基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱在微生物基因组研究中的应用

质谱已成为分子生物和生物化学研究中一个重要的分析工具,它的高通量、分析速度、准确性和灵敏度都是传统分析技术所不可比拟的。以基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱为代表的现代生物质谱技术是基因组研究的新兴技术,可用于核酸高通量的数量和质量分析。在微生物基因组研究中主要应用于微生物基因型鉴定、病毒准种分析,以及微生物基因组的进化研究、甲基化定量分析和突变检测。本文主要介绍基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱技术的原理及在微生物基因组研究的应用进展。     

基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱仪在耐甲氧西林金黄色葡萄球菌鉴定中的应用研究

目的 探讨基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱仪(MALDI-TOF MS)快速鉴定耐甲氧西林金黄色葡萄球菌的可行性.方法 对广州市番禺区中心医院各个病区住院患者在不同部位分离的甲氧西林耐药及敏感的金黄色葡萄球菌,用Vitek 2 Compact的药敏卡AST-P639进行耐药性检测,用MALDI-TOF MS对菌株进行...     

基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱在鼠伤寒沙门菌同源性分析中的应用价值

目的:研究基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)在鼠伤寒沙门菌同源性分析中的应用价值.方法:利用MALDI-TOF MS对分离于广州市的44株鼠伤寒沙门菌进行分型,与脉冲场凝胶电泳分型(PFGE)进行比较,并分析主要质谱型的质谱图.结果:对PFGE结果聚类分析可以将44株鼠伤寒沙门菌分为15型.在聚类相似度为80%时,44株鼠伤寒沙门菌被分为8个MALDI-TOF MS型,与PFGE分型较一致.其中MS1型(52.3%)为主要的质谱型,MS1型包含多个PFGE型.结论:MALDI-TOF MS方法分型结果显示了广州市鼠伤寒沙门菌相对集中的亲缘关系,是一种简便、快速、高通量的方法.     

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱快速检测产超广谱β内酰胺酶肺炎克雷伯菌的研究

随机收集54株产超广谱β内酰胺酶(ESBLs)和24株对头孢菌素类抗生素敏感的肺炎克雷伯菌,通过PCR筛选ESBLs基因型,细菌与含有一定浓度的抗生素共同孵育一定时间后,通过基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MAL-DI-TOF MS)检测抗生素水解产物的特征峰.头孢噻肟与头孢曲松水解试验分别在反应1h与2h后,能够很好地鉴别产ESBLs的肺炎克雷伯菌;与ESBLs基因型检测相比,特异性为100％,敏感性为96.3％.MALDI-TOF MS在临床上能够快速准确鉴定病原菌,并且在细菌耐药性检测方面具有巨大潜力,MALDI-TOF MS酶解法能够快速检测产ESBLs肺炎克雷伯菌.     

应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术检测载脂蛋白E基因多态性

【目的】应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术检测人类载脂蛋白E(apoE)基因的多态性。【方法】用PCR扩增出含apoE两个单核苷酸多态性(SNPs)位点(334T／C和472C／T)的DNA片段作为模板，经延伸反应，产物纯化后利用MALDI-TOF MS进行检测。从而确定样本apoE基因型。【结果】应用本技术对50例广东地区无关个体进行apoE基因多态性检测，共检出3种常见的apoE基因型，其中以apoE∑3／3型最多，占总数的74．00％；等位基因频率分布以ε3(87．00％)最高。【结论】本实验建立的基于MALDI-TOF MS与引物延伸技术检测apoE基因多态性的方法，具有快速、准确和可靠的特点。     

基于基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱法对MGIT960阳性管中微生物的菌种鉴定

目的 应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry, MALDI-TOF MS）法对BACTECTMMGIT960（简称“MGIT960”）仪器报告阳性的培养管中的微生物进行菌种鉴定，并分析不同菌株的分布情况。方法 收集2021—2022年天津市结核病控制中心参比实验室MGIT960仪器报告的阳性管2 662管，将液体培养物分别转种至血平板和中性罗氏培养基，对获得的分离株应用MALDI-TOF MS法进行鉴定，根据质谱结果将同一患者在同一种培养基上不重复的结果全部纳入菌种分布情况的构成比分析。对于质谱未检出的菌株，选取38株进行16S rRNA基因测序。结果 血平板共获得分离株605株，将501株纳入分析，其中分枝杆菌属占17.76%(89/501)，以脓肿拟分枝杆菌10.18%(51/501)和偶发分枝菌酸杆形菌3.19%(16/501)为主,分枝杆菌以外的细菌占68.06%(341/501)，以皮疽诺卡菌15.57%(78/501)、痰液...     

