我国伤寒沙门氏菌的分子流行病学特征:Ⅱ.部分伤寒沙门氏菌的16S rRNA基因多态性

利用PCR扩增标记的Dig-dUTP-16S rRNA基因为探针,分析我国不同时间和地区分离的119株伤寒沙门氏菌和1株鼠伤寒沙门氏菌染色体经PstI消化后的16S rRNA基因限制性图谱。结果发现,各菌株的杂交片段范围为7.0~26.5kb,每个菌株有5~10条杂交带不等。通过对每个菌株的杂交结果进行数值分类,119株伤寒沙门氏菌可分为38个RTs,其中新疆伊犁1991年流行菌株和大连1990年爆发菌株大部分(13/20)为同一RT;从国内各高发省份分离的一些流行株也有相同的RT;而一些地区的散发菌株具有独特的RT;鼠伤寒沙门氏菌的RT则更为特别。对39个RTs进行聚类分析发现:国内的一些流行菌株,爆发菌株在遗传距离0.55处聚成一大类;而散发菌株,非流行菌株则在0.70处聚成另一类。此外,从健康带菌者分离的菌株251所具有的RT单成一类。鼠伤寒沙门氏菌的距离更远。     

贵州省伤寒沙门菌分离株16s核糖体基因型的多态性及其流行病学意义

目的：探讨贵州省不同时间、不同地区伤寒流行菌株的遗传多态性及内在联系。方法：利用southern杂交技术，对贵州省9个地区26个县、市1959－1999年伤寒沙门菌分离株进行染色体DNA基因限制性酶切16s rDNA探针杂交图谱分析及药物敏感性试验。结果：分析发现选择的209株分属26个RT型，以RT1和RT2为优势型；在局部发生伤寒流行时，均由独特的RT型引起。耐药菌株以RT7和RT1型为主。结论：贵州省不同地区、不同时间的分离菌株在核糖体杂交图谱上有明显的多态性，分析认为具有多重耐药性以及存在众多克隆群菌株是引起贵州伤寒发病率居高不下的主要原因。     

我国伤寒沙门氏菌的分子流行病学特征Ⅱ．部分伤寒沙门氏菌的16SrRNA基因多态性

利用ＰＣＲ扩增标记的Ｄｉｇ－ｄＵＴＰ－１６ＳｒＲＮＡ基因为探针，分析我国不同时间和地区分离的１１９株伤寒沙门氏菌和１株鼠伤寒沙门氏菌染色体经ＰｓｔⅠ消化后的１６ＳｒＲＮＡ基因限制性图谱。结果发现，各菌株的杂交片段范围为７．０～２６．５ｋｂ，每个菌株有５～１０条杂交带不等。通过对每个菌株的杂交结果进行数值分类，１１９株伤寒沙门氏菌可分为３８个ＲＴｓ，其中新疆伊犁１９９１年流行菌株和大连１９９０年爆发菌株大部分（１３／２０）为同一ＲＴ；从国内各高发省份分离的一些流行株也有相同的ＲＴ；而一些地区的散发菌株具有独特的ＲＴ；鼠伤寒沙门氏菌的ＲＴ则更为特别。对３９个ＲＴｓ，进行聚类分析发现：国内的一些流行菌株，爆发菌株在遗传距离０．５５处聚成一大类；而散发菌株，非流行菌株则在０．７０处聚成另一类。此外，从健康带菌者分离的菌株２５１所具有的ＲＴ单成一类。鼠伤寒沙门氏菌的距离更远。     

浙江省霍乱弧菌16S rRNA基因分型研究

利用 16SrRNA基因探针分析我省不同时期分离的 88株霍乱弧菌经Bgll消化的 16SrRNA基因限制性图谱 ,结果发现 :各菌株的杂交片断范围为 2～ 12Kb ,每个菌株有 6～ 9条杂交带不等 ,88株霍乱菌株可分为 9个 16SrRNA基因型 (RT) ,其中EVC可分为 6个RT ,VCO139可分为 3个RT ;认为霍乱菌株基因型的变迁可能是引起新一次流行的原因 ;结合ct基因检测结果 ,我们认为EVC与VCO139在遗传特征上有相近的特点 ,但又有所区别 ,通过 16SrRNA基因的Southern杂交检测 ,可区分这两类菌株。     

