PCR-SSO流式荧光微珠法HLA-A~＊02高分辨分型检测模棱两可结果的统计分析

背景：由于HLA的复杂多态性,实际分型过程中难免会出现一些结果判读模棱两可现象。目的：统计分析基于PCR-SSO流式荧光微珠HLA-A＊02高分辨分型方法的模棱两可组合结果种类、比例,探讨解决模棱两可解决方法,提高高分辨分型比例。方法：对河南骨髓库捐献者1100人份HLA分型结果进行统计分析,计数法进行分类统计分析软件给出的包含HLA-A＊02：01／02：09模棱两可组合代码,计算百分比;与确认为A＊02：09的基因多态性分布进行比对,找出与A＊02：09关联性较强的等位基因,用补充实验进行复核、确认,建立A＊02：01／02：09模棱两可组合的判读方法。结果与结论：1039例有效数据中包含A＊02：01／02：09模棱两可组合279例（279/1039,26.853%）,代码种类19种,检出比例较高的有DMDC,DYVK,GMDD,GMDE;34例确认为A＊0209的基因多态性统计显示A＊0209的出现与A＊11：01（0.1471）B＊07：02（0.2647）、DRB1＊01：01（0.2647）、DRB1＊03：01（0.1176）有较强关联,选出高风险标本38例,经检测外显子1～7,并用SBT复核确认有1例结果为A＊02：09（代码组合为GMDC）,其余241例未检出A＊02：09。提示A＊02：09的出现与B＊07：02、DRB1＊01：01、DRB1＊03：01有较强关联,重点对这些关联标本进行外显子1～7检测,可有效地检出A＊02：09。通过统计分析制定合理的判定规则和必要的复核实验可有效地简化操作程序,节省时间,降低费用,提高高分辨比例。     

湖南省岳阳地区汉族人群造血干细胞捐献志愿者HLA-A*02亚型等位基因分布

目的 研究中华骨髓库湖南分库岳阳地区汉族人群造血干细胞捐献志愿者HLA-A* 02亚型基因多态性分布特点.方法 采用序列特异性寡核苷酸聚合酶链反应技术(PCR-SS0P)和聚合酶链反应-直接测序技术(PCR-SBT),对2010年1月～2011年12月采集的6 000名湖南省岳阳地区汉族人群造血干细胞捐献志愿者进行HLA-A高分辨率分型.结果 在6 000例HLA-A基因分型结果中,共检出3 124例A*02阳性,A* 02低分辨基因频率为0.349,检出的等位基因达到10个,分别为A* 02∶01(0.124),A*02∶02(0.001),A* 02∶03(0.036),A*02∶05(0.001),A* 02∶06(0.034),A* 02∶ 07(0.106),A* 02∶ 10(0.003),A* 02∶11(0.001),A* 02∶249(0.001)和A* 02∶ 256(0.001).其中A*02∶01为优势基因,A*02∶07,A* 02∶03和A*02∶06为常见基因,该研究人群中还检出东南亚人群罕见型基因A*02∶02,A* 02∶05,A*02∶10和A*02∶11及新近发现的罕见基因A*02∶249和A*02∶256.其基因频率分布与中华骨髓库湖北分库的基因频率分布比较差异无统计学意义,而与台湾慈济血库、日本、北爱尔兰、亚裔美国人的基因频率分布比较,差异有统计学意义.此人群A* 02低、高分辨杂合度分别为82.0％和95.8％,其高分辨率纯合子呈现规律性分布.结论 中华骨髓库湖南分库岳阳地区志愿者HLA-A* 02亚基因频率呈高度多态性,与中华骨髓库湖北分库志愿者两个群体间A*02基因频率分布比较差异无统计学意义(x2=7.75,P＞0.05),而与台湾慈济血库、日本、北爱尔兰、亚裔美国人群的A*02基因频率分布比较差异有统计学意义(x2=48.54,340.45,655.63,484.9,P＜0.01).     

