肿瘤抗原TRAG-3 HLA-A2.1限制性CTL表位的鉴定

目的寻找并鉴定TRAG-3来源的HLA-A2．1限制性CTL表位，为临床开展基于TRAG-3表位的特异性免疫治疗奠定基础。方法应用超基序和量化基序方案，预测TRAG-3 HLA-A2．1限制性CTL表位。用计算机分子模拟的方法，对预测表位进行分子模拟。用流式细胞仪分析测定各肽与HLA-A2．1分子的结合力。最后，应用HLA-A2．1阳性健康志愿者外周血单个核细胞(PBMC)对其体外诱导的CTL效应进行鉴定。结果应用超基序和量化基序方案，预测出4个候选表位肽，用计算机分子模拟发现其中只有TRAG-3（37-45)不符合HLA-A2．1限制性CTL表位的特点。在上述4个九肽中，TRAG-3(58-66)与HLA-A2．1分子的结合力最高。在进一步的CTL诱导实验中，发现TRAG-3(58-66)能够诱导健康志愿者PBMC产生特异性CTL。结论表位预测、计算机分子模拟、结合力分析和体外CTL诱导实验的一致性较好。4种方法一致认为，TRAG-3（58-66）(ILLRDA-GLV)为HLA-A2．1限制性CTL表位。该表位肽可望用于基于TRAG-3抗原多肽疫苗的临床实验。     

肿瘤抗原MAGE-3 HLA-A2限制性CTL表位的预测

目的 预测肿瘤抗原ＭＡＧＥ－３的ＨＬＡ－Ａ２限制性ＣＴＬ表位。方法 以肿瘤特异性抗原ＭＡＧＥ－３为研究目标,采用基序方案和二级锚点相结合的ＣＴＬ表位预测方法。结果 预测出了ＭＡＧＥ－３的６个ＨＬＡ－Ａ２限制性ＣＴＬ表位。结论：所预测出的６个ＨＬＡ－Ａ２限制性ＣＴＬ表位经后续实验筛选、鉴定后,可用于基于ＭＡＧＥ－３的肿瘤治疗性多肽疫苗的设计研究。     

轮状病毒结构蛋白VP7 HLA-A2.1限制性CTL表位的初步鉴定

目的 预测并初步鉴定轮状病毒Wa株结构蛋白VP7 HLA—A2．1限制性CTL表位。方法 用BIMAS软件预测VP7 HLA—A2．1限制性CTL表位;分子模拟技术对分值最高的4条肽进行分子模建;最后测定候选肽与HLA-A2．1分子的亲和力及结合稳定性。结果 结合BIMAS及分子模拟的预测结果,选择4条肽QLYCDYNLV（132—140）、LLNYILKSV（18—26）、VLMKYDQSL（140—148）及VNWKKWWQV（287—295）作为候选表位肽;4条肽与HLA—A2．1结合的荧光系数（FI）值分别为2．58、3．83、3．19及0．82,肽-HLA-A2．1复合物半数解离时间（DC50）分别为2-4、6-8、8及2h。结论 QLYCDYNLV（132—140）、LLNYILKSV（18—26）及VLMKYDQSL（140—148）为潜在的HLA-A2．1限制性CTL表位。     

HPV16E7抗原HLA-A2限制性CTL表位预测及其合成

目的：预测、合成、纯化及鉴定人乳头瘤病毒E7抗原的HLA－A2限制性细胞毒性T淋巴细胞表位，为表位抗原特异性鉴定和临床研究提供靶肽。方法：采用超模体、多项式和量化模体方案相结合的方法，对靶抗原HPV16E7的HLA－A2限制性细胞毒性T淋巴细胞（Cytotoxic T lymphocyte,CTL)表位进行预测，并运用固相合成法合成多肽，经RP－HPLC纯化及纯度分析，用质谱进行定性鉴定。结果：分别预测出了16个、10个和3个九肽表位，确定其中5个九肽为候选合成表位，各合成肽的纯度都在95％以上。经质谱分析，各肽的分子量测定值与理论值相符。结论：超模体、多项式和量化模体方案联合应用可提高预测效率，避免了在研究E7抗原表位时盲目合成多肽；所合成的多肽为高纯度靶肽，可用于后续实验研究。     

SARS冠状病毒M蛋白HLA-A*0201限制性CTL表位的预测

目的 预测SAR冠状病霉M蛋白的HLA-A*0201限制性CTL表位。方法 联合应用简单基序法和延展基序法。结果 预的测出4个九肽CTL表位。结论通过对SARS冠状病毒M蛋白抗原CTL表位进行预测，从而为SARS冠状病毒M蛋白CTL表位的实验探测和鉴定提供了线索，为认识CTL介导的细胞免疫机制以及基于CTL表位的疫苗研制提供了基础资料。     

SARS冠状病毒N蛋白HLA-A*0201限制性CTL表位的预测

目的 预测SARS冠状病毒N蛋白的HLA—A^*0201限制性CTL表位。方法 用人工神经网络和量化矩阵相结合的方法预测出HLA—A^*0201结合肽，再用蛋白酶体矩阵法从中筛选出CTL表位。结果 预测出了6个九肽CTL表位。结论 通过对SARS冠状病毒N蛋白抗原CTL表位进行预测，从而为SARS冠状病毒N蛋白之CTL表位的实验探测和鉴定提供了线索，为认识SARS冠状病毒的免疫保护和免疫病理机制及疫苗的研制提供了基础资料。     

