基于网络药理学的黄芪-水蛭药对治疗肺纤维化作用机制探析

目的:运用网络药理学方法研究黄芪-水蛭药对治疗肺纤维化(pulmonaryfibrosis,PF)的作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、SwissADME、SwissTargetPrediction预测和筛选出黄芪和水蛭的活性成分及作用靶点。通过TTD、GeneCards、OMIM和DrugBank等数据库获取PF相关靶基因。采用Venny平台对药物靶基因和疾病靶基因映射筛选,得到黄芪-水蛭药对治疗PF的潜在靶标,进而用Cytoscape 3.7.2软件构建活性成分-靶点网络。通过STRING 10.0数据库和Cytoscape 3.7.2软件筛选并构建疾病靶点相互作用网络。采用DAVID数据库对黄芪-水蛭的作用靶点进行基因本体(GO)分析和京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路分析。结果:筛选出黄芪-水蛭药对潜在活性成分共60个,治疗PF的活性成分44个,作用靶点95个,关键靶点18个,涉及血管内皮生长因子受体、表皮生长因子受体、肿瘤坏死因子、白细胞介素-6、白细胞介素-1、基质金属蛋白酶等;潜在调控通路包括磷酯酰肌醇3-激酶/蛋白激酶B(PI3K/Akt)信号通路、肾素-血管紧张素(RAS)通路、丝裂原活化蛋白激酶(MAPK)信号通路、血管内皮生长因子(VEGF)信号通路、微小RNA信号通路、缺氧诱导因子-1(HIF-1)信号通路等;参与炎性反应、氧化应激、细胞凋亡和血管新生等多种生物过程。结论:黄芪-水蛭药对通过多成分、多靶点、多通路协调整合地发挥抗PF的作用,为后续细胞和动物实验提供参考。     

基于网络药理学对枸杞子-五味子治疗注意缺陷多动障碍的机制探究

目的:基于网络药理学探讨枸杞子-五味子药对治疗注意缺陷多动障碍的药效物质基础和作用机制。方法:检索ETCM数据库,筛选枸杞子-五味子活性成分及靶基因;检索Drugbank、Genecards、DisGeNET和TTD数据库,筛选ADHD相关靶基因;利用Cytoscape构建药对活性成分-靶点网络并进行拓扑结构分析;对疾病靶点与药对靶点绘制维恩图筛选关键靶点,利用David进行GO分析和KEGG分析。结果:筛选出枸杞子-五味子有36个活性成分,207个靶基因,活性成分-靶点拓扑结构分析得到Inosine和其他基因互相关联程度最高;筛选出ADHD相关靶基因1 861个,维恩图提取关键靶点73个,GO分析得到11条生物过程,12条细胞组分表达过程,14个分子功能相关过程;KEGG分析显示21条信号通路,包括类固醇激素的合成、细胞色素P450代谢、GABA能突触及胆碱能突触调节、色氨酸代谢等。结论:枸杞子-五味子药对活性成分通过多成分、多靶点、多通路调控机体类固醇激素代谢、神经递质代谢、中枢神经系统调节、免疫调节对ADHD发挥治疗作用。     

麻黄-白果药对“异病同治”支气管哮喘和慢性阻塞性肺疾病药理作用研究

目的:采用网络药理学方法预测麻黄-白果药对治疗支气管哮喘(简称哮喘)和慢性阻塞性肺疾病(简称慢阻肺)的活性成分、靶点与信号通路,以探讨此药对“异病同治”的共同作用机制。方法:基于中药系统药理学数据库与分析平台获取麻黄-白果药对的活性化学成分及其对应靶点,通过Genecards数据库获取哮喘和慢阻肺相关靶点,将药对靶点与疾病靶点映射得到麻黄-白果药对作用于哮喘和慢阻肺的共同靶点。在Cytoscape软件中构建药对-活性成分-靶点-疾病网络,采用STRING在线数据库获取蛋白相互作用(PPI)数据。利用Bioconductor生物信息软件包对共同作用靶点进行KEGG通路富集分析。利用Auto Dock进行分子对接验证“异病同治”关键靶点和活性成分的相互作用。结果:通过筛选获得25个麻黄-白果药对的活性成分,108个麻黄-白果药对作用于哮喘和慢阻肺的共同靶点。富集分析结果表明麻黄-白果药对主要通过调节TNF信号通路、IL-17信号通路、HIF-1信号通路和Toll样受体信号通路等通路发挥对哮喘和慢阻肺的治疗作用。分子对接结果显示,“异病同治”关键靶点和活性成分之间具有较强的结合性。结论:麻黄-白果药对通过多成分、多靶点、多通路发挥了对哮喘和慢性阻塞性肺疾病“异病同治”的药效作用。     

