2016-2018年江西省钩端螺旋体病鼠类动物流行病学调查与分离菌株鉴定

目的 初步了解江西省钩端螺旋体病主要宿主动物鼠类种类构成、带菌率及血清学和分子流行病学特征,为钩体病的防控提供科学依据。方法 2016-2018年选取江西省钩体病4个国家级监测点上饶、上高、上犹及浮梁县作为现场监测地点,开展鼠类种类调查、钩体分离培养工作。利用暗视野显微镜凝集试验和MLST技术对分离菌株进行血清学鉴定和MLST基因分型。结果 共计捕鼠14 387只,平均鼠密度为9.76%,分离菌株64株,鼠类钩体分离率为4.56%。鼠种构成包括黑线姬鼠、褐家鼠、黄毛鼠、黄胸鼠及社鼠5个种类。4个监测点优势鼠种均以黑线姬鼠和黄毛鼠为主。血清群鉴定结果显示:64株菌株隶属于3个血清群,其中黄疸出血群为主要优势血清群,占81.25%,其次是爪哇群和致热群。MLST研究显示:64株菌株隶属于6个ST型别,分别为ST1、ST17、ST92、ST143、ST216和ST224,其中ST1为主要基因型,占76.56%。BioNumerics软件分析显示:64株菌株隶属于6个Clusters,分别对应6个ST型,血清学、MLST基因型分布具有明显地域差异。结论 江西省以黑线姬鼠和黄毛鼠为优势鼠种,黄疸出血群和ST1为江西省钩体病主要流行型别,充分了解江西省钩体病可能的宿主动物以及血清学和分子流行病学特征,对钩体病的预防控制有一定的指导意义。     

多位点序列分型应用于致病性黄疸出血群钩端螺旋体分析

目的 初步探讨MLST(multilocus sequence typing)分型技术在致病性钩端螺旋体中的应用。方法 对我国3个省份的39株致病性钩端螺旋体黄疸出血群菌株提取DNA,采用7个位点进行PCR扩增、序列测定,应用eBURST和BioNumerics (Version5.10)软件进行分析。结果 39株菌株呈现5个ST型别, ST1为中国三省份中主要的基因型,占53.85%(21/39)。eBURST分析显示:39株菌株分为2个 Clonal complexes和1个singleton,其中Group1占66.67%(26/39),Group2占20.51%(8/39),一个singleton占12.82%(5/39);BioNumerics软件聚类分析显示:39株菌株分为3个Group,与eBURST分析中的分群结构一致。MLST基因型别具有明显的地域性特征。结论 MLST方法可初步应用于致病性钩端螺旋体分子流行病学、种群结构、亲缘进化关系等研究。     

24株停乳链球菌似马亚种的分子鉴定和基因分型

目的 探讨停乳链球菌似马亚种(Streptococcus dysgalactiae subspecies equisimilis,SDSE)感染的临床分布特点及分子特征。方法 收集SDSE感染患者的临床资料及相应分离菌株,分离株经全自动微生物分析系统、基质辅助激光解析电离飞行时间质谱技术(MALDI-TOF-MS)及PCR扩增16S rRNA和链激酶前体基因等3种方-法进行鉴定。对SDSE菌株进行M蛋白基因(emm)分型和多位点序列分型(Multilocus sequence typing, MLST),并通过BioNumerics 6.6软件进行聚类分析。结果 24株停乳链球菌似马亚种主要分离自咽拭子、皮肤、血液,分别占58.33%、20.83%、8.33%;24株SDSE被分为5种emm类型,以stCNSRT2.0(n=16,66.7%)占优势,其次是stG840.0(n=3,12.5%)。通过MLST分型,共有6种ST型别,以ST44(n=17,70.8%)为主,ST605为新定义的ST型。结论 本研究中SDSE分离株具有分子多样性,ST605为首次报告的MLST型别。     