Ran HLA-A 2.1限制性CTL表位的预测及初步鉴定

目的 寻找并鉴定肿瘤相关抗原Ran来源的HLA-A2．1限制性CTL表位，为临床开展基于Ran表位的特异性免疫治疗奠定基础。方法应用超基序和量化基序相结合的方法初步预测Ran的HLA-A2．1限制性CTL表位，利用其与他细胞亲和力实验以及与T2细胞结合稳定性试验初步验证预测结果。结果应用超基序和量化基序相结合的方法得到4个候选表位IMFDVTSRV（88-96），TLGVEVHPL（42-50），YVATLGVEV（39-47）和VLCGNKVDI（118-126），亲和力试验结果显示IMFDVTSRV，TLGVEVHPL和YVATLGVEV有较高的的亲和力而VLCGNKVDI无明显亲和力，结合稳定性试验显示在这4个候选肽中IMFDVTSRV的结合稳定性最好。结论IMFDVTSRV最有可能是肿瘤抗原Ran的HLA-A2．1限制性CTL表位。     

Hela细胞Survivin克隆及HLA-A2限制性CTL表位预测研究

目的：从Hela细胞中克隆凋亡抑制因子Survivin的编码序列,进行测序,并由此预测其HLA-A＊0201限制性CTL表位。方法：设计人Survivin基因序列特异引物,通过RT-PCR扩增Survivin编码序列,构建至pGEM-T载体后,测序分析,并对其进行了HLA-A＊0201限制性CTL表位抗原表位相关预测。结果：从Hela细胞中克隆得到的Survivin和Survivin-ΔEx3两种剪接体,其中Survivin-ΔEx3发生1个同义突变和三个错义突变,预测其抗原表位抗原性发生了变化。结论：寻找抗原性强、结合力高的表位,对于今后抗肿瘤多肽疫苗的研究具有重要的意义。     

慢性白血病抗原CML28 HLA-A*0201限制性CTL表位预测

目的鉴定慢性白血病肿瘤抗原CML28的HIA-A*0201限制性CTL表位。方法 采用超基序和量化基序结合的方法初步预测CM128的HLA-A*0201限制性CTL表位；利用T2细胞亲合力实验初步验证预测结果。结果 在预测的4个候选CTL表位中，ALVDAGVPM和ALDSDGTLV有较高的亲和力，ALFCGVACA和SLLACCLNA仅有低度亲和力。结论ALVDAGVPM与ALDSDGTLV最有可能是慢性白血病肿瘤抗原CML28的HLA-A*0201限制性CTL表位。     

骨髓瘤抗原Sp17 HLA-A*0201限制性CTL表位预测及初步鉴定

目的鉴定骨髓瘤抗原Sp17的HLA-A＊0201限制性CTL表位。方法采用超基序和量化基序法预测Sp17的HLA-A＊0201限制性CTL表位；用T2细胞亲和力实验和稳定性实验对该表位进行初步鉴定。结果超基序和量化基序法预测得出Sp17抗原的4个CTL表位（LLEGLTREI（19-27）、ILREQPDNI（27-35）、SLLEKREKT（45-53）、KEKEEVAAV（111-119）），亲和力实验结果表明LLEGLTREI（19-27）、ILREQPDNI（27-35）、SLLEKREKT（45-53）有较高亲和力，而KEKEEVAAV（111-119）肽亲和力较低；稳定性实验表明ILREQPDNI（27-35）、SLLEKREKT（45-53）与HLA-A＊0201分子结合稳定性较好。结论ILREQPDNI（27-35）、SLLEKREKT（45-53）有可能是骨髓瘤抗原Sa17 HLA-A＊0201限制件CTL表位。     

Computational prediction and identification of HLA-A2.1-specific Ebola virus CTL epitopes

Ebola virus (EBOV) is known to cause a severe hemorrhagic fever resulting in high mortality. Although the precise host defense mechanism(s) that afford protection against EBOV is not completely understood, T cell-mediated immune responses is believed to play a pivotal role in controlling virus replication and EBOV infection. There have been no reports on mapping of MHC Class I-binding CTL epitopes for EBOV till to date. In this study, we identified five HLA-A2-binding 9-mer peptides of EBOV nucleoprotein (NP) using computer-assisted algorithm. The peptides were synthesized and examined for their ability to bind to MHC class I molecules using a flow cytometry based MHC stabilization assay. Three of the EBOV-NP peptides tested (FLSFASLFL, RLMRTNFLI and KLTEAITAA) stabilized HLA-A2. The ability of the HLA-A2-binding EBOV-NP peptides to generate peptide-specific CTLs was evaluated in HLA-A2.1 transgenic mice. Epitope-specific CTL responses were confirmed by cytotoxic assays against peptide-pulsed target cells and interferon-gamma ELISPOT assay. Each of the EBOV-NP peptides induced CTL responses in HLA-A2-transgenic mice. Interestingly, all the three peptides were conserved in three different strains of Ebola (Zaire and Reston and Sudan). Taken together, these findings provide direct evidence for the existence of EBOV-derived NP epitopes that may be useful in the development of protective immunogens for this hemorrhagic virus.     

