湖州市散发急性胃肠炎病例诺如病毒检测结果分析

目的分析湖州市散发急性胃肠炎病例诺如病毒感染的分子流行病学特征。方法选取2014年7月—2015年6月湖州市某哨点医院873例散发急性胃肠炎病例为研究对象,采用实时荧光定量RT-PCR方法对病例粪便标本进行诺如病毒核酸检测,选取部分阳性标本进行核苷酸序列测定,确定诺如病毒基因型并作流行病学分析。结果 873份腹泻粪便标本,检出诺如病毒核酸阳性256份,阳性率为29.32%;其中GⅠ型2份,GⅡ型254份。选取核酸浓度较高的169份PCR扩增阳性产物进行序列分析,结果显示:2株GⅠ型诺如病毒分属于GⅠ.7和GⅠ.Pb/GⅠ.6基因型;167株GⅡ型诺如病毒共存在10种基因亚型,以GⅡ.P17/GⅡ.17(65.27%)和GⅡ.Pe/GⅡ.4(28.74%)基因型为主,其他基因型有GⅡ.21、GⅡ.3、GⅡ.2、GⅡ.6、GⅡ.7、GⅡ.13、GⅡ.P7/GⅡ.6和GⅡ.P12/GⅡ.4,重组株出现频率高。诺如病毒感染的发病高峰为10月至次年3月。结论诺如病毒是湖州市散发急性胃肠炎病例的主要病原菌之一,其中GⅡ.P17/GⅡ.17型是流行的优势株。     

无锡地区2013年腹泻人群诺如病毒分子流行病学特征分析

目的了解无锡市诺如病毒流行特征及主要流行株的基因型。方法采集2013年无锡市哨点医院监测的409份急性腹泻者的粪便标本和9起诺如病毒暴发疫情的病例标本,采用实时荧光定量PCR检测诺如病毒GⅠ和GⅡ基因,对GⅡ基因阳性标本进一步进行扩增及测序分型。结果哨点监测病例诺如病毒阳性率为9.78%(40/409)。所测36株诺如病毒共有5种基因型,依次为GⅡ.Pe/GⅡ.4型28株(77.78%)、GⅡ.P12/GⅡ.3型4株(11.11%)、GⅡ.P16/GⅡ.13型2株(5.56%)、GⅡ.P7/GⅡ.6和GⅡ.16各1株(2.78%)。2013年暴发疫情病例所测35株诺如病毒共4种基因型,依次为28株GⅡ.Pe/GⅡ.4型(80.0%)、4株GⅡ.7(11.43%)、3株GⅡ.12/GⅡ.3(8.57%)。结论诺如病毒是无锡地区非细菌性腹泻最常见的病原体,无锡地区诺如病毒流行株具有多种基因型,存在不同基因型间重组株。GⅡ.Pe/GⅡ.4型(Sydney_2012)为2013年无锡地区绝对优势流行株。     

大连地区在食源性腹泻病例中检出GⅡ.17诺如病毒

目的了解大连地区流行的GⅡ型诺如病毒基因特征及其分布,为预防控制诺如病毒流行提供依据。方法采用荧光定量RT-PCR方法对2015年大连地区哨点医院上送的1 253份食源性腹泻病例粪便标本进行GⅡ型诺如病毒检测,对部分阳性标本进行亚型检测和基因特征分析。结果 1 253份标本中,检出GⅡ诺如病毒20份,阳性率为1.6%,其中8株GⅡ型诺如病毒经ORF1和ORF2连接区扩增和测序,发现5株为GⅡ.17,3株为GⅡ.4。进化树分析发现,本次大连地区检出的GⅡ.17和GⅡ.4分别与2015年韩国株和2015年中国台湾株亲缘关系密切。结论大连地区存在GⅡ.17和GⅡ.4诺如病毒流行,GⅡ.17诺如病毒在大连地区首次被检出。GⅡ.17是否是大连地区的优势流行株,还有待进一步跟踪监测。     

