散发性大肠癌APEX基因两个单核苷酸多态性的检测及分析

目的　检测分析中国人散发性大肠癌APEX基因 12 4 7位点、2 197位点的单核苷酸多态性 (singlenucleotidepolymorphism ,SNP)状况 ,探讨其与散发性大肠癌发生的关系。 方法　变性梯度凝胶电泳 (denaturinggradientgelelectrophoresis,DGGE)、单链构像多态性 (singlestrandconformationpolymorphism ,SSCP)分别检测 15 0例大肠癌及其周围正常粘膜DNA的APEX基因 12 4 7位点、2 197位点SNP ,并直接测序验证结果。结果　 12 4 7位点经DGGE检测及测序证实有 17例存在A→G的SNP ,导致I 6 4V改变 ;经SSCP检测和测序证实 2 197位点有 38例T→G的SNP ,并导致D14 8E改变。结论　APEX基因SNP分布可能具有明显的种族差异 ,12 4 7A→GSNP可能与中国人大肠癌发生和恶性程度相关     

垂直变性梯度凝胶电泳在大肠癌APEX基因变异检测中的应用

目的探讨变性梯度凝胶电泳(denaturinggradientgelelectrophoresis,DGGE)在大肠癌APEX基因单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)或基因突变筛选中的应用价值。方法对散发性大肠癌APEX基因5个外显子进行DGGE检测及DNA测序,分析DGGE带型和测序结果之间的关系。结果根据DGGE原理及实验观察结果,发现无论何种碱基改变,在DGGE胶上通常只可能呈现4种带型中的一种,本研究发现其中的3种。杂合子的特征是在变性胶的泳道上出现不同水平的4条带,纯合子呈单一条带;带有错配的DNA分子在凝胶上的位置总是落后于没有错配的分子;当碱基改变为A/T→G/C时,突变DNA分子泳动较快,其条带位于野生型分子之前,当碱基改变为G/C→A/T时,结果相反。结论对于一已知的SNP,利用DGGE带型可以判断SNP的基因型和等位基因频率而免去进一步测序工作;对突变检测而言,DGGE可预测碱基改变的类型,有利于对测序结果判读的准确性。     

中国脑血栓患者家系凝血因子Ⅸ基因SNP9的检测

目的 凝血因子Ⅸ基因在第六外显子23384—23387bp存在单核苷酸多态性(SNP9)。探讨这一单核苷酸的多态性在中国北方人群脑血栓发病机制中的作用。方法 应用聚合酶链反应—限制性片断长度多态性(PCR—RFLP)的方法，检测20个脑血栓患和他们家系，60例正常健康人群凝血因子Ⅸ第六外显子2338—23387bp多态性分布。结果 20例脑血栓患和40例他们的家系成员，在MnⅡ酶切后。可见307bp片断基因类型全部是A。对照组60例基因多态性基因型也显示为A，阳性对照可见A、G和AG。结论 在这一等位基因位点脑血栓家系和正常人群基因多态性基因型均为A型。     

哮喘人群中IgE低亲和力受体基因多态性检测

目的：探讨IgE低亲和力受体(FccRⅡ，CD23)基因点多态性与哮喘易感性的关系。方法：聚合酶链反应-限制性片段长度多态性分析(PCR-RFLP)检测外显子9上的G→A碱基突变。结果：本实验未能发现基因外显子9上存在G→A突变，PAGE电泳检测不到限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism，RFLP)。结论：所研究人群中FceRⅡ基因不存在(G→A)点多态性。     