Identification of a new HLA-A*0201-restricted CD8+ T cell epitope from hepatocellular carcinoma-associated antigen HCA587

For the development of peptide-based cancer immunotherapies, we aimed to identify specific HLA-A*0201-restricted CTL epitopes in hepatocellular carcinoma (HCC) associated antigen HCA587, which has been identified as a member of the cancer/testis (CT) antigens highly expressed in HCC. We first combined the use of an HLA-A*0201/peptide binding algorithm and T2 binding assays with the induction of specific CD8(+) T cell lines from normal donors by in vitro priming with high-affinity peptides, then IFN-gamma release and cytotoxicity assays were employed to identify the specific HLA-A*0201 CD8(+) T cell epitope using peptide-loaded T2 cells or the HCA587 protein(+) HCC cell line HepG2. In the six candidate synthesized peptides, two peptides showed higher binding ability in T2 binding assays. No. 2 peptide, encompassing amino acid residues FLAKLNNTV (HCA587(317-325)), was able to activate a HCA587-specific CD8(+) T-cell response in human lymphocyte cultures from two normal donors and two HCC patients, and these HCA587-specific CD8(+) T cells recognized peptide-pulsed T2 cells as well as the HCA587 protein(+) HCC cell line HepG2 in IFN-gamma release and cytotoxicity assays. The results indicate that no. 2 peptide is a new HLA-A*0201-restricted CTL epitope capable of inducing HCA587-specific CTLs. Our data suggest that identification of this new HCA587/HLA-A*0201 peptide FLAKLNNTV may facilitate the design of peptide-based immunotherapies for the treatment of HCA587-bearing HCC patients.     

肿瘤抗原MAGE-A3新的HLA-A2限制性CTL表位的发现与鉴定

目的:鉴定肿瘤抗原MAGE－A3新的HLA-A2限制性CTL表位。方法:采用CTL表位预测的基序法与二级锚点相结合预测 MAGE-A3的 HLA-A2限制性CTL表位;用计算机分子模拟进行表位的初步筛选;以标准51Cr释放试验检测特异性CTLs诱导活性。结果:在所筛选的4个候选CTL表位中,MAGE-A3201-209可在体外有效诱导特异性CTLs的产生,杀伤靶细胞。结论:MAGE-A3201-209为肿瘤抗原MAGE-A3的新的HLA-A2限制性CTL表位。为基于MAGE-A3的肿瘤治疗性多肽疫苗的设计、研究奠定了基础。     

尤文肉瘤EWS-FLI1蛋白HLA-A2.1限制性CTL表位的预测、筛选及鉴定

目的预测、筛选及合成尤文肉瘤EWS-FLI1蛋白HLA-A2.1限制性细胞毒性T淋巴细胞(Cytotoxic T Lymphocyte,CTL)表位,初步鉴定EWS-FLI1表位肽。方法综合运用BIMAS、SYFPEITHI、Predep和IEDB方案对EWS-FLI1蛋白进行HLA-A~*0201限制性CTL表位的预测,应用多项式方案、量化基序方案对预测的CTL表位进行筛选,并将筛选的CTL表位与HLA-A~*0201分子进行动力学模拟,应用标准Fmoc方案合成CTL表位肽;通过表位多肽刺激CTL释放颗粒溶素的检测,以及靶细胞杀伤实验验证表位多肽的免疫效应。结果综合预测得出了8个可能的表位肽,进一步筛选确定其中4个肽为候选合成表位,应用分子动力模拟初步验证了4个候选表位肽与HLA-A2.1分子的结合力,合成的各条肽经色谱分析纯度均在98%以上,经质谱分析各肽的分子量测定值与理论值相符,颗粒溶素释放实验及靶细胞杀伤实验证实了筛选的表位均能产生刺激效应,其中,表位肽QIQLWQFLL(EWS-FLI1 304)的刺激效应最为显著。结论综合运用多个方案可提高预测效率,分子动力学模拟可初步验证表位肽与HLA-A~*0201的结合力,所合成的多肽为高纯度肽,通过免疫学实验初步鉴定了EWS-FLI1的表位。     

抗原NY-BR-1的HLA-A2限制性CTL表位的初步鉴定

目的：鉴定乳腺癌分化肿瘤抗原NY-BR-1的HLA-A2限制性CTL表位。方法：采用量化基序法初步预测NYBR-1的HLA-A2限制性CTL表位；分子动力学方法进一步筛选量化基序法中评分最高的3个表位肽；HLA-A2亲合力鉴定预测的结果。结果：分子动力学和HLA-A2亲合力实验均证明，在量化基序法预测的3个候选CTL表位中，NY-BR-11043-1051与HLA-A2亲合力最佳。结论：NY-BR-11043-1051可能为乳腺癌分化抗原NY-BR-1的HLA-A2限制性CTL表位。