基于网络药理学与分子对接探讨小儿豉翘清热颗粒治疗甲型流感的作用机制

目的 探讨小儿豉翘清热颗粒治疗甲型流感的网络药理学的作用机制。方法：运用TCMSP数据库筛选药物成分及靶点,并借助GeneCards、OMIM、TTD、PharmGkb数据库检索疾病靶点,利用Cytoscape 3.9.1构建“药物-活性成分-靶点”网络图,借助STRING构建蛋白互作网络图,筛选出核心靶点,通过DAVID数据库进行基因本体（GO）富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）富集分析,借助AutoDockTool运算分子对接结合能。结果 筛选出245种药物活性成分,269个药物靶点,2 045个疾病靶点,交集靶点131个。确定槲皮素、山柰酚、木犀草素、β-谷甾醇、豆甾醇、黄芩素、汉黄芩素、柚皮素为药物的关键成分,确定核心靶点为蛋白激酶B1（AKT1）、肿瘤坏死因子（TNF）、TP53、白细胞介素-6（IL-6）、IL-1B、血管内皮生长因子A（VEGFA）、信号转导和转录激活因子3（STAT3）、胱天蛋白酶3（CASP3）。分子对接结果显示各活性成分与潜在靶点结合能力良好。结论 小儿豉翘清热颗粒作用机制复杂,可能与Toll样受体信号通路相关,可通过联合多靶点、多通路、多效应达到治疗甲型流感的作用。     

小儿清解防感颗粒防治甲型流感的网络药理学研究

目的:揭示小儿清解防感颗粒防治甲型流感(甲流)的活性成分、靶点信息及作用机制。方法:通过中药系统药理学数据库与分析平台(TCMSP)等数据库筛选小儿清解防感颗粒的潜在活性成分,利用PubChem和Swiss Target Prediction预测潜在靶点,并与GeneCards等数据库收集的甲流基因映射;String数据库构建蛋白互作网络,Cytoscape 3.7.2软件构建药物-活性成分-核心靶点-疾病网络,Metascape进行KEGG通路富集分析;Autodock Vina和Pymol软件进行分子对接及可视化。结果:木犀草素等158种活性成分作用于AKT1等321个靶点,进而调控甲流202条信号通路。与奥司他韦相比,木犀草素等与NS1蛋白有更强的结合力。结论:小儿清解防感颗粒可能是通过参与直接抗甲流病毒、调节免疫和抑制炎症反应等生物过程对甲流发挥防治作用的。     

结合网络药理学和分子对接探讨小儿消积止咳口服液治疗支原体肺炎的物质基础和潜在机制

目的 用网络药理学和分子对接的分析方法 ,探讨小儿消积止咳口服液治疗小儿支原体肺炎的功效网络与作用机制。方法 通过化学成分分析文献,获取小儿消积止咳口服液的主要有效成分,通过SwissTargetPrediction数据库预测活性成分的潜在靶点。支原体肺炎相关靶点来自GeneCards和Disgenet数据库。筛选出疾病和成分的交集靶点,通过STRING和Cytoscape软件分析了共享靶点之间的蛋白质相互作用关系。利用DAVID数据库进行京都基因与基因组百科全书（KEGG）和基因本体论（GO）功能富集分析。通过分子对接技术,评估活性成分与核心靶点的结合活性。结果 共筛选得到小儿消积止咳口服液活性成分101个和813个成分的靶点,与306个支原体肺炎相关的靶点取交集,得到67个靶点。GO富集分析显示,相关靶点参与细胞凋亡、炎症、外来刺激等生物学过程发挥作用。KEGG富集分析显示,小儿消积止咳口服液治疗支原体肺炎的机制可能与肿瘤坏死因子（TNF）、磷脂酰肌醇-3-激酶-蛋白激酶B(PI3K-Akt)、乙型肝炎、细胞凋亡等信号通路有关。通过蛋白质相互作用（PPI）网络筛选出8个核心靶点,其...     

