基因表达谱芯片筛选甲状腺癌失分化相关基因的初步研究

目的应用基因芯片技术筛查甲状腺癌失分化相关基因,为进一步研究其发病机制提供新的思路和线索。方法分别用Cy5和Cy3两种不同的荧光染料通过逆转录反应将失分化甲状腺癌组和对照组分化型甲状腺癌组织的mRNA分别标记成探针,并与载有一组靶基因的基因表达谱芯片进行杂交。通过扫描荧光强度,计算机软件分析,寻找两组差异表达基因。结果分化型甲状腺癌与失分化甲状腺癌组织之间存在一系列差异表达基因,共有373条差异表达基因,其中表达增加的有209条(2.0倍以上),表达降低的有164条(0.5倍以下)。结论基因芯片为筛选甲状腺癌失分化相关基因提供了有效的方法。     

基因表达谱芯片胃癌差异表达基因的筛选

目的:利用基因表达谱芯片研究胃癌组织中差异表达的基因,从多基因角度研究胃癌发生的分子机制.方法:抽提6例胃癌组织和相应的癌旁组织的总RNA,反转录成cDNA同时进行标记.将标记的cDNA与基因表达谱芯片杂交,经过芯片的扫描和数据处理,分析出胃癌组织和癌旁组织之间差异表达的基因.结果:通过对胃癌组织和癌旁组织的基因表达谱的比较分析,发现在胃癌组织中表达差异＞2倍的基因共有696个,其中表达上调的基因318个,表达下调的基因378个.差异表达的基因主要参与信号转导、免疫反应和细胞运动等生物学过程.结论:胃癌组织与癌旁组织的表达谱存在较大差异,利用基因表达谱芯片可筛选出胃癌差异表达的基因,从而有利于在临床上对肿瘤的诊断和治疗.     

鼻咽癌外周血淋巴细胞基因表达谱的研究

背景与目的：近年来兴起的DNA芯片技术能在一次杂交实验中同时监测数以千计的基因表达,使分析免疫细胞的基因表达模式成为可能。本研究旨在应用这一先进技术检测鼻咽癌患者与健康人外周血淋巴细胞基因表达的差异,以探讨鼻咽癌患者免疫细胞的基因表达特点。方法：应用含2000点cDNA的BioDoor10s/D 睛研究基因表达的差异。提取鼻咽癌患者淋巴细胞和健康人淋巴细胞的mRNA,分别用标有不同荧光素的dUTP反转录制备cDNA探针,将探针与芯片杂交后扫描荧光强度,从而筛选出差异性表达的基因。结果：发现鼻咽癌患者淋巴细胞有62个基因呈现差异表达。差异性表达主要涉及编码信号传递蛋白的基因,表达上调的5个基因中有3个基因与编码信号传导的蛋白相关。其余57个基因呈现表达下调,在cy5/cy3值为0．3左右的9个下调基因中,编码信号传导蛋白的相关基因占了5个。结论：与健康人相比,鼻咽癌患者的外周血淋巴细胞基因表达呈下调趋势。淋巴细胞信号传导功能异常和基因表达下调可能是鼻咽癌免疫功能有别健康人的原因之一。     

应用基因表达谱芯片筛选高能X射线诱导HFL-1细胞胶原相关基因

目的 探讨高能X射线对人胚肺成纤维细胞(HFL-1)细胞胶原表达产生影响,并筛选胶原相关基因,为临床放射性肺纤维化的治疗提供理论依据。方法 将体外培养的HFL-1细胞随机分为对照组和放射组,放射组细胞予6 MV X射线5 Gy单次照射。照射后24 h以消化法检测两组细胞羟脯氨酸(HYP)表达情况,RT-PCR及蛋白印迹法检测Ⅰ、Ⅲ型胶原基因及蛋白表达情况,采用基因芯片技术分析基因表达谱改变情况。结果 照射后24 h放射组细胞HYP表达显著高于对照组(1.834μg/ml∶4.912 μg/ml,P=0.000)。放射组照射后24 h Ⅰ、Ⅲ型胶原基因及蛋白表达均明显高于对照组(18.535∶186.779,P=0.000;4.337∶24.425,P=0.000)。两组细胞差异表达的基因为1879个,其中放射组上调基因771个、下调基因为1108个。参与纤维化的基因上调5倍以上的有TGF-β₁、TGF-β₃、MMP28、MMP26、MMP27和SMAD6。     

