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目的 探讨R-spondin3(RSPO3)在乳腺癌中的表达及预后价值。方法 应用TIMER、癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)、基因表达谱数据动态分析(gene expression profilling in-teractive analysis 2, GEPIA2)、人类蛋白质表达图谱(Human Protein Atlas, HPA)等数据库分析RSPO3在乳腺癌组织和癌周正常组织中的差异表达,并分析其表达水平与乳腺癌病理学参数之间的相关性;GEPIA2数据库探讨RSPO3转录本在乳腺癌中的表达及其结构特征;Kaplan-Meier Plotter绘制RSPO3与乳腺癌患者的预后生存曲线;运用基因本体论(gene ontology,GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto encyclopedia of genes and genomes,KEGG)等对其进行基因功能富集分析和代谢通路分析;应用TIMER数据库分析RSPO3的表达水平与肿瘤微环境中免疫细胞浸润的相关性。结果 RSPO3在乳腺癌中呈低表达,且其表达水平与乳腺癌患者的年龄、肿瘤最大径、分子分型相关,在乳腺癌中低表达的RSPO3与患者的预后不良相关;GO功能富集分析显示,RSPO3相互作用的基因主要富集于免疫细胞及其受体等参与的生物学过程;免疫细胞浸润分析结果显示,RSPO3在乳腺癌组织中的表达水平与CD8+ T细胞、CD4+ T细胞、CD4+记忆T细胞、巨噬细胞、B细胞等的浸润水平呈正相关,而与调节性T细胞(Treg细胞)的浸润水平呈负相关;KEGG代谢通路分析显示,RSPO3可能参与Wnt/β-catenin通路。结论 在乳腺癌中低表达的RSPO3与患者的不良预后相关,其可能通过抑制免疫细胞浸润及活化Wnt/β-catenin通路参与乳腺癌的进展。 相似文献
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目的探究去泛素化酶USP39在肝细胞癌(Liver hepatocellular carcinoma, LIHC)中的表达及其与预后、免疫浸润的关系,并预测其生物学功能。方法从癌症基因组图谱(The cancer Genome Atlas, TCGA)数据库和国际癌症基因组协会(The International Cancer Genome Consortium, ICGC)数据库获取原始数据,采用表达差异分析、临床相关性分析、Kaplan-Meier分析、单因素和多因素Cox分析USP39在评估肝细胞癌患者预后中的作用。采用ICGC对USP39在TCGA-LIHC中的表达及生存分析进行验证。应用基因集富集分析(gene-set enrichment analysis, GSEA)软件预测USP39可能参与的分子通路,并分析USP39与潜在靶基因的相关性。通过肿瘤免疫评估资源(Tumor Immune Estimation Resource, TIMER)数据库分析USP39与肝细胞癌免疫浸润的关系。结果 USP39在肝细胞癌组织中显著高表达(均FDR<0.05),USP39表达... 相似文献
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目的 基于多数据库探讨FAM110A在乳腺癌中的表达及临床意义。方法 通过Oncomine数据库和GEPIA网站对FAM110A mRNA表达进行泛癌分析。采用Oncomine数据库和UALCAN数据库对FAM110A在乳腺癌中的表达进行分析。采用GEPIA分析FAM110A表达水平与患者生存预后的关系。基于HPA数据库探讨FAM110A基因在肿瘤组织中的表达情况及定位。采用cBioportal和STRING数据库分析互作蛋白构建共表达分子调控网络。采用DAVID网站对FAM110A的共表达分子进行基因本体论(GO)及京都基因和基因组(KEGG)富集分析。结果 在乳腺癌中FAM110A的表达显著上升(P <0.05),且与临床分期相关(F=2.84,P <0.05)。FAM110A高表达的乳腺癌患者预后不良(P <0.05)。GO和KEGG富集分析结果显示,FAM110A的共表达基因主要参与DNA转录调控和泛素介导的蛋白质水解等通路。结论 FAM110A在乳腺癌中的表达高于正常组织,高表达患者预后不良,FAM110A的表达与乳腺癌肿瘤分化水平有关。 相似文献
