肿瘤相关抗原CEA的B细胞表位预测

目的分析癌胚抗原（carcinoembryonic antigen,CEA）的B细胞表位,为肿瘤治疗提供理论基础。方法以CEA的完整氨基酸序列为研究基础,采用Hopp＆Woods的亲水性方案,Emini表面可及性方案和Jameson-Wolf抗原指数方案,辅以CEA的二级结构及其柔性区域分析,预测CEA的B细胞表位。结果预测的B细胞表位可能位于CEA的N端第150～160、168～172、207～211、332～338、372～377、467～472、485～490、507～516、580～584区段。结论应用多参数预测CEA的B细胞表位,可进一步用于CEA相关肿瘤治疗性表位疫苗的分子设计和研究。     

人Fas抗原表位预测

采用可及性和可塑性方案,结合抗原性方案、二级结构方案及综合位点预测方案对人Ｆａｓ抗原的Ｂ细胞表位进行预测,结果显示：人Ｆａｓ抗原Ｂ细胞表位可能位于Ｎ－末端残基５１－７８,１０２－１１０,１４５－１５７等区域内或附近。由于残基１０２、１２０位有２个潜在的Ｎ－糖基化位点（Ａｓｎ－Ｘ－Ｓｅｒ／Ｔｈｒ）,对表位的形成有一定影响,人Ｆａｓ抗原的Ｂ细胞表位可能位于５１－７８,１００－１５７区域内。     

人Izumo蛋白的二级结构及B细胞抗原表位预测

目的:预测人Izumo蛋白的二级结构及B细胞抗原表位.方法:以人Izumo基因序列为基础,按Chou-Fasman和Gamier-Robson方法预测其编码蛋白的二级结构,采用Karplus-Schulz方法预测Izumo蛋白骨架区的柔韧性;按Kyte-Doolittle方法预测其亲水性、Emini方法预测蛋白质表面可能性及Jameson-Wolf方法预测抗原性指数.结果:Chou-Fasman及Gamier-Robson两种方法预测的结果均表明,Izumo蛋白含较多的α螺旋,蛋白第6～17、30～40、88～99、103～120、153～160、173～188、249～260、283～297、334～338和339～346区段可能是α螺旋中心,第21～25、198～200、245～248和320～323区段可能是β折叠中心.用Kyte-Doolittle、Emini和Jameson-wolf方法分别对Izumo蛋白B细胞抗原表位进行预测结果表明,蛋白质第36～42、62～66、94～99、118～122、129～132、151～154、161～164、173～177、205～208、212～216、256～265、271～276、283～288、314～318和336～350区段附近很可能为B细胞表位优势区域.结论:该研究结果有助于确定Izumo蛋白的B细胞优势表位及发挥免疫避孕的活性部位.     

鼠Mincle蛋白B细胞抗原表位预测及多克隆抗体制备

目的预测鼠Mincle蛋白的B细胞抗原表位及制备其多克隆抗体。方法以鼠Mincle蛋白氨基酸序列为基础,利用signalP3.0和TMHMM Server在线软件分析其信号肽和跨膜结构,利用DNAstar软件预测其二级结构、蛋白骨架区的柔韧性、亲水性、表面可能性及表面抗原性指数;融合表达PET30a(+)/Mincle蛋白并通过镍层析柱纯化后,免疫兔获得Mincle多克隆抗体。结果 Mincel蛋白是一种跨膜蛋白质,N末端第1-22号氨基酸可能位于蛋白的表面并可能为抗原表位;成功构建了重组载体PET30a(+)/Mincle,转化大肠杆菌BL21后表达包涵体融合蛋白,利用镍亲和层析得到了无生物活性的高纯度重组蛋白,纯化蛋白免疫兔,制备了滴度达1:128 000的多克隆抗体;Western-blot检测显示抗体特异性高。结论 Mincle蛋白N端即胞外区的第1-22氨基酸可作为Mincle蛋白的主要抗原表位区以制备Mincle多克隆抗体。     

旋毛虫抗原分子克隆及其T细胞和B细胞表位预测

目的 克隆旋毛虫肌幼虫Mr21 000抗原蛋白基因(Ts21),预测其T细胞和B细胞表位.方法 旋毛虫(河南地理株)感染小鼠后收集肌幼虫,提取肌幼虫总RNA,应用RT-PCR技术获取目的基因Ts21,构建重组质粒pUC18-Ts21并测序,应用生物信息分析软件预测其T细胞和B细胞表位.结果 成功构建克隆载体pUC18-Ts21.旋毛虫Mr21 000抗原的T细胞表位位于第9～23、135～150位氨基酸位点;B细胞表位位于第31～35、53～56、98～104、124～130、133～157、160～172位氨基酸位点.结论 成功克隆了旋毛虫河南地理株肌幼虫Mr21 000抗原的编码基因,T细胞和B细胞表位预测结果表明该抗原蛋白具有较好的抗原性,可作为旋毛虫病免疫诊断和预防的候选抗原.     

