广东省2008－2009 年沙门菌监测

目的 了解广东省腹泻患者中沙门菌的感染及沙门菌暴发的情况以及沙门菌株的血清型别、耐药性和分子特征.方法 对纳入研究的腹泻病患者进行沙门菌的检测,对日常监测中分离到的菌株和暴发监测收集到的菌株进行血清分型、药物敏感试验和脉冲场凝胶电泳(PFGE)分型.结果 2008年共检测1922份粪便标本,分离到7l株沙门菌,阳性率为3.7%;2009年检测2110份粪便标本,分离到85株沙门菌,阳性检出率为4.0%;156株菌共分37种血清型,鼠伤寒和肠炎沙门菌居多;监测到10起由沙门菌污染引起的食物中毒事件,其中有4起由肠炎沙门菌引起,有3起由鼠伤寒沙门菌引起;发现1起疑似肠炎沙门菌暴发,并开展流行病学调查,结果提示4名病例中有2名病例是感染同一来源的肠炎沙门菌;229株沙门菌对头孢类和喹诺酮类抗菌药物敏感率达80%以上,59.3%是多重耐药沙门菌.结论 在广东省引起感染性腹泻和食物中毒的沙门菌主要为肠炎沙门菌和鼠伤寒沙门菌.

Abstract：

Objective To understand the infection of Salmonella (S.) in patients with diarrhea and outbreaks caused by Salmonella to identify the serotypes, resistance to antibiotics and PFGE types of the strains from the surveillance program in Guangdong province. Methods S. strains from patients with diarrhea were detected, and all the positive strains collected in routine and outbreak surveillance programs, were tested by serum agglutination, antibiotic susceptibility and PFGE.Results 71 S. strains were isolated from 1922 stool samples in 2008, with positive rate as 3.7%.85 S. strains were isolated from 2110 stool samples in 2009, with positive rate as 4.0%. All the 156 strains were divided into 37 serotypes, with S. serotype typhimurium and enteritidis as the most common serotypes. 10 incidents of food poisoning were detected, of which 4 were caused by enteritidis and 3 by typhimurium. A suspected outbreak by enteritidis was discovered and under epidemiological investigation. The findings indicated that 2 of the 4 patients from this outbreak were infected with identical enteritidis isolates. 80% of the 229 isolates were found susceptible to cephalosporins and quinoione and 59.3% of them were muitiresistant to the antibiotics. Conclusion S. enteritidis and S. typhimurium were the most common serotypes that caused infectious diarrhoea and food poisoning in Guangdong province.     

江苏省食源性鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌感染主动监测结果分析

目的 了解江苏省食源性疾病主动监测中鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌感染的流行病学特征,为制定预防措施提供参考。方法 对江苏省13个设区市哨点医院检测分离出的沙门菌进行血清型检测,对其中鼠伤寒沙门菌和肠炎沙门菌感染的三间分布进行统计分析。结果 2015—2020年江苏省从68 656份标本中检测分离出1 920株沙门菌,覆盖124个血清型,以鼠伤寒沙门菌(25.10%)和肠炎沙门菌(23.49%)为主;2种血清型检出率均在5—6月份达到最高(0.90%～0.95%、0.95%～1.00%);2种血清型在无锡(1.20%、1.46%)、徐州(2.06%、1.39%)、镇江(1.19%、0.82%)3个设区市的检出率均较高;2种血清型男女性检出率差异均无统计学意义(χ²=0.87、0.73,P值均>0.05);鼠伤寒沙门菌在<1岁(1.13%)、1～3岁(2.07%)、≥85岁(1.47%)人群中检出率较高,肠炎沙门菌在4～6岁(1.47%)、7～13岁(1.22%)人群中检出率较高。结论 鼠伤寒沙门菌、肠炎沙门菌是食源性疾病沙门菌感染的主导血清型,均以夏秋季节多...     

