经垂直传播的HIV-1 env区突变准种改变HLA限制性CTL表位的初步研究

目的探索经垂直传播HIV-1env区突变准种改变HLA限制性CTL表位的方式机制。方法从2对垂直传播的HIV-1感染者血清内提取HIV-1核酸，逆转录-套式PCR（RT-nestedPCR）扩增，产物克隆后，挑选阳性克隆行CSGE分析，对优势，劣势准种克隆测序分析，对氨基酸序列中可能的CTL表位进行分析。结果第一对母子：母亲YJ体内存在HIV-1准种env区CTL表位在其54d的女儿WYF体内都存在，而WYF体内存在一株突变准种，其CTL表位在YJ体内HIV-1准种中不存在；第二对母子：母亲CM和其12mo的儿子ZDB体内HIV-1env准种无相同的CTL表位。结论HIV-1在垂直传播后，随着时间的延长，母子之间HIV-1env区突变准种所导致HLA限制性CTL表位发生改变概率增大。     

HIV-1准种变化与人类白细胞抗原限制性细胞毒性T淋巴细胞表位的相关性研究

目的研究HIV-1准种变化与人类白细胞抗原（human leucocyte antigen，HLA）限制性细胞毒性T淋巴细胞（cytotoxic T lymphocyte，CTL）表位的相关性。方法从2对母婴传播HIV-1感染者血清内提取HIV-1核酸，进行逆转录-套式PCR（RT-nested PCR）扩增，产物克隆后，挑选阳性克隆行CSGE分析，对优势和劣势准种进行克隆测序分析，对氨基酸序列中可能的CTL表位进行分析。结果第1对感染的母子：母亲YJ体内存在的CTL表位在其54d的女儿WYF体内都存在，而WYF体内存在1株突变准种，其CTL表位在YJ体内不存在；第2对感染的母子：母亲CM和其12个月的儿子ZDB体内HIV-1 env准种无相同的CTL表位。结论HIV-1在改变宿主后，随着时间的延长，HIV-1突变准种所导致HLA限制性CTL表位发生改变的概率增大。     

Ⅰ型人类免疫缺陷病毒的核酸异质性及准种特点的研究

目的研究Ⅰ型人类免疫缺陷病毒(HIV-1)膜蛋白基因(env)的准种与变异特点.方法采用巢式PCR方法对5例艾滋病患者血浆HIV-1env基因C2～V3区进行PCR扩增,产物经纯化后克隆至pMD-18T载体中,每例患者分别挑取5～8个克隆,共34株,完成阳性克隆的鉴定、抽提纯化和测序,将获得的DNA序列及氨基酸序列进行分析,并计算其氨基酸同源替换率(ds)与非同源替换率(dn)的比值.结果同一患者体内HIV准种株平均为83.5%,各克隆株之间的核苷酸同源性在88%～99%之间;不同患者之间的核苷酸同源性在75%～91%;34株序列的V3区平均变异频率明显高于C2～C3区(P＜O.05);而V3区和C2～C3区的ds/dn比值均＞1.结论艾滋病患者体内有大量HIV准种存在,基因的变异在V3区发生较频繁,免疫选择压力在该区变异中不起主要作用.     

东莞市艾滋病病毒1型的分子流行病学研究

目的了解东莞市不同人群中艾滋病病毒(HIV)各亚型毒株的流行情况和传播规律。方法采集东莞市经蛋白印迹法确认的24名HIV感染者的外周抗凝血,分离单核细胞、提取核酸后用套式聚合酶链反应扩增HIV-1膜蛋白(env)基因C2-V3区的核酸片段,进行序列测定,鉴定病毒亚型。用威斯康星GCG软件进行共享序列、基因离散率的计算和毒株的聚类分析。结果在24份阳性标本中,有13份标本PCR扩增阳性,亚型分析结果表明东莞市存在HIV-1B和CRF01-AE两种亚型。结论HIV-1B和CRF01-AE可能是东莞市艾滋病病毒流行的主要亚型。     