基于网络药理学和分子对接探讨金莲花抗流感病毒作用机制

目的 采用网络药理学和分子对接的方式探究金莲花抗流感病毒的关键活性成分和潜在作用机制。方法 从TCMSP数据库和文献中检索主要成分,通过SwissTargetPrediction数据库预测潜在靶点;以Influenza为关键词在Genecard和DisGeNET数据库检索疾病靶点;利用Venny2.1.0获取交集靶点,并采用Cytoscape3.7.2软件构建“药物-成分-靶点-疾病网络”;此外利用String平台进行PPI分析,DAVID数据库进行GO分析和KEGG分析;利用Sybyl-X软件进行分子对接验证。结果 一共筛选了18个活性成分其中β-谷甾醇、柳穿鱼黄素、原金莲酸、槲皮素、芹菜素为关键成分,筛选得到10个关键靶点;GO分析结果主要与炎症反应生物过程相关,KEGG通路富集分析显示主要作用机制可能与TNF信号通路、HIF-1信号通路、Toll样信号通路有关。结论 金莲花治疗流感具“多成分-多靶点-多通路”协同调节的特点,为进一步研究金莲花抗击流感病毒的作用机制提供了一定的理论支撑,也为后续研究拓宽了思路。     

基于网络药理学和分子对接分析人参固本口服液的物质基础和机制研究

目的 利用网络药理学探讨人参固本口服液物质基础,预测其作用靶点和机制.方法 通过文献、中药系统药理学分析平台得到人参固本口服液的化学成分和作用靶点.构建其中药-成分-靶点的网络,通过String数据库构建蛋白互作网络.通过Metascape数据库进行功能富集分析和通路分析,预测其作用机制.采用AutoDock Vina...     

基于网络药理学与分子对接探讨黄芪治疗溃疡性结肠炎的作用机制

目的:预测黄芪对溃疡性结肠炎(UC)的可能作用靶点与机制,为临床应用黄芪治疗UC的后续研究提供参考.方法:经中药系统药理学分析平台数据库(TCMSP)和UniProt KB数据库检索黄芪的活性成分及其对应靶点基因,经Gene Cards数据库检索UC疾病相关靶点基因,借助Venny 2.1.0在线作图工具获取黄芪与UC...     

基于网络药理学和分子对接技术探讨杞贞滋阴合剂治疗性腺功能减退症的作用机制

目的 应用网络药理学研究杞贞滋阴合剂治疗性腺功能减退症的作用机制。方法 检索中药系统药理学数据库与分析平台（TCMSP） 、中药综合数据库（TCMID）、药物成分靶标数据库（HIT）获取杞贞滋阴合剂的化学成分，从蛋白质-化学相互作用网络数据库（STITCH）中收集候选化合物的相关靶点。利用 GeneCards和DisGeNet数据库对性腺功能减退症的疾病基因进行映射，获得杞贞滋阴合剂治疗性腺功能减退症的潜在靶点。通过蛋白互作平台数据库（STRING）构建作用靶点之间的互作关系（PPI），将其导入 Cytoscap 软件构建 PPI 网络图。最后，通过对靶点基因进行GO、KEGG富集分析和分子对接，分析杞贞滋阴合剂治疗性腺功能减退症的作用机制。结果 共获得148种疾病与药物交集化合物、96个疾病与药物交集靶点、1085个疾病靶点；其中，与疾病相关的成分有槲皮素、山柰酚、木犀草素等；通过GO富集分析共得到生物过程（BP）1792条、细胞组成（CC）31条、分子功能（MF）79条；通过KEGG富集分析得到FOXO通路、前列腺癌症通路、糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、HIF-1通路等；通过分子对接显示，LEP与山柰酚的结合力最好也最稳定。结论 杞贞滋阴合剂的活性成分可能是通过改善胰岛素抵抗和Leydig细胞睾酮合成酶表达来发挥治疗性腺功能减退症的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨黄芪治疗卵巢癌的作用机制

目的 采用网络药理学方法和分子对接技术探讨黄芪治疗卵巢癌的可能机制。方法 利用靶点预测平台TCMSP数据库和PubChem数据库并结合文献,筛选黄芪活性成分及靶点;利用OMIM数据库和GeneCards数据库获取卵巢癌相关靶点;利用Cytoscape 3.7.1软件和String数据库绘制“黄芪活性成分-交集靶点”网络图和蛋白互作图。利用Metascape数据库对交集靶点进行GO富集分析和KEGG通路富集分析。利用Autodock Vina 1.2.2进行关键成分和核心靶点的分子对接。结果 获取到黄芪潜在活性成分19种,作用于109个潜在靶点,涉及5829个GO条目和238条信号通路。分子对接结果显示,关键成分与核心靶点结合较好。结论 本研究初步揭示了黄芪治疗卵巢癌的关键成分、核心靶点和主要生物学过程和信号通路,为进一步实验研究提供一定参考。     

