高分辨率熔解技术检测冠心病关联基因标签单核苷酸多态性

目的建立高分辨率熔解(HRM)技术检测冠心病关联基因的标签单核苷酸多态性(SNPs)的方法;并探讨其与兰州地区汉族人群冠心病(CHD)易感性及血脂指标的相关性。方法建立CHD 5个关联基因CRP、ACE、NOS3、ENPP1、IQSEC1的7个SNPs位点(rs1205CT、rs4305AG、rs4353 GA、rs7830 CA、rs12528076CT、rs939899GA、rs1108640GC)的PCRHRM检测方法,并用260例CHD患者和238例体检健康者进行验证。结果标本经PCR扩增后均能进行基因分型,经直接测序验证,其分型正确率达100%。病例-对照分析显示rs4353 GA和rs12528076 CT等位基因频率在CHD组和对照组间差异有统计学意义(χ2=3.998,P=0.045;χ2=3.918,P=0.047),rs7830 CA基因型频率在两组间差异亦有统计学意义(χ2=6.369,P=0.041)。血脂水平分析显示,CHD患者与rs1205位点高密度脂蛋白胆固醇(HDL-C)水平存在相关性(F=14.067,P=0.001)。结论 PCR-HRM检测是一种快速、准确的基因分型方法。ACE、NOS3和ENPP1与兰州地区汉族人群CHD易感性相关,其中rs1205 CT联合HDL-C血清水平检测可预警CHD发生。     

高分辨率熔解曲线技术检测冠心病患者IL-6及其受体基因单核苷酸多态性

摘要：目的：通过高分辨率熔解曲线(HRM)技术检测IL-6及其受体基因单核苷酸多态性(single nucleotide polymorphism,SNP),探讨IL-6及其受体基因SNP与冠心病(CHD)的相关性。 方法：用HRM曲线技术检测231例CHD患者和275例健康人IL-6及其受体基因6个SNP位点（IL-6-572C/G、IL-6-597A/G、IL-6-174C/G、IL-6-R-183A/G、IL-6-R-exon1C/A和IL-6-R-exon2A/T）,分析其与CHD的相关性。 结果：CHD组和健康人对照组IL-6-572C/G、IL-6-597A/G、IL-6-R-exon1C/A和IL-6-R-exon2A/T基因频率、基因型频率差异有统计学意义(P均＜0.05)。IL-6-572CC、IL-6-597GA和IL-6-R-exon2AT基因型能增加发生CHD的风险（OR值分别为1.935、2.651、1.809）;IL-6-R-exon1CC基因型能降低CHD的发生风险（OR=0.514）。 结论：IL-6-572C/G、IL-6-597A/G、IL-6-R-exon1C/A和IL-6-R-exon2A/T与西北地区人群CHD易感性相关。     

冠心病患者肿瘤坏死因子α水平及其基因多态性的研究

目的　研究中国汉族人群中血清肿瘤坏死因子α(TNFα)水平及其 - 2 38、- 30 8位点基因多态性与冠心病之间的相关性。方法　采用双抗体夹心酶联免疫吸附试验 (ELISA)检测血清TNFα水平 ,同时应用聚合酶链反应 限制性片段长度多态性 (PCR RFLP)技术检测TNFα基因多态性。结果　冠心病组血清TNFα水平显著高于对照组 (P <0 .0 5 )。两组的 - 2 38、- 30 8位点基因型和等位基因的分布差异无显著性 (P >0 .0 5 ) ,- 2 38位点GA +AA基因型的血清TNFα水平 [(2 3.5 7± 6 .96 )ng/L]显著高于GG基因型 [(17.2 8± 7.17)ng/L](P <0 .0 5 ) ,在陈旧性心肌梗死 (OMI)患者和稳定型心绞痛 (SA)患者中均未检出GA和AA基因型 ,但与急性心肌梗死 (AMI)患者及不稳定型心绞痛 (UA)患者比较 ,差异无显著性 (P >0 .0 5 )。结论　血清TNFα水平显著升高提示炎性反应在冠心病病程中有重要作用 ;TNFα的水平可能受其基因多态性的影响。     