丙型肝炎病毒结构区基因变异的研究

目的：探讨丙型肝炎病毒（HCV）结构区主变异在HCV感染慢性化中的作用。方法：采用逆转录－聚合酶链反应（RT－PCR）扩增HCV的C、E1及E2／NS1区核苷酸片断（1kb）,扩增产物进行克隆,以单链构象多态性（SSCP）／异质性双体分析（HDA）方法对每份血清中30个克隆的C／E1和E2／NS1区准种（Quasispecies）进行优化筛选,分析HCV急性感染者和持续性感染者血清种复杂性。结果：HCV的C／E1区和E2／NS1区增片段形成的SSCP条带间差异明显,但E2区形成的异质性双体与同源双体之间差距准种复杂性的增加与病毒持续性感染有关。     

柳州市吸毒者HIV-1病毒流行株34例检测分析

目的 了解流行于柳州市吸毒者艾滋病病毒HIV-1毒株的亚型及各种亚型的分布特点.方法 对34例HIV感染者进行详细的流行病学调查,并采集外周静脉防凝血,提取前病毒DNA进行体外扩增,获得包膜蛋白(env)、核心蛋白(gag)、tat区基因的核酸片段,并对各基因区核苷酸进行测定和分析.结果 发现在所有目标人群中共存在B、C 2种亚型以及CRF07-BC(44.12%)和CRF01AE(55.88%)2种重组毒株.结论 柳州市HIV-1亚型以B、C为主,重组毒株以CRF07-BC和CRF01-AE几乎各占一半,柳州市HIV-1亚型比较单一,控制柳州市HIV-1亚型的多样性,做好防艾任重而道远.     

无症状携带献血者HTLV-Ⅰ病毒的前病毒长末端核酸序列分析

目的了解本地区检出的无症状献血人群携带人类嗜T淋巴细胞病毒(HTLV)株亚型。方法对3份HTLV-Ⅰ/Ⅱ血清阳性标本,采用Nested-PCR方法检测前病毒长末端重复序列(1ong terminal repeat,LTR)并测序分析。结果从1名有多次合格献血经历,但抗体筛查强阳性(OD=3.000)血样中提取到HTLV-Ⅰ前病毒DNA。核苷酸序列分析提示,与日本原型ATK株比较其序列一致性为98.4%(738/750)。结论试验认定该HTLV病毒为世界群b型日本型毒株,并提示无症状携带HTLV-Ⅰ病毒的献血者具有潜在经血传播的风险。     

HIV-1感染者中枢神经系统的病毒学特征研究

目的 探讨HIV-1感染者中枢神经系统(CNS)的病毒学特征.方法 通过克隆测序分析病毒亚型,观察CNS中HIV-1变异性和离散率;依据V3环11/25法则并结合10例有偿献血HIV-1感染者尸检脑组织标本免疫荧光试验分析中枢神经HIV-1复合受体的使用.结果 有偿献血人群感染的HIV-1显示B和B’亚型特征,脑脊液(CSF)和外周血序列有嵌合现象;CSF C2-V5区序列变异性明显低于外周血,两者的离散率差异无统计学意义;依据11/25法则分析V3环序列可见中枢神经HIV-1大多数使用CCR5复合受体.结论 CNS HIV-1病毒变异性明显小于外周血;CNS HIV-1具有CCR5嗜性.     

