洋葱伯克霍尔德菌群3种检测方法的比较

目的 通过对环介导等温扩增(loop-mediated isothermal amplification,LAMP)、基于聚合酶链式扩增(polymerase chain reaction,PCR)的SYTO 9染料法及TaqMan探针实时荧光定量PCR法(简称TaqMan探针法)3种检测方法的比较,旨在建立一种能够快速、准确检测24株洋葱伯克霍尔德菌群的PCR方法。方法 根据NCBI数据库中24株洋葱伯克霍尔德菌的分子生物学信息,筛选出洋葱伯克霍尔德菌所特有的多个候选序列片段,设计能同时检出24株洋葱伯克霍尔德菌的特异性引物和探针,同时探索了LAMP法、基于PCR的SYTO 9染料法及Taqman探针法3种检测方法,优化筛选出最佳退火温度,并采用39株实验菌株对洋葱伯克霍尔德菌群检测方法开展了验证研究。结果 采用LAMP法无法实现对洋葱伯克霍尔德菌群的有效检出,采用SYTO 9染料法和TaqMan探针法可以实现对20多株洋葱伯克霍尔德菌群的有效检出,而TaqMan探针法扩增效率更高,检测灵敏度、重复性、稳定性更好,能够满足本研究的要求。结论 本研究建立了洋葱伯克霍尔德菌群的TaqMa...     

炭疽杆菌双重实时荧光PCR检测方法的建立

目的 建立同时检测炭疽杆菌capA基因、PA基因的双重实时定量荧光PCR方法,用于应对突发传染病疫情和流行病学调查、突发公共卫生事件应急处置的早期检测及防范生物恐怖威胁.方法 设计和合成分别针对炭疽杆菌capA基因、PA基因的引物对和荧光双标记探针,构建质粒标准品,通过优化探针、引物浓度、反应体系试剂组分等参数,建立可同时检测capA基因、PA基因的双重实时荧光PCR方法,测试方法的灵敏度和特异性,并在实战检测中应用.结果 双重实时荧光定量PCR的炭疽杆菌capA基因、PA基因检测的灵敏度分别可达到每反应5和50拷贝,并具有良好的特异性,在实战应用中亦经过考验.结论 双重实时荧光定量PCR技术具有可以同时筛查、经济、快速、特异性强等优点,在炭疽杆菌检测方面有良好应用价值.     

培养法与PCR法用于临床检测肺炎支原体的差异及药敏分析

目的 对比荧光定量PCR法与培养法临床检测肺炎支原体的差异,并进行相关药敏分析.方法 对我院198份临床呼吸道样本进行快速培养法与荧光定量PCR法的平行检测,对比两组检测结果,分析肺炎支原体对抗生素的耐药性.结果 培养法阳性检出率为22.73％,荧光定量PCR法阳性检出率为23.74％,两者差异不明显(P>0.05);抗生素耐药中以依托红霉素耐药性最高,耐药率高达37.78％.结论 培养法与PCR法临床检测肺炎支原体的检测结果相差不大,且培养法装备成本要显著低于PCR法,适合临床推广使用.     

人博卡病毒荧光定量PCR方法(TaqMan探针法)的建立及其在血液制品污染情况调查中的应用

目的 开发快捷方便的检测人博卡病毒（human bocavirus,HBoV）方法,并调查华南地区血液制品和原料血浆中的污染情况。方法 建立HBoV的TaqMan探针实时荧光定量PCR方法,并对相关血液制品企业提供的单人份血浆和原料血浆样品、人血白蛋白、静脉注射免疫球蛋白（intravenous immunoglobulin,IVIG）、人纤维蛋白原、人凝血因子Ⅷ及人纤维蛋白胶-人纤维蛋白原中HBoV的污染情况进行检测。结果 HBoV-DNA在原料血浆和人凝血因子Ⅷ样本中的检测率分别为5.2%和5.0%,但在其他血液制品中则没有检出。结论 本研究建立的基于TaqMan探针HBoV的实时荧光定量PCR方法可以很好地检测出原料血浆及血液制品中的HBoV,对于血液制品的病毒安全有重要意义。     