人类偏肺病毒F蛋白的B细胞表位预测

目的 预测人类偏肺病毒F蛋白的B细胞表位。方法综合分析二级结构、亲水性、表面可及性与抗原性指数，预测F蛋白的抗原表位。结果B细胞表位位于F蛋白N段15-28、88-102、161-189、195-202、206-213、245-257、290-299、302-309、318-334、410-419、515-526区段。结论应用多参数预测F蛋白的B细胞表位，为进一步研究蛋白特征、单克隆抗体制备及表位疫苗研制奠定了基础。     

一种新的病毒蛋白Th细胞表位预测方法

调查了病毒蛋白６３个Ｔｈ细胞表位以分析其氨基酸顺序特征。一个由５个氨基酸组成的模板出现于９６％的表位中。将此模板应用于ＨＢｓＡｇ／Ｐ２５（ａｙｗ）生Ｐｒｅ－Ｓ（２）蛋白的Ｔｈ细胞表位预测，发现所有已经实验证实的表位均可由该模板识别出。提示该模板可能是病毒蛋白Ｔｈ细胞表位的一种重要顺序特征，并可应用于病毒蛋白Ｔｈ细胞表位的预测中。     

E血清型沙眼衣原体主要外膜蛋白B细胞表位的预测

基于E血清型沙眼衣原体(Chlamydia trachomatis,CT)主要外膜蛋白(Major outer membrane protein, MOMP)氨基酸序列,采用Hopp-Woods的亲水性方案、Emini表面可及性方案、Jameson-Wolf 抗原指数方案和Janin可及性方案等,辅以对MOMP蛋白的二级结构中的柔性区域及跨膜区域的分析,预测CT MOMP蛋白的B细胞表位.推测最有可能的B细胞表位位于MOMP蛋白N端第73～81区段、217～225区段、第377～386区段、第261～270区段和第161～175区段内或它们的附近.用多参数预测CT MOMP蛋白的B细胞表位,为进一步研究蛋白特性及表位疫苗研制奠定了基础.     

鼠TRAM蛋白B细胞表位预测及其免疫原性检测

目的 预测TRAM蛋白的二级结构和B细胞表位,为抗鼠TRAM单克隆抗体制备奠定基础。方法以TRAM蛋白的氨基酸序列为基础,采用Goldkeu计算机分析软件以及网络nnpredict二级结构分析软件对TRAM蛋白二级结构及B细胞表位预测。合成针对该表位的多肽,以此多肽为免疫原免疫兔,对其免疫原性进行检测。结果用多参数预测TRAM蛋白的二级结构和B细胞表位,综合评判表明：TRAM分子的第216～229位氨基酸满足亲水性、可及性和可塑性,在二级结构上位于蛋白伸展结构或无规则卷曲结构内,最可能为其优势B细胞表位。此多肽能诱导机体产生较高的抗体滴度,多克隆抗体具有高的特异性。结论TRAM分子的第216～229位氨基酸为其优势B细胞表位,这为制作B细胞优势短肽单克隆抗体提供了理论依据。     