基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱鉴定非结核分枝杆菌及药敏试验分析

目的 研究非结核分枝杆菌(NTM)基质辅助激光解析电离飞行时间质谱(MALDI-TOF MS)分型结果,比较不同NTM菌种耐药情况,为临床合理用药提供依据。方法 回顾性分析2019年3月—2021年6月绍兴市区结核病定点医院(绍兴文理学院附属医院)NTM菌株相关资料,将来源为相同患者的菌株资料排除后,剩余128株NTM菌株,用MALDI-TOF MS技术对NTM菌种进行分型,同时进行基因测序分型,以基因测序分型结果为金标准,计算出MALDI-TOF MS技术分型结果的准确率,并对分型后排名前三的NTM进行药敏试验分析。结果 MALDI-TOF MS技术对NTM分型结果的准确率为98.4%。胞内分枝杆菌对阿米卡星、克拉霉素、利奈唑胺、莫西沙星和利福平的敏感率分别为98.5%、89.4%、86.4%、83.3%和62.1%;鸟分枝杆菌对阿米卡星、克拉霉素、利奈唑胺、莫西沙星和利福平的敏感率分别为100.0%、92.9%、100.0%、82.1%和89.3%;两者对米诺环素的耐药率分别为90.9%、82.1%。堪萨斯分枝杆菌对阿米卡星、克拉霉素、利福平的敏感率分别为100.0%、100.0%...     

表面增强激光解吸电离飞行时间质谱技术及其在器官移植领域中的应用

表面增强激光解吸电离飞行时间质谱(surface-enhanced laser desorption/ionization-time of flight-mass spectrometry,SELDI-TOF-MS)技术是较有效的蛋白质组学研究手段,虽然目前尚未应用于临床常规实验室诊断,但已广泛应用于肿瘤、传染病、心血管病和神经系统疾病的研究.近年来,SELDI-TOF-MS技术试用于器官移植领域,如急性移植排斥反应的早期诊断、移植相关疾病的诊断、疾病相关蛋白的鉴定,探讨疾病的发生机制,展现了该技术在器官移植中的广阔应用前景.     

基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱仪快速鉴别青霉素耐药及敏感的肺炎链球菌的应用

目的 探讨基质辅助激光解吸/电离飞行时间质谱仪（matrix-assisted laser desorption/ ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS）快速鉴别青霉素耐药及青霉素敏感的肺炎链球菌的可行性。方法 收集2017年1月到2019年12月广州市番禺区中心医院青霉素耐药的肺炎链球菌（PRSP）10株及青霉素敏感的肺炎链球菌（PSSP）30株。其中31株肺炎链球菌分离自呼吸道标本,占77.5%,18株肺炎链球菌分离自儿科,占45.0%。年龄分布,60岁以上15株,12岁以下18株。用MALDI-TOF MS进行菌株鉴定,用VITEK 2 Compact的药敏卡AST-GP68进行耐药性检测,用VITEK MS的Launch pad软件对MALDI-TOF MS鉴定的肺炎链球菌所产生的质谱峰图进行分析。结果 质谱峰m/z的3992、4419为肺炎链球菌的特征峰,质谱峰m/z的 3853、4218、4619是用于区分PRSP及PSSP最主要的特征峰,不同菌株质谱峰略有不同。164株肺炎链球菌青霉素的耐药率为8.5%,万古霉素﹑利奈唑胺﹑厄他培南的敏感率均为100.0%。90株PSSP及64株PRSP对15种抗生素的药敏结果显示,PSSP的阿莫西林及青霉素的敏感率分别为100.0%,而PRSP的阿莫西林及青霉素的敏感率为0。结论 MALDI-TOF MS可快速准确鉴别PRSP及PSSP,具有耗时短,灵敏度高,特异性好等特点。     

应用基质辅助激光解吸质谱的源内衰变及串联质谱技术测定重组人纽兰格林的C端序列

目的测定重组人纽兰格林的C端序列。方法用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（MALDI—TOF-MS）的源内裂解（ISD）及串联质谱技术（TOF—TOF,LIFT）,测定重组蛋白纽兰格林的C端序列。结果用该方法鉴定了重组蛋白纽兰格林C端序列的10个氨基酸残基。结论与现有的C-端序列测定方法比较,该方法简便快捷,可适用于部分重组蛋白药物的质量控制。     