O139群霍乱弧菌16S rRNA基因分型分析

[目的]研究北京市O139群霍乱弧菌的分子生物学特征。[方法]对北京市1998～2000年的30株O139群霍乱弧菌进行PCR霍乱肠毒素（CT）基因检测,以16SrRNA为探针对菌株DNA进行Southern杂交后对图谱进行核糖体基因（RT）分型分析。[结果]对30株霍乱弧菌RT图谱进行分析,共存在5种16SrRNA核糖体基因型,其中CT阳性的O139群霍乱弧菌为RT1型,CT阴性的O139群霍乱弧菌为RT2-RT5型。[结论]北京市不同年份的O139群霍乱弧菌CT阳性菌株核糖体基因型较为单一,CT阴性菌株基因型具有明显的多样性。提示北京市O139群霍乱弧菌CT阳性菌株和CT阴性菌株遗传发生上相距较远。     

广西伤寒沙门菌16srRNA的基因多态性分析

目的 探讨1994-2001年广西不同地区伤寒流行与其病原分离株遗传多态性的关联性。方法 采用16srRNA基因多态性图谱分析方法研究该期间广西不同地区和年代的伤寒沙门菌分离株的病原学特征。结果 广西68株伤寒沙门菌的分析中共有15个核糖体型（RTs)，并以RT1，RT2、RT3、RT4等4种为主，其他的RT型也出现在一些年份或一些地区。结论 广西伤寒沙门菌的生物型别十分复杂，存在多种强流行株，有传染源复杂，菌型复杂，药物敏感性降低之特征，提示广西伤寒流行出现新的流行病学和临床治疗的问题，急需调整广西伤寒的预防控制及治疗策略。     

霍乱弧菌毒力基因检测与16S rRNA基因分型研究

目的：了解浙江省霍乱弧菌毒力基因携带情况和16SrRNA基因型状况，为霍乱防治提供科学依据。方法：利用16SrRNA基因探针分析了浙江省不同时期分离的88株霍乱弧菌经BglI消化的16SrRNA基因限制性酶谱，以多重PCR法对140株霍乱弧菌进行6种毒力相关基因（ctxA、rtxA、Ace、TcpA、Cri、Zot）检测分析。结果：发现各菌株的杂交片断范围为2～12Kb，每个菌株有6～9条杂交带不等。88株霍乱菌株可分为9个16SrRNA基因型（ribotype，RT），其中埃尔托型霍乱弧菌（el tor vibrio cholerae，EVC）可分为6个RT，0139群霍乱弧菌（vibrio cholerae 0139，VC 0139）分为3个RT；所有VC0139菌株均携带3种以上毒力基因，86．3％的菌株携带全部6种毒力基因，所有EVC流行株均携带2种以上毒力基因，79．1％的菌株携带全部6种毒力基因。结论：认为霍乱流行菌株基因型的变迁可能是引起新一次流行的原因。结合毒素基因检测结果，我们认为VC0139与EVC在遗传特征上有相近的特点，但又有所区别。     

2007年四川省鼠伤寒沙门菌PFGE分型及溯源

目的 用脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型技术.研究四川省2007年鼠伤寒沙门菌分子流行病学,查找沙门菌污染源,为预测疫情和制定防治措施提供依据.方法 选择Xba I酶对12株鼠伤寒沙门菌全基因组DNA进行酶切,用PFGE对菌株进行分子分型,Bionumerisc统计软件聚类分析.结果 12株鼠伤寒沙门菌用XbaI限制性酶切后,分成5个PFGE图谱类型,其中1个PFGE图谱类型有7株菌株,其指纹图谱的相似性达到100%,该型别占分析菌株的58.33%.其余4个PFGE图谱类型分别有2株菌和1株菌.含7株菌的PFGE图谱型中,源于成都市的菌株4株,攀枝花、自贡和内江市的菌株各1株.结论 PFGE分子分型与流行病学资料紧密结合可增强对鼠伤寒沙门菌食源性疾病的溯源和预警.     