一起GI、GⅡ型诺如病毒混合感染疫情的病原鉴定及基因特征分析

目的 对2018年湖州一起赴泰国旅游团游客中发生的急性胃肠炎疫情进行诺如病毒核酸检测及基因分型。方法 采用real-time RT-PCR方法对送检的疫情标本进行GI和GⅡ型诺如病毒核酸检测。采用RT-PCR方法对阳性标本进行RdRp区和VP1区部分片段的扩增和测序。综合系统进化分析和重组分析结果判定病毒基因型别。结果 送检的8例病例的粪便标本均为诺如病毒核酸阳性。其中5份标本为GI、GⅡ诺如病毒核酸同时阳性,3份标本为GⅡ诺如病毒核酸阳性。8份阳性标本有5份测序成功。系统进化分析结果显示本次疫情检出的GⅡ型诺如病毒为GⅡ. P17-GⅡ. 17基因型,GI型诺如病毒为GI. P4-GI. 5重组株。结论 该起赴泰国旅游团游客中发生的急性胃肠炎疫情是由GⅡ. P17-GⅡ. 17和GI. P4-GI. 5基因型诺如病毒混合感染所致,推测感染来源来自泰国曼谷旅行期间。     

2013年海盐县诺如病毒流行株的监测和基因型分析

目的了解2013年海盐县诺如病毒流行株基因型谱分布。方法 2013年收集170例腹泻患者粪便标本,利用逆转录-聚合酶链反应(RT-PCR)检测诺如病毒核酸,挑选部分毒株进行核苷酸序列测定并构建系统进化树。结果检测170例腹泻患者粪便标本,诺如病毒阳性24份,检出率为14.12%;其中诺如病毒GⅠ基因组1份,占4.17%,序列测定为GⅠ.2基因型;GⅡ基因组23份,占95.83%,选4株进行序列测定,比对结果 1株属于GⅡ.4基因型2006b变异株,3株属于GⅡ.4基因型Sydney变异株。结论 2013年海盐县诺如病毒流行株基因型呈现多样性,以GⅡ.4 Sydney变异株为优势流行株,首次检出GⅠ基因组。     

学校感染性腹泻疫情中诺如病毒的分子流行病学分析

目的研究学校感染性腹泻疫情中诺如病毒的分子流行病学特征。方法对2017年义乌地区的学校感染性腹泻疫情中的粪便标本进行诺如病毒核酸检测,选取部分阳性标本对衣壳蛋白区基因片段进行扩增和测序,通过序列比对和进化分析确定诺如病毒的基因型别。结果 120份感染腹泻标本中检测到诺如病毒阳性45份,阳性率为37. 5%,选取的部分阳性菌株序列分析结果显示均为GⅡ. 2型。结论诺如病毒是引起学校感染性腹泻暴发疫情的重要病原菌之一,流行时间集中在2017年1月-3月,流行型别为GⅡ. 2型。     

成都地区腹泻病例人杯状病毒感染状况研究

目的 了解成都地区2010年7～12月之间人杯状病毒感染性腹泻的情况.方法 采集成都市2家哨点医院2010年7～12月之间腹泻病人的大便标本501份,采用RT-PCR方法,对501份大便标本同时进行诺如病毒、札如病毒核酸检测.结果 501份标本中检出阳性122份,核酸阳性率为24.35％ (122/501),其中诺如病毒GⅠ型1份,占阳性标本的0.82％ (1/122);诺如病毒GⅡ型100份,占阳性标本的81.97％ (100/122);札如病毒18份,占阳性标本的14.75％(18/122);诺如病毒GⅡ型和札如病毒共同感染3份,占阳性标本的2.46％ (3/122).5岁以下儿童患者标本病毒核酸阳性检出率为24.3％ (109/449),其中诺如病毒GⅡ型的检出率最高;5～18岁患者标本病毒核酸阳性检出率为14.29％(1/7),标本检验结果为诺如病毒GⅡ型;18岁以上患者标本阳性检出率为26.67％ (12/45),其中诺如病毒GⅡ型检出率最高.9、10、11 3个月病毒核酸检出率较高,其中9月份病毒核酸检出率最高为36.51％ (23/63).结论 成都地区人杯状病毒感染性腹泻的病原体以诺如病毒GⅡ型为主,主要在秋冬季节高发,且婴幼儿和成人同样容易感染.     

