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目的:基于整合药理学方法,筛选莪术-冬凌草药对抗癌的有效活性成分,并探讨其分子作用机制.方法:使用中医药整合药理学研究平台V2.0分别筛选莪术和冬凌草的活性成分,使用数据库中疾病相关分子库收集癌症相关靶点,使用VENNY 2.1平台匹配药物和疾病靶点.使用STRING数据库构建药对靶标-疾病靶标相互作用的核心靶点网络图... 相似文献
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目的:基于中医药大数据创建用于治疗糖尿病的含马齿苋的新方剂并探讨其治疗糖尿病的分子机制。方法:以"马齿苋"为关键词,利用中医传承辅助平台和中医药百科全书在线数据库(ETCM),挖掘与马齿苋联合使用频次最高的药物,组成新的方剂;基于中医基础理论分析该新方剂治疗糖尿病的合理性,并运用中医药整合药理学研究平台(TCMIP)对新方剂进行靶标预测,构建药物与糖尿病相关疾病靶标相互作用网络,富集分析药物干预疾病关键靶标,绘制"中药-成分-关键靶标-通路"网络图。结果:ETCM含马齿苋的方剂共89首。其中与马齿苋联合使用频次较高的药物有黄柏、生地黄、防风,将这4味中药组成新方剂。针对该新方剂治疗糖尿病共得到89条关键核心靶标信息,其中药物与疾病共有靶标10条,包括磷脂酰肌醇-3激酶调节亚基1(PIK3R1),胰岛素(INS),葡萄糖激酶(GCK)等,新方剂主要通过调控生长激素受体信号、蛋白激酶A(PKA)激活、磷脂酰肌醇-3激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号、肾上腺素能受体等通路治疗糖尿病。结论:通过中医药大数据分析创建的含马齿苋新方剂对糖尿病的治疗作用体现了中药多成分、多靶点、多通路的特点,可为阐释其治疗糖尿病的作用机制与物质基础提供科学依据。 相似文献
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中药方剂是中医治疗疾病的主要形式和手段。目前,中医药研究存在整体与局部脱节、宏观与微观脱节、体内过程与活性评价脱节,建立能反映中医药整体特色的研究新策略和新方法,成为中医药现代化的当务之急。整合药理学的提出,为解决中医药研究"碎片化"问题提供了一条切实可行的途径。该研究基于整合药理学平台探讨茵陈蒿汤治疗肝硬化的分子机制,借助整合药理学平台V1.0版本软件的分析功能,构建茵陈蒿汤治疗肝硬化疾病"核心成分-关键靶标-主要通路"多维网络,从多个角度探索茵陈蒿汤治疗肝硬化潜在的分子机制。通过整合药理学平台分析茵陈蒿汤治疗肝硬化的分子机制研究中发现,茵陈蒿汤可通过氧化磷酸化、能量代谢、循环系统、甘油磷脂代谢、脂质代谢等相关通路达到对肝硬化的治疗作用。茵陈蒿汤治疗肝硬化可能与人体能量代谢和脂质代谢有较大关联。 相似文献
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中药抗凝血作用的网络药理学 总被引:4,自引:0,他引:4
目的:运用计算机网络药理学技术对抗凝血中药所含化学成分的分子作用机制进行预测。方法:从数据库中收集抗凝血中药小分子、靶标数据;使用计算机虚拟筛选软件进行分子-靶标的相互作用研究;利用网络构建软件建立中药-分子-靶标之间的网络,并分析其意义。结果:筛选出一批抗凝血中药活性分子,并对其作用机制进行了初步探讨。结论:计算结果预示抗凝血中药的作用机制可能包括抗凝血、抗血栓和抑制血小板3个方面;部分抗凝血中药分子同时作用多个靶标,调节多种抗凝血效果;抗凝血中药分子不仅对单个靶标因子表现出强的活性,而且可以同时调节多个靶标,药物分子间相互调节、相互补充,共同发挥活血化瘀的功效。 相似文献
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新型冠状病毒肺炎(coronavirus disease 2019,COVID-19)自首次确诊以来,引起了全社会的高度关注,中医药针对COVID-19肺炎发病全过程治疗的参与度高,临床疗效确切。中医药以整体观念和辨证论治为理论和思维特色,证候是中医药理论的核心,该研究以"症状"为切入点,运用中药整合药理学网络计算平台2.0(TCMIP V2.0,http://www.tcmip.cn/),构建COVID-19肺炎初期(寒湿郁肺证)、重症期(疫毒闭肺证)、危重期(内闭外脱证)、恢复期(肺脾气虚证)4个时期代表证候和代表方剂的分子网络,探析COVID-19肺炎各阶段证候的生物学基础及推荐方剂对证治疗的分子机制。结果显示,"免疫-炎症"相关分子可能贯穿COVID-19肺炎发病和进展全过程,在重症期和危重期患者炎症分子网络占比明显加大,该时期可能存在细胞因子风暴,同时出现呼吸障碍、心肺功能失调、神经系统紊乱等多脏器分子网络失衡。推荐方剂具有潜在的增强机体免疫功能、减轻炎症反应、加强营养物质吸收代谢、调节能量代谢、缓解心肺功能异常、调节神经系统功能等多方面作用,推测对呼吸困难、胸闷气促、腹胀便秘、汗出肢冷、神昏、烦躁等症状具有较好的改善作用,体现了"多成分、多靶标、多通路、多效应"的整合干预特点。该研究系统构建COVID-19发病4个阶段证候的分子网络,体现"对证"和"对症"治疗的中医优势和特色,对于揭示推荐方剂作用原理和科学内涵有所帮助,以期对中医药防治COVID-19提供参考。 相似文献
