Epstein-Barr病毒RPMS1基因的克隆及其编码区序列分析

目的：克隆Epstein—Barr(EB)病毒的RPMS1基因，并分析其编码区序列的变异情况。方法：从7例高发区鼻咽癌组织中分别提取总RNA，以RT—PCR扩增出RPMS1基因编码序列，克隆入pGEM—T载体，构建重组质粒pGEM—T／RPMS1，重组质粒经PCR、BamHⅠ和HindⅢ双酶切鉴定，并进行序列测序。结果：成功克隆了高发区鼻咽癌的RPMS1基因，该基因编码序列第151nt发生G→A替换，导致相应第51位氨基酸由天冬氨酸变为天冬酰氨。该变异位于DNA第Ⅴ外显子的155849nt，变异频率为6／7。结论：高发区鼻咽癌EB病毒RPMS1基因的编码序列存在变异；RPMS1基因可能参与高发区鼻咽癌的发生。     

人乳头瘤病毒6型基因组晚期区序列分析

目的 初步分析我国尖锐湿疣患者病变组织分离的乳头瘤病毒6型（HPV-6）基因组晚期区编码序列变异情况。方法 采用重叠PCR设计,分别从HPV-6阳性尖锐湿疣患者病变组织扩增出主要衣壳蛋白L1和次要衣壳蛋白L2基因片段,插人质粒载体克隆,经测序、拼接获得HPV-6基因组晚期区序列,结果 得到的两条长2869bp的HPV-6晚期区序列（GenBank序列索取号AY015006,AY015008）均具有完整的L1和L2开放阅读框（ORF）,与原型序列比较,在L1和L2ORF中共有9个核苷酸变异,其中错义突变4个（有3个发生在L2ORF,1个在L1ORF）。分子进化分析表明,克隆的晚期区序列属于HPV-6b亚型。结论 HPV-6基因组晚期区编码序列非常保守（核苷酸变异率小于0.28%),并且L1ORF比L2ORF更为保守,其中位于L1ORF中7081位的A→G和7099位的G→A两处共有突变在我国HPV-6分离物中具有代表性,本研究首次从我国尖锐湿疣组织标本克隆了HPV-6基因组晚期区全长编码序列。     

爱泼斯坦-巴尔病毒潜伏期膜蛋白2A cDNA的克隆及序列分析

目的：克隆爱泼斯坦－巴尔病毒（EBV）潜伏期膜蛋白2A（LMP2A）基因，研究其基因工程疫苗，方法：用逆转录－聚合酶链反应（RT－PCR）扩增出EBV B95．8株LMP2A全部编码蛋白的基因，并克隆至载体pGEM-T中，通过α－插入失活，PCR及EcoRⅠ、SmaⅠ限制性内切酶双酶切等鉴定重组质粒，采用Sanger双脱氧终止法测定cDNA片段的核苷酸 序列。结果：克隆出LMP2A第1个外显子到第8个外显子的全部编码蛋白的cDNA，测序结果与EB病毒B95．8原型株LMP2AcDNA作同源比较，完全一致，结论：本实验克隆了LMP2A基因的全部编码蛋白的cDNA全长片段。     

丙型肝炎病毒非结构蛋白4A反式激活基因NS4ATP1的克隆化研究

目的：筛选并克隆丙型肝炎病毒（HCV）非结构蛋白4A（NS4A）反式激活新型靶基因。方法：以HCVNS4A蛋白表达质粒pcDNA3．1（-）-NS4A转染HepG2细胞，以空载体pcDNA3．1（-）为平行对照，提取mRNA并进行抑制性消减杂交分析。分析筛选得到的克隆，其中之一与GenBank中注册的已知功能基因序列没有同源性，通过序列同源性比对和电子拼接，根据基因起始密码子的Kozak规则和终止密码子下游保守的多聚腺苷酸信号序列，确定新型基因序列。从转染peDNA3．1（-）-NS4A的HepG2细胞提取总RNA，以逆转录多聚酶链反应（RT-PCR）技术扩增获得该新基因的全长序列，并对克隆的基因及其编码产物的序列进行分析。结果：该新基因的编码序列全长为963个核苷酸（nt），编码产物由321个氨基酸残基（aa）组成，并测序证实，命名为NS4ATP1，在GenBank中注册，注册号为AY740521。结论：分子生物学技术与生物信息学技术相结合，发现并鉴定、克隆了HCV非结构蛋白反式激活作用的新型靶基因NS4ATP1，为进一步研究HCV非结构蛋白反式激活作用的分子生物学机制和探索新型治疗技术奠定基础。     

