宜昌地区结核分枝杆菌北京基因型菌株的鉴定及VNTR分型

 目的 研究宜昌地区结核分枝杆菌北京基因型菌株的多态性和流行特征,揭示该地区结核病的分子流行病学特征,为结核病防治提供科学依据。方法 选择2018年1月-2019年12月具有完整病例信息的结核分枝杆菌298株,进行人型结核分枝杆菌的鉴定,用扩增RD105缺失片段的多重PCR (DTM-PCR)鉴定北京基因型菌株;应用优化的9位点数目可变串联重复序列技术(VNTR)分析北京基因型菌株的多态性。结果 298株结核分枝杆菌中,260株为人型结核分枝杆菌,DTM-PCR鉴定发现北京基因型菌株140株(53.85%),非北京基因型菌株120株(46.15%)。北京基因型菌株耐药率(32.14%)高于非北京基因型菌株耐药率(10.83%),差异有统计学意义(P<0.05)。VNTR-9位点对北京基因型菌株的分辨率为0.998 5,成簇率为12.15%。结论 北京基因型菌株在宜昌地区呈较高流行趋势,且北京基因型菌株耐药率更高。VNTR-9位点基因分型方法用于该地区结核分枝杆菌北京基因型菌株的鉴别,能准确反映宜昌地区结核分枝杆菌的分子流行病学特征。     

青海高原237株结核分枝杆菌大片段基因多态性研究

摘要:目的 通过对青海高原结核分枝杆菌基因组大片段的检测,研究不同RDs（Regions of Difference）的多态性及其分型。方法 收集青海地区分离的结核分枝杆菌临床株237株,采用PCR方法对结核分枝杆菌基因组大片段RD105、RD181、RD150、 RD142及RD239基因的缺失进行检测。结果 237株菌中,根据RD105基因缺失鉴定出“北京家族”菌株220株,占92.83%;非“北京家族”菌株17株,占7.17%。根据RD181基因缺失将“北京家族”菌株分为现代“北京家族”结核分枝杆菌198株,占90.00%;RD181未缺失的古老非典型“北京家族”菌株22株,占10.00%。 RD150、RD142进一步又将现代“北京家族”结核分枝杆菌分为RD150、 RD142单缺失型及RD150与RD142共缺失型。首次发现6株菌缺失RD239基因,为印度-大洋洲系菌株。结论 青海地区结核分枝杆菌RD基因型丰富,主要流行菌株以缺失RD105的“北京家族”菌株为主。     

绵阳地区结核分支杆菌北京基因型菌株的鉴定和感染因素分析

目的鉴定MTB北京基因型,了解北京基因型菌株在绵阳地区的分布特征,为本地结核病的防治和分子流行病学研究提供科学依据。方法随机选取绵阳涪城和江油两个区县的结核分支杆菌临床分离菌株,收集患者流行病学资料。菌株常规培养,收集菌体,提取基因组DNA,采用RD105缺失基因检测法鉴定北京基因型菌株。药物敏感性试验采用比例法。率的比较采用χ2检验。结果共对79株结核分支杆菌了进行北京基因型鉴定,北京基因型菌株33株,占41.77%;非北京基因型菌株46株,占58.23%。北京基因型菌株耐药率(36.36%)明显高于非北京基因型菌株耐药率(10.87%),差异有统计学意义(χ2=7.395,P=0.007)。患者性别、年龄组、所在地区和治疗史与感染北京基因型菌株无关。结论北京基因型菌株在绵阳地区呈一般流行趋势。北京基因型菌株感染与耐药相关,与患者性别、年龄、所在地区和治疗史无关。     

