人胎盘基因表达谱芯片的初步研究

目的：制备人胎盘基因表达谱芯片，并用于基因差异表达分析。方法：用基因芯片点样仪将胎盘基因文库探讨打印在氨基包被的玻片上制备表达谱芯片。分别提取对照组与三氧化二砷处理的K562细胞总RNA，纯化mRNA后反转录成cDNA，再以限制性显示技术进行荧光标记，将两组荧光标记的样品混合后与芯片进行杂交，杂交后清洗芯片，干燥后对芯片进行扫描，分析杂交结果。结果：建立了较可靠的制备与检测基因表达谱芯片的方法，并筛选出45个差异表达基因片段，结论：制备的人胎盘基因表达谱芯片可有效地应用于基因的差异表达分析。     

5例寒证的宏观疗效及基因表达谱芯片分析研究

目的：研究热药疗寒的差异表达基因。方法：在临床筛选出典型寒证病人，辩证评分，然后给病人服用温热中药1月。治疗前后分别采血，提取mRNA，逆转灵为cDNA，并标记探针，进行基因芯片杂交，得治疗前后的差异基因表达谱。结果：五例典型寒证治疗后症状积减少到24％，在有较好疗效的基础上，初步筛选出的热药疗寒相关的59条差异表达基因。其中表达下调的有43条，表达上调的17条。结论：热药疗寒有效病例的基因表达涉及广泛，包括生理、病理等方面。     

基因表达谱芯片在胰腺癌相关基因筛选中的应用研究

目的：探讨基因表达谱芯片技术在高通量筛查肿瘤相关基因群及研究胰腺癌分子病理变化中的应用价值。方法：应用含有４０９６条人类全长基因的ｃＮＤＡ表达谱芯片,对３例临床切除的胰腺癌及正常胰腺标本的基因表达谱进行分析。结果：在３例胰腺癌和正常胰腺组织中均有差异表达的基因３９８条,其中新基因２８９条,老基因１０９条。从老基因中筛选出有显著表达差异基因３７条,其中在胰腺癌组织中上调基因２０条,下调基因１７条。结     

帕金森病患者尾状核中基因表达谱的研究

帕金森病是一种神经系统退行性疾病．患者黑质多巴胺能神经元大量死亡。导致纹状体多巴胺含量显著下降,基底节运动调节环路紊乱,从而产生运动障碍,目前,帕金森病的病因仍然不清,很可能受到遗传和环境因素的双重影响。尾状核是基底节纹状体功能单元中一个重要的组成部分,它接受     

妊娠期糖尿病胎盘基因表达变化及功能分析

目的探讨妊娠期糖尿病（gestational diabetes mellitus, GDM）胎盘基因表达变化,对差异表达基因（differentially expressed genes, DEGs）进行功能分析。方法采用基因芯片技术及RT-qPCR方法检测GDM胎盘基因表达变化,应用GO和KEGG数据库对DEGs进行富集分析。结果基因芯片技术筛查出1773种（4.3%）DEGs,应用GO数据库从生物学过程、分子功能和细胞成分等方面对DEGs进行生物功能分类,发现DEGs主要与依赖DNA的转录调控、蛋白磷酸化、基因表达等生物学过程相关,与蛋白结合、金属离子结合、锌离子结合的细胞成分相关,与细胞核、细胞质、细胞内的分子功能相关。KEGG数据库分析提示DEGs参与了Wnt、Spliceosome和TGF-β等信号通路。结论GDM胎盘部分基因表达发生变化,这种变化涉及多种生物学过程、分子功能及信号通路,从而导致GDM胎盘功能发生变化。研究GDM胎盘基因表达及功能变化有助于充分理解GDM疾病并指导临床诊疗。     

