一起学校细菌性痢疾暴发疫情的病原追溯 和流行病学特征分析

摘要:目的　对学校发生的一起细菌性痢疾暴发疫情进行调查,并采用脉冲凝胶电泳（PFGE）方法对菌株进行同源性分析,为查找传染源、切断传播途径,提供参考依据。方法　开展现场流行病学调查,采用描述流行病学的方法对暴发原因进行分析,同时采集患者粪便、水样进行细菌学培养,运用PFGE对分离的菌株进行同源性分析。结果　此次暴发疫情的调查共发现病例60例,罹患率为10.12%,发病人群均为小学学生;从53例患者的粪便中共检出30例痢疾阳性病例,且菌群均为宋内志贺菌;水样检测发现2号水井及其旁边的水塘存在宋内志贺菌;对4份病例的粪便、2份水样进行PFGE分析,其结果显示,6份样本所检出菌株的电泳带型完全相同。结论　该事件是一起因饮用宋内志贺菌污染的水源而导致的细菌性痢疾暴发疫情。     

一起由宋内志贺菌引起的寄宿学校细菌性痢疾暴发病原学和流行病学分析

目的 对安徽省阜阳市某寄宿学校感染性腹泻暴发开展流行病学调查与病原学分析,为有效控制和处置疫情提供科学依据。方法 根据病例流行病学特征对2017年9月13-15日发病病例溯源假设进行检验,采集患者和厨师粪便、肛拭子、水样和食堂食品等进行致病菌分离与检测,对可疑致病菌进行生化鉴定、毒力基因检测、药敏试验、PFGE和多位点序列分型。结果 浅水井供水范围内宿舍楼的罹患率（3.41%）高于深水井（0.98%）,差异有统计学意义（χ²=17.215,P<0.001）。从患者样品中分离到16株宋内志贺菌,均携带ipaH基因且不携带set1基因,其中7株携带sen基因和ial基因。16株宋内志贺菌对氨苄西林、四环素、复方新诺明、头孢唑啉、头孢噻肟、庆大霉素、萘啶酸、链霉素高度耐药,9株宋内志贺菌对多西环素耐药。16株宋内志贺菌的PFGE带型相似度为100.0%,ST型均为ST152。结论 本次细菌性痢疾暴发的病原为宋内志贺菌,浅水井水可能为感染来源。     

一起菌痢疫情实验室检测分析

目的查明某校食物中毒事件的原因,为有效控制和处置疫情提供技术支持。方法采集患者粪便、肛拭子、呕吐物;厨师粪便、肛拭子;留样食物和水样进行致病菌检测,对分离的可疑致病菌进行鉴定、药敏试验、PCR毒力基因检测和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型比较溯源。结果从患者样品中分离出13株宋内志贺菌;经PFGE分子分型证明13株菌为同一带型;所有菌株均带有ipa H基因,11株携带ial基因,3株携带Sen基因,均不带有Set1基因;分离株对磺胺耐药率最高为61.54%。结论结合实验室结果和流行病学调查,可证实宋内志贺菌是引起这次菌痢疫情的病原菌。     

校内宋内志贺菌暴发疫情的溯源和耐药性分析

目的对由宋内志贺菌引起的2所学校细菌性痢疾暴发分离株进行分子流行病学分析,追溯传染来源;同时了解分离株的耐药状况。方法对该起疫情中分离的32株宋内志贺茵,用BInⅠ酶切进行PFGE分子分型,所得图谱用Bionumerics6.0软件UPGMA算法进行聚类分析,观察患者分离株之间及和环境株的相似性;利用K-B法对宋内志贺菌进行耐药性检测。结果从患者分离的31株和自备井水分离1株宋内志贺菌指纹图谱完全相同,聚类分析相似度为100%;32株菌均对氨苄西林、四环素、萘啶酸、链霉素、复方新诺明、磺胺异噁唑、甲氧苄氨嘧啶、头孢噻肟耐药。结论引起2所学校宋内志贺痢疾的暴发菌株和环境株为同一来源菌株,结合流行病学调查结果判断为井水受到污染引起疫情暴发,且引起该起疫情的菌株对多种抗生素耐药。     

