基于网络药理学方法探讨板蓝根颗粒治疗上呼吸道感染作用机制

目的 :对板蓝根颗粒进行网络药理学的研究,阐明其药效物质基础,进一步探索其药效成分的潜在靶标。方法 :采用包括口服可利用度预测、类药性评估、主成分分析、分子对接模拟以及药效分子-靶标网络的分析等方法于一体的网络药理学模型,研究板蓝根颗粒所含中药组分。结果 :18个主要药效分子与45个治疗上呼吸道感染的靶标具有高网络度,且分子对接计算得出10个关键药效分子与靶标具有较强的结合能,推断其"多组分-多靶点"的方式来发挥治疗上呼吸道感染的作用。结论 :借助网络药理学技术可初步明确板蓝根颗粒治疗上呼吸道感染的药效物质基础及其潜在的分子作用机制。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨冠心Ⅲ号方治疗冠心病潜在分子机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨冠心Ⅲ号方治疗冠心病潜在分子机制.方法 通过查询TCMSP数据库获取冠心Ⅲ号方的活性成分及作用靶点,通过TTD数据库、OMIM数据库、GeneCards数据库、DrugBank数据库、PharmGkb数据库获取治疗冠心病的作用靶点,使用Venn Diagram取药物和疾病共有交集靶...     

基于“成分-靶点-通路”网络和分子对接技术的泻火消瘿方治疗格雷夫斯病药效物质基础和作用机制初探

目的  基于网络药理学和分子对接技术研究泻火消瘿方治疗格雷夫斯病(Graves diseases,GD)的药效物质基础和作用机制。方法  通过数据库收集泻火消瘿方中药材的化学成分及作用靶点集,再检索GD相关靶点集。构建泻火消瘿方治疗GD的“药材-成分-靶点”网络及靶点蛋白相互作用(PPI)网络。进行KEGG和GO富集,预测其作用机制,并进行关联性分析。最后将筛选出的活性成分与关键靶点进行分子对接。结果  获得泻火消瘿方化合物92个,相应靶点227个。PPI网络筛选出了核心靶点18个。得到KEGG通路192条(P < 0.05),GO条目2 385个(P < 0.05),其中BP条目1 988个,CC条目255个,MF条目142个。分子对接结果显示,泻火消瘿方核心成分与潜在关键靶点具有较好的结合活性,与目前可能治疗GD药物的亲和力相近。结论  泻火消瘿方相关作用靶点及代谢通路为进一步研究泻火消瘿方治疗GD的药效物质基础及作用机制提供依据。      

基于网络药理学和分子对接探讨宣肺润燥解毒方治疗新冠肺炎的作用机制

目的 运用网络药理学和分子对接技术，探究宣肺润燥解毒方治疗新冠肺炎的分子机制。方法 利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、TCMID数据库筛选宣肺润燥解毒方活性成分，利用有关数据库筛选新冠肺炎相关靶点。以Cytoscape软件构建“药物-化合物-靶点”网络，并用分子对接验证有效成分与靶点亲和力。结果 筛选出宣肺润燥解毒方有效成分3019个，潜在靶点525个。分子对接结果显示活性成分槲皮素、木犀草素、汉黄芩素与关键靶点ATK1、TNF、TP53具有良好亲和力。结论 本研究初步明确宣肺润燥解毒方通过多成分-多靶点-多通路治疗新冠肺炎的作用机制，为深入研究宣肺润燥解毒方治疗新冠肺炎的作用机制提供了前期参考。     