长春市沙门菌耐药特性及相关分子特征的分析

目的 为掌握长春市沙门菌耐药特性及监测长春市沙门菌耐药基因的传播方式,并提供一定的理论基础。方法 根据微量肉汤稀释法测定沙门菌的最低抑菌浓度(minimal inhibitory concentration, MIC)。利用全基因组测序技术及生物信息学方法分析沙门菌耐药相关分子特征。结果 105株沙门菌对链霉素(STR)、氨苄西林(AMP)、四环素(TET)、萘啶酸(NAL)、氨苄西林/舒巴坦(AMS)、氯霉素(CHL)耐药性较高,对阿米卡星(AMI)、头孢他啶/阿维巴坦(CZA)、厄他培南(ETP)、多黏菌素E、环丙沙星(CIP)敏感性较高。长春市沙门菌多重耐药现象严重,耐药模式多样。针对不同的抗生素耐药表型与耐药基因差异较大。质粒、转座子与耐药基因之间关系密切。结论 长春市沙门菌耐药情况严重,以获得性耐药为主。     

成都市猪肉源沙门菌优势血清型及耐药性研究

目的 了解成都市2020年猪肉源沙门菌优势血清型分离株的耐药表型及耐药基因携带情况,为成都市食品安全市场监管提供数据支撑。方法 对2020年成都市202株猪肉源沙门菌分离株用微量肉汤稀释法对临床常用的15种抗生素进行药敏实验,并开展全基因组测序,对分离株进行血清型预测、耐药基因注释。结果 202株沙门菌共包含17种血清型,优势血清型为罗森31.68%（64/202）、伦敦18.81 %（38/202）、德尔比18.32 %（37/202）血清型,耐药率分别为96.88%、89.47%、97.30%;三种沙门菌均对四环素耐药率最高,分别为92.19%、89.47%、94.59%;三种沙门菌多重耐药严重、耐药谱复杂;三种沙门菌共检出7大类49种耐药基因,以氨基糖苷类携带率最高（98.44%、97.37%、94.59%）且种类最多（19种）,大环内酯类携带率最低（12.50%、39.47%、8.11%）且种类最少（3种）,其余抗生素耐药基因携带情况各有差异。结论 成都市猪肉源沙门菌优势血清型对常用抗生素耐药较为严重,耐药谱复杂,耐药基因携带率高。     

应用分子血清分型技术鉴定抗原缺失沙门菌血清型

目的 利用液相芯片技术和全基因组测序2种分子血清分型技术,对抗原缺失血清型沙门菌进行血清分型.方法 采用玻片凝集法对3株沙门菌进行分型;提取沙门菌基因组DNA,采用液相芯片技术进行血清型分型;然后全基因组测序后组装草图,用SISTR预测沙门菌血清型.结果 3株沙门菌分离株,用传统玻片凝集法鉴定属于B群和E1群沙门菌,未...     

中国德尔卑沙门菌耐药及群体遗传特征初步分析

目的 分析不同来源德尔卑沙门菌的耐药特征、耐药机制及基因组相似性,初步揭示我国德尔卑沙门菌的群体遗传学特征,发现可能的传播规律或潜在传播途径,为加强沙门菌病监测及防控策略制定提供一定参考。方法 对201株德尔卑沙门菌进行16种抗生素的药物敏感性试验,并对所有菌株进行全基因组测序。最后结合公开数据库中的134株德尔卑沙门菌基因组序列,对335株德尔卑沙门菌进行耐药基因型别和多位点序列分型（MLST）分析,并构建基于核心基因组单核苷酸多态性的系统发育树进行遗传进化分析。结果 201株德尔卑沙门菌对16种抗生素呈现不同程度的耐药,总耐药率为97.51%。不同来源（人、动物、食品）的德尔卑沙门菌对不同种类抗生素耐药率差异有统计学意义（均P＜0.05）。335株德尔卑沙门菌携带耐药基因38种,磷霉素类耐药基因fosA7携带率为100.00%,氨基糖苷类耐药基因aac（6''）-Iaa携带率为99.70%。不同种类抗生素耐药基因和耐药表型一致性存在差异,除氨基糖苷类和氯霉素类,其他种类抗生素一致性较好。MLST显示,334株德尔卑沙门菌为ST40型。系统发育树显示存在动物和人、食品和人之间交叉感染的风险以及动物带菌远距离跨省播散的可能,但还需要进一步的流行病学研究。结论 我国德尔卑沙门菌耐药形势严峻,并且存在交叉传播的风险,提示应加强综合监测及风险评估,防止耐药菌株及耐药元件在动物、食品、人链条中的播散。     

