柯萨奇病毒B5河南分离株全基因组序列测定及分析

目的:了解柯萨奇病毒B5( CoxB5)河南分离株全基因特征及与其他肠道病毒基因的关系.方法:采用RT-PCR扩增全基因,采用DNAStar中的SeqMan拼接所测序列,BioEdit进行同源性比较,Simplot进行相似度分析.结果:CoxB5/Henan/2010基因组全长7 401 bp.与原型株Faulkner...     

云南省3株柯萨奇病毒A组10型分离株全基因组序列分析

目的 分析手足口病相关的柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus A10,CV-A10)云南省分离株的基因组特征.方法 对云南省2009年和2015年3例手足口病患儿临床样本中分离到的3株CV-A10分离株A103/YN/CHN/2015、A72/YN/CHN/2015和R09191/YN/CH N/2009...     

2021年济宁市柯萨奇病毒A16型流行特点及全基因组特征

目的 了解济宁市2021年柯萨奇病毒A16型(CV-A16)流行特点和全基因组特征。方法 2021年1月至12月采集济宁市疑似手足口病患者粪便标本513份,进行CV-A16型病毒核酸检测和病毒分离,对分离的4株CV-A16进行全基因组测序和生物信息学分析。结果 共检出CV-A16型36例,阳性率为7.02%(36/513),其中7～9月阳性率最高。4株毒株VP1基因位于B1a和B1b两个进化分支。与原型株G-10(CAU05876)相比,4株毒株核苷酸和氨基酸同源性分别为77.5%～78.0%和94.7%～94.9%。4株毒株编码蛋白均发生多处氨基酸变异。结论 CV-A16是2021年引起济宁市手足口病的主要病原体之一,在济宁市流行的主要是B1a和B1b两个亚型,需要加强手足口病监测力度。     

四川省德阳市柯萨奇病毒A组5型基因特征分析

目的 分析四川省德阳市手足口病病例中的柯萨奇病毒A组5型（coxsackievirus A5,CVA5）的基因特征,为防控CVA5提供科学依据。方法 对德阳市2013—2021年手足口病监测中收集到的疑似病例咽拭子标本,采用实时荧光聚合酶链反应（real-timefluorogenicquantitativepolymerasechainreaction,Q-PCR）进行肠道病毒核酸检测,选择Q-PCR检测结果 CT值<30的非肠道病毒71型（EV-A71）/柯萨奇病毒A组16型（CVA16）的其他肠道病毒核酸阳性标本,分别进行VP4/VP2区和VP1区基因扩增和核苷酸测序,再用MEGA 7.0. 26软件构建CVA5系统进化树,分析其基因特征。结果 2013—2021年德阳市共收集手足口病疑似病例标本3 115份,经Q-PCR检测非EV-A71/CVA16的其他肠道病毒核酸阳性标本为1314份;选择其中的353份标本进行VP4/VP2区和VP1区核苷酸测序,在280份标本中检测出8种肠道病毒型别,其中10份为CVA5。德阳市10份CVA5标本之间,VP1区核苷酸序列相似性为91...     

青岛市7株柯萨奇病毒A4型分离株全基因特征分析

目的 了解7株青岛市CVA4病毒株的全基因组特征,探讨CVA4毒株的基因变异进化特征。方法 对人恶性胚胎横纹肌瘤细胞(human malignant embryonal rhabdomyoma cell, RD cell)培养分离得到的7株来源于青岛市手足口病普通病例的CVA4毒株进行全基因组序列扩增,应用BioEdit7.09、DNASTAR6.0、MEGA5.2和SimPlot序列分析软件对扩增产物进行拼接比对测序,并与从GenBank中选取的5株中国CVA4毒株进行比对。结果 7株青岛CVA4毒株基因组核苷酸数目为7 344～7 395 bp,与原型株AY421762.1HIGH POINT比较,在编码区无碱基插入和缺失。对7株毒株进行两两同源比对,结果显示7株青岛CVA4毒株全基因组序列核苷酸一致性为87.44%～97.79%,氨基酸同源性为97.17%～99.09%。基因重组分析结果显示,15FG936株与A2/P373/2013/China株存在基因重组,15FG1059株与CV-A6/40428/TKM/2011株存在基因重组,其他5株CVA4毒株未发现明显的重组。结论 ...     

