单细胞转录组测序联合空间转录组测序在纤维化疾病研究中的应用进展

单细胞转录组测序联合空间转录组测序可解析组织内每一个细胞的转录组表达谱和空间位置信息,有助于探究细胞的基因表达水平和组织的三维重建,解读细胞异质性,理解细胞间的联系和相互作用,对于深入探讨疾病发生和发展的细胞与分子机制具有重要意义。纤维化疾病累及全身多个器官,病程极为复杂,缺乏有效的抗纤维化治疗方法,因此仍需加强对此类疾病的全面认识。近年来,单细胞转录组测序联合空间转录组测序已应用于纤维化疾病的病理生理机制研究中,取得了较多进展。本文简要介绍单细胞转录组测序联合空间转录组测序技术,并对其在纤维化疾病研究中的应用进展作一综述。     

转录组测序技术在癫痫诊疗中的应用

随着时代发展,转录组测序(RNA-sequencing,RNA-seq)技术逐渐广泛应用于医学、动植物学等领域,通过高通量测序平台,对一个生物体中全部的RNA进行测序分析,获得高通量转录组数据,可揭示物种基因表达的规律及差异.癫痫是一种多病因脑部疾病,发病机制尚未明确,RNA-seq技术对癫痫诊治及新药研发有重要价值,...     

单细胞转录组测序在肺部疾病中的应用进展

单细胞转录组测序又称单细胞RNA测序,是通过分离单个细胞获得它们的转录本,并将转录本映射到单个细胞的测序库,进而分析评估细胞特性的一项高通量测序技术。近年来单细胞转录组测序技术已广泛应用于肺部疾病的研究,以深入了解疾病状态下肺组织细胞的生物学特征。本文对单细胞转录组测序技术的基本原理及其在肺部疾病研究中的应用进展进行综述,为各种常见肺部疾病状态下肺组织的细胞异质性、亚群鉴定及基因表达调控机制等相关研究的开展提供参考。     

单细胞转录组测序联合空间转录组测序在纤维化疾病研究中的进展

蓬勃发展的单细胞转录组测序联合空间转录组测序,可以解析组织内每一个细胞的转录组表达谱和空间位置信息,这有助于探究细胞的基因表达水平和组织的三维重建,解读细胞异质性,理解细胞间的联系和相互作用,深入探讨疾病的发生发展机制。近年来,该综合技术已应用于纤维化疾病的病理生理机制研究中,并且取得了较多的进展。本文将简要介绍单细胞转录组技术和空间转录组技术,并对两者联合在纤维化疾病中的研究进展作一综述。     

单细胞转录组测序技术及其在肿瘤研究中的应用进展

单细胞转录组测序是指对单个细胞的全部RNA进行逆转录、扩增和测序后再进行生物信息学分析的技术,近年来发展迅猛。该技术能在单细胞水平诠释细胞的异质性,已广泛应用于生命科学各领域尤其是肿瘤等疾病的研究。本文主要介绍单细胞转录组测序技术的流程和技术发展,同时分析总结其在肿瘤异质性、肿瘤转移、肿瘤微环境和抗肿瘤药物研发等方面的应用进展。     

单细胞转录组测序技术在人精原干细胞研究中的应用

精原干细胞的自我更新、增殖与分化对于维持精子发生至关重要。然而,调控这一过程的分子机制尚未完全阐明。精原干细胞具有不同细胞亚型,其在精子发生过程中扮演不同角色。单细胞转录组测序技术提供有效的手段,揭示各精原细胞亚型及其转录组水平和生物学功能变化,为精原干细胞的分子机制研究提供新思路。     

单细胞转录组测序技术及其在肿瘤研究中的应用

单细胞转录组测序是指对单个细胞的全部RNA进行逆转录、扩增和测序,再进行生物信息学分析的技术。自2009年Tang等基于高通量测序平台开始单细胞转录组测序之后,该技术发展突飞猛进。由于该技术能在单细胞水平诠释细胞的异质性,因此已广泛应用于生命科学各领域尤其是肿瘤等疾病研究。本文将主要综述单细胞转录组测序技术流程和技术发展,及其在肿瘤异质性、肿瘤转移、肿瘤微环境、肿瘤药物等研究中的应用进展。     