宫颈癌组织HPV16 URR及E7基因突变和序列多态性分析

目的 分析山东省青岛地区妇女宫颈癌组织中人乳头瘤病毒16型(HPV16)上游调控区(URR)和E7开放读码框(OFR)基因突变和基因序列多态性.方法 收集山东省青岛地区妇女宫颈癌标本共111例,提取DNA作为模板,应用通用引物和型特异引物经聚合酶链反应(PCR)筛选HPV16阳性标本,PCR结合测序检测HPV16阳性标本URR和E7基因全序列,经DNAStar 100软件和在线BLAST分析其变异情况.结果 宫颈癌组织中HPV和HPV16感染率分别为99.10%(110/111)和73.63%(81/110);核苷酸水平上HPV16 URR形成24种变异模式,同源性在98.02%～99.26%之间,nt7518 G→A和nt7861 A缺失变异率均为100%(26/26).HPV16 E7形成12种变异模式,同源性在99.23%～100%之间;nt647 A→G突变率58.54%(24/41),氨基酸由Asn→Ser(N29S)、nt666 G→A突变率24.39%(10/41),为同义突变.结论 山东省青岛地区妇女宫颈癌组织中HPV16 URR和E7基因均存在变异;HPV16 URR突变热点为nt7518和nt7861,HPV16 E7突变热点为nt647,且二者尚存在未见报道的变异位点.     

VEGF-1154 G／A基因多态性与EB 病毒在鼻咽癌发生中的交互作用研究

目的：探讨广西人群中鼻咽癌的发病与VEGF-1154 G/A基因多态性、EB病毒的交互作用。方法选择鼻咽癌的患者197例为病例组,另选择在体检中心进行体检的健康人群197例为对照组,采用病例-对照研究方法分析鼻咽癌发病与VEGF-1154 G/A基因多态性、EB病毒的交互作用。结果 VEGF-1154基因型GG、GA＋AA在病例组中的频率分别为40．0％、60．0％,在对照组中的频率为55．8％、44．2％,差异有统计学意义（P＜0．05）。等位基因A在病例组中的分布（40．4％）明显高于对照组（26．9％）（P＜0．05）,与等位基因G相比,携带有等位基因A的基因型可增加鼻咽癌的发病风险（ P＜0．05）。但VEGF-1154等位基因A与EB-VCA-IgA、肿瘤家族史在鼻咽癌的发病过程中无交互作用（ P＞0．05）。结论 VEGF-1154等位基因A是鼻咽癌发生的风险因素,但其与EB病毒感染、肿瘤家族史在鼻咽癌的发生过程中无交互作用。     

表皮生长因子受体跨膜区编码序列的克隆

目的：克隆表皮生长因子受体跨膜区（Transmembrane,TM）编码序列，为构建跨膜型超抗原和细胞因子的表达载体奠定基础。方法：以表达c-erb-B2癌基因的中国卵巢癌细胞系HO－8910细胞的RNA逆转录产物(cDNA）为模板，用两条针对c-erb-B2全长基因序列中编码TM区序列特异性的引物，采用RT－PCR方法克隆TM区片段并测序。结果：实验克隆的TM编码序列，经测序证实与Genbank中接受号为M11730的TM区序列完全一致；与接受号为X03363的TM区序列存在G→A的多态性。结论：成功地克隆了TM编码序列，并证实源于中国的卵巢癌细胞系HO－8910中所包含的表皮生长因子受体基因中编码的TM区序列存在多态性。     