2008年广州市婴幼儿诺如病毒感染流行特征及基因型研究

目的了解广州市5岁以下婴幼儿诺如病毒感染状况及对诺如病毒阳性株进行基因型分析。方法收集广州市2008年5家病毒性腹泻监测点医院的门诊临床诊断为病毒性腹泻的5岁以下患儿临床资料及粪便标本692份,采用ELISA方法检测轮状病毒、腺病毒、星状病毒和诺如病毒抗原,将诺如病毒抗原阳性的标本用RT-PCR方法进行诺如病毒核酸扩增,阳性产物回收、纯化并测序,结合GenBank中的相关序列进行型别流行特点分析。结果 692份标本中,ELISA方法检测4种病毒的阳性率分别为轮状病毒31.9%(221/692)、诺如病毒21.2%(147/692)、腺病毒6.1%(42/692)、星状病毒1.2%(8/692),混合感染占6.8%(47/692)。诺如病毒腹泻病例发病高峰在9—11月份,占51.7%(76/147),2岁以下病例数占91.8%(135/147)。临床症状以腹泻、呕吐、发热、腹痛为主。147份诺如病毒ELISA阳性标本中RT-PCR方法检测诺如病毒核酸阳性率为84.4%(124/147),经测序及与GenBank中的相关序列比对,证实124份均属诺如病毒GⅡ遗传组,其中1份是GⅡ2型,其余均为GⅡ4型,GⅡ4型中又有不同分支。结论诺如病毒是广州市5岁以下儿童病毒性腹泻的常见病原之一,仅次于轮状病毒,常见于2岁以下婴幼儿,流行优势株基因型为GⅡ4型。     

北京市某些医院内腹泻暴发与诺如病毒的相关性研究

目的确定2006年11-12月北京市某些医院内发生的住院患者腹泻爆发性流行的病原及其分子生物学特点。方法首先检测腹泻标本中轮状病毒抗原并用聚丙烯酰胺凝胶电泳进行轮状病毒核酸检测,然后用逆转录-聚合酶链反应进行诺如病毒核酸检测,对检测阳性标本进行诺如病毒VP1全基因的扩增;并对其中一例进行全基因克隆、测序和分析。另外对来自不同医院的2份阳性标本中的VP1的5′端部分序列进行测序分析。结果30份腹泻患者粪便标本中共有17份检测为诺如病毒阳性,总阳性率为56.7%,每一家医院送检标本的阳性率都在42.9%以上。对其中一份标本的诺如病毒VP1全基因序列测定和分析显示为GⅡ-4型诺如病毒。另2份标本中的部分序列测定显示与全基因序列高度保守,只有1个核苷酸的差异,因此也提示为GⅡ-4型诺如病毒。结论诺如病毒是北京地区医院内腹泻暴发的重要病原,此次暴发极可能是由GⅡ-4型诺如病毒引起。     

天津市婴幼儿病毒性腹泻诺如病毒检测

目的研究天津市秋冬季婴幼儿腹泻患儿中诺如病毒感染的流行情况及其基因型别。方法 2008年10-12月收集天津市儿童医院住院部310例疑似病毒性腹泻的婴幼儿粪便标本,应用逆转录聚合酶链反应(RT-PCR)法检测粪便中诺如病毒核酸,并将部分阳性株的PCR产物进行测序,采用序列分析软件分析测序结果 ,推断其毒株型别。结果 310份腹泻标本中,诺如病毒RT-PCR阳性37份(GII型37份,GI型0例),检出率为11.94%;23份PCR产物送往测序,经Genebank Blast及系统进化树分析,所有诺如病毒均为诺如病毒基因组Ⅱ型,其中GII-4/2006b占95.65%(22/23),GII-3占4.35%(1/23);感染诺如病毒的患儿多为1岁以下,且11月份检出率最高。结论诺如病毒是天津市秋冬季婴幼儿病毒性腹泻的重要病原体,2008年诺如病毒以GII-4/2006b型毒株流行为主。     

