人幽门螺杆菌HspA亚单位的基因克隆及序列分析

目的:获取幽门螺杆菌(Hp)热休克蛋白A( HspA)亚单位基因并进行核苷酸序列分析和同源性比较.方法:获取幽门螺杆菌的染色体DNA,PCR技术扩增获取HspA基因,将其定向插入pGEX-4T-1原核表达载体中进行核苷酸序列分析.结果:经酶切鉴定及基因序列证实Hp HspA基因克隆成功,DNA序列与Genbank 公布的序列比较有13个碱基存在差异,同源性为96%;由碱基序列推定编码的氨基酸残基序列没有发生变异,同源性为100%.结论:成功地将Hp HspA基因克隆到了pGEX 4T-1原核表达载体,为HspA的表达和研究奠定了实验基础.     

人幽门螺杆菌热休克蛋白A编码基因的克隆及表达

目的扩增人幽门螺杆菌(Hp)热休克蛋白A(HspA)编码基因并构建其重组表达载体,进行核苷酸序列分析,并在E.coli BL21中表达,为疫苗的开发奠定了基础。方法利用PCR技术从Hp基因组DNA中扩增热休克蛋白A(HspA)基因片段,目的基因经SacⅠ和XhoⅠ双酶切、纯化后,插入pET32a(+)载体。以含目的基因片段的重组载体转化大肠杆菌BL21并表达。结果经PCR、酶切、测序分析表明,插入的基因片段为Hp HspA编码基因,与GenBank报道的相比较,核酸同源性达98%。经SDS-PAGE分析,表达的融合蛋白分子量约为33 KD,其中目的蛋白的分子量约为13 KD。结论成功地克隆并表达了Hp HspA编码基因,为HspA蛋白质疫苗的研制和快速诊断试剂盒的开发奠定了良好的基础。     

河南省9株狂犬病毒的N基因序列分析

 目的 分析河南省9株狂犬病毒的核蛋白基因序列,探讨狂犬病毒流行株毒力与致病性的可能变异。方法 以RT-nested-PCR扩增9株2006年12月分离于河南省信阳市的狂犬病毒街株,经纯化、克隆、测序后获得9条N基因全长序列,采用生物信息学软件对N基因序列进行分析。结果 9株狂犬病毒核蛋白在核苷酸及氨基酸水平上彼此的同源性分别为97.5%~99.3%和98.4%~99.8%;病毒与CTN疫苗的核苷酸序列同源性最高,为88.9%~90.1%,氨基酸序列同源性为97.6%~98.0%;与其他疫苗株相比,9株病毒与其核苷酸及氨基酸同源性范围分别为84.4%~87.9%和94.2%~97.3%;与已知的基因1型狂犬病毒比较,9株病毒核蛋白氨基酸序列发生了若干位点的取代。结论 9株河南省狂犬病毒流行株均属基因1型,其核蛋白在基因的核苷酸及推导的氨基酸水平上均有变异,这些变异可能影响疫苗对流行株所致狂犬病的保护效果。     

广东流行的三株登革1型病毒包膜蛋白基因的序列测定与分析

目的 通过对广东省不同地区、不同流行期间分离的三株登革1型病毒(DV1)的结构蛋白E基因进行序列测定及分析,了解各流行株之间的遗传差异,追踪其可能的传染来源。方法 应用RT-PCR技术扩增病毒的结构蛋白E基因,克隆到PMD18-T载体,转化JM109宿主菌,挑取阳性克隆进行鉴定及序列测定,应用计算机软件与国内外参考及流行株进行同源性分析,并绘制基因系统发生树。结果 3株DV1病毒E基因序列长度均为1485bp,编码495个氨基酸,核苷酸序列同源性在91%~98%之间,推测的氨基酸序列同源性在94%~99%之间。GD23/95与A88核苷酸(氨基酸)同源性为95%(98%),与其他株的同源性相对较低,2株属同一基因型;GD14/97和GD05/99与Cambodia共享序列非常接近,3株同属另一基因型。结论 广东省1997、1999和1995年流行的登革热可能来自境外不同的疫源地。     

