基于网络药理学和分子对接的鼓槌石斛素治疗宫颈癌作用机制探讨及实验验证

目的 采用网络药理学和分子对接方法,探究鼓槌石斛素治疗宫颈癌的作用机制并进行体外实验验证。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、PharmMaper和SwissTarget Prediction平台获得鼓槌石斛素的预测靶点;在GeneCards、TTD、OMIM、Disgenet、Drugbank疾病数据库筛选宫颈癌的潜在靶点;使用R软件Venn包获取鼓槌石斛素与宫颈癌的交集靶点基因,利用STRING网站与Cytoscape软件获取蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,筛得核心靶点,进行基因本体(GO)和京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集分析;运用Autodock Vina 1.1.2软件和Pymol软件进行鼓槌石斛素和核心靶点之间的分子对接和可视化分析。体外培养宫颈癌SiHa细胞,用0、50、100 μmol·L^-1鼓槌石斛素处理细胞,采用MTT法、Transwell实验分别检测鼓槌石斛素对细胞增殖、迁移和侵袭的影响,Western blotting检测鼓槌石斛素对PI3K/Akt/mTOR信号通路中p-PI3K、PI3K、p-Akt、Akt、mTOR关键蛋白的调控作用。结果 共得到79个鼓槌石斛素调控宫颈癌的潜在交集靶点,按照网络拓扑分析中的度(degree)值筛选出HSP90AA1、ESR1、PIK3CA、mTOR、MAPK1、ABL1、PARP1等多个核心靶点;KEGG富集筛选出PI3K/Akt、Focal adhesion、细胞衰老、催乳素等30条信号通路;分子对接结果显示,其中靶蛋白HSP90AA1、ESR1、PIK3CA、mTOR、MAPK1与鼓槌石斛素结合能绝对值较高,说明可能是鼓槌石斛素治疗宫颈癌的作用位点。细胞实验验证表明,鼓槌石斛素处理SiHa细胞后,SiHa细胞增殖明显减少(P<0.01),且与鼓槌石斛素的浓度呈现负相关,同时SiHa细胞的迁移和侵袭能力下降。鼓槌石斛素处理SiHa细胞后,细胞中p-PI3K、Akt、p-Akt表达及p-PI3K/PI3K和p-Akt/Akt下调(P<0.05)。结论 鼓槌石斛素可通过多靶点、多通路发挥治疗宫颈癌的作用,鼓槌石斛素可能通过抑制PI3K/Akt/mTOR信号通路的表达来影响宫颈癌细胞的增殖、迁移和侵袭。     

基于网络药理学和分子对接技术研究槲皮素治疗宫腔黏连的作用机制

目的 利用网络药理学和分子对接技术研究槲皮素治疗宫腔黏连的潜在作用机制。方法 在TCMSP数据库查找槲皮素的作用靶点,通过GeneCards、OMIM、DrugBank和PharmGKB数据库,获取宫腔黏连的相关靶基因。取两者交集靶点,利用STRING数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用网络,并根据拓扑参数分析得到核心靶点。利用Metascape平台及微生信平台对核心靶点进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,最后利用分子对接技术验证槲皮素与核心靶点之间的结合能力。结果 槲皮素与宫腔黏连的共同靶点有105个,其中核心靶点为低氧诱导因子-1α（HIF-1α）、蛋白激酶B1（Akt1）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）、转录因子AP-1（JUN）等。槲皮素治疗宫腔黏连所涉及的主要生物学过程为对细菌源性反应、对脂多糖的反应、氧化应激及活性氧代谢过程等,关键通路为磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）/Akt信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白细胞介素-17（IL-17）信号通路等。分子对接结果显示槲皮素与HIF-1α分子对接效果最好。结论 槲皮素通过作用于HIF-1α、Akt1、MAPK1等关键靶点,参与PI3K/Akt、TNF、IL-17等信号通路的调控,抑制炎症反应及氧化应激,从而发挥治疗宫腔黏连的作用。     

