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1.
目的:应用网络药理学探究肾康栓治疗糖尿病肾病的药物作用机制。方法:通过TCMSP现有数据库查询肾康栓的活性成分及靶点,在GeneCards数据库查询糖尿病肾病的靶点,制作韦恩图得到二者共同靶点。利用Cytoscape3.9.1软件制作药物-活性成分-靶点-疾病网络,在String平台得到PPI网络并进行拓扑分析,利用Metascape平台做GO和KEGG富集分析。结果:肾康栓活性成分117个,活性成分靶点226个,糖尿病肾病靶点1 191个,二者交集靶点108个,918条成分与靶点相互作用。JUN、STAT3、AKT1、RELA、MAPK1为肾康栓治疗糖尿病肾病关键靶点,AGE-RAGE信号通路、PI3K-Akt信号通路、肿瘤信号通路等为重要通路。结论:肾康栓在多成分、多靶点、多通路的机制上治疗糖尿病肾病,为后续研究奠定理论基础。  相似文献   

2.
目的:基于网络药理学探讨健脾养血排毒方治疗慢性肾脏病(chronic kidney disease, CKD)的作用机制。方法:通过TCMSP数据库收集药物活性成分和潜在靶点,通过GeneCards和Disgenet数据库获取CKD靶点;利用软件Venny2.1获取药物-疾病交集靶点,采用STRING数据库构建PPI蛋白网络,并筛选核心靶点;通过DAVID数据库进行GO及KEGG富集分析,借助软件Cytoseape3.9.1构建活性成分-疾病-靶点-信号通路网络。结果:筛选得到健脾养血排毒方有效成分130种,主要为槲皮素、山柰酚、刺芒炳花素等,涉及257个靶点基因;疾病靶点1 817个,健脾养血排毒方-CKD交集靶点156个,经拓扑分析获得TNF、VEGFA、TP53等69个核心靶点;富集分析涉及PI3K-Akt、AGE-RAGE及MAPK信号通路。结论:本研究初步探析了健脾养血排毒方治疗CKD的活性成分、潜在靶点及信号通路,为其干预CKD的作用机制提供了理论依据。  相似文献   

3.
目的运用网络药理学的方法探究芪骨胶囊治疗绝经后骨质疏松症(postmenopausal osteoporosis,PMOP)的活性成分与潜在分子机制。方法从BATMAN-TCM数据库中获取芪骨胶囊的主要活性成分及其对应的靶点,在Gene Cards数据库和GEO数据库中筛选PMOP疾病靶点,将药物靶点与疾病靶点取交集,运用Cytoscape软件构建"药物-成分-靶点"网络图,同时将交集靶点导入String在线软件构建蛋白互作网络,筛选出核心靶点进行GO(gene ontology)生物过程及KEGG(Kyoto encyclopedia of genes and genomes)通路富集分析。结果筛选获得67个活性成分,核心活性成分包括24-羟基-11-脱氧甘草次酸、菊油环酮、β-谷甾醇、γ-谷甾醇等;获得交集靶点共57个,其中核心靶点有胰岛素(INS)、白介素-6(IL-6)、胰岛素样生长因子-1(IGF-1)等。核心靶点GO生物过程和KEGG通路富集分析结果显示,GO生物过程主要涉及女性怀孕、多细胞生物过程等,KEGG通路主要涉及雌激素信号通路、卵巢甾体生成、流体剪切应力与动脉粥样硬化、白细胞介素17信号通路等。结论对于芪骨胶囊治疗PMOP的作用机制可能与菊花、黄芪、肉苁蓉中的主要成分如α-蒎烯、菊油环酮、β-谷甾醇等有关,并可能通过雌激素、白细胞介素等信号通路作用于人体INS、IL-6、IGF-1等靶点发挥疗效。  相似文献   