人幽门螺杆菌热休克蛋白A编码基因的克隆及表达

目的:扩增人幽门螺杆菌(Helicobacter py lori,Hp)热休克蛋白A(heat shock prot ein A,HspA)编码基因并构建其重组表达载体,进行核苷酸序列分析,并在E.coli BL21中表达,为疫苗的开发奠定了基础.方法:利用PCR技术从Hp基因组DNA中扩增热休克蛋白A(HspA)基因片段,目的基因经SacⅠ和XhoⅠ双酶切、纯化后,插入pET32a(+)载体.以含目的基因片段的重组载体转化大肠杆菌BL21并表达.结果:经PCR、酶切、测序分析表明 ,插入的基因片段为Hp HspA编码基因,与GenBank报道的相比较,核酸同源性达98%.经SDS-PAGE 分析,表达的融合蛋白分子量约为33 KD,其中目的蛋白的分子量约为13 KD.结论:成功地克隆并表达了Hp HspA编码基因,为HspA蛋白质疫苗的研制和快速诊断试剂盒的开发奠定了良好的基础.     

幽门螺杆菌硫氧还蛋白两种不同亚型基因序列的测定及分析

目的 测定不同胃疾病分离的幽门螺杆菌(Hp)临床菌株中硫氧还蛋白(Trx)1、2基因序列,并确定其氨基酸序列,探讨其与相关疾病的关系.方法 通过胃镜获取慢性胃炎、消化性溃疡、胃癌3种疾病共25例患者的胃黏膜组织,从中分离培养Hp菌株,提取基因组DNA.根据GenBank基因组中Hp基因序列设计Trx1、Trx2引物,应用聚合酶链反应(PCR)进行扩增,对扩增产物进行序列测定及生物信息学分析,并与国际标准菌株比对.结果 应用PCR的方法成功扩增出Trx1全基因序列及Trx2基因前295核苷酸.应用BioEdit软件进行核苷酸和氨基酸同源性分析,不同疾病分离的Hp Trx1均含有321个核苷酸,总突变位点率13.4%(43/321);编码106个氨基酸,含有一个Cys-Gly-Pro-Cys氧化还原活性位点,25例不同胃疾病Hp TRX1的氨基酸同源性高达97.2%(103/106).Trx2的前295个核苷酸,总突变位点率18.6%(55/295);编码的氨基酸无Cys-Gly-Pro-Cys,含有一个CXXC区域,氨基酸同源性为84.7%(83/98).结论 Hp临床分离菌株的Trx两个亚型核苷酸序列均有不同程度的位点突变,但氨基酸的序列同源性较高,均为无效突变.不同疾病分离的Hp Trx1均含有一个Cys-Gly-Pro-Cys氧化还原活性位点,TRX2仅含有一个CXXC区域.研究结果为进一步探讨Hp Trx的生物学功能及其致病机制提供了可靠依据.     

幽门螺杆菌尿素酶C基因的克隆及测序

[徐俊荣,张沥,闫小君,崔大祥,江红,韩锋产.世界华人消化杂志,2001;9(3):308-311] 目的用PCR方法扩增幽门螺杆菌(Hp)尿素酶C基因,以构建Hp UreC基因的重组克隆,为进一步表达Hp UreC基因的重组蛋白质并研究其功能奠定基础.方法以Hp临床菌株总DNA为模板,根据已发表的Hp UreC基因序列设计引物(位于588 bp～605 bp和1 737 bp～1754 bp),采用PCR方法扩增出一个1173 bp的Hp尿素酶C基因片段,用BamHI及EcoRI双酶切后将其克隆入测序质粒pGEM-3Zf(-)中,以全自动测序仪双向测定目的片段序列,借助于DNA TOOL 5.1拼接成完整序列.与已知的Hp UreC基因序列做比较.结果所得核酸序列与报道的Hp国际标准菌株M60398的UreC基因同源性为95%.根据测序结果推断其编码的氨基酸序列,并行BLAST分析,发现它与标准菌株M60398的氨基酸序列同源性为97%.结论成功构建了Hp UreC基因的重组克隆,为进一步研究表达Hp UreC基因的重组蛋白质并研究其功能奠定了基础. (潘伯荣)     