HIV-1 CHLJBF06044包膜特性分析

目的 分析黑龙江省Ⅰ型人免疫缺陷病毒(HIV-1)原代分离株CHLJBF06044包膜糖蛋白的变异性及表型特征.方法 从一名HIV阳性感染者外周血单个核细胞提取DNA,采用保守引物进行HIV病毒包膜直接克隆,进行序列分析及系统树分析.构建一株带该包膜蛋白的伪病毒并利用表达CXCR4和CCR5的靶细胞进行感染实验,观察该病毒包膜利用辅助受体的表型特征.结果 共获得2个有功能全Env克隆,分别命名为CHLJBF06044c7和CHLJBF06044c8.获得2个有完整包膜基因的克隆,用全Env氨基酸序列与国内分离株进行系统发育分析结果 表明,该株为B'亚型.对包膜蛋白结构分析结果 显示,分离株CHLJBF06044c7和CHLJBF06044c8包膜在抗原性和亲水性上没有明显差别.感染性检测结果 显示该病毒只能感染U87.CD4.CCR5细胞,不能感染U87.CD4.CXCR4细胞.结论 黑龙江省一名HIV-1阳性者克隆到HIV-1 CHLJBF06044病毒的包膜基因,该病毒属于B'亚型(泰国亚型),为CCR5亲嗜性毒株.     

TT病毒子宫内传播的初步研究

目的：观察TT病毒(TTV)子宫内传播的可能性。方法：采用妊娠中期引产孕妇的静脉血及其胎儿心脏血。以巢式聚合酶链反应检测TTV DNA部分基因，对产物进行基因序列测定和分析，并比较母子TTV部分序列之间同源性。结果：23例孕妇中TTV DNA阳性者5例(21．7％)，其中2例引产儿亦阳性。测序结果与中国北京株TTV DNA同段序列基本一致。两对阳性母子TTV DNA序列同源性极高(98．3％，99．1％)。结论：TTV可在子宫内传播。     

深圳国际旅行人员HIV-1基因型分析

目的监测深圳口岸国际旅行人员中HIV感染者HIV-1亚型的流行状况。方法从69份HIV-1抗体阳性血浆中提取病毒总RNA,通过逆转录和巢式PCR技术扩增HIV—1 gag和p02基因,再对PCR产物进行核苷酸序列测定,并对所获得的序列进行分析来确定基因亚型。结果69份样品中共发现9种HIV-1亚型和重组亚型,其中CRF01-AE重组亚型28份,B亚型21份,CRF02_AG重组亚型4份,C亚型4份,G亚型3份,CRF07_BC重组亚型3份,CRF08_BC重组亚型3份,A1亚型2份,D亚型1份。这些不同亚型的感染者来自包括中国在内的19个不同国家。结论深圳国际旅行人员中HIV-1亚型和重组亚型种类复杂多样,监测国际旅行人员中HIV感染者基因型分布情况,对及时发现新型毒株,预防和控制艾滋病十分重要。     

Subtype and sequence analysis of HIV-1 strains in Heilongjiang Province

Background Human immunodeficiency virus (HIV-1) is divided into two types, HIV-1 (groups M, N and O) and HIV-2. Heilongjiang Province located in the northeast of China, and the feature of the subtype distribution and sequence characteristics of HIV-1 strains prevalent in Heilongjiang Province is still uncertain. The aim of this study was to investigate the subtype distribution and genetic characteristics of HIV-1 strains in one hospital in Heilongjiang Province. Methods HIV-1 env gene was amplified by nested-PCR from peripheral blood mononuclear cells (PBMCs) obtained from 19 HIV-1 seropositive individuals in Heilongjiang Province. The C2-V3 region was sequenced. Aligned the nucleotide sequence of 19 samples with CLUSTAL W (BioEdit) software, results were acquired and used for phylogenetic tree analysis after artificial adjustment. Reference sequence, downloaded from Los Alamos HIV Sequence Database, was used to identify the subtype of obtained sequence. Genetic distance between sequences was assessed using the software MEGA 3.1 Kimura 2-parameter, and the Phylogenetic tree was reestablished with Neighbor-Joining method.Results Phylogenetic tree analysis showed that 19 Heilongjiang strains clustered closely to subtype B strain from Thailand and were far from other international subtype reference strains. Statistical test showed no significant discrepancy between the genetic distance of interclass and intra-class (P>0.05). The analysis of V3 loop amino sequence of 19 Heilongjiang B strains revealed that V3 tip motif of 10 samples (52.63%) was GPGQ, and of 4 samples (21.53%) was GPGR.Conclusions The subtype of 19 HIV-1 seropositive individuals in Heilongjiang Province is B’, and it is introduced from He’nan Province. V3 tip motifs of the HIV-1 isolates are mainly GPGQ and GPGR.     

