江苏省2013年甲型H1N1(09pdm)流感病毒血凝素和神经氨酸酶分子特征分析

目的:分析江苏省2013年甲型H1N1(09pdm)流感病毒血凝素(hemagglutinin,HA)和神经氨酸酶(neuraminidase,NA)变异情况,分析其遗传进化特征?方法:按照流感样病例定义,收集江苏省各哨点医院流感样病例标本,阳性样本经病毒分离培养及亚型鉴定?选取2013年不同时间段?不同地区具有代表性的14株甲型H1N1(09pdm)阳性毒株,利用特异性引物扩增HA?NA基因,测序并分析其遗传进化特征?结果:14株分离毒株与疫苗株A/California/07/2009(H1N1)的HA基因核苷酸和氨基酸同源性分别为97.6%~98.4%和96.5%~98.0%?NA基因核苷酸和氨基酸同源性分别为98.4%~98.9%和97.0%~98.5%?遗传进化分析表明,14株分离株HA和NA基因分属于不同的进化谱系?分子特征表现为HA氨基酸序列出现D114N?K300E?E516K的变异,NA分子特征表现为N44S位点变异?从2013年左右开始甲型H1N1(09pdm)流感基因多样性增加;通过FEL模型得到一个正向压力选择HA氨基酸位点310,一个正向压力选择NA氨基酸位点4,通过REL模型得到9个正向压力选择HA氨基酸位点179?180?239?301?303?310?311?312?313(含位点310),5个正向压力选择NA氨基酸位点4?23?52?287?374(含位点4)?HA蛋白具有9个潜在糖基化位点,7个位于HA1上,2个位于HA2上;NA蛋白共有9个潜在糖基化位点?14株分离毒株在NA蛋白酶活性中心及周围辅助位点上均未发现变异?结论:2013年江苏省甲型H1N1(09pdm)流感HA?NA基因变异加快,遗传多样性增加,未来的遗传进化值得进一步关注?     

流感病毒A/FM/47(H1N1)血凝素基因克隆、序列分析

目的对流感病毒A/Font Monmouth/47(H1N1)血凝素基因进行变异分析。方法用SPF鸡胚增殖毒株,提取病毒基因组总RNA,应用RT-PCR技术扩增该病毒株的HA基因,并克隆到pMD18-T载体上,测定HA基因核苷酸序列。结果该毒株的HA基因全长为1677bp,含有完整的阅读框架,编码545个氨基酸;BLAST序列比对结果显示,该毒株HA基因与其他H1基因核苷酸的同源性为98%。结论该毒株HA核苷酸序列发生了变异,出现多处碱基替换,可能是病毒毒力增强的原因。     

2株广西鸭源H6N2亚型禽流感病毒遗传进化以及对BALB/c小鼠的致病性分析

目的：探讨广西鸭源H6N2亚型禽流感病毒的分子遗传特征，评估其对哺乳动物BALB/c小鼠的致病性。方法：选择前期在广西分离的2株鸭源性H6N2禽流感病毒A/DK/GX/3101/2018(GX3101)、A/DK/GX/5220/2018(GX5220)，基因测序和遗传进化分析病毒全基因组的核苷酸同源性及遗传进化，受体结合特异性法分析2株病毒的受体结合特性，应用BALB/c小鼠评估鸭源H6N2病毒的致病性。结果：2株H6N2病毒属于欧亚谱系，HA裂解位点处为PQIETG/GL，属低致病性禽流感病毒特征，HA蛋白氨基酸位点出现E190V位点的氨基酸突变，2株病毒均识别与结合禽型SAα-2,3 Gal受体。病毒接种小鼠后，肺组织病毒分离培养阳性，小鼠肺组织出现炎症细胞浸润、肺泡结构完整性破坏，免疫组化检测病毒抗原显示，GX3101病毒接种小鼠的肺组织出现流感病毒核蛋白（NP）阳性。结论：广西鸭源H6N2毒株具有禽流感病毒的特点，可不经适应直接跨种属间屏障感染哺乳动物小鼠，须密切监测家禽中流感病毒H6N2流行和进化演变。     

