随机扩增多态性DNA分析技术及其应用

随机扩增多态性ＤＮＡ分析技术是９０年代发展起来的一项以ＰＣＲ为基础的基因分析方法。本文介绍了该技术的原理、特点、并综述了其在生物种分类鉴定、世系发育及基因分析等生命科学领域中的应用。     

随机扩增多态性DNA的研究

随机扩增多态性 DNA(RAPD)是 1990年首次由 William等 [1 ]提出的用于监测 DNA多态性的新型的 PCR技术。它是利用单个的、任意序列的寡聚核苷酸作引物 ,随机地与靶序列完全或部分配对 ,以扩增出特异的 DAN产物。 RAPD方法与传统的 PCR技术比较 ,最显著的优点是 :事先不需要知道目的基因组的任何序列信息 ,便可直接用一任意序列的引物对整个基因组进行分析 ,极大地提高了效率。因其引物序列的任意性 ,没有种属特异性 ,所以不同种属的结果可以相互比较。且灵敏度高 ,能监测出单个碱基的变化 [1 ] 。因此 ,该方法一经提出 ,便迅速得…     

4种硬蜱的随机扩增多态性DNA分析

蝉分布广，种类繁多，可以传播多种人兽共患病，在医学上有着重要的意义。蜱的分类与疾病的关系也为许多科学家所重视。近年来，随着科学技术的不断发展，许多新的技术手段也逐渐引入了节肢动物的分类中。1990年，Williams等首先使用单一的10碱基任意DNA序列作为引物扩增DNA，以观察各物种间基因的多态性。他们证实，这种基因的多态性可用于基因的连锁分析，所得结果符合孟德尔定律[1]。随机扩增多态性DNA（RandomAmplifiedPoly－morphicDNA，PAPD）技术由于其简捷、灵敏、对材料要求不高、成本低等优点，从它一问世，就备受人们的…     

DNA随机扩增多态性分析技术在枸杞道地药材鉴别中的应用

目的:对宁夏和内蒙两个地区的枸杞DNA进行分子标记分析,获得DNA指纹谱。方法:用随机扩增多态DNA(RNAD)标记方法对宁夏和内蒙不同来源地的枸杞进行遗传多样性分析。结果:用 RAPD标记方法可以从DNA分子水平看出宁夏枸杞与内蒙枸杞的差异,结论:本法可为枸杞道地品种鉴别提供依据。     

用随机扩增多态DNA技术区分7种硬蜱

目的 分析7种硬蜱基因组DNA的随机扩增多态性，探讨随机扩增多态性DNA(RAPD)技术在硬蜱分类中的应用。方法 提取草原革蜱、森林革蜱、青海血蜱、台湾血蜱、刻点血蜱、龟形花蜱、卵形硬蜱DNA。选取3条不同的随机排列碱基顺序的多聚核苷酸单链为引物(P5、P6、P7)进行RAPD-PCR扩增反应。将扩增产物制备成DNA图谱，对这7种硬蜱的DNA多态性进行分析。结果 7种硬蜱分别扩增出不同数量与不同分子质量的DNA片段。有些硬蜱基因组DNA扩增产物中具有相同的DNA条带，这反映出它们的基因组DNA具有同源性；同时又具有各自独特的DNA条带，且DNA条带的亮度也有差异。结论 RAPD技术可以准确地区分这7种蜱。     