空间转录组测序技术在肿瘤发生发展机制中的应用及前景

恶性肿瘤是一类死亡率较高的疾病, 其发生、发展机制较为复杂, 基因组测序技术对揭示肿瘤作用机制有一定意义。肿瘤组织中的细胞具有异质性, 而细胞的空间位置分布对其异质性及组织生物功能有一定的影响。近几年, 空间转录组测序技术发展迅速, 可以对组织中细胞进行高通量、高分辨率的空间转录分析, 从空间层面上展示转录组信息, 揭示生物组织的细胞构成以及细胞间的相互作用关系。本文将对空间转录组测序技术在肿瘤中的应用进行阐述、前景进行展望。     

基于二代测序技术的转录组测序生物信息分析

随着二代测序技术和生物信息学的发展,越来越多的科研人员通过转录组测序(RNAseq)研究基因表达调控、疾病发生机制和遗传育种上的问题。面对测序所产生的大量数据,生物信息学分析策略对于数据的解读显得尤为重要。本文结合不同RNA(mRNA、LncRNA、miRNA和circRNA)的特点,对转录组测序中的几类分析流程及其所涉及的软件和数据库分别做简要的介绍,为RNAseq的生信分析研究提供参考。     

单细胞转录组测序在哮喘研究中应用的研究进展

 哮喘是一种异质性疾病,传统转录组测序方法获得的是同一基因在所有细胞中的平均表达水平,不能完全揭示异质性哮喘的发病机制及药物疗效。单细胞转录组测序（single-cell RNA sequencing,scRNA-seq）是在单细胞水平对全转录组进行扩增与测序的一项新技术,能够获得每个细胞的mRNA表达信息,发现不同的细胞亚群及相关信息,揭示细胞间基因表达的异质性及鉴定稀有细胞类型,为深入研究和理解哮喘发病机制提供了新的技术手段。本文对scRNA-seq技术在哮喘研究中的应用做一概述,以期为深入研究哮喘这一异质性疾病的发病机制提供新的视角和研究思路。     

单细胞RNA测序技术在肿瘤免疫微环境研究中的应用

肿瘤是具有高度复杂性的整体,理解肿瘤免疫微环境的组成和功能是指导有效肿瘤免疫治疗的前提。单细胞RNA测序可以在单细胞分辨率水平上检测细胞的转录水平,描述其功能状态,加深对肿瘤免疫微环境中各细胞类群组成和功能的理解。本文总结了近年来单细胞RNA测序技术在肿瘤免疫微环境研究中的应用。     

长读长测序技术在肿瘤领域中的应用:进展与挑战

相较于目前普遍应用的二代测序（NGS）技术,长读长测序（LRS）技术是一种能够连续读取数百万个碱基对的测序技术。本文回顾了单分子实时测序技术、牛津纳米孔测序技术和新型单分子LRS技术在肿瘤领域的研究应用。LRS技术能够更精确地检测肿瘤基因组变异,包括结构变异、拷贝数变化、基因融合等。除基因组变异检测外,LRS技术还为描绘转录组图谱、表观遗传修饰图谱提供了有效手段。LRS技术可以有效弥补NGS技术的部分技术瓶颈,深入揭示生物大分子在健康和疾病状态下的复杂性状,为更好地理解肿瘤的发生与发展机制、制定治疗策略和开发药物提供新的理论基础。此外,本文还展望了LRS技术在肿瘤领域临床应用 中的潜在价值。     

环状RNA在糖尿病中的研究进展

环状RNA(circRNA)是一种由外显子和(或)内含子共同组成的非编码RNA,其结构呈首尾相接的封闭环状,具有时空特异性、高度的进化保守性及稳定性、广泛性等生物学特征。circRNA具有海绵样吸附、调控基因的转录、与RNA结合蛋白相互作用以及参与蛋白质的翻译等多种生物学功能,可调节胰岛β细胞的功能参与糖尿病的发生、发展,并与糖尿病大血管病变、微血管病变和周围神经病变等并发症均有关。此外,circRNA亦可能作为糖尿病诊断和预测的潜在生物学标志物。     

环状RNA在皮肤肿瘤中的研究进展

环状RNA(circRNA)是mRNA在剪接过程中5'端与3'端剪接到一起而形成的非编码RNA。circRNA的高度稳定性、高丰度和组织特异性赋予circRNA的许多潜在功能,近年来研究发现circRNA对基因转录及转录后水平有重要意义,此外已发现circRNA与多种癌症的发生有关。皮肤基底细胞癌中,显著异常表达的circRNA潜在靶向与癌症相关的miRNA,如hsa-miR-19b-1。皮肤鳞癌中circRNA的miRNA响应元件已有23个与之对应的且与皮肤鳞癌相关的miRNAs。目前发现肿瘤中存在许多异常表达的circRNA,对于circRNA-miRNA的研究,可以为癌症的基因靶向治疗提供新思路。     