人类白细胞抗原基因分型与微珠反应格局

背景:Flow-rSSO结合流式细胞分析技术和PCR-SSO技术的高通量分型方法,是目前国外人类白细胞抗原分型中应用最多的方法.目的:筛选同组不同等位基因之间的微珠反应格局,加强人类白细胞抗原基因分型方法的标准化,使分型向最快最准确的方向发展.方法:使用TECAN DNA全自动工作站从457份中华骨髓库捐献者全血样本中提取基因组DNA,DNA样本用One LambdarSSO HLA-A、B和DRB1基因分型高分试剂盒进行PCR扩增、分子杂交和Luminex流式磁珠分析仪检测.参考0ne Lambda公司提供等位基因微珠格局表(HLA-A,B and DRB1)分析常见等位基因,并对常见等位基因与微珠的相关性进行研究.结果与结论:同一组常见等位基因除相同微珠反应格局外,与某个或某几个有区别的微珠是密切相关的.就临床组织器官移植而言,采用中分辨度DNA分型技术是最佳选择,一方面有利于快速筛选,另一方面能够降低匹配难度.就科研工作而言,一般采用高分辨率分型方法.     

中华骨髓库造血干细胞捐献志愿者HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1高分辨等位基因频率分析

目的分析中华骨髓库造血干细胞捐献者HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1 5位点在高分辨基因分型水平上的等位基因频率特征。方法根据718名中华骨髓库捐献者HLA5位点高分辨分型数据,运用直接计数法计算各位点基因频率。结果在718名捐献志愿者中,共检出28个HLA-A等位基因、61个HLA-B等位基因、30个HLA-C等位基因、40个HLA-DRB1等位基因、18个HLA-DQB1等位基因;其中HLA-A位点最常见等位基因为A*1101(21.66%)、A*2402(16.37%)、A*0201(13.79%);HLA-B位点最常见等位基因为B*4001(11.49%)、B*4601(9.54%);HLA-C位点最常见等位基因为Cw*0702(15.74%)、Cw*0102(15.32%)、Cw*0304(11.56%);HLA-DRB1位点最常见等位基因为DRB1*0901(14.69%)、DRB1*1501(12.40%)、DRB1*0701(9.89%);HLA-DQB1位点最常见等位基因为DQB1*0301(20.54%)、DQB1*0303(15.81%)、DQB1*0601(10.79%)。结论本研究在高分辨基因分型水平提供了一套有关中国人群HLA-A,-B,-C,-DRB1和-DQB1 5位点基因频率数据。     

HLA-A*0201-BSP融合基因的构建与原核表达

克隆表达可生物素化的HLA-A＊0201的重链胞外区是制备HLA-A＊0201-肽四聚体的先决条件。本研究构建重组HLA-A＊0201-BSP融合基因的表达载体，以制备HLA—A2四聚体。根据已报道的序列设计特异引物，利用逆转录聚合酶链反应（RT-PCR）方法从已鉴定为HLA—A＊0201基因型的健康人白细胞中克隆HLA—A＊0201重链胞外区的基因．拼接上依赖生物素-蛋白连接酶（biotin-protein ligase，BirA）的可生物素化序列（BirA substrate peptide．BSP），构建HLA—A＊0201-BSP的原核表达载体，在大肠杆菌DH50t中进行表达。结果表明：成功扩增出HLA—A＊0201-BSP融合基因并测序证实，构建的pBV220-HLA—A＊0201-BSP可在大肠杆菌DH50t中高效表达HLA—A＊0201-BSP融合蛋白．表达量占菌体总蛋白的28％，以包涵体的形式表达，经洗涤、变性后，以Sepharcyl S-300HR（S-300）柱层析纯化，纯度可达90％以上。结论：获得了高效表达HLA—A＊0201-BSP的大肠杆菌工程菌株，建立了简便有效的包涵体纯化方法，为制备HLA-A＊0201-肽四聚体奠定了基础。     