新型甲型H7N9流感病毒神经氨酸酶基因进化分析

目的探讨2013年新型甲型H7N9流感病毒神经氨酸酶(NA)基因的进化,及其编码蛋白重要氨基酸位点的变异情况。方法从美国国家生物技术信息中心(NCBI)数据库和全球禽流感基因共享数据库(GISAID)下载不同年代、不同地区甲型流感病毒N9亚型的NA基因序列,利用MEGA 5.05和BioEdit软件对基因的核苷酸序列和氨基酸序列进行分析。结果 2013年新型甲型H7N9流感病毒NA基因与2010年捷克共和国H11N9禽流感病毒的相似性达到96%;新型流感病毒存在5个氨基酸的缺失;其中1株新型病毒可能的酶活性位点发生了变异。结论 2013年新型甲型H7N9流感病毒的NA基因可能是由H11N9进化而来;氨基酸的缺失可能是造成人感染和较高病死率的原因。     

A型人流感H5N1病毒进化关系分析

目的:探讨A型人流感与禽流感H5N1病毒的基因组进化关系.方法:拼接99株A型流感H5N1病毒全基因组编码区序列,进行比对分析,构建基因组进化树.结果:A型人流感H5N1病毒分布在3个进化枝,与枝内禽流感病毒具有高度同源性.结论:虽然不同进化枝的A型人流感病毒来源均为禽源性的,但是不同进化枝之间的同源性可存在较大差异.     

福州2009-2014年甲型H1N1流感病毒株HA基因进化分析

目的:分析福州地区2009-2014年甲型H1N1流感病毒株的HA基因序列和遗传特征。方法:采集流感样病例的咽拭子标本,用MDCK细胞培养法和Real-time RT-PCR法对6株分别来自2009-2014年的病毒株进行病毒分离、鉴定,HA基因片段通过RT-PCR法进行扩增后克隆到p MD18-T载体上,并测定6株病毒株的HA基因序列。通过生物软件Bio Edit对该分离株和Gen Bank中相关毒株的序列进行基因进化树分析。结果:6株分离株的HA基因推导氨基酸序列与参考株A/California/04/2009相比,2009-2014年HA1区氨基酸发生了突变,主要是位于136、145、188、189、192和193位点。结论:近几年,福州地区H1N1流感的HA基因序列与世界流行的病毒参考株具有高度同源性,并多处氨基酸发生替换而产生抗原性漂移。     

珠海市2013年肠道病毒71型和柯萨奇病毒A16型基因特征

目的分析2013年珠海市手足口病（Hand-foot-mouth disease,HFMD）患者中,肠道病毒71型（EV71）和柯萨奇病毒A组16型（Cox A16）的分子流行病学特征。方法采集珠海市2013年HFMD临床诊断病例粪便标本215份,选取其中Real time RT-PCR检测EV71病毒核酸阳性的18份和Cox A16病毒核酸阳性的8份标本,进行VP4区基因扩增,并进行核苷酸序列和遗传进化关系分析。结果 16份EV71扩增测序成功,与C4a基因亚型代表株具有最高的核苷酸序列同源性（95.2%-99.5%）和氨基酸同源性（91.3%-100%）;5份Cox A16扩增测序成功,有2份与B2a亚型代表株具有最高的核苷酸序列同源性（98.6%-99.0%）和氨基酸同源性（97.1%-98.5%）,3份与B2b亚型代表株具有最高的核苷酸序列同源性（96.6%-97.1%）和氨基酸同源性（100%）。结论 2013年珠海市流行的EV71属于C4a基因亚型,Cox A16为B2a和B2b两种基因亚型。     