基于网络药理学的黄瑞香抗胃癌作用机制探讨及实验验证

目的 采用网络药理学方法预测黄瑞香发挥抗胃癌作用的潜在机制,并通过体外细胞实验进行初步验证。方法 利用中药系统药理学数据库和分析平台（TCMSP）筛选黄瑞香的有效成分,通过Swiss Target Prediction数据库和PharmMapper数据库筛选获得黄瑞香活性成分的相关靶点。通过GeneCards及DisGeNET数据库检索获得胃癌疾病相关靶点。利用Cytoscape软件构建黄瑞香活性成分-靶点网络;通过STRING、Metascape数据库对成分和胃癌疾病交集靶点进行蛋白质相互作用（PPI）网络和基因本体（GO）注释及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。采用MTT实验考察黄瑞香异戊烯基黄酮成分构树黄酮醇F（broussoflavonol F）、daphnegiravone D、daphgiflavone C体外对胃癌MGC803细胞生长的影响,采用实时荧光定量PCR方法检测这3种异戊烯基黄酮类化合物作用48h后胃癌MGC803细胞表皮生长因子受体（EGFR）、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）和蛋白激酶B（Akt）基因的表达。结果 筛选得到黄瑞香70个活性成分,黄瑞香作用于胃癌的42个相关靶点,其中表皮生长因子受体（EGFR）、鼠肉瘤病毒癌基因同源物B1（BRAF）、Ⅰ类磷脂酰肌醇-3激酶催化亚基α（PIK3CA）、酪氨酸激酶（MET）以及丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）等为核心靶点。KEGG富集分析发现黄瑞香作用于胃癌主要富集在癌症、PI3K/Akt以及丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）等通路中。活性测试结果发现,异戊烯基黄酮成分构树黄酮醇F、daphnegiravone D、daphgiflavone C对胃癌MGC803细胞生长具有较好的抑制作用。同时,与对照组比较,构树黄酮醇F、daphnegiravone D、daphgiflavone C可显著抑制胃癌MGC803细胞EGFR、PI3K和Akt基因的表达（P＜0.05、0.01、0.001）。结论 黄瑞香可能以异戊烯基黄酮为主要的抗胃癌活性成分,以EGFR、BRAF、PIKC3A、MET等蛋白为核心作用靶点,主要经I3K/Akt以及MAPK等相关信号通路发挥治疗胃癌的作用。     

基于网络药理学和实验验证探讨胃复方对胃癌的效应及作用机制★

目的 基于网络药理学探究胃复方治疗胃癌的作用机制。方法 应用中药系统药理学数据库及分析平台、DrugBank、GeneCards等数据库检索胃复方所含12味中药的有效化学成分及治疗胃癌的潜在靶点，将潜在靶点导入DAVID数据库进行基因本体论（GO）及京都基因与基因组百科全书（KEGG）分析，筛选出潜在的生物过程和涉及的信号通路。采用CCK-8及Western blotting对KEGG分析富集程度最大的信号通路进行验证。结果 胃复方治疗胃癌可能涉及以槲皮素、木樨草素为代表的88种有效活性成分，可能作用于以TP53、STAT3、Akt为代表的194个靶点。GO分析涉及148个生物过程，KEGG分析筛选出PI3K/Akt、TNF、HIF-1等信号通路。体外实验证实胃复方提取物可抑制人胃癌细胞HGC-27增殖，降低其p-PI3K、PI3K、p-Akt、Akt蛋白表达水平；而对于人正常胃黏膜上皮细胞GES-1，胃复方提取物可促进其增殖，上调其p-PI3K、PI3K、p-Akt、Akt蛋白表达。结论 本研究初步预测了胃复方治疗胃癌“中药-多成分-多靶点-多通路”的调控网络，并验证了胃复方提取物可能通过抑制PI3K/Akt信号通路相关蛋白的表达发挥抑制胃癌细胞增殖的作用，证明了网络药理学技术挖掘胃复方具有一定的可信度，但同时兼有不全面性，为进一步探索胃复方的作用机制奠定了基础。     