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中药的有效性和安全性不仅是中医药传承和发展的坚实基础,也是中医药服务于世界人民健康事业的根本前提。因此多学科交叉融合、整合分析中药毒效的物质基础、作用原理、毒效关系,揭示"有故无殒、中病即止"的科学内涵,是中药进入国际医药市场亟待解决的关键问题。利用复杂生物网络研究中药系统药理学和系统毒理学,构建可靠的中药药效物质作用靶标相关的分子效应和毒理学性质网络,反映特定疾病状态的相关生物实体的分子网络及毒性机制,整合效应物质作用靶标网络与疾病生物网络,通过网络拓扑学和动力学等方法分析"药物-靶点-疾病"网络和"药物-靶点-活性/毒性"网络中有效物质与疾病、成分与毒性的相互作用关系,检识出复杂网络模型中的靶点组合、通路组合、子网组合、药物组合等,大大提高了中药复杂药效物质的研究效率。作者主要基于其研究团队近年来开展的乌头类中药研究工作,重点介绍开展有毒中药的毒效网络整合分析研究的思路和方法。 相似文献
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目的借助中医传承辅助平台和网络药理学对"黄芪-当归"治疗虚劳的分子机制进行探讨。方法通过中医传承辅助平台挖掘《中药成方制剂》数据库中含黄芪的方剂、配伍组合及其主治疾病;探究含黄芪并治疗虚劳的方剂及配伍组合,明确"黄芪-当归"这一核心配伍药对。采用Batman-TCM、Gene Cards和OMIM等网络药理学技术构建药材-成分-靶点网络,并对靶点进行拓扑属性分析、聚类分析、GO分析和KEGG通路分析。结果《中药成方制剂》数据库中共收录含黄芪方剂459条,涉及中药641味。其中,"黄芪-当归"为主治虚劳的核心药对组合,与古籍记载、临床用药相吻合。网络分析表明该药对主要涉及免疫应答、氧化应激、信号传导等生物过程,通过调节pathwaysincancer、PI3K-Akt等信号通路来发挥治疗虚劳的作用。结论揭示了"黄芪-当归"药对治疗虚劳的分子机制,为黄芪及其组方的后续研究提供理论依据及参考。 相似文献
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姜平 吴心瑶 杜星辰 章渊源 姜婷 汪荣盛 朱琦 关凤媛 鲁盈 苏晓 李鸿斌 姜洪洋 方勇飞 赵恒立 彭江云 高明利 苏励 何方 陶庆文 胡春蓉 李鹏 李泽光 朱跃兰 古英 姜泉 张明 张剑勇 薛愉 何东仪 《上海中医药杂志》2023,(4):72-82
目的 借助数据挖掘、网络药理学方法,分析探讨中医药治疗痛风的遣方用药规律及相关中药的分子作用机制。方法 回顾性分析以上海市光华中西医结合医院为牵头单位的全国10个地区(省、自治区、直辖市)的22家医院的痛风患者的就诊资料,提取中药名称、药味、药性、归经、功效等信息,采用Microsoft Excel 2019软件进行频次、频率分析,借助SPSS Modeler 18.0及SPSS Statistics 20.0软件对高频用药进行关联规则和系统聚类分析。在数据挖掘结果的基础上,借助中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、中医药整合药理学研究平台(TCMIP)、中医药百科全书(ETCM)和本草组鉴(Herb)等多个数据库获取中药的有效成分并进行筛选。通过小分子生物活性数据(PubChem)得到中药活性成分的Canonical SMILE结构式,然后导入SwissTargetPrediction数据库预测活性成分的作用靶基因,通过人类基因综合数据库(GeneCards)、药物靶标数据库(TTD)、DisGeNET数据库、人类孟德尔遗传数据库(OMIM)以及药物遗传学和药物基因组学知识库... 相似文献
