自动双向测序法检测基因的单核苷酸多态性

目的：通过检测21号染色体上的所有已知基因中存在的单核苷酸多态性(single nucleotide ploymorphism，SNP)，建立一种检测基因SNP的高通量的方法。方法：应用聚合酶链反应技术和荧光标记的自动双向测序法，对中国汉人、少数民族共96个人DNA标本，在21号染色体上所有已知基因的启动子区、全部编码区及其临近的内含子区进行自动测序，并通过Polyphred软件识别SNP。结果：应用聚合酶链反应技术和荧光标记的自动双向测序法在128个基因发现了许多SNP。汉族人与少数民族在一些基因有SNP的差异。结论：自动双向测序法检测基因的SNP是直接、可靠和高通量的一种方法。     

海口市原发性痛风患者ABCG2基因rs3114018位点单核苷酸多态性分析

目的:明确三磷酸腺苷结合盒转运蛋白G2基因(ATP-binding cassette transporter G2,AB-CG2)rs3114018位点与海口市原发性痛风的相关性,为海口市原发性痛风提供早期诊断的遗传标记.方法:选取2019年1月至2020年6月进入我院177例痛风患者为实验组,以191例健康人为对照组...     

结直肠癌PINCH基因单核苷酸多态性的小样本检测

目的 筛选结直肠癌患者PINCH基因单核苷酸多态性(SNP)位点,初步探讨PINCH基因SNP与结直肠癌相关性,为后续结直肠癌风险预测提供参考.方法 抽提36例结直肠癌患者和30例非结直肠癌人群外周血单个核细胞DNA;同时对术中采集的配对的36例正常黏膜组织匀浆后提取DNA.对PINCH基因外显子区进行PCR扩增并对产物进行测序分析.结果 PINCH基因外显子区域内共筛查出10个SNP,其中rs74632558的SNP基因型在结直肠癌和非结直肠癌人群之间有差异,但无统计学意义,同时发现了3个未登陆的SNP.结论 PINCH基因外显子区rs74632558 SNP可能与结直肠癌发生有一定关系.     

Preproghrelin基因rs696217位点单核苷酸多态性与广州番禺人群2型糖尿病的相关性研究

目的探讨广州市番禺区人群2型糖尿病(T2DM)与Preproghrelin基因rs696217位点单核苷酸多态性的相关性。方法提取来自番禺人群的非糖尿病人(对照组)和T2DM患者(T2DM组)的DNA,采用PCR-RFLP,检测其Preproghrelin基因rs696217位点的基因型,比较组间基因型、等位基因频率分布的差异。结果对照组116例样本中,CC 96例、AC 20例,AA 0例;基因型频率分别为:0.828、0.172、0。T2DM组118例样本中,CC 89例、AC 24例、AA 5例,基因型频率分别为:0.754、0.203、0.043。对照组和T2DM组的基因型频率分布符合Hardy-Weinberg平衡。组间基因型和等位基因频率差异无统计学意义。结论未发现Preproghrelin基因rs696217位点单核苷酸多态性与广州市番禺区人群2型糖尿病直接相关。但在T2DM组中检测到AA基因型,预测等位基因A在T2DM发生中可能有某种作用,有待进一步研究。     

汉族人巯基嘌呤甲基转移酶基因候选单核苷酸多态性筛选

目的　对中国汉族人巯基嘌呤甲基转移酶 (TPMT)单核苷酸多态性 (SNPs)频率出现较高的热点区域进行筛选 ,以期发现新的候选SNPs ,为汉族人TPMT基因型检测提供完整的位点和理论依据。方法　采用ABI荧光标记自动测序仪检测TPMT 4个外显子及其周围部分内含子序列 ,确定候选SNPs位置和类型。结果　初步发现 3 0人份汉族人DNA样本中存在未见报导的 3个候选SNPs。结论　汉族人群中存在多种TPMT基因遗传多态性 ,需进一步进行较大规模的定位和功能研究     

纳米金检测单核苷酸多态性的应用进展

单核苷酸多态性(single nucleoride polymorphism,SNP)与疾病发生的关系的重要性日益受到重视,探讨SNP与各种疾病发生的相关性研究已见于大量报道。传统的检测SNP的方法操作复杂,费时费力,假阳性高,新的SNP检测方法不断出现并应用。纳米金法是目前较为成熟的检测技术,文中介绍几种常见的SNP检测方法。     