基因表达谱及其在人体肿瘤研究中的应用

肿瘤发生是遗传、环境等多种致瘤因子共同作用的结果,经历了多个不同的发展阶段。每一阶段中机体机能的改变必然反应一系列基因功能的变化,构成机体在每一种机能状态时的特征性基因表达。要揭示肿瘤发生、发展的规律,最终找到攻克肿瘤的可靠途径,必须从研究肿瘤相关基因入手。基因芯片提供了一种大通量研究手段,通过基因芯片构建肿瘤相关基因表达谱,研究肿瘤相关基因在肿瘤发生、发展过程中的功能,就是找到了研究肿瘤发生、发展规律的金钥匙,为肿瘤病原、病因、病理学研究,各种肿瘤的临床诊断、治疗药物筛选、预后判断、治疗效果监测甚至肿瘤预防等领域的研究开辟了广阔的前景。     

人类肛门直肠畸形基因表达谱的研究

目的：研究肛门直肠畸形患儿直肠末端的基因表达谱，初步筛查肛门直肠畸形的差异表达基因。方法：应用基因表达谱芯片技术对3例先天性肛门直肠畸形患儿的直肠末端组织和3例正常直肠末端组织的基因表达进行检测。结果：在186个发育相关基因中，共发现差异表达基因54个，表达上调的52个，表达下调的2个。结论：先天性肛门直肠畸形的发生涉及多基因改变。基因表达谱芯片技术可同时定量研究大量基因表达水平，是一种快捷高效的方法。     

人鼻咽癌不同部位组织相关基因表达谱的研究

目的：筛选鼻咽癌癌变发生过程中的重要基因。方法：应用显微切割和荧光标记探针基因芯片杂交技术，检测鼻咽癌、癌周组织、癌旁组织及鼻咽炎症组织的基因差异表达，扫描仪扫描荧光芯片，图象处理软件分析结果。结果：在检测的3组标本中，存在大量差异表达基因，涉及基因包括信号与蛋白传递、癌基因与原癌基因、免疫相关基因、凋亡基因，以及DNA结合转录和转录因子等范围。结论：鼻咽癌癌变过程中有多个多种类基因参与，说明鼻咽癌癌变过程是一个复杂、多通路的过程。     

大鼠退变颈椎间盘组织基因表达谱的研究

目的 :研究正常和退变模型大鼠颈椎间盘的基因表达谱 ,分析大鼠颈椎间盘基因表达水平的变化 ,用于指导诊断和治疗。 方法 :建立动静力失衡性大鼠颈椎间盘退变模型 ,从造模后 5个月对照组和模型组大鼠颈椎间盘中抽提 m RNA ,经逆转录分别用 cy3、cy5荧光标记 ,获得两组动物椎间盘 c DNA的探针 ,再与 5 12 c DNA基因表达谱芯片杂交 ,结果由激光扫描仪扫描并用软件进行图像分析、标准化处理、ratio值分析、聚类分析。结果 :共筛选出 18条表达有差异的基因 ,11条基因表达量明显下降 (ratio<0 .4 ) ,其中细胞信号转导类有 4条 ;7条基因表达量明显上升 (ratio>2 .5 )。这些基因在颈椎间盘退变的表达模式与其他的报道类似。 结论 :退变大鼠椎间盘基因表达的调节发生变化 ,细胞内外的信号转导参与了椎间盘退变过程     

基因微阵列技术检测子痫前期相关胎盘组织基因表达变化的研究

目的:应用基因微阵列技术检测子痫前期(pre-eclampsia,PE)患者和正常妊娠胎盘组织差异表达基因,寻找PE相关发病基因,为研究子痫前期病因提供分子水平理论基础。方法:从正常妊娠和子痫前期胎盘组织中抽提mRNA,反转录后,探针标记cDNA。以混合的6例正常胎盘总RNA为对照,应用cDNA微阵列人类全基因表达谱分析芯片检测6例子痫前期患者胎盘基因表达的改变。结果:在芯片杂交过程中,有91个基因表达差异具有统计学意义,与正常对照相比,子痫前期样品中有19个基因表达下调,72个基因表达上调,这些基因涉及信号传导、运输、转录调控、细胞增殖和凋亡、脂代谢、钙离子结合以及免疫等方面的功能。结论:子痫前期发病涉及了多方面细胞功能基因表达的变化,应用cDNA表达谱芯片可快捷、高通量地筛选出子痫前期胎盘可能的致病基因,为研究子痫前期的病因提供新的理论基础。     