高分辨率熔解曲线在ABO血型基因526位点单核苷酸多态性检测中的应用

目的建立高分辨率熔解(HRM)曲线检测ABO血型基因526位点单核苷酸多态性(SNP)的方法。方法随机提取35例待检血型标本的DNA,运用HRM曲线检测ABO血型基因526位点的SNP,通过PCR-DNA测序以及血型血清学试验验证HRM检测结果的准确性。结果 35例血型标本中,共检出526位点杂合子13例,纯合子22例。经测序分析和血清学试验验证13例G/C杂合中B型8例、AB型5例,22例CC纯合子中A型10例,O型12例。HRM法检测结果与测序结果及血清学结果相符。结论 HRM法是一种低成本、简便、准确的SNP检测技术,有望成为临床ABO血型基因分型的新方法。     

高分辨率熔解曲线法检测CBS基因SNP的技术优化

目的：探索高分辨率熔解曲线法（highresolutionmelting,HRM）检测胱硫醚β-合酶（CBS）基因SNP位点所需的最佳反应体系和条件,建立快速高效的对CBS基因分型的方法。方法通过普通PCR初步确立引物的退火温度范围,在实时荧光定量PCR（qPCR）-HRM反应中调整确定最佳退火温度。对影响qPCR-HRM的因素包括反应程序、模板DNA、MgCl2再分别进行优化,确立最佳反应体系和反应条件,对在此基础上得出的基因分型结果通过测序验证其准确性,从而建立系统的HRM检测CBS基因SNP的方法。结果HRM检测CBS基因该片段最佳退火温度为62℃,qPCR-HRM最佳反应体系为20μl,引物浓度为0．2μmol/L,Mg2＋为2．5μmol/L,模板DNA为60ng。在优化的体系条件下筛选出的突变型样本经测序验证与实验结果一致。结论HRM可以作为检测SNP准确、经济、高效的方法。     

血清TNF-α及其基因多态性与精神分裂症的遗传易感性关系研究

目的 研究血清肿瘤坏死因子α(TNF-α)浓度及TNF-α rs1799724及rs1799964基因多态性与抑郁症的遗传易感性。方法 选取我院2021年3月至2022年7月确诊的精神分裂症病人（病例组）、同期健康体检者（对照组）,分析两组TNF-α浓度及DNA,检测基因型及等位基因。结果 精神分裂症组与对照组TNF-α浓度无差异;各组不同基因型比较中精神分裂症组rs1799724不同基因型TNF-α浓度有差异,携带突变基因的基因型即CT、TT基因型对应的TNF-α高于CC基因型对应的TNF-α浓度,而rs1799964位点各基因型TNF-α表达无显著性差异。两个位点的基因型、等位基因在无意义。结论 血清TNF-α表达可能与rs1799724位点基因型有关与rs1799964位点基因型无关,两个位点不是精神分裂症的易感基因。     

高分辨率熔解曲线法检测中国北方汉族人群KIF6基因的单核苷酸多态性

目的探讨用新型基因分析法-高分辨率熔解曲线法(high resolution melting,HRM)分析中国北方汉族人群驱动蛋白分子6(KIF6)基因Trp719Arg(rs20455)的单核苷酸多态性。方法样本来自2010至2011年心内科门诊及住院的234例非致死性心肌梗死患者(病例组)和228例非冠心病人群(对照组)。取受检者静脉血样1ml,留存于-80℃超低温冰箱。采用HRM法对rs20455位点进行基因多态性分型检测。结果对照组中rs20455位点TT、TC、CC基因型频率分别为29.5%、47.4%、23.1%;T、C等位基因频率分别为47.0%和53.0%;病例组的基因型频率是TT14.0%、TC59.7%、CC26.3%,T、C等位基因频率分别为56.0%和44.0%;病例组与对照组基因型和等位基因频率在2组间分布差异有统计学意义(P均<0.05)。结论成功利用HRM对中国北方非致死性心肌梗死患者和非冠心病人群的KIF6Trp719Arg位点进行了基因分型,并发现其在心肌梗死患者和非冠心病人群中分布差异有统计学意义,提示rs20455可能是中国北方汉族人群中非致死性心肌梗死筛查的生物学标记物之一。     