一株鸭乙型肝炎病毒DHBV全基因的克隆和序列分析

目的 从本地樱桃谷鸭血清中克隆鸭乙型肝炎病毒(DHBV)DNA,并进行序列分析。方法 用PCR扩增DHBV全基因,连接至T载体上,挑选克隆进行测序分析,与GenBank中16株DHBV全基因组进行同源性比较,并进行分子进化树分析。结果 24-18与16株DHBV基因组比较,核苷酸同源性介于89.4%~99.3%之间,各开放阅读框氨基酸同源性比较显示差异显著地方位于P区。结论 24-18属于DHBV西方基因型中的一个亚型。     

恶性疟原虫FCCl／HN株LDH基因的克隆及序列分析

目的 克隆并测定恶性疟原虫海南(FCCl／HN)株LDN基因序列,比较FCCl/HN株与国外分离株LDH基因序列的差异。方法 根据LDH基因已知序列设计合成一对引物,应用PCR技术从FCCl/HN株基因组DNA中扩增LDH基因,并将其克隆入pMDl8-T载体。用双脱氧链末端终止法进行基因序列测定,并用分子生物学软件进行不同分离株LDH基因序列的同源性比较。结果 PCR扩增得到特异的FCCl／HN株LDH基因片段并构建了pT—LDH重组质粒。恶性疟原虫FCCl／HN株LDH基因全长951bp,编码316个氨基酸。序列分析表明,我国恶性疟原虫FCCl／HN株与国外的3所、Honduras 1株LDH基因编码氨基酸序列完全一致。结论 成功克隆恶性疟原虫FCCl,HN株LDH基因。序列测定及同源性分析表明,FCCl/HN株与其它分离株的LDH基因序列高度保守。     

SARS冠状病毒M基因的克隆及序列分析

目的克隆SARS冠状病毒(SARS-CoV)GD322株M基因,并进行序列分析。方法根据GenBank中公布的SARS冠状病毒Tor2株M基因序列,设计一对引物,用RT-PCR法从SARS-CoVGD322株基因组中扩增M基因片段。克隆至pET-32(a)载体,转化大肠杆菌BL-21后测序,利用DNAstar和ClustalX分析所测序列翻译的氨基酸与81株SARS-CoVM基因翻译的氨基酸序列的差异。结果该M基因与Tor2株M基因核苷酸同源性为99.86%;与已收集的81株SARS-CoVM基因所译氨基酸相比,和41株(占50.62%)M蛋白完全同源,37株(占45.68%)仅有一个氨基酸改变,同源性为99.55%,仅与3株(占3.70%)有2个氨基酸差异,同源性为99.10%。结论已获得具有代表性的SARS-CoVM基因重组质粒。     

人幽门螺杆菌热休克蛋白A编码基因的克隆及序列分析

目的：获取含人幽门螺杆菌(Hp)热休克蛋白A编码基因并构建其重组载体，进行核苷酸序列分析，为在E．coli BL21中表达，疫苗的开发奠定基础。方法：利用分子克隆技术从Hp DNA染色体中，扩增热休克蛋白A编码基因片段。将目的基因与pET32a( )同时经kpnI、BamHI双酶切、纯化、连接后。转化含有目的基因的重组载体，进行序列分析。结果：经酶切、测序分析表明，插入的基因片段为Hp热休克蛋白A编码基因，与GenBank的报道相比较，有1．4％的bp发生变异，1．6％的氨基酸残基改变。其同源性高达98％。结论：成功地克隆了Hp热休克蛋白A编码基因，为Hp蛋白质疫苗的研制和快速诊断试剂盒的开发奠定了良好的基础。     

人幽门螺杆菌UreB与Omp11双价疫苗载体的构建与鉴定

目的:构建含人幽门螺杆菌(H.pylori,Hp)郑州分离株MEL HP27 ureB-omp11融合基因的重组表达载体.方法:利用分子克隆技术,扩增Hp UreB、Omp11编码基因及融合基因ureB-omp11,将融合基因ureB-omp11与载体pET30a( )进行酶切、连接,然后转化并筛选含有目的基因的重组载体.结果:酶切、测序分析表明,插入的基因片段为Hp ureB-omp11融合基因,由2 280 bp组成.与GenBank报道的相比,核苷酸序列同源性为99.39%,氨基酸序列同源性为99.47%.结论:成功构建了MEL Hp27融合蛋白UreB-Omp11的双价疫苗重组载体,为Hp蛋白质疫苗和核酸疫苗的研制奠定了良好的基础.     