基于网络药理学探析复方菝葜治疗非小细胞肺癌的机制

目的：通过网络药理学探究复方菝葜（FFBQ）治疗非小细胞肺癌（NSCLC）的潜在作用机制。方法：从《中华人民共和国药典》、中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、中国知网、PubChem中收集归纳FFBQ中8味药材的成分、归经及靶标信息;以口服生物利用度（OB）≥30%和类药性（DL）≥0.18为条件筛选FFBQ的潜在活性成分及靶标;通过OMIM、GeneCards、DisGeNET疾病数据库查询NSCLC相关靶标。利用STRING平台构建成分-疾病靶标的蛋白-蛋白互作网络;采用Cytoscape 3.7.1软件实现归经、药材-活性成分-靶标等多层次复杂网络关系的可视化。对经网络筛选获得的关键靶标,在DAVID平台进行基因本体（GO）注释和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,并通过分子对接模拟活性成分作用于靶蛋白的结合情况。结果：肺经和肝经为FFBQ治疗NSCLC的主要病位。筛选到FFBQ的99个潜在活性成分,可作用于63个与NSCLC共享的交集靶标,并通过MAPK、PI3K-Akt和JAK-STAT等信号通路参与细胞周期调控、信号转导、细胞增殖调控等,发挥治疗NS...     

淫羊藿、黄芪、葛根治疗阿尔茨海默病分子机制的网络药理学及分子对接研究

目的:通过网络药理学及分子对接技术探讨淫羊藿、黄芪、葛根治疗阿尔茨海默病的作用机制。方法:利用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)、BATMAN-TCM生物信息学分析工具收集3味中药主要成分及潜在的作用靶点,并将其与阿尔茨海默病(AD)相关基因进行映射,得出3味中药治疗AD的作用靶标,构建蛋白-蛋白相互作用网络并进行可视化。利用DAVID数据库进行KEGG通路富集并构建"重要活性成分-靶标-作用通路"图。将蛋白-蛋白相互作用网络图中排名前5位的靶标及目前已知与AD发病密切相关的四个基因(淀粉样前体蛋白、Tau蛋白、乙酰胆碱酯酶、糖原合成酶激酶-3β)与3味中药主要有效成分进行分子对接,以验证其治疗作用。结果:研究得到77个有效成分,428个靶基因及56个信号通路。分子对接表明3味中药有效成分和靶基因的结合效果与西药去铁胺、盐酸多奈哌齐和靶基因的结合效果相似。系统对接显示中药有效成分与靶基因结合性较好。结论:淫羊藿、黄芪、葛根均有直接治疗AD的作用,且效果与西药类似;治疗的分子机制与钙信号通路、Toll样受体信号通路、mTOR信号通路等相关。     