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目的 研究核糖体大亚基蛋白3(ribosomal protein L3,RPL3)在低级别胶质瘤(low-grade glioma, LGG)中的表达、潜在的预后价值及其对免疫细胞浸润的影响。方法 提取肿瘤基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)、基因型-组织表达(Genotype-Tissue Expression, GTEx)、基因表达谱交互分析(Gene Expression Profiling Interactive Analysis, GEPIA)、人类蛋白质图谱(Human Protein Atlas, HPA)和肿瘤免疫评估资源(Tumor IMmune Estimation Resource, TIMER)数据库中LGG相关数据集,应用多种生物信息学分析,探讨RPL3与LGG预后、临床病理特征、免疫细胞浸润、免疫检查点表达等相关性。结果 与正常组织相比,LGG肿瘤组织中RPL3的mRNA水平和蛋白水平升高。单变量和多变量Cox分析发现,RPL3是LGG的独立预后因素,且RPL3低表达与LGG预后不良相关。RPL3表达与CD8+<... 相似文献
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目的·分析WD40重复蛋白43 (WD 40 repeat protein 43, WDR43) mRNA在肺腺癌(lung adenocarcinoma,LUAD)细胞中的表达及其与LUAD患者预后的相关性,并探讨WDR43对LUAD细胞发生紫杉醇耐药的影响。方法·通过癌症治疗反应门户网站(Cancer Therapeutics Response Portal,CTRP),下载LUAD细胞的紫杉醇敏感性与其基因表达的相关性系数,筛选紫杉醇耐药相关基因,行基因本体数据库(Gene Ontology,GO)功能分析和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genome,KEGG)通路分析,并以相关基因WDR43作为研究对象行后续分析及验证。检索人类蛋白图谱(Human Protein Atlas,HPA)数据库,分析WDR43蛋白在LUAD组织中的表达和定位。检索癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库,分析WDR43 mRNA在LUAD组织和正常肺组织中的表达差异、LUAD患者的WDR43突变情况... 相似文献
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目的探讨LMO2在乳腺癌中的表达及其共表达基因的生物学作用。方法通过Oncomine数据库挖掘LMO2在多种肿瘤中的表达水平,并基于基因表达谱数据动态分析(GEPIA)及人类蛋白质表达图谱(HPA)数据库检索LMO2在乳腺癌组织与正常组织中的表达差异。采用KM plotter数据库评估LMO2在乳腺癌中的预后价值。利用Coexpedia数据库构建LMO2在乳腺癌中的共表达基因网络,并用FunRich软件对score>3的共表达基因注释;通过GEPIA筛选出差异有统计学意义的关键基因,进一步分析LMO2与这些关键基因的相关性,并对这些基因进行京都基因与基因组百科全书(KEGG)富集。结果乳腺癌组织中,LMO2mRNA和蛋白表达较正常乳腺组织均明显下调(P <0.05),LMO2低表达预示着乳腺癌患者更差的预后。LMO2的共表达基因主要有ADGRL4、GIMAP6、PECAM1、TGFBR2、MEF2C、CD93、S1PR1、LHFP、GMFG、A2M、LDB2、KCTD12、PTPRB和CAV1。其生物学功能主要富集于信号传导等方面。其中,表达显著上调的基因有CAV1,显著下... 相似文献