4.
目的:应用网络药理学方法探讨黄芪-生地干预糖尿病肾脏疾病(diabetic kidney disease, DKD)的物质基础及作用机制。方法:应用TCMSP及TCMID数据库及结合相关文献筛选黄芪、生地药物成分,运用Swiss Target Prediction分析平台获取活性成分关键靶点,GeneCards数据库获取疾病靶点信息;利用韦恩图获取药物和疾病交集靶点,String数据库对交集靶点进行PPI分析;将交集靶点上传至Metascape数据库进行GO功能和KEGG通路富集分析,应用Cytoscape3.8.2软件构建“成分-靶点-信号通路”网络。结果:共查找符合筛选条件药物成分33个,活性药物靶点263个,疾病靶点756个,药物和疾病交集靶点67个,设定条件下,GO功能富集分析共得到53个条目,涉及分子功能、细胞组成及生物过程,KEGG富集分析筛选18条信号通路,关键靶点VEGFA、JUN、MET、EGFR、IGF等主要富集在肿瘤信号途径、c型凝集素受体信号通路、白介素17信号途径等相关信号通路。结论:黄芪-生地可通过多靶点、多途径干预DKD进展,预测中药潜在作用机制,为进一步...  相似文献   

5.
目的基于网络药理学方法探讨黄芪治疗骨质疏松症的潜在作用机制。方法通过TCMSP数据库进行黄芪潜在化学成分获取和靶点预测,运用GeneC ards及OMIM数据库预测筛选与骨质疏松症相关的基因,采用R软件进行药物靶点与疾病靶点映射匹配。通过Cytoscape软件进行药物-成分-靶点-疾病可视化网络建立,借助String数据库在线平台进行蛋白互作网络构建,采用DAVID数据库进行生物过程及通路注释。结果通过筛选共得到黄芪主要化合物20种,药物靶点218个,与骨质疏松症相关的靶点22个,主要影响转录因子活性、配受体活性、细胞因子活性、类固醇激素受体活性等生物过程,涉及类风湿关节炎通路、破骨细胞分化通路、IL-17因子通路、AGE-RAGE信号通路、雌激素通路等。结论研究结果证实黄芪具有多成分、多靶点、多过程的作用特征,不仅直接参与骨代谢,还间接通过消化系统、循环系统、内分泌系统等影响骨微环境,调节骨代谢,治疗骨质疏松症; Toll样受体信号通路、炎症性肠病、PI3K-Akt信号通路等与消化系统、脾脏相关通路的富集,可能是黄芪从脾治疗骨质疏松症的重要证据。  相似文献   

6.
目的 基于网络药理学探讨“山慈菇-半枝莲”药对治疗肝癌的有效靶点及作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库分析平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)数据库检索山慈菇和半枝莲活性成分和相关靶点,在genecards数据库和OMIM数据库获取肝癌相关疾病靶点。运用Cytoscape构建“药物-活性成分-靶点”网络,String数据库构建蛋白相互作用网络(protein-protein interaction,PPI),并通过网络拓扑分析筛选关键成分及核心靶点,最后通过R软件对肝癌靶基因进行GO功能分析和KEGG富集分析。结果 本研究筛选出“山慈菇-半枝莲”活性成分30个,肝癌靶点192个,涉及162个信号通路,进一步筛选得出核心化合物7个,核心靶基因6个,GO富集结果显示肝癌靶基因主要参与DNA转录和蛋白降解、炎症反应、免疫抑制以及血管的生成等生理功能。KEGG富集结果显示AGE-RAGE信号通路、乙型肝炎信号通路,IL-17、TNF、PI3K-Ak...  相似文献   

7.
目的 基于网络药理学研究方法挖掘穿心莲的活性成分和预测其治疗骨质疏松症的靶点,探究其抗骨质疏松症的分子机制。方法 在TCMSP数据库筛选穿心莲的活性化合物,通过PharmMapper反向对接获得药物作用预测靶点。从GeneCrads和CTD数据库搜索疾病靶点,建立药物-疾病靶标交互作用网络,筛选出穿心莲抗骨质疏松的特异性靶点,富集分析其信号通路。结果 检索到49种穿心莲的活性化合物,筛选出入血活性成分21种。获得206个药物作用预测靶点和与骨质疏松症发生发展相关的691个疾病靶点,通过药物-疾病靶标交互作用网络筛选出36个关键基因。富集分析结果显示穿心莲直接参与骨质疏松症发生发展的信号通路有Adherens junction、MAPK等。它还间接通过神经营养蛋白、VEGF、ErbB、Toll样受体、胰岛素等信号通路调节骨代谢。结论 穿心莲具有治疗骨质疏松症的药物潜能,其作用机制主要通过多靶点和多通路参与骨平衡的调控。  相似文献   

