应用六个STR基因座鉴定同胞关系

短串联重复序列(short tandem repeat,STR)以核心序列重复单位数目的变化构成遗传多态性.在众多的STR基因座中,以三碱基重复或四碱基重复的STR基因座突变率低、稳定性好,且遵循孟德尔共显性遗传方式,是群体遗传学和法医遗传学高信息基因座的丰富来源[1].     

应用六个STR基因座鉴定同胞关系

短串联重复序列（shor tandem repeat,STR）以核心序列重复单位数目的变化构成遗传多态性。在众多的STR基因座中,以三碱基重复或四碱基重复的STR基因座突变率低、稳定性好,且遵循孟德尔共显性遗传方式,是群体遗传学和法医遗传学高信息基因座的丰富来源[1]。本文参考有关文献[2-6],结合本实验室实验条件,筛选了6个STR座位进行扩增,并采用聚丙烯酰胺凝胶电泳及银染和（或）琼脂糖凝胶电泳EB染色进行带型分析,以多个同胞的STR片段长度等位片段,逆向推测其父母的相应四个位点,用于同胞间亲权鉴定。现报告如下。1 材料与方法     

江苏汉族群体15个STR基因座遗传多态性分析

目的分析15个短串联重复序列(STR)基因座在江苏汉族群体中的基因多态性和基因频率。方法取2010年-2011年来自江苏省的1000例无血缘关系的汉族个体。用Sinofiler 16荧光标记复合扩增系统15个STR位点进行扩增,自动基因分析仪片段分析并进行基因分型。结果累积STR等位基因共发现211个,其中罕见等位基因36个。基因型频率超过0.1的基因座型22个,其中D3S1358基因座的15/16等位基因型频率最高达到0.2225。杂合度达到了0.802±0.051,随机个体相同表型偶合率值为0.068±0.031,多态信息总量值为0.778±0.060,个体识别能力和非父排除率值分别为0.932±0.032和0.607±0.091。FGA、D12S391基因座在发生24次突变的11个基因座中有较高的突变率。结论通过大量的样本实验和等位基因频率总结,得到了江苏人群更多法医学亲权鉴定和个人识别等位基因多样性的客观数据。     

常染色体STR分型在同胞鉴定中的应用

目的研究常染色体STR基因座分型技术在同胞鉴定中的应用价值。方法采用24个STR基因座检测80对同胞个体和80对无关个体，ITO法计算同胞关系指数（PIFS）和同胞关系概率（wFS），分析两组的WFS值分布情况及每对个体等位基因全不同、全相同、半相同的基因座数，用Fisher＇s Exact Test方法比较后者的分布差异，并预测同胞与无关个体的界值。结果经X。检验，两组间24个STR位点基因型全相同与全不同的基因座数均存在显著性差异（P〈0．001），半相同的基因座数均无显著差异（P〉0．05）。结论选择24个STR基因座进行同胞鉴定具有一定的可行性，两个体24个STR基因座中全相同数≥8或全不同数≤3时，提示为同胞关系；全不同数≥9或全相同数≤1时，提示为无关个体。     

贵州水族22个STR基因座遗传多态性调查

目的 调查22个STR基因座在贵州水族人群中的群体遗传学数据,研究其在法医学中的应用价值.方法 应用PowerPlex(R) Fusion系统对124名贵州水族无关个体血样DNA进行PCR扩增,用ABI 3500型遗传分析仪进行毛细管电泳,GeneMapper ID-X软件进行基因分型,Modified-Powerstates进行统计分析.结果 获得22个STR基因座等位基因的频率分布与相关法医学参数,其中:各基因座H值介于0.573～0.884,DP值介于0.763～0.974,PE值介于0.260～0.763,PIC值介于0.52～0.87,累计个人识别率为1-33682×10-25,累计非父排除概率为0.999999994.结论 D3S1358等22个STR基因座在贵州水族人群中具有良好的遗传多态性和法医学应用价值.     

福建汉族人群9个STR基因座遗传多态性

目的调查福建汉族人群9个短串联重复序列（short tandem repeat,STR）基因座遗传多态性分布和群体遗传学数据。方法应用毛细管电泳技术和四色荧光复合扩增的方法 ,检测309名汉族无关个体的9个STR基因座基因型。结果 9个STR基因座的基因频率分布均符合Hardy-Weinberg平衡,所检测的9个STR遗传标记均具有高度多态性,杂合度（He）在0.828～0.887,个体识别力（PD）在0.923～0.971,非父排除率（PE）在0.653～0.768,多态信息量（PIC）在0.77～0.87。9个STR基因座的累积个体识别力和非父排除率分别达至0.9999999999996和0.9999912377402。结论 9个STR位点均有较高的遗传多态性,并有丰富的信息含量,适合作为福建汉族群体的遗传标记,可用于个体识别和亲权鉴定。     