基于网络药理学和实验验证的黄芪六一汤药效组分促肾小管上皮细胞自噬抗糖尿病肾病的机制研究

目的 通过网络药理学分析及相关的动物实验探讨黄芪六一汤药效组分（HQD）调控肾小管上皮细胞自噬水平抗糖尿病肾病（DN）的机制。方法 采用 DN 大鼠模型考察 HQD 抗 DN 的作用。利用 SwissTargetPrediction 数据库获得 HQD 主要入血成分的相关靶点,并与 GeneCard、DisGeNET 和 OMIM 数据库中筛选的疾病靶点取交集;利用 STRING 数据库和Cytoscape 构建蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络获得核心靶点;采用 Metascape 数据库对交集靶点进行基因本体（GO）注释及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。利用 DN 大鼠模型对预测结果进行验证。结果 与对照组比较,HQD 能显著降低 DN 模型大鼠血糖（FBG）、血肌酐（Scr）、尿素氮（BUN）、总胆固醇（TC）、三酰甘油（TG）、低密度脂蛋白（LDL）、24 h 尿白蛋白（24 h-U-Alb）值（P＜0.05）,抑制肾组织细胞凋亡（P＜0.05）。网络药理学研究显示 HQD 主要通过 STAT3、EGFR、VEGFA、JUN、TNF、AKT1、CASP3、mTOR、IL2 等关键靶点,作用于癌症通路、癌症中的蛋白多糖、PI3K-Akt 信号通路、MAPK 等信号通路;动物验证实验显示 HQD 能下调 PI3K/Akt/mTOR 信号通路相关蛋白的表达,上调肾脏组织自噬相关蛋白 Beclin-1、LC3Ⅱ/Ⅰ的表达（P＜0.05）,增加肾小管上皮细胞自噬体及自噬溶酶体数量。结论 HQD 抗 DN 的分子机制可能与抑制 PI3K/Akt/mTOR 信号通路激活,促进肾小管上皮细胞自噬水平,抑制细胞凋亡,减轻肾小管上皮细胞损伤有关。     

基于网络药理学和实验验证探究白藜芦醇治疗糖尿病视网膜病变的作用机制

目的 采用网络药理学的方法探讨白藜芦醇在糖尿病视网膜病变治疗中的潜在机制,为白藜芦醇防治糖尿病视网膜病变提供理论依据。方法 使用CTD、DGIdb、Drugbank、Swiss Target Prediction、TCMSP数据库获得白藜芦醇的作用靶点。从GeneCard、DisGeNET、OMIM、DrugBank数据库获得糖尿病视网膜病变疾病相关靶点。使用Venn图取交集即为白藜芦醇抗糖尿病视网膜病变作用靶点。将白藜芦醇抗糖尿病视网膜病变靶点蛋白上传至String数据库,将所得数据导入Cytoscape 3.7.1,构建白藜芦醇抗糖尿病视网膜病变靶点蛋白的蛋白互作（PPI）网络,并筛选出核心作用靶点。使用DAVID数据库对白藜芦醇抗糖尿病视网膜病变靶点基因进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。对核心作用靶点与白藜芦醇结合力进行分子对接验证。利用细胞活力实验观察白藜芦醇对高糖作用下的人视网膜血管内皮细胞（HRCECs）细胞增殖的影响;检测不同浓度（40、80、160 μmol/L）白藜芦醇对高糖作用下HRCECs细胞STAT3、VEGFA、TNF mRNA表达的影响。结果 共获得白藜芦醇抗糖尿病视网膜病变作用靶点130个,并筛选出核心靶基因10个。KEGG途径分析富集的信号通路包括TNF信号通路、HIF-1信号通路、FoxO信号通路等。分子对接显示,核心靶基因AKT1、IL-6、TNF、VEGFA、IL-1B、MAPK3、EGFR、JUN、STAT3及CASP3与白藜芦醇亲和力较好,尤其与STAT3、VEGFA和TNF具有强烈的结合活性。细胞实验显示,与模型组相比,白藜芦醇能明显抑制高糖作用下HRCECs的细胞增殖能力（P＜0.05、0.01）。同时能明显降低高糖作用下HRCECs细胞STAT3、VEGFA、TNF mRNA表达（P＜0.05、0.01）。结论 白藜芦醇治疗糖尿病视网膜病变具有多靶点、多途径的特点。白藜芦醇可能通过作用于VEGFA、AKT1、CASP3、IL-6、STAT3、EGFR、TNF、和MAPK3等核心靶点基因,影响TNF信号通路和HIF信号通路等发挥对糖尿病视网膜病变的治疗作用。     

