中国北方汉族人群HLA-Cw~*高分辨等位基因频率分析

本研究从基因水平了解HLA-Cw*位点在中国北方汉族人群中的分布频率,分析HLA-Cw*等位基因的群体遗传学特点及基因频率分布的地区差异。采用PCR-SSP分型技术对420名中国北方汉族人群HLA-Cw*位点进行高分辨基因分型,并对其分布规律进行统计学分析。结果表明:共检出30个HLA-Cw*等位基因,分布频率最高的有Cw*0102;0702;0602(0.1776;0.1217;0.1150),其他频率较高的等位基因依次为Cw*0304,0801,0303,0302,0401,1402。首次在该人群中检测到HLA-Cw*0506,0810,1510,1601和1701较少见等位基因。统计分析表明,HLA-Cw位点基因型分布符合Hardy-Weinberg平衡(p0.05)。结论:采用高分辨等位基因分型,可准确了解HLA-Cw*位点等位基因在我国北方汉族群体中的分布规律和特征,为HLA-Cw*座位的相关研究提供了依据。     

广东地区汉族人群中人类白细胞抗原基因位点的分布频率及其意义

目的：研究广东地区汉族人群人类白细胞抗原Cw座位(human leukocyte antigen-Cw,HLA-—Cw)基因位点的分布频率，并初步探讨其与临床移植的关系。方法：用聚合酶链反应-序列特异引物(polymerase chain reaction-sequence-specific primers,PCR-SSP)方法对103例广东地区汉族人群HLA-Cw位点的基因频率分布进行了研究。结果：广东地区汉族人群的HLA-Cw位点以HLA-Cw01，Cw03，Cw07分布频率较高．广东地区汉族人群的HLA-Cw基因分型和日本及非洲差别较大。除Cw*01外，中国南方的广东地区汉族人群的HLA-Cw基因分型和北方的天津汉族人群也有明显差别。Cw*07在各国及中国不同地区人群中的频率均较高。结论：广东地区汉族人群的HLA-Cw基因分型和其他国家和中国北方地区人群有明显的差别。     

广东地区汉族人群中人类白细胞抗原基因位点的分布频率及其意义

目的:研究广东地区汉族人群人类白细胞抗原Cw座位(humanleukocyteantigen-Cw,HLA-Cw)基因位点的分布频率,并初步探讨其与临床移植的关系。方法:用聚合酶链反应-序列特异引物(polymerasechainreaction-se-quence-specificprimers,PCR-SSP)方法对103例广东地区汉族人群HLA-Cw位点的基因频率分布进行了研究。结果:广东地区汉族人群的HLA-Cw位点以HLA-Cw01,Cw03,Cw07分布频率较高,广东地区汉族人群的HLA-Cw基因分型和日本及非洲差别较大。除Cw*01外,中国南方的广东地区汉族人群的HLA-Cw基因分型和北方的天津汉族人群也有明显差别。Cw*07在各国及中国不同地区人群中的频率均较高。结论:广东地区汉族人群的HLA-Cw基因分型和其他国家和中国北方地区人群有明显的差别。     

维吾尔族人群HLA-Cw等位基因遗传多态性研究

目的研究新疆维吾尔族人群HLA-Cw等位基因的遗传多态性。方法采用自行建立的HLA-Cw基因测序分型方法,并辅以Ariza商品化测序试剂盒,对100份维吾尔族无关个体血样进行HLA-Cw基因的第2和第3外显子进行序列测定;用ABI PrismTM3100检测测序反应产物,Assign3.5分析软件分析结果。结果(1)经As-sign3.5软件分析,能直接分析出明确的HLA-Cw等位基因型的样本占30%;排除罕见等位基因后,可判定HLA-Cw等位基因型的样本占33%;其余的样本经PCR-SSP高分辨分型试剂盒检测后,可判定出等位基因型;(2)在70份模棱两可的结果中,共有41种NMDP Allele Code,出现120次,其中频率在5%以上的有03BPSK等7种,其频率之和>50%(61/120);(3)检出了27种HLA-Cw等位基因,频率大于10%的2种常见等位基因为:Cw*0602>Cw*0102,介于5%—10%的依次为:Cw*0401>Cw*0303>Cw*0701>Cw*1502,维吾尔族中Cw*02,04,05,06组与Cw*01,03,07,08组的频率分别为0.295和0.485;(4)共检出62种HLA-Cw等位基因型,基因型频率的分布符合Hardy-Weinberg定律。结论本文的结果可为骨髓库和临床无关供/受者样本的HLA-Cw高分辨基因分型提供重要参考;所得到的HLA-Cw位点的等位基因频率可为人类学、遗传学等研究提供基础数据。     

