结直肠癌中KRAS基因突变及意义

目的观察结直肠癌患者的KRAS基因突变,探讨其生物学意义。方法收集湖北省荆门市第一人民医院2012年9月~2015年7月以双脱氧末端标记法行KRAS基因测序的结直肠癌根治标本378例,分析KRAS基因12/13密码子基因状态。结果 378例标本中,KRAS基因12/13密码子野生型247例,突变型131例(34.7%)。KRAS基因突变与患者年龄、性别无关;密码子G12突变率在有淋巴结转移组中较高,而G13突变与淋巴结转移无关。实验共检测到8种突变类型,以G12D、G12V、G13D三种类型最多,G12F(GGTTTT)为罕见突变类型。结论 KRAS基因突变的机制尚不明确,测序法能够判读少见的突变类型,有利于精准化治疗。     

一个并指(趾)多指(趾)家系的 HOXD13基因突变研究

目的 研究一个中国人并指(趾)多指(趾)(synpolydactyly，SPD)家系的临床特征，检测患者中是否存在同源盒D13基因(homeobox D13，HOXD13）突变。方法 现场调查获取临床资料和19个家系成员的外周血液标本；PCR扩增HOXD13基因突变热点序列进行突变检测；并扩增全编码区用于检测是否存在其他位点的突变；采用2％琼脂糖凝胶电泳初步分析PCR产物，5％聚丙烯酰胺凝胶电泳分离突变片段，纯化后将所有产物直接测序进行基因检测。结果 患者HOXD13基因第1外显子额外插入了编码8个丙氨酸残基的序列，可认为是正常基因中编码第5～12丙氨酸残基序列的异常重复。结论 证实该家族畸形可由HOXD13基因的多聚丙氨酸链扩展突变引起。     

ARMS法与下一代测序法检测非小细胞肺癌EGFR基因突变的比较

目的本研究旨在通过对突变扩增阻滞系统(ARMS)法与下一代测序法(NGS)检测非小细胞肺癌(NSCLC)EGFR基因突变的比较分析,来探索更适合我国临床肺癌患者EGFR基因突变的检测方法。方法收集22例NSCLC患者标本,分别用ARMS法及二代测序法对标本进行EGFR基因突变检测,分析比较两种方法的优劣。结果本次实验的22例标本其中17例EGFR基因突变结果两种检测方法一致,结果为EGFR单突变6例,双突变1例,阴性10例;2例ARMS法检测为单突变,二代测序法检测为双突变;3例ARMS法未检测到突变,二代测序法检测到突变。结论 ARMS法与二代测序法检测EGFR基因突变结果基本一致,但各有优缺点,两种方法结合检测效果更好。     

胃癌组织中PIK3CA基因热点突变筛查及临床意义

目的 检测中国人群胃癌组织中PIK3 CA基因突变频率及热点突变模式,探讨PIK3 CA基因突变的临床意义.方法 应用荧光PCR法筛查胃癌PIK3 CA基因突变阳性病例,Sanger DNA测序法检测PIK3CA基因热点突变模式;统计分析PIK3 CA基因突变与胃癌临床病理特征之间的关系.结果 400例肿瘤标本中检测出PIK3 CA基因突变率为7.5％ (30/400),突变位点主要集中在第9外显子(E542K,E545K)和第20外显子(H1047R,H1047L);且PIK3 CA基因突变与肿瘤预后相关(P＜0.05),而与肿瘤大小、组织学分级、淋巴结状态、患者年龄等因素无关.结论 中国人群胃癌组织中PIK3CA基因突变具独特的突变频率与突变模式;PIK3 CA基因突变对于胃癌预后判断及基因靶向治疗具潜在临床价值.     

先天性软骨发育不全成纤维细胞生长因子受体3基因1138位核苷酸点突变的检测

目的 验证成纤维细胞生长因子受体3(fibroblast growth factor receptor 3，FGFR3)跨膜区1138位核苷酸为先天性软骨发育不全突变热点及用变性梯度电泳方法筛查的效果。方法 对17例临床诊断为先天性软骨发育不全患者进行基因组DNA聚合酶链反应－限制性酶切片段长度多态性（polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism,PCR-RFLP)分析，并用变性梯度凝胶电泳（denaturing gradient gel electrophoresis,DGGE)进行其它突变位点的筛查。结果 17例患者中14例RFLP检测显示能被Sfc I酶切，提示存在1138位核苷酸G→A的转换，且均为杂合子。17例用Msp I酶切均阴性，提示无G→C的颠换。DGGE方法的筛查中，酶切阳性的14例标本均显示存在杂合型突变。3例PCR－RFLP检测阴性的标本未显示突变位点，提示在该扩增区域确实不存在突变位点。结论 FGFR3跨膜区1138核苷酸G→A的突变是软骨发育不全的主要发病机理，DGGE可作为筛查某一区域基因突变的敏感而可靠的检测手段，尤其是对杂合子的检测。     