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目的:通过生物信息学分析探讨巨噬细胞清道夫受体1 (MSR1)在泛癌组织中的表达水平、患者生存情况和免疫特性,阐明MSR1作为新的生物标志物对肿瘤的诊断、预后和免疫治疗的价值。方法:采用临床生信之家数据库和Sangerbox数据库分析正常组织和肿瘤组织中MSR1 mRNA表达水平,采用人类蛋白质图谱(HPA)数据库分析MSR1蛋白表达情况,采用单因素生存分析和Kaplan-Meier分析评估MSR1对预后的价值,采用肿瘤免疫单细胞中心(TISCH)数据库的单细胞测序结果分析MSR1在各种细胞类型中的表达情况,采用肿瘤免疫估计资源(TIMER2.0)、肿瘤免疫共基因小鼠(TISMO)、肿瘤免疫功能障碍与排斥(TIDE)和基因集癌症分析(GSCA)数据库分析泛癌组织中MSR1表达水平与免疫细胞浸润、免疫检查点基因表达和免疫治疗反应之间的相关性。结果:与正常组织比较,在17种肿瘤组织中MSR1 mRNA表达水平上调,包括乳腺浸润性癌(BRCA)、结肠腺癌(COAD)、食道癌(ESCA)、多形性胶质母细胞瘤(GBM)、头颈部鳞状细胞癌(HNSC)、肾透明细胞癌(KIRC)、肾性肾乳头状细胞癌(... 相似文献
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目的 分析SPOCK1与基质金属蛋白酶(MMPs)在结直肠癌组织中的表达及相关性。方法 利用TIMER2.0与GEPIA数据库挖掘与SPOCK1相关的MMPs。收集70例患者结直肠癌组织及对应正常组织,免疫组织化学检测SPOCK1与相关MMPs在结直肠癌组织中的表达,分析相关性,评估临床病理学价值。结果 SPOCK1在结直肠癌组织中的表达明显高于正常组织(P<0.001)。通过数据库确定MMP11和MMP9在结直肠癌组织中表达与SPOCK1最为密切。MMP11与MMP9在癌组织中表达明显高于正常组织(P<0.001),SPOCK1、MMP11和MMP9三者之间相关(P<0.05)。SPOCK1表达与淋巴结转移、TNM分期相关(P<0.05);MMP11表达与肿瘤直径、淋巴结转移及TNM分期相关(P<0.05);MMP9表达与淋巴结转移、TNM分期及肿瘤分化程度相关(P<0.05)。三者均阳性与结直肠癌肿瘤直径、分化程度、淋巴结转移及TNM分期相关(P<0.05)。结论 SPOCK1、MMP11和MMP9联合检测对结直肠癌患者临床病理特征具有指导... 相似文献
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凋亡诱导因子在乳腺癌中的表达及其相关作用 《首都医科大学学报》2023,44(2):248-257
目的 利用生物信息学方法分析凋亡诱导因子2(apoptosis-inducing factor 2,AIFM2)在乳腺癌患者肿瘤组织中的表达及作用机制。方法 检索GEPIA、Kaplan-Meier Plotter、UALCAN数据库中AIFM2的研究信息,分析该基因在乳腺癌中的表达。利用Kaplan-Meier方法分析AIFM2的表达与乳腺癌患者生存及临床病理因素间的关系。同时应用LinkedOmic数据库筛选与AIFM2共同表达的基因,并对靶标基因进行基因本体(Gene Ontology, GO)和京都基因与基因组百科全书(Kyoto Encyclopedia of Genes and Genomes, KEGG)富集分析,并通过肿瘤免疫评估资源(tumor immune estimate resource, TIMER)数据库探究AIFM2表达与肿瘤组织中免疫细胞浸润的相关性。结果 GEPIA数据库分析发现AIFM2基因在乳腺癌组织中的表达显著低于癌旁组织(P<0.05);Kaplan-Meier Plotter数据库生存分析显示AIFM2基因高表达患者组的无复发生存期、总... 相似文献