一起水源性细菌性痢疾暴发疫情的病原学特征及溯源分析

目的 分析一起学校水源性细菌性痢疾暴发疫情中病例分离株之间及其环境分离株之间的病原学和分子分型特征及遗传相关性,追溯传染源。 方法 对疫情病例与外环境井水分离到的29株志贺菌进行分离鉴定、血清分型和药敏试验,通过脉冲场凝胶电泳(PFGE)获得电泳图谱,利用BioNumerics软件对图谱进行聚类分析,探讨菌株间的相关性。 结果 疫情病例和外环境井水中分离的29株志贺菌均为宋内Ⅰ相,29株志贺菌耐药结果显示产超广谱β-内酰胺酶菌株占96.55%。PFGE方法显示有3种脉冲场凝胶电泳图谱,相似率在72.8%~100%之间,井水中分离的2株志贺菌与疫情病例分离的25株菌株之间100%同源。 结论 结合实验室结果和流行病学调查,可以证实该事件是一起因饮用和使用宋内志贺菌污染的井水而导致的细菌性痢疾暴发疫情。     

湖南省福氏和宋内志贺菌的耐药性及其毒力基因表型分析

目的了解湖南地区福氏志贺菌和宋内志贺菌对抗菌药物的敏感性及其毒力基因的携带情况。方法纸片扩散法检测30株福氏志贺菌和30株宋内志贺菌对12种抗生素的敏感性;同时对两类志贺菌的四种毒力基因进行PCR扩增检测,绘制毒力基因的表型。结果在测定的12种抗生素中,两种志贺菌对氨苄西林、萘啶酸、四环素以及利福平均有较高的耐药性,对左旋氧氟沙星、庆大霉素均有较高的敏感性,两者在对头孢噻吩、头孢噻肟、诺氟沙星、环丙沙星、复方新诺明的耐药性差异有统计学意义(P0.05),多重耐药性较严重。30株福氏志贺菌经PCR扩增后,绝大部分菌株均含set1和ipaH基因,30株宋内志贺菌经PCR扩增后,13株菌未扩出现任何条带,多数菌仅含ipaH一个毒力基因。结论湖南地区志贺菌的耐药性较严重,福氏志贺和宋内志贺菌在耐药谱上有明显不同。福氏志贺菌毒力基因携带率高,大多含2~3个毒力基因,毒力基因表型更复杂,宋内志贺菌毒力基因携带率较低,可能与其症状多为轻型有关。     

河南省2011-2014年D群宋内志贺菌病原学监测与分子流行病学研究

目的 分析2011-2014年河南省腹泻患者粪便中分离的216株D群宋内志贺菌毒力基因携带情况、耐药谱及代表性菌株的PFGE指纹图谱特征,为志贺菌病的病原学监测及暴发溯源提供基线数据与方法学参考。方法 采集腹泻患者粪便样本,SS平板分离培养18~24 h,采用克氏双糖铁(KIA)/动力-吲哚-尿素(MIU)与API20E系统进行生化鉴定,利用志贺菌分型血清进行玻片凝集;使用热裂解法制备DNA模板,采用多重PCR鉴定毒力基因种类。根据国际PulseNet细菌性传染病分子分型监测网络公布的宋内志贺菌PFGE分型技术方案进行PFGE分子分型与聚类分析。结果 216株D群宋内志贺菌中,98株为宋内Ⅰ型,118株为宋内Ⅱ型;各菌株均携带不同的毒力因子编码基因,包括SHET-1B、SHET-2、ial、ipaH,具有4种毒力基因组合类型;216株宋内志贺菌均为耐2种以上抗生素的多重耐药菌株,其中耐2~4种为34株(15.7%),耐5~8种为147株(68.1%),耐9~10种为24株(11.1%),耐11种为7株(3.2%),耐13种为4株(1.9%)。100株宋内志贺菌经XbaⅠ酶切与PFGE后共分为31种不同带型,相似度为68.6%~100.0%,各带型包含菌株数为1~13株不等。结论 2011-2014年河南省宋内志贺菌均携带致病性毒力基因,菌株耐药现象比较严重,其PFGE指纹图谱呈现多样性的同时又具有较显著的优势带型特点,部分带型与其对应的耐药谱具有一定的关联性与相同的聚集性。     

