47株金黄色葡萄球菌临床血流感染分离株的基因分型研究

目的 研究金黄色葡萄球菌临床血流感染分离株的分子流行病学特征.方法 收集2006年1月至2008年12月解放军总医院分离的临床血流感染金黄色葡萄球菌菌株(共47株),标本来源均为患者静脉血.采用琼脂稀释法检测所有菌株对多种抗生素的耐药性,PCR方法 检测pvl毒素基因,DiversiLab~(TM)Rep-PCR分型系统分析菌株的同源性;对耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)进行葡萄球菌染色体/mec(SCCmec)分型以及ST239型别的快速筛查;综合分型和药敏试验结果,挑选部分代表菌株进行多位点序列分型(MLST).结果 47株血流感染金黄色葡萄球菌中,pvl基因检出率为4.3%.MRSA占51.1%.MRSA均为SCCmec Ⅲ型菌株;Rep-PCR分为A～L共12个型,其中A型为最主要的型,共22株(46.8%),所有的MRSA均属于A、B两型.结论 47株临床血流感染金黄色葡萄球菌中的MRSA绝大部分为多重耐药克隆ST239-MRSA-SCCmecⅢ型.     

ICU患者分离金黄色葡萄球菌的耐药性及分子流行病学特征

目的了解某院重症监护病房（ICU）金黄色葡萄球菌的耐药特点及分子流行病学特征。方法收集2014年1—12月该院ICU分离的金黄色葡萄球菌,进行细菌鉴定及药物敏感性试验,采用金黄色葡萄球菌A蛋白(spa)分型及多位点序列分型(MLST)方法进行分型。结果160株金黄色葡萄球菌中耐甲氧西林金黄色葡萄球菌（MRSA）120株（占75.00%）。MRSA对红霉素、克林霉素、左氧氟沙星的耐药率均＞80%;MSSA对头孢唑林敏感,对红霉素、克林霉素、左氧氟沙星的耐药率分别为62.50%、35.00%、10.00%。spa分型和MLST结果显示,120株MRSA主要为ST239 t030、ST239 t037、ST5 t2460 3种型别,其中ST239 t030（105株,87.50%）为主要流行菌株,8个ICU均有检出;MSSA存在较多型别,ST59 t437仅在神经内科(8株)和消化科（2株）检出,ST6 t701、ST398 t3625、ST398 t1793和ST121 t2092分别仅在神经内科（7株）、麻醉科（5株）、神经外科（4株）和心外科（4株）检出。结论该院ICU MRSA分离率较高,以ST239 t030克隆株为主,存在医院内流行;不同型别MSSA在各科室内存在流行趋势。     

青岛地区医院内感染耐甲氧西林金黄色葡萄球菌分子分型研究

目的 探讨青岛地区医院内感染的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)分子流行病学特征及脉冲场凝胶电泳(PFGE)型别与菌株表型、一般临床资料间的关系.方法 收集2003-2007年间青岛地区主要医院内感染MRSA 360株,Sma Ⅰ酶切菌株染色体DNA后,进行PFGE电泳,用Bionumericus 2.0软件对电泳图谱进行比较和聚类分析,绘制进化树.同时对患者的性别、年龄、菌株来源等进行多变量统计分析.应用纸片扩散法测定分离菌株的药物敏感谱,并与PFGE型别进行比较分析.PCR扩增不同PFGE型别MRSA代表株25株分离株的7个管家基因进行序列测定和多位点测序分型分析(MLST).结果 所有菌株经PFGE电泳后共分为5型(M0～M4型),其中M1型为优势菌型,M2型次之,M4型相对少见,M0为独特型,明显不同于其他已知PFGE型别.统计学分析发现5种PFGE型别在患者性别、年龄分布上的差异无统计学意义,但在菌株分离部位、来源有统计学的差异:M2型多分离自伤口感染,而M3型菌株多来自ICU病房,5种PFGE型在不同医院间及医院内的分布存在差异.M1与M2两型构成各医院分离菌株的主要型别.抗生素敏感性测定中未发现万古霉素耐药菌株,亦未发现某种PFGE型别与某种特定抗生紊抗性之间的直接相关性.MIST分型发现优势型M1与M3共属于国内常见ST239型,M2型则归类于ST5,M4型属于ST240,独特型中的2种PFGE谱型则分属于ST45及ST398.结论 ST239菌株为青岛地区医院内感染MRSA优势菌株;医院内MRSA的PFGE分型与菌株来源明显相关,与患者年龄、性别无关,MRSA感染普遍存在于各年龄人群中.     