中国大陆柯萨奇病毒A组16型全基因参照序列的初步建立和分析

目的建立中国大陆柯萨奇病毒A组16型(CoxA16)流行株的全基因参照序列。方法从GenBank中获得CoxA16中国大陆分离株的所有全基因序列和氨基酸序列,用DNAstar/MegAlign软件对所得序列进行多序列比对和进化分析,按照参照序列标准拟定CoxA16的全基因参照序列和氨基酸序列,并与参考序列进行比对分析。结果中国大陆分离的CoxA16毒株全基因序列共8株,分离于2005-2009年,其中2008年5株,广东省5株;通过序列比对获得了大陆CoxA16全基因和氨基酸参照序列;参考毒株间核苷酸序列同源性介于79.0%～98.8%,氨基酸序列同源性为94.3%～99.9%,与参照序列的核苷酸同源性为79.7%～97.0%,氨基酸同源性介于95.1%～99.5%之间,同源性最低的为2008年安徽阜阳的FY18株。结论比对分析了中国大陆CoxA16毒株全序列,成功建立了中国大陆CoxA16全基因和氨基酸参照序列。     

2019年云南省手足口病相关的柯萨奇病毒A组10型分离株的全基因组分析

目的 分析2019年云南省昆明市手足口病相关的2株柯萨奇病毒A组10型(coxsackievirus A10,CVA10)分离株3R3/YN/CHN/2019(简称3R3)和4R3/YN/CHN/2019(简称4R3)的基因组特征。方法 对云南省2019年2例手足口病患儿的临床样本中分离到的2株CVA10毒株进行全基因组序列测定。利用MEGA7.0.26、Geneious9.1.4和SimPlot3.5.1软件分析全基因序列。结果 3R3和4R3毒株的基因组全长均为7 413 nt,全基因组核苷酸和氨基酸序列相似性分别为97.5%和99.4%。与CVA10原型株AF081300/Kowalik/USA全基因组进行比对分析,核苷酸序列相似性均为79.6%,而氨基酸序列相似性分别为95.1%和95.3%;与其他中国大陆CVA10全基因组序列的核苷酸相似性为93.2%～98.2%,氨基酸相似性为98.5%～99.4%。进化分析发现,2株毒株与近年来中国大陆CVA10流行株同属F基因型,位于F3亚型,与分离株KF999764/JL12-51/CHN/2012的同源性最高,形成一个小分支。经Si...     

柯萨奇病毒A6致手足口病研究进展

近年来由柯萨奇病毒A6(CVA6)导致的手足口病在欧洲、北美和亚洲多个国家暴发流行,已快速上升为手足口病的主要致病原。临床症状显示,CVA6导致的手足口病患者表现为多部位的出疹甚至脱甲,成人感染和重症病例也有较多报道。分子流行病学显示,近年来流行的CVA6为新型变异株与其他型别的肠道病毒存在重组,可能是导致临床症状改变的潜在原因。     

江苏省2012年柯萨奇病毒A组16型基因特征分析

目的:了解江苏省2012年柯萨奇病毒A组16型(CA16)分离株VP1区基因特征?方法:选取江苏省2012年14株CA16病毒分离株,用1对特异性引物进行VP1区核苷酸序列扩增,对扩增产物进行测序,利用生物信息学软件对序列进行分析,结果与CA16参考株序列进行同源性比较并构建基因进化树?结果:14株CA16分离株VP1区核苷酸和氨基酸同源性分别为90.5%~100.0%和98.7%~100.0%,与CA16国际标准株G10的核苷酸和氨基酸同源性分别为75.5%~76.7%和91.6%~92.3%?江苏省2012年的CA16分离株全部属于B1基因亚型,同时包含B1a 和B1b 两条进化分支?结论:江苏省2012年有CA16病毒的B1a与B1b两种进化分支共同存在与循环,且呈现以B1b基因亚型为优势型别?B1a基因亚型为辅助型别的传播模式;无论是优势型别还是辅助型别,均各自呈现密切的亲缘关系?     