采用基因表达谱芯片筛选肺癌细胞系差异表达基因的初步探讨

目的:探讨基因芯片技术分析高低不同转移能力肺癌细胞系的差异表达基因.方法:采用基因芯片技术检测具有高低不同转移能力的肺癌细胞系BE-1和LH-7的差异表达基因.抽提细胞mRNA,利用荧光标记dUTP逆转录制备cDNA探针,与人肺癌表达谱基因芯片杂交,以ScanArray 4000荧光扫描仪扫描芯片上两种荧光信号,获得的荧光信号图像用计算机分析,每点上两种荧光信号的强度分别代表Cy3-dUTP和Cy5-dUTP的量,最后计算每点的Cy5和Cy3的比值.结果:在所检测的人高低肺癌转移细胞系BE-1和LH-7中,20个基因有表达差异,其中高表达14条,低表达6条.结论:基因芯片技术为筛选人类肺癌转移基因提供了有效方法.     

口腔白斑发生相关的肿瘤标志性基因筛选研究

背景与目的:筛查与口腔白斑发生相关的阳性表达基因,为探究口腔白斑的发生机制奠定基础。材料与方法:采用肿瘤基因芯片(OHS-802)检测口腔正常黏膜组织和口腔白斑组织的肿瘤相关基因表达差异,进一步使用RT-PCR法对部分阳性基因进行验证,寻找与口腔白斑恶变发生、发展相关的基因。基因芯片实验采用化学发光检测试剂盒、X线胶片曝光,并用GEArray表达分析配套软件进行完整的芯片数据分析。RT-PCR电泳结果采用凝胶成像系统对部分基因的表达水平进行定量,然后将其与芯片分析的数据结果进行相似性分析。结果:口腔正常黏膜组织和白斑组织间CTNNB1、GDF15、FKBP8、NF1四个基因的RT-PCR结果,在表达水平上和SupperArray芯片检测方法获得结果的差别均具有统计学意义(P<0.05)。SupperArray芯片检测结果提示:口腔白斑发生的分子机制较为复杂,特别是与细胞周期调控相关基因和细胞增殖分化相关基因关系密切。结论:本研究为深入研究口腔白斑的发生机制和标志性基因探针的筛查奠定了研究基础。     

基因表达谱芯片在人直肠腺癌相关基因筛选中的应用研究

[目的]用基因表达谱芯片研究直肠腺癌和正常直肠黏膜基因表达差异，筛选直肠腺癌相关基因。[方法]分别抽提直肠腺癌和正常直肠黏膜的总RNA；通过逆转录方法将Cy3和Cy5两种荧光分别标记到两组cDNA上，制成探针；利用这种cDNA探针与含有4096条人类基因PCR产物的表达谱芯片进行杂交。扫描芯片荧光信号图像。计算机分析后比较两种组织中差异表达的基因。[结果]通过基因芯片筛选，在4096条基因中，直肠腺癌和正常直肠黏膜差异表达显著的基因共有121条(2．95％)，其中上调的85条（2．075％)，下调的36条（0．879％)，上调和下调的基因中各有2条为新基因。[结论]直肠腺癌基因差异表达谱的分析可为直肠癌的诊断、治疗和预防提供新的思路和线索。     

