基于GEO数据库的结肠癌差异基因筛选及其生物信息学分析

目的:筛选结肠癌(Colorectal cancer,CRC)癌组织与正常癌旁组织之间差异表达基因(Differentially Expressed Genes,DEGs),分析结肠癌的发病机制和可能的生物标志物.方法:在基因表达综合数据库(Gene Expression Omnibus,GEO)中以colon ca...     

基于TCGA数据库的结直肠癌差异表达基因筛选及CCDC78新基因验证

目的:通过对癌症基因组图谱(TCGA)数据库中大样本结直肠癌组织基因表达谱RNA测序(RNA-Seq)数据进行生物信息学分析,挖掘与结直肠癌预后密切相关的新基因,并对筛选出的新基因进行验证和功能研究。方法:从TCGA数据库下载结直肠癌RNA-Seq数据筛选差异表达基因,采用R-survival包对差异表达基因进行生存分析,筛选出与结直肠癌预后相关的基因,并从中挑选尚未在肿瘤研究中报道的表达上调最显著的新基因进行验证。采用RT-qPCR检测新基因在人结肠癌细胞、人正常结肠上皮细胞、人结直肠癌组织及配对的癌旁组织中表达水平的变化。采用慢病毒载体构建稳定沉默新基因表达的结肠癌细胞,以转染阴性对照慢病毒的结肠癌细胞为对照,采用CCK-8和Transwell实验研究稳定沉默新基因表达对结肠癌细胞活力、迁移和侵袭的影响。结果:(1)筛选出结直肠癌差异表达基因4 017个,Kaplan-Meier生存分析显示69个基因与结直肠癌患者预后差密切相关(P<0. 01),其中表达上调基因36个,这36个基因中有11个尚未在肿瘤研究中被报道。(2)表达上调倍数前3位的基因为CCDC78、PGGHG及T...     

种植体周围炎炎性组织差异表达基因的筛选及验证

背景：种植体周围炎严重影响着口腔种植修复的成功,目前仍然没有有效的治愈方法,其发病机制也尚未阐明。目的：寻找种植体周围炎发生相关的核心差异表达基因,并进行实验验证。方法：利用生物信息技术从GEO数据库中筛选种植体周围炎牙龈和健康牙龈的差异表达基因,并对差异基因进行富集分析。利用String数据库构建蛋白互作网络,并使用cytoscape软件筛选关键基因,采用RT-PCR和免疫组化检测对关键基因C3AR1表达进行验证。采用RT-PCR法检测RAW264.7细胞破骨向分化后C3AR1 mRNA的表达水平。结果与结论：(1)将GSE33774数据集中种植体周围炎牙龈和健康牙龈的基因数据行差异分析,得到有意义的上调基因33个,下调基因17个,共50个差异表达基因;GO和KEGG结果显示差异表达基因主要富集在免疫受体活性、C-C趋化因子受体活性功能,以及破骨细胞分化相关信号通路上;(2)共筛选出C3AR1、CD14、TLR4、CCR1、CYBB和FCGR2A 6个关键基因,RT-PCR、免疫组化实验结果证实,C3AR1在种植体周围炎组织中表达上调,且C3AR1在巨噬细胞破骨向分化后表达上调;(3...     

基于生物信息学对扩张型心肌病与慢性心力衰竭共同生物标志物的预测*

目的：通过生物信息学的方法预测扩张型心肌病（DCM）与慢性心力衰竭（CHF）发病的共同生物标志物, 为临床上2 种疾病的发病及相关性奠定理论基础。方法：从Gene Expression Omnibus（GEO）数据库下载芯片数 据GSE3585,此为DCM和正常对照组原始数据,同时下载芯片数据GSE76701,此为CHF 和对照组原始数据。 通过R软件分析获得DCM和CHF 发病的差异表达基因,并获得2 种疾病发病的共同差异表达基因,进一步对共 同差异表达基因进行GO 和KEGG富集分析,构建差异表达基因的PPI 相互作用网络图,获得扩张型心肌病和心 衰发病的共同关键基因。结果：DCM的差异表达基因有240 个,其中141 个上调基因,99 个下调基因,CHF 的 差异表达基因有654 个,其中355 个上调基因,299 个下调基因。DCM和CHF 共同的差异表达基因有36 个,其中 19 个上调基因,17 个下调基因。GO 分析显示,差异表达基因主要集中在12 种不同的生理、病理过程中,KEGG 分析获得差异表达基因参与的主要信号通路为5 条,预测7 个关键差异表达基因,分别为：CD163、KYVE1、 MRC1、VSIG4、FCER1G、S100A9、F13A1。结论：该研究初步探讨了DCM与CHF 两种疾病发病分子机制, 获得了两种疾病发病的共同差异表达基因,仍需进一步的实验研究对基因的表达和临床病理特征的相关性进行验 证。     