河南省结核分枝杆菌北京家族基因型及耐药分析

目的了解河南省结核分枝杆菌北京家族基因型的分布、流行特点、与耐药性的相关性。方法 2009年6月-2010年11月在河南省尉氏县结核病防治机构实验室分离培养的165株结核分枝杆菌,采用比例法进行药物敏感性检测,应用RD 105缺失基因检测法和琼脂糖凝胶电泳技术进行北京家族基因型鉴定。结果 164株结核分枝杆菌对4种一线抗结核药物,异烟肼(IN H)、利福平(RFP)、链霉素(SM)和乙胺丁醇(EMB)药敏情况:全部敏感的菌株为126株(76.8%);任意耐药菌株38株(23.2%),其中,单耐药菌株14株(8.5%),多耐药菌株24株(14.6%);结核分支杆菌对4种一线药的耐药率依次为:INH 16.5%(27/164)、SM 15.9%(26/164)、RFP 9.1%(15/164)、EMB 7.3%(12/164)。164株结核分枝杆菌中,北京家族基因型(Beijing fam ily)占89.6%(147/164),17株为非北京家族基因型,占10.4%;147株北京家族基因型菌株中,全部敏感的菌株为111株(75.5%);耐任一种药菌株36株(24.5%),其中耐多药(MDR)菌株13株(8.8%...     

MIRU-VNTR技术对源于河南的北京基因型结核分枝杆菌分型研究

目的:研究MIRU-VNTR技术对结核分枝杆菌北京基因型家族的分辨能力。方法:用检测RD105区缺失的多重PCR(DTM-PCR)方法对河南省源的结核分枝杆菌进行北京基因型鉴定,鉴定后的菌株检测基因分型方法VNTR-7和VNTR-16位点的分辨能力。结果:DTM-PCR获得98株结核分枝杆菌北京基因型家族菌株,VNTR-16和VNTR-7分辨率指数(Hunter-Gaston指数,HGI)为0.9983、0.9953,菌株的成簇率分别为3.1%、11.2%。结论:VNTR-16和VN-TR-7位点基因分型方法用于北京基因型家族的分析有较高的分辨能力,操作简便,适于结核病控制工作中北京基因型家族菌株占优势地区的分子流行病学研究。     

TaqMan-MGB探针实时荧光PCR检测结核分枝杆菌北京基因型的研究

目的探讨TaqMan-MGB探针实时荧光PCR快速检测结核分枝杆菌北京基因型菌株的效果。方法对杭州地区136株结核分枝杆菌临床分离株水煮法提取DNA,分别用TaqMan-MGB探针实时荧光PCR与间隔区寡核苷酸(Spoligotyping)基因分型方法进行北京基因型菌株鉴定,比较2种方法的一致性,同时评价TaqMan-MGB探针实时荧光PCR的最低检测限。结果以Spoligotyping基因分型方法为标准,136株结核分枝杆菌中,检测到北京基因型结核分枝杆菌105株,占77.21%。TaqMan-MGB探针实时PCR方法与Spoligotyping基因分型方法鉴定北京基因型菌株结果完全一致。TaqMan-MGB探针实时荧光PCR对北京基因型最低检出限为0.488 pg/μl。结论与Spoligotyping基因分型方法相比,TaqMan-MGB探针实时PCR方法检测北京基因型操作简单,耗时短,灵敏度高,可以快速地区分北京基因型与非北京基因型结核分枝杆菌。     

辽宁省与日本流行北京基因型结核分枝杆菌基因的异同

目的探讨辽宁省与日本流行北京基因型结核分枝杆菌基因的异同。方法选取辽宁省各市结核病防治所经菌种鉴定得到的144株结核分枝杆菌菌株,以及84株来自日本神奈川县卫生研究所的结核分枝杆菌菌株,采用以聚合酶链式反应(PCR)为基础的分型方法鉴定是否为北京基因型结核分枝杆菌。对引物4扩增辽宁省北京基因型和非北京基因型结核分枝杆菌的条带进行双向测序并比较。结果 144株辽宁省结核分枝杆菌中,北京基因型结核分枝杆菌129株(89.58%),非北京基因型结核分枝杆菌7株(4.86%),北京基因型结核分枝杆菌和非北京基因型结核分枝杆菌混合感染8株(5.56%)。引物4扩增辽宁省7株非北京基因型结核分枝杆菌菌株得到308bp条带,扩增129株辽宁省北京基因型结核分枝杆菌菌株,116株(89.92%)北京基因型结核分枝杆菌出现270 bp左右条带。随机对3株辽宁省北京基因型结核分枝杆菌的270 bp左右条带进行双向测序,序列一致,与非北京基因型结核分枝杆菌的308 bp条带序列不同。84株日本神奈川县的结核分枝杆菌菌株中,北京基因型结核分枝杆菌53株(63.10%),非北京基因型结核分枝杆菌31株(36.90%),引物4扩增日本神奈川非北京基因型结核分枝杆菌菌株得到308 bp条带,扩增北京基因型结核分枝杆菌无条带。结论辽宁省以北京基因型结核分枝杆菌菌株流行为主,存在北京基因型和非北京基因型结核分枝杆菌混合感染。辽宁省流行北京基因型结核分枝杆菌的基因与日本流行的北京基因型结核分枝杆菌存在着不同的特点。     