HLA新等位基因HLA-A~*2451的认定

目的发现和认定1个HLA新等位基因。方法应用PCR-SSO基因分型技术筛选可能的HLA新等位基因,PCR产物测序和基因克隆DNA测序,通过软件分析基因序列及与最同源HLA等位基因序列的差异。结果检出1样本,其HLA-A位点显示出多种不一致的结果,其中包括与已知所有HLA-A等位基因谱型不一致的新谱型,其HLA-A位点第3外显子序列与所有已知HLA-A等位基因序列不一致。软件分析表明该基因序列与同源性最高等位基因A*2415的差异只是在外显子3区域中的363位碱基发生了G→A1个碱基替代,并导致相应的121密码子由ATG(M)→ATA(I)。结论该等位基因为HLA-A位点的1个新等位基因,已被WHOHLA因子命名委员会正式命名为HLA-A*2451。     

中华骨髓库造血干细胞捐献志愿者HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB1高分辨单体型频率初步分析

目的分析中华骨髓库造血干细胞捐献者HLA-A、-B、-C、-DRB1、-DQB15位点在高分辨基因分型水平上的单体型频率及连锁不平衡特征。方法根据718名中华骨髓库捐献者HLA5位点高分辨分型数据,运用Arle-quin3.1软件以最大似然法分析单体型频率。结果双座位连锁不平衡分析显示,HLA-C与HLA-B、HLA-DRB1与HLA-DQB1呈现较为显著的连锁不平衡;多位点单体型频率分析结果显示,最常见的2、3、4、5位点单体型分别为:A*0207-B*4601(7.34%)、Cw*0102-B*4601(8.71%)、B*1302-DRB1*0701(6.19%)、DRB1*0901-DQB1*0303(14.27%)、A*3001-B*1302-DRB1*0701(5.36%)、A*0207-B*4601-Cw*0102(7.06%)、A*3001-Cw*0602-B*1302-DRB1*0701(5.36%)、Cw*0602-B*1302-DRB1*0701-DQB1*0202(6.12%)、A*3001-Cw*0602-B*1302-DRB1*0701-DQB1*0202(5.29%)。结论本研究提供了中华骨髓库718名捐献者HLA5位点高分辨单体型频率遗传学数据,将为临床寻找HLA匹配的无关供者、法医学鉴定、HLA与疾病相关研究等提供分子遗传学参考。     

中国西北汉族人群HLA-A~* 02等位基因的分布特点

目的研究西北汉族人群HLA-A* 02等位基因的分布特点。方法对760份健康无血缘关系的西北汉族人群HLA-A* 02等位基因进行高分辨基因分型,计算HLA-A* 02各等位基因构成比并与其他不同地区人群进行比较。结果 760份样本中,检出9种HLA-A* 02等位基因,以A* 0201(48.86%)为优势等位基因,A* 0207(22.72%)和A* 0206(15.91%)比较常见,纯合子主要为A* 0201/A* 0201,杂合子主要为A* 0201/A* 0207。结论西北汉族人群HLA-A*02等位基因的分布特点比较接近北方汉族人群,但具有其自身分布特点。     

DNA测序用于HLA常规分型方法难以确定样本的检测

由于中华骨髓库的建设推动了我国HLA分型检测技术的快速发展,从微量淋巴毒试验到SSP方法、到SSO杂交技术、再到基因芯片、DNA测序只经过了短短几年的时间[1-2].目前临床移植配型主要采用SSP方法,骨髓库建设则主要采用PCR-SSO荧光微珠流式杂交分型技术,该方法与SSP法相比,具有高通量、高分辨率、高可靠性等特点.但是由于现有的分型试剂均是以目前已经发现的基因序列为基础进行设计的,而且大多数是以西方人群资料为依据,在用来进行中国人群的HLA分型检测时不可避免的出现新的反应格局,有时无法与试剂盒所提供的判断模板相匹配,因而出现不确定的模棱两可结果.     