基于GEO数据库筛选川崎病的差异表达基因及通路的研究

目的 应用生物信息学方法分析与川崎病发病可能相关的基因及蛋白信号通路。方法 从综合基因表达数据库中下载川崎病基因表达数据集GSE18606和GSE68004。利用GEO2R工具对数据集进行预处理,筛选差异基因,将两者进行交集,得到差异表达基因（DEGs）。利用R软件富集分析DEGs的生物学功能和信号通路,利用STRING数据库和cytoscape软件构建并改进蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络,在mirdip数据库中预测核心基因对应的靶miRNAs。结果 在GSE18606和GSE68004数据集中共筛选出269个DEGs;DEGs的生物学功能主要包括免疫反应、中性粒细胞活化、细胞因子产生的正向调控、免疫反应T细胞活化、分泌颗粒膜和葡萄糖结合免疫受体活性等;信号通路主要包括造血细胞系、白细胞内皮细胞迁移、Toll样受体信号通路、胰岛素信号通路和T细胞受体信号通路;PPI网络包含218个DEGs和674对互相作用关系,其中STAT3、FGR、IL7R、HOOK3、MAPK14、LILRB2、CD2、CSF3R、SOCS3、GZMA、H2AC20、GZMK、H2BC5、ITK共14个为网络中...     

BMI-1、C-myc在宫颈癌组织中的表达及与患者预后的关系研究

目的通过检测B细胞特异的莫罗尼白血病毒插入点1(BMI-1)、原癌基因(C-myc)在宫颈癌组织中的表达,分析其与宫颈癌患者预后之间的关系。方法选取2012年1月至2015年1月在我院收治的63例宫颈癌患者(宫颈癌组),42例宫颈上皮内瘤变患者(CIN组)、20例宫颈肥大患者(宫颈肥大组)为研究对象。免疫组化法及RT-PCR法检测BMI-1及C-myc水平,分析宫颈癌组织中BMI-1及C-myc阳性表达率与临床病理关系;检测宫颈组织中BMI-1及C-mycmiRNA表达,利用受试者工作特征曲线(ROC)分析BMI-1及C-mycmiRNA诊断患者预后的效能,并分析与患者预后的关系。结果BMI-1及C-myc在宫颈癌组织中表达明显高于CIN患者及宫颈肥大患者。CINI级组织BMI-1阳性率低于CINII级、III级(均P<0.05)。CINI级组织C-myc阳性表达率低于CINIII级(P<0.05)。BMI-1及C-myc均与分化程度、病理分级、淋巴转移、FiGO分期有关。宫颈癌组织中BMI-1及C-mycmiRNA表达明显高于CIN组织,两项指标诊断宫颈癌患者生存预后的价值均较高;BMI-1miRNA≥0.36的3年生存率明显低于BMI-1miRNA<0.36的患者3年生存率;C-mycmiRNA≥2.11的患者3年生存率显著低于C-mycmiRNA<2.11的患者3年生存率。结论BMI-1及C-myc参与宫颈癌的发生及发展,并且与宫颈癌患者预后存在联系。     

基于GEO数据库筛选多发性硬化症关键基因Kcnc1、Kcnc2的分析研究

目的:筛选多发性硬化症(MS)的关键基因,探讨其发病机制并寻找潜在的治疗靶点。方法:从基因芯片数据库(GEO)搜索MS在皮层的基因表达数据,并分析与正常皮层组织的差异表达基因(DEGs);利用DAVID在线软件对挑选出的DEGs进行GO富集分析。基于STRING数据库及Cytoscape软件构建蛋白-蛋白互作(PPI)网络,利用MCODE与Cytohubaa分析其关键基因簇并筛选出有交集的关键基因,最后在动物模型中加以验证。结果:共纳入两套MS基因芯片数据,选出有交集的DEGs 74个,其中上调基因2个,下调基因72个。DEGs GO富集分析发现钾离子跨膜转运等生物学过程与MS的发生发展相关。Cytoscape软件筛选出10个关键基因,从中选出Kcnc1、Kcnc2两个下调基因,并在小鼠EAE模型中得到验证。结论:利用生物信息学方法有效筛选出参与MS发生的Kcnc1、Kcnc2基因,为MS的治疗提供潜在的治疗靶点和策略。     