中国布鲁氏菌核糖体的基因多态性

目的分析国内99株布鲁氏菌的遗传多态性,为其分型和诊断奠定基础。方法提取布鲁氏菌DNA,经内切酶Eco RI酶切、琼脂糖凝胶电泳、Southern转印后,与地高辛标记的16 srRNA核糖体基因探针杂交,以酶免疫试验检测信号,比较布鲁氏菌各标准株和野生株的16 srRNA核糖体指纹图谱。结果不同布鲁氏菌菌株在16 s rRNA探针杂交图谱上有明显的多态性,根据杂交的条带数及片段的大小差异,99株布鲁氏菌分属17个RT型(ribotype,RT型)。以RT15型为优势型,其他型别则较分散,有的RT型只存在于某个菌株。结论我国布鲁氏菌在遗传分化及克隆群的分布上存在多态性,提示国内布鲁氏菌在流行上具有复杂性。     

112株甲型副伤寒沙门氏菌药敏试验

舟山市地处海岛,伤寒发病率较高,１９９９年１～１２月份,我院自发热病人的临床标本中分离到甲型副伤寒沙门氏菌１１２株,伤寒沙门氏菌１株。现分析１１２株甲型副伤寒沙门氏菌的生物学性状和药敏结果。 材料与方法 １．标本来源： １１２株菌株来源于本院门诊和住院病人的     

fliC基因在快速分型鉴定伤寒沙门菌和甲型副伤寒沙门菌的应用

目的:探讨沙门菌1相鞭毛蛋白抗原fliC基因在快速分型鉴定伤寒沙门菌和甲型副伤寒沙门菌的应用。方法:根据伤寒沙门菌和甲型副伤寒沙门菌1相鞭毛蛋白fliC-d和fliC-a基因以及菌体抗原rfbS基因的核酸序列,设计针对fliC-d、fliC-a及rfbS基因的3对特异性引物,采用多重PCR法进行检测。结果:实验结果显示,伤寒沙门菌和甲型副伤寒沙门菌分别在750 bp和329 bp处扩增出2条特异性目的条带,在258 bp处扩增出1条相同条带,非伤寒沙门菌株和甲型副伤寒沙门菌株均为阴性。结论:fliC基因检测可用于伤寒沙门菌和甲型副伤寒沙门菌的分型鉴定,而rfbS基因则无助于分型鉴定。     

产ESBL肺炎克雷伯菌16SrRNA甲基化酶分布与耐药性研究

目的探讨产ESBL肺炎克雷伯菌临床分离株16SrRNA甲基化酶基因分布以及与耐药谱的关系。方法采用PCR法检测苍南县人民医院临床分离出的69株非重复产ESBL肺炎克雷伯菌中的16SrRNA甲基化酶基因（rmtB和annA）,通过DNA测序,确定ESBL基因及整合子基因;质粒接合试验和质粒消除试验确定16SrRNA甲基化酶基因传播途径,ERIC-PCR技术进行基因分型。结果69株产ESBL肺炎克雷伯菌rmtB阳性菌20株（28．99％）,其中2株同时携带有rmtB和amA。20株检测mtB阳性株均携带有CTX-M基因,14株为CTX-M-14基因,6株为CTX-M-15基因;14株携带TEM-l基因;8株携带SHV基因中,5株SHV-12基因,3株SHV-11基因;3株携带OXA-10基因;3株携带VBE-1基因。另有12株携带有intl阳性,含有5种不同耐药基因盒,分别携带drfA25、drfAl、drfAl2、aadAl、aadA2、sat和blavEB-基因。ERIC-PCR法显示20株16SrRNA甲基化酶基因阳性的肺炎克雷伯菌主要分为5型,A型为优势克隆菌株。质粒接合和消除试验发现A型克隆株KP5和KPl6rmtB均位于一质粒上并通过接合传播。结论产ESBL肺炎克雷伯菌临床分离株中普遍存在16SrRNA甲基化酶基因mtB,导致对多种氨基糖苷类抗生素高水平耐药。rmtB通过水平基因传播和克隆传播两种方式进行播散,并且存在同时产ESBLs、16SrRNA甲基化酶和I类整合子肺炎克雷伯菌传播。     

rDNA fingerprinting as a tool in epidemiological analysis of Salmonella typhi infections.