表面加强激光解吸电离-飞行时间-质谱技术及其在系统性红斑狼疮诊断中的研究进展

表面加强激光解吸电离-飞行时间-质谱技术（SELDI-TOF-MS）是近期发展起来的针对蛋白质组学检测和研究的新技术。该技术具有高通量、高灵敏度、高效率等特点,在基础研究和临床应用方面发展迅速。系统性红斑狼疮（SLE）是最常见的自身免疫性疾病之一。临床上多采用自身抗体检测来作为SLE的辅助诊断,但尚无一种自身抗体检测同时具有高的敏感性和特异性。SELDI-TOF-MS的出现弥补了SLE早期辅助诊断的不足。本文就其原理和目前在系统性红斑狼疮早期诊断中的研究进展作一综述。     

应用表面增强激光解吸电离飞行时间质谱筛选大肠癌血清特异标志物

目的 采用表面增强激光解吸电离飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)技术检测大肠癌患者与健康对照者血清中蛋白的差异,为大肠癌的早期诊断提供理论依据.方法 应用SELDI-TOF-MS技术及弱阳离子蛋白质芯片(WCX2)检测36例健康成人(对照组)和36例大肠癌患者(大肠组)血清中蛋白含量.结果 在质荷比为2 000Da～30 000Da的范围内,两组样本检测到了对照组82个蛋白峰.其中3 604.240 Da蛋白峰大肠癌组明显高于对照组(P＜0.05),而12 861.368 Da的蛋白峰对照组明显高于大肠癌组(P＜0.05).利用这两个蛋白筛查大肠癌的特异度为86.11%(31/36),敏感度为77.78%(28,36),阳性预测值为87.5%.结论 质荷比为3 604.240 Da与12 861.368 Da的两个蛋白峰可以作为大肠癌早期诊断的备选标志物.     

表面增强激光解吸电离-飞行时间质谱在甲状腺癌诊断及临床分期中的应用

目的:用表面增强激光解吸电离-飞行时间质谱(SELDI-TOF-MS)分析正常人和甲状腺癌患者血清蛋白指纹图谱的变化,建立能鉴别正常人和甲状腺癌及Ⅰ-Ⅱ期甲状腺癌和Ⅲ-Ⅳ期甲状腺癌患者的诊断模型.方法:应用SELDI-TOF-MS技术检测72例血清标本的蛋白质质谱,其中甲状腺癌 40 例(Ⅰ-Ⅱ期 26 例,Ⅲ-Ⅳ期14 例),正常人32例.应用支持向量机和判别分析的方法分析质谱数据,建立甲状腺癌诊断模型并留一法交叉验证.结果:区分甲状腺癌和正常人的诊断模型交叉检验敏感性为100%,特异性为86%,总的符合率为93%;区分Ⅰ-Ⅱ期甲状腺癌和Ⅲ-Ⅳ期甲状腺癌患者的诊断模型对Ⅰ-Ⅱ期甲状腺癌检出的敏感性为77%,特异性为86%,对Ⅲ-Ⅳ期甲状腺癌检出的敏感性为86%,特异性为77%,总的符合率为80%.结论:应用SELDI-TOF-MS技术平台和生物信息技术建立的诊断模型为甲状腺癌的早期诊断及临床分期提供了新的手段.     

质谱直接鉴定血培养阳性菌的前处理方法评估

目的：评估基于分离胶的两种前处理方法联合基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（matrix?assisted laser desorption ionization?time of flight mass spectrometry,MALDI?TOF MS）直接鉴定血培养阳性病原菌的临床应用价值。方法：收集2020年5—11月南京医科大学第一附属医院血培养阳性标本302例,分离胶?皂甙法和分离胶沉淀法分别处理后对阳性血培养标本进行快速鉴定,结果分别与培养鉴定结果比较。结果：分离胶?皂甙法可在45 min内完成鉴定,分离胶沉淀法需20 min;单数菌感染标本288例,使用两方法直接鉴定的准确率均为86.81%（250/288）,其中两方法分别鉴定革兰阴性杆菌、革兰阳性球菌、革兰阳性杆菌、真菌的准确率差异无统计学意义（P > 0.05）;复数菌感染标本14例,仅分离胶?皂甙法1例与培养鉴定结果一致,其余标本两种方法均仅可准确鉴定其中的一种细菌。结论：两种基于分离胶的前处理方法联合质谱均可直接、快速、准确地鉴定血培养病原菌,分离胶沉淀法可作为本实验室血培养快速鉴定常规的前处理方法。     