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目的 通过生物信息学方法分析CD59在胰腺癌中的表达及预后意义。方法 利用基因表达谱交互分析2(gene expression profiling interactive analysis 2,GEPIA2)和人类蛋白组图谱(human protein atlas,HPA)数据库比较CD59在胰腺癌组织与癌旁组织中的表达差异;利用卡普兰麦尔(Kaplan-Meier plotter)数据库评价CD59表达水平对患者预后的影响;利用String和Cytoscape3.9.1软件分析CD59蛋白互作网络;利用DAVID6.8对CD59及关键的互作基因进行基因富集和通路富集分析。结果 与正常组织相比,CD59在胰腺癌组织中的表达显著上调(P<0.05),CD59高表达患者的总体生存时间(HR=2.3,95%CI:1.52~3.50)和无复发生存时间(HR=4.31,95%CI:1.57~11.83)较CD59低表达患者短。蛋白互作网络分析揭示CD59与CD55、GOLGA2、LMAN1、TMED2和SERPINA1等多个分子关系密切。基因本体(gene ontology,GO)和京都基... 相似文献
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目的:肝细胞癌预后相关的分子标志物对提高患者生存质量和改善疗效至关重要,本研究旨在探究细胞分裂周期相关基因8(cell division cycle associated 8,CDCA8)对肝细胞癌预后的影响及潜在分子机制。方法:432例肝细胞癌样本的转录组数据及对应患者的临床信息下载自肿瘤基因表达图谱(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库。分析肿瘤组织和正常组织中CDCA8 mRNA差异;根据CDCA8 mRNA中位数将肝细胞癌患者分为高表达组和低表达组,绘制生存曲线。采用Kruskal检验分析CDCA8与肿瘤分期、分级和T分期的相关性。采用单因素和多因素Cox回归分析探究CDCA8能否作为肝细胞癌患者的独立预后因子。采用基因集富集分析(gene set enrichment analysis,GSEA)探究CDCA8在肝细胞癌中的潜在作用机制。结果:CDCA8在肿瘤组织中的mRNA水平明显高于正常对照组织(P<0.001),CDCA8高表达患者的生存率明显低于低表达组(P<0.001)。随着肿瘤分期(P<0.001)、分级(P<0... 相似文献
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目的通过分析生物信息数据库相关资料,探讨瓣状核酸内切酶1(FEN1)基因在乳腺癌中的表达及其临床意义。方法检索Oncomine数据库,分析FEN1基因在不同类型肿瘤中的表达情况;检索基因表达谱动态分析(GEPIA)数据库,对比乳腺癌组织与正常乳腺组织之间FEN1基因的表达差异,分析该基因的表达水平与乳腺癌临床病理分期的关系;检索人类蛋白质图谱(HPA)数据库,可视化乳腺癌组织与正常乳腺组织FEN1基因的差异表达情况;利用Kaplan-MeierPlotter在线分析FEN1基因表达水平与乳腺癌患者预后的关系;检索肿瘤单细胞(CancerSEA)数据库分析FEN1基因与乳腺癌单个细胞功能状态的相关性。结果FEN1在多种肿瘤组织中高表达。与正常乳腺组织相比,乳腺癌组织中FEN1基因的表达明显升高(P<0.05),且不同临床病理分期乳腺癌患者FEN1基因表达水平比较差异有统计学意义(P<0.05)。从总体来看,FEN1基因高表达组总生存率低于低表达组(P<0.05)。此外,FEN1基因的表达与乳腺癌多种细胞功能状态相关,其中与乳腺癌细胞的细胞周期、DNA损伤、DNA修复正相关性最高。结论FEN1基因在乳腺癌组织中呈高表达,与患者预后相关,并且与乳腺癌细胞功能存在一定相关性,可为临床乳腺癌的治疗及基因靶向药物的研制提供重要的理论依据。 相似文献