HLA-Cw位点低分辨基因分型"纯合子"的等位基因特性研究

目的 研究HLA-Cw位点低分辨基因分型"纯合子"的等位基因特性,为临床移植配型提供精确资料.方法 在43例血缘关系造血干细胞移植(HSCT)供受者中,对中国最常见的低分辨基因分型Cw*03和Cw*07的"纯合子"个体采用聚合酶链反应-序列特异性引物(PCR-SSP)高分辨基因分型方法 进行等位基因定型,并采用自主研制的三维结构匹配软件系统(HLA StrucMark version1.0)对其等位基因产物进行三维结构匹配,以预测不同分辨率分型结果 对移植物抗宿主病(GVHD)发生的影响.结果 低分辨基因分型Cw*03、Cw*07"纯合子"个体的高分辨基因分型结果 显示Cw*03及Cw*07的纯合子分别为14%和43%,其余均为Cw*03及Cw*07杂合子个体.可见其低分辨基因分型易造成供受者问等位基因的错配;在有家系校正的情况下,标本的低分辨模糊结果 可以通过家系遗传分析来校正定型;在无家系校正的情况下,应通过高分辨基因分型来确定等位基因,三维结构差异分析则显示这些错配有可能造成HSCT后GVHD的发生.结论 当低分辨基因分型结果 只出现Cw位点"纯合子"时,有家系的标本应当以家系分型结果 校正定型,无家系校正的标本应当用高分辨基因分型方法 进行核实,从而为临床移植提供准确的配型报告,以防止无关供-受者HSCT后因等位基因错配而引起的严重GVHD.     

深圳汉族人群HLA-Cw,-DQB1基因座等位基因的多态性

背景:HLA复合体是极其复杂的遗传系统,对其多态性的研究在法医学个体识别和亲权鉴定、群体遗传学、移植免疫、疾病相关等医学领域有重要的应用价值。目的:了解HLA-Cw,-DQB1基因座的等位基因在深圳汉族人群中的分布规律。设计、时间及地点:样本基因型的统计学分析,于2007-01/2008-06深圳市血液中心免疫遗传研究室完成。材料:样本来自中国造血干细胞捐献者资料库深圳地区志愿捐献者,使用EDTA-K2抗凝管采集外周血。方法:采用聚合酶链式反应-序列测定方法对深圳地区226名无关供者HLA-Cw,-DQB1基因座的2,3外显子进行序列测定与分析。等位基因频率采用直接计数法计算,Hardy-Weinberg平衡检验采用x2检验。主要观察指标:样本HLA-Cw,-DQB1基因座的基因型。结果:226个样本中共检测到25个Cw等位基因。其中Cw*0102,Cw*0702的频率最高(0.1881),其他频率较高的等位基因依次为Cw*0304,Cw*0302,Cw*0401及Cw*0801,Cw*0303,Cw*0602。该位点基因型观察值与期望值经χ2检验符合Hardy-Weinberg平衡定律(x2=116.00,...     

HLA-Cw基因常规检测区外第1、5、6、7外显子核苷酸序列测定的研究及临床应用

目的 研究中国人群HLA-Cw基因第1、5、6、7外显子的分子遗传多态性,探讨增加第1、5 6 7外显子核苷酸序列测定在临床组织配型工作中的重要性及意义.方法 应用PCR-SBT法,对324份样本的HLA-Cw基因第2、3、4外显子作常规测序分型.对检出的模棱两可结果,设计HLACw第1、5 6 7外显子序列测序引物并优化测序反应条件,增加第1、5、6、7外显子核苷酸序列分析.结果 对HLA-Cw基冈第2、3、4外显子常规检测,一次性获得等位基因前4位数分型结果 的样本占23.8%(77/324);出现模棱两可结果的样本数占76.2%(247/324),检出的模棱两可等位基因组合有73种;增加HLA-Cw基因的第1、5、6、7外显子多态性检测,可解决Cw* 030201/030202、030301/0320N、Cw* 040101/0409N/0430、Cw* 070201/0750、Cw* 0403/0409N/0430和Cw* 080101/0822等10种常见的模棱两可等位基因组合.结论 在临床HLA-Cw基因配型中增加第1、5、6、7外显子多态性检测,有助于解决测序分型中的模棱两可的结果 和提高HLA-Cw基因分型精确度,对临床组织配型工作具有重要意义.     