人类肝素酶B细胞表位的预测和免疫原性鉴定

目的 预测并鉴定肝素酶(heparanase)蛋白B细胞表位免疫原性.方法 以肝素酶蛋白的氨基酸序列为基础,采用DNAStar分析软件以及Bcepred在线二级结构分析工具分析其蛋白二级结构并预测B细胞表位.根据预测结果 ,采用8分支多抗原肽结构合成针对该表位的抗原肽,将后者与通用型T辅助表位人IL-1β线性短肽(VQGEESNDK,氨基酸163～171)联合免疫日本白毛黑眼兔,检测免疫血清效价,鉴定其特异性和免疫原性.结果 软件预测显示,肝素酶蛋白大亚基的第1～15位(MAP1)、第279～293位(MAP2)及175～189位(MAP3)氨基酸序列最可能为其优势B细胞表位.间接酶联免疫吸附试验、免疫印迹及免疫组化分析,证实MAP1、MAP2及MAP3均能诱导机体产生高滴度抗体,但仅MAP1、MAP2抗体具有高特异性,MAP2抗体与肝癌组织的结合力最强.结论 肝素酶大亚基的第1～15位、第279～293位氨基酸为其优势B细胞表位,其中第279～293位氨基酸的免疫原性最强,这为肝素酶多肽抗体及B细胞优势短肽疫苗研制提供了理论依据.     

应用巢式PCR方法诊断微小隐孢子虫感染的实验研究

目的应用巢式PCR扩增方法诊断微小隐孢子虫感染。方法用昆明种小鼠通过免疫抑制方法建立动物模型，通过不连续蔗糖密度梯度离心法分离、纯化隐孢子虫卵囊。抽提DNA后，用巢式PCR扩增隐孢子虫的18S核糖体DNA，电泳、割胶回收后测序。结果成功建立隐孢子虫的小鼠免疫抑制动物模型，纯化后的隐孢子虫卵囊形状均一，呈圆形或椭圆形，大小在3-6um左右。经巢式PCR扩增，在840bp左右有一条特异性条带。通过测序和生物信息学分析，证实该基因序列与微小隐孢子虫18S具有高度同源性。结论巢式PCR方法扩增18S基因是诊断微小隐孢子虫感染的敏感方法。     

Infection with Cryptosporidium hominis and reinfection with Cryptosporidium parvum in a transplanted ileum

A transplanted ileum was found to be infected with Cryptosporidium hominis 6 days after transplantation. Although the infection resolved, the ileum was later found to be infected with Cryptosporidium parvum. The presence of the parasite was not always correlated with diarrhea. No other gastrointestinal symptom was ever detected. Treatment with azithromycin and paromomycin apparently failed.     

Antigenic differences within the Cryptosporidium hominis and Cryptosporidium parvum surface proteins P23 and GP900 defined by monoclonal antibody reactivity

The biological basis for the specificity of host infectivity patterns of Cryptosporidium spp., in particular C. hominis and C. parvum, has yet to be fully elucidated. Comparison of the C. parvum and C. hominis P23 and GP900 predicted amino acid sequences revealed 3 differences in P23 and 4 and 17 differences in GP900 domains 1 and 5, respectively. Using monoclonal antibodies developed against the surface (glyco)proteins P23 and GP900 of the C. parvum Iowa isolate, solubilized glycoprotein from three C. hominis isolates was screened for reactivity using Western immunoblots. One of ten P23 MAbs and three of 21 GP900 MAbs were not reactive with any of the three C. hominis isolates. The non-reactive P23 MAb binds to a peptide epitope, while the non-reactive GP900 MAbs bind to either carbohydrate/carbohydrate-dependent or peptide epitopes of C. parvum. These results demonstrate phenotypic differences between C. hominis and C. parvum within two (glyco)proteins that are involved in parasite gliding motility and attachment/invasion.     

人兽隐孢子虫病在潍坊地区儿童中的感染和流行

目的：调查本病在潍坊地区人畜中的感染和流行情况,方法：收集了3562份人体粪便和123份家畜粪便;用金胺－酚染色法及改良抗酸复染法检查卵囊;抽取部分儿童静脉血进行细胞免疫功能测定,结果：人群隐孢子虫感染率为2．36％（84／3561）;低年龄儿童感染率较高,母乳喂养的婴幼儿的感染与母亲的感染有重要相关关系;夏秋季为人兽隐抱子虫感染的高峰期：感染儿外周血液TI林巴细胞总数和辅助T淋巴细胞均明显减少,感染儿童家中饲养的家畜感染率明显高于正常儿童家中的家畜,结论：潍坊地区人体隐孢子虫的感染情况与国内其它地区报道的的感染情况相近似,低龄儿童感染率较高的主要原因可能与不良的卫生习惯及机体免疫功能不健全有关,夏秋季为高发季节;病畜可能为本病的主要传染源。     

