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1.
肥胖者唾液微生物宏基因组学特点 总被引:1,自引:0,他引:1
目的:探讨肥胖者口腔唾液微生物的特点,比较肥胖者与正常体重者口腔唾液微生物组成、基因功能及代谢通路上的差异。方法:研究纳入无全身系统性疾病、无牙周炎及口腔黏膜病的肥胖者及性别、年龄相匹配的正常体重者,收集研究对象的非刺激性唾液。提取唾液样本DNA,用高通量测序方法进行宏基因组分析,结果经数据质控后进行物种分类及注释,差异物种线性判别分析(linear discriminant analysis, LDA),基因预测,基因集构建和功能注释分析。结果:过滤后每个样本得到可分类的、细菌的DNA序列平均条数为2 630 428。唾液微生物群落共包括 11个菌门、19个菌纲、26个菌目、41个菌科、62个菌属和164菌种。肥胖组与正常体重组微生物群落的优势菌门相同,为变形菌门、厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和梭杆菌门,两组在纲、目、科、属、种等分类水平上均发现相对丰度差异具有统计学意义的物种。在纲水平上,Negativicutes纲和丹毒丝菌纲(Erysipelotrichia)丰度在肥胖组中的相对丰度高于正常体重组(P<0.05),黄杆菌纲(Flavobacteriia)和Bateroidetes纲在肥胖组中的相对丰度低于正常体重组(P<0.05)。9个菌属在两组间丰度差异具有统计学意义;种水平上,16个菌种的丰度差异具有统计学意义,其中产黑色素普雷沃氏菌(Prevotella melaninogenica)、唾液普雷沃氏菌(Prevotella salivae)、Solobacterium moorei和极小阿托波氏菌(Atopobium parvulum)等在肥胖组中相对丰度高于正常体重组(P<0.05),而血链球菌(Streptococcus sanguinis)在正常体重组中相对丰度高于肥胖组(P<0.05)。对基因预测结果进行分析,发现肥胖组样本基因数目较正常体重组多,差异有统计学意义(P<0.05),其中与营养和能量代谢、环境信息处理、人体疾病等通路相关的基因在肥胖组唾液样本中显著富集(P<0.01)。结论:肥胖者与正常体重者的口腔唾液微生物在物种组成、基因数目及代谢通路上均存在差异,值得今后扩大样本量进一步研究。 相似文献
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目的 对比AIDS期患者与健康者肠道真菌微生态、真菌分泌蛋白表达水平的差异。方法 采集两组人群粪便标本,分别用ITS2高通量测序技术分析样本真菌谱;通过RT-qPCR技术检测两组人群肠道真菌分泌蛋白的基因表达。结果 在门水平,两组人群中相对丰度最高的菌门均为子囊菌门,相对丰度排名第二的菌门均为担子菌门。在纲、目水平,两组人群相对丰度较高的物种相似,但也存在差异。在肠道真菌群落多样性(Alpha多样性)分析中,两组之间差异无统计学意义。在肠道真菌群落结构构成(Beta多样性)分析中,两组之间差异有统计学意义(P<0.05)。AIDS期患者组肠道白念珠菌相对丰度较健康者组上升,但是两组人群之间白念珠菌丰度差异无统计学意义(Z=-1.843,P=0.065);白念珠菌致病因子ALS3在AIDS期患者组表达情况较健康者组显著上升(Z=2.467,P=0.014)。相关性分析发现Flaviporus属与CD4+T细胞数(r=0.555,P=0.001)和CD4/CD8(r=0.507,P=0.002)呈显著的正相关关系,Ophiosphaerella属与CD4 相似文献
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目的:检测P物质(SP)、血管活性肠肽(VIP)在口腔扁平苔藓(OLP)唾液中的表达,并探讨SP、VIP与OLP的关系。方法:采用酶联免疫吸附法(ELISA)检测16例口腔扁平苔藓和正常人唾液中SP、VIP的含量。结果:SP在OLP患者唾液中的含量与正常人唾液中的含量无差异(P>0.05),VIP在OLP患者唾液中的含量高于正常人唾液中含量(P<0.05)。结论:OLP唾液中VIP的表达增高,唾液取材方便,唾液中的VIP含量的测定可能对OLP的疗效检测和预示复发有一定的临床应用价值。 相似文献