HLA-Cw基因常规检测区外第1、5、6、7外显子核苷酸序列测定的研究及临床应用

目的 研究中国人群HLA-Cw基因第1、5、6、7外显子的分子遗传多态性,探讨增加第1、5 6 7外显子核苷酸序列测定在临床组织配型工作中的重要性及意义.方法 应用PCR-SBT法,对324份样本的HLA-Cw基因第2、3、4外显子作常规测序分型.对检出的模棱两可结果,设计HLACw第1、5 6 7外显子序列测序引物并优化测序反应条件,增加第1、5、6、7外显子核苷酸序列分析.结果 对HLA-Cw基冈第2、3、4外显子常规检测,一次性获得等位基因前4位数分型结果 的样本占23.8%(77/324);出现模棱两可结果的样本数占76.2%(247/324),检出的模棱两可等位基因组合有73种;增加HLA-Cw基因的第1、5、6、7外显子多态性检测,可解决Cw* 030201/030202、030301/0320N、Cw* 040101/0409N/0430、Cw* 070201/0750、Cw* 0403/0409N/0430和Cw* 080101/0822等10种常见的模棱两可等位基因组合.结论 在临床HLA-Cw基因配型中增加第1、5、6、7外显子多态性检测,有助于解决测序分型中的模棱两可的结果 和提高HLA-Cw基因分型精确度,对临床组织配型工作具有重要意义.     

HLA-Cw基因常规检测区外第1、5、6、7外显子核苷酸序列测定的研究及临床应用

目的 研究中国人群HLA-Cw基因第1、5、6、7外显子的分子遗传多态性,探讨增加第1、5 6 7外显子核苷酸序列测定在临床组织配型工作中的重要性及意义.方法 应用PCR-SBT法,对324份样本的HLA-Cw基因第2、3、4外显子作常规测序分型.对检出的模棱两可结果,设计HLACw第1、5 6 7外显子序列测序引物并优化测序反应条件,增加第1、5、6、7外显子核苷酸序列分析.结果 对HLA-Cw基冈第2、3、4外显子常规检测,一次性获得等位基因前4位数分型结果 的样本占23.8%(77/324);出现模棱两可结果的样本数占76.2%(247/324),检出的模棱两可等位基因组合有73种;增加HLA-Cw基因的第1、5、6、7外显子多态性检测,可解决Cw* 030201/030202、030301/0320N、Cw* 040101/0409N/0430、Cw* 070201/0750、Cw* 0403/0409N/0430和Cw* 080101/0822等10种常见的模棱两可等位基因组合.结论 在临床HLA-Cw基因配型中增加第1、5、6、7外显子多态性检测,有助于解决测序分型中的模棱两可的结果 和提高HLA-Cw基因分型精确度,对临床组织配型工作具有重要意义.     

中华骨髓库造血干细胞捐献志愿者HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1高分辨等位基因频率分析

目的分析中华骨髓库造血干细胞捐献者HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1 5位点在高分辨基因分型水平上的等位基因频率特征。方法根据718名中华骨髓库捐献者HLA5位点高分辨分型数据,运用直接计数法计算各位点基因频率。结果在718名捐献志愿者中,共检出28个HLA-A等位基因、61个HLA-B等位基因、30个HLA-C等位基因、40个HLA-DRB1等位基因、18个HLA-DQB1等位基因;其中HLA-A位点最常见等位基因为A*1101(21.66%)、A*2402(16.37%)、A*0201(13.79%);HLA-B位点最常见等位基因为B*4001(11.49%)、B*4601(9.54%);HLA-C位点最常见等位基因为Cw*0702(15.74%)、Cw*0102(15.32%)、Cw*0304(11.56%);HLA-DRB1位点最常见等位基因为DRB1*0901(14.69%)、DRB1*1501(12.40%)、DRB1*0701(9.89%);HLA-DQB1位点最常见等位基因为DQB1*0301(20.54%)、DQB1*0303(15.81%)、DQB1*0601(10.79%)。结论本研究在高分辨基因分型水平提供了一套有关中国人群HLA-A,-B,-C,-DRB1和-DQB1 5位点基因频率数据。     