广东省2012年病毒性腹泻病原学特征分析

目的系统掌握广东省病毒性腹泻的病原学特征及变化趋势,为病毒性腹泻防治工作提供参考依据。方法在广东省选择广州、深圳、肇庆等11个地级市23家哨点医院,每家哨点医院每周至少收集≤5岁和〉5岁门诊就诊腹泻病例粪便样本各3份进行轮状病毒和诺如病毒检测。结果2012年广东省11个哨点监测市23家哨点医院共采集门诊腹泻病例粪便样本4644份,轮状病毒和诺如病毒阳性检出率分别为13．94％（645／4627）和22．14％（1028／4644）。轮状病毒≤5岁年龄组阳性率为18．60％（445／2393）,〉5岁年龄组阳性率为8．95％（200／2234）,差异有统计学意义（P〈0．01）。诺如病毒≤5岁年龄组阳性率为21．88％（524／2395）,〉5岁年龄组阳性率为22．41％（504／2249）,差别无统计学意义（P〉0．05）。轮状病毒阳性检出率最高的月份是1月,为41．50％（105／253）;诺如病毒阳性检出率最高的月份是10月,为40．15％（218／543）。从1028份诺如病毒阳性样本中随机抽取226份进行序列测定,结果显示诺如病毒基因型GII型203份、GI型23份。203份GIL型中,GIL4型172份（其中GIL 4Sydney2012变异株87份、GIL 42006b变异株78份、GIL42010变异株4份、未分型3份）。结论2012年广东省病毒性腹泻的优势病毒是诺如病毒,而诺如病毒占优势与出现新的诺如病毒GIL4Sydney2012变异株有关。     

Detection and analysis of recombination in GII.4 norovirus strains causing gastroenteritis outbreaks in Alberta

Recombination is an important mechanism generating genetic diversity in norovirus (NoV) that occurs commonly at the NoV polymerase-capsid (ORF1/2) junction. The genotyping method based on partial ORF2 sequences currently used to characterize circulating NoV strains in gastroenteritis outbreaks in Alberta cannot detect such recombination events and provides only limited information on NoV genetic evolution. The objective of this study was to determine whether any NoV GII.4 strains causing outbreaks in Alberta are recombinants. Twenty stool samples collected during outbreaks occurring between July 2004 and January 2012 were selected to include the GII.4 variants Farmington Hills 2002, Hunter 2004, Yerseke 2006a, Den Haag 2006b, Apeldoorn 2007, New Orleans 2009, and Sydney 2012 based on previous NoV ORF2-genotyping results. Near full-length NoV genome sequences were obtained, aligned with reference sequences from GenBank and analyzed with RDPv4.13. Two sequences corresponding to Apeldoorn 2007, and Sydney 2012 were identified as recombinants with breakpoints near the ORF1/2 junction and putative parental strains as previously reported. We also identified, for the first time, a non-recombinant sequence resembling the ORF2–3 parent of the recombinant cluster Sydney 2012 responsible for the most recent pandemic. Our results confirmed the presence of recombinant NoV GII.4 strains in Alberta, and highlight the importance of including additional genomic regions in surveillance studies to trace the evolution of pandemic NoV GII.4 strains.     

2015—2020年湖南省感染性腹泻病原学及分子流行病学特征分析

目的 了解湖南省感染性腹泻的病原谱,追踪其分子流行病学演变趋势,为感染性腹泻的综合防治提供科学依据。 方法 通过哨点监测结合暴发疫情监测的方法,收集2015—2020年湖南省感染性腹泻标本,对细菌病原采用细菌培养、生化鉴定进行检测;对病毒病原采用分子生物学方法进行分型鉴定,并对部分PCR阳性标本进行序列测定。 结果 哨点医院主动监测的总阳性率为35.61%,病毒检出率20.26%高于细菌检出率11.26%,混合病原感染检出率为4.09%。细菌病原谱以沙门菌O∶4群鼠伤寒型为主,病毒病原谱以轮状病毒A组G9P[8]型和诺如病毒GⅡ.4Sydney[P31]型感染为主。不同监测、不同年份的病原谱构成及其基因型变迁规律各不相同:哨点医院监测细菌阳性率低而病毒阳性率高时,诺如暴发疫情随之增加;暴发疫情中诺如病毒感染为86.78%,其中69.43%为GⅡ型感染,12.42%为GⅠ型感染,混合感染占3.03%。诺如病毒暴发疫情具有明显季节性,优势基因型为GⅡ.2[P16]占42.97%。 结论 2015—2020年湖南省感染性腹泻病毒类病原体高于细菌类,鼠伤寒沙门菌、A组轮状病毒G9P[8]和诺如病毒GⅡ.4 Sydney [P31]是最主要的病原体和优势血清/基因型;GⅡ.2 [P16]是诺如病毒暴发流行的优势基因型;通过连续哨点监测的数据支持,提前为暴发疫情做好了防控,促成了湖南省感染性腹泻发病率的平稳下降。     