错配PCR-RFLP检测乙型肝炎病毒X基因/C基因启动子变异

设计错配PCR-限制性片段长度多态性分析（PCR－RFLP）检测中国HBV每株C基因启动子（BCP）区第2个AT丰富区的一对点突变；核苷酸（nt）1762的碱基由A→T和1764的碱基由G→A变异。结果发现在32例慢性HBV感染者中BCP变异者有10例，总检出率为31．2％．提示在我国HBV毒株BCP区这一联合点突变较常见．PCR－RFLP技术与序列分析结合，对于研究这一新发现的热点变异与临床的关系具有重要的实用价值．     

检测HBV基因组nt551A→G突变特异性聚合酶链反应的建立与初步验证

目的：建立一种特异而敏感的检测乙型肝炎病毒(HBV)基因组nt551位A→G变异株的方法。方法：根据已知的HBV基因组序列，结合国内主要流行亚型adr和adw的特点，合成在nt55l位分别为A或G两对引物，建立了突变特异性聚合酶链反应方法。结果：利用该方法对由16份乙型肝炎患者血清扩增的HBVS基因片段进行了初步检测。结果14份样本nt55l为A，l份为G，l份nt55l非A非G。经核苷酸序列分析表明结果正确。结论：该法是鉴定HBV基因组nt55l位A→G变异株的特异而敏感的方法。     

EBV病毒全基因组cDNA探针的设计与制备

目的设计和克隆所有EB病毒(EBV)已知和预计的编码基因作为cDNA探针用于构建EBV微阵列,以促进研究EBV在其相关疾病中的发病学作用.方法cDNA探针首先由Oligo6.0,Blast和Primer Primier软件设计和筛选全 EBV基因组探针,它们的长度被定在300～600 mer并且具有高度特异性.从B95-8细胞和NPC组织的基因组DNA和 RNA中,通过PCR和RT-PCR方法扩增这些探针,之后克隆入T/A克隆载体.所有的探针被测序鉴定.结果除LF1和LF3基因在B95-8细胞的EBV基因组中不存在外,其余85个基因片段(BWRFl基因有7个重复阅读框架)和两个EBERs基因被成功克隆.结论EBV cDNA探针的设计和克隆为制备EBV微阵列和进一步研究EBV基因组在其相关疾病中的作用奠定了基础.     

鼻咽癌体外传代细胞株SUNE中EBV-LMP_1全基因的扩增

用长片段高保真度ＰＣＲ扩增系统（ｅｘｐａｎｄＴＭｈｉｇｈｆｉｄｅｌｉｔｙＰＣＲｓｙｓｔｅｍ）从鼻咽癌（ＮＰＣ）体外传代细胞株ＳＵＮＥ中扩增出ＥＢ病毒（ＥＢＶ）潜伏膜蛋白（ＬＭＰ１）全基因，经凝胶电泳分析和ＤＮＡ斑点杂交进行鉴定。扩增片段长度为３．４３ｋｂ，相当于Ｂ９５－８细胞ＥＢＶ基因序列位置为１７００３３～１６６６０８ｎｔ，包括ＬＭＰ１基因的上游启动子／增强子序列、ＬＭＰ１编码序列的３个外显子、两个内含子及下游ｐｏｌｙＡ信号序列。ＬＭＰ１全基因的扩增对于深入研究ＬＭＰ１基因的结构与功能以及ＬＭＰ１在ＮＰＣ发生发展中的作用机制具有十分重要的价值。     

EBV病毒全基因组cDNA探针的设计与制备

目的 设计和克隆所有EB病毒(EBV)已知和预计的编码基因作为cDNA探针用于构建EBV微阵列,以促进研究EBV在其相关疾病中的发病学作用。方法 cDNA探针首先由Oligo6.0,Blast和Primer Primier软件设计和筛选全EBV基因组探针,它们的长度被定在300~600 mer并且具有高度特异性。从B95-8细胞和NPC组织的基因组DNA和RNA中,通过PCR和RT-PCR方法扩增这些探针,之后克隆入T/A克隆载体。所有的探针被测序鉴定。结果 除LF1和LF3基因在B95-8细胞的EBV基因组中不存在外,其余85个基因片段(BWRF1基因有7个重复阅读框架)和两个EBERs基因被成功克隆。结论 EBVcDNA探针的设计和克隆为制备EBV微阵列和进一步研究EBV基因组在其相关疾病中的作用奠定了基础。     