不同血清群致病性钩端螺旋体PFGE分析研究

目的 了解不同血清群致病性钩体的脉冲场凝胶电泳(pulsed-field gel electrophoresis,PFGE)带型特征。方法 应用PFGE方法对65株不同血清群致病性钩体国际、国内参考菌株和疫苗株进行分型,并以此聚类分析,同时与菌株的多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)、多位点串联重复序列数变化分析(multilocus VNTR analysis, MLVA)分型结果进行比较研究。结果 不同血清群致病性钩体基因组DNA经NotⅠ酶切电泳后,获得了较高清晰度酶切图谱,各条带分离良好。65株钩体菌株分为61种PFGE型别。相同的血清群的钩体菌株的PFGE型别不尽相同。比较分析结果显示尽管PFGE、MLST和MLVA之间的分型结果不尽相同,但都具有较高的分辨率。聚类分析显示这些菌株可形成11个大小不一进化簇,呈现多点分散进化特征。结论 获得致病性钩体分子分型的第一手资料,为后续钩体分子溯源及流行病学研究提供科学指导。     

多位点序列分型在新疆人间布鲁氏菌病临床分离株遗传进化研究中的应用

目的 探讨多位点序列分型(MLST)技术在新疆人间布鲁氏菌病分离株遗传进化研究中的应用价值,了解分离株的种群结构和遗传进化关系。方法 采用MLST对2015、2016年分离自新疆7个地州的24株人间布鲁氏菌病分离株和3株布鲁氏菌标准参考菌株进行分析,统计各菌株序列型(STs),运用BioNumerics软件构建菌株最小进化树,分析菌株间遗传关系;收集过往研究的186株全国不同地区布鲁氏菌分离株MLST结果,分析各ST型分布特点。结果 24株人间布鲁氏菌分离株全部为ST8型,3株标准参考菌株(羊种16M、牛种544A、猪种1330S)分别为ST7型、ST1型、ST14型;24株人间布鲁氏菌分离株的9个MLST位点变异完全相同,分离株种群结构单一。ST8型菌是我国主要流行的布鲁氏菌,且以北方流行为主;MLST能较好的区分布鲁氏菌种别,但不能有效区分生物型别。结论 ST8型菌(羊种3型)是新疆人间布鲁氏菌病的主要流行菌株,MLST技术可作为人间布鲁氏菌种群结构和遗传进化关系研究的补充手段。     

江西省2005-2015年脑膜炎奈瑟菌血清分型和分子分型分析

目的 对江西省2005-2015年分离的脑膜炎奈瑟菌(Neisseriameningitidis,Nm)进行血清分型和分子分型研究,揭示菌群特征和变迁情况。方法 对2005-2015年分离的200株脑膜炎奈瑟菌采用血清凝集的方法鉴定血清群,对引起流脑流行的血清群进行脉冲场凝胶电泳(Pulsed Field Gel Electrophoresis,PFGE)和多位点序列分型(Multilocus Sequence Typing,MLST),使用BioNumerics 软件构建最小生成树。分析不同来源、不同年份分离株的血清型和分子型别以及变迁情况。结果 200株脑膜炎奈瑟菌中,有168株可鉴定为已知血清群,包括C群(101株)、B群(50株)、A群(12株)、W135群(2株)、Y群(2株)和X群(1株),另外32株为不可分群菌株。临床病人、密切接触者和健康人群分离株中分别有100%、86.0%和28.9%的菌株为C群。针对健康人群分离株,2005年、2007年、2008年、2012年分离的菌株中,C群分别占1.9%、58.8%、81.5%和0%。95株C群菌株分为14个PFGE型,其中NMNh.JX0001和NMNh.JX0002为优势带型,分别包含46和30株菌。NMNh.JX0001型菌株在2005-2006年、2007-2008年、2013-2014年3个时间段在C群菌株中所占比例分别为97.2%、28.6%、10.0%;而NMNh.JX0002型菌株在2005-2006年、2007-2008年、2013-2014年3个时间段在C群菌株中所占比例分别为2.8%、57.1%、90.0%。挑选优势带型以及相似带型的33株菌株进行MLST分型,均为ST-4821型。结论 江西省2005-2015年的流脑病例均为C群菌株引起。在健康人群中存在C群脑膜炎奈瑟菌。虽然近10年流行的C群菌株MLST序列型未发生改变,但是PFGE型别发生了变迁,提示菌株基因组存在微进化。PFGE型别的变迁有可能导致流行模式发生改变,所以有必要开展持续监测,密切关注新型菌株在人群中的传播扩散以及引起的流脑病例。     