人食管鳞状细胞癌基因表达变化的cDNA芯片研究

目的 利用TaKaRa人癌基因芯片研究食管鳞状细胞癌（ESCC）和相应正常组织差异表达基因．分析基因差异表达谱,以期找到更快捷、高通量的方法来筛选与原发性食管癌发生、发展以及与食管癌临床进展相关的分子标记物。方法 应用基因芯片技术及激光捕获微切割术、T7RNA聚合酶扩增技术,对15例ESCC癌组织和正常组织的mRNA进行检测,并用生物信息学对检测结果进行分析。结果 在886个目的基因中有110条（12．42％）至少2次出现差异表达．其中56条（6-32％）基因表达上调幅度〉2．0倍,54条（6．09％）基因表达下调幅度〈0．5。结论 高通量的基因芯片技术可筛选出大量ESCC相关基因,对这些相关基因功能的验证将有助于找到ESCC发生、发展的关键基因或通路。     

前列腺癌基因表达谱芯片的生物信息学分析

目的 利用生物信息学方法分析前列腺癌基因表达谱芯片,研究前列腺癌差异表达基因的功能及调控网络.方法 采用GEO数据库中获取的前列腺癌基因表达谱芯片数据,利用R软件及affy、limma、pheatmap、ggplot2等R软件包进行数据挖掘及生物信息学分析.结合生物信息学工具DAVID、GeneMANIA对差异表达基因及其调控网络进行分析.结果 共筛选出前列腺癌与癌旁组织差异表达基因56个,表达上调15个,表达下调41个,前列腺癌与癌旁组织的差异表达基因被富集到不同的子集.其中cav1、slc16a2、cav2、slc16a5、magi2、ptrf、pdlim5、lmod1、abcc6等9个基因被富集到"细胞功能"分类下的"细胞膜组分"子集中,其中cav1、cav2、ptrf影响细胞膜内陷囊状结构的功能,可能在前列腺癌发生发展中发挥重要作用.结论 前列腺癌与癌旁组织的差异表达基因之间存在复杂的调控网络,生物信息学可以从中提取有效信息,为前列腺癌分子机制研究提供思路及数据基础.     

瘢痕疙瘩的差异表达基因谱研究

目的 应用基因芯片技术筛选瘢痕疙瘩组织的差异表达基因。探讨异常瘢痕发生的分子机制。方法 应用含有8064个人类靶基因的表达谱芯片,检测瘢痕疙瘩和正常皮肤组织中基因的差异表达变化,筛选出差异表达基因,应用RT-PCR验证芯片结果;建立与瘢痕疙瘩形成相关的基因表达谱并进行生物信息学分析。结果 与正常皮肤组织相比,瘢痕疙瘩组织中发生显著性差异表达变化的基因有277个,其中上调163个、下调114个,涉及到各种信号传递及基因调控的改变。RT-PCR检测结果与芯片结果呈一致性趋势。结论 创面过度愈合形成瘢痕疙瘩是一个复杂的病理生理过程,受多种基因表达调控：差异表达基因谱的建立和研究较全面反映了瘢痕疙瘩发生的分子生物学概貌,有助于认识异常瘢痕形成的机制。     

S-生物丙烯菊酯处理后人淋巴细胞基因表达谱的变化

目的运用基因芯片技术研究S-生物丙烯菊酯对正常人淋巴细胞基因表达谱的变化。方法取正常人外周血淋巴细胞，加入S-生物丙烯菊酯刺激，提取总RNA与Agilent Human 1B寡核苷酸基因芯片杂交，研究基因表达谱变化。结果正常淋巴细胞在S-生物丙烯菊酯刺激后共有346个基因表达发生变化，其中16个免疫和防御相关基因均表达下调，6个凋亡相关基因表达上调，1个凋亡相关基因表达下调。结论S-生物丙烯菊酯处理后淋巴细胞基因表达谱的总体变化趋势是部分免疫应答基因表达下调，促进凋亡，抑制增殖。     