福建汉族人群6个Y染色体STR基因座遗传多态性研究

目的对福建汉族人群中DYS393、DYS19、DYA389Ⅱ、DY$390、DYS391、DYS385等6个Y-STR基因座的等位基因及单倍型的分布进行调查。方法采用多重PCR和四色荧光自动化检测技术对212例无血缘关系的福建汉族个体6个Y-STR基因座进行检测。结果DYS393、DYS19、DYA389Ⅱ、DYS390、DYS391、DYS385基因座分别有6、5、6、4、4、38个等位基因或等位基因组，基因多样性（GD）分别为0．6131、0．6913、0．7381、0．6459、0．3829、0．9570，共发现153种单倍型，单倍型多样性（HD）为0．9921。结论6个Y-STR基因座在福建省汉族人群中均具有较高的遗传多态性，可应用于法医学个体识别和亲子鉴定。     

山西陵川地区汉族人群19个STR基因座遗传多态性调查及法医学应用

目的:通过对山西省陵川县汉族人群19个STR基因座的遗传多态性进行调查,为本地区人群的同一认定和亲权鉴定活动提供计算基础。方法:STR复合扩增选取Goldeneye 20A系统,扩增对象为随机选取的山西省陵川县汉族201份无关个体血样,扩增产物的电泳使用3130XL遗传分析仪,并利用Genemapper3.2软件分析电泳结果。统计201份无关个体血样19个STR基因座的法医遗传学参数。结果:19个STR基因座分别检出12、8、14、17、13、6、7、7、7、8、10、7、9、6、18、6、12、12、18个等位基因,计算出19个STR基因座的基因频率、杂合度期望值(He)、杂合度观察值(Ho)、个人识别能力(DP)、偶合率(PM)、非父排除率(PE)、多态信息总量(PIC)等法医遗传学参数,并得到Goldeneye 20A系统效能数据:累积个人识别率为1~8.11×10~(-23),累积非父排除率为0.999 999 988。结论:在山西陵川地区汉族人群中,Goldeneye 20A复合扩增系统19个STR基因座的识别能力和遗传多态性较高,为山西陵川地区区域性法医学个体识别和亲权鉴定提供强有力的基础数据支撑。     

河北中南部地区汉族群体15个STR基因座遗传多态性研究

目的 研究PowerplexTM 16荧光标记复合扩增系统的15个STR基因座在河北中南部地区汉族个体的多态性分布,建立河北中南部地区汉族群体的遗传学基础数据.方法 采用Chelex-100法应用PowerplexTM 16荧光标记复合扩增系统和ABI 3130遗传分析仪对25295例河北中南部地区汉族个体血样DNA进行检测,统计15个STR基因座的基因型分布、基因频率、杂合度(heterozygosity,Ho)、多态信息量(polymorphism information contents,PIC)、个体识别率(discrimination power,DP)、非父排除率(probability of paternity exclusion,PE)等群体遗传学参数,并进行Hand-y-Weinberg平衡检验.结果 15个基因座在群体中具有较高多态性,基因型分布均符合Handy-Weinberg平衡定律(P>0.05).共检测出293个等位基因,1364种基因型,基因频率在0.002%~51.58%之间,Ho在0.6206~0.9146之间,PIC在0.5610~0.8967之间;累积个人识别率为0.999999999999999996156,累积非父排除率为0.999999663.结论 PowerplexTM 16荧光标记复合扩增系统的15个STR基因座适合作为河北中南部汉族群体的遗传标记.     

基于紫外光谱-惩罚岭型线性判别对STR基因座分型研究

目的:结合紫外光谱(UV-s)和惩罚岭型线性判别(PRLDA)模式识别方法建立短串联重复序列(STR)的基因分型方法。方法:以D16S539基因座的9-9,12-13两种基因型为研究对象,研究包含该多态性位点的DNA片段的聚合酶链反应(PCR)扩增条件和紫外检测条件,建立标准化扩增条件和检测条件,以此获得基因分型的标准物及其标准UV-s。以标准光谱为识别变量,建立了9-9与12-13基因型的PRLDA判别模型。结果:所建立的PRLDA模型有较大的类间距和较小的类内距,表明模型具有良好的稳健性,且预测样本均分布在校正样本集的范围之内,对预测样本也表现出了极强的判别能力。结论:该方法不需任何检测前处理,而只需一步PCR扩增和UV-s检测即可实现STR的基因分型,具有简单、快速、低成本等优点。     