福建省2012-2018年布鲁氏菌分离株的MLST分型

目的 探讨2012-2018年福建省布鲁氏菌分离株种群结构及遗传进化关系。方法 采用多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)对43 株布鲁氏菌分离株的9 个基因位点的序列进行测定,与标准序列比对后确定菌株ST型,通过Bionumerics 6.6软件对其进行聚类分析。结果 43 株布鲁氏菌分离株中,38 株为ST8型,5 株为ST17型。结论 福建省布鲁氏菌主要流行株为ST8型。MLST是研究布鲁氏菌遗传特征的重要方法。     

福建省北部地区鼠类钩端螺旋体感染状况及分离株分子特征研究

目的 了解福建省北部地区鼠类钩端螺旋体(钩体)感染状况及分子特征。方法 对捕获的鼠类进行信息登记,采集鼠肾进行PCR检测,确定其感染状况。EMJH培养基用于鼠肾标本的钩端螺旋体菌株分离。应用MAT方法对分离株进行血清群鉴定。分别采用16S rRNA、MLST和PFGE的方法对分离株进行分子分型。结果 共捕获鼠类227只,检出感染钩端螺旋体的鼠类27只,检出率为11.89%,野栖鼠检出率高于家栖鼠,雄性鼠检出率高于雌性鼠。共分离到4株钩端螺旋体分离株,分离率为1.76%(4/227)。血清学分群显示4株分离株均为黄疸出血群。基因种分型显示4株分离株均为Leptospira interrogans。MLST分型将4株分离株分为2个ST型,PC29、PC30为ST1型,JY19、JY37为ST17型。4株分离株呈现2种PFGE带型,其中,PC29、PC30与黄疸出血群参考株带型一致,JY19、JY37与波摩那群带型具有较高相似度,聚类关系相对较近。结论 福建省北部地区的鼠类中存在钩端螺旋体感染。黄疸出血群和Leptospira interrogans分别为福建省北部地区钩端螺旋体的优势血清群...     

2014-2019年阜阳市食品和病人分离单增李斯特菌的分子特征分析

目的 比较分析阜阳市食品和病人分离单增李斯特菌的毒力基因、分子型别,建立阜阳市单增李斯特菌分子特征信息数据库,为防控单增李斯特菌病提供科学依据。方法 对阜阳市2014-2019年分离自食品和病人的55株单增李斯特菌,用聚合酶链反应(PCR)检测其毒力基因prfA、plcB、hly、actA、iap、inlA;用脉冲场凝胶电泳(PFGE)技术进行分子分型及同源性分析;用多位点序列分型(MLST)技术进行分子分型和聚类分析。结果 55株单增李斯特菌全部携带prfA、plcB、hly、actA、iap、inlA基因;PFGE将其分为21个带型,相似度60.3%~100%;MLST将其分为14个ST型,ST9型为优势型别;3株病人分离菌株的PFGE带型和ST型互不相同,其中2株病人来源菌株分别与食品分离株具有相同PFGE带型和ST型。结论 阜阳市食品和病人中分离的单增李斯特菌均携带6个毒力基因,食品分离菌株的分子型别呈现出多样性,其中存在同型别单增李斯特菌持续性污染现象,病人分离菌株具有与食品来源菌株相同的PFGE带型和ST型,提示食源性感染的风险较高。     