应用基因表达谱芯片研究人胃癌细胞周期和细胞凋亡相关基因

目的：筛选胃癌发生过程中与正常组织差异表达的细胞周期和细胞凋亡相关基因并作初步功能分析.方法：应用Trizol一步法抽提胃癌及正常组织总RNA,分离纯化mRNA并逆转录合成荧光分子（Cy3/Cy5）标记cDNA探针,与含有8 464种cDNA基因的表达谱芯片杂交,分析胃癌与正常组织间差异表达的基因,对所获得的基因进行分子生物信息学分析.结果：胃癌与正常组织间差异表达的细胞周期和细胞凋亡基因有17条,占芯片基因总数的0.2%.其中与细胞周期相关的基因11条,与细胞凋亡相关的基因6条.在胃癌组织中表达量增加的10条,表达量下降的7条.生物信息学分析显示,该17条差异表达的细胞周期和细胞凋亡相关基因,与胃癌组织细胞的生长和凋亡有关.结论：胃癌的发生、发展过程中存在多基因表达调控的改变,细胞周期和细胞凋亡基因与胃癌组织细胞的生长和凋亡有相关性,对于该相关基因群的进一步研究有助于阐释胃癌的发病机制.     

人鼻咽与鼻咽癌cDNA阵谱中DNA修复相关基因表达差异的初步研究

目的 用cDNA阵卤咽癌组织及正常组织的基因表达谱,研究鼻咽癌组织内修复相关基因的表达差异。方法 Atlas human cancer cDNA expression array 7742-1杂交后,用Atlas Image 1.01a分析滤膜杂交结果,RT－PCR反应验证滤膜杂交结果。结果 在588个肿瘤相关基因中,共有134个基因表达上调,88个基因表达下调。在有DNA损伤应答、修复、重组相关基因的C区中,表达上调的基因有21个,与修复相关的有6个;表达下调的有44个,与修复相关的则有12个。结论 DNA修复相关基因的改变可能在鼻咽癌病理生理过程中起一定作用。     

放射对鼻咽癌细胞凋亡率和相关基因表达水平的影响

目的 探讨放射对人鼻咽高分化鳞癌细胞系(CNE-1)凋亡率和7个凋亡相关基因表达水平影响。方法 体外培养CNE-1,应用流式细胞术及RT-PCR方法检测0、2、4、6、8 Gy下CNE-1凋亡率及Bcl-2、Bcl-xl、Bcl-w、Bax、Bak、Bad、Bid的表达水平。用Pearson法进行基因表达与凋亡率、照射剂量,以及凋亡率与存活分数相关分析。结果 0、2、4、6 Gy下CNE-1早期凋亡率随照射剂量增加而逐渐增加,8 Gy时早期凋亡率不再增加反而下降;晚期凋亡率随照射剂量增加而增加。CNE-1照射后Bax表达上调,与早、晚期凋亡率及照射剂量呈正相关(所有P=0.000);Bcl-xl表达下调,与早、晚期凋亡率呈负相关(P=0.005、0.039),与照射剂量无相关性(P=0.369);Bcl-2表达上调,在4 Gy时到达峰值后开始下降;Bcl-w、Bcl-2、Bad、Bid表达水平与早、晚期凋亡率无相关性(P=0.058~0.894)。凋亡率与存活分数无相关性(P=0.064)。结论 Bax、Bcl-xl与CNE-1细胞凋亡率有一定相关性,但凋亡率与细胞存活分数无相关性。     

Gene expression profile changes and possible molecular subtypes in differentiated‐type nonkeratinizing nasopharyngeal carcinoma

Nasopharyngeal carcinoma (NPC) is a human malignant tumor with a high incidence and a poor prognosis in Southern China and South‐eastern Asia. In this study, we comprehensively analyzed the gene expression profiles in 24 samples of primary differentiated‐type nonkeratining NPC (DNK‐NPC) tissues, 24 samples of normal nasopharyngeal tissues and 4 DNK‐NPC cell lines using cDNA microarray technology and bioinformatics methods. We found expression level of some genes was wildly alerted in the DNK‐NPC samples. In addition, our hierarchical clustering analysis revealed 2 distinctive subtypes of gene expression patterns in DNK‐NPC tissue samples. The discriminator genes were identified using a signal‐to‐noise (S₂N) algorithm by permuting of the data set 10,000 times. To further characterize the clinical relevance of the tumor subtypes, we evaluated a surrogate marker, CCND2, differentially expressed between the 2 tumor subgroups by using immunohistochemistry in an independent set of 137 DNK‐NPC samples. CCND2 was highly expressed in the subgroups with “aggressive” features and was associated with T classification (p = 0.006) and clinical stage (p = 0.013). Patients with high level of CCND2 expression had poorer overall survival than those with low level (p = 0.034). Our results suggest that DNK‐NPC can be classified into 2 subtypes based on gene expression patterns, which can be used in determining prognosis and treatment of the tumor.     