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《新乡医学院学报》2019,(7):623-628
目的探讨冠状动脉粥样硬化性心脏病(CAHD)患者肠道菌群丰度与血脂、血尿酸水平的相关性。方法选取2016年9月至2017年11月新乡医学院第一附属医院心血管内科收治的疑似CAHD进行冠状动脉造影患者106例为研究对象,根据冠状动脉造影结果分为CAHD组(n=68)和非CAHD组(对照组,n=38),均于入院次日清晨空腹抽取肘静脉血,检测血清总胆固醇(TC)、三酰甘油(TG)、低密度脂蛋白(LDL)、高密度脂蛋白(HDL)、血尿酸(UA)水平;并于治疗前收集2组受试者新鲜粪便样本5 g,参照粪便样本DNA提取试剂盒方法提取粪便样本DNA,采用Illumina MiSeq平台实施高通量测序,检测受试者肠道菌群丰度,对肠道菌群丰度与血脂、血尿酸水平进行相关性分析。结果与对照组受试者比较,CAHD组受试者的血清UA、TC、LDL水平显著升高,HDL水平显著降低(P <0. 05)。2组受试者肠道菌群共检测到8个菌门,其中拟杆菌门、厚壁菌门、变形菌门、放线菌门的检出率均为100%,梭杆菌门、软壁菌门、互养菌门、广古菌门检出率比较差异均无统计学意义(χ2=0. 009、0. 000、0. 000、0. 000,P> 0. 05);与对照组受试者比较,CAHD组拟杆菌门细菌丰度减小(P <0. 05),厚壁菌门细菌丰度增加(P <0. 05)。CAHD组受试者β-变形菌纲细菌丰度小于对照组受试者(P <0. 05),梭菌纲细菌丰度大于对照组(P <0. 05),2组受试者β-变形菌纲、梭菌纲细菌检出率均为100%。CAHD组受试者拟杆菌目、Burkholderiales目、双歧杆菌目、乳酸杆菌目细菌丰度小于对照组(P <0. 05),2组受试者拟杆菌目、Burkholderiales目、双歧杆菌目、乳酸杆菌目细菌检出率均为100%。CAHD组受试者消化链球菌科、Erysipelotrichaceae科细菌丰度大于对照组(P <0. 05),2组受试者消化链球菌科、Erysipelotrichaceae科细菌检出率均为100%。CAHD组受试者拟杆菌属、Roseburia属、乳酸杆菌属、双歧杆菌属细菌丰度小于对照组(P <0. 05),Blautia属、Odoribacter属、Ruminococcus-2属、Faecalibacterium属、Alistipes属、Subdoligranulum属、埃希氏菌属、Stercoris种细菌丰度大于对照组(P <0. 05); CAHD组受试者Odoribacter属、Alistipe属细菌检出率小于对照组(χ2=3. 892、8. 853,P <0. 05)。2组受试者血UA水平与双歧杆菌目、乳酸杆菌属细菌丰度呈负相关(r=-0. 562、-0. 112、-0. 429、-0. 045,P <0. 05),与埃希氏菌属细菌丰度成正相关(r=0. 781、0. 193,P <0. 05); CAHD组受试者血UA水平与Burkholderiales目细菌丰度呈正相关(r=0. 716,P <0. 05),与乳酸杆菌目细菌丰度呈负相关(r=-0. 687,P <0. 05)。2组受试者血TG水平与拟杆菌目、Odoribacter属细菌丰度呈负相关(r=-0. 761、-0. 354、-0. 323、-0. 256,P <0. 05),与梭菌纲细菌丰度呈正相关(r=0. 867、0. 447,P <0. 05); CAHD组受试者血TG水平与Stercoris种细菌丰度呈正相关(r=0. 258,P <0. 05)。2组受试者血HDL水平与消化链球菌科、梭菌纲细菌丰度呈正相关(r=0. 650、0. 146、0. 597、0. 012,P <0. 05); CAHD组受试者血HDL水平与软壁菌门细菌丰度呈正相关(r=0. 656,P <0. 05)。2组受试者血LDL水平与消化链球菌科、梭菌纲细菌丰度均呈负相关(r=-0. 497、-0. 036、-0. 839、-0. 181,P <0. 05)。结论 CAHD受试者与对照组的肠道菌群丰度在门、纲、目、科、属、种水平存在一定差异;肠道菌群丰度与CAHD患者的血脂、血尿酸水平相关。 相似文献