基于“网络药理学-分子对接-实验验证”的儿童清咽解热口服液抗上呼吸道感染的分子机制研究

目的 探讨儿童清咽解热口服液治疗上呼吸道感染的潜在机制。方法 分别从TCMSP和Swiss Target Prediction数据库中提取儿童清咽解热口服液组方药物的潜在生物活性成分和相应的靶点,疾病靶点从GeneCards数据库中获取。通过Cytoscape软件构建"中药材-化合物-靶点"网络,并通过STRING web平台分析蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络。在DAVID平台上进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）功能富集分析,利用Maestro软件进行分子对接。采用RAW264.7细胞进行体外Western blottitng和免疫荧光实验验证。结果 共筛选儿童清咽解热口服液组方药材含有的41种有效化合物,177种成分和疾病的共同靶点。其中,黄芩苷、柴胡皂苷、槲皮素、鱼腥草素等是重要的活性化合物。PI3K、Akt、EGFR、MAPK3、GRB2、PIK3R1等是关键靶点。PI3K/Akt信号通路、HIF-1信号通路和FOXO信号通路被认为是3条重要的信号通路。相关成分、靶点和通路与抗炎、抗病毒和免疫调节有关。分子对接结果提示,筛选的12个关键靶点可与大多数主要活性化合物紧密结合。Western blotting和免疫荧光实验结果显示,儿童清咽解热口服液可以抑制PI3K和Akt的蛋白表达,与网络药理学的预测结果一致。结论 儿童清咽解热口服液主要通过调节PI3K/Akt等信号通路发挥治疗儿童急性上呼吸道感染的作用。     

地菍总黄酮抗2型糖尿病作用机制的网络药理学研究及实验验证

目的 利用网络药理学方法研究地菍总黄酮抗2型糖尿病的作用机制，通过动物实验对靶点进行验证。方法 通过文献检索收集地菍总黄酮的化学成分，并在Swiss Target Prediction平台进行筛选；依据Swiss Target Prediction、GeneCards、TTD、DrugBank数据库预测和筛选地菍总黄酮成分治疗2型糖尿病的作用靶点；由Cytoscape 3.7.1构建“成分–疾病–靶点”网络；String数据库构建靶点蛋白相互作用（PPI）网络；R语言对靶点基因进行基因本体（GO）富集分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。以高脂饮食诱导和ip链脲佐菌素（STZ）方法构建2型糖尿病模型大鼠，将2型糖尿病模型造模成功的40只大鼠随机分成模型组，二甲双胍组（0.2 g/kg）组，地菍总黄酮（0.34、0.45、0.60 g/kg）组，每组8只，继续提供高脂饲料喂养，另设对照组。各组每天ig相应药物，1次/d，对照组和模型组ig 0.5% CMC-Na溶液，连续给药5周。记录大鼠体质量、饮水量和摄食量，检测大鼠血糖及血脂的相关指标，运用qPCR法检测地菍总黄酮对2型糖尿病大鼠肝组织中磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）、蛋白激酶B（Akt）、腺苷酸活化蛋白激酶（AMPK）作用靶点的调控作用。Western blotting法检测各组大鼠肝脏中Akt、AMPK、固醇调节元件结合蛋白-1C（SREBP-1C）的蛋白相对表达量。结果 从地菍总黄酮成分中筛选得到槲皮素、芹菜素、柚皮素等8种活性成分，作用于98个2型糖尿病靶点，GO功能与KEGG富集分析表明，地菍总黄酮抗糖尿病主要通过调节PI3K/Akt信号通路、AMPK相关信号通路等来发挥抗2型糖尿病的作用。动物实验证实，地菍总黄酮可降低2型糖尿病大鼠的空腹血糖（FBG），抑制血脂升高，上调2型糖尿病大鼠肝脏PI3K、Akt、AMPK mRNA表达，显著增加Akt、AMPK蛋白表达含量，降低SREBP-1C蛋白表达含量（P＜0.01、0.05），对糖、脂代谢紊乱均具有改善作用，具有良好的抗2型糖尿病作用。结论 验证了地菍总黄酮多成分、多靶点、多途径治疗2型糖尿病的特点，其抗糖尿病的作用机制可能与调节PI3K、Akt、AMPK、SREBP-1C靶点的表达水平，从而改善糖脂代谢紊乱有关，为后续更进一步研究作用机制提供参考。     