某地3起沙门菌肠炎暴发疫情溯源分析

目的某地区1月内连续地发生3起由肠炎沙门菌引起的食源性疾病,应用脉冲场凝胶电泳分型技术对疫情分离菌株进行分析,为查找传染源和传播途径,控制疫情发展提供依据。方法运用限制性内切酶XbaⅠ,对3起疫情中分离的7株肠炎沙门菌进行脉冲场凝胶电泳(PFGE)分子分型,BioNumerics V4.0软件UPGMA方法进行聚类分析。结果 3起疫情中分离的7株肠炎沙门菌交叉分为3个基因型,其中分别从疫情1、2、3中的4株菌同属基因型1,分别从疫情1、2中分离的2株菌同属基因型2,从疫情1中分离的1株菌属基因型3。结论此地区1月内暴发的3起疫情分离菌株的PFGE型别具有相同的型别,提示该地1月内暴发的3起疫情有共同的传染来源。     

2018—2021年北京市沙门菌血清型及喹诺酮类耐药表型和基因型分析

目的 分析2018—2021年北京市肠道门诊哨点医院分离到的沙门菌血清型及喹诺酮类药物耐药表型和耐药基因的流行情况。方法 采用玻片凝集法鉴定血清型;微量肉汤稀释法测定药物敏感性;全基因组测序数据通过与MLST和ResFinder数据库比对,查询ST型别和耐药基因。结果 228株沙门菌共检出42种血清型,51种ST型。其中肯塔基沙门菌、肠炎沙门菌和黄金海岸沙门菌等9种血清型比较常见。77株沙门菌（33.8%）对萘啶酸耐药;40株（17.5%）对环丙沙星和左氧氟沙星耐药;38株（16.7%）对吉米沙星耐药。不同血清型对喹诺酮类药物的耐药性不同。228株沙门菌共筛选出5种喹诺酮耐药基因:qnrS（23.7%）、aac(6’)-Ib-cr（8.3%）、qnrB（6.6%）、OqxAB（1.3%）和qepA（0.4%）;喹诺酮耐药决定区存在gyrA和parC的7种氨基酸突变:以parC:T57S（70.2%）最常见,其次是gyrA:D87N（14.9%）、parC:S80I（14.5%）、gyrA:S83F（14.5%）、gyrA:D87Y（7.9%）、gyrA:D87G（5.3%）和gyrA:S83Y（1.8%）。在组合突变中,以parC:S80I-gyrA:D87N-gyrA:S83F三突变,并伴随parC:T57S最多。耐药基因和突变位点在9种常见血清型中的检出率存在差异。结论 北京市沙门菌血清型及ST型种类繁多,携带喹诺酮耐药基因以qnrS、aac(6’)-Ib-cr和 qnrB为主,存在gyrA和parC多个位点突变并协同作用。应持续监测血清型和耐药性,以指导临床有针对性合理用药。     

珠海某工厂沙门菌感染暴发危险因素调查

目的为了寻找暴发危险因素,提出控制及预防措施。方法制定病例定义,临床诊断病例为2009年3月2日以来,某厂出现腹泻或腹痛伴头痛、恶心、头晕、发热、呕吐症状之一的人员;确诊病例为临床诊断病例且沙门菌培养阳性的病例。病例搜索通过面对面问卷调查在工厂所有员工中开展。病例对照研究中病例组选取全部病例,对照组选择所有没有发病的病例,通过面对面调查询问危险因素,比较危险因素,用Logistic Regression进行多因素分析。沙门菌用细菌培养检测。结果搜索到病例48例,其中17例为确诊病例。病例对照发现上夜班是危险因素(OR=39,95%CI13～129),上夜班的人群中3月2日的夜宵是危险因素,烧鸭和蒜苗香干是危险食物,非条件Logistic回归多因素分析发现只有蒜苗香干是危险食物。结论这是一起沙门菌污染食物引起的暴发;可能有两次污染即3月1日夜宵和3月2日夜宵。3月2日夜宵的危险食物是蒜苗炒香干。食物污染来源可能是厨师污染引起。     