Characterization of 169 strains of Salmonella typhi of phage types C1, C4, D1 and D9 isolated in 1975-88 was carried out by rDNA gene restriction pattern analysis. Twenty-four isolates had been recovered during four large waterbone outbreaks in the last 20 years in Sicily; 145 strains, isolated from apparently sporadic cases of infection in Southern Italy in the same period of time, were also examined. Application of rRNA-DNA hybridization technique after digestion of chromosomal DNA with Cla I showed the identity of patterns of the epidemic strains of phage types C1 and D1, confirming attribution of the outbreaks to single bacterial clones. Patterns of the two available strains of lysotype D9 were slightly different, whilst the 12 epidemic strains of phage type C4 could be assigned to two distinct patterns scarcely related to each other and, consequently, to two different clones. A considerable heterogeneity was detected among all apparently sporadic isolates of the four phage types under study. This fingerprinting method appears a reliable tool to complement phage typing in characterizing isolates of S. typhi. In particular, epidemiological features of spread of this salmonella serovar in areas, where simultaneous circulation of indigenous and imported strains occurs, can be elucidated.     

Antibiotic sensitivity of enteropathogenic bacteria isolated from patients in a Sharjah hospital.

In recent years widespread circulation of salmonella and shigella strains resistant to multiple antibiotics has become an international problem. Accordingly the bacterial sensitivity to a range of antibiotics has been assessed in vitro and recorded for the period 1979-83 for patients from the Al Qassimi Hospital. A total of 229 enteric pathogens from 148 children and 59 adult patients were isolated and studied. Most of the enterobacteria were sensitive to colistin, gentamicin, trimethoprim and chloramphenicol (Salmonella typhi approached 100% sensitivity). High rates of sensitivity were also found to ampicillin in S. typhi (96%) and other salmonella serotypes (85%), whilst only 57% of Shigella species and 14% of Escherichia coli were sensitive to this antibiotic. Low rates of sensitivity to sulphamethoxazole, streptomycin and tetracycline were found in shigella and E. coli (ranging from 7 to 14%). Approximately 50% of S. typhi and other salmonella serotypes were sensitive to sulphamethoxazole and streptomycin and 80% to tetracycline. Resistance to three or more antibiotics was very common in shigella and enteropathogenic strains of E. coli (74-85%), less common in non-typhoid salmonella (29%) and exceptional in S. typhi strains. In general, shigella and E. coli isolates showed a high rate of resistance to several antibiotics, whilst S. typhi and other salmonella serotypes retained their original sensitivity to most of the antibiotics used in clinical practice.     

大连市伤寒沙门菌扩增片段长度多态性分型

目的 运用扩增片段长度多态性(AFLP)技术分析辽宁省大连市2000~2006年伤寒沙门菌分离株的多态性及遗传关系。方法 采用PstI/Mse I型内切酶,选择9种引物组合对30株不同来源的菌株进行AFLP分子分型。结果 30株不同来源的伤寒沙门菌分为29个AFLP基因型,呈现丰富的多态性。结论 AFLP技术是一种兼具有效性和效率性,适用于伤寒沙门菌分子流行病学研究。     

16SrRNA甲基化酶在肺炎克雷伯菌中流行情况调查

目的了解台州地区肺炎克雷伯菌临床分离株中16SrRNA甲基化酶流行情况,为临床感染的预防和治疗提供参考资料。方法收集台州地区2010年1月~2012年12月住院患者标本中分离的肺炎克雷伯菌共计859株,所有菌株均为非重复株。采用PCR及测序方法检测16SrRNA甲基化酶基因。结果 2010-2012年肺炎克雷伯菌对耐氨基糖苷类药物的耐药率逐年升高,经PCR扩增和DNA测序检出16SrRNA甲基化酶基因阳性株分别为2010年（14株,阳性率5.51%）、2011年（18株,阳性率6.22%）、2012年（21株,阳性率6.65%）,检测出的基因型为armA、rmtB两种类型且以rmtB为主,rmtA、rmtC、rmtD、npmA型均阴性。所有16SrRNA甲基化酶基因阳性肺炎克雷伯菌对氨基糖苷类药物高度耐药（MIC≥256mg/L）。结论肺炎克雷伯菌耐氨基糖苷类耐药率不断增加,16SrRNA甲基化酶在肺炎克雷伯菌中所占比重呈逐年升高的趋势,且16SrRNA甲基化酶基因阳性菌株对氨基糖苷类抗生素高度耐药。检测到16SrRNA甲基化酶基因型rmtB和armA,以rmtB为主。     