长沙地区成人不同人群柯萨奇B组病毒抗体水平研究

用免疫酶组化法对４６例病毒性心肌炎、１２１例各型肝炎患者及１０８名合格献血者进行抗柯萨奇Ｂ组病毒（ＣＶＢ）ＩｇＭ和抗ＣＶＢＩｇＧ抗体检测,并以倍比稀释进行抗体滴度测定。结果显示：心肌炎组的抗体阳性率明显高于另二组（Ｐ＜０．０１）;心肌炎组两种抗体的几何平均滴度亦明显高于另两组。提示长沙地区正常人群对ＣＶＢ普遍易感,大多数病毒性心肌炎可能与ＣＶＢ感染有关。     

2007-2008年北京地区CAl6VPl区系统进化分析

目的 了解2007-2008年北京地区柯萨奇病毒A组16型(Coxsaekievirus A16,CA16)流行情况及其种系进化规律和基因分型.方法 收集北京地区2007-2008年133例手足13病病例临床标本,从中筛选CAl6毒株,扩增部分毒株VP1区并进行序列测定和分析.结果 共筛选得到39例45份CA16阳性标本,测定其中16株病毒的VP1区核苷酸序列.其同源性为91.43%～98.65%,氨基酸ILd源性为97.98%～100%.该16株病毒与GenBank中选取的24株CA16参考株的核苷酸同源性为78.13%～98.65%,氨基酸同源性为89.9%～100%.16株北京分离株中的9株与近年多数中国大陆分离株形成进化树上亲缘关系较近的一群,其余7株与我国台湾及周边国家的一系列分离株亲缘关系较近.结论 CA16为北京地区手足口病的主要致病原之一,本地区毒株同源性较高,同GenBank中24株CA16参比毒株序列进行系统进化分析显示其属于B基因群,16株北京分离株在系统进化树七有分别归属于两支的趋势.     

2007-2008年北京地区CA16VP1区系统进化分析

目的 了解2007-2008年北京地区柯萨奇病毒A组16型(Coxsaekievirus A16,CA16)流行情况及其种系进化规律和基因分型.方法 收集北京地区2007-2008年133例手足13病病例临床标本,从中筛选CAl6毒株,扩增部分毒株VP1区并进行序列测定和分析.结果 共筛选得到39例45份CA16阳性标本,测定其中16株病毒的VP1区核苷酸序列.其同源性为91.43%～98.65%,氨基酸ILd源性为97.98%～100%.该16株病毒与GenBank中选取的24株CA16参考株的核苷酸同源性为78.13%～98.65%,氨基酸同源性为89.9%～100%.16株北京分离株中的9株与近年多数中国大陆分离株形成进化树上亲缘关系较近的一群,其余7株与我国台湾及周边国家的一系列分离株亲缘关系较近.结论 CA16为北京地区手足口病的主要致病原之一,本地区毒株同源性较高,同GenBank中24株CA16参比毒株序列进行系统进化分析显示其属于B基因群,16株北京分离株在系统进化树七有分别归属于两支的趋势.     

2010年天津市流行的肠道病毒71型和柯萨奇病毒A组16型VPl区域序列分析

【目的】研究2010年天津市手足口病患者中肠道病毒71型和柯萨奇病毒A组16型的VPl基因特征。【方法】采集60例天津地区2010年手足口病流行期间患儿的粪便标本,分别用EV71和CoxAl6的VPl区域引物对粪样中病毒RNA进行PCR检测。同时选取11株EV71扩增阳性和4株CoxAl6扩增阳性的样本,对其扩增产物的VPl区进行核苷酸序列测定,比照EV71和CoxAl6各基因型进行同源性分析,并构建系统发生树。【结果】从60例手足口病患儿粪便标本共检测出27例EV71阳性和4例CoxAl6阳性。经VPl区测序,11例EV71阳性与EV71C4基因型同源性94．4％～94．8％;4例CoxAl6阳性与CoxAl6C基因型同源性93．4％-94．7％。在系统发生树上,这11株EV71均属于EV71C基因型,与c4亚型属于同一分支;4株CoxAl6均属于CoxAl6的C基因型。【结论】2010年天津市手足口病患者粪便样本中检测出的EV71毒株属于EV71C4亚型,CoxAl6毒株属于CoxAl6C基因型。     