8.
目的 运用网络药理学方法探索中药威灵仙治疗癌性疼痛“药物成分-作用靶点-信号通路”的作用网络及其潜在调控机制。方法 采用中药系统药理学数据库网络平台(Traditional Chinese Medicine Systems Pharmacology Database and Analysis Platform,TCMSP)并结合研究报道筛选威灵仙的药物活性成分及作用靶点,通过人类基因信息网站(GeneCards)与在线数据库(Online Mendelian Inheritance in Man,OMIM)筛选出癌性疼痛的疾病靶点,对药物成分与疾病靶点进行匹配并构建“药物-成分-关键靶点-疾病”网络。构建靶蛋白互作网络,利用R语言绘制柱状图找出关键基因,进行基因Symbol与基因ID转换,并对“成分-疾病”的交集基因进行GO及KEGG通路富集分析。结果 本次研究筛选到威灵仙28种潜在有效成分,33个潜在作用靶点。通过生物信息学分析,主要通过胆碱能突触通路、神经活性受体配体相互作用通路、“细胞凋亡-多物种”通路等信号通路发挥治疗癌性疼痛的作用。结论 威灵仙中皂苷类、甾醇类、黄酮及多元酚类...  相似文献   

9.
目的通过网络药理学方法探讨三仙汤干预骨质疏松症(OP)的有效成分、作用靶点及信号通路等,从而明确其作用机制。方法应用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)检索获得三仙汤中3味药物的化学成分,通过Uniprot数据库,将已筛选出的靶点名称进行标准化。通过Genecards、OMIM数据库检索骨质疏松症的相关靶基因。将药物靶点与疾病靶点取交集,筛选得到疾病-药物成分共同靶蛋白在String网站构建蛋白-蛋白相互作用(PPI)网络模型。在Cytoscape软件中绘制药物、疾病、靶基因网络图,并进行基因GO功能和KEGG通路富集分析,探讨三仙汤治疗骨质疏松症的作用机制。结果通过数据库筛选得到三仙汤的28种有效成分以及与骨质疏松症相关的靶点127个,其中蛋白激酶、白介素6、血管内皮生长因子等基因为PPI网络中的核心基因; GO富集分析显示靶点主要影响核受体活性、转录因子活性、类固醇激素受体活性、细胞因子受体结合、蛋白质异二聚活性、血红素结合等生物过程;以及影响AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化通路、IL-17信号通路、前列腺癌通路、肿瘤坏死因子信号通路、乙型肝炎等信号通路。结论三仙汤中的有效成分通过关键信号通路作用于核心基因,影响细胞分化、凋亡、炎症、氧化应激等多种生物学过程发挥抗骨质疏松的作用,为其后续研究提供了科学依据。  相似文献   

10.
目的基于网络药理学探讨女贞子-淫羊藿中活性成分,通过筛选抗骨质疏松症(osteoporosis,OP)的活性靶点,完成“活性成分-靶点-通路”的图解,阐述女贞子-淫羊藿联合应用的分子调控机制及其配伍的科学性。方法女贞子和淫羊藿的活性成分使用中药系统药理数据库和分析平台(TCMSP)进行筛查,采用维恩图对其进行筛查,OP的活性靶点运用疾病靶点数据库进行筛选,将以上数据导入网络可视化软件Cytoscape 3.7.1进行整理,对有效靶点可以使用KEGG数据库进行信号通路富集分析。结果女贞子、淫羊藿活性成分根据药物相似性(DL)和口服生物利用度(OB)值检索出潜在活性成分共33个,及其相对应的227个潜在作用靶点;检索疾病靶点数据库得出与OP密切相关的靶点190个;KEGG通路富集分析,治疗OP的关键通路主要为破骨细胞分化通路、癌症途径等12条信号通路。结论女贞子-淫羊藿配伍的多成分在治疗OP方面具有多靶点、多通路的中医药特点。  相似文献   