短片段基因序列测定检测沙门菌

[目的]通过对沙门菌fimy基因保守片段的焦磷酸测序,达到鉴定沙门菌的目的。[方法]通过短片段基因序列测定检测沙门菌。[结果]通过焦磷酸测序法对fimy基因上的27个碱基片段进行测定,可准确检测191株沙门菌。[结论]建立的方法具有准确、快速和实时检测等优点,适于对沙门菌的快速、高通量检测。     

一起食源性疾病暴发事件分离的2种血清型沙门菌的病原学分析

目的 对一起食源性疾病暴发事件中分离的2种血清型沙门菌进行病原学分析。方法 采集2022年9月8日某学校暴发事件中病例肛拭子11件、可疑污染食品13件和环境样本10件;对病例肛拭子分别使用亚硒酸盐煌绿增菌液和脑心浸液肉汤（BHI）进行增菌培养,在完成常见肠道病原菌荧光PCR检测后,根据结果开展相应致病菌的分离培养;对可疑污染食品参照食品安全国家标准进行检测;每份肛拭子样本和食品样本均挑取多个疑似沙门菌菌落进行血清学凝集和全基因组测序;根据全基因组测序结果确定沙门菌血清型,基于菌株核心基因组单核苷酸多态性（SNP）进行聚类分析。结果 病例肛拭子和可疑污染食品沙门菌检出率分别为9/11和5/13,其中4例病例肛拭子和4件可疑污染食品样本均分离到2种血清型沙门菌（乌干达沙门菌和伊迪坎沙门菌）,其余阳性样本分离沙门菌均为单一乌干达沙门菌血清型或单一伊迪坎沙门菌血清型。11件病例肛拭子样本接种BHI增菌液后12 h和24 h沙门菌荧光PCR检出率均为9/11,与分离培养结果一致。2种血清型沙门菌在基于核心基因组SNP构建的聚类树中形成2个相互独立且遗传距离较远的分支,而每一种血清型沙门菌也表现出基因组多态性,乌干达沙门菌之间SNP差异个数介于0~14个,伊迪坎沙门菌之间SNP差异个数介于0~23个。结论 本次事件为乌干达沙门菌和伊迪坎沙门菌共同导致食源性疾病暴发事件,基于BHI对病例肛拭子增菌并进行沙门菌荧光PCR检测的方案可在暴发中应用。     

北京市2010-2020年多重耐药肯塔基沙门菌流行特征分析

目的:了解北京市肯塔基沙门菌临床分离株的流行情况、耐药水平及分子特征。方法:对2010-2020年分离的22株肯塔基沙门菌采用微量肉汤稀释法进行抗生素药物敏感性检测;全基因组测序进行多位点序列分型、基因组岛和耐药基因识别。采用PFGE分析菌株的分子流行病学特征。结果:22株菌对8~22种抗生素耐药,尤其是对环丙沙星、阿...     

侵袭性非伤寒沙门菌血清型和耐药性分析

目的分析7株侵袭性非伤寒沙门菌(iNTS)的血清型和耐药性。方法针对收集的7株iNTS菌株,开展血清学鉴定、药物敏感性实验以及全基因组测序,并对血清型、MLST型和耐药基因进行鉴定、注释和分析。结果7株iNTS菌株中,包含1株鼠伤寒血清型和2株Ⅰ4,[5],12:i:-(ST34型)、2株肠炎血清型、1株科瓦利斯血清型和1株未知血清型Ⅰ4,[5],12:d:-(ST279型),其中6株为单相菌,沙门菌二相鞭毛基因缺失或假基因化可能有助于增强沙门菌侵袭性。未发现替加环素、氨曲南、阿米卡星及头孢类、碳青霉烯类抗生素耐药株,存在1株八重耐药鼠伤寒沙门菌。耐药基因与耐药表型基本相符。结论本研究中的iNTS菌株存在八重耐药株,整体耐药水平尚低但不可忽视。     