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目的应用高通量测序技术分析树鼩大肠细菌的结构与组成。方法采集3只雄性树鼩大肠内容物,用细菌16Sr DNA通用引物扩增V3~V4区,采用Illumina PE250平台测序。结果共获得160 157条有效序列,聚类后得437个运算分类单位(operational taxonomic units,OTUs)。树鼩大肠中的细菌有9个门、19个纲、37个目、68个科、137个属和194个种。其中,(1)厚壁菌门和变形菌门的丰度最高,分别为63.30%和28.52%;(2)优势纲是芽孢杆菌纲和γ-变形菌纲(51.46%、28.02%);(3)乳杆菌目和肠杆菌目的丰度最高,为45.33%和27.51%;(4)优势科是乳杆菌科(35.30%)和肠杆菌科(27.51%);(5)乳杆菌属和埃希氏菌属为优势属(35.30%、27.49%);(6)在种的水平,可培养细菌的丰度为37.10%,未分类细菌27.69%,不可培养细菌35.21%。可培养细菌中,唾液链球菌的丰度最高(26.66%)。在丰度最高的20个种中,8种细菌(40%)未分类,为以往未被发现的新种。个体间细菌群落存在一定差异。结论树鼩大肠内容物中的细菌组成具有丰富的多样性,其中还有许多未被分类鉴定且相对丰度较高的细菌,需要进一步研究。 相似文献
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目的 探索口腔共生菌在口腔扁平苔藓(oral lichen planus, OLP)的发生发展中的作用及其机制。方法 收集OLP患者及正常对照组(48例)颊拭子,采用高通量测序方法检测OLP患者颊黏膜菌群结构,并通过qPCR方法进行验证;检测OLP病损组织中产黑普氏菌及细胞炎症因子的含量,并分析其相关性。结果 OLP患者颊黏膜菌群多样性大于正常对照组,且其菌群结构与正常对照组显著不同,差异有统计学意义(P<0.05);产黑普氏菌在OLP患者颊黏膜表面菌群构成比高于正常对照组,且在门、科、属、种各层次上的差异均有统计学意义(P<0.05);产黑普氏菌在OLP患者病损组织中含量升高,且与IL-6呈正相关(P<0.05)。结论 共生菌可能在促进口腔扁平苔藓免疫失衡中发挥重要作用,其具体机制值得深入研究。 相似文献
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早期类风湿关节炎女性患者阴道微生态菌群基因组分析 总被引:1,自引:0,他引:1
目的 从菌群总体角度分析和比较早期类风湿关节炎患者和健康育龄期女性阴道菌群差异.方法 采集女性新发未治早期类风湿关节炎患者(RA组) 及健康育龄期女性(对照组) 各12例的阴道分泌物,提取样本细菌总基因组DNA,然后进行16S rRNA V3-V4区基因扩增及采用Illumina高通量测序技术对扩增的PCR产物进行测序,再采用Uparse、LEfSe等软件,分析两组样本阴道菌群物种丰度和阴道菌群结构.结果 RA组阴道菌群Alpha多样性显著增加,差异有统计学意义(P = 0.04) .健康对照组阴道菌群以乳酸杆菌为优势菌属,占84.98%.RA组患者阴道菌群中乳酸杆菌属则显著减少(11.01%) ,加德纳菌属显著增加(43.16%) ,同时双歧杆菌属(9.94%) 、链球菌属(8.05%) 、奇异菌属(7.86%) 等相对丰度亦增加.PCoA主坐标分析和样本层级聚类分析的结果 表明: RA组阴道菌群结构有较高相似性,与健康对照组阴道菌群结构可明显区分.LEfSe分析结果 显示,在属水平上,两组乳杆菌属、加德纳菌属、双歧杆菌属、奇异菌属等丰度差异有统计学意义(P值为0.017、0.046、0.018、0.007) .结论 阴道菌群失调与类风湿关节炎之间存在相关性,RA患者阴道菌群多样性增加,乳杆菌显著减少,加德纳菌等厌氧菌属相对丰度增高. 相似文献