6965名汉族骨髓供者HLA多态性分析

目的　分析中国汉族骨髓供者的人类白细胞抗原 (HLA)多态性 ,并寻找和鉴定新的HLA等位基因。方法　采用序列特异性引物聚合酶链反应、DNA测序技术以及分子克隆等以DNA为基础的HLA基因分型技术。结果　共鉴定 6 96 5人份无关汉族骨髓供者的HLA A、B、DRB1座位上的等位基因 ,其中 4 70 7人份为南方汉族个体 ,2 2 5 8人份为北方汉族个体。在受检群体中共检出 72种HLA特异性 ,包括过去很少在汉族人群中被检测到的HLA A2 5、A34、A74、B4 1、B4 2、B5 3、B73、B81等。HLA A、B、DRB1座位上尚未被检测出的空白基因频率分别小于 0 .2 0 % ,0 .2 5 %和 0 .70 %。发现 3个新等位基因 ,已被WHO命名为HLA A 0 2 5 3N ,HLA A 1114和HLA B 5 6 10。结论　在骨髓供者HLA分型中使用以DNA为基础的基因分型技术 ,可以得到精确可靠的基因频率以及发现新的等位基因。一些HLA基因在南北汉族人群中的分布有明显的差异 ,为了能最大限度地募集到带有不同HLA分型的骨髓供者 ,有必要在我国南北多个地区筛选骨髓供者     

中国壮族群体人类白细胞抗原HLA-Cw基因遗传多态性的测序分型研究

本研究探讨壮族人群HLA—Cw基因的遗传多态性。采用自行建立的HLA—Cw基因测序分型方法,对150份壮族非血缘个体血样HLA-Cw基因的第2、3、4外显子进行序列测定;测序反应产物用ABIPrism^TM3730测序仪电泳检测,用Assign3．5分析软件分析结果。结果表明：经Assign3．5软件分析,能直接分析出明确的HLA—Cw基因型的样本占33．33％;排除罕见等位基因后,可判定HLA—Cw基因型的样本占63．33％;其余的5份样本（3．33％）经PCR—SSP高分辨分型试剂盒检测后,可判定基因型;共检出了16种HIA．Cw等位基因,频率大于10％的4种常见等位基因为Cw＊0304〉Cw＊0102〉Cw＊0801〉Cw＊0702,基因多样性（genediversity,GD）为0．9297。Cw＊01,03,07,08,12,14（Cw1组）与Cw＊02,04,05,06,15,16,17,18（Cw2组）的频率分别为0．8967和0．1032,与KIR的识别方式以Cw1组等位基因为主。在检出的51种基因型中,纯合子比例占9．33％（14／150）,基因型频率的分布符合Hardy．Weinberg定律。结论：本研究所得到的壮族群体HLA—Cw位点的等位基因频率及其分布特点,可为人类学、HIA-Cw基因与疾病关联等研究提供基础数据。     

2 210例江西籍汉族骨髓供者的HLA-A、B、DRB1等位基因和单倍型频率

目的分析江西汉族骨髓供者人类白细胞抗原(HLA)-A、B、DRB1等位基因频率和HLA单倍型频率。方法根据2210例江西汉族无关骨髓供者的HLA基因型数据,采用最大似然性方法计算HLA-A、B、DRB1的基因频率和单倍型频率。结果江西汉族骨髓供者中共观察到72个HLA等位基因,其中A*02、A*11、A*24、A*33、B60、B*46、B*13、B*58、B*51、B75、B62、DRB1*09、DRB1*12、DRB1*15、DRB1*04、DRB1*08、DRB1*11、DRB1*14和DRB1*13的频率高于0.05。358条A-B单倍型中,A2-B46、A11-B60、A33-B58等26条单倍型的频率高于0.01,68条单倍型表现为显著的正连锁不平衡;420条B-DR单倍型中,B46-DR9、B13-DR15、B75-DR12等22条单倍型频率高于0.01,82条单倍型表现为显著的正连锁不平衡;2518条A-B-DR单倍型中,386条单倍型有意义(频率大于等于4.52×10-4),A2-B46-DR9、A2-B46-DR8、A11-B13-DR15、A33-B58-DR13、A33-B58-DR17、A30-B13-DR7等39条单倍型频率高于0.005。结论江西汉族HLA-A、B、DRB1等位基因和HLA单倍型的分布特征接近南方汉族人群,但又有其自身特殊性,本研究群体的HLA等位基因频率和单倍型频率可作为江西汉族人群的参考标准。     