抗衰老片治疗2型糖尿病能量代谢的网络药理学分析及实验验证

目的 基于网络药理学和体内实验探究抗衰老片治疗2型糖尿病（type 2 diabetes mellitus,T2DM）能量代谢的作用机制。方法 通过TCMSP筛选抗衰老片中药材的主要化学成分及其靶点,并通过文献调研、Pubchem对抗衰老片中药材的主要成分进行补充,经SwissTargetPrediction数据库预测靶点;通过GeneCards、OMIM数据库获取T2DM、能量代谢相关靶点;通过Venny 2.1.0平台获得抗衰老片与T2DM、能量代谢的共同靶点;基于STRING数据库和Cytoscape 3.8.0软件构建药物与疾病共同靶点的蛋白互作网络图;基于R语言进行GO和KEGG富集分析;通过ELISA、Western Blot法验证抗衰老片对T2DM大鼠能量代谢的作用。结果 筛选出抗衰老片223个活性成分和1 232个靶点,T2DM靶点10 871个,能量代谢相关靶点9013个;抗衰老片、T2DM和能量代谢的共同靶点625个。关键靶点在KEGG富集分析主要涉及MAPK、PI3K/Akt、JAK/STAT等信号通路。实验结果表明,与模型组相比,抗衰老片能显著降低T2DM大鼠血糖水平,改善能量代谢相关指标含量,显著上调PI3K/Akt蛋白的磷酸化水平（P<0.05）。结论 抗衰老片可调节T2DM能量代谢,其作用机制可能与PI3K/Akt信号通路相关。     

基于网络药理学探讨黄连温胆汤治疗心律失常的机制

目的 通过网络药理学探讨黄连温胆汤治疗心律失常的机制。方法 通过TCMSP平台收集黄连温胆汤相关药物的有效成分及作用靶点;经过UniProt获取标准蛋白名并转换靶点基因名;使用DIGSEE、OMIN、Drugbank等数据库收集心律失常疾病基因靶点,合并后去重与复方中药靶点取交集;使用String数据库绘制蛋白相互作用（PPI）网络,使用Cytoscape 3.9.1经过拓扑分析获取核心靶点;使用R语言进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）及基因本体（GO）富集分析并对排名靠前的通路进行可视化处理;对KEGG排名靠前的通路使用Cytoscape 3.9.1构建中药成分–靶点–通路图。结果 通过拓扑分析得到表皮生长因子受体（EGFR）、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）1、MAPK3、信号转导和转录激活因子3（STAT3）、CAMP反应性元素结合蛋白1（CREB1）、雌激素受体（ESR1）等19个核心靶点;通过KEGG富集分析共得到186条信号通路,黄连温胆汤可能通过晚期搪基化终产物及其受体（AGE-RAGE）、磷脂酰肌醇3-激酶（phosphatidylinositol-3-kinase,PI3K）/蛋白激酶B（protein kinase B,Akt）、MAPK等信号通路对心律失常起治疗作用。结论 黄连温胆汤可通过多种目标基因、分子通路治疗心律失常。     