基于网络药理学和分子对接技术探讨金银花-连翘药对治疗川崎病的机制

目的基于网络药理学与分子对接技术探讨“金银花-连翘”（Jinyinhua-Lianqiao,JYH-LQ）药对治疗川 崎病的主要活性成分与潜在分子机制。方法利用TCMSP 数据库筛选“金银花-连翘”药对的主要活性成分及 其作用靶标,其中TCMSP 数据库中没有靶点信息的化合物应用SwissTargetPrediction 数据库进行靶标预测补 充。通过OMIM、DRUGBANK、GeneCards 以及Disgenet 数据库查找与川崎病相关的靶标,建立川崎病相关靶 标数据集,与“金银花-连翘”药对潜在作用靶标取交集。利用STRING 数据库和Cytoscape 软件构建“金银 花-连翘”药对-川崎病的交集靶标的蛋白-蛋白相互作用（PPI）网络图,并利用Cytoscape 软件的插件 Cytohubba 筛选出PPI 网络中的核心基因。利用DAVID 数据库对“金银花-连翘”药对-川崎病的交集靶标进行 GO 功能和KEGG 通路富集分析。使用Autodock 软件进行分子对接验证。结果“金银花-连翘”药对中共筛选 出42 个主要活性成分,282 个潜在作用靶标。共得到川崎病相关靶标1 127 个,其中75 个川崎病相关靶标是 “金银花-连翘”药对的潜在作用靶标,涉及36 个活性成分。IL-6、TNF、PTGS2 等17 个靶标被进一步筛选为 “金银花-连翘”药对-川崎病的交集靶标的PPI 网络图中的核心基因。KEGG 富集分析显示,“金银花-连翘” 药对-川崎病的交集靶标主要富集于TNF 信号通路等,进而构建“金银花-连翘药对-活性成分-川崎病靶标-通 路”网络图。分子对接结果显示,“金银花-连翘”药对的核心活性成分槲皮素、芦丁、山柰酚、汉黄芩素以及 β-胡萝卜素可以对富集于TNF 信号通路中的11 个核心基因（IL-6、TNF、PTGS2、MMP9、AKT1、CASP3、 CCL2、ICAM1、MAPK8、IL-1β 以及MAPK1）发挥调控作用。结论研究结果表明,“金银花-连翘”药对治 疗川崎病具有多成分、多途径、多靶点作用的特点,涉及抗炎、抗血小板等多个作用,为其治疗川崎病的物质 基础和分子机制研究提供了新的线索,也为其临床应用提供了一定的依据。     

基于网络药理学及实验验证初步探讨麦门冬汤治疗肺纤维化的作用机制＊

目的 运用网络药理学的方法来研讨麦门冬汤治疗肺纤维化（Pulmonary fibrosis，PF）的作用机制。方法 利用数据库分别筛选麦门冬汤各药材的活性成分及对应的靶点，并获得肺纤维化相关的治疗靶点，提取成分与疾病的交集靶点；构建“成分-靶点-通路”网络，对靶点进行KEGG（Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes）通路富集和GO（Gene Ontology）生物功能分析，进一步对度值评分较高的分子及靶点进行分子对接分析，评估成分与靶点的结合活性。结果 筛选得到麦门冬汤有145个活性成分，疾病与活性成分共有靶点704个，网络分析结果显示麦门冬汤活性成分涉及血管内皮生长因子、信号转导与转录激活因子3、半胱氨酸蛋白酶3、酪氨酸受体激酶SRC等相关的50个蛋白靶点，药物可通过影响多种细胞分化及生物酶活性来调节AGE-RAGE信号通路、癌症信号通路及人类巨细胞病毒感染等信号通路从而发挥治疗肺纤维化的作用，分子对接结果显示β-谷甾醇、豆甾醇、山奈酚、原阿片碱、白桦脂酸、槲皮素化合物与靶点AKT1、GAPDH、STAT3、MAPK3有较低的结合能，表明以上小分子具有潜在的抑制肺纤维化活性；体外实验表明麦门冬汤可促进MRC-5人胚肺成纤维细胞中AKT1、p-AKT蛋白表达，下调VEGF蛋白。结论 麦门冬汤治疗肺纤维化的作用具有多成分-多靶点-多途径的特点，该研究可为麦门冬汤的现代化研究提供新的研究思路和方向。     