用随机扩增多态性分析技术鉴定卒中相关基因连锁标记

目的：寻找卒中型自发性高血压大鼠卒中相关基因的遗传标记。方法和结果：用６０ 个随机引物对自发性高血压大鼠（ＳＨＲ）和卒中型自发性高血压大鼠（ＳＨＲｓｐ）两个品系基因组ＤＮＡ进行随机扩增多态性分析（Ｒａｎｄｏｍ Ａｍ ｐｌｉｆｉｅｄ Ｐｏｌｙｍ ｏｒｐｈｉｃＤＮＡｓ,ＲＡＰＤ）,找到一个仅存在于ＳＨＲｓｐ 而不存在于ＳＨＲ的特异性ＤＮＡ片段,此片段长６３０ｂｐ,命名为ＳＨＲｓｐ－６３０。应用ＳＨＲｓｐ－６３０ 为探针,经Ｓｏｕｔｈｅｒｎ ｂｌｏｔ杂交证实,该序列在ＳＨＲｓｐ 为强阳性而在ＳＨＲ为弱阳性。经测序和ＧｅｎＢａｎｋ 查询,证实ＳＨＲｓｐ－６３０为新序列,ＧｅｎＢａｎｋ 序列编号为Ｇ３８０２１。结论：ＳＨＲｓｐ－６３０ 可能是与卒中相关基因紧密连锁的ＲＡＰＤ标记。这将有助于我们了解脑卒中发生的分子遗传学机制     

小肠结肠炎耶尔森氏菌的随机扩增多态性DNA的分析

分别对从福建、浙江、沈阳等地分离到的18个血清型的115株小肠结肠炎耶尔森氏菌用随机扩增多态性DNA（RAPD）方法进行了分析，将其分为22个型别。结果提示RAPD方法比血清分型方法的优点是对于追踪传染源有更高的价值。     

随机扩增的多态性DNA分析在Hp菌株鉴定中的应用

目的:建立一种快速准确鉴定不同Hp菌株的RAPD分析方法,并评价其在区分Hp复发和再感染中的应用价值。方法:用苯酚—氯仿方法提取Hp DNA,以一个10nt的寡核苷酸为引物,建立Hp PCR扩增体系,所得PCR产物以2％琼脂糖凝胶电泳分析(RAPD分析),以50株临床分离的Hp菌株检测该方法的重复性。对4例十二指肠溃疡伴Hp感染者在三联治疗前后及根除后一年内再现的Hp菌株进行RAPD分析,鉴别复发和再感染。结果:(1)同-Hp菌株于不同时间进行的2次RAPD分析,所得的PCR产物完全一致,说明该方法具有良好的可重复性。(2)50株不同的Hp菌株各产生不同的RAPD图谱,可按此图谱的不同将它们区分开来。(3)对4例十二指肠溃疡伴Hp感染者在治疗前及治疗后1年再现的菌株的RAPD分析,发现3例患者的菌株具有相同的RAPD图谱,证实为原菌株的复发,而1例患者的菌株则产生不同的RAPD图谱,推测为新菌株的再感染。4例患者随访1年均为十二指肠溃疡复发。结论:RAPD分析只需单一的随机引物,方法简便、快速、经济、重复性好,可用于区分不同来源的Hp菌株,特别对治疗前后再现的菌株复发和再感染的鉴别更具临床应用价值。     

随机扩增多态性DNA分析在微生物基因分型中的应用研究进展

随机扩增多态性ＤＮＡ分析在微生物基因分型中的应用研究进展郭永建一、微生物基因分型微生物分型对于社区和医院的感染性疾病的流行病学调查和监测、传播途径的了解和阻断、以及发病机理研究，极为重要。传统的表型分型方法，有许多局限性。随着分子生物学的理论和技术高...     

用随机扩增多态DNA技术区分7种硬蜱

目的　分析 7种硬蜱基因组DNA的随机扩增多态性 ,探讨随机扩增多态性DNA(RAPD)技术在硬蜱分类中的应用。　方法　提取草原革蜱、森林革蜱、青海血蜱、台湾血蜱、刻点血蜱、龟形花蜱、卵形硬蜱DNA。选取 3条不同的随机排列碱基顺序的多聚核苷酸单链为引物 (P5、P6、P7)进行RAPD PCR扩增反应。将扩增产物制备成DNA图谱 ,对这 7种硬蜱的DNA多态性进行分析。　结果　 7种硬蜱分别扩增出不同数量与不同分子质量的DNA片段。有些硬蜱基因组DNA扩增产物中具有相同的DNA条带 ,这反映出它们的基因组DNA具有同源性 ;同时又具有各自独特的DNA条带 ,且DNA条带的亮度也有差异。　结论　RAPD技术可以准确地区分这 7种蜱。     