一起学校甲型H1N1流感聚集疫情的流行特征和全基因组测序分析

目的 了解济宁市一起聚集流感疫情的甲型H1N1流感病毒全基因组特征,为甲型H1N1流感防控提供依据。方法 对在一起聚集流感疫情采集的12份患者咽拭子标本进行流感病毒实时荧光定量PCR法核酸检测,对阳性标本进行病毒培养和全基因组测序,利用DNASTAR软件分析核苷酸和氨基酸同源性,利用MEGA软件构建进化树,利用NetNGlyc、GPS-SUMO、NetPhos软件分别分析糖基化位点、类泛素蛋白修饰分子化位点和磷酸化位点。结果 12份咽拭子标本中,4份标本甲型H1N1流感病毒核酸检测阳性,分离流感病毒株4株。同2018—2019年度北半球疫苗株A/Brisbane/02/2018相比,8个基因节段核苷酸同源性范围为98.5%～99.8%;编码的10种蛋白氨基酸同源性范围为98.2%～100.0%。在进化树上,4株毒株位于两个进化簇,其中3株毒株位于同一进化簇,1株毒株位于不同进化簇。4株毒株编码的10种蛋白共发生50处氨基酸位点置换,血凝素蛋白抗原表位2个氨基酸位点发生置换,神经氨酸酶蛋白酶活性位点和神经氨酸酶抑制剂耐药位点均未发生变异,聚合酶酸性蛋白、聚合酶碱性蛋白1和聚合酶碱性蛋白2...     

深圳市首例人禽流感病例的实验室检测分析

目的对深圳市首例人禽流感病例进行实验室确诊，并研究其携带病毒关键基因的遗传特性。方法采用实时荧光RT-PCR方法检测高致病性禽流感病毒（H5N1）核酸，采用血凝抑制方法检测患者血清抗高致病性禽流感病毒的抗体滴度变化，利用MEGA3．1软件分析患者携带病毒HA、NA基因的进化关系。结果成功确认了深圳市首例人禽流感病例，患者携带病毒为H5N1高致病性禽流感病毒，HA、NA基因进化关系比较特殊。结论深圳地区禽鸟中可能携带高致病性禽流感病毒，具有潜在感染人类的可能。     

两株人H7N9禽流感病毒的全基因组测序及分子特征分析

【目的】对两株从轻症病例和重症死亡病例中分离的人H7N9禽流感病毒进行全基因组测序,研究其来源、基因组特征以及相互间的分子差异,旨在了解毒株的遗传进化特征与其致病性及其所致疾病临床类型的关系,为进一步阐明H7N9禽流感病毒的致病机制提供科学依据。【方法】选取两株从轻症病例和重症死亡病例中分离的H7N9禽流感病毒进行全基因组序列测定;运用生物信息学软件比较分析两株病毒的遗传进化关系、基因组特征、受体结合位点、宿主特异性位点及致病相关位点等重要分子特征;从禽流感共享数据(GISAID)下载2013年至2014年10月轻症和重症病例的病毒分离株序列,分析致病相关关键位点差异,并分析这些变异与其致病性及所致疾病临床类型的关系。【结果】这两株H7N9禽流感病毒的HA、NA和M基因来源于2013年华东地区流行的H7N9禽流感病毒,NP、NS、PA、PB1和PB2基因来源于2013年在广东地区禽类中流行的H9N2禽流感病毒;H7N9禽流感病毒PA蛋白L336M和PB1蛋白I368V的突变率随流行时间的延长而逐渐上升,并存在地区差异;两株病毒各基因核苷酸同源性达到99.2%以上,氨基酸同源性在99.5%以上,但各基因节段存在个别氨基酸的差异,其中HA受体结合位点存在一个关键氨基酸的差异(226L和226 Q),宿主特异性位点存在两个关键氨基酸的差异(PB2-591L和PB2-591Q,PB2-627E和PB2-627K),毒力位点存在两个关键氨基酸差异(PA-353R和PA-353K,PB2-627E和PB2-627K);M2均发生了S31N突变;潜在糖基化位点均相对保守;2013年至2014年10月报道的重症病例病毒分离株PB2蛋白E627K突变率高于轻症病例分离株。【结论】两株来自不同临床类型的H7N9禽流感病毒是一种新的重组病毒,是由华东地区流行的人H7N9禽流感病毒和在广东地区禽类中流行的H9N2禽流感病毒基因重组而来;H7N9禽流感病毒的某些致病相关的关键氨基酸位点在流行的过程中不断发生变异,必须密切监测毒株的变异动向;两株致病力不同的病毒各基因节段虽然同源性较高,但存在关键氨基酸位点的差异,其中PB2蛋白627位氨基酸位点的差异可能对病毒的致病性起重要作用,与所致疾病临床类型相关。     