差异表达基因联合加权共表达网络分析筛选骨关节炎滑膜中的关键基因

背景:骨关节炎是一种常见的慢性退行性疾病,与年龄具有高度相关性,然而其具体的发病机制尚不明确,在早期诊断和治疗方面存在许多不足.目的:通过生物信息学方法筛选骨关节炎滑膜中的关键表达基因,为寻找诊断骨关节炎的生物标志物及阐明其潜在的发病机制奠定基础.方法:从GEO数据库下载4个骨关节炎滑膜数据集(GSE32317、GSE...     

LPT、阴道镜检查结合C-erbB2、nm23-H1表达早期诊断宫颈癌的临床研究

目的探讨LPT、阴道镜检查及C—erbB2、nm23-H1表达对宫颈癌（IC）早期诊断的意义。方法对392例可疑患者行LPT、阴道镜检查及定位活检；采用免疫组化法对检出的32例IC、70例宫颈上皮内瘤样变（CIN）和10例正常组织（NE）行C—erbB2、nm23-H1检测。结果140例LPT异常，占35．71．％；89例阴道镜检查异常，占22．70％；102例CINI以上，占26．02％。CINI以上组织中C—erbB2和nm23-H1表达依次增高，与NE比较有显著差异（P〈0．05）。结论LPT、阴道镜检查加定位活检结合C—erbB2及nm23-H1表达可早期诊断IC。     

lncRNA PSMA3-AS1 靶向 miR-3619-5p 调控宫颈癌 SiHa 细胞增殖、迁移及侵袭的分子机制研究

目的 探讨 lncRNA PSMA3-AS1 调控宫颈癌细胞增殖、 迁移及侵袭的分子机制。 方法 收集 2020 年 3 月至 2021 年 6 月西安医学院第二附属医院收治的 42 例宫颈癌患者的癌组织及其癌旁组织标本, 采用 qRT-PCR 法检测宫颈癌组织、 癌旁组织、 人宫颈上皮永生化细胞 H8、 与人宫颈癌细胞系 SiHa、 HeLa、 Caski 中 lncRNA PSMA3-AS1、 miR-3619-5p 的表达量; 以 SiHa 细胞为研究对象, 分组为: si-NC 组、 si-lncRNA PSMA3-AS1 组、 miR-NC 组、 miR-3619-5p 组、 anti-miR-NC + si-lncRNA PSMA3-AS1 组、 anti-miR-3619-5p + si-lncRNA PSMA3-AS1 组; MTT 法与 Transwells 实验分别检测每组 SiHa 细胞的增殖活力、 迁移及侵袭能力; 双 荧光素酶报告实验检测 miR-3619-5p 过表达对野生型载体 lncRNA PSMA3-AS1-WT、 突变型载体 lncRNA PSMA3-AS1-MUT 荧光素酶活性的影响; Western 印迹检测 MMP2、 MMP9 蛋白表达量。 结果 宫颈癌组织中 lncRNA PSMA3-AS1 的表达量比癌旁组织增加 ( P < 0. 01), miR-3619-5p 的表达量比癌旁组织减少 ( P < 0. 01); 与 H8 细胞比较, SiHa、 HeLa、 Caski 细胞中 lncRNA PSMA3-AS1 的表达量升高 (P< 0. 01), miR-3619-5p 的表达量降低 (P< 0. 01); 与 si-NC 组比较, si-lncRNA PSMA3-AS1 组细胞活力和 MMP2、 MMP9 蛋 白水平降低 (P< 0. 05), 迁移及侵袭细胞数减少 (P< 0. 05); 与 miR-NC 组比较, miR-3619-5p 组细胞活力 和 MMP2、 MMP9 蛋白水平降低 (P< 0. 01), 迁移及侵袭细胞数减少 (P< 0. 05); miR-3619-5p 过表达可抑 制 lncRNA PSMA3-AS1-WT 的荧光素酶活性 (P< 0. 01), 而未能影响 lncRNA PSMA3-AS1-MUT 的荧光素酶活 性; 与 anti-miR-NC + si-lncRNA PSMA3-AS1 组比较, anti-miR-3619-5p + si-lncRNA PSMA3-AS1 组细胞活力和 MMP2、 MMP9 蛋白水平升高 (P< 0. 01), 迁移及侵袭细胞数增多 (P< 0. 01)。 结论 干扰 lncRNA PSMA3- AS1 表达可通过促进 miR-3619-5p 而降低宫颈癌细胞增殖、 迁移及侵袭能力。     