基于网络药理学分析厚朴抗抑郁的物质基础及其作用机制

目的:采用网络药理学方法探讨厚朴抗抑郁的物质基础及作用机制。方法:通过中国知网,Sci Finder,中药系统药理学数据库和分析平台(TCMSP)等数据库收集厚朴药材的主要化学成分;通过BATMAN-TCM数据库筛选出药物成分潜在作用靶标;基于HPO数据库筛选出抑郁疾病相关靶标;采用String数据库对药物成分潜在靶标与抑郁症靶标进行蛋白质相互作用分析,筛选抗抑郁化学成分及其相关靶点,并通过David数据库对其结果进行功能富集分析。基于以上结果,采用Cytoscape v3. 5. 1软件网络化展现厚朴抗抑郁的"药物靶标-疾病靶标""化学成分-靶标-信号通路"的网络关系图,并通过网络拓扑分析从中筛选出关键靶标并对其进行"成分-靶标蛋白"的分子对接验证,进一步明确关键抗抑郁成分及其靶点。结果:从厚朴收集得到的138种化学成分中筛选得到16个与抑郁症相关的活性成分,涉及74个关键作用靶标;分子对接分析结果表明,与其他成分相比,16种活性成分中的α-衣兰油烯等10种挥发性成分与"药物靶标-疾病靶标"相互作用网络图中的5种关键靶标(degree排名前5)胰岛素受体(INSR),丝裂原活化蛋白激酶1(MAPK1),鸟嘌呤核苷酸结合蛋白α抑制3(GNAI3),磷脂酰肌醇3-激酶受体1(PIK3R1),选择性受体B1(GNB1)均具有较好的结合活性;并且该类成分与目前治疗抑郁症化药的直接靶标毒蕈碱型乙酰胆碱受体M2(CHRM2),5-羟色胺受体(HTR) 2B和HTR2C也均具有较好的亲和活力;通路富集分析结果表明厚朴抗抑郁作用可能通过调节神经营养因子信号通路,MAPK信号通路,钙离子信号通路,神经活性配体-受体相互作用等发挥作用。结论:该研究从网络药理学的角度初步揭示了厚朴抗抑郁的药效物质基础及作用机制,筛选得到16个与抑郁症相关的活性成分,可为抗抑郁药物的开发以及厚朴抗抑郁质量标志物的发现提供参考。     

基于网络药理学和分子对接探讨肉苁蓉苯乙醇总苷对肝细胞癌的潜在分子机制

目的：通过网络药理学及分子对接技术,探讨肉苁蓉苯乙醇总苷(CPhGs)治疗肝细胞癌(HCC)的潜在分子机制。方法：应用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）等数据库及文献收集肉苁蓉苯乙醇总苷的活性成分及潜在作用靶点。通过TTD,GeneCards等数据库获得与HCC相关的疾病基因,得到药物靶点与疾病靶点的交集为肉苁蓉苯乙醇总苷治疗HCC的潜在作用靶点,将交集靶点导入蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络,筛选关键靶点。将关键靶点导入DAVID数据库,进行基因本体（GO）富集分析和京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。最终,利用Autodock vina软件对筛选出的蛋白与肉苁蓉苯乙醇总苷活性成分进行分子对接。结果：肉苁蓉苯乙醇总苷中有29种活性成分及410个靶基因,涉及PI3K-AKT信号通路、癌症信号通路、癌症蛋白聚糖通路、VEGF信号通路等以发挥治疗HCC的作用。分子对接结果显示,筛选的靶点受体蛋白与活性成分具有较好的结合活性。结论：肉苁蓉苯乙醇总苷可能通过多组分、多靶点和多途径的方式调节癌细胞、血管生成等相关靶标和途径,从而对HCC产生治疗作用。     

基于网络药理学的麻黄-甘草药对治疗小儿哮喘作用机制

目的利用网络药理学技术,探索麻黄-甘草药对治疗小儿哮喘的作用机制。方法基于中药系统药理学技术平台(TCMSP)获取麻黄、甘草的化学成分及其作用靶点,UniProt数据库提取作用靶点的基因名称,通过OMIM数据库获取哮喘相关靶点,将疾病靶点与药物靶点进行交集,筛选得到疾病-药物成分共同靶蛋白。利用Cytoscape软件构建化合物-靶点网络,利用DAVID数据库进行GO和KEGG通路富集分析,通过Cytoscape软件构建"中药活性化合物-关键靶标-主要通路"多维网络关系图。结果筛选出115个活性成分,12个作用于小儿哮喘的蛋白靶点;GO富集(P0.01)提示有24个生物过程条目、3个分子功能条目、3个细胞组分条目,KEGG富集29条通路(P0.01),关键靶点包括TNFRSF1A、TNF、IKBKG、TP53、NFKBIA、IKBKB等,关键通路包括细胞凋亡、NF-κB信号通路、TNF信号通路、小细胞肺癌、脂肪细胞因子信号通路、RIG-I样受体信号通路、T细胞受体信号通路、Toll样受体信号通路等。结论该研究通过网络药理学初步揭示了麻黄-甘草药对治疗小儿哮喘的多维调控网络,从多角度探索了麻黄-甘草药对治疗小儿哮喘的潜在分子机制及药理作用,为其的临床应用提供了理论依据。     