Victoria系乙型流感病毒HA1基因变异特征分析

目的阐明2012年邯郸市分离的Victoria系乙型流感毒株HA1抗原性和基因变异特征。方法对2012-2013年分离的流感病毒采用RT-PCR方法特异性扩增HA1基因,扩增产物进行核苷酸序列测定,用DNAStar中Megalign软件进行比对分析,构建系统进化树。结果邯郸市2012年分离的Victoria系乙型流感病毒与WHO推荐的2009-2012年北半球代表株相比,核苷酸同源性为98.1%-99.2%,氨基酸同源性为98.2%-99.4%。HA1区未发生氨基酸丢失和插入,与B/Brisbane/60/2008相比2个位点氨基酸替换具有共性（146I〉V和197D〉N）,而这2个位点与2006-2008年疫苗株B/Malaysia/2506/04相同。与B/Brisbane/60/2008相比7个毒株中有2个毒株发生了另外4个位点（58L〉P、129N〉S、171N〉D和174G〉E）的替换。结论 2012年邯郸市分离的Victoria系乙型流感病毒血凝素蛋白未发生明显的抗原性改变,与WHO推荐的2011-2012年的流感疫苗株B/Brisbane/60/2008匹配,不属于Victoria系乙型流感病毒新变种。     

新型甲型H1N1流感病毒深圳分离株HA基因的克隆与进化

目的 分析2009年新型甲型H1N1流感病毒深圳分离株A/Shenzhen/71/09血凝素(Hemagglufinin,HA)基因序列,探讨其基因变异与分子进化.方法 采用RT-PCR技术扩增A/Shenzhen/71/09 HA基因片段并进行测序,利用Cluster和Mega3.1软件对不同亚型毒株HA基因核苷酸序列进行分析,绘制发育进化树. 结果 A/Shenzhen/71/09毒株HA基因包含HA1和HA2两个片段,长度分别约为1 032bp和669bp,HA蛋白裂解位点为VPSIQSR↓ GLF,不含连续碱性氨基酸.进化分析表明该病毒株与其它亚型病毒株遗传距离较远,而与深圳地区同期分离的其它H1N1毒株高度同源,同源性在99.0％以上.结论 新型甲型H1N1流感病毒HA基因不具备高致病流感病毒序列特征,深圳地区同期分离的毒株变异率低,但仍需密切关注新型甲型流感的传播情况.     

2000-2009年H1N1甲型流感病毒神经氨酸酶的进化分析和序列解析

目的研究2000-2009年世界各地不同物种流感病毒神经氨酸酶的进化特征和关键位点的变异情况。结论从NCBI数据库下载所需序列,采用生物信息软件对其氨基酸序列进行种系发生树的构建,以及序列特性的分析。结果新型流感病毒和猪/禽流感病毒NA蛋白在进化关系上非常接近,并且抗原决定簇和糖基化位点的变异也大致相同。结论新型毒株NA蛋白可能由早期的H1N1猪/禽流感病毒进化而来,在进化过程中,一些重要位点的变异导致NA蛋白发生抗原性变异,从而导致流感的大爆发。     