基于网络药理学及分子对接探讨雷公藤治疗肝癌的作用机制

目的运用网络药理学方法及分子对接技术对雷公藤治疗肝癌的主要活性成分及其潜在作用机制进行探讨。方法 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）筛选雷公藤主要活性成分及其预测靶点；在DrugBank、GeneCards、OMIM、TTD数据库中筛选肝癌相关靶点；通过R语言软件映射得到雷公藤治疗肝癌靶点，并绘制韦恩图；在STRING网站构建治疗靶点PPI网络图；应用Cytoscape 软件构建"雷公藤-活性成分-靶点-肝癌"互作网络图；通过R语言软件对治疗靶点进行GO功能分析和KEGG通路富集分析；应用PubChem、RCSB PDB数据库，AutoDock、PyMOL软件对药物潜在活性成分与关键靶点进行分子对接。结果 共筛选出活性成分51个和潜在治疗靶点120个，靶点主要涉及酰胺结合、肽结合、DNA结合转录因子结合等生物学过程，并主要富集于卡波西肉瘤相关疱疹病毒感染、乙型肝炎、流体剪切应力和动脉粥样硬化等信号通路中。分子对接验证显示对接得分大于-5kcal/mol占100%，即所有靶点与成分的结合活性较好。结论 通过网络药理学方法及分子对接技术证实了雷公藤多成分、多靶点、多途径的作用特点，预测了雷公藤治疗肝癌的潜在作用机制，为后续进一步开发和应用提供理论依据。     

基于网络药理学及分子对接探讨熟地黄-山茱萸药对治疗阿尔茨海默病的潜在机制

目的 采用网络药理学及分子对接技术探讨熟地黄-山茱萸药对治疗阿尔茨海默病（Alzheimer’s disease, AD）的活性成分和潜在分子机制。方法 通过TCMSP数据库、SwissTargetPrediction平台、GeneCards和DisGeNET数据库及查阅文献收集并获取熟地黄和山茱萸的主要化学成分、作用靶点及AD疾病的相关靶点。将疾病靶点与药物靶点取交集获得熟地黄-山茱萸药对治疗AD的潜在靶点,将这些交集靶点导入STRING数据库,建立蛋白质-蛋白质相互作用（protein-protein interaction, PPI）网络。利用Cytoscape软件对PPI网络进行拓扑分析并提取核心靶点,利用CytoNCA插件计算度值,筛选出药对的关键成分。通过Metascape平台进行GO和KEGG通路富集分析,并构建“中药-相关关键成分-关键靶点-通路”网络,然后使用AutoDock Vina和PyMOL软件对核心靶点和关键成分进行分子对接。结果 筛选出熟地黄-山茱萸药对治疗AD的10个关键成分、718个药物靶点和450个疾病靶点,药物与疾病的共同靶点120个。PPI网络最终...     

融合“成分-靶点-共有通路”网络和分子对接技术的清肺口服液抗新型冠状病毒肺炎的活性成分初探

目的?基于网络药理学和分子对接技术研究清肺口服液治疗新型冠状病毒肺炎（COVID-19）的活性成分。方法?采用中药系统药理学分析平台（TCMSP）检索清肺口服液中药材的化学成分及其作用靶点,通过Cytoscape软件构建清肺口服液治疗病毒性肺炎的“成分-靶点-共有通路”网络模型进行分析,借助分子对接软件将网络中的核心成分与潜在的抗COVID-19作用靶点对接筛选。结果?清肺口服液药材成分靶蛋白进行生物分析共得到KEGG通路129条（P<0.05）,病毒性肺炎相关靶蛋白进行生物分析得到KEGG通路104条（P<0.05）,其中KEGG共有通路83条。“成分-靶点-共有通路”网络包含成分201个和对应的靶点2?424个。网络中所含的78个核心成分与治疗COVID-19药物潜在作用靶点RdRp、3Clpro和PLpro分子对接结果显示,Phaseol、丹参新醌D、1,2,5,6-四氢丹参酮等核心成分与目前可能治疗COVID-19的多种药物亲和力相近。结论?清肺口服液的多个核心成分可以与多个潜在靶点结合而达到治疗COVID-19的目的,体现了中药多成分、多靶点和多途径的作用特点,可以为现代中药创制提供参考。      