基于网络药理学和分子对接探讨厚朴排气合剂治疗慢性便秘潜在作用机制

目的 通过网络药理学和分子对接技术对厚朴排气合剂治疗慢性便秘的潜在作用机制进行研究。方法 通过TCMSP数据库及文献补充获得厚朴排气合剂活性成分及作用靶点,OMIM、GeneCards、TTD、DrugBank数据库检索慢性便秘疾病靶点,将成分靶点及疾病靶点取交集后获得潜在靶点。采用Metascape数据库,以P<0.05为筛选条件,进行基因本体（GO）功能及京都基因和基因组百科全书（KEGG）分析,并利用Autodock软件对关键作用靶点和活性成分进行分子对接。结果共获得56种活性成分,厚朴排气合剂治疗慢性便秘共有217个靶点,其中关键靶点为蛋白激酶B1(Akt1)、肿瘤蛋白p53(TP53)、白细胞介素-6(IL-6)、半胱氨酸蛋白水解酶3(CASP3)、血管内皮生长因子A(VEGFA)、转录因子AP-1(JUN)、白细胞介素-1B(IL-1B)、MYC、表皮生长因子受体（EGFR）、丝裂原激活的蛋白激酶3(MAPK3)等。生物过程有5 880条富集结果,分子功能有1083条富集结果,细胞组成有540条富集结果;KEGG通路主要包括癌症相关通路、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）...     

基于分子对接和网络药理学的大麻治疗帕金森病的作用机制研究

利用网络药理学和分子对接技术方法,探究大麻治疗帕金森病(Parkinson disease,PD)的主要活性成分、潜在靶点和作用机理.通过检索Pubmed、CNKI、TCMSP、SwissADME等数据库获取并筛选大麻活性成分,成分录入Swiss Target Prediction和Targetnet数据库预测相关作用...     

基于网络药理学与分子对接技术对清开灵干预病毒性感冒的作用机制研究

目的 探索清开灵干预病毒性感冒的潜在作用机制,为其临床用药提供理论指导。方法 通过TCMSP、TCMID和Pubchem数据库获得清开灵的活性成分及作用靶点;通过GeneCards数据库获取病毒性感冒的相关靶点,并采用交集法筛选出与清开灵活性成分作用的共同靶点,运用Cytoscape构建“活性成分-靶点”网络,并通过String数据库构建PPI网络;通过Bioconductor数据库进行KEGG通路和GO功能富集分析,运用R软件将结果进行可视化;采用Auto Dock Tools进行分子对接研究。结果 从清开灵中共筛选出潜在活性成分90个,对应靶点225个;PPI网络分析获得清开灵干预病毒性感冒的关键作用靶点34个;GO及KEGG富集分析得出：清开灵干预病毒性感冒的作用机制主要与抗炎、抗病毒有关;分子对接结果显示：清开灵中胆酸、猪去氧胆酸、黄芩苷与RELA和JUN具有一定的亲合力。结论 清开灵含有的活性成分可作用于JUN、RELA、MAPK1、IL-6、AKT1等靶点,调节多条信号通路,从而发挥对病毒性感冒的干预作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨心可舒片治疗高血压的作用机制

目的 基于网络药理学方法和分子对接技术探究心可舒片治疗高血压的作用机制。方法 利用TCMSP、HERB、ETCM数据库和Swiss Target Prediction平台检索心可舒片的活性成分及作用靶点;通过OMIM、Gene Cards、TTD和DrugBank数据库获取高血压的相关靶点。筛选出药物与疾病的交集靶点,通过Cytoscape 3.7.2软件和STRING数据库分别构建“中药–活性成分–靶点–疾病”及蛋白相互作用(PPI)网络并筛选出关键活性成分和核心靶点。运用DAVID数据库进行基因本体(GO)及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析,利用AutoDockTools软件进行分子对接验证。结果 共获得心可舒片活性成分147个,药物与疾病的交集靶点262个。心可舒片治疗高血压的关键活性成分为丹参醇A、香紫苏醇、三裂鼠尾草素等;核心靶点为原癌基因酪氨酸蛋白激酶Src(SRC)、肿瘤坏死因子(TNF)、信号转导和转录激活因子3(STAT3)等。GO富集分析涉及238个生物学过程,41个细胞组分,81个分子功能。KEGG富集分析涉及131条信号通路,包括钙信号通路、神经...     