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《医学理论与实践》2020,(1)
目的:通过生物信息学方法分析白细胞介素12(Interleukin-12,IL-12)在肝细胞肝癌组织中的表达及其意义。方法:从肿瘤基因组图谱计划(The Cancer Genome Atlas,TCGA)数据库中获取肝癌样本与对照样本的数据,通过Ualcan在线工具分析IL12A和IL12B基因的表达数据、甲基化情况,筛选共表达基因,并通过GO(Gene Ontology)富集分析、KEGG通路分析确定共表达基因的生物学过程及其相关功能;使用Kaplan-Meier生存分析法分析患者的生存时间及生存率,并绘制表达水平与预后生存曲线。结果:本研究表明与正常的肝脏组织相比较,IL12A在肝癌组织中的表达量显著升高,但IL12B在二者之间没有显著的差异表达。IL12A在肝癌组织中的甲基化程度要明显低于正常组织。同时IL12A在不同肝癌分期中也存在差异表达。与IL12A共表达的基因主要参与了细胞增殖、代谢过程、免疫反应、应激反应等生物学过程,并参与了DNA复制、RNA转运、细胞周期调节、蛋白水解、错配修复等生物学通路。同时IL12A基因表达量高的肝癌患者的生存率明显低于其表达量低的患者。结论:IL12A基因在肝细胞肝癌组织中高表达,并且同肝癌的发生、发展密切相关,其表达量与预后生存率也有相关性;因此,IL12A可以作为肝癌诊断筛选、预后效果预测的标志物之一。 相似文献
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杨莹 《齐齐哈尔医学院学报》2023,44(3):201-209
目的 通过生物信息学方法研究细胞周期素依赖性激酶1(Cyclin-dependent kinase 1,CDK1)在肝癌(Hepatocellular carcinoma, HCC)组织中的表达差异,探索其在肝癌预后和免疫细胞浸润间的作用。方法 从GEO数据库下载肝癌数据集,使用R软件分析差异基因,并取交集基因;通过GO和KEGG分析富集通路;使用STRING和cytoscape构建差异基因互作网络,结果可视化获取核心基因CDK1;UALCAN和GEPIA数据库分析肝癌中CDK1的表达水平,及其与临床特征的关系;HPA数据库分析CDK1蛋白在肝癌组织和正常组织的表达差异;通过Kaplan-Meier Plotter分析CDK1表达水平与HCC预后的关系;TIMER数据库分析CDK1与HCC肿瘤免疫细胞浸润、免疫细胞表面标记物的相关性。结果 3个肝癌数据集筛选出共有的347个差异基因;KEGG通路显示差异基因主要参与细胞周期通路;与正常组织相比,CDK1基因在HCC组织中表达水平升高;CDK1高表达与肿瘤分期、年龄均有相关性;生存分析结果表明CDK1基因高表达患者生存时间明显低于低表达患... 相似文献
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目的 :探究PANoptosis关键基因YWHAB在肝细胞癌(hepatocellular carcinoma, HCC)中的表达水平和作用机制及其与肿瘤免疫微环境的关系。方法:来自南通大学附属医院肝胆胰脾外科的组织芯片和癌症基因组图谱(the Cancer Genome Atlas, TCGA)数据库分析YWHAB在HCC中的表达及与预后的关系。体外构建HCC的PLC/PRF/5和Huh7的YWHAB敲低以及过表达模型,评估其肿瘤细胞的增殖和侵袭能力,并用Western Blot验证其通路。通过ssGSEA/TIDE/ESTIMATE 3种免疫浸润算法分析YWHAB对免疫环境的影响,并用体外CD8+T细胞杀伤实验进行验证。结果:YWHAB在HCC组织中阳性表达率为70.46%,在癌旁组织阳性表达率为20.46%,差异有统计学意义(P<0.05),YWHAB高表达与肿瘤包膜完整性、血管浸润、淋巴结转移、肿瘤分化程度和晚期TNM分期均明显相关(均P<0.05)。Kaplan-Meier生存分析表明,YWHAB高表达患者总体生存(overall survival, OS)率明显... 相似文献