人幽门螺杆菌尿素酶B编码基因的克隆及序列分析

目的 获取含人幽门螺杆菌(Hp)尿素酶B编码基因并构建其原核表达的重组栽体，进行核甘酸序列分析，为在E．coli BL21中表达，疫苗的开发奠定基础。方法 利用分子克隆技术从Hp DNA染色体中，扩增尿素酶B编码基因片段。将目的基因与pET32a( )同时经SacI、Xhol双酶切、纯化、连接后，转化含有目的基因的重组载体，进行序列分析。结果 经酶切、测序分析表明，插入的基因片段为Hp尿素酶B编码基因，与GenBank公布的序列相比较，有l.8％的bp发生变异，0．35％的氨基酸残基改变，但同源性高达98％。结论 成功地克隆了Hp尿素酶B编码基因，为Hp蛋白质疫苗的研制和快速诊断试剂盒的开发奠定了良好的基础。     

弓形虫PRU株BSR4基因的体外扩增及生物信息学分析

目的:克隆弓形虫Prugniaud(PRU)株表面抗原BSR4基因,并进行序列测定和生物信息学分析.方法:根据BSR4基因已知序列(ME49株)设计合成一对引物,应用PCR技术从弓形虫PRU株基因组DNA中扩增BSR4基因,克隆入pET28a(+)载体并进行序列测定.用生物信息学方法对BSR4的理化性质、结构和功能进行...     

弓形虫三磷酸核苷水解酶基因的克隆与序列分析

目的：克隆并分析我国刚地弓形虫三磷酸核苷水解酶（NTPase）的编码基因。方法：采用聚合酶链反应（PCR）扩增弓形虫RH株的NTPase基因,克隆入pGEM-TEasy载体,转化后挑取阳性克隆进行酶切与测序鉴定,并对获得的NTPase基因及推导的氨基酸序列进行生物信息学分析。结果：PCR扩增得到特异的弓形虫NTPase基因序列,测序结果表明,获得的弓形虫NTPase-Ⅱ基因全长1812bp,编码的603个氨基酸与Genebank报道的氨基酸序列同源性为100%。经DNAStar预测NTPase-Ⅱ存在6个潜在抗原表位。结论：成功克隆出序列正确的弓形虫NTPase-Ⅱ基因,为其相关研究奠定了基础。     

GCF2基因片段原核表达载体的构建与鉴定

目的 构建肝癌相关抗原GCF2基因片断(323～1 234 bp)原核表达重组质粒.方法 提取人肝癌组织总RNA,通过反转录酶合成cDNA;根据GenBank公布的GCF2基因cDNA序列设计引物,利用RT-PCR法扩增出人GCF2基因片断(编号2-5a),将此片段连接在克隆载体pGEM-T上进行测序,通过酶切、连接将...     

人幽门螺杆菌26 000外膜蛋白与热休克蛋白双价疫苗的构建和表达及抗原性研究

目的构建含人幽门螺杆菌(Hp)热休克蛋白A(HspA)和26 000外膜蛋白(OMP)编码基因的重组载体,进行核苷酸序列分析,并在大肠杆菌BL21中表达,研究其抗原性,为疫苗的开发奠定基础.方法利用分子克隆技术从Hp DNA染色体中,扩增HspA编码基因片段,将目的基因HspA与载体pET32a(+)经kpnⅠ、BamH I 双酶切后,进行连接、测序;同时将重组载体pET32a(+)/HspA和pET32a(+)/Omp26分别经Hind Ⅲ、BamH I 双酶切, 通过凝胶电泳回收pET32a(+)/HspA和26 000 OMP DNA片段,经T4连接酶将HspA和26 000 OMP编码基因通过酶切粘端进行连接,而后转化并筛选含有两种目的基因的重组载体,并在大肠杆菌BL21(DE30)中表达,表达产物经纯化后,以western 印迹法检测其抗原性.结果经酶切、测序分析表明,插入的基因片段为Hp HspA和26 000外膜蛋白编码基因,由951bp组成,与GenBank报道的相比较,有1.15%的bp发生变异,1.26%的氨基酸残基改变;经SDS-PAGE分析发现,融合基因表达的蛋白相对分子质量(Mr)为59×103 ,其中pET32a(+)表达的蛋白Mr约为20×103,可溶性表达产物占全菌总蛋白的19.96 %;重组蛋白经含Ni2+琼脂糖树脂纯化后,其纯度达95%以上;western 印迹法检测显示,该重组蛋白可被Hp阳性患者的血清及抗26 000 OMP单克隆抗体所识别,具有良好的抗原性.结论成功地克隆并融合表达了Hp HspA和26 000 OMP,为Hp蛋白质疫苗和核酸疫苗的研制和快速诊断试剂盒的研究奠定了良好的基础.     