中国人群MEGSIN基因单核苷酸多态性的检测

【目的】研究中国人群MEGSIN基因多态性及其分布特征，并与国外数据库进行比较。【方法】随机选取208例广东地区汉族个体，提取基因组DNA。对包含外显子、外显子-内含子交界区及5’UTR区、3’UTR区的PCR产物进行直接测序。综合正反向结果识别和鉴定基因内SNPs。所得结果在美国国立生物技术信息中心（NCBI）的SNP数据库（dbSNP）中进行查询和比较。【结果】在所有研究对象中共发现24个SNPs，主要位于非编码区；22个为替换型SNP，1个为插入型SNT，另一个为缺失型SNP；其中有6个SNPs在数据库中未报道，有4个数据库已报道的SNPs，在本次研究未能证实在中国人群中存在多态性。【结论】中国汉族人群MEGSIN基因的多态性分布与美国数据库中基于高加索人群的资料存在差异。本研究不仅有利于了解MEGSIN基因结构，且为在中国人群中研究MEGSIN基因相关疾病并最终找到致病位点提供可靠数据。     

焦磷酸测序技术对阿司匹林个体化用药相关SNP位点分型

阿司匹林的抗血小板作用在临床存在显著的个体差异,而rs5918、rs12041331和rs730012 3个单核苷酸多态性位点与阿司匹林的药效和不良反应有着密切的联系。本文基于PCR结合焦磷酸测序技术,建立了阿司匹林相关SNP位点的基因分型方法。自主设计扩增引物和测序引物;优化PCR扩增条件,使3个位点能够在相同的条件下扩增并通过梯度稀释基因组DNA检测方法的灵敏度;最后,分别基于本文建立的新方法和Sanger测序技术对20例临床样本进行3个位点的基因分型,验证该方法的准确性。结果显示,本文成功建立了阿司匹林个体化用药相关SNP位点的基因分型方法,检测下限低至0.4 ng 基因组DNA,用两种方法对20例临床样本进行3个位点的基因分型,结果完全一致,说明该方法有较高的准确性。     

汉族和布依族个体preproEGF基因DNA序列中3个新的单核苷酸多态性研究

目的 探测鉴定汉族和布依族个体表皮生长因子前体基因(preproEGF)第20、21外显子及其内含子DNA序列区段中的单核苷酸多态.方法 设计合成11条引物分别以布依族和汉族个体的基因组DNA为模板进行大片段PCR扩增和产物的DNA测序;以GenBank资料库相应的核酸序列为参照分析比较布依族、汉族个体和外国人种的...     

变性高效液相色谱法筛选鼻咽癌相关基因单核苷酸多态性

目的　利用变性高效液相色谱法（DHPLC）结合测序筛选和鉴定鼻咽癌基因的单核苷酸多态性（SNPs）。方法　PCR扩增30例鼻咽癌患者和28例正常对照者6p21.3区域基因PPP1R11、PP1R10、FLOT1、KIAA0170的4个外显子与1个内含子片断,采用DHPLC技术对扩增片断进行基因变异检测,将不同的类型PCR片断进行全序列测定并与参考序列对照分析。结果　在5个片断中初步鉴定出4个未见报道的新SNP位点,验证了4个已知的SNPs位点和基因型。结论　DHPLC预测结合全序列测序是一种高效、经济、简便、可靠的SNP筛选方法。     

变性高效液相色谱法筛选鼻咽癌相关基因单核苷酸多态性

目的 利用变性高效液相色谱法（DHPLC）结合测序筛选和鉴定鼻咽癌基因的单核苷酸多肽性（SNPs)。方法 PCR扩增30例鼻咽癌患者和28例正常对照者6p21.3区域基因PPP1R11，PP1R10，FLOT1，KIAA0170的4个外显子与1个内含子片断，采用DHPLC技术对扩增片断进行基因变异检测，将不同的类型PCR片断进行全序列测定并与参考序列对照分析。结果 在5个片断中初步鉴定出4个未见报道的新SNP位点，验证了4个已知的SNPs位点和基因型。结论 DHPLC预测结合全序列测序是一种高效，经济，简便，可靠的SNP筛选方法。     