抗维生素D佝偻病PHEX基因突变分析

目的 研究10例家族性及非家族性(散发)抗维生素D佝偻病患者PHEX基因突变,初步探讨我国东北地区抗维生素D佝偻病患者PHEX基因突变的类型.方法 应用常规饱和酚-氯仿法提取基因组DNA,聚合酶链反应扩增PHEX基因22个外显子序列,DGGE方法结合测序检测突变.结果 3名患者检测出PHEX基因突变:患者(H11)检测出16外显子上游46 bp(T>C)突变;患者(H1,H2)检测出18外显子1861(C>T)(Gin621X)的无义突变.结论 PHEX基因突变是抗维生素D佝偻病的致病原因.检测到的这两种PHEX基因突变为国际上首次报道的新的突变类型.     

深圳地区2465例慢性乙型肝炎患者HBV耐药基因突变的高通量检测及分析

目的 分析深圳地区慢性乙型肝炎患者核苷(酸)类似物耐药基因突变特征,为临床合理用药提供科学依据.方法 采用MALDI-TOF-MS技术对2465例慢性乙型肝炎患者HBV耐药相关基因突变进行检测,分析HBV耐药相关基因突变特征及其临床意义.结果 在2465例慢性乙型肝炎患者中,共检测到763例发生碱基突变,其中拉米夫定耐药突变相关位点频率最高,约42.96％,其中突变位点主要为rtL180M(14.72％),rtL204I(18.50％),rtL204V(9.74％);阿德福韦酯耐药突变相关位点突变频率约为8.19％,突变相关位点主要为rtN236T(4.15％);恩替卡韦耐药突变相关位点突变频率约为0.49％,在所有检测标本中,未发现rtS202I位点突变.动态随访结果显示,MALDI-TOF-MS检测的耐药基因突变能早期提示临床耐药突变的发生.结论 深圳地区慢性乙型肝炎患者耐药突变主要集中在拉米夫定和阿德福韦酯耐药相关的突变位点,而极少发生在恩替卡韦耐药相关的基因位点,提示对耐药发生患者的治疗方案中可以优先采用含有恩替卡韦的方案.采用MALDI-TOF-MS动态检测慢乙肝患者HBV耐药基因突变有利于早期监测耐药的发生,更好的指导临床治疗.     

三例眼皮肤白化病患者TYR和P基因的突变分析

目的 分析眼皮肤白化病(oculocutaneom albinism,OCA)患者酪氨酸酶(tyrosinase,TYR)基因和P基因的基因突变.方法 应用聚合酶链反应(polymerase chain reaction ,PCR)和变性高效液相色谱(de-naturing high-perfomanee liquia chromatography,DHPLC)技术对3例患者的眼皮肤白化病Ⅰ、Ⅱ型相关基因(TYR和P基因)的外显子进行突变检测,并对DHPLC检出的突变样本进行测序和限制性内切酶分析以验证该突变.针对未见报道的新突变,筛查100名表型正常的无关个体,排除多态的可能.结果 在3例患者中检测出两种P基因突变,未检测到TYR基因突变.其中,患者1的P基因第13外显子发生杂合突变T450M;患者2的P基因发生两个杂合突变,分别是第13外显子T450M和第23外显子G775R;患者3的P基因第23外显子发生杂合突变G775R.P基因第13外显子限制性内切酶分析显示,患者1、2均出现杂合突变T450M导致的Oli I酶切位点部分消失,100名表型正常的无关个体未检出该突变;经检索,T450M为一未见报道的新突变.结论 联合应用PCR、DHPLC、DNA测序和限制性内切酶分析的方法可有效的对白化病进行基因诊断.     