宫颈癌组织 TMPRSS4、 LAD1 表达水平及与其患者预后的关系

目的 探讨跨膜丝氨酸蛋白酶 4 ( transmembrane protease serine 4, TMPRSS4)、 线皮素-1 ( ladinin-1, LAD1) 在宫颈癌患者组织中的表达情况及与患者预后的关系。 方法 选取 2015 年 6 月 ~ 2018 年 6 月在丹阳市人民医院手术治疗的宫颈癌患者 79 例为研究对象, 并在术中收集患者 79 例癌组织标本, 60 例 癌旁组织标本, 采用免疫组织化学染色法观察宫颈癌组织中 TMPRSS4、 LAD1 蛋白表达情况, 实时荧光定 量 PCR (qRT-PCR) 法检测组织中 TMPRSS4、 LAD1 mRNA 表达水平。 收集患者临床病理参数并对患者进 行 3 年随访, 分析 TMPRSS4、 LAD1 表达水平与患者临床病理参数的关系及影响宫颈癌患者预后的因素。 Pearson 法分析 TMPRSS4 与 LAD1 表达的相关性, 利用受试者工作特征曲线 (receiver operating characteristic curve, ROC) 分析 TMPRSS4、 LAD1 水平对患者预后的预测价值。 结果 宫颈癌患者癌组织 TMPRSS4、 LAD1 表达水平均高于癌旁组织 (P< 0. 05)。 宫颈癌组织中 TMPRSS4 和 LAD1 的表达水平呈明显正相关 (r = 0. 249, P< 0. 05)。 宫颈癌组织中 TMPRSS4 与 LAD1 蛋白表达与患者 FIGO 分期和肿瘤分化程度有关 (P< 0. 05), FIGO 分期、 肿瘤分化程度、 TMPRSS4、 LAD1 蛋白表达水平是影响患者预后的因素 (P< 0. 05)。 预后存活患者癌组织中 TMPRSS4 和 LAD1 水平均显著低于预后死亡患者 (P< 0. 05)。 ROC 结果显示, TMPRSS4 和 LAD1 水平评估患者预后的曲线下面积分别为 0. 756、 0. 909, 对应的敏感度分别为 91. 11 % 、 52. 94 % , 特异度分别为 85. 29 % 、 85. 29 % ; 二者联合评估患者预后的曲线下面积为 0. 952, 敏感度为 88. 89 % , 特异度为 88. 24 % 。 结论 TMPRSS4、 LAD1 在宫颈癌患者组织中均高表达, 二者表达呈明显正 相关, 可应用于评估患者预后。     

番泻苷B抑制STAT3和ERK1/2磷酸化对A549细胞生长侵袭及裸鼠成瘤的影响

目的　探讨番泻苷B对A549细胞生长、侵袭及裸鼠成瘤的影响及机制。 方法　采用0、5、10、20 μM番泻苷B处理非小细胞肺癌A549细胞,将细胞随机分为4组进行后续实验,Brdu染色检测各组细胞增殖;Hoechst染色检测细胞凋亡;划痕实验检测细胞迁移;Transwell实验检测细胞侵袭;蛋白免疫印迹检测ki67、PCNA 、cl-caspase-3、cl-caspase-9、VEGF、N-cadherin和E-cadherin蛋白表达水平,STAT3和ERK1/2的磷酸化情况;建立荷瘤小鼠模型,检测肿瘤重量,免疫组化检测Ki67和VEGF表达。 结果　与Control组相比较,各番泻苷B剂量组Brdu阳性细胞数量、侵袭细胞数明显减少（P<0.05）,细胞凋亡率明显上升（P<0.05）,细胞划痕愈合率降低（P<0.05）,ki67、PCNA、VEGF、N-cadherin蛋白水平明显降低（P<0.05）,cl-caspase-3、cl-caspase-9、E-cadherin蛋白水平明显升高（P<0.05）,STAT3和ERK1/2的磷酸化水平均明显降低（P<0.05）,降低荷瘤小鼠肿瘤重量与Ki67和VEGF表达水平（P<0.05）。 结论　番泻苷B抑制STAT3、ERK1/2磷酸化对A549细胞体内外生长有抑制作用。     