锦灯笼抗炎活性成分作用机制的网络药理学研究

[目的]预测锦灯笼中抗炎活性成分发挥作用的分子作用机制。[方法]采用反向分子对接方法,将筛选的锦灯笼的活性成分与药物信息数据库Therapeutic Target Database和Drug Bank检索的抗炎作用靶点进行对比分析,归纳总结出锦灯笼活性成分抗炎作用的潜在靶点,并通过MAS3.0对潜在靶点信息进行基因注释,利用Cytoscape3.4.0软件构建锦灯笼活性成分-靶点-通路-疾病网络并分析。[结果]锦灯笼54个活性成分作用于12个炎症靶点,涉及参与信号转导、蛋白水解和炎症反应等16条相关生物过程的代谢通路。[结论]网络药理学的研究方法预测锦灯笼活性成分,从分子水平解释了锦灯笼抗炎的作用机制,并为了中药多成分、多靶点、多通路的药效机制提供了科学依据。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨葛花-枳椇子治疗酒精性肝损伤的潜在作用机制

目的: 利用网络药理学和分子对接技术对葛花-枳椇子治疗酒精性肝损伤（ALI）的潜在作用机制进行研究。方法: 先利用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）和Swiss数据库搜集与葛花、枳椇子药材相关的化学成分及作用靶点,并以口服利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18对化合物进行筛选;同时,使用GeneCard、DrugBank数据库获取与ALI相关的靶点,借助韦恩图映射葛花-枳椇子治疗ALI的潜在作用靶点,再采用String数据库和Cytoscape软件构建蛋白-蛋白相互作用网络及“药材-潜在活性成分-作用靶点”相互作用网络;接着在DAVID和Reactome数据库中对潜在作用靶点进行基因本体（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析;最后,使用AutoDock Vina软件将潜在活性成分与核心靶点进行分子对接验证。结果: 在葛花-枳椇子中,共筛选出21个与疾病相关的潜在活性成分和431个潜在作用靶点,涉及蛋白结合、ATP结合等273种生物功能及磷脂酰肌醇3-激酶-蛋白激酶B（PI3K-Akt）信号通路、TNF信号通路等90条KEGG代谢通路和信号转导、免疫系统等362条Reactome通路。分子对接结果显示,21个潜在活性成分与核心靶点蛋白激酶B（Akt）1、肿瘤蛋白p53（TP53）、IL-6均有较好的亲和力。结论: 本研究结果揭示了葛花-枳椇子治疗ALI的多成分、多靶点、多途径的作用特点,并预测了可能的药效物质、关键靶点和作用通路,为其新药开发和作用机制研究提供了理论基础。     

那如三味片防治类风湿性关节炎的有效成分预测与靶点通路分析

目的 本研究通过系统药理学方法和分子对接技术探讨那如三味片治疗类风湿性关节炎的有效成分、靶点及通路。方法 通过多个化学和天然产物数据库联合检索建立那如三味片成分和其作用靶点集合,并以此筛选类风湿性关节炎相关靶点,通过IPA软件预测那如三味片治疗类风湿性关节炎活性成分的作用通路和分子机制,对潜在靶点进行核心分析、网络构建,对交联度较高的化合物进行分子对接。结果 药-靶网络分析结果表明,从那如三味片各组成成分（草乌、诃子、荜茇）中筛选得到33个活性成分,对应靶点172个,其中涉及类风湿性关节炎靶点124个。利用IPA软件构建那如三味片治疗类风湿性关节炎的网络关系图,预测出47个那如三味片治疗类风湿性关节炎的作用靶点及各成分中有抗类风湿性关节炎作用的活性成分。这些作用靶点主要包括细胞/生长因子——CXCL8、TNF、IL6、IL10等;G蛋白偶联受体——ADRA2A、ADRA2B、ADRB2、ICAM1等;转运体——SLC6A3、SLC6A4等;代谢酶——MAOA、MAOB、CYP1A2等。分别对作用靶点进行Diseases and Functions和Pathway分析,得出作用靶点主要关...     