基于网络药理学和分子对接探讨木糖-邻苯三酚结合物对脓毒症相关急性肾损伤的作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术探究木糖-邻苯三酚结合物（XP）改善脓毒症相关急性肾损伤的潜在靶点,并采用动物实验验证其作用机制。方法 通过Swiss Target Prediction和PharmMapper数据库筛选XP的作用靶点,GeneCards、DrugBank、OMIM数据库检索脓毒症相关急性肾损伤的疾病靶点,将药物靶点与疾病靶点取交集获得潜在靶点。利用DAVID平台对潜在靶点进行基因本体（GO）、京都基因和基因组百科全书（KEGG）富集分析;采用Cytoscape 3.9.1软件绘制抗氧化剂XP改善脂多糖致脓毒症相关急性肾损伤的蛋白相互作用（PPI）网络图,选取degree值排名前10位的核心靶点和抗氧化剂XP作为受体蛋白和配体小分子,使用Schrödinger软件包进行受体和配体的分子对接,并开展核心靶点相关生物学通路的验证实验。结果 共筛选得到XP改善脂多糖致脓毒症相关急性肾损伤的作用靶点111个,其中核心靶点为白蛋白（ALB）、蛋白激酶B1（Akt1）、甘油醛-3-磷酸脱氢酶（GAPDH）、半胱氨酸蛋白水解酶3（CASP3）、酪氨酸激酶C（SRC）、雌激素受体1（ESR1）、90kDa热休克蛋白αA1（HSP90AA1）、V-Ha-Ras肉瘤病毒癌基因同源物（HRAS）、细胞周期素D1（CCND1）、丝裂原活化蛋白激酶1（MAPK1）。GO富集分析筛选出生物过程271条,细胞组成60条,分子功能100条;KEGG富集到生物学通路119条;分子对接结果显示XP与核心靶点均能够较好的结合。实验结果表明,XP可以显著改善脂多糖致脓毒症相关急性肾损伤的肾功能指标升高和肾组织病理损伤,其作用机制与上调肾脏组织中p-磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）和p-Akt蛋白的表达相关。结论 XP可通过激活PI3K/Akt信号通路,减轻脓毒症相关急性肾损伤。     

基于网络药理学和体外实验探讨淫羊藿素治疗多发性骨髓瘤的作用机制

目的 通过网络药理学、分子对接和体外实验探讨淫羊藿素治疗多发性骨髓瘤的作用机制。方法 利用Pharm Mapper、SEA、SwissTargetPrediction数据库收集淫羊藿素的作用靶点,通过DisGeNET、GeneCards、MalaCards数据库收集多发性骨髓瘤的疾病靶点。利用Venn分析获得作用靶点与疾病靶点的共有靶点并导入STRING数据库分析靶点间相互作用关系,再通过Cytoscape软件构建淫羊藿素与抗多发性骨髓瘤潜在作用靶点的可视化关系网络,然后对潜在作用靶点进行基因本体(GO)功能富集分析和和京都基因和基因组百科全书(KEGG)富集分析,并对关键靶点进行分子对接验证。进一步对人多发性骨髓瘤U266细胞开展体外实验,CCK-8法检测淫羊藿素对U266细胞增殖的影响,q PCR和Western blotting检测淫羊藿素对关键通路中相关基因、蛋白表达的影响。结果 筛选得到淫羊藿素治疗多发性骨髓瘤的潜在作用靶点143个,其中的重要作用靶点主要有蛋白激酶B1(Akt1)、白蛋白(ALB)、连环蛋白β1(CTNNB1)、热休克蛋白90α家族A类成员1(HSP90AA...     