血流感染洋葱伯克霍尔德菌多位点序列分型研究

目的探讨血流感染洋葱伯克霍尔德菌的同源性,以便更好地控制短时间内洋葱伯克霍尔德菌引起的院内感染。方法对医院2013年5-6月分离的15株血流感染洋葱伯克霍尔德菌的菌株应用多位点序列分型方法(MLST),聚合酶链式反应(PCR)扩增atpD、gltB、gyrB、recA,lepA、phaC和trp B7个管家基因片段,测序结果与MLST数据库中的数据比对分析,获得菌株各管家基因的编号和ST型,研究其同源性。结果 15株菌中,13株菌的7个管家基因完全相同,同时gyrB管家基因出现新的序列型,为新的序列型(ST)。15株洋葱伯克霍尔德菌被分为3个基因型,分别为ST482、ST608和一个新的ST序列,来自神经外科的13株菌为同一个ST型。结论医院短时间内洋葱伯克霍尔德菌引起的血流感染属医院感染暴发,神经外科的13株菌为同一ST型。其中13株菌的ST型不仅相同且是新的ST型,与另外两科室的菌株不同。MLST在洋葱伯克霍尔德菌的分子生物学分型中的应用,表现出了较高的分辨率,对医院洋葱伯克霍尔德菌血流感染暴发的调查有重要意义。     

广州市两例B群流脑病例分离株的MLST分型研究

目的对从广州市报告的两例B群流行性脑脊髓膜炎（流脑）病例中分离的4株脑膜炎奈瑟菌（Neisseria meningitidis,Nm）进行多位点序列分型（multi—locus sequence typing,MLST）研究。方法分纯并提取菌株DNA、运用MI。ST分析对7个管家基因进行扩增并测序,确定菌株的序列型,对其相关性进行分析。结果两例病例分离株7个管家基因位点序列均不相同,第一例病例分离株的序列型为ST-7型,属高致病性ST-5complex／subgroupIII克隆系;第二例病例分离株的序列型为新发现的ST一9804型。结论广州两例B群流脑病例虽然发生时间相近,但分属不同的序列型,无同源性。MLST分型技术对研究不同流脑病例间的流行病学关系有重要意义。     

血流感染金黄色葡萄球菌耐药性变化及其流行趋势

目的 收集上海交通大学医学院附属新华医院2011-2019十年间分离自血培养标本中的金黄色葡萄球菌,进行耐药性分析及流行病学分析。方法 利用Whonet 5.6软件对十年间分离自血培养的金黄色葡萄球菌进行耐药分析,计算成人和儿童的甲氧西林耐药金黄色葡萄球菌(MRSA)检出率。对十年间收集的部分菌株进行DNA提取,并进行多位点序列分型(MLST)分析,了解金黄色葡萄球菌在医院的流行趋势。结果 十年间分离自血培养标本的金黄色葡萄球菌共320株,分离自儿童的菌株占35.0%,分离自成人的菌株占65.0%,MRSA的总检出率为47.5%,儿童MRSA的检出率为45.5%,成人MRSA的检出率为48.5%。对其中250株金黄色葡萄球菌进行MLST分型,MRSA的主要型别是ST5(35.4%),甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌(MSSA)的主要型别是ST188(16.7%),分离自儿童的菌株主要型别是ST59(17.9%),分离自成人的菌株主要型别是ST5(26.2%)。结论 分离自成人和儿童的金黄色葡萄球菌耐药性存在差异,成人MRSA检出率略高于儿童,流行的ST型也存在明显差异,提示临床医生应该针对不...     

医院感染耐甲氧西林金黄色葡萄球菌基因分型

目的分析广东省人民医院不同科室来源的耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)菌株基因分型同源性,为控制MRSA医院感染流行提供科学依据。方法使用细菌基因组重复序列聚合酶链式反应(Rep-PCR)技术以及高级微生物基因分型系统(DiversiLab)细菌同源性分析技术对50株医院感染的MRSA进行基因分型。结果50株MR-SA分为19个基因型,其中A型20株,为主要流行型别,主要来自于重症监护室(ICU)、呼吸科、康复科、神经外科、心外科等11个病区;B型7株,D型和J型各3株,H型和L型各2株,其余均为1株。结论该院存在着以A型MRSA为主的感染流行,该型菌株可能以克隆株的形式播散。     