2021年贵州省一起人间钩端螺旋体病疫情的分子流行病学调查分析

目的 对2021年贵州省一起疑似钩端螺旋体病(钩体病)疫情开展病原学调查和分子流行病学分析,为病例的确诊和疫情防控提供科学依据。方法 对收集的疑似钩体病例全血样本进行分离培养和致病性钩体特异性PCR检测,同时采用显微镜凝集试验(MAT)对病例血清进行钩体抗体检测。采用“夹夜法”捕捉疫区鼠类宿主动物,取肾脏进行钩体分离培养,采用致病性钩体特异性PCR进行检测,进一步采用血清群特异PCR进行鉴定。应用多位点序列分析(MLST)对本起疫情菌株进行基因分型,构建聚类分析图谱,分析其与国内菌株间的遗传和进化关系。结果 3份疑似钩体病例样本经分离培养均为阴性,MAT试验分别为黄疸出血群、秋季群和爪哇群抗体阳性,经致病性钩体特异性PCR检出1例阳性。从鼠类宿主动物样本中分离出6株疑似钩体菌株,经鉴定分别为黄疸出血群(5/6)和秋季群菌株(1/6)。MLST分析显示,鼠类宿主动物携带的5株钩体为ST1型(83.33%),另1株为ST129型(16.67%)。聚类分析显示,鼠类宿主动物携带钩体与四川省、湖南省、江西省和贵州省往年菌株存在同一ST型。结论 本起疫情是由致病性钩体感染引起,优势血清群和ST型...     

海南地区类鼻疽伯克霍尔德菌的多位点序列分型

目的 研究海南省类鼻疽伯克霍尔德菌多位点序列类型(STs)多态性,了解该省与其他类鼻疽流行地区菌株间的遗传背景差异方法 选取7个管家基因位点ace、glt B、gmh D、lep A、lip A、nar K、ndh进行PCR扩增、测序,与MLST数据库中的等位基因序列进行比对,确定菌株的序列型结果 18株类鼻疽伯克霍尔德菌属于12个不同的STs,其中ST50有4株,检出率占22.2%,ST58、ST232、ST1094各检出2株,发现一株新STs命名为ST1676结论 海南省类鼻疽伯克霍尔德菌具有高度遗传多样性,gmhD是7个管家基因中变异最大的等位基因,表明gmhD突变可能是该地区菌株STs多样性的原因。     

209株不同来源空肠弯曲菌分子特征分析

目的 应用多位点序列分型技术从分子水平分析不同来源的空肠弯曲菌的流行状况与特征,研究菌株间的亲缘关系和进化特征。方法 本研究以2014-2015年分离自上海市浦东新区11个腹泻监测点的腹泻粪便、本辖区5个禽流感监测点的禽类养殖环境样本以及生禽肉食品中分离到的209株空肠弯曲菌为研究对象,选取7个管家基因进行测序分析,获得序列型(STs型),应用Bionumerics软件绘制进行溯源和遗传进化分析。结果 209株分离株共分成了110种序列型,归属25种同源复合体,在144株人源株中,归属ST-353同源复合体菌株最多,占比16.7%,禽类养殖环境分离到的56株菌株归属ST-21同源复合体菌株最多,占比30.4%。遗传进化分析显示,209株菌株分为主要的5个彼此独立的聚类簇。结论 上海市浦东新区的腹泻病人分离株与禽类株有着较为密切的关系,禽类是人感染空肠弯曲菌的重要传染源。     

陕西省布鲁氏菌菌株多位点序列分析研究

目的 对陕西省分离的77株布鲁氏菌菌株进行遗传多态性分析,了解其遗传特征及进化关系.方法 应用多位点序列分型(Multiple locus sequence typing,MLST)技术,测定77株陕西省地区布鲁氏菌分离株的7个管家基因、1个外膜蛋白基因及1个基因间区的序列,确定各菌株序列型(STs),运用BioNum...     

牦牛携带的产志贺毒素大肠杆菌分离株的多位点序列分型研究

目的 对牦牛携带的产志贺毒素大肠杆菌(Shiga toxin-producing Escherichia coli,STEC)进行多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)分析,了解菌株的遗传进化关系及致病潜力。方法 根据E. coli MLST数据库(http://mlst.ucc.ie/mlst/dbs/Ecoli)提供的MLST方案,对青海玉树牦牛中分离的54株STEC分离株的7个管家基因进行PCR扩增并测序,通过序列比对确定其等位基因及菌株序列型(Sequence type,ST),并使用BioNumerics软件构建最小生成树(Minimum spanning tree,MST),分析牦牛ST型与HUSEC及人源主要流行血清群STEC菌株ST型间的进化关系。结果 54株牦牛STEC菌株呈现高度遗传多态性,可分为31个ST型别,其中包括7个新的等位基因型和17个新的ST型,并存在与HUSEC及主要流行血清群STEC亲缘关系相同或相近的ST型别。结论 青藏高原牦牛携带的STEC具有遗传多样性及一定的特异性,部分菌株具有对人致病的潜力。     