用RAPD技术分析中国嗜人按蚊种型

目的　鉴别中国不同地区嗜人按蚊 ,特别是海南岛与内陆嗜人按蚊间有无种型差异。　方法　海南、四川、江苏三地收集嗜人按蚊标本 ,通过对蚊基因组 DNA的提取纯化及 RAPD- PCR扩增和产物检测 ,最终筛选出 3条引物并制定出稳定的 RAPD图谱。　结果　三地嗜人按蚊绝大部分谱带完全相同 ,但又有明显不同的谱带存在。　结论　中国不同地区嗜人按蚊存在一定的种型差异 ,并为解释海南岛与内陆嗜人按蚊在生态习性和传疟作用方面的不同提供了科学依据。     

白色念珠菌磷脂酶活性与RAPD电泳条带多元回归模型的建立

目的探讨白色念珠菌磷脂酶活性与随机扩增多态性DNA(RAPD)电泳条带之间的关系,构建多元回归模型。方法通过蛋黄琼脂平板法对144株白色念珠菌磷脂酶活力进行检测,通过RAPD方法进行扩增并电泳,统计学行多元回归分析。结果144株白色念珠菌磷脂酶阳性率为81.94%,Pz值为0.73±0.015。白色念珠菌磷脂酶活性与450、1 200和1 300 bp 3条带显著相关(P<0.01)。结论RAPD部分电泳条带可间接反映白色磷脂酶活性的强弱,其所含基因信息可能与白色念珠菌的分泌与调节有关。     

用RAPD技术对湖北钉螺遗传变异的研究

目的　对中国不同自然隔离群的湖北钉螺进行遗传变异研究 ,并为种下分类提供依据。　方法　采用随机扩增多态性DNA(RAPD)技术 ,对中国 9省 17地的湖北钉螺进行PCR扩增 ,并根据扩增产物琼脂糖凝胶电泳的带型 ,计算各地域株间的遗传距离 ,根据遗传距离绘制系统进化树。　结果　各地域株标本PCR产物均呈多态性 ,其中台、闽与中国大陆其余地域株钉螺遗传距离为 0 .14 83～ 0 .3 10 2 ;滇、川两个地域株间为 0 .13 95 ,此两株与长江中下游各地域株遗传距离达 0 .12 66～ 0 .3 10 2 ,与闽、台株为 0 .1898～ 0 .2 2 3 5 ;湖区型与平原水网型湖北钉螺的遗传距离为 0 .0 5 89～0 .1872 ;山丘型与湖区型及平原水网型之间的遗传距离为 0 .13 2 6～ 0 .3 10 2 ;湖北省内各地域株遗传距离为 0 .0 42 1～0 .2 44 1。　结论　应用RAPD技术为可将湖北钉螺分为 6类 :①闽、台地域株 ;②滇、川地域株 ;③湖北荆门、阳新、武汉、钟祥、沙市、石首、松滋 (包括松滋河及庙河上下游的钉螺 ) ,赤壁 (车埠 )、赣、沪、皖地域株 ;④湖南地域株 ;⑤湖北应城地域株 ;⑥湖北赤壁 (大田畈 )地域株。     

福氏2a志贺菌痢暴发的RAPD分析

目的 探讨江门一起菌痢暴发的特异传染源。方法 对8株福氏2a志贺菌进行PAPD分析。结果 此次菌株暴发期间分离的8株福氏2a志贺菌具有两种不同的RAPD特征（RTI、RTⅡ型）,其中2株病例密切接触者分离株J98101(PTⅡ型）和J9826（RT I型）分离不同克隆。结论 本次暴发偶合有部分散发病例。相对于质粒分析而言,RAPD分析具有更高的分辨率,它提供的遗传学信息更为丰富、直接、精细。     

七种媒介硬蜱基因组随机扩增多态性DNA分析

目的　研究7种硬蜱的基因组随机扩增多态性DNA(RAPD)以及种间的遗传距离。　方法　用5条不同的多聚核苷酸单链引物对草原革蜱、森林革蜱、青海血蜱、台湾血蜱、刻点血蜱、龟形花蜱、卵形硬蜱7种硬蜱基因组DNA进行随机扩增,分析DNA图谱并计算 7种硬蜱间的遗传距离。　结果　 7种硬蜱基因组随机扩增产物均有各自独特的DNA条带,种间的平均遗传距离为071。　结论　RAPD技术可以区分这7种硬蜱。     