11.
目的基于网络药理学研究方法挖掘穿心莲的活性成分和预测其治疗骨质疏松症的靶点,探究其抗骨质疏松症的分子机制。方法在TCMSP数据库筛选穿心莲的活性化合物,通过PharmMapper反向对接获得药物作用预测靶点。从Gene Crads和CTD数据库搜索疾病靶点,建立药物-疾病靶标交互作用网络,筛选出穿心莲抗骨质疏松的特异性靶点,富集分析其信号通路。结果检索到49种穿心莲的活性化合物,筛选出入血活性成分21种。获得206个药物作用预测靶点和与骨质疏松症发生发展相关的691个疾病靶点,通过药物-疾病靶标交互作用网络筛选出36个关键基因。富集分析结果显示穿心莲直接参与骨质疏松症发生发展的信号通路有Adherens junction、MAPK等。它还间接通过神经营养蛋白、VEGF、Erb B、Toll样受体、胰岛素等信号通路调节骨代谢。结论穿心莲具有治疗骨质疏松症的药物潜能,其作用机制主要通过多靶点和多通路参与骨平衡的调控。  相似文献   

12.
目的:运用网络药理学方法探讨知母-黄柏治疗糖尿病肾病的靶点和信号通路,分析其作用机制。方法:通过TCMSP数据库检索并收集知母和黄柏的候选活性成分及其对应的靶标。通过CTD、TTD、DrugBank、OMIM、GAD、PharmGKB等数据库搜索糖尿病肾病的相关靶点。运用STRING数据库构建蛋白互作网络,通过Cytoscape软件筛选出核心关键靶点。借助Metascape在线工具进行靶点的GO和KEGG通路富集分析。结果:共筛选15个知母、37个黄柏活性成分,92个知母、133个黄柏治疗糖尿病肾病的靶点,构建"药物-成分-靶点"网络。核心关键靶点通过调控炎症反应、氧化应激、晚期糖基化终末产物等相关通路发挥作用。结论:通过网络药理学方法初步揭示了知母-黄柏对糖尿病肾病具有多靶点、多通路的治疗作用,为后续的深入探究提供一定的思路。  相似文献   

13.
目的:通过网络药理学方法,研究大黄治疗慢性肾衰竭(CRF)的药效成分、作用靶点及相关通路,构建"成分-靶点-通路-疾病"网络,拟阐述大黄治疗慢性肾衰竭的作用机制。方法:通过TCMSP数据库和文献挖掘获取大黄活性成分,利用Pharmmapper、GeneCards等数据库筛选大黄治疗CRF的潜在靶点,使用Gephi软件构建"活性成分-靶点"网络。借助DAVID数据库对靶点进行GO分析和KEGG通路分析。结果:筛选得到大黄素、番泻苷D等16个大黄活性成分、大黄治疗CRF潜在靶点113个,靶点主要涉及信号转导、细胞增殖的正调控、凋亡过程的负调控、蛋白质结合等生物过程;大黄可能通过抑制PI3K/Akt、HIF-1等信号通路延缓CRF的进展。结论:大黄素等蒽醌类化合物可能是大黄治疗CRF的核心药效成分,可能主要通过PI3K/Akt、HIF-1等信号通路调控细胞凋亡、抑制细胞外基质合成、干预异常的脂质代谢以延缓CRF进展。  相似文献   

14.
目的通过网络药理学分析二仙汤防治骨质疏松症(osteoporosis,OP)的关键靶点,探讨二仙汤防治OP的可能机制及信号通路。方法检索中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP),筛选二仙汤的入血活性成分并预测其作用靶点;利用基因表达数据库(GEO)获取GSE56116基因芯片原始数据,分析二仙汤的治疗靶点;从疾病相关数据库检索已知OP致病基因;通过STRING和Cytoscape软件映射获得二仙汤治疗OP的关键靶点,建立关键靶点的蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络,并进行KEGG和GO富集分析揭示其可能的作用机制。结果通过检索TCMSP获得符合筛选标准的二仙汤活性成分84个,21个活性成分预测出145个作用靶点;通过R语言对基因芯片进行分析筛选出84个可能致病靶点,通过疾病相关数据平台获得691个OP相关致病靶点,利用STRING和Cytoscape构建PPI网络筛选出40个关键作用靶点和9个核心作用靶点。KEGG和GO分析结果显示,二仙汤治疗OP的关键靶点主要富集在RNA聚合酶II启动子对转录的正向调节、一氧化氮合酶等生物学进程,主要富集的信号通路为TNF信号通路、低氧诱导因子1信号通路和雌激素信号通路等。结论通过网络药理学方法阐释二仙汤可能通过TNF信号通路和HIF-1信号通路治疗OP,本研究为揭开中药复方治疗疾病的作用机制提供了科学的方法。  相似文献   