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目的 探索DNA聚合酶α亚基B(POLA2)在肝癌中的表达,分析POLA2表达与肝癌患者临床病理特征和预后的关系。方法 利用肿瘤基因组图谱(TCGA)数据库和qRT-PCR技术分析POLA2在肝癌组织及肝癌细胞中的表达水平,利用人类蛋白表达图谱(HPA)数据库评估POLA2蛋白在肝癌组织中的表达水平;应用ROC曲线评估POLA2对肝癌诊断的敏感性,采用Logistic回归分析POLA2表达与肝癌临床病理特征的相关性,通过Kaplan-Meier法、单及多因素Cox回归模型分析POLA2的表达与肝癌患者预后的关系。并进一步寻找TCGA数据库中POLA2共表达基因,进行基因本体(GO)生物功能及京都基因与基因组百科全书(KEGG)通路富集分析。同时通过肿瘤免疫评估资源(TIMER)数据库分析POLA2与肝癌免疫浸润的相关性。结果 POLA2在肝癌组织和肝癌细胞中呈显著高表达(均P<0.05),ROC曲线下面积为0.954。POLA2表达与肝癌TNM分期、组织学分级和临床分期均密切相关(均P<0.01),单及多变量Cox分析表明高表达的POLA2可作为肝细胞癌(HCC)的独立生物学标志物。GO生物功能及KEGG通路富集分析提示,POLA2基因可能参与保持解旋酶活性和DNA依赖的ATP酶活性,主要富集于细胞周期、DNA复制和范可尼贫血通路。TIMER数据库分析显示POLA2与免疫浸润细胞(Th2细胞、B细胞、CD4+T细胞、巨噬细胞、中性粒细胞)具有显著正相关(均P<0.01)。结论 POLA2表达与肝癌患者预后及免疫浸润具有相关性,可作为肝癌诊断及预后评估的重要生物学靶标。 相似文献
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摘要:目的 利用 Oncomine、TCGA(TheCancerGenomeAtlas)等公共数据库,分析 UL16结合蛋白2(ULBP2)基
因在结直肠癌中的表达及临床意义。方法 通过 Oncomine数据库检索关于 ULBP2基因转录组 mRNA 信息,分析
ULBP2在不同类型肿瘤中的表达情况;TCGA 数据库分析 ULBP2基因与结直肠癌的预后关系;利用String数据库分析
ULBP2与上下游蛋白的相互作用及功能富集分析。结果 Oncomine数据库中共有352项关于 ULBP2基因的研究结
果,其中有统计学差异的结果有23项,涉及到结直肠癌和结直肠正常组织的研究数据集共有10项,其中结直肠癌组织
中 ULBP2基因的表达显著高于结直肠正常组织(P<0.05);对 TCGA 数据库结直肠癌数据进行生存分析,结果表明在
结直肠癌患者中 ULBP2基因高表达组的生存率明显低于低表达组(P<0.05)。结论 大数据分析结果表明,ULBP2基
因在结直肠癌组织中呈现高表达,并与患者的预后相关,可能作为其潜在的治疗靶点。 相似文献
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目的 探讨m7G相关基因能否作为肝细胞性肝癌预后的生物标志物。方法 采用癌症基因组图谱(The Cancer Genome Atlas, TCGA)数据库筛选肝细胞性肝癌组织和癌旁组织中有表达差异的m7G相关基因组,m7G相关基因和临床数据中的生存时间及生存状态按照样本ID号匹配合并后筛选预后基因组,将两组的交集基因纳入lasso回归,对筛选出来的基因进行风险评分,基于风险评分的中位数值将所有肝细胞性肝癌患者分为高、低两个风险组,并对高分险组和低风险组进行单因素和多因素的Cox回归分析,评价风险评分在预后中的差异。结果 经lasso回归筛选出4个模型基因(AGO2、NCBP1、NCBP2、WDR4),高风险组的生存率显著低于低风险组(P=0.027),ROC曲线显示风险模型对患者1,2,3年生存预测的曲线下面积(AUC)分别为0.683,0.604,0.602。肿瘤分期、T分期、M分期和风险评分是肝细胞性肝癌预后的相关因素(P<0.05),其中风险评分是影响肝细胞性肝癌患者生存率的独立预后因素(P=0.044,HR... 相似文献