四川地区HIV感染患者合并分枝杆菌感染特征与耐药性分析

目的分析四川地区人类免疫缺陷病毒(human immunodeficiency virus,HIV)感染者合并分枝杆菌感染与耐药情况,丰富本地区相关的流行病学资料。方法选择2014年1月-2017年6月于医院就诊的HIV感染者疑似同时合并分枝杆菌感染患者的各类标本(3 078例)进行分离培养,阳性标本采用噻吩-2-羧酸肼(TCH)和对硝基苯甲酸(PNB)鉴别培养基进行菌型鉴定及药物敏感性试验,非结核分枝杆菌(Non-tuberculous Mycobacterium,NTM)采用基因芯片或16SrDNA基因测序法进行种群鉴定。结果共收集到HIV感染疑似合并分枝杆菌感染患者标本3 078份,分离出阳性菌株458株,阳性率为14.88%。去除重复菌株菌后,共得到369株非重复性分枝杆菌,其中结核分枝杆菌(MTB)313株,非结核分枝杆菌(NTM)56株。2016年和2017 HIV合并NTM的感染率增加较明显,56株NTM有21株进行了种群鉴定,得到鸟分枝杆菌8株,龟或脓肿分枝杆菌6株,堪萨斯分枝杆菌5株,胞内分枝杆菌2株。313株MTB中有86株至少对一种抗结核药物耐药,耐多药(MDR)37株,广泛耐药(XDR)7株;313株MTB对异烟肼(INH)、利福平(RFP)、链霉素(SM)、氧氟沙星(OFX)、阿米卡星(AMK)、卡那霉素(KM)、乙胺丁醇(EMB)和卷曲霉素(CPM)耐药率分别为20.13%、13.74%、12.14%、10.22%、1.92%、1.92%、1.28%和1.28%,单耐药以单耐INH和单耐OFX为主。不同种类NTM对8种抗结核药物均呈现高度耐药,全部NTM均对INH耐药,较少NTM(除堪萨斯分枝杆菌外)对EMB耐药,较少NTM对CPM和AMK耐药。结论四川地区HIV感染者合并分枝杆菌感染以MTB为主,HIV合并MTB感染者与普通结核患者相比耐药风险未增加,但OFX耐药率较高,要警惕喹诺酮类药物滥用。四川地区HIV合并NTM感染以鸟分枝杆菌较为常见,EMB、CPM和AMK对NTM的效果较好。     

杭州地区结核分枝杆菌氧氟沙星耐药株的MIRU-VNTR基因分型研究

目的：探讨MIRU-VNTR技术在杭州地区结核分枝杆菌氧氟沙星耐药株基因分型中的应用。方法收集杭州市2010年4月-2012年6月各结核病定点医院分离培养的临床菌株,进行药物敏感性检测。分别采用RD105缺失基因检测法和MIRU-VNTR技术对氧氟沙星耐药株进行菌株鉴定和基因分型。结果筛选出的52株氧氟沙星耐药株中,43株（82.69%）为北京家族菌株。经12个MIRU-VNTR位点组合分析,52株氧氟沙星耐药株呈52种MIRU-VNTR基因型,总Hunter-Gaston指数（ HGI）为0.999。除MIRU40和ETR-F外,其他10个MIRU-VNTR位点对北京家族菌株和非北京家族菌株均显示较高或中等程度的分辨率。结论筛选到的10个MIRU-VNTR位点具有较高分辨率,适用于杭州地区结核分枝杆菌氧氟沙星耐药株分型。     