鼻咽癌患者HER-2/neu基因扩增和表达及其临床意义

目的：研究鼻咽癌HER-2／neu基因扩增、表达及其临床意义。方法：采用原位荧光杂交、逆转录多聚链式反应和免疫组化技术检测鼻咽癌组织HER-2／neu基因扩增、表达。结果：HER-2／neu基因在鼻咽癌中无扩增，但有过表达，其原因是由于mRNA高表达所致；这种过表达与鼻咽癌预后之间未显示有相关性。结论：HER-2／neu基因在鼻咽癌无扩增，有过表达，这种过表达未显示预后意义。     

Multiple dysregulated pathways in nasopharyngeal carcinoma revealed by gene expression profiling

Gene expression profiling was conducted using primary human nasopharyngeal carcinoma (NPC) biopsy samples to improve the understanding of the molecular pathways defining NPC and to identify novel potential therapeutic targets. RNA samples were extracted from 36 patients suspected to have NPC and hybridized onto the Affymetrix U133A chip. NPC was diagnosed in 19 patients, 11 had lymphoid hyperplasia (LH), and 6 were "normal" biopsies. Clinical stages for these NPC patients ranged from I-IV, including one M1. All NPC patients (except the M1) were treated with curative intent, which included radiotherapy alone (4 patients), or combined with chemotherapy (14 patients). Unsupervised clustering demonstrated a distinct NPC expression pattern, compared to normal biopsies. Subsequent Significance Analysis of Microarrays (SAM) derived from 14 NPC and 6 normal samples discovered 1,089 differentially regulated genes. Pathway analyses revealed novel insights into the mechanisms leading to NPC, whereby upregulation of NFkappaB2 and survivin play central roles in increasing resistance to apoptosis, and changes in integrin and WNT/beta-catenin signaling leading to uncontrolled proliferation. The role of survivin in resisting apoptosis in NPC was confirmed by RNA interference. Our data provide novel insights into the development and progression of NPC, and suggest survivin as a novel therapeutic target for NPC.     

亚砷酸诱导人鼻咽癌细胞中p16基因表达的研究

目的 研究亚砷酸( As2O3)诱导鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma,NPC)CNE- 2Z细胞株中抑癌基因p16的表达.方法 体外培养的CNE-2Z细胞分别加入不同浓度的亚砷酸,并作用于不同时间.用终浓度为2μmol/L、1 μmol/L、0.5μmol/L的As2O3加入鼻咽癌CNE-2...     

鼻咽癌组织中DAPK基因启动子甲基化的研究

目的:分析鼻咽癌组织中DAPK基因启动子的甲基化状态,探讨DAPK基因启动子甲基化与鼻咽癌的关系。方法:应用甲基化特异性PCR技术检测48例鼻咽癌组织、26例慢性鼻咽黏膜炎症组织的DAPK基因启动子甲基化状态,比较鼻咽癌和慢性鼻咽黏膜炎症组织的DAPK基因启动子甲基化率。结果:鼻咽癌组织的DAPK基因启动子甲基化率为75%,而慢性鼻咽黏膜炎症组织中未检测到DAPK基因启动子甲基化。结论:鼻咽癌组织中DAPK基因启动子存在高甲基化水平,检测DAPK基因启动子甲基化或许能为鼻咽癌的诊断提供依据。     