农村寄宿制学校宋内志贺菌菌痢暴发及全基因组溯源分析

对陕西省3起寄宿制学校感染性腹泻暴发事件进行流行病学调查、病原分离鉴定及分子溯源分析,为科学指导临床诊断治疗及流行病学调查工作提供参考.方法 对陕西省3起寄宿制学校感染性腹泻事件开展现场调查,描述疫情三间分布,分析流行特征.采集病例肛拭子标本、剩余食物、环境及水源标本,进行病原分离鉴定.选择代表菌株进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型,全基因组多位点序列分型(MLST),单核苷酸多态(SNP)分析,预测毒力基因谱及耐药基因谱.结果 2017年8-9月报告的3起疫情共发病282例,以发热、腹泻为主,里急后重及粘液脓血便症状不明显,均为学生群体,性别间差异无统计学意义.病例肛拭宋内志贺菌检出率为62.22% (56/90),肛拭ipaH基因检测阳性率为69.70% (46/66),环境样本阳性率为12.31% (8/65);PFGE,全基因组MLST,SNP分析表明,3起疫情代表菌株不同源.毒力基因预测共有12种毒力基因.耐药基因预测有氨基糖苷类、甲氧苄啶类、磺胺类、β-内酰胺类、四环素类、大环内酯类的耐药基因.结论 陕西省3起寄宿制学校宋内志贺菌引起的细菌性痢疾暴发之间无直接关联,病原菌毒力基因谱与国内常见宋内志贺菌特征一致,存在多重耐药基因.     

2011-2013年河南省志贺菌病原学监测分析

摘要:目的　了解河南省2011-2013年细菌性痢疾的病原学特征。方法　以河南省2011-2013年分离到641株志贺菌为研究对象,采用血清分型、药物敏感试验及PCR检测毒力基因方法,对其进行病原学检测,以了解志贺菌菌型分布、药物敏感性及毒力基因携带情况。结果　641株志贺菌共分为2群、11种血清型,福氏志贺菌（B群）占84.6%（542/641）,宋内志贺菌（D群）占15.4%（99/641）,其中以F2a血清型为主的福氏志贺菌检出率由2011年的44.3%（87/196）上升到2013年57.6%（114/198）,宋内志贺菌检出率由25.4%（50/196）下降到5.1%（10/198）。进行药敏试验的325株志贺菌株对对头孢噻肟、环丙沙星、氯霉素和诺氟沙星的耐药率有逐年上升趋势,差异有统计学意义（P值均＜0.05）;B群与D群的耐药谱有差异。进行毒力因子检测的244株志贺菌中,福氏志贺菌对set1B的携带率高于宋内志贺菌,且近几年志贺菌对毒力基因的携带率呈逐年上升趋势。结论　河南省近年来志贺菌流行菌型正在发生改变,对目前常用的抗菌药物表现较高的耐药性,分离菌株中普遍携带有毒力因子。     