TAM类突变对B'亚型HIV病毒耐药和复制能力的影响

目的 研究T215Y和L210W等TAM类突变在B'亚型pol区遗传背景下对HIV病毒的耐药程度和复制适应性的影响.方法 血浆样本来自我国中部地区1名已接受抗病毒治疗且耐药的患者,利用SGA方法获得其3个病毒准种的含TAM突变的pol基因片段,采用PCR引入点突变分别将T215Y和L210W回复突变为野生型密码子,将突变前后的pol区片段替换pNLA-3-BstⅡ感染性克隆的相应片段,构建重组感染性克隆,利用荧光素酶和P24抗原检测分别评价重组病毒的耐药程度和复制能力.结果 成功构建了3个重组感染性克隆pNL-PAT-1、pNL-PAT-2、pNL-PAT-3,TAM类突变分别为:T215Y、M41L/L210W/T215Y和M41L/L210W/T215Y,回复突变后的重组感染性克隆分别为pNL-PAT-1-T215Y(-)、pNL-PAT-2-L210W(-)和pNL-PAT-3-L210W(-)；与原始重组病毒比较,T215Y和L210W回复突变后的重组病毒对AZT的IC50分别下降4.9、8.1和2.7倍,感染pNL-PAT-1-T215Y(-)的培养上清中P24含量较原始毒株pNL-PAT-1高,而两株含M41L/T215Y的病毒与含M41L/L210W/T215Y突变病毒的复制能力比较结果并不一致,其中pNL-PAT-2-L210W(-)感染上清的P24含量较原始毒株略有降低,而pNL-PAT1-3-L210W(-)的P24含量则较原始毒株明显升高.结论 在B'亚型pol区遗传背景下,T215Y和L210W均可引起HIV病毒对AZT的耐药程度升高,T215Y还可造成病毒复制能力的下降,但是L210W对复制能力的影响不一,基因多态性可能对病毒的耐药和复制能力具有一定的影响.     

肾上腺皮质癌患儿TP53基因的一个新生殖系突变

目的 研究1例肾上腺皮质癌患儿TP53基因突变情况,为该病的基因诊断与遗传咨询提供依据.方法 提取1例肾上腺皮质癌患儿及父母外周血基因组DNA,针对TP53基因设计特异性引物,采用聚合酶链式反应(PCR)扩增基因的全部编码及侧翼序列,对扩增产物进行直接测序.结果 PCR结合DNA测序发现患者TP53基因第5外显子存在异常:第522与523位核苷酸间插入一个鸟嘌呤(c.522-523insG),导致P53蛋白DNA结合域第175位密码子由精氨酸(R)变为丙氨酸(A),并从突变位置起发生移码,产生移码突变(p.R175AfsX6).患者父亲带有相同的突变,而母亲未发现此突变.结论 TP53基因p.R175AfsX6生殖系突变是导致该例患者肾上腺皮质癌的特异突变.     