肿瘤坏死因子-α基因启动子区域多态与冠心病的相关性

目的:研究肿瘤坏死因子α(tumor necrosis factor-alpha,TNF-α)基因启动子区域的3种单核苷酸多态与上海地区汉族人冠心病发病的相关性。方法:采用基质辅助激光解吸附电离飞行时间质谱(MALDI-TOF)检测方法,对286例冠心病患者(其中心肌梗死患者101例,为心肌梗死亚组)和202名健康对照者(对照组)的TNF-α基因启动子区域C-863A、G-308A、G-238A多态进行基因分型。结果:C-863A、G-308A、G-238A多态的基因型分布及其等位基因频率在冠心病患者与对照组间相比,差异均无统计学意义(P>0.05),且在不同病变组(指根据冠状动脉受累血管支数,分为单支病变组和多支病变组)间亦无显著性差异(P>0.05)。心肌梗死亚组患者G-308A和G-238A多态的基因型分布与对照组相比,差异有统计学意义(P=0.041和0.023),但其G、A等位基因频率在2组间差异均无统计学意义(P>0.05)。心肌梗死患者携带-308AA基因型的频率明显低于对照组(7.00%比13.07%,P<0.05)。结论:TNF-α基因启动子区域的G-308A和G-238A多态可能与上海地区汉族人心肌梗死的发生相关,其中-308A等位基因可能降低心肌梗死的发生。     

TNF-α基因G-308A和G-238A位点多态性变化与多囊卵巢综合征的关系

目的通过分析调控TNF-α水平的G-308A和G-238A单核苷酸多态性（ SNP）在正常和多囊卵巢综合征患者的分布频率,探讨G-308 A、G-238 A位点SNP与多囊卵巢综合征的关系。方法144例多囊卵巢综合征及72例健康对照妇女,分别测定身高（Ht）、体重（Wt）、腰围（WC）、臀围（HC）、血清甘油三酯（ TG）、总胆固醇（ TC）、高密度脂蛋白胆固醇（ HDL-C）和低密度脂蛋白胆固醇（ LDL-C）、空腹血糖（ FPG）、空腹胰岛素（FINS）、黄体生成素（LH）、卵泡刺激素（FSH）、睾酮（T）、游离睾酮（FT）、TNF-α水平,计算体重指数（BMI）、腰臀比（WHR）、胰岛素抵抗指数（HOMA-IR）、黄体生成素比卵泡刺激素（LH/FSH）。应用PCR-RFLP方法检测TNF-α基因G-308 A及G-238 A位点多态性。结果多囊卵巢综合征患者TNF-α水平高于对照组（ P＜0.05）。多囊卵巢综合征组和对照组TNF-α基因G-308 A位点等位基因A的突变率分别为6.8％与5.9％,两组间基因频率和基因型频率差异无统计学意义;多囊卵巢综合征患者TNF-α基因G-308 A位点各基因型间HOMA-IR差异有统计学意义,但其他临床指标差异均无统计学意义。多囊卵巢综合征组和对照组TNF-α基因G-238 A位点等位基因A的突变率分别为2.4％与2.8％,两组间基因频率和基因型频率差异无统计学意义;多囊卵巢综合征患者TNF-α基因G-238 A位点各基因型间TNF-α差异有统计学意义,但其他临床指标差异均无统计学意义。结论 TNF-α基因G-308 A、G-238 A位点的SNP与多囊卵巢综合征发病可能无明显相关性。     