微小隐孢子虫子孢子表面蛋白质粒DNA接种诱导Balb/c小鼠的免疫应答

目的　探讨微小隐孢子虫子孢子表面蛋白CP2 3重组质粒pCR3.1～ 2 3DNA疫苗诱导机体产生体液和细胞免疫应答的效果。方法　用重组的DNA疫苗于Balb/c小鼠后腿胫骨前肌注射免疫 ,于 0、3、6周共免疫 3次 ,10 0 μg/次。免疫后不同时间检测体液和细胞免疫应答指标。并用 1× 10 6卵囊进行攻虫试验。结果　pCR3.1～ 2 3可诱导机体产生相应的特异性抗体 ,对C .parvum卵囊攻击具有保护作用。结论　微小隐孢子虫子孢子表面蛋白CP2 3重组质粒pCR3.1～ 2 3有可能作为侯选的隐孢子虫DNA疫苗 ,值得进一步深入研究。     

Fusion Proteins with Heterologous T Helper Epitopes. Recombinant E. coli Heat-Stable Enterotoxin Proteins

Fusion proteins containing specific B cell and T cell epitopes were used to examine how the intramolecular arrangement of T and B cell epitopes within a chimeric protein influences antigen-specific B cell antibody responses as well as specific T cell activation. Chimeric proteins, containing single or multiple copies of the T_h epitope ovalbumin 323-339 (ova) linked at different positions to STa, the heat-stable enterotoxin of E. coli, were compared with respect to their ability to induce STa-specific antibody production and to induce ova-specific T cell activation.

Chimeric proteins induced ova-dependent antibody production against STa at the amino terminal end, irrespective of the positioning of ova. Multiple tandem copies of ova in any position led to increased levels of antibody production against this epitope. In contrast, T cell help for antibody production against a second B cell epitope at the carboxy terminus of the fusion proteins was more effective after insertion of multiple copies of ova in a distal than in an adjacent position. A fusion protein, containing four copies of ova effectively elicited T cell help for antibody production against both examined B cell determinants, showing that activated T_h cells recognizing a single epitope could simultaneously provide help for distinct sets of B cells specific for widely separated epitopes within a protein.

T cell recognition of ova in all chimeric peptides, independently of its position, followed the same pattern of genetic restriction (i.e. immunodominant in H-2^d and nonimmunogenic in H-2^k) as in the native ovalbumin molecule. At high doses, the level of ova-specific T cell activation in LNC of immunized mice was similar, irrespective of the number of ova copies in the fusion proteins. In contrast, at low antigen doses chimeric proteins containing multiple copies of ova effectively primed ova-specific T cells at 20-fold lower concentrations than did fusion proteins containing a single copy of ova. Furthermore, when the ova-containing constructs were presented to a ova-specific T cell line by A20 B lymphoma cells, an increased level of IL-2 production by the clonal T cells in response to multiple copies of ova in the chimeric antigens was observed.     

大肠杆菌O157：H7 IntC300 B细胞抗原表位的综合预测

目的预测肠出血型大肠杆菌O157：H7 IntiminC端300氨基酸片段（IntC300）的B细胞抗原表位。方法采用计算机软件和网络服务器分析IntC300的亲水性、β-转角、柔韧性、表面可及性和抗原指数。判断其B细胞抗原表位。结果B细胞抗原表位可能在20—36、76—88、189—198、262—279和284—296残基或其附近。结论对EHEC O157：H7 IntC300 B细胞抗原表位的综合预测，为研究诊断性单克隆抗体及多肽疫苗提供了理论工具。     

Detection of Cryptosporidium parvum in Environmental Soil and Vegetables

Cryptosporidium parvum is a zoonotic protozoan parasite that causes cryptosporidial enteritis. Numerous outbreaks of cryptosporidiosis have been reported worldwide. Cryptosporidium is transmitted to hosts via consumption of contaminated water and food but also by direct contact with contaminated soil or infected hosts. The present study investigated farm soil collected from 34 locations along the western Korean peninsula and 24 vegetables purchased from local grocery markets in Seoul. The soil and vegetable samples were examined by real-time polymerase chain reaction (qPCR) to estimate the risk of infection. Eleven of 34 locations (32.4%) and 3 of 24 vegetable samples (12.5%) were contaminated with Cryptosporidium parvum, as confirmed by TaqI enzyme digestion of qPCR products and DNA sequencing. It is suggested that Cryptosporidium infection can be mediated via farm soil and vegetables. Therefore, it is necessary to reduce contamination of this organism in view of public health.

Graphical Abstract

相似文献