非小细胞肺癌表皮生长因子受体基因突变的结果分析

目的回顾性分析301例非小细胞肺癌(NSCLC)组织表皮生长因子受体(EGFR)基因突变检测结果,比较三种实验方法检查EGFR突变的差异。探讨肺癌临床靶向个体化治疗进行EGFR分子病理检查的最佳方法。方法应用聚合酶链反应(PCR)结合直接测序法检测171例肺癌DNA样本;TaqMan探针荧光定量PCR法检测88例肺癌DNA样本;扩增阻碍突变系统(ARMS)法检测42例肺癌DNA样本。结果 PCR直接测序法、TaqMan探针荧光定量PCR法、ARMS法的阳性总检出率分别是31.58%、27.27%、42.86%。结论 PCR直接测序法和TaqMan探针荧光定量PCR法阳性总检出率差异无统计学意义(P>0.05),ARMS法阳性总检出率高于PCR直接测序法和TaqMan探针荧光定量PCR法(P均<0.01)。对于不同来源的肺癌组织标本,不同方法检测EGFR突变具有各自的优点和不足。     

应用实时荧光PCR技术检测783例手足口病病原体的探讨

目的应用实时荧光PCR技术对临床783份样本进行分析探讨,拟建立一种特异、灵敏、快速的PCR方法检测肠道病毒核酸,应用于暴发疫情的实验室应急检测。方法应用广州达安生物有限公司提供的《肠道病毒7l核酸检测试剂盒（PCR一荧光探针法）》、《肠道病毒柯萨奇A16核酸检测试剂盒（PCR．荧光探针法）》,此试剂盒检测原理为：在肠道病毒基因的保守区设计特异性引物和TaqMan探针,采用RT．PCR一步法技术,检测样品中是否含有EV71或CAVl6RNA。结果应用实时荧光PCR技术对783例临床标本进行检测,其中肠道病毒71型（EV71）阳性187例;柯萨奇A16（CAVl6）阳性92例。标本类型包括：咽拭子716份;血清38份;大便19份;疱疹液10份;结论实时荧光PCR技术快速、不易污染、易操作,适合用于手足口病暴发疫情的实验室应急检测。     

多重PCR与恒温扩增芯片法在呼吸道病原体中的检测价值

目的 评估多重荧光定量PCR法在呼吸道病原体(包括铜绿假单胞菌、肺炎链球菌、金黄色葡萄球菌、肺炎克雷伯菌、结核分枝杆菌、流感嗜血杆菌)检测中的价值.方法 以恒温芯片法为参照检测方法,通过检测呼吸道病原体标准菌株以及临床样本,比较多重荧光定量PCR法和恒温芯片法的检出率.结果 与恒温芯片法相比多重荧光定量PCR法具有很高...     

实时定量聚合酶链反应结合Taqman荧光探针JCV-P检测肾移植受者JC病毒

目的建立肾移植受者尿液和外周血JC病毒(JCV)感染实时荧光定量聚合酶链反应(PCR)检测方法。方法针对JCV基因组设计特异性引物JCV-F和JCV-R,Taqman荧光探针JCV-P,探针的5′端标记有荧光基团,在除5′端外的任意一个位置上标记有淬灭基团;然后处理待测样本,进行PCR反应,建立重组质粒标准曲线,评价特异性、灵敏度、重复性。结果将检测阳性的扩增产物进行基因测序,测序结果经BLAST比对后证实JCV基因序列;利用上述方法对86份样本进行检测:20份JCV血清样本及20份JCV尿液样本检测均为阳性,有S型扩增曲线,动态范围测定显示103¹ 010拷贝/mL标准曲线具有良好的相关性;20份健康人尿液样本和20份血液样本及6份临床常见的其他病原体血液样本检测均为阴性,无S型扩增曲线。结论实时荧光定量PCR结合Taqman荧光探针JCV-P检测肾移植术后患者JCV方法可用于肾移植术后JCV感染的的早期诊断,对预防JCV感染造成的多瘤病毒相关性肾病(PVAN)和进行性多灶性脑白质病(PML)具有一定意义。     