基于网络药理学和生物信息学方法的白藜芦醇治疗三阴性乳腺癌的机制研究

目的 探索白芦藜醇抗三阴性乳腺癌（Triple Negative Breast Cancer, TNBC）的潜在作用机制。方法 利用PharmMapper、SwissTargetPrediction、SuperPred、DrugBank数据库,筛选整合白芦藜醇的可能作用靶点。与CTD、DisGeNET、MalaCards数据库中筛选得到的TNBC靶点相映射后得到白芦藜醇抗TNBC的可能作用靶点。利用DAVID数据库对得到的靶点进行基因功能和通路注释分析,利用STRING数据库和Cytoscape软件构建靶点间的蛋白互作网络,筛选出核心靶点及核心模块。结果 共筛选得到422个白芦藜醇的可能作用靶点,1799个TNBC相关靶点,映射后共得到白芦藜醇治疗TNBC的潜在作用靶点130个,并从中进一步筛选出了10个核心基因（MAPK1,MAPK3,TP53,SRC,PIK3CA,AKT1,PIK3R1,MAPK8,PTPN11,JAK2）,KEGG通路富集提示核心基因主要涉及PI3K-Akt等信号通路。结论 白芦藜醇可能是通过靶向作用于多个靶点及通路,形成相互协调的作用网络从而发挥抗TNBC作用,其中PI3K/Akt通路可能发挥重要作用,为白芦藜醇在TNBC治疗方面的进一步研究提供参考。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨黄芩治疗糖尿病心肌病的作用机制

目的 运用网络药理学方法和分子对接技术探讨黄芩抗糖尿病心肌病的活性成分及潜在的作用机制,为后续开展实验研究提供生物信息学基础。方法 通过TCMSP数据库及Swiss Target Prediction数据搜集黄芩活性成分与靶点;采用GeneCards、OMIM数据库查找糖尿病心肌病相关靶点;利用Venny 2.1.0获取药物和糖尿病心肌病的交集靶点;借助String平台和Cytoscape 3.9.0软件拓扑分析并筛选出核心成分及靶点;利用DAVID数据库进行黄芩治疗糖尿病心肌病靶点基因本体（GO）分析和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;采用AutoDock 1.5.7和PyMOL 2.4.1软件进行分子对接及可视化作图。结果 共筛选出36个黄芩活性成分,与糖尿病心肌病的151个交集靶点。GO富集分析得到775条生物过程,167条分子功能,86条细胞组分;KEGG通路分析得到169条,其中晚期糖基化终末产物及其受体（AGE-RAGE）、磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）-蛋白激酶B(Akt)、丝裂原活化蛋白激酶（MAPK）、肿瘤坏死因子（TNF）、低氧诱导因子-1(HIF-1)是较...     

基于多数据平台探讨桂枝茯苓丸对乳腺癌的干预机制

目的 利用多数据平台与生物信息分析技术探讨桂枝茯苓丸对乳腺癌的干预机制,并通过细胞试验对分析结果进行验证。方法 从GEO数据库下载乳腺癌相关数据集,分析乳腺癌差异基因;从TCMSP数据库中筛选出桂枝茯苓丸的主要有效成分及作用靶基因;2组靶基因映射出桂枝茯苓丸治疗乳腺癌的关键靶基因。通过TCGA数据平台分析关键靶基因在乳腺癌中的表达,并通过TIMER、CPTAC Data Portal、Kaplan-Meier plotter、TISIDB、SangerBox等数据平台分析该表达与乳腺癌免疫微环境、免疫浸润水平、基因组异质性、免疫亚型和分子亚型以及不良预后的关系。通过Metascape分析平台对关键靶基因进行KEGG通路富集,寻找可能信号通路。最后采用血清药理学方法通过CCK-8试验、细胞划痕试验、Transwell小室试验及Westernblotting技术在体外对分析结果进行验证。结果 桂枝茯苓丸中有效成分42个,对应靶点185个,与GEO数据库映射得到与乳腺癌治疗相关的关键靶点14个,经与TCGA中乳腺癌差异基因比对,得到桂枝茯苓丸治疗乳腺癌的6个关键靶基因。这6个靶基因表达与乳腺...     