2010-2014年上海地区志贺菌耐药及毒力基因携带情况分析

目的 了解2010-2014年上海市382株志贺菌对抗菌药物的敏感性及其毒力基因的携带情况.方法 采用纸片扩散法(kirby-bauer,K-B)检测139株福氏志贺菌和243株宋内志贺菌对13种抗菌药物的敏感性;同时对志贺菌的五种毒力基因进行聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增检测.结果 菌株对萘啶酸、链霉素、氨苄西林、四环素和复方新诺明的耐药率分别达到了97.4％、96.1％、84.8％、77.7％和77.2％,多重耐药情况严重.福氏志贺菌对氨苄西林、头孢噻肟、头孢吡肟、氯霉素、阿莫西林/克拉维酸、四环素、环丙沙星、诺氟沙星及左氧氟沙星的耐药率均高于宋内志贺菌,差异均具有统计学意义(均有P＜0.05).382株志贺菌全部携带ipaH基因,其中63.3％的福氏志贺菌同时携带ipaH、ial、sen、setA和set1 B这5种毒力基因,50.6％的宋内志贺菌同时携带ipaH、ial和sen这3种毒力基因.结论 上海地区志贺菌的耐药情况严重,且福氏和宋内志贺菌对部分抗菌药物的抗药性差别较大;福氏志贺菌毒力基因携带率高,毒力强,应注意防范.     

一起水污染宋内志贺菌所致腹泻暴发检测分析

目的对一起学校食物中毒事件进行现场流行病学调查。方法按照WS 271—2007《感染性腹泻诊断标准》、WS 287—2008《细菌性和阿米巴性痢疾诊断标准》方法进行致病菌检测,采用脉冲场凝胶电泳分析技术(PFGE)对分离的10株宋内志贺菌进行同源性分析。结果 9份肛拭子样本及1份井水样本分离到10株宋内志贺菌,在XLD、MAC、EMB平板上均有无色或粉红色、半透明、中等大小光滑可疑菌落,挑取可疑菌落进行生化鉴定,鉴定为志贺菌。血清凝集结果均为志贺菌4种多价诊断血清凝集、宋内1相诊断血清凝集。10株宋内志贺菌API20E鉴定符合率均为99.1%。对10株宋内志贺菌进行脉冲场同源性分析,显示其高度同源。结论这是一起由宋内志贺菌污染水体引起的感染性腹泻疫情。     

一起细菌性痢疾暴发疫情的病原检测及分子分型

目的:分析引起一起细菌性痢疾暴发疫情的宋内氏志贺菌菌株生化特征、抗生素抗性、毒力基因携带情况,并用脉冲场凝胶电泳(PFGE)进行分子分型、了解遗传相关性。方法:对该起疫情中分离的6株宋内氏志贺菌用K-B法进行药敏试验;用PCR方法检测其四种毒力基因携带情况;用XbaI酶切进行PFGE分子分型,结果用BioNumerics软件UPGMA方法进行聚类分析,观察菌株是否为同源株。结果:6株分离株对诺氟沙星、头孢噻肟、头孢噻吩、阿莫西林均敏感,对氨苄西林、庆大霉素、萘啶酸均耐药;6株菌均携带ipaH基因、均不携带set1基因,其中5株携带ial基因,其中3株携带sen基因;经XbaI酶切后产生同种带型,带型之间的相似性系数≥97.6%。结论:宋内氏志贺菌是引发此次疫情的病原,多重耐药,含毒力基因。菌株间遗传关系紧密,来自同一克隆群。     

浙江省引起暴发的宋内志贺菌的耐药性及分子分型研究(2006)

目的：了解引起浙江省菌痢暴发的宋内志贺菌耐药性及分子分型情况，为流行病学溯源及合理有效使用抗生素提供依据。方法：77株志贺菌均按GB16002-1995标准进行鉴定分型，并采用Kirby-Bauer法检测其对14种抗生素的敏感性，并采用WHONET5．3软件，对菌株的耐药性进行分析。同时，通过脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术对菌株进行分子分型，通过同源性分析以确定菌株间的亲缘关系。结果：77株宋内志贺菌对氨苄西林、利福平的耐药率最高，达100．0％，其次是红霉素98．7％；对诺氟沙星、环丙沙星最敏感，其敏感性高达98．7％。脉冲场凝胶电泳分型77株试验菌株共分为3个PFGE基因型，1型16株占20．8％，庆元、苍南菌痢暴发可能源于同一宋内志贺菌克隆系；2型34株占44．2％，常山、龙湾菌痢暴发可能源于同一宋内志贺菌克隆系；3型27株，均分离自江山，占35．0％。结论：宋内志贺菌是2006年引起浙江省菌痢暴发的主要菌型，多重耐药现象严重，基因型间差异较小，抗生素型与基因型间无明确关系。     