Detection of specific types of human papillomavirus in cervical scrapes, anal scrapes, and anogenital biopsies by DNA hybridization

Specific varieties of human papillomavirus (HPV) infecting the anogenital region were detected in clinical samples by use of a filter hybridization technique suitable for rapid screening of cervical and anal scrapes. In this way possibly benign types (HPV6 and HPV11) could be differentiated from types thought to be capable of malignant transformation (HPV 16 and HPV 18). Cervical or anal canal cells were applied directly to nylon filters and fixed by u.v. irradiation before hybridization with mixed viral DNA probes under both low- and high-stringency conditions. In addition, probe for the human Alu-repeated DNA sequence was used to assess the relative amount of total nucleic acids in each sample applied to the filter. HPV DNA was detected in 3 of 19 cervical scrapes from patients with no past or present history of wart virus infection or cervical dysplasia. Within a positive study group totalling 71 patients, HPV (6/11 or 16/18) was detected in cervical scrapes from 24% of 41 patients who did not have visible genital dysplasia, 30% of 27 patients with visible genital dysplasia or cervical intraepithelial neoplasia (CIN) I, and in 1 of 3 patients with past CIN II/III. In addition, HPV6/11 or 16/18 DNA was detected in anal scrapes from 3 of 6 male patients and in 85% of genital biopsies. A notably high proportion (4/6) of vaginal condylomata were positive with both the HPV6/11 and the HPV16/18 mixed viral DNA probes. Of the biopsies prepared for histopathology and positive for HPV DNA, the HPV group-specific antigen could be detected in only 60%.     

高良姜总黄酮对宫颈癌细胞生长和肿瘤干细胞标记物表达水平的影响及意义

目的：前期研究中,我们报道高良姜根来源的总黄酮（ general flavonoids, GFs）可抑制SiHa宫颈癌细胞增殖,诱导细胞凋亡。以往研究证明肿瘤干细胞是SiHa细胞群体的重要组成部分,故本研究探讨高良姜GFs影响细胞凋亡、细胞周期相关基因及肿瘤干细胞标记物表达调控的机理,为抗肿瘤药物研发提供依据。方法以0、100和200μg／ml剂量的高良姜GFs干预SiHa宫颈癌细胞24 h,提取细胞总RNA,采用荧光定量RT-PCR方法对CDK4、 bcl-2、 ALDH1 A1、 OCT4和Twist1等5种基因表达水平进行定量分析。结果高良姜GFs干预SiHa宫颈癌细胞后, CDK4和bcl-2基因表达水平显著下降（ P＜0.05）,呈剂量依赖性,说明该GFs可能调节细胞增殖和生存相关的基因表达调控,诱导细胞凋亡;随着药物剂量增加,肿瘤干细胞标记物ALDH1 A1、 OCT4和Twist1表达水平也梯度性下降,并有统计学差异（ P＜0.05）。结论本研究结果提示高良姜GFs可能抑制肿瘤干细胞基因表达水平,从而抑制细胞增殖,促进细胞凋亡,此为揭示宫颈癌发病机制及抗肿瘤新药研发提供重要依据。     