流式磁珠反向杂交法HLA基因分型中磁珠读数减少对结果的影响

目的分析流式磁珠反向杂交法HLA基因分型中磁珠读取数目减少对结果的影响。方法将正常杂交、读取、获得基因分型结果的样本溶液分别按照1∶2、1∶4、1∶8、1∶16的倍数稀释,进行再次读取、判定分型结果。结果所有样本稀释前后每种磁珠的荧光信号反应格局一致,分型结果完全相同。结论读取到的磁珠数目在一定范围内的减少,通过仔细分析,可保证分型结果准确可靠。     

Statistical method for the estimation of cerebral blood flow using the Kety-Schmidt technique.

The Kety-Schmidt technique for the measurement of cerebral blood flow (CBF) has been in use for many years, but efficient statistical methods for producing estimates of CBF have received little attention. This paper proposes simple statistical models for this problem and explores their properties using data from a recent study of severe head injury in children. The method, which can readily be implemented on a personal computer, allows the uncertainty in the estimate of CBF to be quantified.     

流式微球检测超敏C反应蛋白方法学的建立及性能评价

目的建立流式微球分析技术（CBA）检测人血清中超敏C反应蛋白（hs—CRP）的方法并对其进行系统性评价。方法将hs—CRP鼠抗人单克隆抗体包被在已激活的羧基化聚苯乙烯微球上,用正交试验对试验条件进行优化选择,并应用美国临床实验室标准化协会的有关规则进行方法学评价。结果试验选择hs—CRP鼠抗人单克隆抗体的加入量为10μg,生物素标记的羊抗人单克隆抗体的稀释倍数为1：540,第一次反应时间为2h、洗涤2次,PE标记亲和素的稀释倍数为1：1000,第2次反应1h洗涤1次。方法学评价显示,CBA检测hs—CRP的分析灵敏度为0．03ng／mL,线性范围为0．03～333．33ng／mL,批内变异系数为2．70％～4．44％,批间变异系数为4．99％～9．52％,准确度相对偏倚为2．17％～4．39％,回收率为98．31％～104．60％。高浓度的三酰甘油、胆固醇和胆红素对3种因子有一定的干扰率,低浓度的三酰甘油、胆固醇和胆红素对3种因子干扰较小。分别与免疫荧光方法比较差异无统计学意义。结论自建的hs—CRP流式微球检测技术性能指标满足公认的质量指标,可拓展流式细胞分析技术,值得临床推广使用。     

免疫磁珠法分离纯化骨髓间充质干细胞及向神经细胞定向分化

目的:利用免疫磁珠法分离成人骨髓神经生长因子受体阳性细胞,获得同质性骨髓间充质干细胞,并向神经细胞诱导分化。方法:实验于2005-01/08在吉林大学第一医院中心实验室完成。①骨髓来源于正常成人献髓者,由解放军三零七医院骨髓库提供。采用Percoll密度梯度离心法分离收集骨髓单个核细胞,分别进行常规贴壁分离及免疫磁珠分离。②常规贴壁分离法是将2×107骨髓单个核细胞接种于添加骨髓间充质干细胞培养液的25cm2培养瓶中孵育,48h后除去未贴壁细胞,更换新鲜培养液,待细胞生长至90%融合时消化传代。③免疫磁珠分离法是将骨髓单个核细胞先后与鼠抗人神经生长因子受体单克隆抗体、羊抗鼠IgG免疫磁珠4℃反应15min,然后将细胞放入分离系统的细胞分离柱内,经免疫磁珠标记的骨髓单个核细胞(神经生长因子受体阳性部分)由于磁场作用滞留于分离柱中。移走磁场后,冲洗分离柱即得到神经生长因子受体阳性细胞。④分别检测神经生长因子受体阳性细胞和常规贴壁培养所获骨髓间充质干细胞体外扩增和集落形成能力,分析其细胞表型和细胞周期,并将骨髓间充质干细胞向神经细胞诱导分化。结果:①平均在每百个骨髓单个核细胞中有(2.6±1.2)个神经生长因子受体阳性细胞存在。经过免疫磁珠分离获得的神经生长因子受体阳性细胞数占骨髓单个核细胞总数的(0.57±0.31)%,纯度为(90.6±5.1)%。②神经生长因子受体阳性细胞培养4周后,神经生长因子受体、CD34、HLA-DR、CD133、CD105阳性率分别为(35.5±5.9)%,(2.3±1.7)%,(2.6±2.3)%,(1.4±1.1)%,(89.8±12.8)%。③经免疫磁珠分离获得的1×106个神经生长因子受体阳性细胞平均可以形成3100个集落,而接种同样数目的骨髓单个核细胞平均只能形成56个成纤维细胞集落。④神经生长因子受体阳性细胞可以在体外扩增10周,其扩增倍数较常规贴壁法纯化骨髓间充质干细胞平均高出2～3个数量级。⑤培养4周后,免疫磁珠法分离的骨髓间充质干细胞中处于分裂期的细胞比例高于常规贴壁法(12.37%,9.71%,P<0.05)。⑥诱导后5h,约60%细胞变成双极形、多极形和锥形,出现类似神经元细胞的形态,并可见多数细胞相互交织成网络结构。⑦经诱导分化后的骨髓间充质干细胞微管蛋白生物素单克隆抗体TuJ-1表达明显增强,无神经胶质纤维酸性蛋白表达。结论:①利用免疫磁珠分离骨髓神经生长因子受体阳性细胞可以获得同质性原始骨髓间充质干细胞。②免疫磁珠分离的神经生长因子受体阳性细胞较常规贴壁分离获得的骨髓间充质干细胞具备更强的增殖能力和成神经分化潜能。     