鼻咽癌组织中Ki-67表达的阳性单位与癌转移、TNM分期及患者生存时间的关系

目的观察ki67在鼻咽癌组织的表达,从量化角度阐明其在鼻咽癌组织中表达的病理学意义。方法常规石蜡包埋、HE切片确诊,用免疫组化SP法检测ki67在鼻咽癌细胞核中的定位和表达,用Leica Q500MC图像分析系统对其表达强度进行定量分析,并用阳性单位（positive unit,PU）反映其表达强度。结果 ki67在鼻咽癌组织中的阳性表达主要定位在细胞核,ki67阳性细胞为核境界清晰的棕色、棕褐色颗粒沉着细胞。本研究显示ki67表达与鼻咽癌患者有无颈淋巴结转移、治疗方式不具有相关性,经统计学检验ki67与鼻咽癌患者有无远处转移、生存期及临床分期有相关性,数据具有统计学意义。有远处转移的PU值（21.00±5.95）高于无远处转移者（16.82±4.55）,t=-3.069,P=0.004,两者的数据具有统计学意义;我们发现不同生存期患者的表达量均有不同,随着生存期的延长,ki67的阳性表达强度逐渐减弱。生存期3年以下PU值（24.39±4.50）高于生存期3～5年的（17.69±2.61）,生存期3～5年的PU值高于生存期超过5年的（15.10±3.51）,三组之间PU值差异具有统计学意义（F=45.484,P=0.000）。随着临床分期I、II、III、IV期的顺序,鼻咽癌患者的ki67的阳性表达强度逐渐增强,PU值逐渐加大,组间差异具有统计学意义（t=7.271,P=0.002）。说明ki67表达阳性者多出现在NPC的晚期。结论 ki67蛋白表达程度对于判断鼻咽癌患者是否存在远处转移和患者生存时间具有重要价值,表明Ki67可作为判定鼻咽癌的恶性程度和预后的指标之一。     

鼻咽癌组织中Cox-2基因表达的临床研究

目的:探讨环氧化酶-2(Cox-2)基因在鼻咽癌(nasopharyngealcarcinoma,NPC)组织中的表达及其临床意义。方法:采用免疫组织化学技术检测86例NPC组织中Cox-2蛋白表达情况,所有病例随访达5年以上,分析其与临床病理及预后的关系。结果:Cox-2在NPC组织中阳性表达率为73·3%(63/86),与原发灶范围(P<0.05)、颈淋巴结转移(P<0.05)和肿瘤分级均密切相关,P<0·05,且与预后有关,生存期≤5年组Cox-2蛋白表达阳性率(84.4%)显著高于生存期>5年组(61.0%),P<0·05。结论:Cox-2在NPC组织中高表达,可作为判断预后的一种有用指标;Cox-2选择性抑制剂有望成为NPC防治的新靶点。     

Functional characterization of THY1 as a tumor suppressor gene with antiinvasive activity in nasopharyngeal carcinoma

THY1 was previously identified as a candidate tumor suppressor gene (TSG) associated with lymph node metastases in nasopharyngeal carcinoma (NPC) through functional studies. It was identified by oligonucleotide microarray analysis as an interesting differentially expressed gene. However, direct functional evidence is still lacking for THY1 being a TSG in NPC, as in vivo tumorigenicity assays have not been previously reported in our last study of THY1. In this study, a tetracycline‐inducible expression vector, pETE‐Bsd, was used to obtain stable transfectants of THY1. The stringent in vivo tumorigenicity assay results show that the activation of THY1 suppresses tumor formation of HONE1 cells in nude mice, and the tumor formation ability was restored in the presence of doxycycline (a tetracycline analog), when the gene is shut off. Functional inactivation of this gene is observed in all the tumors derived from the tumorigenic transfectant. The tumor suppressive effect could be repressed by knockdown of THY1 expression in nontumorigenic microcell hybrids. Further studies indicate that expression of THY1 inhibits HONE1 cell growth in vitro by arresting cells in G₀/G₁ phase. It greatly reduces the ability for anchorage‐independent growth. The invasiveness of HONE1 cells was also inhibited by the expression of THY1. These findings suggest that THY1 is a TSG in NPC, which is involved in invasion and shows an association with tumor metastasis. Taken together, THY1 clearly plays an important functional role in tumor suppression in NPC.