无标记探针技术检测IL-6基因启动子单核苷酸多态性

目的：探讨无标记探针技术检测IL-6基因启动子单核苷酸多态性（SNP）的实用性．方法：采用新型荧光染料EvaGreen和无标记探针技术对IL-6基因启动子SNP进行基因分型．以其-597G〉A位点为例设计PCR扩增引物和无标记探针,按PCR扩增效率和产物特异性进行Mg^2＋浓度、不对称PCR引物比例以及模板浓度等条件的优化．并用此优化体系基因分型100例临床标本,杂合型与突变型以测序验证．结果：结果显示EvaGreen荧光PCR检测体系是最适Mg^2＋浓度为2．5mmol／L,不对称PCR引物比例为0．1／0．5umol／L,模板浓度为10ng／10uL的两步法不对称PCR．该体系对100例样本进行IL-6基因～597G〉A位点基因分型,发现7例杂合型和1例突变型,经测序与检测结果一致．结论：无标记探针技术检测基因SNP是一种值得推广的简便易行、低成本、常规化的基因分型方法．     

MicroRNA 基因单核苷酸多态性与类风湿关节炎的相关性研究

目的 分析类风湿关节炎（RA）患者和健康人群microRNA-146a（miR-146a）、miR-499a、 miR-149 及miR-196a 多态性位点的相关rs2910164、rs3746444、rs2292832 及rs11614913 等位基因和基因型 频率分布的差异。探讨其与类风湿关节炎（RA）发病风险的相关性,以及与疾病活动性及严重性的关系。 方法 收集600 例RA 患者和398 例健康人群的外周静脉血,提取基因组DNA,采用基于连接酶检测反应的 单核苷酸多态位点（SNP）分型技术对研究对象的4 个SNP 位点进行检测。结果 rs3746444 位点的CT 基 因型与中国汉族人群RA 疾病的活动性和严重性相关,并且rs11614913 位点（miR-196a）与性别存在交互作用, 可能与RA 发病有关。结论 miR-499a 的rs3746444 位点的CT 基因型可能与中国汉族人群RA 疾病的活动 性和严重性相关。     

microRNA-206单核苷酸多态性与乙型肝炎病毒相关原发性肝癌关系的初步研究

目的 探讨microRNA-206 (miRNA-206)单核苷酸多态性与乙型肝炎病毒(HBV)相关原发性肝癌遗传易感性及术后复发的关系.方法 共纳入三组受试对象,分别为128例HBV相关肝癌患者(HCC组)、121例慢乙肝患者(CHB组)及129例健康受试者(CON组).采用生物信息学方法预测并筛选位于miRNA-206启动子调控区域的三个标签SNP,基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法检测miRNA-206 rs16882131、rs6920648、rs945210三个SNP位点的基因型,分析其与HBV相关肝癌易感性及早期复发的关系.结果 miRNA-206 rs16882131基因型及等位基因分布在HCC、CHB、CON三组间差异有统计学意义,其突变基因型CC和等位基因C降低HBV相关肝癌发生风险(OR =0.354,95％ CI0.163～0.771;OR =0.182,95％ CI0.124 ～0.267),但与肝癌术后早期复发无显著相关性.结论 miRNA-206rs16882131多态性可能与HBV相关肝癌遗传易感性相关,但与肝癌术后早期复发无明显关系.     