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目的 探讨甲亢患者肠道菌群的特征。方法 以15例甲亢患者作为甲亢组,15例健康志愿者作为对照组。采用Illumina Miseq高通量测序平台对甲亢组和对照组新鲜粪便样本中所有细菌的16S rRNA (16S ribosome RNA)-V3区进行DNA测序,分析操作分类单元(operational taxonomic units,OTU)数量,分析肠道菌群物种的丰度,并进行聚类分析和代谢通路相关性分析。结果 样本稀疏曲线表明测序深度充分,物种多样性分析显示OTU值为24 578,微生物丰度较高,测序覆盖深度(Coverage指数)>0.99。与对照组相比,在属水平,甲亢组肠道菌群的3个丰度指数(Ace、Sobs和Chao)均低于对照组(P<0.05),2个多样性指数(Shannon和Simpson)分别低于和高于对照组(P<0.05)。30份样品共检测到13个菌门,均以厚壁菌门、拟杆菌门、放线菌门和变形菌门占优势,差异无统计学意义。在属水平,共检测到246种菌群,对照组含有51种特有菌群,而甲亢患者肠道菌群种类显著减少,仅含有7种特有肠道菌群。甲亢组的直肠真杆菌属丰度明显低于对照组(P<0.05),ROC曲线的曲线下面积(area under the curve,AUC)为0.72。在同与免疫有关的功能代谢的相关性分析中,发现直肠真杆菌属与上皮细胞的细菌侵入这一代谢通路呈负相关(r=-0.367,P=0.046)。结论 甲亢患者肠道菌群的丰度和多样性下降,直肠真杆菌属是甲亢患者区别于健康人的明显差异菌,直肠真杆菌属丰度的降低可能与甲亢免疫机制相关。菌群的定量分析可能早期预测甲亢。 相似文献
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目的: 分析口腔扁平苔藓(OLP)患者的焦虑、抑郁心理量表评分与唾液脱氢表雄酮(DHEA)水平的关系,阐明二者之间的关联性。 方法: 对71例OLP患者 [其中充血糜烂型OLP(EOLP)患者31例,非EOLP患者40例]和31例对照组受试者采用汉密尔顿焦虑量表(HAMA)和汉密尔顿抑郁量表(HAMD)评定,并在早晨采集唾液,采用放射免疫法测定唾液DHEA水平,分析各组受试者焦虑、抑郁心理量表评分与唾液DHEA水平的相关性。 结果: EOLP组患者的HAMA评分和HAMD评分均明显高于对照组和非EOLP组(P<0.01),唾液DHEA浓度虽低于正常对照组,但差异无统计学意义 (P=0.054);非EOLP组患者的HAMA评分、 HAMD评分和唾液DHEA水平与对照组比较差异均无统计学意义(P>0.05)。EOLP组患者唾液DHEA水平与HAMA评分和HAMD评分呈负相关关系(r=-0.948,r=-0.966),非EOLP组患者的唾液DHEA水平与HAMA评分和HAMD评分亦呈负相关关系(r=-0.962,r=-0.971)。 结论: EOLP的发生、发展与患者的焦虑、抑郁等情绪障碍有关,其作用机制可能与患者唾液DHEA水平的降低有关。 相似文献
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目的 采用高通量测序技术比较牙龈健康大学生和牙龈炎大学生龈上菌斑微生物差异.方法 按照纳入、排除标准,在昆明医科大学招募18 ~ 25岁牙龈健康大学生30名、牙龈炎大学生33名,采用MiSeq系统对16S rDNA基因扩增子进行测序,比较2组受试者龈上菌斑的多样性、结构和组成.结果 共检测到87,595个序列,其中包含... 相似文献
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目的 探讨首发重度抑郁症(major depressive disorder, MDD)青少年患者药物治疗后的血清炎症因子变化以及舍曲林疗效的预测因素。方法 本研究纳入61例首发未用药的MDD青少年患者(MDD组)和55例健康青少年(HC组)。MDD组患者在入组后予盐酸舍曲林片治疗8周,健康对照组不予任何治疗。MDD组分别在基线和治疗后8周进行采集血样检测血清中炎症因子水平和临床资料评定[17项汉密尔顿抑郁量表(17-items Hamilton Depression Scale,HAMD-17)和心理弹性量表(Connor-Davidson Resilience Scale, CD-RISC)],HC组仅在基线期采血检测和临床资料采集。分析MDD组炎症因子水平与抑郁严重程度的相关性,并进行MDD组HAMD-17的逐步线性回归,寻找能预测舍曲林疗效的血清学指标。结果 基线时MDD组的IL-1β和IL-6水平高于HC组(P均<0.000 1),TNF-α水平低于HC组(P=0.006)。经过8周用药后,MDD组IL-1β、IL-6均下降,TNF-α水平较治疗前升高,HAMD-17、... 相似文献