白血病患者外周血FLT3基因突变的研究

目的本实验通过对不同类型白血病患者外周血Flt3基因突变的研究，探讨Flt3基因与白血病发生的相关性，以骨髓标本对照，确定外周血Flt3基因检测白血病的新方法。方法从34例白血病患者和10名健康人外周血标本中提取基因组DNA，聚合酶反应（PCR）扩增Flt3基因外显子14-15，PCR产物经电泳纯化后进行DNA测序分析。结果对34例血样标本均扩增出Flt3基因的外显子14—15的靶基因片段经琼脂糖电泳显示3例阳性带。选择11例特征性标本测定外显子14—15的DNA序列，发现5例突变，其中2例为ITD，内串联复制重复序列分别为30bp和33bp，编码10和11个氨基酸；3例均在近膜区（JM）外显子14、L576P，发生点突变，其中1例伴有内含子14缺失，长度90bp。10名健康者标本均为阴性。结论Flt3基因突变和白血病发生、发展相关，外周血可以替代骨髓检测Flt3突变；FLT3-ITD阳性患者化疗缓解率低、易复发、预后差；外显子14、L567，突变点是否为Flt3一个新的突变热点需进一步研究。     

家族性SRY基因174T＞G突变一家2例分析

目的 检测21-三体胎儿及其父亲的SRY基因突变情况.方法 采用定量荧光PCR(quantitative fluorescent PCR,QF- PCR)及核型分析方法检测唐氏筛查高风险胎儿羊水标本及其父亲外周血标本.采用- SRY基因PCR产物直接DNA测序检测胎儿及父亲的SRY基因序列.结果 QF - PCR检测胎儿为21-三体,父亲染色体数目未见异常;核型分析结果,胎儿:47,XY,+21,父亲:46,XY;基因测序显示胎儿和父亲均为SRY基因174T＞G突变,此突变导致SRY蛋白的第58个氨基酸由天门冬氨酸(D)变为谷氨酸(E),即D58E.结论 检测到的SRY基因174T＞G突变是一种家族性突变.     

A case of β-Thalassemia with rare gene mutation and the tamily analysis

目的 鉴定1种罕见的β地中海贫血突变类型.方法 血液学分析采用血细胞分析仪及全自动快速电泳分析系统;α珠蛋白常规突变检测采用Gap-PCR;β珠蛋白常规突变检测采用反向点杂交法;样品的基因突变及基因型用β珠蛋白基因全长测序技术确定.结果 先证者具有典型的β地中海贫血临床特点和血液学特性,HbF为5.8％,其父母各项指标均正常.未发现先证者及其家庭成员有已知的α-/β-地中海贫血基因突变,测序发现先证者及其母亲均为CD2 (CAT-CAC)杂合子,父亲为CAC纯合子;先证者有β珠蛋白exon1 CD27 (GCC-GAC)突变,编码的氨基酸由丙氨酸变为天冬氨酸,未发现其父母有CD27突变.结论 CD27 (GCC-GAC)突变是罕见的β珠蛋白基因点突变,有助于指导人群筛查、遗传咨询和临床诊断.     

河北邢台地区非综合征型耳聋患者SLC26A4基因突变的研究

目的本研究通过检测邢台市聋哑学校非综合征性耳聋(non-syndromic hearing loss,NSHL)患者SLC26A4基因的突变情况,初步掌握本地区NSHL患者线粒体SLC26A4基因的分布及突变特点,明确本地区病因以制定个性化的基因诊断策略,为耳聋基因筛查、临床分子诊断提供切实的理论依据。方法采集入选对象EDTA-K2抗凝的静脉全血,分离血浆和血细胞,其中血细胞用于SLC26A4基因的检测。采用直接测序法对SLC26A4基因的20个外显子所在区域进行检测;应用Mutation surveyor软件对所有基因的测序结果进行比对分析。采用Gene Tool Lite 1.0软件将DNA测序得到的序列结果与NCBI网站检索到的mtDNA标准序列(NC-001807)进行比对分析,以筛查是否有突变位点的存在。结果河北邢台市特教学校110例NSHL学生中,携带SLC26A4基因ⅣS7-2AG纯合突变的5例(占4.5%),携带SLC26A4基因ⅣS7-2AG杂合突变的7例(占6.4%);ⅣS7-2AG的纯合或复合杂合突变在这4种常见耳聋基因突变中占10.9%。所有入选患者共包含38个突变体变异,其中包括新发现的6个异常的在SLC26A4基因突变:5个错义替换(p.V163L,p.G222S,p.A456D,p.N457I,p.C466Y)和一个无义突变(p.W472X)。结论邢台地区为遗传性NSHL耳聋的高发区,本组人群发现新的SLC26A4突变表明本地区聋人群体中的SLC26A4基因突变可能处于高发水平。因此,将SLC26A4基因作为邢台地区临床常规筛查项目,同时为进一步开展遗传咨询、产前诊断以及基因诊断提供了重要的理论依据。     