楚雄彝族自治州103株结核分枝杆菌基因分型及耐药性研究

目的探究楚雄彝族自治州流行的结核分枝杆菌基因分型情况与耐药的相关性。方法收集2014年4月-2015年4月在楚雄分离得到结核分枝杆菌菌株,采用比例法检测6种抗结核药物的敏感性,采用间隔区寡核苷酸分型法(Spoligotyping)进行基因分型。结果本研究共分离获得103株结核分枝杆菌临床分离株,其总体耐药率和耐多药率分别为15.33%、6.80%。Spoligotyping分型可分为北京基因家族(Beijing family)75株(72.82%)及非北京基因家族(NonBeijing family)28株(27.18%)2个大基因群,共包括18个基因型,含6个基因簇及12个独立基因型,4个独立基因型为本研究新发现基因型。北京基因家族中,典型北京基因型70株(93.33%,70/75)为主要的流行株;非北京基因家族中,T1家族13株(46.43%,13/28)为主要的流行株。北京基因家族与非北京基因家族总体耐药率分别为17.33%(13/75)、10.71%(3/28),二者差异无统计学意义(χ~2=0.270,P=0.603);耐多药率分别为8%(6/75)、3.57%(1/28),二者差异无统计学意义(χ~2=0.126,P=0.723)。结论北京基因家族为楚雄彝族自治州流行的优势菌株,与非北京基因家族的耐药性无统计学差异。     

成都地区1396例结核分支杆菌的耐药性分析

[目的]分析成都地区结核分枝杆菌(MTB)对一线和二线抗结核药物的耐药性,初步探讨该地区严重耐多药结核杆菌(XDR-TB)的情况。[方法]将成都地区2007年1月～2008年12月期间3325例肺结核患者的痰液进行分离培养、菌型鉴定,获得1396株MTB,采用绝对浓度法对4种一线和4种二线抗结核药物进行耐药性检测。[结果]1396株MTB对一线抗结核药物的总体耐药率为33.1%(95%可信区间为30.6%～35.6%),其中耐多药结核菌株211株(15.1%),严重耐多药结核菌株10株(0.72%);对二线药物的总体耐药率为12.3%(95%可信区间为10.6%～14.0%)。[结论]成都地区结核分枝杆菌对二线抗结核药物的耐药情况严重,耐多药结核菌株中严重耐多药结核菌株的比例过高。表明持续开展MTB的耐药性监测十分重要。     

391株结核分枝杆菌基因分型研究和耐药性分析

目的探讨寡核苷酸分型(Spoligotyping)用于安徽省结核分枝杆菌临床分离菌株的分型,以初步了解安徽省结核分枝杆菌的基因型特征。方法连续收集安徽省胸科医院391株结核分枝杆菌临床分离菌株,进行Spoligotyping,采用Bio Numerics软件进行聚类分析。结果北京家族占86.19%(337/391),非北京家族占13.81%(54/391),54株非北京家族基因型中,T家族36株(包括T1 22株、T2 10株、T3 5株、T4 1株),占9.72%;H(Haarlem)家族4株,占1.02%;另有14株(3.58%)为New Found型,北京家族菌株对一线药物总的耐药率为23.14%(78/337),非北京家族菌株为27.78%(15/54),经卡方检验两者间的差异无统计学意义(P0.05)。结论安徽省结核分枝杆菌存在明显的基因多态性,主要流行型为北京家族,北京家族与耐药无明显相关性。     

47株结核分枝杆菌利福平耐药决定区基因突变特征的研究

目的了解吉林省结核分枝杆菌的利福平耐药决定区(RRDR)基因突变特征。方法结核分枝杆菌(MTB)分离自2008-2009年吉林省临床肺结核病人的痰液标本,培养方法为改良酸性罗氏(L-J)培养基。分离出的抗酸杆菌经对硝基苯甲酸(PNB)培养基初步鉴定后选出结核分枝杆菌复合群并应用比例法进行药敏试验(DST)。根据DST结果,选择22株利福平耐药株、22株利福平敏感株以及3株临界值标本进行聚合酶链式反应(PCR)扩增rpoB中包含RRDR在内的部分基因,阳性DNA片段通过基因测序以及Bioedit软件分析方法比对基因突变情况。结果 22株利福平耐药株中,16株同时对异烟肼耐药;22株利福平敏感株中,1株异烟肼耐药。利福平耐药菌株中,95%(21/22)的菌株在利福平耐药决定区RRDR发生了基因突变,其中第531位密码子突变频率占50%,第526位占27%,第533位占9%,第516位及513位均为4.5%;22株利福平敏感株中,RRDR区全部无基因突变发生;3株临界值标本中,1株在第531位密码子发生了基因突变,1株在533位发生基因突变,最后1株无突变。结论 RRDR区点突变的发生与利福平耐药高度一致;异烟肼耐药与利福平耐药高度相关。     