长沙市2007—2016年血吸虫病监测结果分析

目的 分析2007—2016年长沙市血吸虫病疫情状况和变化趋势,评估当前防治策略的实施效果,查找薄弱环节,为制定全市血吸虫病防治策略提供参考。方法 收集2007—2016年螺情监测、人群监测、家畜监测、防治措施等相关信息进行分析,对防治策略的实施效果进行评价。结果 2007—2016年长沙市有螺环境、钉螺面积、存栏耕牛数呈现下降趋势,2016年有螺环境、钉螺面积和存栏耕牛数分别较2007年相比下降93.07%、58.12%、43.70%,人群查病血检阳性率、粪检阳性率均处于较低水平,未发现感染性家畜,累计药物灭螺6 113.07 hm²、环改灭螺2 519.44 hm²、累计消灭钉螺面积641.03 hm²。结论 为实现2025年消除血吸虫病的目标,长沙市应继续坚持以传染源控制为主的防控策略,加大环改灭螺力度,强化巩固监测体系,继续做好重点人群查治病及健康教育工作。     

A new approach for sequencing virion genome of Chinese HIV-1 strains subtype B and BC from plasma

Background  Although it was widely accepted that full-length HIV genome sequences is important in studying virus genetic evolution and variation as well as developing vaccine candidate, to directly sequencing HIV-1 genome of virion RNA remains as a challenge worldwide. Up to date, no published genomic sequences from virion RNA are available for Chinese prevalent HIV-1 strains due to the absence of specialized protocol and appropriate lab equipments. In this study we developed a straightforward approach for amplifying and sequencing HIV virion RNA from plasma by modifying published protocols and further confirmed it is suitable to process Chinese samples.

Methods  The methods for viral RNA extraction and gene amplification was modified and optimized as could be widely used in most Chinese labs. Gene alignment of Chinese HIV-1 strains was employed for designing specialized primer sets for Thai-B and BC recombinant strains. Based on comprehensively consideration of high variable gene region and recombinant breakpoints in BC recombinant strains, a three-amplicon strategy (including 4.3-kb gag-pol, 2.9-kb pol-env and 2.7-kb env-nef) was developed. In addition, one amplicon (9 kb near full-length genome) was also used in 32 samples with varied viral loads. All amplicons were directly sequenced by DNA automated sequencer.

Results  Twenty-five percent (8/32) amplification efficiency was achieved by the one-amplicon strategy and 65.6% (21/32) by three-amplicon strategy. For one amplicon strategy, none of complete near full-length genome sequences was obtained by DNA sequencing. For three-amplicon strategy, 75% sequences were achieved in DNA sequencing. Amplification efficiency but not sequencing efficiency was closely associated with viral loads.  

Conclusion  Three-amplicon strategy covering all encoding regions of HIV-1 is suitable for Thai-B and BC recombinant strains and could be potentially employed in less-well equipped Chinese labs.

     

5-HT2A、5-HT6和APOE基因多态性与儿童孤独症的关联研究

目的 探讨儿童孤独症与5-羟色胺2A受体(5-HT2A)及5-羟色胺6受体(5-HT6)和载脂蛋白E(APOE)基因多态性之间的关系.方法 应用聚合酶链反应和限制性片段长度多态性技术检测符合ICD-10诊断标准的孤独症患儿(患者组)和他们的父母(对照组)的5-HT2A及5-HT6和APOE基因多态性,采用传递不平衡检验(TDT)方法进行儿童孤独症核心家系5-HT2A及5-HT6和APOE基因与孤独症的关联分析.结果 (1)孤独症组和父母对照组5-HT2A基因型频率和等位基因频率分布2组间的均差异无显著性(X2=0.849,P=0.654;X2=0.234,P=0.629);APOE基因型频率和等位基因频率分布2组间的均差异无显著性(X2=5.524,P=0.238;x2=0.312,P=0.856);5-HT6基因型频率和等位基因频率分布2组间的均差异无显著性(X2=1.423,P=0.491;X2=1.169,P=0.280).(2)传递不平衡检验(TDT)发现5-HT6发生传递不平衡,孤独症与5-HT6基因相连锁(P=0.04).结论 5-HT6基因与儿童孤独症存在关联,其周围可能存在孤独症的致病基因.