半套式PCR检测军团菌方法的建立及应用

目的建立检测军团菌的分子生物学方法。方法采用常规PCR对军团菌属16SrRNA编码区域和嗜肺军团菌巨噬细胞感染增强子(mip)基因编码区域进行扩增,同时采用半套式PCR对常规PCR的扩增结果进行确证。结果采用常规PCR对军团菌属16SrRNA编码区域进行扩增,5种军团菌(包括3种嗜肺军团菌)扩增产物均可见654bp的特异性扩增带,非军团菌菌株PCR结果为阴性,采用半套式PCR对常规PCR扩增产物进行验证,扩增产物均可见430bp扩增带;同时采用常规PCR对嗜肺军团菌mip基因编码区域进行扩增,3种嗜肺军团菌扩增产物均可见649bp扩增带,非嗜肺军团菌菌株均为阴性,采用半套式PCR对常规PCR扩增产物进行验证,3种嗜肺军团菌扩增产物均可见399bp扩增带。敏感性为10CFU/ml.并且应用此方法成功检测环境水样中分离的疑似军团菌菌株。结论半套式PCR经济、简便、快速、敏感、特异,为军团菌的早期检测、环境监测、控制暴发流行提供了有效手段。     

辽宁地区伤寒沙门菌的扩增片段长度多态性分析

目的：分析辽宁省不同城市和大连地区2000～2004年伤寒沙门菌的同源性以及在遗传学上的关系。方法：实验采用EcoRI／MseⅠ型限制性内切酶、选择7种引物组合对25株不同地区和不同时间的伤寒沙门菌菌株进行AFLP分型。结果：25株伤寒沙门菌分为16个基因类型，不同来源的菌株呈现多态性分布；大连地区不同年份的15株菌存在多达14个多态型性；而其他3个城市共10株菌仅存在2个多态性，且遗传距离非常相近。结论：AFLP可以通过对内切酶组合的选择和特异性引物上选择性碱基组合的设计优化实验条件；AFLP是伤寒沙门菌的分子流行病学研究中一种十分有效的手段。     

多药耐药肺炎克雷伯菌氨基糖苷类修饰酶与16S rRNA甲基化酶基因研究

目的 研究多药耐药肺炎克雷伯菌(MDRKP)氨基糖苷类药物耐药的遗传学背景.方法 收集2008年8月-2010年5月6所医院共47株肺炎克雷伯菌,采用聚合酶链反应(PCR)的方法分析15种氨基糖苷类修饰酶和6种16S rRNA甲基化酶基因.结果 该组肺炎克雷伯菌共检出4种氨基糖苷类修饰酶和1种16S rRNA甲基化酶基因,可分为16种阳性检出模式,并发现两株菌携带aac(6′)-Ⅰ b基因新亚型[aac(6′)-Ⅰ b-hz,美国GenBank登录号:JF901756];其他16种基因未检出.结论 携带氨基糖苷类修饰酶和16S rRNA甲基化酶基因,是该组肺炎克雷伯菌对氨基糖苷类药物耐药的主要原因,在多药耐药肺炎克雷伯菌中发现aac(6′)-Ⅰ b新亚型[aac(6′)-Ⅰ′ b-hz]为国内外首次报道.     

多聚酶链反应技术在麻风诊断中的应用研究

目的 了解用１６ＳrRNA作引物,用ＰＣＲ方法,检测麻风的可行性。方法 用麻风分枝杆菌１６ＳrＲＮＡ基因片段作引物,采用ＰＣＲ技术,对２０余种非麻风分枝杆菌进行检测;同时也对麻风流行地区的７２名经传统方法诊断的麻风症人和４５名健康自愿受试者进行检测。结果 ２者的检测结果进行比较;x^2检验Ｐ＞０.０５,差异无显著性。进行了２种方法检查结果的比较研究,结果也完全一致。结论 １６srＲＮＡ作引物,用ＰＣＲ检测诊断麻风病人与传统方法诊断结果基本一致。