巯嘌呤甲基转移酶基因多态性分析方法探讨

建立以PCR为基础的位点特异性PCR、限制性内切酶消化、变性高效液相色谱分析和SNaPshot定点的序列分析等方法。并结合DNA直接测序检测巯嘌呤甲基转移酶(TPMT)基因的5个单核苷酸多态性(SNP)位点的多态性频率。在实验过程中还探讨基因多态性检测的方法学，比较几种方法的可信度、可行性及其优劣。研究结果显示。限制性内切酶消化法能准确地检测TPMT基因外显子区的SNP，变性高效液相色谱分析技术能快速筛选出TPMT第5和第10外显子区的SNP，但不能检测出第7外显子的SNP；位点特异性PCR不能检测出TPMT基因外显子区的SNP，SNaPshot定点的序列分析检测TPMT基因外显子和启动子区的SNP准确率高。通过比较几种SNP检测方法后获得的结论是。TPMT基因SNP位点的检测应根据标本量和实验条件首选限制性酶切消化法、DNA测序或SNaPshot定点序列分析，有时一种技术不能完全满足检测的需要，必须几种方法的相互补充。     

中国脑血栓患者家系凝血因子IX基因SNP9的检测(英文)

目的凝血因子Ⅸ基因在第六外显子23384～23387bp存在单核苷酸多态性(SNP9)。探讨这一单核苷酸的多态性在中国北方人群脑血栓发病机制中的作用。方法应用聚合酶链反应—限制性片断长度多态性(PCR-RFLP)的方法,检测20个脑血栓患者和他们家系,60例正常健康人群凝血因子Ⅸ第六外显子2338～23387bp多态性分布。结果20例脑血栓患者和40例他们的家系成员,在MnⅡ酶切后,可见307bp片断基因类型全部是A。对照组60例基因多态性基因型也显示为A,阳性对照可见A、G和AG。结论在这一等位基因位点脑血栓家系和正常人群基因多态性基因型均为A型。     

中国脑血栓患者家系凝血因子Ⅸ基因SNP9的检测

目的凝血因子Ⅸ基因在第六外显子 23384～ 23387 bp存在单核苷酸多态性 (SNP9).探讨这一单核苷酸的多态性在中国北方人群脑血栓发病机制中的作用.方法应用聚合酶链反应-限制性片断长度多态性 (PCR- RFLP)的方法,检测 20个脑血栓患者和他们家系, 60例正常健康人群凝血因子Ⅸ第六外显子 2338～ 23387 bp多态性分布.结果 20例脑血栓患者和 40例他们的家系成员,在 MnⅡ酶切后,可见 307 bp片断基因类型全部是 A.对照组 60例基因多态性基因型也显示为 A,阳性对照可见 A、 G和 AG.结论在这一等位基因位点脑血栓家系和正常人群基因多态性基因型均为 A型.     

聚合酶链反应-限制性片段长度多态性检测肿瘤坏死因子β基因多态性

目的：建立酶链反应限制性片段长度多态性（PCR－RFLP）检测肿瘤坏死因子β（TNFβ）多态性的方法。方法：采用PCR方法扩展TNFβ第一外显子到第二外显子包含G→A突变在内的DNA片段，扩增产物用限制性内切酶Nco I酶切后电泳，分析TNFβ的基因型。结果：TNFβ检测到3种基因型，分别为TNFβ＊1／1、TNFβ＊1／2和TNFβ＊2／2。结论：PCR－RFLP检测肿瘤坏死因子β多态性方法快速、简便、准确、可靠，适合普通实验室开展及大规模研究。     

双重杂合性突变Arg304Glh和Arg304Trp导致的遗传性凝血因子VII缺陷症

目的：探讨一例遗传性凝血因子VII（coagulation factor VII,FVII）缺陷症家系基因突变类型。方法：检测凝血指标以明确诊断；用DNA直接测序法对先证者及其家庭成员FVII基因的全部外显子和其侧翼以及启动子进行分析，寻找基因突变；将含突变序列克隆入pGEMT-easy质粒载体中，对所得两条染色体相应序列分别测序，以确定不同突变在染色体上的分布。应用限制性内切酶MspI对先证者及家系成员相应基因片段进行酶切分析，证实测序所发现的突变。结果：先证者在8号外显子上有两种基因突变：11348位C→T突变和11349C→A突变。pGEMT-easy质粒克隆测序结果显示上述两种突变位于不同的染色体上。为不同染色体同一编码区Arg(CGG)304Trp(TGG)和Arg(CGG)304Gln(CAG)双重杂合性突变。其父亲、母亲分别为11349位G→A和11348位C→T杂合突变；先证者的弟弟FVII基因为正常野生型；其哥哥和3个子女均为杂合性突变。PCR辅助限制性酶切证实了先证者及其家系成员的基因突变。结论：先证者FVII基因突变为不同染色体同一编码区Arg304Trp和Arg304Gln双重杂合性突变，此种突变类型的组合尚属首例。     