Molecular epidemiology of norovirus associated with gastroenteritis and emergence of norovirus GII.4 variant 2012 in Japanese pediatric patients

In late 2012, an outbreak of acute gastroenteritis due to norovirus variant Sydney_2012 occurred and have been reported from many counties. In this study, we described surveillance study of the incidence of norovirus infections among Japanese pediatric patients in association with gastroenteritis and investigated the antigenic change of the new variant Sydney_2012 circulated in Japanese populations. A total of 2381 fecal specimens collected from children with acute gastroenteritis in Hokkaido, Tokyo, Shizuoka, Kyoto, Osaka, and Saga from 2009 to 2013 were examined for norovirus and further analyzed molecularly. A high proportion (39.3%) of norovirus positive samples and several genotypes were detected. Norovirus GII.4 dominated over other genotypes (71.4%). The Den_Haag_2006b (43.2%) was detected as the predominant variant and co-circulated with New_Orleans_2009 (17.8%) until March 2012. Subsequently, they were displaced by Sydney_2012. The Sydney_2012 variant has been responsible for the majority of norovirus infections in 2012–2013 (85.7%). Although Sydney_2012 variant has a common ancestor with New_Orleans_2009 variant, analysis of P2 sub-domain showed a high level of diversity in comparison with other variants in four amino acid changes at the antigenic sites. The change in particular residue 393 of new variant may affect HBGA recognition. Analysis of noroviruses circulating in the past 4 years revealed a change of predominant variant of norovirus GII.4 in each epidemic season. The change of amino acid in putative epitopes may have led the virus escape from the existing herd immunity and explain the increase of new variant outbreaks.     

长沙地区诺如病毒基因型分析

目的确定长沙地区引起急性胃肠炎诺如病毒的类型。方法从128例腹泻患者粪便中,提取RNA。将RNA进行逆转录、扩增、测序,并通过构建基因进化树进行分析导致长沙地区患者感染的诺如病毒的主要种类。结果63个样品中含有诺如病毒,分别为GII-3、GII-4、GII-12三种类型,其中GII-4为主要病原体。结论在长沙地区,诺如病毒GII-4是引起病毒性胃肠炎的的主要致病株。GII-4基因进化快速,已成为全球范围内导致急性胃肠炎的最常见病毒株。     

厦门地区婴幼儿腹泻诺如病毒分子流行病学研究

目的:了解厦门地区婴幼儿腹泻诺如病毒(NV)分子流行病学特征。方法:收集2010年5月～2011年4月全年轮状病毒抗原阴性的急性非细菌性腹泻标本,用实时荧光RT-PCR法扩增NV ORF1-ORF2结合区,测序扩增片段后进行比对、分型及构建系统进化树。结果:全年共获得366份标本,共检测出81份为NV阳性标本,其中GI组5例,GII组76例;NV在厦门地区全年可见散发,但在每年7和11月有明显的流行高峰,且腹泻感染患儿主要集中在3岁以下;已分型的NV基因组(55例)以GII-4/2006b占绝对优势,其构成比达60.00%(33/55),其余为GII-3占25.45%(14/55),GII-6占5.45%(3/55),GII-2占3.64%(2/55),此外GII-12、GI-4、GI-5各占1.81%(1/55)。结论:厦门地区NV夏秋季发病率较高,GII-4/2006b变异株为优势株,且感染的NV可能存在病毒重组。     

Global Trends in Norovirus Genotype Distribution among Children with Acute Gastroenteritis

Noroviruses are a leading cause of acute gastroenteritis (AGE) among adults and children worldwide. NoroSurv is a global network for norovirus strain surveillance among children <5 years of age with AGE. Participants in 16 countries across 6 continents used standardized protocols for dual typing (genotype and polymerase type) and uploaded 1,325 dual-typed sequences to the NoroSurv web portal during 2016–2020. More than 50% of submitted sequences were GII.4 Sydney[P16] or GII.4 Sydney[P31] strains. Other common strains included GII.2[P16], GII.3[P12], GII.6[P7], and GI.3[P3] viruses. In total, 22 genotypes and 36 dual types, including GII.3 and GII.20 viruses with rarely reported polymerase types, were detected, reflecting high strain diversity. Surveillance data captured in NoroSurv enables the monitoring of trends in norovirus strains associated childhood AGE throughout the world on a near real-time basis.