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目的:通过对当归四逆汤的网络药理学分析,探讨当归四逆汤治疗肝细胞癌的潜在抗肿瘤靶点及作用机制,为后续研究提供有针对性的指导。方法:利用Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform(TCMSP)网站及Swiss Target Prediction网站建立当归四逆汤有效成分及靶点数据库,利用Comparative Toxicogenomics Database(CTD),Therapeutic Target Database(TTD),Human Phenotype Ontology(HPO)网站建立肝细胞癌相关靶点数据库,并与当归四逆汤靶点数据库相匹配。在匹配结果的基础上,应用STRING网站分析靶标之间的相互作用,并利用The Database for Annotation,Visualization and Integrated Discovery(DAVID)网站进行基因本体论(gene ontology,GO)生物学过程分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes,KEGG)通路富集分析,运用Cytoscape 3. 6. 0软件进行网络分析。结果:共发现当归四逆汤治疗肝细胞癌的56个可能的重要靶点,经GO富集分析得到106个细胞生物学过程,经KEGG富集分析得到23个相关通路,其中主要包括TNF信号通路,FoxO信号通路,Toll样受体信号通路,p53信号通路,磷脂酰肌醇3激酶(PI3K)/蛋白激酶B(Akt)信号通路,腺苷酸激活蛋白激酶(AMPK)信号通路,两面神激酶(JAK)/信号传导及转录激活因子(STAT)信号通路等。结论:当归四逆汤对肝细胞癌的治疗作用可能是多靶点、多途径、多层次的。并且可以推测槲皮素和山柰酚可能是其中比较重要的2个有效成分,PI3K/Akt信号通路和MAPK信号通路可能是本方发挥作用比较重要的两条信号通路。本研究不仅有助于更好地理解当归四逆汤抗肝细胞癌的作用机制,而且提供了利用网络药理学开发新的中医药候选药物的策略。 相似文献
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目的:基于网络药理学方法筛选桔梗-苦杏仁药对中的活性成分,预测治疗癌症的作用靶点及信号通路,构建多成分-多靶点-多通路的相互作用网络,进一步探究其治疗肺癌的可能作用机制。方法:通过中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)以及文献查阅,检索并收集桔梗-苦杏仁的活性成分及其对应的靶标。利用UniProt数据库和Genecards数据库获得桔梗-苦杏仁治疗肺癌的潜在靶标基因。用Cytoscape 3.6.0软件构建"成分-靶标"网络。结合String数据库及Cytoscape软件中的Generate style from statistics工具,构建蛋白质相互作用网络。通过Systems Dock Web Site网络服务器与桔梗-苦杏仁的活性成分进行分子对接。利用功能注释生物信息学分析平台(DAVID)数据库,对桔梗-苦杏仁的作用靶标进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析和基因本体(GO)分类富集分析。结果:共筛选得到桔梗-苦杏仁的14个活性成分,包括acacetin,cis-dihydroquercetin,spinasterol,licochalcone B,luteolin等,和103个作用靶标,包括诱导型一氧化氮合酶蛋白(NOS2),环加氧酶1蛋白(PTGS1),雄激素受体(AR),环加氧酶2蛋白(PTGS2),二肽基肽酶4(DPP4)等,主要涉及prostate cancer,small cell lung cancer,hepatitis B,T cell receptor signaling pathway等信号通路。结论:该研究基于网络药理学的方法预测了桔梗-苦杏仁治疗肺癌的可能的作用机制,为后续的深入研究提供了方向。 相似文献
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基于网络药理学的四君子汤作用机制分析 总被引:2,自引:0,他引:2