血管形成抑制剂Tumstatin在鼻咽癌中表达鉴定及基因克隆

目的:检测Tumstatin基因在鼻咽癌发病过程中的表达变化及克隆其编码序列。方法:利用半定量RT-PCR方法检测Tumstatin在鼻咽癌组织、鼻咽癌细胞和正常鼻咽组织中的表达,比较它们之间的表达差异。设计含酶切位点的PCR引物,利用RT-PCR方法从相对正常鼻咽组织中获取Tumstatin蛋白编码序列,T/A克隆入pMD18载体中。利用PCR和酶切鉴定获得阳性重组子。重组子最后经测序证实。结果:与相对正常鼻咽组织相比,Tumstatin在鼻咽癌组织和细胞中表达下调或缺失。RT-PCR法成功获得Tumstatin基因编码区全长cDNA序列。重组克隆质粒插入片段经DNA测序后与GenBank中Tumstatin基因相应序列比较,100%同源。结论:Tumstatin在鼻咽癌组织和细胞中表达下调或缺失。采用T/A技术成功克隆鼻咽组织中Tumstatin基因,为下一步将Tumstatin亚克隆入真核表达载体pEGFP-N1,探索其在鼻咽癌生长和转移中的作用奠定了基础。     

Epstein-Barr病毒RPMS1基因在鼻咽癌组织中的表达及其细胞内定位

目的:了解RPMS1基因在鼻咽癌组织中的表达特点,并明确该基因在上皮细胞中表达的亚细胞区域,为进一步研究其生物学功能提供依据. 方法:提取鼻咽癌组织及各细胞系的DNA和总RNA,以巢式PCR扩增W片段来检测Epstein-Barr病毒(EB病毒)的感染情况,RT-PCR检测RPMS1基因在鼻咽癌组织、细胞株中的表达,并克隆入pEGFP-C2真核表达载体,通过脂质体转染技术将其介导入人胚肾上皮(HEK293)细胞,以激光共聚焦显微镜观察其蛋白表达的亚细胞区域. 结果:除BJAB细胞株外,所有标本中均检测到EB病毒W片段;RPMS1 mRNA在鼻咽癌组织中的表达率为83.3%(45/54),在鼻咽非癌组织中则仅为4%(1/25),二者有显著性差异(P<0.001),鼻咽癌外周血淋巴细胞中未检测到RPMS1表达,RPMS1在SUNE1细胞中的表达高于Raji细胞,但不表达于B95.8细胞;RPMS1可稳定表达于HEK293细胞,其编码蛋白的表达以胞核为主. 结论:EB病毒RPMS1基因在高发区鼻咽癌组织中存在高水平转录,在体外可稳定表达于上皮细胞的胞核,提示RPMS1编码蛋白可能作为核转录因子通过调控细胞增殖相关的信息传递而参与上皮癌变过程.     

人CYB5R2基因真核表达载体的构建

目的构建人CYB5R2基因真核表达载体,并观察其在人鼻咽癌细胞HONE1中的表达。方法根据表达载体pCMV-Tag3A上的多克隆位点和CYB5R2基因CDS序列设计引物,应用RT-PCR从人睾丸cDNA中克隆出CYB5R2的CDS,并进行TA克隆。对经PER、双酶切和双向测序验证正确的质粒,进行CDS目的片段的回收,将其连接于pCMV-Tag3A载体的多克隆位点内构建真核载体,然后进行PCR、双酶切和双向测序验证。脂质体法转染鼻咽癌细胞HONE1细胞,荧光显微镜观察和RT—PCR验证该基因的表达。结果PCR、双酶切和双向测序结果显示pCMV-Tag3-CYB5R2-CDS真核表达载体构建成功,荧光显微镜和RT—PER的结果显示该重组质粒在HONE1细胞中正确表达。结论成功构建了pCMV-Tag3-CYB5R2-CDS真核表达载体,并在鼻咽癌细胞HONE1中表达,为进一步验证其抑癌作用及探索其抑癌机制做准备。     