连接酶反应技术检测冠心病三个相关基因的单核苷酸多态性

目的 利用聚合酶链反应-连接酶反应（polymorphism chain reaction-ligase detection reaction,PCR-LDR）技术检测瘦素受体基因Lys109Arg （A/G）、Gln223Arg （A/G）,脂联素基因G276T、T45G,护骨素基因T950C、G1181C六个多态性位点的单核苷酸多态性（single nucleotide polymorphism,SNP）.方法 参照待测多态性位点所在DNA序列设计并合成一对引物及3条探针,先通过PCR反应获得含有待检测突变位点的基因片段,再进行LDR,根据测序电泳结果所显示的含荧光标记的LDR产物的片段长度来判断基因型别.结果 采用PCR技术成功扩增出包含瘦素受体基因（110 bp,130 bp）、脂联素基因（400 bp）、护骨素基因（118 bp,163 bp）多态性位点的基因片段.根据LDR产物片段长度不同进行基因分型,纯合子只有一种片段长度,杂合子包含两种纯合子的片段长度,如瘦素受体基因SNP Lys109Arg （A/G）的PCR产物长度为110 bp,LDR产物片段的长度为110 bp时则判断为AA基因型,112 bp则判断为GG基因型,AG基因型则具有110 bp、112 bp两种片段长度.PCR-LDR基因分型结果与DNA测序技术的检测结果一致（Kappa=1,P=0.00）.结论 PCR-LDR技术简单、快速、准确、成本低,适用于大批量SNP检测.     

miR-146a rs2910164 C>G基因多态性与先天性心脏病易感性的研究

目的研究中国汉族人群中miR-146a rs2910164 C>G基因多态性与先天性心脏病发生危险因素关系。方法采用以医院为基础的病例-对照研究,运用质谱SNP分型技术对120例法洛四联症(TOF)患儿,124例大动脉转位(TGA)患儿和136例对照人群进行了miR-146a rs2910164 C>G基因多态性分析,计算各种基因型的先心发生风险及其95%可信区间。结果 miR-146a rs2910164 C>G基因多态三种基因型CC,CG,GG在TOF组、TGA组以及对照组的频率分别为33.9%(CC),49.2%(CG),16.9%(GG);36.1%(CC),51.6%(CG),12.3%(GG)以及35.8%(CC),51.5%(CG),12.7%(GG);通过Logistic回归分析,发现携带miR-146a rs2910164 CG或GG等位基因型与TOF和TGA的发病风险无明显相关。结论 miR-146a rs2910164 C>G基因多态性可能不是先天性心脏病发生的危险因素,相关结果需要进一步研究证实。     

microRNA相关单核苷酸多态性与肿瘤的关系

微小RNA(miRNA)是一类高度保守的非编码小RNA,可作用于转录及转录后调控基因的表达。miRNA参与许多生物途径,可发挥癌基因或抑癌基因的作用。miRNA相关的单核苷酸多态性(SNP)对于肿瘤的发生、发展有一定影响,并与肿瘤的早期诊断、预后和治疗相关。本文综述了近年来发现的miRNA相关SNP与肿瘤关系的研究,并从miRNA基因自身多态性和miRNA靶基因的SNP两方面论述其对不同肿瘤的影响和作用。     