目的:采用网络药理学方法探讨四君子汤的功效物质基础和配伍机制。方法:依托中药系统药理学分析平台(TCMSP)检索四君子汤全方4味中药的化学成分、作用靶点、相关疾病。进而构建化合物-靶点网络,靶点-疾病网络,蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,靶点-通路网络,研究四君子汤作用机制。结果:通过筛选得出27个化合物,相应靶点93个、相关疾病215种。PPI网络包含68个靶点,关键靶点涉及FOS,ESR1,AR,PPARG等。基因本体(GO)条目121个,其中生物过程相关的条目96个,分子功能相关的条目13个,细胞组成相关的条目12个。京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路3条,涉及神经活性受体-配体相互作用信号通路、钙离子信号通路、癌症信号通路。结论:本研究结果初步验证了四君子汤的基本药理作用及其机制,并为进一步深入揭示其作用机制奠定了良好基础。 相似文献
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目的:应用网络药理学的方法及工具研究甘草-石榴皮复配的潜在协同保护皮肤光损伤作用机制,为中药复方现代化及新药创新发现提供依据。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)数据库结合所查文献,获得甘草-石榴皮复配后的活性成分及所对应的靶标;将所得靶标输入蛋白质数据库(UniProt)中,查询靶标对应的基因名称。通过检索疾病相关网站CTD数据库,GeneCards数据库以及OMIM数据库,获取防晒相关靶标;通过在线String数据库分析作用靶标之间的相互作用关系,筛选出预测的核心作用靶标。利用DAVID数据库,进行预测靶标的基因本体(GO)基因功能富集分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。利用Cytoscape 3.6.1软件做网络图;利用在线网站Draw Venn Diagram将疾病靶标与药物预测靶标之间的关系用Venn图呈现;利用R Studio软件绘制GO富集和KEGG通路富集分析图。通过GOLD软件进行活性成分与核心靶标之间的分子对接。结果:收集到甘草-石榴皮复配活性成分16个,包括甘草素、甘草苷、山柰酚、槲皮素等。主要涉及蛋白激酶B1(AKT1),白细胞介素(IL)-6,血管内皮生长因子A(VEGFA),肿瘤坏死因子(TNF),抑癌基因(TP53)这5个核心靶点,涉及乙型肝炎,癌症信号通路,弓形虫病,美国锥虫病,肿瘤坏死因子信号通路等通路发挥防晒作用。结论:该研究基于网络药理学的方法,初步探究了甘草-石榴皮复配后的皮肤光保护作用靶标与通路,进一步印证了中药多成分、多靶点治疗疾病的特点,为中药复方的现代化研究提供一定的科学思路。 相似文献
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[目的] 基于国家专利、中国知网及万方数据库探究中药复方治疗重症肌无力的用药规律,同时分析核心药对的作用机制,以期为中药复方治疗重症肌无力提供理论依据。[方法] 检索国家知识产权局中国专利公布公告数据库、中国知网及万方数据库,获取中药复方治疗重症肌无力的处方数据,利用R语言、SPSS、IBMSPSSModeler软件对专利复方进行频数统计、关联规则分析及系统聚类分析,分析专利中药复方治疗重症肌无力的用药规律。基于网络药理学方法对筛选出的核心药对的潜在靶点及通路进行预测,构建“中药-成分-靶点”及蛋白质互作网络(PPI),利用Autodock进行分子对接预测。[结果] 数据挖掘共纳入中药复方151条,中药352味,其中高频中药共26味,关联规则分析共筛出核心药对76项,包括中药7味,聚类分析共得到7类,包括3个聚类方,3个聚类药对及1个单药,选取核心药物组合“柴胡-当归-黄芪-党参-白术-升麻”进行网络药理学分析,得到药物组合核心活性成分10个,包括槲皮素、木犀草素、山柰酚、7-甲氧基-2-甲基异黄酮、7-O-甲基异微凸剑叶莎醇、异鼠李素、甲氧异黄酮、β-谷甾醇、豆甾醇及毛蕊异黄酮,核心作用靶点14个,包括蛋白激酶B1(AKT1)、表皮生长因子受体(EGFR)、原癌基因FOS(FOS)、原癌基因JUN(JUN)、原癌基因MYC(MYC)、白细胞介素-6(IL-6)、肿瘤坏死因子(TNF)、胱天蛋白酶3(CASP3)、白细胞介素-1β(IL-1β)、C反应蛋白(CRP)、肿瘤抑制蛋白(TP53)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、雌激素受体(ESR1)、酪氨酸激酶受体2(ERBB2),分子对接结果提示核心成分与核心靶点结合稳定,平均最低结合能为-6.23kcal/mol。[结论] 中药复方治疗重症肌无力用药多以补益虚损为法,辅以活血通经、舒筋通络等,其核心药物组合“柴胡-当归-黄芪-党参-白术-升麻”主要通过参与调节免疫,炎症反应等机制,作用于突触后膜等细胞成分,影响G蛋白偶联乙酰胆碱受体活性等分子功能发挥重症肌无力的治疗作用,并可能通过靶向EGFR治疗胸腺相关型重症肌无力,可为中药复方治疗重症肌无力的机制研究及临床用药提供参考。 相似文献