基于网络药理学和分子对接探讨四妙丸治疗高尿酸血症的作用机制

目的 基于网络药理学及分子对接探讨四妙丸治疗高尿酸血症的作用机制。方法 利用 TCMSP、SEA、Swiss 和PharmMapper数据库预测四妙丸活性成分的作用靶点,运用GeneCards和TCD数据库检索与高尿酸血症相关的疾病靶点。使 用Cytoscape 3.6.1构建蛋白质相互作用网络图,通过STRING平台对四妙丸治疗高尿酸血症的靶点进行GO富集分析和KEGG通路分析。利用SwissDock平台进行分子对接,预测主要化合物与关键靶点的结合度。结果 本研究共筛选出四妙丸中的28种活性成分及429个潜在靶点,与高尿酸血症相关的疾病靶点有494个,得到四妙丸与高尿酸血症的共同靶点有118个,并筛选出其中几个关键靶点AKT1、IL-6、JUN、TNF和CASP3进行分子对接,对接结果显示AKT1、IL-6、JUN、TNF和CASP3与小檗红碱、表小檗碱、豆甾醇、谷甾醇等具有良好的结合活性。预测AKT1、IL-6、JUN、TNF和CASP3可能是四妙丸治疗高尿酸血症的关键靶点。KEGG通路富集分析结果显示四妙丸可能通过TNF信号通路、IL-17信号通路、细胞凋亡信号通路等多条信号通路治疗高尿酸血症。结论 四妙丸是通过多组分、多靶点和多途径协同治疗高尿酸血症,为后续进一步研究四妙丸的活性成分及作用机制提供了依据。     

基于网络药理学的健脾解毒方抗结直肠癌的作用机制研究

目的 基于网络药理学和分子对接研究健脾解毒方的抗结直肠癌作用机制.方法 运用TCMSP、TCMID、ETCM数据库预测健脾解毒方有效成分及其作用靶点,利用GeneCards数据库检索肿瘤相关靶点,并进行药物-疾病靶点匹配.将共同靶点导入Cytoscape 3.7.2构建PPI网络并进行网络拓扑分析筛选关键靶点.通过R ...     

基于网络药理学与分子对接技术的荆银合剂干预新型冠状病毒肺炎的作用机制研究

目的 应用网络药理学和分子对接的方法 ,探讨荆银合剂干预新型冠状病毒肺炎(COVID-19)的分子靶点及可能机制.方法 ? 利用中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)检索荆银合剂的潜在入血活性成分和靶点.通过GeneCard数据库检索COVID-19相关靶点.利用STRING 10.5软件构建荆银合剂成分靶点与C...     

基于网络药理学和分子对接研究喘可治注射液治疗支气管哮喘的机制

目的 应用网络药理学和分子对接,研究喘可治注射液治疗支气管哮喘的活性成分–靶点–通路及作用机制。方法 借助TCMID和TCMSP数据库、ChemicalBook平台及文献检索获取喘可治注射液中淫羊藿和巴戟天的主要活性成分,运用TCMSP、SwissTargetPrediction、PubChem、GeneCards数据库筛选活性成分靶点,从GeneCards、CTD数据库中获得支气管哮喘靶点,在STRING平台构建蛋白–蛋白相互作用网络,使用OmicShare云平台、DAVID数据库、Origin软件对靶点进行KEGG通路和GO生物过程分析,利用Cytoscape软件构建活性成分–靶点–通路网络图,采用AutoDuck Tools软件对关键活性成分和关键靶点进行分子对接。结果 从喘可治注射液中筛选出9个活性成分,作用于66个支气管哮喘相关靶点,其中18个关键靶点涉及13条主要信号通路,参与12条主要生物过程。由分子对接可知喘可治注射液中关键活性成分淫羊藿次苷I、蔗果四糖与支气管哮喘关键靶点结合度较高。结论 喘可治注射液可通过多靶点、多通路、多机制治疗支气管哮喘。     