4082名上海骨髓库汉族无关供者HLA-A、B、DRB1高分辨等位基因及单体型多态性研究

目的 了解上海地区汉族人群HLA-A、B、DRB1在高分辨分型水平上的等位基因及单体型频率分布特征.方法 采用PCR-测序分型技术(Sequence-based typing,SBT)对4 082名随机、无血缘关系、健康的中华骨髓库上海分库汉族造血干细胞捐献者进行HLA-A、B、DRB1高分辨基因分型,利用计数法和最大似然性原理方法分别计算HLA-A、B 、DRB1等位基因及单体型频率.结果 4082例样本中,共观察到204个HL4等位基因,其中频率＞0.1的HLA-A、B、DRB1等位基因分别有A*11:01、A*24:02、A*02:01、B*46:01、DRB1* 09:01、DRB1* 15:01.841条A-B单体型中,70条单体型呈现显著的连锁不平衡(ALD ＞0,HF≥3.67 ×10-4,x2 ＞3.84),8条表现为强连锁不平衡(RLD ＞0.40),17条单体型的频率高于0.01;1 027条B-DRB1单体型中,99条单体型呈现显著的连锁不平衡(ALD＞0,HF≥3.67×10-4,x2＞3.84),12条表现为强连锁不平衡(RLD＞0.40),12条单体型的频率高于0.01;3 344条A-B-DRB1单体型中,681条单体型是“可靠的”(频率≥3.67×10-4),单体型频率高于0.001有135条.结论 获得上海地区汉族人群HLA-A 、B、DRB1高分辨等位基因频率和单体型分布数据及相关遗传参数,为临床移植供者的选择、中国人群CWD表的制订、骨髓库最适库容的评估及人类遗传学研究提供参考数据.     

11755名中国北方汉族造血干细胞供者HLA-A、B、DRB1基因和单倍型研究

为了研究中国北方汉族造血干细胞供者的人类白细胞抗原（HLA）-A,B,DRB1等位基因、HLA单倍型频率及其连锁不平衡特征,采用PCR-SSP和PCR-SSO流式微磁珠检测方法对中华骨髓库陕西分库内11755名中国北方汉族骨髓供者进行HLA基因低分辨分型,并根据HLA表型群体资料,运用基于最大数学预期值算法（Expectation-Maximization,EM）的计算机软件Arleguin计算HLA单倍型频率。结果表明：11755例样本符合Hardy-Weinberg平衡检验,共检出HLA-A、B、DRB1等位基因（按分解抗原统计）分别为18、42、15种,包括很少在汉族人群中检测到的HLA-A25、B42、B53、B73和DR3,未发现HLA-A36,A43,A80,B78,B82和DR18等6种特异性。HLA-A＊02,A＊11,A＊24,A＊33,A＊30,A＊01,A＊03,A＊13,B62,B＊51,B＊46,B60,B61,B＊35,B＊44,DRB1＊15,DRB1＊09,DRB1＊04,DRB1＊07,DRB1＊12,DRB1＊11,DRB1＊14,DRB1＊08,DRB1＊13的频率〉0.05。EM法计算求得频率〉10-6的HLA-A-B-DR单倍型共计2026种,其中HLA-A30-B13-DR7、A2-B46-DR9、A33-B58-DR17等26种单倍型频率〉0.005,A30-B13-DR7是中国北方汉族最常见单倍型。计算求得的HLA-A-B、A-DR、B-DR单倍型共计538、227、522种,频率〉10-6者分别有409、195、423种,其中A30-B13,A2-B46,A33-B58等28种单倍型频率〉0.01;A2-DR9,A2-DR15,A30-DR7等26种单倍型频率〉0.01;B13-DR7,B46-DR9,B13-DR12等24种单倍型频率〉0.01。具有统计学意义（P〈0.05）的连锁不平衡HLA-A-B、A-DR和B-DR单倍型分别有296种（72%）、130种（67%）和308种（73%）,其中A30-B13、A33-B58、A1-B37、A30-DR7、A33-DR13、A1-DR10、B37-DR10、B8-DR17、B13-DR7、B58-DR17等单倍型表现为显著的正连锁不平衡。结论：本研究使用EM算法获得了目前中国北方汉族样本量最大的HLA-A/B/DRB1等位基因多态性、单倍型频率分布及连锁不平衡的特征,这将有助于临床为患者寻找合适供者,为移植免疫、HLA与疾病相关性及本地区群体遗传学等方面的研究提供了重要依据。