PCR检测技术在志贺菌引起的腹泻疫情中的应用

目的：通过采用PCR方法对某次疫情中分离的福氏1 a志贺菌进行保守基因检测及毒力基因分析研究,探讨在感染性腹泻疫情中,PCR技术快速检测志贺菌的应用。方法：对标本中分离的7株福氏1 a志贺菌,用PCR方法检测侵袭性质粒抗原基因（ipaH）、志贺肠毒素1（ShET-1）和志贺肠毒素2（ShET-2）的基因检测,并进行基因分型。结果：7株F1 a菌均检测出ipaH基因,ShET-1和ShET-2,基因型为ShET1（＋）/ShET2（＋）,整个实验可在3 h内完成。结论：该所建立的PCR检测方法准确、快速、简便、特异性强,为其应用于环境、食品及临床腹泻样本中志贺菌的检测打下良好基础。ShET-1/ShET-2基因分型对福氏志贺菌暴发流行中的同源性分析有重要意义。     

双色实时荧光PCR法快速检测感染性腹泻人群中的沙门菌和志贺菌

目的调查沙门菌和志贺菌在南京市腹泻人群中的分布情况,为做好防治工作提供资料。方法对监测哨点医院腹泻患者的粪便样本提取核酸,采用双色实时荧光PCR方法对携带SsaR毒力基因的沙门菌属和携带Ipah毒力基因的志贺菌属进行检测,阳性样本再采用传统分离培养方法进行分离,获得的可疑菌株采用ATB生化鉴定,血清凝集确认血清型,从而了解这2种病原菌在腹泻人群中的检出率和相应菌型的分布情况。结果在检测的1 558份样本中,检出沙门菌25株,检出率为1.60%;志贺菌9株,检出率为0.58%。结论本市2012年-2013年肠道门诊腹泻中,分离志贺菌属以福氏志贺菌为主,宋内志贺菌次之,无鲍氏志贺菌和痢疾志贺菌。沙门菌属以D群和C1群血清型为相对优势血清型,血清型分布较广。     

山东省2011-2014年志贺氏菌分子分型及耐药性分析

  目的  通过对山东省2011-2014年分离的志贺氏菌（Shigella）进行血清、毒力基因、分子分型和药敏等分析,了解山东省志贺氏菌的特性及流行趋势。  方法  用玻片凝集法进行血清分型,PCR方法扩增相关毒力基因,用脉冲场凝胶电泳技术进行分子分型,采用微量肉汤稀释法测定菌株抗生素敏感性。  结果  44株志贺氏菌主要为福氏志贺氏菌（Shigella flexneri）（54.55%）和宋内志贺氏菌（Shigella sonnei）（43.18%）。ipaH、set1、sen、ial毒力基因携带率分别为100%、43.18%、56.82%、50.00%。经脉冲场凝胶电泳分型（pulsed field gel electrophoresis,PFGE）,福氏志贺氏菌被分为18种带型,且总体相似度偏低;宋内志贺氏菌被分为14种带型,且89.47%的菌株相似度在90%以上。44株志贺氏菌对15种抗生素中的14种均存在不同程度的耐药。93.18%的菌株为多重耐药菌株。  结论  山东省志贺氏菌以福氏和宋内血清群为主,毒力基因携带率高,有聚类分布出现,耐药严重,应加强对志贺氏菌菌型、溯源和耐药性的监测。     