网络药理学联合分子对接技术分析高良姜治疗抑郁症的可能机制

目的　借助网络药理学联合分子对接技术探讨高良姜治疗抑郁症的作用机制。方法　通过TCMSP数据库 检索高良姜有效成分及靶点,使用GeneCards数据库获取抑郁症疾病靶点基因,利用STRING数据库和Cytoscape 3.9.1 软 件构建PPI网络图并获取蛋白互作关系,筛选出高良姜治疗抑郁症的核心靶点;借助David数据库对相交靶点进行GO功 能分析以及KEGG通路富集分析,得到高良姜治疗抑郁症的潜在作用通路。结果　筛选出高良姜 13 种活性成分和 169 个高良姜治疗抑郁症的潜在作用靶点,包括JUN、MAPK1、AKT1、RELA、ESR1、IL6、MAPK14、MAPK8、RXRA等核心 靶点;GO功能解析得到 654 个生物相关过程、85 个细胞组分及 147 个分子功能;KEGG富集解析获得 171 条相关通路, 分子对接验证了核心靶点与高良姜主要成分具有较强结合力。结论　高良姜可通过多个靶点、多条通路治疗抑郁症。     

单味中药治疗心肌梗死的药效物质及作用机制：基于网络药理学和多靶标分子对接方法

目的 应用网络药理学及分子对接技术,发现治疗心肌梗死（MI）效果较优的中药,并进一步探讨其药效物质及作用机制。方法 通过TCMSP数据库,根据指定的标准,筛选含有治疗MI的活性成分较多的中药。利用Genecards、OMIM、PharmGkb、PharmMapper数据库获取中药与MI的相关靶标,采用Venny2.1.0软件建立药物靶标与疾病靶标的共同靶标网络。通过R语言对共同靶标进行 GO及 KEGG信号通路富集分析;通过 STRING数据库对共同靶标进行蛋白蛋白相互作用网络构建;通过Cytoscape3.7.2软件中的cytoHubba工具对PPI网络涉及的靶标进行分析并确定关键靶标;通过R语言对关键靶标进行GO及KEGG信号通路富集分析。应用SYBYL-X2.1.1软件对潜在药效物质及关键靶标进行分子对接,以Total Score≥6为参考,筛选药效物质并验证其与关键靶标的对接结合性。复制人脐静脉内皮细胞氧糖剥夺模型,通过蛋白质免疫印迹检测对潜在药效物质与治疗MI的关键靶标进行验证。结果 本研究筛选出丹参、降香含有治疗MI的活性成分较多,涉及PTGS2、KDR等治疗MI的关键靶标16个,主要涉及炎症反应、血管新生、能量代谢与氧化应激等生物过程,HIF-1、VEGF、TNF等信号通路,丹参中的香紫苏醇与PTGS2、降香中的芒柄花黄素与KDR对接Total Score最高。Western blot结果显示,低、中、高计量的紫苏醇与芒柄花黄素分别能够抑制PTGS2与促进KDR的表达,且呈剂量-效应依赖关系,其中中、高剂量组差异具有统计学意义（P<0.05）。结论 中药丹参、降香治疗MI的疗效较优,其作用机制可能与丹参、降香中的潜在药效物质香紫苏醇及芒柄花黄素调控PTGS2与KDR的表达,调节炎症反应、血管新生、氧化应激与能量代谢,进而发挥心肌保护作用有关。     

基于网络药理学探讨三物白散治疗胃癌的分子机制及初步验证

目的 运用网络药理学联合分子对接探讨三物白散治疗胃癌的作用机制,通过体外细胞实验对相关靶点作初步验证.方法 利用TCMSP数据库获取三物白散的活性成分及潜在靶点;通过Genecards、OMIM、TTD数据库,收集胃癌相关的作用靶点;将三物白散潜在靶点与胃癌靶点相匹配,获得三物白散抗胃癌的作用靶点,使用STRING数据...