基于微球液态阵列分子技术的沙门菌血清分型研究

目的 了解基于微球液态阵列分子技术对广东省腹泻病例沙门菌分离株的分型效果。方法 在微球液态阵列分子平台上应用SSA试剂盒对沙门菌人源株进行分子血清分型。结果 2010-2014年广东省人源沙门菌4 942株分为189种血清型,前100种血清型占所有菌株的98.08%（4 847/4 942）,其中98%可用SSA试剂盒完整分型;采用SSA试剂盒检测198株菌O抗原,可检出181株;用SSA检测H抗原的结果（98.32%,528/537）与传统血清凝集试验结果相符;fljB基因的符合率为93.09%（175/188）,fljB基因假阴性率为7.35%（9/134）,假阳性率为7.41%（4/54）;sdf基因和Vi基因符合率均为100%;用SSA试剂盒检测12株血清不能分型的沙门菌,有11株能成功分型。结论 SSA试剂盒能对96%以上的广东省人源沙门菌株进行分子血清分型,其结果与传统方法符合率超过98%。基于微球液态阵列分子技术的血清分型法比传统方法更具有高通量且快速的特点。     

Assessment of E. coli and Salmonella spp. infection risks associated with different fecal sludge disposal practices in Thailand

The proper management of fecal sludge (FS), to block the transmission pathways of pathogens, is rarely enforced in many parts of the world. Health risks associated with different disposal practices of FS in peri-urban settings of a large metropolis in Thailand were assessed; Tha Klong sub-district with indiscriminate FS dumping, and Klong Luang sub-district which has an FS treatment system. The study showed that indiscriminate FS dumping from along the canal banks and discharge of market waste were likely the major sources of E. coli and Salmonella spp. in contamination of the canal water. The increased microbial pathogen concentrations near the FS treatment facility also indicated contamination risks from poorly designed treatment facilities. Quantitative microbial risk assessment (QMRA) indicated very high water-related infection risk levels compared to the actual locally recorded disease occurrences. These results indicated that the QMRA model needs to be modified to take account of immunological differences between populations in developed countries, where the model was developed, and developing countries. In addition, further sensitivity factors are needed to reflect different societal behavior patterns, and therefore contact with potentially contaminated water, in different sub-populations of many less developed communities.     

黑龙江省4个市肉鸡生产链中沙门菌分子分型研究

目的 了解黑龙江省4个市肉鸡生产链中沙门菌分子分型的情况。方法 参照美国CDC PulseNet实验方法,对2012年黑龙江省4个市肉鸡生产链环节中（孵化、养殖、屠宰和配送分销）分离到的沙门菌进行PFGE分型,利用BioNumerics软件对分离菌株的指纹图谱进行聚类分析并初步建立数据库。结果 4个环节中屠宰环节的污染最为严重（13.84%）。150株肠炎沙门菌和65株印第安纳沙门菌分别有89个和55个带型,带型存在多样性。肠炎沙门菌在不同环节或是不同地区具有相同的带型;印第安纳沙门菌在所有不同环节和地区没有相同的带型。HLJ2的肉鸡肠炎沙门菌污染已溯源到孵化环节的种鸡。结论 黑龙江省4个市肠炎沙门菌和印第安纳沙门菌的带型有地区差异,不同环节的优势带型各不相同。屠宰加工过程存在交叉污染,部分地区污染源可追溯到孵化环节。     

Comparison of the presence and partitioning behavior of indicator organisms and Salmonella spp. in an urban watershed

The appropriateness of indicator organisms as surrogates for human pathogens in water quality modeling is dependent on similarities in both presence and transport behavior; however, very little data relating indicator and bacterial pathogen transport behavior in receiving waters is available. In this study observations of presence, partitioning behavior (i.e. association with settleable particles) and removal by upland detention basins were used to assess the suitability of six indicator organisms as surrogates for Salmonella spp. bacteria in an urban watershed. The fecal indicator bacteria (fecal coliforms, E. coli and enterococci) were most closely correlated with Salmonella in terms of presence and partitioning behavior (25–35% associated with settleable particles on average); however, further resolution of the variability associated with Salmonella partitioning is required. Higher removal of particle-associated microbes relative to the total microbial concentration by the detention ponds suggests that sedimentation may be an important removal mechanism. However, large fluctuations in pond performance between storm events and occasional net microbial exports in effluents indicate that these best management practices (BMPs), as currently implemented, will be unlikely to achieve water quality objectives.