伤寒、甲、乙、丙型副伤寒沙门菌多重荧光PCR方法的评估及临床应用

目的建立和评估多重荧光PCR方法快速鉴定伤寒、甲、乙、丙型副伤寒沙门菌的方法,并应用于临床血培养样品的检测。方法收集留取医院的可疑伤寒患者的血培养标本,用多重实时荧光PCR法和传统分离培养法同时进行分离鉴定,分析比较双盲实验结果,评价多重实时荧光PCR方法的灵敏度、特异度等检测性能指标。结果共检测临床样本538例,多重荧光PCR法检出阳性218例,比传统培养法多检出6例;阴性320例,与传统培养法一致。以传统检测方法为金标准,多重荧光PCR方法的灵敏度为100%,特异度为98.2%。结论建立的多重荧光PCR检测方法操作简便,可快速、特异、灵敏地检测出伤寒、甲、乙、丙型副伤寒沙门菌,可以应用于临床标本的早期快速分型诊断,提升重大传染病的应急处置能力和监测能力。     

两种核酸扩增检测方法用于病毒载体制品支原体检测的比较研究

目的  研究两种支原体快速检测方法在病毒载体制品中的适用性和影响因素。 方法  采用基于PCR技术的两种支原体核酸扩增检测方法,对分别表达Ⅱ型单纯疱疹病毒抗原gD和ICP27的重组仙台病毒载体疫苗（SeV-dF/HSV-2 gD、SeV-dF/HSV-2 ICP27）收获液及纯化液进行支原体检测,探究其的特异性和最低检测限,并对多个批次的收获液及纯化液进行测定。 结果  普通PCR法在对本制品病毒收获液检测时无明显PCR抑制现象,但对病毒纯化液检测时发生明显的PCR抑制,并且未能检出100 CFU/ml限度的口腔支原体和肺炎支原体。实时荧光定量PCR法在对本制品病毒收获液和纯化液的支原体检测中均无PCR抑制发生,且该方法对口腔支原体、肺炎支原体等多种支原体的检测灵敏度可达到10 CFU/ml,其中对口腔和肺炎支原体核酸拷贝数检测灵敏度可达到每毫升50基因组拷贝。 结论  实时荧光定量PCR法具有更高特异性和灵敏性,适用于作为质量内控方法快速检测病毒载体制品,及时发现支原体的污染,保证制品质量。     

实时荧光定量PCR检测ESBLs基因型方法的研究

目的:建立一种快速检测革兰阴性杆菌产超广谱β内酰胺酶(ESBLs )耐药基因分型的SYBR GREEN Ⅰ实时荧光定量PCR方法.方法:针对临床常见ESBLs的耐药基因SHV、TEM、 CTX-M、OXA及其同源性分析,设计了SHV、TEM 、CTX-M-1、CTX-M-2、CTX-M-8、CTX-M-9、OXA-1、OXA-2及OXA-10 共9对特异性引物,煮沸法提取DNA模板,建立并优化SYBR GREEN I实时荧光定量PCR反应体系,并对其精密度、线性范围进行测定.利用建立方法对51株表型阴性的多重耐药的大肠埃希菌、肺炎克雷伯菌进行ESBLs耐药基因检测,并与改良三维实验进行对比.结果:从39株ESBLs表型阳性菌株及51株ESBLs表型阴性多重耐药菌株中扩增出除OXA-2外共8种耐药基因型并经测序证实.线性检测范围3×10~3~3×10~8拷贝/mL , r ＝ -0.994 7 ;批间重复性试验变异系数(CV)为9.6%.荧光定量PCR方法与改良三维实验方法比较差异无统计学意义( χ2 = 1.125,P > 0.05).结论:SYBR GREEN Ⅰ实时荧光定量PCR检测ESBLs的耐药基因具有特异性强、灵敏度高、快速、简便的特点,适于临床监测革兰阴性杆菌产ESBLs 基因型.     