鼠李素下调Notch-1的表达对乳腺癌MCF-7细胞增殖、侵袭和迁移的调节作用

目的　探索鼠李素对乳腺癌MCF-7细胞增殖,侵袭和迁移的影响及其分子机制。 方法　MCF-7细胞分为4组：MCF-7(对照组)、鼠李素(1、2.5、5 μM)组。CCK-8检测细胞增殖。Transwell检测细胞侵袭。划痕实验分析细胞迁移。蛋白印记检测Notch-1、CSL、Hes1、Ki67和VEGF表达。 结果　低浓度的(< 5 μM)的鼠李素不会影响MCF-7细胞活力;高浓度的(> 5 μM)的鼠李素对MCF-7有显著毒性。2.5和5 μM鼠李素组细胞增殖倍数明显低于对照组(P<0.05)。与对照组相比,鼠李素(1、2.5、5 μM)组细胞侵袭和迁移明显降低(P <0.05)。另外,鼠李素(1、2.5、5 μM)组Notch-1、CSL和Hes1相对蛋白表达量都明显少于对照组(P < 0.05)。而且,Notch-1通路激活剂Jagged1(10 μM)还可明显抑制鼠李素(5 μM)诱导的Notch-1、CSL、Hes1、Ki67和VEGF表达的下降(P < 0.05)。 结论　鼠李素通过下调Notch-1的表达抑制乳腺癌MCF-7细胞增殖,侵袭和迁移。     

Mutation Screening of the BRCA1 Gene in Early Onset and Familial Breast/Ovarian Cancer in Moroccan Population

Worldwide variation in the distribution of BRCA mutations is well recognised, and for the Moroccan population no comprehensive studies about BRCA mutation spectra or frequencies have been published. We therefore performed mutation analysis of the BRCA1 gene in 121 Moroccan women diagnosed with breast cancer. All cases completed epidemiology and family history questionnaires and provided a DNA sample for BRCA testing. Mutation analysis was performed by direct DNA sequencing of all coding exons and flanking intron sequences of the BRCA1 gene. 31.6 % (6/19) of familial cases and 1 % (1/102) of early-onset sporadic (< 45 years) were found to be associated with BRCA1 mutations. The pathogenic mutations included two frame-shift mutations (c.798_799delTT, c.1016dupA), one missense mutation (c.5095C>T), and one nonsense mutation (c.4942A>T). The c.798_799delTT mutation was also observed in Algerian and Tunisian BC families, suggesting the first non-Jewish founder mutation to be described in Northern Africa. In addition, ten different unclassified variants were detected in BRCA1, none of which were predicted to affect splicing. Most unclassified variants were placed in Align-GVGD classes suggesting neutrality. c.5117G>C involves a highly conserved amino acid suggestive of interfering with function (Align-GVGD class C55), but has been observed in conjunction with a deleterious mutation in a Tunisian family. These findings reflect the genetic heterogeneity of the Moroccan population and are relevant to genetic counselling and clinical management. The role of BRCA2 in BC is also under study.     

葛根素对臂丛神经根性撕脱伤脊髓前角iNOS、CGRP蛋白表达及PI3K/Akt信号通路的影响

目的　探讨葛根素对臂丛神经根性撕脱伤（brachial plexus root avulsion injury,BPRAI）脊髓前角iNOS、CGRP蛋白表达及PI3K/Akt信号通路的影响。 方法　将50只雄性SD大鼠随机分为正常组、模型组、葛根素低、中、高剂量治疗组,每组10只。模型组,葛根素低、中、高剂量治疗组进行BPRAI造模,撕脱大鼠右侧C5~7脊神经前根,后根剪断,术后3个治疗组予腹腔注射葛根素,剂量分别为50、100、200 mg·kg-1·d-1,正常组、模型组腹腔注射等体积生理盐水,持续4周。采用尼氏染色、免疫荧光化学、Western blot方法,观察损伤侧脊髓前角α运动神经元（alpha motorneurons,α-MNs）的存活率,iNOS、CGRP、PI3K/Akt通路相关蛋白的表达。 结果　第4周时,低、中、高剂量的葛根素治疗可抑制α-MNs丢失（P<0.05或P<0.01）;中、高剂量的葛根素治疗可抑制iNOS表达（P<0.05）;高剂量的葛根素治疗可促进CGRP蛋白表达（P<0.05或P<0.01）;低、中、高剂量葛根素均可显著抑制p-Akt1/2/3表达（P<0.01）。 结论　葛根素可改善BPRAI造模引起的α-MNs死亡,其机制可能与葛根素能抑制iNOS蛋白的表达、促进CGRP蛋白的表达有关,并且PI3K/Akt信号通路参与其调控。