球形幽门螺杆菌vacA基因的克隆及序列测定

目的：克隆球形幽门螺杆菌(HpC)vacA基因全长片段，并进行序列分析。方法：采用亚抑菌浓度的抗生素作用，使幽门螺杆菌(Hp)标准株NCTC11637发生球形变异，收集球形Hp。从HpC基因组DNA中特异扩增出vacA基因片段，扩增的目的片段经纯化回收后克隆到pMD-18T中，转化人大肠杆菌JM109。阳性重组质粒用PCR及双酶切鉴定，并进行序列测定。结果：从HpC基因组DNA中扩增出3888bp的vacA基因，构建重组质粒pMD-18T-vacA，酶切产物的大小与预期相符。测序结果显示，HpC与已公布的HpvacA基因序列的同源性达99.8％。结论：成功地对HpC vacA基因进行体外扩增及构建原核重组质粒pMD-18T-vacA，并经酶切及序列分析所验证，证明HpC含有完整的vacA基因，其可能与Hp的致病性有关。     

弓形虫依钙蛋白激酶Calpain-like的克隆及生物学特性

目的克隆弓形虫RH株Calpain（依钙蛋白酶）-like基因，分析免疫生物学功能，筛选预防弓形虫感染的疫苗候选分子。方法利用人类、鼠类和其它寄生虫的Calpain基因同源性比较的保守区域合成混合引物，以弓形虫的RNA为模板，应用RT-PCR扩增弓形虫Calpain-like基因片段，扩增的片段通过TA克隆插入克隆载体pET32A，筛选阳性克隆进行双酶切鉴定和DNA序列分析，用克隆的基因片段制备特异性基因探针，经Northern blot技术证实弓形虫Calpain-like基因mRNA。结果RT-PCR扩增了316bp弓形虫Calpain-like基因，其DNA序列与日本血吸虫Calpain基因同一区域的同源性为70％，与计算机推测的弓形虫Calpain-like基因的同源性为100％。Northern blot显示了弓形虫Calpain-like基因mRNA的大小约6300bp。结论弓形虫RH株基因组中存在Calpain-like基因，Calpain-like基因在弓形虫RH株中高度表达。     

幽门螺杆菌临床菌株hpaA基因的克隆和表达及鉴定

目的：克隆幽门螺杆菌（Hp）hpaA基因，构建hpaA基因表达载体，鉴定其表达的融合蛋白免疫性。方法：采用高保真PCR从幽门螺杆菌临床分离菌株Y06中扩增hpaA基因，T-A克隆后测定核苷酸序列，构建pET32a的hpaA表达载体，在E.coli BL21DE3宿主菌中用不同浓度的IPTG诱导表达，采用Hp全菌抗体的Western blot和兔抗融合蛋白血清的免疫扩散试验鉴定其免疫性。结果：所克隆的hpaA基因与报道的相应核苷酸序列同源性为94.25％-97.32％，氨基酸序列同源性高达95.38％-98.46％。pET32a-hpaA-BL21DE3系统的HpaA融合蛋白表达量高达细菌总蛋白的40％左右。HpaA融合蛋白能与Hp全菌抗体发生结合反应，免疫家兔能获得高效价抗体。结论：本研究成功地构建了Hp hpaA高效表达系统，所表达的HpaA融合蛋白有良好的免疫原性和免疫反应性，可作为Hp疫苗的抗原。