TaqMan~实时定量RT-PCR检测G3型轮状病毒VP7基因方法的建立

目的:建立一种检测G3型轮状病毒VP7基因的TaqMan实时定量RT-PCR方法。方法:设计轮状病毒VP7基因型特异性引物和探针,采用体外转录RNA为标准品,建立TaqMan实时定量RT-PCR方法。结果与结论:本检测方法快速、灵敏且重复性好,可以对107～101copies.μL-1轮状病毒VP7基因进行有效检测,为G3型轮状病毒的检测和定量提供了有用的工具。     

Detection of viable Salmonella in ice cream by TaqMan real-time polymerase chain reaction assay combining propidium monoazide

Real-time polymerase chain reaction (PCR) allows rapid detection of Salmonella in frozen dairy products, but it might cause a false positive detection result because it might amplify DNA from dead target cells as well. In this study, Salmonella-free frozen ice cream was initially inoculated with heat-killed Salmonella Typhimurium cells and stored at −18°C. Bacterial DNA extracted from the sample was amplified using TaqMan probe-based real-time PCR targeting the invA gene. Our results indicated that DNA from the dead cells remained stable in frozen ice cream for at least 20 days, and could produce fluorescence signal for real-time PCR as well. To overcome this limitation, propidium monoazide (PMA) was combined with real-time PCR. PMA treatment can effectively prevent PCR amplification from heat-killed Salmonella cells in frozen ice cream. The PMA real-time PCR assay can selectively detect viable Salmonella at as low as 10³ CFU/mL. Combining 18 hours of pre-enrichment with the assay allows for the detection of viable Salmonella at 10⁰ CFU/mL and avoiding the false-positive result of dead cells. The PMA real-time PCR assay provides an alternative specifically for detection of viable Salmonella in ice cream. However, when the PMA real-time PCR assay was evaluated in ice cream subjected to frozen storage, it obviously underestimated the contamination situation of viable Salmonella, which might lead to a false negative result. According to this result, the use of enrichment prior to PMA real-time PCR analysis remains as the more appropriate approach.     

改良多重实时荧光定量PCR检测流感A型和B型病毒

目的：建立改良多重实时荧光定量PCR体系快速检测流感A型和B型病毒。方法根据生物信息学分析结果选定流感A型和B型病毒的靶序列,建立MRT－PCR检测体系。构建质粒标准品,评估所建立体系的灵敏度、特异性和重复性。结果成功建立了基于同源加尾系统和Taqman－分子灯标探针的改良多重实时荧光定量PCR检测体系;该方法最低检测限为102 copies／μl,特异性良好,重复性良好,变异系数（CV）为0．99％～2．50％。结论建立了快速、敏感、特异、稳定地改良多重实时荧光定量PCR（ MRT－PCR）检测体系,具有良好的临床应用前景。     

双重实时荧光定量 PCR 检测人维生素 D 受体的方法学构建

目的 建立单管检测人维生素 D 受体（VDR）及甘油醛-3-磷酸脱氢酶（GAPDH）基因的双重实时荧光定量聚合酶链反应 （dual real-time PCR） 的方法。方法 以 GAPDH 基因为内参, 采用 Primer Premier 5.0 软件设计特异性引物及 TaqMan 探针, 进行 PCR 扩增检测 VDR 基因。将 VDR 及 GAPDH 扩增产物片段纯化后克隆构建成重组质粒, 作为定量检测基因表达的标准品, 并用于分析该方法的灵敏度和重复性。结果 PCR 扩增产物经测序分析证实为 VDR 及 GAPDH 特异性片段; 该方法检测 VDR 与 GAPDH 灵敏度达 40 拷贝/μL; 线性范围为 4.00×101～4.00×105 拷贝/μL; 决定系数 R2分别为 0.998、 0.999; 扩增效率 E 分别为 96.10%、 85.15%; 批内变异系数（CV）分别为 0.09%~ 1.21%、 0.35%~0.88%; 批间 CV 分别为 0.17%~0.51%、 0.51%~2.46%。结论 成功建立了单管检测人 VDR 及 GAPDH 的双重实时荧光定量 PCR 方法, 且该方法特异性好、 灵敏度高、 可快速高通量检测 VDR 的相对表达量, 有效缩短时间, 减小实验误差。     