我国不同地区周期型马来丝虫基因组DNA多态性研究

目的分析我国不同地区马来丝虫基因组的多态性.方法用随机扩增多态DNA(RAPD)技术对我国6省区周期型马来丝虫基因组DNA多态性进行了检测.结果经20个引物扩增得到51个多态片段,6株丝虫共有片段2个,特有片段9个.结论片段共享度及聚类分析所得的6株丝虫的亲缘关系与同工酶、电镜及氨基酸研究的结果基本一致,即地理位置相距近则亲缘关系密切.     

我国4省9株牛带绦虫RAPD分子鉴别分析

目的 分别对4省9株牛带绦虫标本进行分子鉴别。方法 分别取台湾桃园株（TW1），贵州都匀株（DY1、DY2）、贵州从江株（CJ1、CJ2、CJ3、CJ4）、云南大理株（DL1）和新疆乌什株（XJ1）成虫节片，提取DNA，以13条随机引物进行PCR扩增，用随机扩增多态性DNA（RAPD）分析，并构建不同地理株系统发育树。 结果 13条引物共扩增RAPD片段331个（以相同bp数为依据）。单条引物扩增的RAPD片段数在3～28个之间，13条引物平均扩增RAPD片段在6.11～24.56个，平均14.15个；9个不同地理株牛带绦虫平均RAPD片段在9.85～16.62，平均14.08个。系统发育树显示：9个不同地理株牛带绦虫分为两支，DY1、DY2、DL1和TW1聚为一支，属于牛带绦虫亚洲亚种；CJ1、CJ2、CJ3、CJ4和XJ1聚为另一支，属牛带绦虫指名亚种。 结论 我国4省9株牛带绦虫分别属于牛带绦虫亚洲亚种和牛带绦虫指名亚种。RAPD分析可用于区分牛带绦虫亚洲亚种与牛带绦虫指名亚种的分类学参考。     

用SSR-PCR和RAPD技术研究中国不同地域旋毛虫株的遗传变异

目的　对中国不同地域的旋毛虫株基因组DNA进行多态性分析 ,并为其种及种下分类提供依据。方法　采用微卫星锚定PCR(SSR PCR)及随机扩增多态性DNA技术 (RAPD)对我国 6旋毛虫株基因组DNA进行PCR扩增 ,根据扩增产物电泳条带情况进行SAS分析 ,计算遗传距离并构建进化树。结果　T3、T7与国内各地域株间遗传距离均大于 0 85 ;湖北株与天津株、黑龙江株与云南株之间的遗传距离均小于 0 2。河南株与前 4株的遗传距离在SSR PCR小于 0 3,在RAPD小于0 6。结论　中国 6株旋毛虫在基因水平可分为不同层次的 3类 :a 湖北株、天津株为一类 ;b 黑龙江株、云南株为一类 ;c 不明株与河南株归为一类或者不明株归为a类中。国内 6株归属于T1。此外 ,国际标准株T3、T7分为另两大类     

安徽省3种常见蜚蠊基因组多态性DNA的研究

目的研究随机扩增多态性DNA(RAPD)技术,用于蜚蠊分子分类。方法提取3种蜚蠊的基因组DNA,鉴定及定量分析。确定RAPD反应总体积、反应条件。选取3条不同的随机排列碱基顺序的多聚核苷酸单链为引物,进行PRPD-PCR扩增反应。将扩增产物制备成DNA图谱,通过对DNA图谱和遗传距离的分析,研究这3种蜚蠊基因组DNA的多态性。结果分别扩增出不同数量和分子大小的DNA片段。3种蜚蠊基因组DNA扩增产物中具有相同的DNA条带,这反映了各蜚蠊基因组DNA具有同源性;3种蜚蠊基因组DNA扩增产物又具有各种独特的DNA条带,DNA条带亮度也有差别。结论 RAPD技术简便、快速、精确,可用于蜚蠊分子生物学分类。