基于网络药理学探讨板蓝根治疗银屑病作用机理

目的:通过网络药理学探讨板蓝根治疗银屑病的物质基础及作用机制。方法:利用中药系统药理学成分分析平台(BATMAN-TCM)数据库筛选板蓝根活性化合物及其靶标基因;运用Dis Ge NET数据库获取银屑病相关靶向基因,将两者去交集后获得疾病-药物蛋白靶基因;使用String数据库疾病-药物蛋白靶基因进行蛋白互作分析,运用R语言筛选出核心基因;接着,通过Systems Dock网站,将核心基因进行"成分-靶标蛋白"的分子对接验证;最后,借助DAVID在线工具进行核心基因的基因本体论(GO)分析和KEGG通路富集分析。结果:共收集到板蓝根26个活性化合物,2381个板蓝根靶标基因,691个银屑病靶标基因及124个药物-疾病交集靶基因;在此基础上挖掘出AKT1等20个核心基因,其富集在HIF-1信号通路、T细胞受体信号通路等15条核心通路上。结论:板蓝根通过多成分、多靶点、多通路治疗银屑病,其可能是通过HIF-1信号通路、T细胞受体信号通路等发挥对银屑病的治疗作用。     

清肺达原颗粒治疗新型冠状病毒肺炎的潜在物质基础研究

目的:探讨清肺达原颗粒治疗新型冠状病毒肺炎的潜在物质基础。方法:在TCMSP数据库检索获取清肺达原颗粒所有中药的性味归经、成分、作用靶标,分析组成中药的共有成分信息,下载分子结构文件;在GeneCard与OMIM数据库检索新型冠状病毒肺炎相关疾病靶标,获取与清肺达原颗粒的共同靶标,利用Cytoscape3.7.0统计软件构建"成分-靶标"网络;将作用靶标导入STRING11.0平台进行蛋白互作分析;通过DAVID平台对靶标进行基因本体及信号通路分析;在PDB数据库检索获取血管紧张素转换酶2及新冠病毒3CL水解酶的晶体结构,借助AutoDockTool、Vina软件与主要活性成分进行分子对接。结果:清肺达原颗粒所含中药的性味归经以"苦""寒"归肺、脾二经为主;筛选获得中药活性成分182个,作用靶标247个,疾病靶标253个,药物-疾病共有靶标48个;通过蛋白相互作用分析与聚类分析获得蛋白互作网络及3个核心网络;通过基因本体富集获得生物过程338条,靶标数量排列前5的分别是:RNA聚合酶II启动子转录的正调控、药物反应、炎性反应、凋亡过程、凋亡过程的负调控;获得细胞定位33条,靶标数量排列前5的分别是:胞质、细胞核、细胞质、细胞外空间、核质;涉及分子功能56条,靶标数量排列前5的分别是:蛋白质结合、相同蛋白结合、酶结合、蛋白质均聚活性、细胞因子活性;通过KEGG富集获得P≦0.05的信号通路115条,主要涉及肿瘤坏死因子信号通路、Toll样受体信号通路、HIF-1信号通路、NOD样受体信号通路、MAPK信号通路、VEGF信号通路等;分子对接结果显示清肺达原颗粒所含主要活性成分与受体具有很好的结合性。结论:清肺达原颗粒的多种主要活性成分可通过多种生物学途径对新型冠状病毒肺炎发挥治疗作用。     

基于网络药理学与分子对接探讨土茯苓治疗银屑病的作用机制

目的：采用网络药理学方法,探索中药土茯苓治疗寻常型银屑病的“成分-靶点-通路”的调控网络,探讨其作用机制。方法：采用中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）结合文献报道,筛选土茯苓的活性成分及作用靶点。通过GeneCards数据库、在线人类孟德尔遗传数据库（OMIM）数据库、治疗靶点数据库（TTD）数据库、PharmGkb数据库及DrugBank数据库筛选出寻常型银屑病的相关疾病靶点。运用R语言将药物成分匹配疾病靶点,通过复杂可视化网络平台Cytoscape 3.7.2软件构建“药物-成分-关键靶点-疾病”网络。采用蛋白质-蛋白质相互作用（PPI）网络数据库（STRING）构建靶蛋白PPI网络,找出关键基因,对成分-疾病的交集基因进行基因本体（GO）及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。结果：网络分析显示,15个活性成分共涉及有效靶点325个,86条作用通路,预测出12个活性成分、114个靶点蛋白和20条关键通路与寻常银屑病相关。分子对接结果显示核心成分与核心靶点具有较好的结合能。结论：土茯苓可能通过作用于IL-17信号通路及肿瘤坏死因子（TNF）信号通路等相关靶点起到治疗寻常型银屑病的功效,本研究初步揭示了土茯苓治疗寻常银屑病的潜在活性化合物与可能作用机制。     