江苏农村地区结核杆菌基因分型及耐药性分析

目的 研究江苏省农村地区分离的结核分枝杆菌基因多态性,从而了解菌株基因型与耐药之间的相关性。方法 采用罗氏培养基分离来自结核病患者痰标本中的结核分枝杆菌,进行间隔区寡核苷酸分型(spacer oligonucleotide typing,Spoligotyping)和比例法进行4种一线抗结核药物的药敏试验。经统计学分析,P<0.05为差异具有统计学意义。结果 547株结核分枝杆菌的Spoligotyping分型结果通过与SpolDB4.0数据库比对后显示,试验菌株被分为18个簇,57个基因型,以北京基因型菌株为主,占79.89%,非北京家族菌株包括T(T1、T2)、U、H、 MANU2、LAM10-CAM和CAS-DELH1等型别,各占11.15%、0.91%、0.37%、0.91%、0.18%和0.18%,以及26个型别(35株菌)为“新型”。药敏试验发现,总耐药率为21.94%,耐多药率为7.68%;单药耐药中,主要以链霉素和异烟肼耐药为主。经χ2检验和Fisher确切概率法分析发现,北京基因型与非北京基因型菌株的耐多药性方面差异具有显著统计学意义。结论 江苏省农村分离的结核分枝杆菌具有明显的基因多态性,北京基因型为主要流行型,并且北京家族菌株与耐多药之间具有一定的相关性。     

Xpert MTB/RIF检测技术用于耐多药结核分枝杆菌利福平耐药检测分析

目的了解利福平耐药实时荧光定量核酸扩增检测技术(Xpert MTB/RIF)用于福建省耐多药结核病(MDRTB)利福平耐药检测的可行性。方法对来源于福建省结核病耐药性监测30个监测点纳入的79株耐多药和40株全敏感结核分枝杆菌分离菌株进行Xpert MTB/RIF检测,同时用PCR测序验证是否存在利福平耐药位点突变。结果119株菌Xpert MTB/RIF检测结果均为结核分枝杆菌。以比例法药物敏感试验结果作为对照,Xpert MTB/RIF检测MDR结核分枝杆菌利福平耐药的敏感度为97.47%(77/79),特异度为100.00%(40/40),Xpert MTB/RIF检测结果与PCR测序结果的一致性达到100%。结论 Xpert MTB/RIF方法用于耐多药结核分枝杆菌利福平耐药检测的意义较大,可用于福建省MDR-TB的快速筛查。     

我国西部贵州地区结核分枝杆菌分子流行病学初步研究

目的 分析结核分枝杆菌临床分离株的基因型特征,估计结核分枝杆菌近期在人群中传播的情况。方法 在肺结核报告发病率高的4个县级结核病门诊收集临床分离结核菌株的相关信息,应用RD105缺失基因和MIRU-VNTR基因分型技术分析结核分枝杆菌DNA多态性。结果 273株结核菌株中49.1%的菌株属于北京基因型,15 MIRU-VNTR位点组合进行分析,273株结核菌株共被分为262种不同的基因型,其中独特型251株,占91.9%,其余22株（8.1%）菌株属于11个不同的基因型,菌株成簇率为8.1%。结论 15位点组合用于本次分子流行病学研究,能准确反映贵州地区结核分枝杆菌分子流行病学特征,贵州省4个县结核分枝杆菌菌株呈现较高的多态性,其中8.1%的患者是由于近期本地区传播造成。     