内蒙古地区炭疽芽胞杆菌基因单核苷酸多态性研究

目的研究内蒙古地区炭疽芽胞杆菌基因单核苷酸多态性(SNP)特征。方法选择内蒙古地区不同分离年代、地点和来源的22株炭疽芽胞杆菌,采用实时荧光定量聚合酶链反应(real-time PCR)方法扩增染色体上的13个SNP位点,进行聚类分析。结果使用的13个SNP位点中8个位点相同,5个位点存在多态性。通过聚类分析,22株炭疽芽胞杆菌可分为4个群,属于A.Br.Aust94亚群和A.Br.008/009亚群的菌株各有1株,A.Br.Ames亚群和A.Br.001/002亚群菌株占大多数。结论内蒙古地区炭疽芽胞杆菌基因SNP位点具有遗传稳定性,目前5个SNP位点可作为内蒙古地区炭疽杆菌荚膜质粒SNP位点基因分型的指标,A.Br.Ames亚群和A.Br.001/002亚群是内蒙古地区优势亚群。     

中国广西人群P-选择素基因rs6131 C/T多态性的研究

目的研究P-选择素基因单核苷酸多态性rs6131C/T等位基因及其基因型在中国广西地区人群中的分布频率,并比较其与不同种族间分布的差异。方法采用单碱基延伸PCR扩增技术和DNA测序检测199例中国广西人群的P-选择素基因rs6131C/T多态性,并与人类基因组计划（HapMap）公布的欧洲人、非洲人、日本人和中国北京人的SNP分型数据比较,分析这5个人群的基因型及等位基因的分布频率。结果 P-选择素基因rs6131C/T存在多态性,其基因型及等位基因频率男女组间比较无统计学意义（P〉0.05）,但与非洲人、日本人比较存在显著性差异（P〈0.05）,与欧洲人和北京人比较差异无统计学意义（P〉0.05）。结论在中国广西人群中P-选择素基因rs6131C/T存在多态性,与其他种族人群比较存在差异,这种差异对于人类学的研究可能起重要的作用。     

IRF5rs2004640基因多态性与系统性红斑狼疮的相关性研究

目的研究山东地区汉族人群干扰素调节因子5（IRF5）基因rs2004640单核苷酸多态性,探讨其与系统性红斑狼疮易感性之间的关系。方法采用聚合酶链反应和限制性片段长度多态性等方法对92例系统性红斑狼疮患者和88名健康对照IRF5基因rs2004640G／T多态性进行分析,计算基因型和等位基因频率。结果SLE患者IRF5rs2004640GG、GT、TF基因型频率分别是0．198、0．521和0．281,与对照组有显著差异（x^2=8．73,P〈0．05）;SLE患者IRF5 rs2004640T、G等位基因的频率分别为0．402、0．598,与对照组有显著差异（x^2=7．41,P〈0．01）。结论山东汉族人群IRF5基因位点rs2004640的多态性,可能与山东地区汉族人群SLE的易感性有关。     

中国广西人群Nogo—A基因3’-非翻译区遗传多态性的研究

目的研究Nogo—A基因3’-非翻译区单核苷酸多态性（SNP）各等位基因及基因型在中国广西地区人群中的分布频率,比较其在不同种族间分布的差异。方法采用单碱基延伸的PCR技术和DNA测序法检测199例中国广西人的Nogo—A基因3’-非翻译区rs2588510C／T、rs887G／A多态性,并结合人类基因组计划（Hapmap）公布的四个人群（欧洲人、非洲人、Et本人和中国北京人）的SNP分型数据,比较分析这五个人群的基因型及等位基因的分布频率。结果在中国广西人群中存在Nogo—A基因3’-非翻译区rs2588510C／T、rs887G／A多态性。与欧洲及非洲人群相比,Nogo—A基因多态性的分布频率均存在显著性差异（P〈0．05）;而与日本人及北京人相比,差异无显著性（P〉0．05）。结论在中国广西人群中存在Nogo—A基因多态性,但与其他种族人群比较存在显著性差异,这种差异可能是导致一些疾病在不同种族间的发病率和临床表现存在显著不同的因素之一。     

A systematic review of the quality of genetic association studies in human sepsis

