似的骨架保守区,但插入区存在差异。Inc_pPrY2001型质粒的插入区表现出了显著的多样性,这表明质粒内部存在大量的基因获得和缺失,包括5个Tn1696和1个Tn7相关的区域。在Inc_pPrY2001型质粒中发现了多种抗生素耐药基因(ARG),涉及对至少8类12种的抗生素的耐药性。发现包含In1806和In1807在内的2个新的可移动遗传元件(MGE)。结论 Inc_pPrY2001     

细菌多药耐药基因组岛研究进展

多药耐药基因组岛是指细菌染色体上一段具有典型特征的基因簇,携带有多种耐药基因,决定细菌的多药耐药性;多药耐药基因组岛具有移动元件的特征,如G C百分比和密码子使用与宿主菌不同,常含移动基因,可以在同种甚至于不同种菌株间水平转移,加速了临床上多药耐药菌株的产生.目前在细菌中已发现两个较典型的多药耐药基因组岛:沙门菌属多药耐药基因组岛(SGI1岛)和鲍曼不动杆菌多药耐药基因组岛(AbaR1岛).研究细菌多药耐药基因组岛,可以了解多药耐药的分子基础、起源和进化;阐明多药耐药基因在菌株之间以及不同细菌和生态系统之间传播的机制.     

洛菲不动杆菌株多药耐药NDM-1基因的鉴定

目的检测并鉴定洛菲不动杆菌多药耐药菌株中新德里金属β内酰胺酶新德里金属β-内酰胺酶(new delhi metallo-β-lactamase,NDM)-1基因表达。方法抗菌药物最小抑菌浓度(minimal inhibitory,MIC)筛选多药耐药菌株,PCR方法鉴定候选菌株中金属β-内酰胺酶基因,经PCR测序、亚胺培南和亚胺培南+EDTA复合纸片的双纸片协同法鉴定金属β内酰胺酶表型,并采取接合实验和全基因组测序来确定NDM-1。结果自458株金属β-内酰胺酶阳性菌株中分离出一株洛菲不动杆菌,并检出NDM-1基因,此菌株并不合并存在VIM和IMP金属β-内酰胺酶基因阳性表达。该菌株对所有的β-内酰胺类抗生素均不敏感,而对阿米卡星、多粘菌素、替加环素敏感。全基因组测序确定其位于一个48.9 kb的质粒上,目标带纯化后克隆、扩增的目标序列与文献报道的NDM-1基因同源性为100%。结论 NDM-1是一种针对碳青霉烯类抗生素耐药的新机制,临床工作者应关注其对洛菲不动杆菌多药耐药的影响。     

冬季闽南海域细菌种类及药敏研究

目的:研究冬季闽南海域海水中细菌种类、分布及对抗生素的敏感度,为海水浸泡伤救治提供参考。方法:采取无菌法采集海水标本6份,进行增菌培养与细菌分离及细菌学鉴定和药敏试验。结果:6份海水标本中分离出细菌9种18株,其中弧菌科细菌15株(83.3%),肠杆菌科细菌3株(16.7%)。分离菌种对11种(55.5%)抗生素高度敏感,对9种(45.5%)抗生素不同程度耐药,其中对氨苄西林和头孢噻吩耐药严重。结论:冬季闽南海域细菌以弧菌属为主,对抗菌药物敏感度较高。     

基于多重置换扩增技术的胃癌患者胃内微生物的宏基因组学研究

目的 通过多重置换扩增技术（multiple displacement amplification,MDA）与宏基因组鸟枪法测序相结合的方法研究胃癌患者和健康受试者胃内微生物的组成特征。方法 纳入2017年9月—2017年12月在医院就诊的胃腺癌患者4例,健康受试者4例,收集受试者胃液标本,经过标本预处理、DNA提取、MDA扩增提取的DNA、构建测序文库、高通量测序和生物信息学分析,研究2组受试者胃内微生物的组成特征,寻找与胃癌显著相关的菌种,并评估该方法用于胃内微生物宏基因组学研究的可行性。结果 MDA能显著扩增从胃液样本中提取的微量微生物DNA（207.27±33.17）倍,扩增后的DNA量能满足构建高质量测序文库的要求;总体上看,所有样本共鉴定出131个菌种,胃癌患者胃内菌群多样性显著低于健康受试者（P<0.01,t=4.189）;在细菌门水平,受试者胃液菌群主要由变形菌门、拟杆菌门、厚壁菌门、梭杆菌门组成;优势物种的组间差异分析表明,与健康受试者相比,牙髓卟啉单胞菌、口腔链球菌、干燥奈瑟菌在胃癌患者胃液中富集(P<0.05)。结论 MDA能有效用于扩增胃内微量微生物DNA;胃癌患者的胃液菌群构成与健康人存在显著差异;部分口腔及上呼吸道条件致病菌与胃癌显著相关,是潜在的胃癌生物学标志物;通过全基因组扩增和高通量测序相结合的方法可以从菌种甚至菌株的水平上寻找与胃癌发生、发展相关的微生物。     