联合磁性微球和基质辅助的激光解吸/离子化-飞行时间质谱筛选肾细胞癌血清差异蛋白

目的 采用联合磁性微球和基质辅助的激光解吸/离子化-飞行时间(MALDI-TOF-MS)技术筛选肾细胞癌患者血清差异蛋白峰.方法 采用弱阳离子磁性微球从99份血清标本(肾细胞癌62份,肾脏良性占位病变37份)捕获血清蛋白,MALDI-TOF-MS质谱仪检测蛋白峰,Biomarker Wizard 3.1和Biomarker Patterns Software 5.0分析数据,以47例肾细胞癌及26例肾脏良性占位病变标本建立肾细胞癌诊断模型,15例肾细胞癌和11例肾脏良性占位病变标本进行盲法验证.结果 发现7个蛋白峰具有统计学差异(P＜0.05),以质荷比2945.35、15340.8、6984.51、5819.23的4个蛋白峰建立肾细胞癌诊断模型,该模型区分肾细胞癌与肾脏良性占位病变的敏感性为83.0%,特异性为84.6%;盲法验证,该模型诊断肾细胞癌的敏感性为80.0%,特异性为81.8%.结论 采用磁性微球与MALDI-TOF-MS技术可以检测肾细胞癌血清中的差异蛋白峰,并建立敏感性、特异性较高的肾细胞癌诊断模型.     

应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术检测载脂蛋白 E基因多态性

[目的]应用基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱技术检测人类载脂蛋白 E(apoE)基因的多态性.[方法]用 PCR扩增出含 apoE两个单核苷酸多态性( SNPs)位点 (334 T/C和 472 C/T)的 DNA片段作为模板,经延伸反应,产物纯化后利用 MALDI-TOF MS进行检测.从而确定样本 apoE基因型.[结果]应用本技术对 50例广东地区无关个体进行 apoE 基因多态性检测,共检出 3种常见的 apoE基因型,其中以 apoEΣ 3/3型最多,占总数的 74.00%;等位基因频率分布以ε 3( 87.00%)最高.[结论]本实验建立的基于 MALDI-TOF MS与引物延伸技术检测 apoE基因多态性的方法 ,具有快速、准确和可靠的特点.     

MALDI-TOF MS在血流感染快速鉴定病原菌中的应用

目的 探讨基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱（matrix-assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry,MALDI-TOF MS）结合短时培养在快速鉴定血流感染病原菌中的应用。方法 对南京医科大学附属淮安第一医院微生物室2020年11月至2021年12月血培养报告阳性的标本进行革兰染色分类,并采用4h和6h短时培养法及MALDI-TOF MS技术快速鉴定感染病原菌并实时报送病区单元。结果 4h短时培养革兰阴性菌共351株,339株（96.6%）细菌鉴定到种属,与24h鉴定结果相同,11株无鉴定结果,1株鉴定错误;6h短时培养革兰阳性菌共216株,212株（98.1%）鉴定到种属,与24h鉴定结果相同,3株无鉴定结果,1株鉴定错误。跟踪321株革兰阴性菌的临床反馈,287例（89.4%）给予临床关注,89例（27.7%）进行药物调整,238例（74.1%）临床疗效良好;跟踪183株革兰阳性菌的临床反馈,其中150例（82.0%）给予临床关注,49例（26.8%）进行药物调整,131例（71.6%）临床疗效良好。结论 MALDI-TOF MS技术结合短时培养方法可有效提高血流感染病原菌鉴定准确率,改善血流感染患者抗菌药物治疗时机。     

MALDI-TOF-MS在儿童血流及尿路感染病原菌直接鉴定中的应用

目的 探讨基质辅助激光解吸电离飞行时间质谱(MALDI-TOF-MS)在快速准确鉴定儿童血流及尿路感染病原菌方面的临床应用优势及操作关键点.方法 收集西安市儿童医院血培养报警阳性瓶382份,尿常规提示感染的尿培养标本314份.血培养阳性标本经过MALDI Sepsitype试剂盒处理后采用MALDI-TOF-MS直接鉴...