基于网络药理学及质谱技术的葶苈大枣泻肺汤抗心力衰竭的有效成分发现及作用机制分析

目的:基于网络药理学、高分辨质谱及分子对接技术探讨葶苈大枣泻肺汤治疗心力衰竭(简称心衰)的有效成分及作用机制。方法:通过文献查阅并结合BATMAN-TCM数据库对葶苈大枣泻肺汤中两味中药成分及药物靶标进行检索;以"heart failure"作为关键词,利用GeneCards数据库,对心衰疾病的靶标进行搜集;基于药物与疾病的共同靶标利用STRING数据平台进行蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)分析,并通过Cytoscape软件进行网络拓补分析,最后得到核心靶标;基于核心靶标通过DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,并建立"药物-成分-靶点-通路"分子网络。基于以上网络药理学研究结果,采用高分辨质谱技术对水煎汤剂进行分析,确证筛选出的活性成分;并采用AutoDock 4.2.6软件,对关键活性成分与相关靶标进行分子对接验证。结果:共获得葶苈子85种成分,大枣49种成分,药物靶标1 078个,疾病靶标1 549个,共同靶标262个。经蛋白质相互作用分析及网络拓补分析后,获得核心靶标23个,活性成分33个,涉及19条信号通路(P<0.05)。质谱分析结果表明异香草酸,南葶苈素A,山柰酚-7-O-β-D-吡喃葡萄糖苷等18个成分在水煎汤剂中得到确认;分子对接分析结果表示异香草酸,南葶苈素A,山柰酚-7-O-β-D-吡喃葡萄糖苷等6个核心成分(度值排名前6)与沉默信息调节因子1(SIRT1),白细胞介素(IL)1B,蛋白激酶Bα(AKT1),肿瘤坏死因子(TNF)有较好的结合活性;复方整体干预治疗心衰的过程主要涉及丝裂原活化蛋白激酶(MAPK),低氧诱导因子-1(HIF-1),雷帕霉素靶体蛋白(mTOR)等信号通路。结论:该研究初步揭示了葶苈大枣泻肺汤抗心衰的有效成分及其作用机制,对于指导临床精准用药及葶苈大枣泻肺汤质量控制标志物的筛选、抗心衰活性成分的发现提供参考。     

基于网络药理学方法探索葛根-丹参药对治疗冠心病心绞痛的作用机制

目的 基于网络药理学探索葛根-丹参药对治疗冠心病心绞痛的作用机制.方法 借助多个在线数据库筛选并预测葛根-丹参药对活性成分及治疗治冠心病心绞痛的作用靶标.借助STRING数据库构建靶蛋白相互作用(PPI)网络;通过Uniprot数据库获取靶标蛋白的基因名称,利用DAVID在线工具进行潜在基因的GO分析及KEGG富集通路...     