携人PTHLH基因慢病毒表达载体的构建

目的构建携带人甲状旁腺相关激素(PTHLH)基因的慢病毒表达载体pGC-FU/PTHLH。方法酶切载体pGC-FU,根据人PTHLH基因合成特定引物,扩增目的基因片段,将其克隆到pGC-FU质粒(含EGFP基因)上,菌落PCR鉴定及测序分析重组载体,使用Lipofectamine 2000诱导转染pGC-FU、pHelper1.0和pHelper2.0载体三质粒进入293T细胞包装慢病毒,并用带PTHLH的慢病毒感染293T细胞和鼻咽癌CEN1细胞确认慢病毒包装是否成功。结果菌液PCR产物琼脂糖凝胶电泳鉴定显示,与理论预计值阳性转化子735bp,阴性转化子198bp基本相吻合;PCR鉴定阳性的克隆进行测序和比对分析,结果完全匹配,进一步鉴定载体构建成功。分别将质粒包装系统共转染293T细胞,包装产生空白对照慢病毒(pGC-FU)和过表达PTHLH的慢病毒(pGC-FU/PTHLH);或用携带PTHLH和EGFP基因的病毒上清感染CNE1细胞,48h后,倒置荧光显微镜下观察293T和CNE1细胞,均可见绿色荧光,转染成功。结论成功构建携人PTHLH基因慢病毒表达载体,为进一步研究PTHLH基因在鼻咽癌转移中的作用及鼻咽癌发病分子机制奠定了基础。     

鼻咽癌中EB病毒启动子Qp的突变及其功能学研究

【目的】 探讨鼻咽癌细胞中启动EB病毒核抗原1(EBNA1蛋白)表达的EB病毒Q启动子(Qp)的变异特征,比较有第62 225位点(g→a)和第62 422位点(g→c)两个点突变的Qp与原型Qp(B95.8型)的功能学差异及其生物学意义&#65377;【方法】 采用PCR的方法扩增29例鼻咽癌组织石蜡标本和14例健康成人外周血标本(总共43例)中的Qp序列,PCR产物测序后分析其突变情况,统计学分析Qp中的点突变与鼻咽癌的相关性&#65377;把突变型和原型Qp分别克隆到荧光素酶报告基因载体上,检测相对光强度(RLU),比较突变型与原型Qp启动转录的活性&#65377;使用染色质免疫共沉淀(ChIP)实验来比较突变型和原型Qp与Sp1蛋白的亲和力&#65377; 【结果】 通过PCR扩增和测序实验,证实Qp的突变与鼻咽癌有密切的相关性(P = 0.0395,< 0.05)&#65377;突变型Qp启动转录的活性明显高于原型(RLU之比约为2.5:1,P < 0.05),并且突变型Qp与Sp1的亲和力较原型Qp增强约1.52倍&#65377;【结论】 在鼻咽癌组织中,突变型Qp可能通过增强与Sp1亲和力的机制,使其启动转录的活性明显增强&#65377;Qp特定位点的突变在EB病毒对鼻咽上皮细胞的感染和转化过程中可能起了重要的作用&#65377;     

EBV全基因组基因芯片构建与初步验证

目的:鼻咽癌(nasopharyngeal carcinoma,NPC)高发于中国南方,是一种恶性度较高的肿瘤,与EB病毒关系非常密切。本研究利用前期已经设计和克隆好的EB病毒(EBV)已知和预计的编码基因作为cDNA探针,用于研制EBV微阵列。利用能高产EBV病毒颗粒的B95-8细胞作为检测对象,观测基因芯片检测的效果,已确定是否将来用于临床检测。方法:87个EBV基因探针通过一对设计于载体多克隆两端的引物进行PCR扩增。产物纯化后,探针被打印在Corning玻片上。通过与Cy3标记的B95-8细胞cDNA进行杂交反应,检测B95-8细胞内EBV基因表达。RT-PCR验证检测。结果:利用构建的EBV芯片,成功地在B95-8细胞中检测到了几乎所有的EBV潜伏基因的表达,随后RT-PCR验证了该结果。结论:我们成功地构建了EBV微阵列,且设计的EBV探针检测是有效的。但EBV微阵列是否可以用于鼻咽癌标本的检测还有待进一步证实。