一个中国人Liddle综合征家系的SCNN1G基因新突变及其临床特征

目的 分析2个Liddle综合征家系上皮细胞钠通道编码基因SCNN1B及SCNN1G的基因突变.方法 收集2个临床诊断为Liddle综合征的家系,抽取先证者及其家系成员外周血基因组DNA,PCR扩增上皮细胞钠通道β亚单位编码基因SCNN1B和γ亚单位编码基因SCNN1G第13外显子,产物直接DNA测序进行基因突变检测.结果 例1 SCNN1B基因第13外显子的扩增片段经双向测序显示第564密码子存在CGA-TGA(R-X)杂合无义突变,其家系成员均未发现这一基因突变;例2 SCNN1G基因第567密码子存在CAG-TAG(Q-X)杂合无义突变,2个家系成员携带此突变基因,这一突变位点尚未在国内外报道过,50名无关正常人中未发现此突变基因.结论 对临床诊断的Liddle综合征患者及其亲属,进行基因突变检测有助于确定诊断及早期筛查出家系中的其他患者.编码人类肾小管上皮细胞钠通道γ亚单位基因SCNN1G第13外显子第567密码子CAG-TAG(Q-X)杂合无义突变可能会导致Liddle综合征.     

中国人指关节粘连家系中的致病基因的定位及突变研究

目的 对两个指关节粘连的中国家系进行致病基因的定位.方法 根据家族史、临床体征和手足X线检查进行临床诊断;采集家系成员外周血标本,常规提取基因组DNA,采用与该疾病临床症状相关的短指基因IHH的D2S2382和D2S126微卫星标记、指骨关节粘连的NOG基因的D17S1868和D17S78微卫星标记、覆盖1～22号染色体的382个多态性微卫星标记进行连锁分析,相关位点进行突变分析和单链构象多态性分析.结果 两家系5代49人,患者26例都有相同的临床症状,智力正常,近端关节不能曲伸,在世的患者均为扁平足.家系中22人进行了基因分析,患者13例在D20S112处有最大的连锁值(1og of odds, LOD)4.32,该标记定位在20q11.2-q12与生长分化因子5基因(growth differentiation factor 5 gene,GDF5)连锁,在两个家系中都发现GDF5基因有新的突变E491K,突变发生在GDF5蛋白转运生长因子-β域的高度保守区域,家系中正常个体和200个正常个体中均不存在该位点的突变.结论 在指关节粘连的中国家系发现GDF5基因突变,其突变位点是FA91K,同时扩展了GDF5基因突变相关的临床表型范围.     

成人肺先天性囊性腺瘤样畸形及其伴发肺癌间的临床病理学和基因特征分析

目的探讨成人肺先天性囊性腺瘤样畸形(congenital cystic adenomatoid malformation, CCAM)及其伴发肺癌间临床病理学特征的异同并探索其基因特征性改变。方法收集同济大学附属上海市肺科医院病理科2015年6月至2023年5月诊断的13例成人肺CCAM病例, 分析其临床病理特点, 对其病理分型、组织学特点以及与肺癌发生的相关性进行讨论, 并对这13例病例的良性及癌变区域分别进行二代测序。结果 13例成人肺CCAM的病理分型均为1型, 男性4例, 女性9例, 年龄18～65岁, 平均年龄41岁, 其中6例伴发肺癌且均为黏液腺癌。发生癌变的病例囊壁内可见黏液腺上皮增生, 周围可见黏液腺癌。二代测序结果显示, 13例病例中仅2例未检测到基因突变, 在7例具有KRAS基因第2号外显子突变的病例中6例伴发黏液腺癌, 且同一病例中无论是癌变区域还是良性区域均具有相同位点的KRAS基因突变。结论成人肺CCAM是一种先天性疾病, 其中成人患者最常见的病理分型为1型, 且常可伴发黏液腺癌, 基因突变较为常见, 其中KRAS基因突变最为常见且与癌变高度相关, 其发生在黏...     

等位基因特异性PCR法对血液和肿瘤组织EGFR基因突变的比较

目的采用等位基因特异性PCR法检测肺癌患者循环肿瘤DNA(ctDNA)和肿瘤组织样本中表皮生长因子受体(epidermal growth factor receptor,EGFR)突变,分析两者关系及检测ctDNA EGFR突变的临床应用价值。方法收集22例非小细胞肺癌(non-small cell lung cancer,NSCLC)患者的血液样本和肿瘤组织样本,提取相应血浆游离DNA(cfDNA)和肿瘤组织DNA(tDNA),通过等位基因特异性PCR法分别检测EGFR第18~21号外显子突变,并将两种样本结果进行比较分析。结果 22例NSCLC中,8例血液样本存在EGFR突变,突变率36.4%(8/22);13例肿瘤组织样本有EGFR突变,突变率59.1%(13/22);16例血液样本和肿瘤组织样本EGFR检测结果完全一致。以tDNA检出结果为标准,ctDNA诊断EGFR基因突变敏感度为61.5%,特异度为100%;与tDNA结果的一致率为72.7%。结论等位基因特异性PCR法检测ctDNA的EGFR基因突变,为无法获取肿瘤组织标本患者提供新的检测机会。     