基于网络药理学及分子对接研究黄连温胆汤治疗Z综合征作用机制

目的:基于网络药理学和分子对接方法探讨黄连温胆汤治疗Z综合征的可能作用机制。方法:在中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)及中药成分数据库(TCMID)筛选并收集黄连温胆汤的活性成分及其对应靶标。利用Uniprot数据库获取药物活性成分对应靶标的基因,并与通过人类基因组注释数据库(GeneCards)和《人类孟德尔遗传》数据库(OMIM)所获得的人Z综合征(OSAS合并MS)相关基因进行比较,获得黄连温胆汤与Z综合征重合的潜在作用靶标基因。使用Cytoscape3.7.2软件绘制黄连温胆汤的"疾病-药物-成分-靶标-通路"网络图。通过String数据库获取潜在作用靶标之间的相互作用数据表,然后导入Cytoscape3.7.2软件构建靶蛋白质相互作用网络图。然后基于bioconductor提供的人类基因注释数据库org.Hs.eg.db,利用R语言的clusterfiler程序包对黄连温胆汤治疗Z综合征的潜在作用靶标进行GO分类富集分析和KEGG通路富集分析。结果:得到黄连温胆汤治疗Z综合征有134个候选活性成分,包括木犀草素、槲皮素、黄芩素、小檗碱、黄芩苷等;65个潜在作用靶标,包括AKT1、IL6、VEGFA和MMP-9等;116条通路,包括MAPK,核因子-κB,PI3K-Akt,Toll样受体等信号通路。分子对接表明,木犀草素、槲皮素、黄芩素可与3个关键候选靶蛋白(IL-6、AKT1、MMP-9)有较好的结合性。结论:黄连温胆汤可能通过作用于IL6、VEGFA和MMP-9等靶标及MAPK,核因子-κB,PI3K-Akt,Toll样受体等信号通路干预Z综合征的发生发展。     

黄连活性成分药根碱干预T790M突变EGFR-TKIs耐药非小细胞肺癌的机制研究＊基于网络药理学及实验验证

目的 通过网络药理学及分子对接技术预测黄连活性成分药根碱（Jatrorrhizine）干预表皮生长因子受体酪氨酸激酶抑制剂（epidermal growth factor receptor tyrosine kinase inhibitors，EGFR-TKIs）耐药非小细胞肺癌（non-small cell lung cancer，NSCLC）的效果及作用机制，运用体外细胞学实验进行验证。方法 通过Swiss Target Prediction数据库、PharmMapper数据库、TCMSP数据库及PubMed数据库获得黄连活性成分药根碱的潜在靶标，使用OMIM、Gene Cards及DisGeNET数据库收集非小细胞肺癌相关基因，经人工检查剔除假阳性基因后通过Venn工具获取药根碱和非小细胞肺癌的交集基因，通过PubMed数据库进一步验证靶标后导入STRING数据库，构建蛋白-蛋白相互作用（protein-protein interaction，PPI）网络，通过Cytoscape软件进行拓扑分析，通过DAVID数据库进行GO富集分析及KEGG通路分析，通过KEGG PATHWAY数据库比对药根碱靶标与EGFR-TKIs耐药通路之间的关系，预测药根碱干预EGFR-TKIs耐药非小细胞肺癌的直接作用靶标及靶通路。借助Auto Dock软件进行分子对接验证，PyMol软件进行可视化。采用EGFR-TKIs耐药非小细胞肺癌细胞模型H1975细胞系（即T790M突变EGFR-TKIs耐药非小细胞肺癌细胞系）进行细胞学实验，通过CCK-8初步考察药根碱对H1975细胞增殖能力的影响，采用蛋白质印迹法（Western blot，WB）验证药根碱对H1975细胞中部分关键靶蛋白的调控作用。结果 共获得药根碱靶标328个，非小细胞肺癌疾病基因3965个，药根碱与疾病交集基因69个，有7个核心靶基因为EGFR-TKIs耐药通路相关基因，富集分析显示PI3K-Akt信号通路为重要靶通路，分子对接结果表明药根碱与PI3K及mTOR之间均有较好的结合活性。药根碱可下调靶蛋白PI3K和mTOR的磷酸化，促进H1975细胞凋亡（P<0.01）。结论 黄连活性成分药根碱可能通过PI3K-Akt信号通路发挥抗T790M突变EGFR-TKIs耐药非小细胞肺癌的效用。     

基于反向分子对接和网络药理学探讨姜黄素抗肿瘤作用机制

目的：基于反向分子对接和网络药理学探讨姜黄素的潜在抗肿瘤作用机制。方法：借助Pharm Mapper在线服务器,以姜黄素为研究对象,反向分子对接筛选其作用的潜在靶点。利用STRING数据库软件绘制蛋白相互作用网络,并运用Cyto Hubba插件筛选关键靶点。对潜在靶基因进行KEGG通路分析获得与肿瘤机制相关的靶标,进一步采用Cytoscape软件构建姜黄素“化合物-靶点-通路”网络关系图。最后用Autodock Tools 1.5.6对核心靶点进行分子对接验证。结果：反向筛选得到43个与姜黄素具有较高亲和性的人源靶蛋白,KEGG通路富集到17条与肿瘤相关的通路。姜黄素抗肿瘤作用的核心靶标有SRC、EGFR、GSK3B、RXRA,通路富集结果显示姜黄素主要作用于肿瘤、前列腺癌和胃癌通路;其次姜黄素靶标还相对显著的富集在非小细胞肺癌、大肠癌及乳腺癌等癌症通路,主要通过PI3K/Akt、Cytokine-cytokine receptor interaction、Wnt等信号通路发挥抗癌作用。分子对接结果显示姜黄素与核心靶点SRC、EGFR、GSK3B及RXRA均具有较好的结合活性。结论：姜...     