79株结核分枝杆菌临床分离株吡嗪酰胺耐药基因pncA突变分析

目的了解结核分枝杆菌临床分离株pnc A基因突变情况,研究吡嗪酰胺耐药与北京基因型以及pnc A基因突变之间的关系。方法对79株结核分枝杆菌临床分离株进行MGIT 960吡嗪酰胺药敏试验,北京基因型的鉴定,pnc A基因扩增和测序。结果 79株临床分离株中,吡嗪酰胺耐药39株,吡嗪酰胺敏感40株。北京基因型在PZA耐药株、PZA敏感株中的比例分别为94.9%(37/39)、92.5%(37/40),差异无统计学意义(χ2=0.22,P=0.64)。40株吡嗪酰胺敏感株均未发生pnc A基因突变,39株吡嗪酰胺耐药株中有31株发生突变,突变率为79.5%(31/39)。耐药株中的pnc A基因突变率高于敏感株,差异有统计学意义(χ2=52.33,P=0.00)。吡嗪酰胺耐药株中共发现26种突变类型。结论结核分枝杆菌耐吡嗪酰胺主要机制之一为pnc A基因突变。北京基因型可能与吡嗪酰胺耐药无关。     

结核分枝杆菌传播的分子流行病学特征

目的探讨结核分枝杆菌传播的基因型特征及其对于耐药结核菌近期传播的影响。方法选取13个社区作为监测点,应用分枝杆菌散在重复单位(MIRU)技术分析结核分枝杆菌DNA多态性。结果 558株结核分枝杆菌的12个MIRU位点检测产生143个基因型,其中成簇基因型66个,成簇率86.2%;74.6%的菌株属于北京家族,177个菌株(31.7%)属于山东基因型;耐多药菌株的近期感染估计值(46.7%)明显低于全敏感菌株(72.7%)。结论山东基因型菌株具有较强的在人群中传播的能力、较高的耐药性以及对抗督导化疗的能力;利用基因分型技术开展结核病监测可以有效促进结核病控制工作。     

龙岩市308株分枝杆菌鉴定及药敏试验结果

目的了解龙岩市结核病耐药情况,为临床诊治提供依据。方法对2015年1月至2016年6月结核病定点医院采集、改良性酸性罗氏培养基培养的308株分枝杆菌进行菌种鉴定及药敏试验,分析耐药情况。结果 308株分枝杆菌标本中,结核分枝杆菌占95.5%(294/308),非结核分枝杆菌占4.5%(14/308)。非结核分枝杆菌对一、二线抗结核药的耐药率均为100.0%(14/14),结核分枝杆菌分别为19.4%(57/294)和12.9%(38/294);非结核分枝杆菌的耐多药率78.6%(11/14),高于结核分枝杆菌的7.8%(23/294);广泛耐药率78.6%(11/14),也高于结核分枝杆菌的3.4%(10/294)。结论对结核病患者进行痰培养、菌种鉴定和药敏试验非常必要,可为结核病非结核分枝杆菌病的临床诊治提供更为合理的方案。     

南平市219株分枝杆菌药敏试验结果分析

目的分析南平市分离的219株结核分枝杆菌(MTB)对常用抗结核药物的耐药情况,为结核病治疗和耐药结核病的控制提供依据。方法收集南平市2016—2018年各结核病定点医院219株临床分离的MTB,用比例法对一二线9种抗结核药物链霉素(S)、异烟肼(H)、利福平(R)、乙胺丁醇(E)、氧氟沙星(Ofx)、卡那霉素(Km)、对氨基水杨酸(PAS)、卷曲霉素(CPM)和丙硫乙烟胺(TH1321)进行药敏试验及菌种鉴定。结果 219株中结核分枝杆菌复合群(MTBC)195株(89.0%)、非结核分枝杆菌(NTM)24株(11.0%)。MTB 195株总耐药率27.2%(53/195),其中单耐药率9.7%(19/195)、耐多药率6.7%(13/195)、多耐药率5.1%(10/195)、广泛耐药率0.5%(1/195)。9种抗结核药物耐药率顺位从高到低依次为:R(11.8%)、S(11.3%)、H(10.8%)、Ofx(7.7%)、PAS(3.1%)、CPM(2.6%)、Km (2.1%)、E(1.0%)和TH1321(1.0%)。NTM检出率为11.0%(24/219),其中延平区检出率最高(5.0%,11株)。结论南平市肺结核患者耐药情况不容乐观,应加强耐药监测,按药敏试验结果制定有效的治疗方案。