基于网络药理学和分子对接技术探究脾积丸治疗胰腺癌的分子机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探究脾积丸治疗胰腺癌的潜在通路与物质基础。方法 以口服生物利用度（OB）≥30%与类药性（DL）≥0.18为筛选条件,在中药系统药理学平台（TCMSP）数据库获取脾积丸主要活性成分及关键靶点,利用GeneCards、OMIM、PharmGkb和TDD数据库获得胰腺癌主要靶点;绘制Venn图,构建主要成分–关键靶点网络图,绘制蛋白互作（PPI）网络;进行基因本体（GO）功能及京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,最后以分子对接来验证所得靶点。结果 筛选得到32个活性成分,预测获得210个靶点,核心基因17个;脾积丸治疗胰腺癌的活性成分是槲皮素、山柰酚、柚皮素、芒柄花黄素、川陈皮素。GO功能富集分析得到生物过程（BP）2 409个、细胞组成（CC）91个、分子功能（MF）14个;KEGG通路富集分析获得179条通路。核心成分与主要核心靶点有一定的结合活性,其中槲皮素与HIF1A靶点对接活性最好。结论 脾积丸可通过多成分、多靶点和多通路发挥治疗胰腺癌的作用,为后续探究脾积丸治疗胰腺癌提供研究思路。     

基于网络药理学和分子对接探讨护骨胶囊治疗骨质疏松症的作用机制

目的 基于网络药理学和分子对接技术探讨护骨胶囊治疗骨质疏松症潜在的活性成分和作用机制。方法 利用TCMSP数据库结合《中国药典》2020版筛选候选活性成分,并通过文献检索进行补充和删减得到最终成分,并通过Swiss Target Prediction数据库预测和筛选出活性成分的潜在的作用靶点。通过权威数据库（Genecard、Drugbank、TTD）检索骨质疏松症相关靶点,通过Cytoscape 3.9.0软件建立中药–成分–靶点网络模型进行网络分析,并将交集靶点导入至String在线数据库进行蛋白相互作用（PPI）网络构建并进行分析。利用David数据库进行基因本体论（GO）和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析。利用AutoDockTools 1.5.6软件进行分子对接。结果 共筛选出护骨胶囊59个活性成分、78个交集靶点。PPI网络分析表明,肿瘤坏死因子（TNF）、血管内皮生长因子A（VEGFA）、非受体酪氨酸激酶（SRC）、酪氨酸蛋白激酶3（MAPK3）、雌激素受体α（ESR1）等可能是护骨胶囊治疗骨质疏松症的关键靶点。GO和KEGG富集分析表明护骨胶囊主要通过细胞外空间、质膜、宿主细胞核等细胞组分参与细胞生存、生长、分裂等众多生物学过程,继而与蛋白质特异性结合,发挥调节核受体活性、过渡金属离子结合、类固醇结合等分子功能,涉及糖尿病并发症中的晚期糖基化终末化产物（AGE）-晚期糖基化终末产物受体（RAGE）信号通路、松弛素信号通路、雌激素信号通路等。分子对接结果表明,地黄苦苷元、大黄素甲醚、甲基异茜草素、阿魏酸和大豆苷元核心成分与TNF、VEGFA、SRC、MAPK3、ESR1核心靶点均具有良好的结合能力。结论 护骨胶囊中的地黄苦苷元、大黄素甲醚、甲基异茜草素、阿魏酸和大豆苷元等可能是治疗骨质疏松症的物质基础,能够作用于TNF、VEGFA、SRC、MAPK3、ESR1等多个靶点,通过调节糖尿病并发症中的AGE-RAGE信号通路、松弛素信号通路、雌激素信号通路等参与骨骼重塑、抑制破骨细胞的形成与分化、促进骨形成和抗炎作用,进而发挥治疗骨质疏松症的作用。     