15.
目的:基于网络药理学探究沉香治疗缺氧性肾损伤的潜在机制。方法:通过TCMSP数据库筛取沉香活性组分及作用靶点;从GeneCards、OMIM、TTD、DrugBank数据库获取肾缺氧相关靶点,利用String平台构建PPI网络并挖掘潜在蛋白质功能模块。Metascape平台分析所涉及的生物过程及通路,Cytoscape 3.8.2软件构建“沉香成分—肾脏缺氧靶点—通路”网络,Autodock软件进行分子对接验证。结果:沉香改善肾脏缺氧的核心成分包括槲皮素、β-谷甾醇、6,7-二甲氧基-2-(苯乙基)色酮等,核心靶点有BAX、IL6、AKT1、BCL2、TP53等,对接结果中Affinity小于-5者占93.3%,提示靶点和成分间较好的结合活性。关键靶点主要富集于AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化通路、HIF-1信号通路以及p53信号通路等20个显著相关通路,涉及细胞凋亡、炎症反应、免疫调节、缺氧及氧化应激等100多个显著相关生物学过程。结论:本研究初步探析了沉香治疗缺氧性肾损伤的潜在机制,为沉香在肾脏疾病中的应用提供科学依据。  相似文献   

16.
目的:基于网络药理学和分子对接技术预测玉屏风散通过改善免疫功能治疗肾病综合征的分子作用机制。方法:通过TCMSP平台检索玉屏风散化学成分及对应靶蛋白;运用GeneCards数据库预测疾病靶点;利用可视化软件Cytoscape 3.8.0绘制中药-成分-靶点-疾病的可视化网络;将方药与疾病的交集靶点输入String数据库构建蛋白质-蛋白质相互作用(PPI)网络;借助R软件进行生物学信号功能通路富集分析;最后利用Pymol及AutoDock1.5.6软件对成分与靶点进行分子对接,进一步验证其结合性。结果:玉屏风散中含槲皮素、汉黄芩素、山奈酚、β-谷固醇和芒柄花黄素等185个活性成分,将方药靶点与疾病靶点映射后得到蛋白激酶(AKT1)、白细胞介素-6(IL-6)、血管内皮生长因子A(VEGFA)和胱天蛋白酶3(CASP3)等86个共同靶点,共涉及AGE-RAGE信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化通路、IL-17信号通路等224条信号通路。结论:玉屏风散治疗肾病综合征涉及多种黄酮类化合物,可能与AKT1、IL-6、VEGFA、CASP3等蛋白有关,并可能通过AGE-RAGE信号通路、流体剪切...  相似文献   

17.
目的利用网络药理学方法探索淫羊藿治疗糖皮质激素性骨质疏松症(glucocorticoid-induced osteoporosis,GIOP)的分子作用机制。方法运用中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)筛选淫羊藿的活性成分及相关靶点;运用Gene Cards数据库、OMIM数据库获取GIOP的疾病靶点;通过R语言将药物靶点与GIOP疾病靶点取交集;利用Cytoscape 3.7.0软件构建"淫羊藿-活性成分-GIOP靶点"网络;运用String数据库构建"淫羊藿-GIOP"共同靶点蛋白互作网络;运用R语言进行GO生物功能和KEGG通路富集分析。结果通过筛选获得淫羊藿的23个主要活性成分,一共涉及GIOP相关的65个靶点;槲皮素(quercetin)、山奈酚(kaempferol)、木犀草素(luteolin)和淫羊藿苷(anhydroicaritin)能与10个以上相关靶点连接,是淫羊藿治疗GIOP的主要成分;白细胞介素-6(IL-6)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、丝裂原激活蛋白激酶-8(MAPK8)、胱冬酶-3(CASP3)和雌激素受体-1(ESR1)是"淫羊藿-GIOP"共同靶点蛋白互作关系中连接次数最多的5个靶点,为核心靶点基因。结论淫羊藿有可能是通过前列腺癌信号通路、细胞凋亡信号通路、流体剪切应力与动脉粥样硬化信号通路、TNF信号通路和糖尿病并发症中AGE-RAGE信号通路等多个途径发挥治疗GIOP的作用。为后期的药效机制研究提供了新的思路和方向。  相似文献   