Objective Epidemiological studies demonstrate that inherited factors play a major role in the development and prognosis of sepsis. However, genetic association studies in sepsis have produced contradictory evidence of an effect from individual polymorphisms. Major methodological flaws have been reported in a number of genetic association studies in non-septic populations, relating to problems with experimental design, statistical analysis, study size, power and replication. We hypothesised that genetic association studies investigating sepsis suffer from similar problems, and that this explains the lack of consistent evidence for an effect from polymorphisms.Design A systematic review was conducted of published genetic association studies in sepsis from 1996–2005 using a newly devised scoring system for study quality and rigour. A Bayesian statistical analysis was also carried out to assess the false-positive report probability of identified studies.Measurements and results Study quality was assessed using a 10-point scoring system designed from published reporting guidelines. The majority of studies were of low to intermediate quality, with deficiencies in control group selection, genetic assay technique, study blinding, statistical interpretation, study replication, study size and power. Bayesian analysis indicated that many of the studies reporting a positive association between a genetic polymorphism and sepsis were likely to represent false-positive associations.Conclusions The quality and size of genetic association studies in septic patients needs to improve if advances in identifying genetic effects in sepsis are to occur. Investigators should, as a minimum, follow recommended guidelines when designing studies.Electronic supplementary material Supplementary material is available in the online version of this article at and is accessible for authorized users.This article is discussed in the editorial available at:     

ACTN3's R577X Single Nucleotide Polymorphism Allele Distribution Differs Significantly in Professional Football Players according to Their Field Position

IntroductionFootball is characterised by intermittent high-intensity efforts varying according to the field position of a player. We aimed to ascertain whether polymorphisms in the ACTN3 gene are associated with different playing positions in elite professional football players.Subjects and MethodsGenotyping of the ACTN3 gene was conducted in 43 elite professional football players of a single team. Playing position was recorded based on the player''s most frequent position.ResultsThe genotype distribution was not significant between positions (p = 0.057), while the allele distribution differed significantly (p = 0.035). Goalkeepers (p = 0.04, p = 0.03), central defenders (p = 0.03, p = 0.01), and central midfielders (p = 0.01, p = 0.00) had a significantly different allele distribution compared with wide midfielders and forward players.ConclusionsGenetic biomarkers may be important when analysing performance capability in elite professional football. Identifying the genetic characteristics of a player to adapt his playing position may lead to orientation of positions based on physical capabilities and tissue quality in young football players, and also to performance enhancement in those who are already playing in professional teams.     

A homogeneous high-throughput genotyping method based on competitive hybridization

OBJECTIVES: A reliable high-throughput assay system is necessary for the analysis of the ever-increasing numbers of single-nucleotide polymorphisms (SNP) relevant to genetic screening studies. We describe an assay suitable also for large-scale screening programs. DESIGN AND METHODS: The one-step assay is based on asymmetric PCR amplification of the target sequence and subsequent time-resolved fluorescence measurement. Asymmetric amplification results in a single-stranded PCR product that is detected in the amplification vessel with a highly sensitive, homogeneous hybridization method. RESULTS: A dual label, homogeneous high-throughput platform for nucleic acid sequence analysis was developed and validated using a C/T single-nucleotide polymorphism in the insulin gene as a model analyte and applied also to two other SNP-assays (poliovirus receptor A/G-polymorphism and CD86-gene exon 2 A/G-polymorphism). CONCLUSIONS: The described high-throughput genotyping technology is very competitive in price, simple in design and easily applied to any analyte sequence.     

LTA单核苷酸多态性与胃癌易感性关系的研究进展

尽管世界范围内胃癌的发病率和死亡率有下降趋势,但是近年来我国胃癌发病率和死亡率仍在逐渐上升,已经成为影响人们生存质量的主要因素之一。胃癌的发病机制与多种因素有关,涉及基因多态性、炎性细胞因子及生化机制等,其中淋巴毒素-α(LTA)基因单核苷酸多态性成为近年来研究胃癌致病机理的热点之一。目前发现LTA rs909253(A/G)、rs1041981(C/A)、rs2229094(T/C)、rs746868(G/C)等与胃癌患病风险有一定关联,但尚未得出一致性的结论。本文就目前LTA基因多态性与胃癌易感性的研究进展进行综述。