多位点序列分型技术在深圳副溶血弧菌同源性分析中的应用研究

目的 了解副溶血弧菌临床分离株的毒力基因、血清型及基因分型特征,探讨多位点序列分型(MLST)分型技术对其同源性分析的应用价值。方法 收集深圳地区2007-2014年食物中毒及医院散发病例来源的68株副溶血弧菌菌株,对其进行血清型、毒力基因分析。选择副溶血弧菌MLST数据库提供的7个管家基因,PCR扩增测序后采用BioEdit、eBURST等软件,对本次研究的68株副溶血弧菌进行MLST同源性分析。结果 68株副溶血弧菌共得到7种不同的血清型,优势血清型为O3∶K6(47/68),其余血清型分别为O4∶K8、O5∶K68、O4∶K13等。副溶血弧菌临床分离株94%为tdh+trh-。MIST分型将68株副溶血弧菌分为5个序列型(ST型),ST3为优势序列型(55/68),其余4种ST型中的ST189与ST345构成一个同源复合体CC345,且ST189为ST345的单位点变异型。结论 深圳地区副溶血弧菌所致的腹泻病暴发疫情,其流行菌株ST型别多样化,疾病控制中需警惕非主流ST型别引起暴发可能。     

慢性鼻-鼻窦炎患者鼻腔分泌物金黄色葡萄球菌分离株耐药性及毒力基因

目的 探究慢性鼻-鼻窦炎(CRS)患者鼻腔分泌物分离金黄色葡萄球菌的耐药特点及毒力基因。方法 收集2020年8月-2021年8月上海市第六人民医院南院诊治的104例CRS患者鼻拭子分离的金黄色葡萄球菌55株,分析其对常用抗菌药物的耐药率,多位点序列分型(MLST)及其毒力基因。结果 55株金黄色葡萄球菌检出耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)16株占29.09%,检出甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌(MSSA)39株占70.91%; MRSA菌株对红霉素、利福平、环丙沙星、庆大霉素、左氧氟沙星、四环素、莫西沙星的耐药率显著高于MSSA菌株(P<0.05); 55株金黄色葡萄球菌有46株成功进行分型,其中MRSA检出8种ST型,以ST59为主,MSSA检出12种ST型,以ST6、ST72为主;MRSA菌株毒力基因seb、tsst-1、hlα、hlbβ、sdrC、sdrD、sdrE检出率显著高于MSSA菌株(P<0.05)。结论 CRS患者鼻腔分泌物分离金黄色葡萄球菌对利奈唑胺、呋喃妥因、替加环素、替考拉宁、万古霉素敏感,其中MRSA主要流行型别为ST59,hlα、fnbpA、clf...     

甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌对喹红霉素敏感性分析及其分子分型特点

目的了解酮内酯类抗生素喹红霉素对临床分离甲氧西林敏感金黄色葡萄球菌(MSSA)的体外药物敏感性,以及MSSA不同分子分型型别与喹红霉素最低抑菌浓度(MIC)值的关系。方法收集深圳市南山医院2011—2015年不同临床标本分离的MSSA118株,用微量肉汤稀释法及K-B纸片法测定MSSA菌株对喹红霉素及其他9种临床常用抗金黄色葡萄球菌药物的MIC值。采用多位点序列分型(MLST)技术将其分为不同基因型,观察MSSA型别与喹红霉素对MSSA MIC值的关系。结果 MSSA对常用抗革兰阳性菌药物利奈唑胺、万古霉素、呋喃妥因、替考拉宁及阿莫西林/克拉维酸均敏感;对喹红霉素中介2株,耐药21株,耐药率19.5%,对红霉素耐药率则高达60.2%。该院MSSA分为32个ST型,20株属于新的ST型,前三的ST型分别为:ST7型15株(12.7%),ST188型12株(10.2%),ST59型12株(10.2%)。结论 MSSA对大环内酯类抗生素耐药形势严峻,喹红霉素较红霉素对MSSA更为强效。ST7、ST188、ST59和ST398是该院临床分离MSSA的主要MLST型别。     