高分辨率熔解曲线技术检测冠心病患者APOB、APOC-Ⅰ和LDLR基因rs693、rs4420638、rs688位点多态性

目的建立APOB基因rs693位点、LDLR基因rs688位点和APOC-Ⅰ基因rs4420638位点单核苷酸多态性(SNP)的聚合酶链式反应-高分辨率熔解曲线分析(PCR-HRM)的检测方法,并探讨该3个SNP位点与冠心病(CHD)易感的相关性。方法针对rs693、rs688和rs4420638 3个位点分别设计引物,建立PCR-HRM分子诊断方法,并通过直接测序进行验证。对311例CHD患者和300例体检健康者进行病例-对照研究,分析其与CHD易感性及血脂指标(TC、TG、HDL-C、LDL-C)的关系。结果rs693和rs4420638位点的基因频率和基因型频率在CHD组与对照组之间差异有统计学意义(P0.05)。rs693位点CT基因型降低CHD患病风险(OR=0.448,95%CI:0.246~0.817,P=0.009);rs4420638位点AG基因型增加CHD患病风险(OR=2.140,95%CI:1.241~3.688,P=0.006)。rs688(CT)和rs4420638(AG)位点组成的单倍型CG增加CHD患病风险(OR=1.715,95%CI:1.091~2.697,P=0.018)。病例组rs4420638位点AG基因型患者的血清TC水平显著高于AA基因型(F=4.281,P=0.040)。结论成功建立了rs693、rs688和rs4420638 3个SNP位点的PCR-HRM基因分型方法。rs693和rs4420638位点以及单倍型CG与中国兰州地区汉族人群CHD易感性有关,rs4420638位点联合血清TC水平检测可预警CHD发生。     

冠心病患者α-内收蛋白基因多态性与表达水平研究

目的 探讨α-内收蛋白基因(ADD1)的单核苷酸多态性(SNP)及表达水平与冠心病(CAD)的相关性。方法 提取2011年1月～2013年10月就诊于火箭军总医院的114例CAD患者和116例健康对照者外周血白细胞DNA和RNA,应用荧光标记单碱基延伸及杂交技术检测ADD1基因的rs3775067和rs1263359多态性,应用荧光标记及毛细管电泳技术检测ADD1的基因表达水平。结果 ADD1基因2个SNP的基因型频率和等位基因频率在两组间差异无统计学意义(χ2=0.018～1.317,P值均>0.05)。CAD组的ADD1基因表达水平为0.226±0.284,明显高于健康对照组(0.153±0.144),差异有统计学意义(P<0.05)。通过对不同基因型间表达水平的比较,结果显示CAD组rs3775067的TC型患者的基因表达水平(0.250±0.319)明显高于健康对照组(0.154±0.156,P<0.05),余各基因型两组间表达水平差异无统计学意义(t=0.557～1.867,P值均>0.05)。结论 ADD1基因表达水平的升高是CAD的危险因素,而rs3775067和rs1263359多态性与CAD的易感性无关。     

TNF-α基因多态性与老年2型糖尿病的关系研究

目的研究肿瘤坏死因子α（TNF-α）基因多态性与老年2型糖尿病的关系。方法利用DNA测序法对65例老年2型糖尿病患者及35例正常对照者的TNF-α基因-308位点和-238位点进行基因多态性分析。结果2型DM组FPG、TNF-α、甘油三脂（TG）、总胆固醇（TC）、高密度脂蛋白（HDL）分别为（11.57±2.16）nmol/L、（2.97±0.24）ug/L、（2.43±1.15）mmol/L、（5.49±1.63）mmol/L、（1.23±0.28）mmol/L,高于对照组,差异有统计学意义（t分别=14.95、12.64、3.90、4.29、-8.40,P均〈0.05）,而BMI与对照组比较,差异无统计学意义（t=1.56,P〉0.05）。TNF-α基因-308位点在患病组中变异的G/A基因型频率为21.7%,与对照组组间比较,差异有统计学意义（t=12.89,P〈0.05）,而-238位点未见突变在两组之间比较差异无统计学意义。结论TNF-α基因G-308A单核苷酸多态性与老年2型糖尿病存在相关性。     

肿瘤坏死因子-αC(-863)A单核苷酸多态性与血清水平及冠心病相关性研究

目的研究肿瘤坏死因子-α（tumor necrosis factor-α，TNF-α）基因启动区上游C（-863）A单核苷酸多态性位点与中国人群冠心病及血清TNF-α水平的相关性。方法选择90例冠心病患者及年龄、性别相匹配的115例正常对照。聚合酶链反应-限制性片段长度多态性（PCR-RFLP）方法检测TNF-αC（-863）A基因型，比较2组基因型及等位基因频率分布。双抗体夹心ELISA方法检测血清TNF-α水平，比较不同基因型间血清TNF-α水平。结果冠心病组cc基因型频率（74．44％）明显高于正常对照组（60．86％）（P〈0．05）；冠心病组c等位基因频率（85．56％）明显高于正常对照组（77．39％），A等位基因频率（14．44％）明显低于正常对照组（22．61％），2组比较差异均有统计学意义（均P〈0．05）；冠心病组及正常对照组CC基因型者血清。TNF-α水平较其他2种基因型均有显著升高。结论 TNF-αC（-863）A单核苷酸多态与中国人群冠心病及血清。TNF-α水平相关，CC基因型及C等位基因可能是中国人群冠心病的遗传易患因子。     