禽流感病毒分离株NS基因同源性及等位基因类型分析

目的　克隆测定国内具有代表性的禽流感病毒 (AIV)的非结构 (NS)蛋白基因核苷酸序列 ,分析其同源性和等位基因类型 ,为进一步探索禽流感NS蛋白抗体监测方法奠定基础。方法　经RT PCR扩增了国内 3株H9N2、2株H5N1、2株H7N2亚型AIV分离株的NS蛋白基因 ,并把扩增的基因片段克隆到pGEM T载体中测序 ,将测序结果与GenBank中的核苷酸序列进行同源性比较 ,绘制基因进化树。结果　经测序获得了各AIV分离株NS基因的完整编码序列。同源性分析表明 ,3株H9亚型AIV的NS基因之间的同源性为 96 %～ 98% ;两株H5亚型AIVNS基因同源性为 91 6 % ;两株H7亚型AIV的NS基因同源性为 98 9%。H5和H9亚型分离株的NS基因之间的同源性均高于 90 % ;而H7N2亚型分离株与其它两种亚型分离株的NS基因同源性约为 6 0 %～ 70 %。在AIVNS基因系统发育进化树中 ,H5、H9亚型分离株都处于等位基因A群内 ;3株H9亚型分离株的进化关系较近 ,与香港、广东的部分H5N1病毒株起源相同 ,而 2株H5病毒的NS基因则处于不同分枝内 ;2株H7亚型分离株的NS基因都处于等位基因B群内 ,进化关系较近。结论　这 7株国内AIV分离株的NS基因之间的同源性差异较大 ,约为 6 0 %～ 99% ,且包括A、B两种类型的等位基因     

2009年至2011年新甲型H1N1流感病毒HA基因同源性比较与进化分析

[目的]分析杭州市2009年1月至2011年1月新甲型H1N1流感病毒血凝素（HA）的基因序列,探讨该病毒的遗传变异和分子特性。[方法]应用RT-PCR的方法从临床标本中扩增新甲型H1N1流感病毒HA基因片段并测序。利用DNAMAN和Sequencher4.7软件对HA基因序列进行分析,比较HA基因氨基酸亲缘系数并绘制进化树。[结果]成功地对15例新甲型H1N1病毒的HA基因进行扩增并测序,2009年1月至2011年1月新甲型H1N1流感病毒的HA基因的氨基酸序列与参考株具有高度的同源性,其亲缘系数为98.9%~100%,且HA基因氨基酸序列发生了一定的变异。[结论]2009年至2011年新甲型H1N1流感病毒的基因组HA序列与我国和其他国家的新甲型H1N1流感病毒具有高度的同源性,但HA基因的氨基酸序列发生了变异,可能与患者的病情有关,因此需密切关注新甲型H1N1流感病毒的流行情况。     

云南省2例人感染欧亚类禽H1N1猪流感病毒分子特征分析

目的 回顾性分析云南省2例人感染欧亚类禽H1N1猪流感病毒(Eurasian avian-like H1N1 swine influenza viruses, EAH1N1 SIVs)分子特征及遗传进化特征,为流行性感冒(流感)防控提供科学依据。方法 对2015年云南省流感监测网络实验室从流感样病例标本中分离到的2株EAH1N1 SIVs毒株进行全基因组测序,使用DNAStar、MEGA6.0等软件进行分子特征分析和系统进化树构建。结果 云南省2015年2例人感染欧亚类禽H1N1猪流感病毒株EAH1N1 SIVs A/Yunnan-Wuhua/SWL1869/2015(H1N1)和A/Yunnan-Longyang/SWL1982/2015(H1N1)均与湖南株A/Hunan/42443/2015同源性较高,同源性分别为97.6%～99.1%和97.9%～99.4%,是EAH1N1 SIVs与A(H1N1)pdm09重配病毒,为G5基因型。受体结合位点分析表明,2株病毒结合α-2,6半乳糖苷唾液酸人受体,为低致病性流感病毒。糖基化位点分析结果显示,2株病毒在HA上有7个潜在的糖基化位点...     