基于网络药理学的生脉散用于COVID-19恢复期治疗的物质基础与作用机制研究

目的：利用网络药理学方法探索“生脉散（SMS）”用于新型冠状病毒肺炎(COVID-19）恢复期治疗的物质基础与作用机制。方法：结合中华人民共和国药典并从TCMSP、在线分析平台(ETCM、TCMID、HIT）以及Chemdb数据库搜索SMS复方中每味中药的归经和成分。药物成分潜在靶标通过PharmMapper、DrugBank、E-TCM和Swiss Target Prediction 4个数据库进行预测。然后，运用String数据库进行SMS药物成分靶标与COVID-19之间靶蛋白相互作用关系的分析，接着利用Cytoscape软件进行网络的构建和分析。最后用DAVID和FunRich数据库对候选靶标进行富集分析。结果：生脉散里的3味中药均归属于肺经，从生脉散复方中共筛选出21个符合选择标准的化学成分，主要包括常见的皂苷类化学成分如人参皂苷Rh4、醇类化学成分如β-谷甾醇，木脂素类化学成分如五味子素，另外还有生物碱类、黄酮类和萜类等化学成分。预测得到中药化学成分相关靶标457个，COVID-19靶标51个。通过String分析发现，化学成分中的70个靶标与COVID-19的29个靶标之间存在着紧密的相互作用；通路富集分析表明，候选靶标富集的通路主要包括癌症相关的多条通路、FoxO信号通路、病毒致癌作用信号通路等。结论：SMS中的有效活性成分可能通过作用于CUL2、NUP62、RAE1等多个靶点进而调节多条信号通路来起到抑制新型冠状病毒肺炎作用，研究结果将为进一步研究提供重要信息依据。     

麻黄加术汤治疗风湿性心脏病的网络药理学机制

【目的】 应用网络药理学分析麻黄加术汤治疗风湿性心脏病的可能靶标。【方法】 通过中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP）、GeneCards和OMIM数据库,筛选麻黄加术汤治疗风湿性心脏病的活性成分及其作用靶标;采用Cytoscape 3.7.0软件绘制出麻黄加术汤活性成分-风湿性心脏病作用靶标网络;应用STRING数据库建立靶标相互作用网络并运用NetworkAnalyzer进行网络分析;最终在生物学信息注释数据库中进行基因本体论（GO）生物过程分析及京都基因和基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。【结果】 共预测并筛选出麻黄加术汤治疗风湿性心脏病的 120 个活性成分,其中麻黄 22 个,桂枝6 个,苦杏仁16个,甘草88个,白术4个（活性成分在药物之间有重复）。活性成分作用靶标有103个。麻黄加术汤治疗风湿性心脏病GO生物过程结果显示与化学刺激、氧化应激、炎症产生等相关,KEGG通路富集分析结果显示主要涉及白细胞介素17（IL-17）信号通路、肿瘤坏死因子（TNF）信号通路、Toll样受体（TLR）信号通路、辅助性T细胞17（Th17）细胞分化通路、T细胞受体（TCR）信号通路等。【结论】 麻黄加术汤治疗风湿性心脏病的主要机制可能是方剂中的黄酮类化合物通过减低前列腺素内过氧化物合酶2（PTGS2）、蛋白激酶Bα（AKT1）等介导的氧化应激,减少一氧化氮合酶2（NOS2）、过氧化物酶增生激活受体（PPARG）、白细胞介素 6（IL-6）、白细胞介素 8（IL-8、CXCL8）、丝裂原活化蛋白激酶 3（MAPK3）等炎症因子的表达,干预IL-17、TNF、TLR、Th17、TCR等免疫与炎症相关通路,从而发挥抗炎作用,保护心肌细胞。