贵州苗族19个STR基因座遗传多态性研究

目的 调查19个常染色体STR基因座在贵州苗族人群中的等位基因分布,评估其在法医学中的应用价值.方法 应用GoldeneyeTM20A试剂盒对226名贵州苗族健康无关个体19个常染色体STR,用310型遗传分析仪进行毛细管电泳,GeneMapper进行基因分型.结果 得到19个常染色体STR基因座等位基因的频率分布与相关法医学参数,He值0.615 0～0.915 9,DP值0.752 1～0.982 1,PE值0.309 3～0.828 1,PIC值0.521 8～0.901 2,累计个体识别率是1-1.971 6×10-22,累计非父排除概率为0.999 999 95.结论 D19S433等19个常染色体STR基因座在贵州苗族人群中具有良好的遗传多态性,对民族群体遗传学和法医物证学研究极其有价值.     

中国汉族人群遗传性聋基因座位STR位点的遗传多态性研究

目的 研究中国汉族人群10个遗传性聋基因座位的短串连重复序列(STR)的遗传多态性。方法 应用PCR方法对10个位点进行扩增，变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离，记录基因型。采用PPAP软件计算正常人各STR位点等位片段频率、基因型频率、预期基因型频率、多态信息量(PIC)和Hardy-Weinberg平衡吻合性检验。结果 中国汉族人群D6S287、D8S1132、D13S1275、D15S130、D1S2726、D4S3038、D2S2380、D22S282、D14S1042、D7S529各位点分别检出10个、9个、8个、7个、7个、7个、6个、6个、6个及5个等位片段，多态性分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律。各位点PIC值分别为0．879、0．854、0．864、0．821、0．686、0．794、0．764、0．732、0．773、0．712；杂合度均高于0．7。结论 中国汉族人群10个位点STR均具有较高的杂合度和多态信息量，是较理想的遗传标记。     

福州地区汉族群体15个STR基因座遗传多态性研究

目的调查福建福州地区汉族群体遗传15个STR基因座多态性参数,同时评估AmpFlmSTR IdentifilerTM体系应用于该地区汉族人群进行法医学个体识别及亲子鉴定的价值。方法应用AmpFlmSTR IdentifilerTM体系荧光标记复合扩增系统检测350名福建福州地区汉族无关个体15个STR基因座的多态性,统计计算群体遗传学参数。结果 15个STR基因座的基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡(P0.05),发现4个稀有等位基因。15个STR遗传标记均具有高度多态性,杂合度0.12~0.405,匹配概率0.032~0.225,个体识别力0.775~0.968,多态性信息含量0.55~0.86,非父排除率0.285~0.761。结论 15个STR基因座在福建福州地区有较高的多态性。通过这份样本实验和等位基因频率总结,得到了福建福州人群更多法医学亲权鉴定和个人识别等位基因多样性的客观数据。     

短串联重复序列检测法用于同胞血缘关系鉴定

目的 探讨人类短串连重复序列（STR）基因位点检测技术应用于同胞亲缘关系鉴定的可靠性。方法 采集3名已知同胞与1名未知女性个体血样,提取DNA,常规PCR扩增,非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分离,银染显色分析。结果 得到具有排除价值的5个位点（D12S375,D8S1179,TH01,FGA和D21S11）,否定了未知个体与3名同胞同父同母兄妹的亲缘关系。结论 STR基因位点多、多态性高、分布广、灵敏度高、易检测,是法医学个体识别和亲子鉴定的主要技术手段,在同胞鉴定中有较强的适用性。     

16S rDNA序列分析法在注射剂微生物污染鉴定及溯源分析中的应用

目的 对一次注射剂无菌检查阳性结果进行溯源。方法 采用16S rDNA序列分析法对污染菌A1和污染调查中采集的16株葡萄球菌进行鉴定和同源性分析,并将分析结果用脉冲场凝胶电泳进行验证。结果 A1的鉴定结果为科氏葡萄球菌;科氏葡萄球菌科氏亚种菌株的核糖体16S亚基序列完全相同;结合PFGE分析显示A1来自无菌检查使用的隔离器污染。结论 制药企业可以使用16S rDNA序列分析法进行生产和检验中污染菌的鉴定和溯源,但对于与如科氏葡萄球菌科氏亚种一样核糖体16S亚基序列完全相同的菌株,需要结合其他同源性分析方法进行最终的判定。     