两株布鲁菌MLST新序列型(ST)的鉴定

目的 对北京地区分离自布病患者血液的2株布鲁菌进行多位点序列分型(Multilocus sequence typing,MLST)及其遗传学特征进行研究,为布病的预防和控制提供科学依据。方法 应用布鲁菌属特异性PCR(BCSP31-PCR)和种/型特异性PCR(AMOS-PCR)对分离的2株布鲁菌进行鉴定,采用MLST技术对2株布鲁菌分离株的19个管家基因、1个外膜蛋白基因及1个基因间区的序列进行测定,与MLST数据库中的等位基因序列进行比对,确定菌株的等位基因谱及9位点和21位点序列型(sequence type,ST)。采用聚类分析法研究2株菌ST型与各种布鲁菌已知ST型的遗传进化关系。结果 2株分离株经BCSP31-PCR鉴定为布鲁菌属细菌,AMOS-PCR鉴定为非羊种、非牛种1、2、4型、非猪种1型、非绵羊附睾种布鲁菌;MLST分析显示,2株菌的等位基因编号(gap/aroA/glk/dnaK/gyrB/trpE/cobQ/int-hyp/omp25/prpE/caiA/csdB/soxA/leuA/ mviM/fumC/fbaA/ddlA/putA/mutL/acnA)分别为2、1、2、2、1、3、1、4、1、13、2、2、2、2、1、1、3、7、6、2、3和2、1、2、2、1、3、1、4、29、13、2、2、2、2、1、1、3、7、6、2、3,比对MLST数据库,结果显示这2株细菌的等位基因编号组合未见报道,为新ST型。聚类分析显示这2种新的ST型与牛种布鲁菌ST型处于同一分支。结论 北京地区分离的2株布鲁菌为新ST型牛种布鲁菌,已被MLST数据库确认,分别命名为ST74和ST75(9位点序列型)与ST108和ST109(21位点序列型)。与同属牛种布鲁菌的ST型遗传关系最近,该结果为北京地区布病的预防和控制提供了科学依据。     

中国汉赛巴尔通体分离株的多位点序列分型分析

目的 了解中国汉赛巴尔通体的遗传背景和流行的常见亚型。方法 对分离到的汉赛巴尔通体应用多位点序列分型方法（Multilocus sequence typing, MLST）,分析它们的分子流行病学特征和系统发育情况。结果 80株汉赛巴尔通体一共分为3个序列型（sequence type, ST）,其中ST1占90% (72/80),ST9占8.75% (7/80),另一个序列型为仅包含一株细菌的ST30;所有3个序列型均属于克隆群1 （clonal complex 1）。结论 与国外汉赛巴尔通体多位点序列分型结果相比,中国的序列型相对集中,说明中国汉赛巴尔通体的变异度和多样性较低,提示其进化相对缓慢。     

非O157产志贺毒素大肠杆菌分离株的多位点序列分型研究

目的 对国内部分地区非O157产志贺毒素大肠杆菌分离株进行分子分型分析,了解菌株间的遗传进化关系。 方法 根据mlst.ucc.ie数据库提供的大肠杆菌多位点序列分型（Multilocus Sequence Typing, MLST）方案,对来自我国河南、黑龙江2省的29株产志贺毒素大肠杆菌分离株的7个管家基因进行PCR扩增并测序,通过序列比对确定其等位基因谱及菌株序列型（Sequence type, ST）,使用MEGA、eBURST生物信息软件分析不同ST序列群及菌株间的进化关系。结果 29株非O157产志贺毒素大肠杆菌呈现较大的遗传多态性,可分为13个ST型别,其中ST155为优势型别（34.48%）。同时研究发现2个新等位基因型（fumC376、recA214）和3个新序列型（ST2460、ST2467、ST2468）。结论 29株非O157产志贺毒素大肠杆菌菌株之间具有分子多态性,与国际流行菌株具有一定的亲缘关系。加强我国对这一类菌株的检测和监测具有重要的公共卫生意义。