北京市2004年-2010年志贺菌菌型分布及毒力基因分析

目的:了解近年来北京市志贺菌菌型变化及毒力基因分布特征。方法:对2004年-2010年监测到的1413株志贺菌进行血清分型;应用荧光PCR方法进行ipaHs、et1和sen基因的检测。结果:宋内志贺菌741株(52.4%),福氏志贺菌664株(47.0%),痢疾和鲍氏志贺菌各4株(1.2%)。福氏志贺菌共分为19种血清型,以F4c、F2a、F1a为主。宋内志贺菌自2007年首次超过福氏成为优势菌型后,所占比例逐渐加大,2010年已达到79.3%。福氏志贺菌也逐步由F4c转向以F2a为主,并伴有其它血清型交替出现。ipaH s,et1和sen三种基因的携带率分别为95.4%,82.3%和57.5%。set1和sen在福氏志贺菌的携带率明显高于宋内志贺菌。结论:近8年北京市志贺菌菌型发生了显著变化,宋内志贺菌正逐步成为主导菌型。毒力相关基因在不同菌型的分布存在差异。     

脉冲场凝胶电泳分型技术应用于宋内志贺菌溯源分析

目的：分析四川省成都市2006年崇州、大邑两地相继暴发的宋内志贺菌食源性感染疫情中病人分离菌株之间,及其环境分离菌株之间的分子分型特征和遗传相关性,推断传染来源。方法：收集两地疫情暴发期间分离的宋内志贺菌株,用脉冲场凝胶电泳（PFGE）对菌株进行分子分型,所得结果用BioNumerics V4.0软件UPGMA方法进行聚类分析。结果：共测试56株菌,用XbaⅠ酶切后PFGE可分为14个带型。其中崇州菌株38株,有26株带型完全相同（包括1株环境株）;有37株菌分布于5种带型,其相似性在97%以上。大邑菌株18株,有10株带型完全相同;其余8株有7种带型,相似性较差。两地之间菌株分子分型差异明显,其相似性小于92%。结论：确证崇州、大邑两地确有宋内志贺菌食源性感染疫情的暴发,但两地之间无交叉传染关系;提示崇州的宋内志贺菌疫情是由食物凉拌菜引起;提示大邑本地有较高的宋内志贺菌流行水平和复杂的传染源。     

一起学校宋内志贺菌细菌性痢疾暴发的现场流行病学调查

调查一起学校细菌性痢疾暴发的原因和规律,为制定预防控制措施提供科学依据.方法 按照《细菌性痢疾诊断标准》(WS 287-2008)对病例进行诊断,采用个案调查表对病例进行流行病学调查,并结合病例对照、实验室检测情况进行分析.结果 该起疫情历时4d(9月16日至19日),累计发病97例,罹患率为15.35%.不同性别不同年级学生间罹患率差异均无统计学意义(P值均>0.05).病例均为学生,临床表现以发热(96.91%)、头痛(77.32)、腹痛(71.13)、腹泻(67.01)为主;实验室检测27份病例粪便(肛拭子)和1份呕吐物标本,结果8份志贺菌核酸检测阳性,20份宋内志贺菌培养阳性;检测12份井水样,有6份菌落总数超标、志贺菌核酸检测阳性.结论 本次疫情是一起由宋内志贺菌引起的经水传播的菌痢暴发.水源被污染、未常规开展饮用水、生活用水消毒是导致此次疫情的主要原因.加强水源保护,实施饮用水消毒,加强学校饮用水监管,大力开展健康教育,加强疫情监测,可有效减少此类事件的发生.     

醴陵市某学校一起菌痢暴发调查

目的 通过对一起学校菌痢暴发疫情的调查处置分析,了解疫情暴发的原因和特点,查找传染来源和传播方式,为疫情防控提供科学依据,积累类似事件处置经验。 方法 采用描述流行病学和病例对照研究方法,采集相关样本进行实验室检测。 结果 2014年9月2-6日,该校发病235例,罹患率40.38%,教师、各年级学生均有发病,病例对照研究显示在食堂就餐是发病主要危险因素,34份肛拭子标本中检出宋内志贺菌13份,检出率38.24%。 结论 该起疫情是由宋内志贺菌引起的菌痢暴发,暴发的原因可能是该学校生活用水被粪便污染后导致食堂的餐具和食物被污染所致。