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《山东中医杂志》2020,(2):177-184
目的:运用网络药理学方法分析熟地黄干预骨质疏松症(osteoporosis,OP)的分子机制。方法:运用网络药理学方法,采用药代动力学参数(ADME)筛选标准,通过靶基因预测技术、网络构建、网络结构拓扑分析技术、GO富集分析和KEGG通路分析技术,研究熟地黄干预OP的分子机制。结果:在中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)中检索到熟地黄中化合物76种,通过ADME筛选和PubMed验证、补充,最终获得熟地黄活性成分14种,利用靶基因预测技术获得靶基因128个。通过疾病数据库获取与OP相关的靶基因336个。利用网络构建软件和STRING数据库分别构建蛋白质相互作用网络。将两个网络相互映射,并经过网络拓扑分析,获得熟地黄干预OP的关键靶基因47个。基因富集结果显示,熟地黄干预OP主要通过RAS信号通路、RAP1信号通路、PI3K-AKT信号通路,同时还包括雌激素信号通路、低氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路、甲状腺激素信号通路、催产素信号通路、血管内皮生长因子(VEGF)信号通路、性腺激素信号通路、cGMP-PKG信号通路、钙信号通路、胰岛素信号通路。结论:熟地黄干预OP具有多组分、多靶点、协同作用的特点,其通过以RAS、RAP1、PI3K-AKT为主的众多信号通路下的关键靶基因对骨代谢产生双向调控作用,促进成骨作用;同时激活大量间接靶点,通过调节人体内分泌、改变离子通道状态、影响骨周围组织代谢等途径对骨代谢产生综合影响。 相似文献
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目的:通过数据库检索与网络药理学方法探讨溃疡性结肠炎"扶正"治则的潜在机制。方法:从中医E百数据库检索溃疡性结肠炎相关方剂,检索方式为"主治肠澼/久痢/痢疾",筛选所检索到的处方并进行药物种类、用药频次统计分析,选择溃疡性结肠炎治疗的常用扶正药物。将选择后的扶正药物输入中药系统药理学分析平台检索所有化学成分和作用靶点,构建化合物-靶点相互作用网络图;通过Digsee数据库筛选溃疡性结肠炎相关靶点,构建疾病-靶点相互作用网络图;筛选两个网络图的核心靶点,利用DAVID工具对核心靶点进行富集分析。结果:数据库共检索到溃疡性结肠炎相关方剂731首,根据纳入、排除标准筛选后获得处方304首,中药220味,经用药频次统计后,以甘草、人参、白术为溃疡性结肠炎扶正治则的代表药物。基于药代动力学ADME参数对上述药物的化学成分进行筛选和靶标预测,共得到136个蛋白靶点;将化合物-靶点、疾病-靶点的蛋白质—蛋白质相互作用网络图合并,以"节点连接度""节点介度"和"节点紧密度"为评价标准,筛选共有靶点129个;对入选靶标进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析,以P值筛选出前20条通路在溃疡性结肠炎方面具有作用。结论:扶正药物治疗溃疡性结肠炎作用的发挥是多靶点、多通路的整体效应,挖掘了溃疡性结肠炎扶正治则的潜在机制,为进一步实验研究提供了理论基础。 相似文献
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目的基于整合药理学思路和方法,对经方当归贝母苦参丸治疗前列腺疾病的物质基础及分子机制进行初步分析。方法利用中药整合药理学计算平台(TCM-IP,www.tcmip.cn)预测当归贝母苦参丸治疗前列腺疾病的主要活性成分及作用靶点,筛选关键靶标并进行通路富集分析,构建当归贝母苦参丸"中药材-核心成分-关键靶标-主要通路"多维网络,探索其治疗前列腺疾病的可能机制。结果筛选出当归贝母苦参丸治疗前列腺疾病的候选关键靶标532个,获得候选关键靶标的gene ontology(GO)分析结果 1 840条,KEGG通路富集分析结果 194条。"中药材-核心成分-关键靶标-主要通路"网络关联分析结果获得当归贝母苦参丸治疗前列腺疾病的核心成分65个(当归29个、浙贝母11个、苦参26个,其中有1个成分为当归和浙贝母的共有成分),作用于转录因子结合、凋亡负性调控等关键靶标,通过雌激素、凋亡、趋化因子等信号通路,发挥细胞周期、细胞凋亡与增殖失衡调控等作用,这可能是其治疗前列腺疾病的相关分子机制。结论当归贝母苦参丸是以多成分交互作用于多靶点,通过多通路参与调控良性前列腺增生症(BPH)、前列腺癌等疾病发生发展过程,从而发挥一定的治疗作用。 相似文献