基于网络药理学和分子对接探讨复方风湿宁片治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 采用网络药理学联合分子对接技术探讨复方风湿宁片治疗类风湿性关节炎的作用机制。方法 通过TCMSP、BATMAN-TCM、Swiss TargetPrediction数据库及文献报道收集复方风湿宁片的活性化学成分靶点,并使用GeneCards数据库检索类风湿关节炎的疾病靶点,将两者取交集,并通过绘制“复方风湿宁片–活性成分–靶点–通路–类风湿关节炎”网络图。对复方风湿宁片中的活性成分与类风湿关节炎靶点进行分子对接。结果 通过网络药理学分析得到复方风湿宁片中有34种活性化学成分,对应1059个靶点,与类风湿关节炎靶点交集356个。通过KEGG富集分析发现复方风湿宁片主要可能在肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、白细胞介素-17(IL-17)信号通路、Th17细胞分化、T细胞受体信号通路、Toll样受体（TLR）信号通路、核因子κB(NF-κB)信号通路、Th1和Th2细胞分化、Janus激酶（JAK）-信号传导和转录激活蛋白3(STAT3)信号通路、B细胞受体信号通路和类风湿性关节炎等通路上发挥治疗作用。蛋白激酶B(Akt1)、前列腺素内过氧化物酶2(PTGS2)、丝裂原活化蛋白激酶1(...     

基于网络药理学和分子对接探讨厚朴排气合剂治疗慢性便秘潜在作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术对厚朴排气合剂治疗慢性便秘的潜在作用机制进行研究。方法 通过TCMSP数据库及文献补充获得厚朴排气合剂活性成分及作用靶点,OMIM、GeneCards、TTD、DrugBank数据库检索慢性便秘疾病靶点,将成分靶点及疾病靶点取交集后获得潜在靶点。采用Metascape数据库,以P<0.05为筛选条件,进行基因本体（GO）功能及京都基因和基因组百科全书（KEGG）分析,并利用Autodock软件对关键作用靶点和活性成分进行分子对接。结果共获得56种活性成分,厚朴排气合剂治疗慢性便秘共有217个靶点,其中关键靶点为蛋白激酶B1(Akt1)、肿瘤蛋白p53(TP53)、白细胞介素-6(IL-6)、半胱氨酸蛋白水解酶3(CASP3)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、转录因子AP-1(JUN)、白细胞介素-1B(IL-1B)、MYC、表皮生长因子受体（EGFR）、丝裂原激活的蛋白激酶3(MAPK3)等。生物过程有5 880条富集结果,分子功能有1083条富集结果,细胞组成有540条富集结果;KEGG通路主要包括癌症相关通路、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）...     

基于网络药理学及分子对接探讨生姜治疗类风湿关节炎的作用机制

目的 基于网络药理学方法探讨生姜治疗类风湿关节炎（RA）的可能分子作用机制。方法 通过TCMSP平台筛选生姜主要活性成分，利用UniProt数据库将相应靶点蛋白名称进行转化为基因名，经Cytoscape 3.8.2软件构建网络图；在GeneCards数据库、OMIM数据库、TTD数据库中检索“rheumatoid arthritis”，获取RA疾病靶点，制作韦恩图获取生姜药物成分和RA共同靶点，并进行蛋白质相互作用（PPI）网络分析、基因本体论（GO）功能富集及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路分析。利用分子对接技术预测有效成分与靶点的潜在结合活性。结果 获取生姜5个成分及55个潜在靶点，RA疾病4 836个相关靶点，生姜与RA共同靶点26个，PPI网络中自由度靠前的3个靶点基因为前列素内环氧化物合成酶2（PTGS2）、转录因子AP-1（JUN）、半胱氨酸天冬氨酸蛋白酶-3（CASP3），GO功能富集分析和KEGG通路分析分别得到185个结果和59条信号通路。结论 生姜治疗RA具有多成分、多靶点效应，并涉及多条信号通路，这可能通过PTGS2、JUN、CASP3等靶点调控炎症反应、免疫调节作用治疗RA。