基于网络药理学和分子对接探讨肤疾洗剂治疗瘙痒症的分子机制

目的 采用网络药理学和分子对接方法探究肤疾洗剂治疗皮肤瘙痒症的活性成分、关键作用靶点及潜在的分子机制。方法 运用TCMSP、Swiss Target Prediction、GeneCards数据库及文献报道对肤疾洗剂中活性成分、作用靶点及疾病靶点进行检索,Cytoscape软件进行成分–靶点网络图构建,通过DAVID数据库,进行基因本体（GO）功能分析与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,最后通过分子对接预测活性成分与靶点蛋白的结合能力。结果 获得肤疾洗剂61种有效成分和1 049个作用靶点,瘙痒症疾病靶点1 621个,其中肤疾洗剂146条信号通路,主要富集在癌症通路、磷脂酰肌醇-3-激酶（PI3K）/蛋白激酶B(Akt)等。分子对接结果显示核心成分与关键靶点具有较好的结合活性。结论 肤疾洗剂具有抑制炎症、免疫调控作用,其发挥作用的主要活性成分为生物碱类、柠檬苦素类和黄酮类等,涉及的主要靶点有蛋白激酶1(Akt1)、CXC趋化因子配体8(CXCL8)、黏着连接蛋白β1(CTNNB1)、表皮生长因子受体（EGFR）、肿瘤坏死因子（TNF）等,符合中药复方多成分、多靶点、多途径的特点,...     

基于网络药理学和分子对接的潜在治疗化疗所致恶心呕吐中药成分筛选及分析

目的 基于网络药理学筛选治疗化疗所致恶心呕吐（CINV）的潜在靶点、化合物及中药，并分析中药的性味归经以及中药治疗CINV的作用机制。方法 利用PubChem、Swiss Target Prediction平台获得具有致吐风险的化疗药物靶点；基于Gene Cards、Drugbank及OMIM数据库收集CINV疾病靶点，取“疾病-药物”交集靶点，并通过临床指南获得CINV治疗药物靶点，将交集靶点及治疗药物靶点视为治疗CINV的潜在靶点。通过TCMSP平台筛选化合物和中药。利用Cytoscape 3.7.2建立“靶点-化合物-中药”网络图，使用网络分析功能获得重要靶点、化合物及中药，并对中药性味归经进行频率分析。结果 获得35个潜在靶点、799种候选化合物和395味中药。395味中药以苦味、辛味及温性为主，主要分布在肝经和肺经中，其次是脾经及胃经。结论 运用中药治疗CINV具有广阔的发展空间，该研究为CINV的中药治疗及新药的开发提供了思路及理论依据。     

基于网络药理学及分子对接研究消渴清颗粒治疗糖尿病前期的作用机制

目的 利用网络药理学及分子对接探究消渴清颗粒治疗糖尿病前期的作用机制。方法 通过中药系统药理学数据库搜索有关于消渴清颗粒中中药的有效成分与靶点,在GeneCards数据库、OMIM数据库搜索糖尿病前期的基因靶点,进而获得药物-疾病交集靶点,将交集靶点导入String蛋白质相互作用数据库和Cytoscape构建蛋白质相互作用（PPI）网络图,并筛选核心靶点,再将药物-疾病交集靶点导入DAVID数据库,对其分别进行基因本体（GO）功能富集分析和京都基因与基因组百科全书（KEGG）通路富集分析,筛选出与疾病相关的通路,通过Cytoscape得出“通路-靶点”网络图,再通过插件分析得出“通路-靶点”网络核心靶点,取二者度值排名前7位的靶点交集作为消渴清颗粒治疗糖尿病前期的关键靶点,最后选择关键靶点与有效成分用AutoDock与Pymol软件进行分子对接及可视化。结果 筛选出消渴清颗粒中药活性成分36种,其中筛选出6种关键活性成分,分别为槲皮素、山柰酚、小檗碱、β-谷甾醇、花生四烯酸、知母皂苷C,靶点基因232个;筛选出糖尿病前期靶点685个,交集靶点93个,关键靶点5个,分别为肿瘤坏死因子（TNF）、白细胞介素-6（IL-6）、蛋白激酶B1（Akt1）、白细胞介素-1β（IL-1β）、环加氧酶2（PTGS2）。GO通路富集主要涉及内容有炎症、药物反应,细胞生长凋亡等;KEGG通路富集分析显示糖尿病并发症中的晚期搪基化终产物及其受体（AGE-RAGE）信号通路、TNF信号通路、缺氧诱导因子-1（HIF-1）信号通路、IL-17信号通路、胰岛素抵抗通路、磷脂酰肌醇3-激酶（PI3K）/Akt信号通路等,分子对接结果显示关键靶点与有效成分具有较稳定的结合能力。结论 消渴清颗粒中各种药物成分通过多靶点、多通路协同治疗糖尿病前期的作用机制,为进一步研究治疗糖尿病提供了线索。