TNF-α基因多态性与开角型青光眼发病风险关系的Meta分析

目的采用Meta分析方法评价TNF-α各位点基因多态性与开角型青光眼(OAG)易感性的关系。方法计算机检索Pubmed、Web of science和Embase英文数据库,筛选出有关TNF-α各位点多态性与OAG易感性的病例-对照研究,提取相关数据,以Stata 12.0软件合并分析比值比(OR)和95%置信区间(CI),并进行发表偏倚和敏感性分析。结果纳入TNF-α-308G/A、-857C/T、-863C/A和-238G/A位点多态性与OAG易感性Meta分析的文献分别有8篇、2篇、2篇、3篇;TNF-α4个单核苷酸位点各基因型与OAG发病风险无关;以种族和青光眼类型分层分析的结果显示,与G等位基因及GG基因型相比,携带A基因、AA+AG基因型的亚裔人群OAG发病风险分别增加1.75倍、2.02倍;携带相应基因型的个体,高眼压型青光眼(HTG)发病风险分别增加1.53倍、1.76倍。结论 TNF-α-308G/A基因多态性与HTG易感性以及亚裔人群OAG易感性有关。     

冠心病患者肿瘤坏死因子α水平及其基因多态性的研究

目的研究中国汉族人群中血清肿瘤坏死因子α(TNFα)水平及其-238、-308位点基因多态性与冠心病之间的相关性.方法采用双抗体夹心酶联免疫吸附试验(ELISA)检测血清TNFα水平,同时应用聚合酶链反应-限制性片段长度多态性(PCR-RFLP)技术检测TNFα基因多态性.结果冠心病组血清TNFα水平显著高于对照组(P<0.05).两组的-238、-308位点基因型和等位基因的分布差异无显著性(P>0.05),-238位点GA+AA基因型的血清TNFα水平[(23.57±6.96)ng/L]显著高于GG基因型[(17.28±7.17) ng/L](P<0.05),在陈旧性心肌梗死(OMI)患者和稳定型心绞痛(SA)患者中均未检出GA和AA基因型,但与急性心肌梗死(AMI)患者及不稳定型心绞痛(UA)患者比较,差异无显著性(P>0.05).结论血清TNFα水平显著升高提示炎性反应在冠心病病程中有重要作用;TNFα的水平可能受其基因多态性的影响.     

肿瘤坏死因子β基因多态性与冠心病

肿瘤坏死因子β（tumor necrosis factorβ,TNF-β）是一种多生物活性的前炎性细胞因子,在血栓形成和动脉粥样硬化等发病机制中起重要作用。在最近几年的研究中TNF-β基因多态性被证实是与冠心病密切相关的基因之一,本文旨在阐述TNF-β及其受体结构、功能、相关基因多态性以及国内外对该位点基因多态性研究进展。     

肿瘤坏死因子TNF-α基因多态性与精神分裂症易感性关系的Meta分析

目的有越来越多的证据表明精神分裂症和肿瘤坏死因子α（TNF-α）基因的多态性存在关联,但是许多研究的结果常常是相互矛盾的,因此,我们通过M eta分析的方法来评价TNF-α位点（-308-、238-、857和-1031）多态性和精神分裂症易感性之间的关系。方法检索PubM ed和中国学术期刊网数据库,使用的关键词包括sch izophren ia、TNF a、tumor necrosis factor a、tumor necrosis factor alpha、TNF alpha、多态性、肿瘤坏死因子和精神分裂症。检索时间为1989至2010年公开发表的期刊论文。以比数比（OR）及其95%可信区间（95%CI）为效应尺度。结果按照纳入标准,共有13篇文献最终进入系统。M eta分析结果表明,-308多态性和精神分裂症不存在明显关联（G/A等位基因：合并OR=1.06,95%CI为0.79～1.42,P=0.71）,-308的基因型分布在病例与对照之间亦无明显差异,亚组分析显示,无论是在高加索人种还是亚洲人种中,-308多态性与精神分裂症之间并无明显相关性。对于-238-、857和-1031几个多态性位点的M eta分析,亦未发现与精神分裂症易感性之间存在相关性。结论 TNF-α位点（-308、-238-、857和-1031）的多态性和精神分裂症不存在明显关联。     