高通量测序在妇科恶性肿瘤早期筛查中的应用进展

为提高和改善以宫颈癌、子宫内膜癌以及卵巢癌为代表的妇科恶性肿瘤的治疗效果以及预后,寻找一种有效的早期筛查手段非常重要。由于恶性肿瘤的发生、发展涉及多种基因的变化,因此单纯检测一个或几个基因难以对恶性肿瘤的发生及发展进行有效预测,不能达到准确筛查的目的。高通量测序是一种可以一次对几十到几百万条DNA序列进行检测和读长较短的检测技术,对于细胞的转录组和基因组可以进行细致全面的分析,其可用于妇科恶性肿瘤的早期筛查。     

长链非编码RNA在前列腺癌中的研究进展

近年来,前列腺癌的发病率持续升高,其发生和发展过程较复杂,目前主要依靠前列腺特异性抗原(PSA)联合前列腺穿刺活检进行诊断,但PSA特异性较差,穿刺活检为有创检查,故需要寻找无创、特异性强、精准、安全的确诊前列腺癌的检查方法。长链非编码RNA与前列腺癌的发生、发展及调控机制密切相关,在前列腺癌的诊断、治疗及预后方面具有巨大的应用潜力,未来可能为前列腺癌的早期诊断、靶向治疗等方面提供帮助。     

长链非编码RNA同源异型基因簇A远端转录本在肿瘤中的研究进展

长链非编码RNA(lncRNA)是一种转录本长度超过200个核苷酸,没有蛋白质编码功能的特殊RNA分子。长期以来,lncRNA被当作基因组的"垃圾序列",但随着研究的不断深入,人们发现lncRNA广泛参与细胞的生物学过程。lncRNA与多种恶性肿瘤的发生、发展密切相关。而同源异型基因簇A远端转录本(HOTTIP)属于lncRNAs中的一种,其在多种恶性肿瘤中异常表达,所以了解HOTTIP在调节肿瘤细胞生命活动中的具体作用具有十分重要的意义。对其在肿瘤细胞发生、发展中的潜在分子机制进行分析,可为今后肿瘤的预防和治疗提供新思路。     

微小RNA在急性肺损伤中基因研究进展

微小RNA﹙microRNAs,miRNAs﹚是由21～23个核苷酸组成的非编码RNA,作为一种基因表达的负性调节因子,可以调控其靶mRNA稳定性及翻译效率。急性肺损伤﹙acute lung injury,ALI﹚/急性呼吸窘迫综合征（acute respiratory distress syndrome,ARDS）指创伤、感染、休克等疾病导致的进行性缺氧性呼吸衰竭,主要的病理生理改变是弥漫性肺毛细血管内皮-肺泡上皮屏障功能的破坏及炎症损害,ALI/ARDS是临床常见危重症,病死率高,发病机制非常复杂,且不完全明确,近年来大量关于疾病与miRNA关系的文献报导,miRNA 是众多基因的关键调节者,在细胞凋亡过程中起关键作用,从而影响疾病的发生及展。本文对近年来国内外有关miRNA在急性肺损伤中的作用作简要阐述。     

RNA干扰技术在肿瘤基因治疗中的研究进展

RNA干扰(RNAi)技术是利用双链RNA,高效、特异性降解细胞内同源信使RNA,从而阻断特定基因表达,使细胞出现靶基因缺失的表型。与反义寡聚核苷酸技术相比,RNAi技术具有更高的特异性,是更有效的方法。目前,RNAi技术是肿瘤基因治疗领域的一个热点技术,它抑制癌基因表达及肿瘤血管生成,沉默细胞凋亡相关基因、肿瘤转移相关基因及肿瘤耐药相关基因,在肿瘤基因治疗领域显示出广阔的应用前景。     

RNA结合蛋白LIN28的研究进展

RNA结合蛋白(RBP)是决定细胞分化、活动力和其他过程的调节子。LIN28是一种高度保守的RBP,在线虫和高等物种中有着复杂的调节机制和表达方式。它对微小RNA表达的调节、骨髂肌及心肌分化、肿瘤形成、多潜能诱导等多种发育的重要事件中起关键作用。本文就LIN28的研究进展予以综述。