肺部感染病原菌及耐药性分析

目的了解我院肺部感染病原菌及耐药现状,为临床治疗应用抗生素提供依据。方法对我院185例肺部感染患者的痰标本进行细菌培养和菌种鉴定,并作药敏测定。结果 185例患者痰培养分离出病原菌共128株,其中G-杆菌占总菌株的82.1%,前四位菌种分别为大肠埃希菌、铜绿假单胞菌、鲍曼不动杆菌、肺炎克雷伯菌;药敏结果显示G-菌对抗生素的耐药率呈上升趋势。结论院内肺部感染的主要致病菌是G-杆菌,细菌耐药现象较为严重,临床上应加以重视并合理使用抗生素。     

某三甲医院两时段间革兰阴性杆菌及耐药变迁

随着抗生素的广泛使用,细菌耐药问题越发突出,为了更好地了解细菌耐药情况,掌握细菌耐药的发展趋势,为临床合理用药提供参考依据,本研究回顾性分析了两个时段我院革兰阴性菌的分离菌种及耐药性变迁。1资料与方法1.1菌种来源:收集2000-01～2001-12和2010     

2014新一代测序论坛: 从技术到应用

随着近年来第二代测序技术的发明与推广,基因序列测序速度极大提升、成本大幅下降,使得基因组测序的大规模应用成为可能。同时,随着测序深度的提高,全基因组关联分析(genome-wide association study, GWAS)、外显子测序、转录组测序、非编码RNA(如miRNA)测序、甲基化测序等新技术的应用,我们对许多物种的基因组,包括外显子、非编码区、转录组和基因拷贝数变异有了更深入、全面的认识,对生物性状、疾病的解析也取得了重大的突破。     

血培养标本中病原菌的种类分布及其药物敏感性的回顾性研究

 目的 了解我院血培养中分离到的病原菌菌种分布及其耐药状况.方法 利用Bact/Alert3D 全自动血培养仪培养血标本,阳性标本转种后用VITEK32 全自动细菌鉴定仪或传统常规方法鉴定到种,然后用K-B法进行药敏测试.结果 送检的773份血培养标本中,检出病原菌116株,其中革兰阳性球菌占48.3%,革兰阴性杆菌占45.7%,真菌占6.0%.感染率最高的细菌是凝固酶阴性葡萄球菌、大肠埃希菌和铜绿假单胞菌.革兰阳性球菌中未发现对万古霉素耐药的菌株,而且对替考拉宁和磷霉素呈高度敏感;肠杆菌科未发现对舒普深、美洛培南和特治星耐药的细菌;非发酵菌则仅对舒普深有较高的敏感性.结论 血培养中分离出的病原菌种类复杂,耐药率高,及时了解血培养的结果对临床采取有针对性的抗菌治疗,提高治愈率和控制院内交叉感染具有重要意义.     

我国患者多重耐药乙肝病毒感染的基因型和表型特点

目的分析我国大样本来源的慢性乙肝病毒(HBV)感染患者多重耐药HBV的基因型和表型特点。方法回顾性分析11 800例慢性乙肝患者血清中HBV反转录酶(RT)区与核苷(酸)类似物耐药相关的突变类型及频率,采用PCR产物直接测序法和克隆测序法(≥20个克隆/样本)对其中的46例多重耐药HBV突变株进行鉴定。采用体外表型耐药分析法检测核苷类与核苷酸类联合处理对多重耐药HBV的抑制效果。分析临床治疗方案在多重耐药HBV感染的发生及控制中的作用。结果在11 800例慢性HBV感染者中,共3658例(31.0%)检出核苷(酸)类耐药相关突变,其中拉米夫定(LAM)耐药突变2592例(70.9%),阿德福韦酯(ADV)耐药突变665例(18.2%),恩替卡韦(ETV)耐药突变293例(8.0%),替比夫定(LdT)耐药突变62例(1.7%),同时针对核苷类和核苷酸类的多重耐药(MDR)突变46例(1.3%)。对46例多重耐药感染样本的克隆测序显示,40例样本在同一病毒基因组上检出MDR突变,其他6例样本的MDR突变则存在于不同的HBV基因组中。基因型分析显示共有15种病毒变异形式,同时耐LAM(或LdT)和ADV,以及同时耐ETV和ADV的MDR株分别为10种和5种。体外表型耐药分析结果显示,ETV(或LAM)和ADV联合用药可有效抑制HepG2细胞内MDR HBV的复制,但对野生株无类似效果。临床用药方案分析显示,多重耐药HBV感染常出现在LAM(或)LdT、ADV、ETV序贯治疗的患者,以LAM→ADV(22例)和LAM→ADV→ETV(10例)最多见,发生多重耐药后大多出现病毒学和(或)生化学突破。LAM+ADV或ETV+ADV联合挽救治疗可成功将大多数多重耐药HBV的DNA复制控制在检测不到的水平。结论我国MDR HBV株具有多样性和复杂性,表型分析和临床观察均证实核苷与核苷酸类似物联合使用可有效控制MDR HBV复制。多重耐药HBV感染的发生与临床长期应用核苷(酸)类似物序贯治疗有关,密切监测病毒应答及耐药突变对于临床尽早制定最优的抗病毒策略具有重要意义。