X-连锁的肾上腺脑白质营养不良患者ABCD1基因突变分析

目的　分析我国 X-连锁的肾上腺脑白质营养不良 (X- linked adrenoleukodystrophy,X- AL D)患者 ABCD1基因突变。方法　提取 2 5例 AL D患者外周血基因组 DNA,用 PCR扩增和 DNA直接测序的方法 ,分析 AL D患者 ABCD1基因突变。结果　 2 5例患者中发现 18例有 17种不同的 ABCD1基因突变 ,突变存在于除 4、9和 10以外的每一个外显子 ,错义突变为最常见的类型。10例患者有 10种不同的错义突变 ,其中4种错义突变是国际首次报道 ;3例患者有 3种不同的无义突变 ;1例患者有碱基缺失导致移码突变 ;1例患者有剪切部位的碱基缺失 ;2例患者同时具有两个相同的同义突变。结论　我国 AL D患者大部分存在ABCD1基因突变 ,无突变热点。不同个体常有不同的突变点 ,检测到的突变率约为 70 %。突变类型和表型之间无特殊的相关关系。     

高分辨率熔解曲线分析技术检测苯丙酮尿症患者的苯丙氨酸羟化酶基因突变

目的 应用高分辨率熔解曲线（HRM）分析技术检测苯丙酮尿症患者苯丙氨酸羟化酶基因突变.方法 利用PCR扩增13例苯丙酮尿症（PKU）患者的苯丙氨酸羟化酶（PAH）基因第6、7、11及12外显子,然后对PCR产物进行HRM分析,通过DNA测序对HRM结果进行验证.结果 在13例PKU患者的26个PAH等位基因中共检测出5种不同突变基因,总检出率为38.5％.常见的突变类型是R243Q和A434D.检测出两种多态性位点为Q232Q和V245V.HRM分析结果与测序结果完全一致.结论 HRM技术具有简单、快速、易操作、准确等优点,可用于PKU患者PAH基因突变筛查.     

不同FGFR1突变与先天性低促性腺激素性性腺功能减退症的相关性

目的 通过对成纤维细胞生长因子受体1(FGFR1)基因突变的先天性低促性腺激素性性腺功能减退症(CHH)患者多个基因进行筛查，寻找是否同时存在其他基因突变，共同导致疾病发生。方法 对15例FGFR1突变CHH患者的突变来源进行验证。对其他CHH相关基因进行筛查。通过生信分析，评价这些突变基因的致病性。结果 1)9例患者FGFR1突变来源于生殖表型正常的父/母(遗传突变组)。2)遗传突变组中有6例患者存在其他致病性突变，分别是PROKR2(W178S)、FGF8(T121N)、HS6ST1(P242L)、SEMA3A(R734W)、LZTR1(Q10Rfs*15)和FGFR1复合杂合突变。这些突变和FGFR1突变可能一起协同作用导致CHH发生。3)6例FGFR1自发突变(自发突变组)患者中，未发现存在其他CHH相关基因致病性突变。结论 来自生殖表型正常父/母的FGFR1突变，存在另一个CHH相关基因突变协同打击才导致CHH。本研究扩展了对双基因突变导致CHH的发病机制认识。     

甲基丙二酸血症患儿MUT基因突变分析

目的 检测甲基丙二酸血症(methylmalonic acidemia,MMA)患儿MUT基因突变类型及突变频率,探讨基因型与临床表型之间的关系.方法 依据串联质谱检测血酰基肉碱、气相色谱-质谱检测尿甲基丙二酸以及维生素B_(12)负荷试验等,诊断21例单纯MMA患儿;采用聚合酶链反应和直接测序法对这些患儿进行MUT基因突变检测分析.结果 在21例单纯MMA患儿中14例检测到17种MUT基因突变,其中8种为未报道突变.以c.323G>A(R108H)、c.729_730insTT(D244LfsX39)与c.1630_1631GG>TA(G544X)较为常见,突变频率分别为14.3%、10.7%及14.3%,以错义突变多见(64.7%).14例MUT突变患儿中10例为早发型,1例为迟发型,3例由新生儿出生筛查检出;11例为维生素B_(12)无效型,3例为有效型.结论 揭示了中国MMA患儿中MUT基因的部分突变谱,MUT基因突变患儿发病较早,多为维生素B_(12)无效型.