Statistical analysis of the DIAMOND MI study by the multipole method

We present a new method to describe the dynamics of the beat-to-beat RR time series. The classification of the phase-space plots obtained from RR time series is performed by a calculation of parameters which describe the features of the two-dimensional plot. We demonstrate that every parameter has its specific consequence on the evaluation of the state of the cardiac function. By applying the method to the DIAMOND MI study we demonstrate that these parameters have more prognostic power than previously suggested risk markers. The results suggest that the RR intervals constitute a highly complex time series which necessitates the use of refined mathematical-statistical methods in order to reveal pathologies in the heart rate.     

Rapid genotyping of two common G6PD variants,African (A-) and Mediterranean,by high-resolution melting analysis

ObjectivesThe Mediterranean and A(-) G6PD variants are particularly prevalent in Africa and Southern Europe. Our study was aimed to develop an assay for the rapid genotyping of these two variants by HRM.MethodsAfter PCR reactions corresponding to the G6PD Mediterranean (exon 6), G6PD (A-) (exon 4) and G6PD (A-) (exon 5) mutations, amplicons were submitted to HRM. This protocol was applied to a cohort of 132 patients suffering from sickle cell disease.ResultsWild, homozygous or hemizygous and heterozygous states were fully discriminated by HRM for all three mutations. HRM results were in total accordance with DNA sequencing for 22 patients of our cohort with a ‘A’ genotype: presence of the (A-) (exon 5) mutation but absence of the (A-) (exon 4) mutation.ConclusionsOur HRM protocols allow a rapid, simple and cost-effective screening of G6PD deficiency in patients originating from the Mediterranean and the African areas.     

A high-resolution method for amino acid analysis of physiological fluids containing mixed disulfides

In this paper we report a high-resolution method and special buffers for the analysis for 45 common amino acids and related compounds and seven less-common components occasionally found in physiological fluids. Careful optimization of the chromatographic protocol resolves cysteine-penicillamine mixed disulfide, penicillamine disulfide, and dihydroxyphenylalanine from cystine and methionine; cysteine-homocysteine mixed disulfide is eluted between tyrosine and phenylalanine. Argininosuccinic acid is eluted before ethanolamine; glycerophosphoethanolamine is separated from taurine; glucosaminic acid is eluted between urea and aspartic acid. A Beckman Instruments System 6300 Amino Acid Analyzer was used. System performance is examined in terms of coefficient of variation (CV) over the concentration range of 1.0-5.0 nmol/50 microL; average CV for all components is better than 1.5%. Method performance is assessed through the analysis of normal and abnormal urine and plasma specimens.