日本血吸虫尾蚴(中国大陆株)表达序列标签的获取及同源性分析

目的 了解日本血吸虫尾蚴ｃＤＮＡ文库中基因的基本情况,为新基因的筛选鉴定提供依据。方法 日本血吸虫尾 蜘ｃＤＡＮ文库中的噬菌体侵入大肠杆菌ＢＭ２５．８后环化成质粒。筛选出已转入质粒的菌株。提取质粒ＤＮＡ,用质粒上 的一段测序引物序列进行一次性测序,得到一个表达序列标签（ＥＳＴ）。通过ＢＬＡＳＴｘ及ＢＬＡＳＴｎ公共数据库经编辑分 析的ＥＳＴ序列进行同源性比较。经过分析编辑后的新ＥＳＴ序列,以编写好的程序和Ｅ－ｍａｉｌ方式递交,以获得ＧｅｎＢａｎｋ 登录号。通过对同源性比较结果的总结,对该文库的基本情况进行分析。结果与结论 在测出的５８个ＥＳＴ中有３个核 苷酸序列与日本血吸虫已知基因高度同源,有２个核苷酸序列与曼氏血吸虫较高度同源,有７个ＥＳＴ的蛋白质序列与 其他物种有较高同源性而核苷酸序列同源性很低,有２７个ＥＳＴ的蛋白质及核苷酸序列同源性都很低。     

新疆维吾尔族HIV-1感染者gag基因序列分型研究

目的 通过扩增新疆地区HIV-1感染者gag基因片段,确定HIV-1感染者流行株的基因亚型.方法 抽提88例新疆乌鲁木齐市和伊宁市HIV-1感染者的血浆标本的RNA,用巢式PCR扩增gag基因片段,将所得到的序列与国际标准株进行比较,确定被检标本的亚型.结果 在88例HIV感染者的血浆标本中,共成功扩增57例gag基因片段,扩增率为64.8％.经BLAST初步判断和构建进化树并与国际标准株比对确认,57例感染者感染的HIV毒株序列中,有56个为CRF07_BC亚型,1例为C亚型.57例毒株之间的平均基因距离为0.043±0.003,与3例CRF07_BC亚型国际参考株之间的平均基因距离在0.034±0.004～0.039±0.005之间.结论 新疆地区HIV-1感染者以CRF07_BC亚型为主要流行株.57例序列相互之间以及与3株不同来源的国际参考毒株之间表现出高度的同源性.     

伊宁市19例HIV-1感染者gag基因序列分型研究

目的：通过扩增伊宁市维吾尔族HIV-1感染者gag基因片段,确定该民族HIV-1感染者流行株的基因亚型。方法：抽提20例新疆伊宁市HIV-1感染者的血浆标本的RNA,用巢式PCR扩增gag基因片段。将所得到的序列与国际标准株进行比较,确定被检标本的亚型。结果：在20例HIV感染者的血浆标本中,共成功扩增19例gag基因片段,扩增率为95％。经BLAST初步判断和构建进化树并与国际标准株比对确认,19例感染者感染的HIV毒株序列中,发现18例为CRF07_BC亚型,1例为C亚型。19例毒株之间的平均基因距离为0．043±0．003,与3例CKF07_BC亚型国际参考株之间的平均基因距离在0．034±0．004-0．039±0．005之间。结论：新疆伊宁市HIV-1感染者以CRF07_BC亚型为主要流行株。19例序列相互之间以及与3株不同来源的国际参考毒株之间表现出高度的同源性。     

丙型肝炎病毒的垂直传播研究

目的 探讨丙型肝炎病毒(HCV)的垂直传播机制。方法 选择6对抗-HCV与HCVRNA均阳性的母亲与胎儿，2对父亲抗-HCV与HCVRNA阳性、母亲阴性的胎儿为研究对象，检测父、母亲与子代HCV的感染标志，同时比较两代问所携HCV的基因型别与HCVC／E1区的序列同源性。结果 6对母亲与胎儿HCVRNA阳性，基因型均一致，其中5对基因型别属Ⅱ型，1对属Ⅲ型。母亲与子代间所携HCVC／E1区的序列同源性极高，与其他母亲间、胎儿间的HCV同源性显著差异。2对父亲HCVRNA阳性其胎儿未检测到HCVRNA。结论 母亲与子代间存在出生前期的HCV的垂直传播。