X染色体STR基因座在法医鉴定中的应用

目的通过探讨太原地区汉族人群位于X染色体上的短串联重复序列DXS6804的遗传多态性,分析X染色体STR基因座在法医鉴定中的利与弊,以促进X染色体STR基因座在法医学实践中的应用。方法随机抽取太原无血缘关系汉族个体静脉血500μL,采集50例两代家系血进行突变观察;采集同一例健康男性尸体的心脏、肝脏、肌肉组织等进行同一性测定。乙二胺四乙酸抗凝,酚-氯仿法提取DNA,聚合酶链反应扩增,8%非变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分型。基因座的等位基因频率采用直接计算法,与其他人群比较采用χ2检验。结果共检出5种不同的等位基因,基因多样性为0.7024。与不同地区及不同民族的等位基因频率分布进行了比较均有明显的差异。同一尸体血液,器官组织检测结果分型一致。50例两代家系观察未见突变。结论DXS6804基因座在太原地区汉族人群中有较好的多态性,X染色体STR基因座在法医鉴定中具有重要价值。     

成人睾丸中一种新的calpastatin同源蛋白的克隆和分析

目的:克隆人精子发生相关的基因.方法:使用人胚胎和成人睾丸cDNA探针与本室制作的人睾丸dDNA微阵列杂交,差异杂交的克隆进行序列测定和分析.结果:发现Calpastatin在睾丸中表达的一种新的同源蛋白,在睾丸中高度表达.结论:calpastatin在睾丸中是以一种新的同源蛋白形式表达,可能与精子发生相关.     

核酸杂交方法：测定与研究药物耐药基因扩散的应用

DNA-DNA 杂交法在生物学和医学方面应用的前景核酸杂交法是当代生物学最革命和公认的方法之一。它是建立在分子的单链互补生成双链杂交特性的基础上,杂交可以在溶液中或固体底垫如硝基纤维或尼龙膜上进行,在后一种情况下,需将 DNA 或消化及游离出核酸的细胞悬乳液固定在膜上,将双链的DNA 变性,生成的单链分子与膜共价结合。当加上 DNA 探针即标记的变性核酸分子时,则在有一定同源性的探针与固定在膜上的DNA 之间产生杂交。探针可以应用研究者感兴趣的基因或任何其它的 DNA 片段,以及基于已知核苷酸序列的 DNA 片段而合成的寡核苷酸。采用大小为10～40个核苷酸组成的合成寡核苷酸可以绝对准确地判断存在于生物材料中的必需基因或核苷酸都份。DNA 探针在不同医学和生物学领域得     

多位点序列分型技术在鲍曼不动杆菌同源性分析中的应用

目的 了解我院ICU病房鲍曼不动杆菌的分子流行特征,分析其基因同源性,为医院感染控制提供实验室依据.方法 收集暨南大学附属第一医院ICU病房分离的107株鲍曼不动杆菌,采用多位点序列分型(multilocus sequence typing,MLST)技术,PCR扩增gltA、gyrB、gdhB、recA、cpn60、gpi和rpoD 7个管家基因片段,测序结果与PubMLST数据库比对分析,利用eBURST软件绘制不同基因型之间的进化关系图.结果 107株鲍曼不动杆菌被分为4个基因型,分别是ST-136(31株)、ST-195(7株)、ST-208(58株)和一个新的基因型(11株),其中ST136、ST195和ST208基因型具有同源相关性.结论 我院ICU病房的鲍曼不动杆菌具有水平传播特征,多位点序列分型技术可用于临床鲍曼不动杆菌的基因分型.     

天津汉族群体D21S11、D21S1440和Penta D STR基因座遗传多态性的研究

目的:研究天津汉族群体21号染色体上D21S11、D21S1440和Penta D 3个短串联重复序列(STR)基因座遗传多态性,为唐氏综合征(DS)基因诊断和产前基因诊断提供实验依据.方法:收集天津无亲缘关系的汉族个体332例,定量荧光PCR(QF-PCR)扩增STR基因座,ABI PRISM 377测序仪检测PCR扩增产物.根据3个STR基因座的基因型分布进行Hardy-Weinberg平衡检验.计算3个STR基因座的基因型频率、观察杂合度(Ho)、多态信息量(PIC)、个体识别率(DP)、非父排除率(PE)等群体遗传学数据.结果:D21S11、D21S1440和Penta D 3个STR基因座分别检出6、4、8个等位基因,基因型分布均符合Hardy-Weinberg平衡定律.3个基因座的Ho分别为0.617、0.705、0.867,PIC分别为0.755、0.596、0.795,DP分别为0.916、0.794、0.931,PE分别为0.312、0.436、0.730.结论:D21S11、D21S1440和Penta D STR基因座在天津汉族群体杂合度高,是21号染色体良好的遗传标记,对DS的基因诊断有指导意义.