甲型H1N1流感病毒神经氨酸酶基因遗传进化分析

【目的】 了解季节性H1N1流感病毒与2009年新型H1N1流感病毒神经氨酸酶(NA)基因的遗传进化关系,探讨甲型H1N1流感病毒的遗传变异规律｡【方法】 分别从2006年和2009年流感病人标本中分离并鉴定出季节性HIN1流感病毒和新型H1N1流感病毒,用RT-PCR技术扩增了病毒NA基因全序列,并对其分子进化和重要功能位点的遗传变异进行了分析｡ 【结果】 2009年新型H1N1流感病毒与2006年季节性HIN1流感病毒比较,NA基因的同源性较低(77.9% ~ 78.8 %),与世界各地不同年代代表株及WHO推荐的1979 ~ 2010年季节性流感疫苗株比较,NA基因的同源性也较低(78.1% ~ 79.3%),但与WHO推荐的2009年新型H1N1流感疫苗株比较同源性则高达99%以上;系统进化分析结果表明,2009年新型H1N1流感病毒NA基因与欧亚猪流感病毒株A/swine/Belgium/1/1983的亲缘关系最近;并发现自2005年以来季节性H1N1流感病毒NA基因的某些抗原位点和神经氨酸酶活性位点已发生了变异｡【结论】 2009年新型H1N1流感病毒NA基因可能来源于欧亚猪流感病毒;接种季节性流感疫苗不能对本次流行的新型流感产生有效的免疫保护作用;季节性H1N1流感病毒在流行过程中NA基因已发生了一定的变异,有必要持续跟踪和监测病毒的变异情况｡     

2004年宁波大学流感爆发病毒株的血凝素基因分析

目的了解宁波地区流行性感冒(流感)病毒株的变异情况。方法采集2004年5月宁波大学流感爆发期间病人的含漱液进行病毒分离、鉴定，并对其中1株病毒的血凝素重链区进行了核苷酸和氨基酸序列分析。结果在9份样品中共分离到流感病毒3株，经血清学试验鉴定为甲3型。与2002年宁波市流感病毒流行株的核苷酸同源性为98．2％-98．3％，氨基酸同源性为96．7％-97．3％；与2003年流行株的核苷酸同源性为98．7％，氨基酸同源性为97．6％；与参考株A／Sydney／05／1997的核苷酸同源性为95．9％，氨基酸同源性为92．7％；与参考株A／Wuhan／359／1995的核苷酸同源性为94．6％，氨基酸同源性为91．2％。结论2004年宁波大学流感爆发的病毒为甲3型。其HA1区序列更接近2003年流行毒株，与A／Sydney／05／1997毒株的同源性要高于A／Wuhan／359／1995。该爆发流行的毒株可能是在宁波以前流行毒株的基础上进化而来的。     

深圳市登革1型病毒株全基因组特征及系统进化分析

目的对深圳市2014年登革病毒1型(DENV-1)流行株进行全基因序列测定,分析其分子病毒学特征,探讨其可能来源。方法采集2例登革热患者急性期血清标本,用BHK-21细胞培养分离病毒,RT-PCR进行病毒血清型别鉴定,并用RT-PCR进一步扩增全基因组序列,测序后进行同源性比较、系统进化树分析和遗传变异分析。结果 2例深圳DENV-1分离株进行全基因组测序结果显示同源性为100.0%,其基因组全长均为10 735 bp,编码3 329个氨基酸,与新加坡DENV-1流行株核苷酸和氨基酸同源性最高,分别为99.3%和99.7%。全基因组序列系统进化分析显示,深圳DENV-1株为基因Ⅰ型,与Fujian2004、Zhuhai2007和Singpore2008的亲缘关系较近,均在同一进化分支上。与广州DENV-1株GZ/80相比,深圳2014年DENV-1分离株发生了碱基变异430个,氨基酸变异42个,5’UTR存在1处点突变,3’UTR序列共有8处位点发生变异。结论 2014年深圳市DENV-1株可能来源于东南亚一带。病毒在进化过程中出现一些位点变异,这些变异的生物学意义有待进一步研究。     

2009年成都市流感活动情况及H3N2亚型流感病毒HA1基因特性分析

目的 分析2009年成都市流感流行情况,探讨甲3流感病毒(H3N2)亚型分离毒株的流行及HA1基因变异和进化.方法 MDCK细胞对咽拭子样品进行病毒分离鉴定,提取病毒核酸,用RT-PCR法扩增HA1基因,对H3N2分离株核酸及氨基酸序列进行亲缘关系分析.结果 甲型流感H1N1、H3N2、甲1、B型流感病毒分离率分别为2...