单个核苷酸的多态性与脓毒症发病的分子机制

分析单个核苷酸的多态性(SNP)在脓毒症发病机制中的可能作用，以及目前的研究现状，通过对脓毒症患者SNP的检测，可初步进行个体化的对症治疗。     

基于连接酶-琼脂糖凝胶电泳的单核苷酸多态性快速检测方法

目的：研究一种简便、快速、灵敏的单核苷酸多态性（SNP）分型方法,使其能够在简单实验条件下进行常规的临床检测。方法基于连接酶-琼脂糖凝胶电泳技术,设计突变位点的检测探针,通过对检测探针的连接、纯化和通用扩增反应,根据琼脂糖凝胶电泳条带的出现情况判定检测位点的突变类型。以表皮生长因子受体（EGFR）基因的3个 SNP 突变位点 EGFR, c．2573T＞G（L858R）,EGFR,c．2582T＞A（L861Q）和 EGFR,c．2155G＞T（G719C）为检测对象,分别对质粒模板和肺癌血浆循环 DNA 样本进行了检测。结果建立方法操作简便,具有较高的特异性和灵敏度。经过20～30个循环的 PCR 扩增,能够根据扩增条带的有无清晰判断检测位点的基因型。在对不均一样本中混合等位基因检测时,能够最低检测出2．5％的突变型等位基因。本方法和直接测序法分别能够从62例肺癌样本检测出6例和 2例 L858R 位点杂合子突变。结论SNP 突变检测方法适合于在简单实验条件下对不均一样本进行常规突变检测。     

长爪沙鼠ApoE基因SNPs的遗传多态性

目的评价ApoE基因在Z:ZCLA长爪沙鼠封闭群中的遗传多样性。方法利用PCR-SSCP技术对前期已筛选到的三个SNP(single nucleotide polymorphism)位点在普通环境和生物净化后、屏障环境饲养的两个封闭群共444只动物中进行了ApoE等位基因的基因频率,基因型频率,杂合度、多态信息量等参数进行了检测与计算。结果检测结果表明97、781和1774三个SNP位点平均等位基因为2个,遗传方式基本符合孟德尔定律;期望杂合度分别是0.063、0.501、0.499,全群平均为0.354;PIC分别是0.061、0375、0.374,全群平均0.270。结论 ApoE基因频率和基因型分布可能与长爪沙鼠的长期封闭和选种方式造成一定程度的遗传漂变相关。     

飞行员线粒体DNA高变区Ⅰ单核苷酸多态性研究

目的了解飞行员线粒体DNA高变区Ⅰ单核苷酸多态性（SNP）分布特点,探讨耐力相关的基因标记。方法以86例飞行员和80例健康对照人群为研究对象,用PCR产物直接测序的方法检测线粒体高变区ⅠSNPs,并与剑桥序列比对,确定SNPs的位点、类型及频率。结果飞行员和健康对照人群线粒体DNA高变区ⅠSNPs分布频率高于10%的位点分别有11个和8个,高于20%的位点分别有7个和5个,其中飞行员C16257A和C16261T位点频率明显高于健康对照组。结论线粒体DNA高变区ⅠSNPs位点C16257A和C16261T有可能与飞行员飞行耐力相关。     

miRNA基因单核苷酸多态性与非小细胞肺癌易感性的关联研究

目的 探讨微小RNA(microRNA,miRNA)基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP)与非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)发生风险的关系.方法 通过生物信息学方法筛选出13个位于miRNA基因序列上的潜在功能性的SNPs位点.采用病例-对照研究设计,纳入新发NSCLC患者626例,对照为736例同期门诊体检人群.提取研究对象外周血细胞基因组DNA,采用SNPscanTM对筛选的13个SNPs位点进行基因分型,多因素Logistic回归分析SNPs与肺癌发生风险的关联性和关联强度.结果 发现3个SNPs,即rs62085660(位于miRNA AC145343.1)、rs11597888(位于miRNA AL391839.1)和rs16867808(位于miRNA AL021918.2)与NSCLC发生风险显著相关,但此种关联只限于特定的亚组人群.rs62085660 (C/G)位点与肺鳞癌的发生风险相关(加性模型,校正OR =0.79,95％CI=0.62 ～ 1.00,P=0.049;显性模型,校正OR=0.72,95％ CI =0.53 ～0.98,P=0.035).rs11597888(G/A)和rs16867808 (T/C)位点只在吸烟人群中与肺癌易感性相关(rs11597888:显性模型,校正OR=1.42,95％CI=1.03 ～ 1.96,P=0.033;rs16867808:加性模型,校正OR =0.58,95％ CI=0.40 ～0.84,P=0.004,显性模型,校正OR =0.53,95％ CI =0.35～0.81,P=0.004).结论 rs62085660位点与肺鳞癌发生风险相关,rs11597888位点和rs16867808位点与吸烟相关性肺癌发生风险相关.