综合重症监护病房分离的耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌耐药性和同源性分析

目的 对综合重症监护病房分离的耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌（CRKP）耐药性和同源性进行分析,为临床抗菌治疗和监测提供参考。方法 收集2019年3月至2021年3月2家医院综合重症监护病房分离得到的260株CRKP菌（其中马鞍山某医院156株,苏州某医院104株）,并对CRKP菌株进行常规药敏试验、PCR扩增和测序检测耐药基因携带情况,利用脉冲场凝胶电泳（PFGE）技术和多位点序列分型技术（MLST）对CRKP菌株进行同源性分析。结果 260株CRKP菌株对17种临床常用抗菌药物高度耐药,多重耐药率100%。马鞍山某医院的CRKP菌株主要携带碳青霉烯酶及超广谱β内酰胺酶（ESBLs）基因共5种耐药基因,bla_KPC-2型、bla_NDM-1型、bla_SHV型、bla_TEM型和bla_CTX-M-1型的携带率分别为84.62%、3.21%、70.51%、71.79%和80.77%。苏州某医院的CRKP菌株共携带bla_KPC-2型、bla_NDM-1型、bla_SHV型、bla_TEM型和bla_CTX-M-9型共5种耐药基因,携带率分别为74.04%、23.08%、80.77%、76.92%和27.88%。PFGE分型结果显示2家医院CRKP菌株均以A型和C型为主,但亚型和数量有差异。MLST分型分出ST11、ST76、ST16、ST437、ST379、ST751、ST395和ST307共8种序列型,马鞍山某医院主要为ST11型,占83.97%,而苏州某医院以ST11型（65.38%）和ST76型（27.88%）为主。结论 2家医院综合重症监护病房的CRKP菌株存在一定差别,但均以携带KPC-2碳青霉烯酶基因的ST11型为主,针对性加强重症监护病房清洁和院感监测,有利于控制多重耐药菌的传播和流行。     

CRKP碳青霉烯酶基因检测及同源性分析

目的 了解某院耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌（CRKP）碳青霉烯酶基因携带状况,以及菌株间的同源性,为预防和控制CRKP的克隆传播提供实验室依据。方法 收集2017年1-12月该院分离自临床各科室的CRKP 22株（K1~K22）,用药敏纸片扩散法和微量肉汤稀释法对药敏结果进行复核,采用改良Hodge试验和Carba NP试验检测菌株是否产碳青霉烯酶,应用PCR技术扩增产酶菌株常见的碳青霉烯酶基因并测序,运用多位点序列分型（MLST）和肠杆菌科基因间一致重复序列PCR（ERIC-PCR）进行同源性分析。结果 22株CRKP对厄他培南、亚胺培南、美罗培南的耐药率均为100%,对临床其他常见抗菌药物也高度耐药;13株改良Hodge试验阳性,14株Carba NP试验阳性。14株产酶菌株均携带KPC-2基因,K12菌株同时携带NDM-1基因。按MLST法可分为ST11（14株）、ST875（6株）、ST1964和ST571（各1株）,按ERIC-PCR法分型可分为A型（15株）、B型（6株）及C型（1株）。分型结果相同的菌株中K1~K6同属ICU,K7~K10同属脑血管外科,K15~K21同属新生儿科,对应患者有共同住院时间,且患者存在转科情况（K2、K8患者均由脑血管外科转入ICU,K13、K14分别从ICU转入血液内科、肾内科）。结论 该院2017年存在ST11型和ST875型CRKP的克隆流行,需加强医院感染预防与控制措施。     

Genetic relationship between Escherichia coli strains isolated from the intestinal flora and those responsible for infectious diseases among patients hospitalized in intensive care units

The exact origin of strains of Escherichia coli responsible for infectious diseases in intensive care units (ICUs) remains partly unknown. Our aim was to determine the nature of the link between strains from the intestinal flora of hospital staff, strains from the intestinal flora of patients hospitalized in ICUs and strains isolated from ICU patients with invasive diseases. For this purpose, 77 strains of E. coli were genetically characterized by exploring their entire genomes by random amplified polymorphism of DNA (RAPD), and by determining their phylogenetic position in ECOR (E. coli reference) groups, the virulence factors harboured (pap, sfa, afa, hly, aer and cnf) and their ability to mutate. The strains isolated from the intestinal flora of hospital staff were found to constitute a genetically heterogeneous population compared with the strains isolated from ICU carriers, which were highly clustered. The latter strains harboured numerous virulence factors, and 80% belonged to the group ECOR B2. The strains isolated from infected patients harboured fewer virulence factors than those from the ICU carriers, and only half belonged to ECOR B2. Moreover, these strains were more genetically related to strains from hospital staff than to strains from ICU carriers. Thus, the exogenous origin of the E. coli strains is probably almost as important as translocation from intestinal flora in ICUs. Moreover, a strong mutator phenotype had a minor, or no, role in the rapid adaptation to modifications in the ecological environment.     

耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌耐药基因检测及同源性

目的探讨耐碳青霉烯类肺炎克雷伯菌(CRKP)耐药基因型及同源性。方法收集某院2015年9月—2016年2月临床标本分离的38株CRKP,采用聚合酶链反应(PCR)方法检测耐药基因型,脉冲场凝胶电泳(PFGE)分析菌株同源性。结果 38株CRKP主要来源于重症监护病房(ICU)及外科重症监护病房(SICU),分别占39.48%、34.21%。38株CRKP均检出blaKPC和blaSHV耐药基因,6株检出blaCTX耐药基因。PFGE显示共分成A、B、C、D4个谱型,其中以C型为主(65.78%,25/38)。A型菌株中菌株14、15、16携带blaKPC-2型、blaSHV型、blaCTX-M-15耐药基因,此3株细菌均是SICU患者分离的,菌株14和15分离自同一天,菌株16分离时间延后一周;C型菌株中,菌株10、18、25、28的同源性为100%,菌株10、18分离自ICU患者,菌株25、28分离自神经内一科患者(均从ICU转出),均是在ICU住院期间检出,且分离时间相差1 d。结论该院CRKP耐药基因型以blaKPC及blaSHV为主,存在克隆株医院内流行。     

阴沟肠杆菌对碳青霉烯类药物的耐药机制

 目的 研究耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌分子流行病学特征和碳青霉烯耐药机制,为临床经验性用药及医院感染防控提供依据。方法 对某院2019年4—9月分离的耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌进行菌种鉴定及药敏分析,mCIM联合eCIM试验筛选碳青霉烯酶,聚合酶链反应（PCR）方法检测碳青霉烯酶耐药基因,多位点序列分型（MLST）和脉冲场凝胶电泳（PFGE）进行分子流行病学特征分析。结果 8株耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌中5株来自于重症监护病房（ICU）,对临床常用头孢类及加酶抑制剂药物均表现出高水平耐药的特性。所有菌株均携带金属β-内酰胺酶,7株为bla_NDM-1,1株为bla_IPM-4。MLST分子分型及PFGE同源性分析有6个ST序列类型,6个克隆群。ST596（3株）均为A群、ST121（1株）为C群、ST993（1株）为F群、ST91（1株）为E群、ST794（1株）为B群、ST88（1株）为D群。结论 该院耐碳青霉烯类阴沟肠杆菌主要来源于ICU,产金属酶bla_NDM-1β-内酰胺酶是其主要耐药机制。ST596 A群阴沟肠杆菌短时间内在ICU存在局部流行,应加强医院感染防控措施,遏制暴发流行。     

临床分离金黄色葡萄球菌的耐药特点和MRSA分子分型

目的研究耐甲氧西林金黄色葡萄球菌(MRSA)的耐药性及其基因分型。方法收集某院2014年1月—2015年11月检出的非重复金黄色葡萄球菌967株,检测其药敏结果及mecA抗性基因、杀白细胞素(PVL)基因;MRSA菌株经多重PCR进行葡萄球菌盒式染色体mec(SCCmec)分型、多位点序列分型(MLST)、金黄色葡萄球菌蛋白A基因(spa)分型、金黄色葡萄球菌附属因子调节子(agr)分型。结果 967株金黄色葡萄球菌共检出210株MRSA,MRSA检出率为21.72%;痰标本MRSA检出率高于皮肤软组织标本(68.09%vs 11.83%,P0.05);金黄色葡萄球菌中未发现对万古霉素和利奈唑胺耐药菌株,MRSA对庆大霉素、四环素、红霉素、克林霉素、左氧氟沙星、环丙沙星、莫西沙星、呋喃妥因、利福平的敏感率均低于MSSA,差异均有统计学意义(均P0.05);MRSA对复方磺胺甲口恶唑的敏感率高于MSSA,差异有统计学意义(P0.05)。皮肤软组织分离的MRSA对庆大霉素、左氧氟沙星、环丙沙星、莫西沙星、利福平的敏感率为86.90%~95.24%,而痰分离的MRSA仅为1.56%~15.63%。967株金黄色葡萄球菌检测出210株携带mecA基因,10株携带PVL基因,210株MRSA中有8株未分型,占3.81%。MLST主要以ST239(177株)为主;SCCmec分型主要以Ⅲ型(177株)为主;spa分型主要以t 030(177株)为主;agr分型主要以Ⅰ型(196株)为主。结论该院MRSA菌株主要流行克隆ST239-MRSA-SCCmecⅢ-t030,耐药形势严峻,应加强医院内耐药菌株的监测。