18.
目的:利用网络药理学研究方法预测通过数据挖掘获取的治疗血栓性浅静脉炎的新处方的作用机制。方法:利用TCMSP数据库挖掘新处方组成药物的入血成分及作用靶点,通过DisGeNET、GeneCards、OMIM等数据库筛选出血栓性浅静脉炎的相关靶点。运用Cytoscape软件构建新处方药物干预血栓性浅静脉炎的"药物-成分-靶点-疾病"网络,通过STRING数据库构建关键靶点相关作用网络并进行信号通路富集分析。结果:新处方药物的79种有效成分可能通过介导121条通路作用于101个核心靶点干预血栓性浅静脉炎。结论:新处方药物可能通过调控PTGS1、NCOA1、NCOA2等靶点,介导流体剪切应力与动脉粥样硬化、AGE-RAGE、p53、TNF-α等信号通路发挥抑制炎性反应、保护内皮细胞等药理作用,干预血栓性浅静脉炎。  相似文献   

19.
目的基于系统网络药理学方法探讨当归补血汤治疗骨质疏松(OP)的分子作用机制。方法通过TCMSP平台筛选当归补血汤主要化学成分、对应靶点及靶标基因,借助Gene Cards数据库获取OP已知的相关靶点,将药物靶基因映射到疾病靶基因获得当归补血汤作用于OP的预测靶点;利用Cytoscape 3.5.1软件构建有效活性化合物-疾病靶点网络图以及STRING数据库绘制PPI网络,最后借用R 3.6.3软件进行关键蛋白分析,GO功能分析和KEGG通路富集分析。结果获得当归补血汤有效活性化学成分共17个,关键成分7个,药物作用于疾病的交集靶点130个,关键靶点30个; GO功能分析揭示当归补血汤治疗OP涉及生物功能主要有核受体活性、配体转录因子活性、调控序列特异性DNA结合、类固醇激素受体活性、细胞因子受体结合、细胞因子活性等; KEGG富集结果显示与糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、IL-17信号通路、乙型肝炎、前列腺癌、TNF信号通路等密切相关。结论本研究体现当归补血汤能通过多成分、多靶点、多通路作用于OP,可能与其发挥抗氧化作用和雌激素样作用有关,可为下一步实验验证提供理论基础。  相似文献   

20.
目的:运用网络药理学技术研究黑骨藤治疗强直性脊柱炎的作用机制。方法:通过检索文献和TCMSP数据库获取黑骨藤的活性成分信息。疾病靶点基因由DISGENET数据库和GeneCards数据库获得,通过瑞士目标预测数据库预测药物成分靶点,借助cytoscape软件构建“中药-化合物-靶点”网络,使用STRING在线平台下载靶点相互作用数据,构建PPI蛋白相互作用网络,挖掘核心靶点;运用DAVID平台对所预测核心靶点网络中的蛋白进行GO功能富集分析、KEGG通路富集分析。最后将筛选出的主要活性成分与核心靶点在pymol、autotool等软件下完成分子对接。结果:筛选出黑骨藤12个有效成分及422个药物靶点,与强直性脊柱炎交集靶点71个,其主要成分有异丙基二烯酚、汉黄芩素、山奈酚等,核心靶点是STAT3、MAPK1、MAPK14、JAK2、JAK1等。GO功能和KEGG通路分析获得主要通路:参与生长激素信号通路JAK-STAT级联反应、JAK-STAT级联、STAT蛋白的酪氨酸磷酸化、Th17细胞分化、Th1和Th2细胞分化等。分子对接显示,成分与靶点都可有效结合,汉黄芩素与JAK1结构最优。...  相似文献   

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