新基因RS1在辐射损伤小鼠的组织表达谱研究

目的 探讨新基因RS1在辐射损伤小鼠的组织表达谱情况，为RS1的克隆和功能研究提供更多的线索。方法 利用半定量RT—PCR的方法研究RS1在辐射损伤小鼠肠上皮、肝、肾、脾脏的表达情况，利用原位杂交的方法观察RS1在辐射损伤小鼠肝、肾、脾脏和心肌的表达情况。结果 RS1在辐射损伤小鼠除在肠上皮表达以外，在。肾、肝、脾等多处表达，其中脾脏和。肾脏的表达较高。结论 RS1具有广泛的组织表达谱。可以利用肾脏和肝脏来源的，RS1表达丰度高的总RNA为模板进行全长cDNA克隆。     

氯胺酮诱导大鼠丘脑基因表达谱的改变

目的:用基因芯片研究氯胺酮麻醉大鼠丘脑基因表达谱的变化.方法:SD大鼠4只,分为对照组(n=2)和氯胺酮组(n=2).两组大鼠分别腹腔注射生理盐水或100 mg/kg氯胺酮.1 h后,取丘脑,抽提RNA,以RNA为模板逆转录合成cDNA,以cDNA为模板转录生物素标记的cRNA,cRNA经提纯、片断化后与大鼠神经生物学表达芯片U34杂交.杂交后的芯片用扫描仪检测信号,收集图像,用Microarray Suite Version 5.0软件分析差异表达基因并对其进行功能分析.结果:1323条待测基因中,氯胺酮麻醉后237条基因差异表达,上调表达132条,下调表达105条,其中差异表达超过两倍的为59条.差异性表达的基因功能可分为NMDA受体、离子通道、信号转导、转录因子、细胞因子等.结论:氯胺酮麻醉可以引起大鼠丘脑基因的差异表达.     

用基因芯片研究异丙酚麻醉大鼠丘脑基因表达谱

目的:运用基因芯片研究异丙酚麻醉大鼠丘脑基因表达谱的变化. 方法:SD大鼠12只,随机分为对照组和异丙酚组,每组6只. 对照组、异丙酚组大鼠分别腹腔注射生理盐水或100 mg/kg异丙酚. 1 h后,取丘脑,抽提RNA,以RNA为模板逆转录合成cDNA,以cDNA为模板转录生物素标记的cRNA,cRNA经提纯、片断化后与大鼠神经生物学表达芯片U34杂交;杂交后的芯片用扫描仪检测信号,收集图像,用Microarray Suite Version 5.0软件分析差异表达基因并对其作初步功能分析. 结果:1323条待测基因中,异丙酚麻醉后221条基因差异表达,上调表达80条,下调表达141条,其中差异表达超过两倍的为53条. 差异性表达的基因功能可分为离子通道、信号转导、转录因子、细胞因子等. 结论:异丙酚麻醉可诱导大鼠丘脑众多基因的差异表达,基因芯片是研究全麻机制的有效方法.     

奥美拉唑对人脐静脉内皮细胞全基因表达谱的影响及机制分析

目的研究奥美拉唑对体外培养人脐静脉内皮细胞(EA.hy926)基因表达谱的影响,探讨奥美拉唑对内皮细胞作用的分子机制。方法 10-5mol/L奥美拉唑与人脐静脉内皮细胞株共培养48 h,运用Affymetrix U133 plus 2.0全基因组表达芯片,检测奥美拉唑对人脐静脉内皮细胞基因表达谱的影响,分子注释系统MAS3.0软件进行聚类分析。RT-PCR验证基因表达谱结果,Western blotting验证相关蛋白水平的变化。结果奥美拉唑作用内皮细胞48 h后,基因芯片分析筛选出差异表达大于1.5倍的基因282个,其中上调基因236个,下调基因46个,包括转录调节、炎症反应、免疫反应、细胞粘附、抗凋亡、信号转导等相关基因,RT-PCR和Western blotting结果与基因芯片结果一致。结论奥美拉唑在基因水平通过多条通路调节内皮功能。