精神分裂症IL-1βTNF-α基因多态性研究

【摘要】目的探讨白细胞介素-1β—511位点、＋3953位点和肿瘤坏死因子-α-308位点基因多态性与精神分裂症的关系及不同基因型对细胞因子分泌的影响。方法将161例精神分裂症患者设为精神分裂症组（患者组）,135名健康志愿者设为对照组。采用聚合酶链反应和限制性片段长度多态性技术检测白细胞介素1β在-511位点、＋3953位点及肿瘤坏死因子-α在-308位点的基因多态性;抽取患者组83例首发精神分裂症患者进行不同基因型细胞因子水平检测分析。结果在白细胞介素-1β-511位点,患者组基因GG型较对照组增高,但差异无显著性（P〉0．05）,等位基因G频率显著高于对照组（P〈0．05）;在白细胞介素-1β＋3953位点、肿瘤坏死因子-α-308位点,患者组基因型及等位基因频率与对照组比较差异均无显著性（P〉0．05）。在白细胞介素-1β-511位点和白细胞介素-1β＋3953位点,基因型G／A和AA的精神分裂症患者较GG型患者白细胞介素-1β水平明显增高（P〈0．05）;肿瘤坏死因子-α-308位点基因型G／A和AA的患者较GG型TNF-α水平明显增高（P〈0．05）。结论白细胞介素-1β-511位点、＋3953位点和肿瘤坏死因子-α-308位点基因多态性可能与精神分裂症无直接关联;白细胞介素-1β—511位点等位基因G可作为精神分裂症易感性的遗传标志之一;白细胞介素-1β—511位点和＋3953位点基因型G／A和AA为高分泌型,GG为低分泌型;肿瘤坏死因子-α-308位点基因型G／A和AA为高分泌型,GG为低分泌型。基因多态性影响细胞因子分泌。     

TNF-α-G308A基因多态性与风湿性心脏病相关性的Meta分析

目的采用Meta分析方法评价肿瘤坏死因子α(TNF-α)G308A基因多态性与风湿性心脏病(RHD)的相关性。方法计算机检索PubMed、EMbase、CNKI、WanFang Data中关于TNF-α基因多态性与风湿性心脏病相关性的病例-对照研究,检索时限均从1990年1月至2011年6月。由2名评价者按照纳入和排除标准独立选择文献、提取资料和评价质量后,采用RevMan 5.1和SPSS 16.0软件进行Meta分析。结果共纳入5个研究,539例风湿性心脏病患者和624例对照人群。以TNF-α-G308A基因隐性遗传模式计算的Meta分析结果显示,AA基因型携带者患风湿性心脏病的危险与GA+GG基因型携带者的差异有统计学意义[OR=5.06,95%CI(2.15,11.89),P=0.000 2]。以TNF-α-G308A基因显性遗传模式计算的Meta分析结果也显示,AA基因型携带者患风湿性心脏病的危险与GA+GG基因型携带者的差异有统计学意义[OR=3.14,95%CI(1.05,9.38),P=0.04]。结论现有证据显示,TNF-α-G308A基因多态性与风湿性心脏病相关,AA等位基因携带者患风湿性心脏病的危险有增高趋势。但由于纳入研究数量有限,尚不清楚不同人种TNF-α-G308A基因多态性是否与风湿性心脏病相关。上述结论仍需开展更多高质量、大样本的临床试验加以证实。     

高分辨率熔解曲线及其在分子诊断中的应用

通过加热使双链DNA解离为单链是DNA基本特性之一,高分辨率熔解曲线（high resolutionmelting,HRM）正是基于这一特性,采用荧光饱和染料监测熔链过程,从而获得DNA上的相关信息,例如突变、单核苷酸多态性（single nucleotidepolymorphism,SNP）等。由于其快速、高通量、低成本,已越来越多应用于临床疾病的分子诊断与分型。