婴儿健脾散中川贝母荧光PCR检测方法的建立及应用

目的 探讨双重实时荧光PCR检测方法对婴儿健脾散中川贝母成分真伪鉴别的可行性。 方法 使用特异性Taqman引物和探针建立双重荧光PCR检测法，对川贝母及其常见伪品进行鉴别，并对其灵敏度、特异性和自制模拟婴儿健脾散处方进行评估。进一步使用该方法对市场流通的婴儿健脾散中的川贝母真伪进行检测。结果 建立的双重实时荧光PCR检测方法特异性高，灵敏度达0.0001ng/μL；对49批婴儿健脾散样品抽查检出6批不合格，其中2批未检出贝母属成分，4批检出贝母属成分但未检出川贝母成分。结论 本双重实时荧光PCR法可成功鉴定婴儿健脾散中川贝母的真伪，可为含川贝母成分复方制剂的川贝母真伪鉴别提供依据。     

实时荧光定量PCR检测人apoM方法的构建

目的 建立检测人载脂蛋白M(apoM)的实时荧光定量PCR技术.方法 采用Primer Express Versions 2.0设计引物及TaqMan探针,检测apoM基因.将扩增的apoM基因片段纯化后与pMD19-T载体连接,克隆构建含apoM基因片段的重组质粒,作为定量检测apoM基因表达的标准品.结果 PCR扩增产物经测序分析证实为apoM特异性片段.本法灵敏度为40 copies/μl,线性范围为4.00×10~1～4.00×10~8copies/μl,相关系数为1.000,扩增效率E为90.5%,批间变异系数为6.38%～17.9%.结论 成功建立了检测人apoM的实时荧光定量PCR方法,且该方法特异性好,灵敏度高.     

关于中成药水蜜丸制剂掺伪米粉监管方法的研究

目的： 为了解决中成药水蜜丸掺伪米粉无检测方法的问题,引入普通PCR方法和荧光探针PCR 方法并制定相应新标准,以完善中成药掺伪检测的监管体系。方法：以通宣理肺丸为例,着重介绍引入PCR方法在完善中成药米粉掺伪检测体系中发挥的新作用。方法通过优化样品前处理和DNA提取过程,采用生物信息学分析和试验验证对检索得到的引物和探针特异性进行评估,并对2种方法的特异性、检出限、精密度和重复性进行考察和比较,对市售样品进行筛查。结果：试验通过评估DNA分子提取质量,选定了天根DNA提取试剂盒;建立了普通PCR方法和荧光探针PCR方法,并获得了适合于本研究的特异性引物和探针;2种PCR方法的检出限均为1 g·Kg^-1;普通PCR方法精密度和重复性良好,荧光探针PCR方法的精密度RSD为1.56%(Ct值=29.74),重复性RSD为1.98%(Ct值=29.88)。 试验对3个厂家9批次样品进行筛选,结果表明6批次A厂家的样品掺入了米粉。PCR产物经过克隆测序后,与NCBI数据库比对,确认为水稻(Oryza sativa L.)。根据不同PCR检测方法的特点,通过参考其他行业标准,首次制定了中成药掺伪米粉的PCR检验检测标准。结论：建立了水蜜丸中普通PCR和荧光探针PCR掺伪检测方法并制定相应检测标准,通过新方法和新标准的建立,弥补了掺伪检测在监管中的漏洞,完善了中成药监管的标准化体系。